二代测序技术

摘要： 目的对1例凝血因子Ⅺ(FⅪ)缺乏症患者进行基因突变检测,结合临床表现初步探讨其发病机制,丰富FⅪ缺乏症数据库。方法检测患者凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血酶时间(TT)、血浆纤维蛋白原水平(Fbg),完善APTT纠正试验及凝血因子Ⅱ活性(FⅡ∶C)、凝血因子Ⅴ活性(FⅤ∶C)、凝血因子Ⅶ活性(FⅦ∶C)、凝血因子Ⅷ活性(FⅧ∶C)、凝血因子Ⅸ活性(FⅨ∶C)、凝血因子Ⅹ活性(FⅩ∶C)、凝血因子Ⅺ活性(FⅪ∶C)、凝血因子Ⅻ活性(FⅫ∶C)检测;采用基于二代测序技术检测FⅪ相关基因的变异,再用一代测序验证突变位点;采用生物信息学工具预测突变位点致病的可能性及突变后对蛋白质功能的影响。结果患者APTT明显延长,APTT纠正试验显示可以纠正,FⅪ∶C明显下降;基因测序结果发现与FⅪ相关的基因F11变异,变异位点为c.1550C>A/p.Thr 517Asn,序列信息上传至NCBI(SRA Accession:PRJNA763306)。生物信息学分析预测该突变是有害的,可能是患者出现凝血功能异常的原因。结论该研究发现遗传性FⅪ缺乏症致病突变位点,可能有助于今后该病的诊断和治疗。

摘要： 目的:探讨运用基于illumina平台的二代测序技术检测表皮生长因子受体(EGFR)、Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、鼠类肉瘤滤过性毒菌(v-raf)致癌同源体B1(BRAF)、酪氨酸激酶受体2(ERBB2)、间质-上皮细胞转化因子(MET)、ROS肉瘤致癌因子1(ROS1)和转染重排原癌基因(RET)8个驱动基因在非小细胞肺癌(NSCLC)中的突变情况,分析其与临床病理特征的关系,探索8个基因突变联合检测的临床价值。方法:在illumina MiseqD^(X)测序仪上对148例NSCLC患者的8个驱动基因进行测序分析,并分析其与临床病理特征的关系。结果:NSCLC的8个基因联合检测的总突变频率为78.4%(116/148),其中EGFR,KRAS,ALK,BRAF,ERBB2,MET,ROS1和RET突变率分别为53.4%(79/148),10.1%(15/148),7.4%(11/148),2.0%(3/148),2.0%(3/148),1.4%(2/148),1.4%(2/148)和0.7%(1/148)。并且,EGFR在女性、不吸烟、肺腺癌患者中的突变率明显高于男性(P<0.001)、吸烟(P<0.001)、肺鳞癌(P=0.008)患者,差异有统计学意义;KRAS在男性、吸烟患者中的突变率显著高于女性、不吸烟患者,差异有统计学意义(P<0.01)。结论:在8个驱动基因突变中,EGFR和KRAS突变与患者性别以及吸烟史密切相关,并且EGFR在肺腺癌患者中突变率较高。采用二代测序技术对NSCLC的8个基因突变联合检测灵敏度高,特异性强,可作为NSCLC理想的基因检测方法,从而精准指导临床治疗。

摘要： 目的利用二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)结合Sanger测序验证对一听力障碍的家系进行致病基因检测。方法以2018年广东省妇幼保健院产前诊断科诊断为听力障碍的一家系为研究对象,采集先证者病史、听力检查结果及家族史,采用遗传性耳聋精选基因检测包对先证者进行基因检测,后对发现的致病位点进行Sanger测序验证,同时收集家系其他成员进行Sanger测序。结果共收集该家系36个成员的资料,其中3人已去世,其余33人均进行了基因检测与诊断。检测到先证者在GSDME基因第7号内含子上发生了剪接位点变异,c.991-2A>G(来源于父亲),可引起常显遗传性耳聋5型,共在8个家系成员中检出该致病位点杂合改变,符合孟德尔显性遗传。除先证者表妹表型较轻,其余7个成员均为重度或极重度听力障碍。结论本研究成功利用二代测序技术鉴定了一种导致晚发型非综合征型耳聋的剪接位点变异,此家系为迄今报道的最大家系,丰富了遗传性耳聋的病因信息。二代测序技术为耳聋分子诊断提供一套可行的新方法。

摘要： 结核病是一种病死率较高的传染病,也是我国重点防治的传染病之一。传统的结核病病因学诊断存在易于和其他疾病混淆及实验室检查假阳性率高的问题,分子生物学技术如Xpert可以促进结核病的诊断,但其仍存在不足。二代测序技术(NGS)作为一种新型诊断方式,在多种传染病中被用于疾病诊断、病原体鉴定、耐药性检测和疫情调查,其在结核病的病原学诊断、耐药性检测及流行病学监测中发挥出较大价值。未来NGS有望成为病原学诊断及治疗的关键技术,从而帮助临床医生做出更明智的治疗相关决策。

摘要： 二代测序相较于毛细管电泳技术(capillary electrophoresis, CE),以其体系中可容纳更多的基因座而在法医学实践中更具潜力和价值。MiSeq FGx^(TM)系统是专为法医学设计研发的一个测序平台,其配套试剂盒Forenseq DNA Signature Prep kit具有较高的灵敏度和准确度。本实验利用该试剂盒对41份家系样本进行测序,结果发现,58个STR基因座中有26个基因座出现了等位基因亚型,等位基因总数目增加了79个;与CE一致性上,有1份样本在DYS392基因座出现缺失,推测应与试剂盒引物扩增效率有关,另外还有8份样本在DXS7132基因座出现与CE不一致的情况,通过Sanger测序以及使用其他软件分析后,排除扩增失败,确认是生物信息分析问题。实验证明,二代测序相比于毛细管电泳技术有很多优势,不过目前在数据分析方面还存在一些问题,需要不断优化完善所涉及的生物信息分析方法。随着未来相关技术与标准的不断完善,二代测序会逐渐应用于法医学实践中。

摘要： 鹦鹉热由鹦鹉热衣原体引起,是一种罕见的社区获得性肺炎,且缺乏快速和准确的诊断方法,目前很少有临床病例报道,本文介绍了我院1例使用二代测序技术(Next-generation sequencing,NGS)成功诊断并使用体外膜肺氧合(extracorporeal membrane oxygenation,ECMO)成功治愈的患者。在该病例中所使用的ECMO管路连接方式为VV-V模式,这是湖南省首例也是国内首例使用VV-V ECMO成功治愈的重症肺炎患者。现结合文献复习报告如下。

摘要： 目的探究外周血循环肿瘤DNA(ctDNA)在结直肠癌中的临床筛查研究价值。方法对行根治性手术的97例结直肠癌患者的临床及随访资料进行分析。收集所有患者的一般资料及术前1 d、术后1个月的外周血癌胚抗原(CEA)水平及外周血ctDNA基因检测结果,收集患者手术中肿瘤组织标本免疫组化结果及基因的检测结果并进行比较;分析外周血ctNDA与CEA对于检查结直肠癌的诊断效能。结果肿瘤组织S-P免疫组化检测MLH1/MSH2/MSH6/PMS2蛋白结果与肿瘤组织基因测序同样的基因位点结果一致,两者检测的灵敏度、特异度及准确率均为100%;外周血ctDNA基因检测的结果与肿瘤组织基因检测结果相同,灵敏度为88.5%,特异度为100%,准确率为89.7%;术前,结肠癌患者每2 mL外周血ctDNA含量为(17.95±8.40)ng,直肠癌患者每2 mL外周血ctDNA含量为(11.73±5.39)ng,Wilcoxon秩和检验结果显示,差异有统计学意义(P<0.05);术前外周血ctDNA诊断结直肠癌患者的灵敏度为76.3%、准确率为76.3%;前CEA检测灵敏度与准确率均显著低于术前外周血ctDNA诊断(P<0.05);术后外周血ctDNA预测结直肠癌复发的灵敏度为100%、特异度为78.4%、准确率为80.4%;术后检测外周血CEA预测结直肠癌复发的灵敏度为33.3%、特异度为73.9%、准确率为76.3%。结论结直肠癌患者采用ctDNA基因检测与肿瘤组织活检的结果一致,两种方式在临床可以依据患者个人情况灵活使用;结肠癌患者外周血ctDNA含量高于直肠癌患者,更容易在ctDNA中检测到基因突变的发生;外周血ctDNA诊断结直肠癌灵敏度较高,能够作为一种新的肿瘤标志物用于早期诊治与预后辅助诊断中。

摘要： 多重耐药病原菌和超级细菌的不断出现,给人类临床感染病的诊疗带来严重威胁,病原学精准诊断是解决上述问题的关键。近年来,基于宏基因组二代测序技术作为新型微生物检测方法,扩展了临床对耐药微生物的认识,同时也更新了多重耐药菌感染的诊断策略。本研究拟就宏基因组二代测序技术在细菌耐药性检测中的研究现状及应用前景进行综述。

摘要： 目的:探究急性髓系白血病(AML)患者67种基因突变的发生情况及临床意义。方法:选取2018年5月至2019年5月本院收治的AML患者117例,所有患者均接受临床药物干预,采用二代测序技术进行突变基因筛选,分析基因突变与患者临床特征、预后的关系。结果:117例患者中,108例(92.31%)患者检查到基因突变,其中单基因突变25例(21.37%),2个基因突变共存36例(30.77%),同时携带≥3个基因突变的47例(40.17%)。检测到的基因突变共涉及67种基因,108例患者中突变检出率≥10%的突变基因依次为NRAS(23.15%)、NPM1(19.44%)、DNMT3A(15.74%)、TET2(14.81%)、WT1(12.03%)、CEBPA(12.03%),FLT3-ITD+TKD(11.11%)、GATA2(11.11%)、ASXL1(10.19%)、BCORL1(10.19%)。常见突变基因涉及的通路包括:表观遗传学(57.41%)、转录调节(49.07%)、细胞增殖或凋亡(25.00%)和剪切因子(8.33%)。NRAS基因突变者血红蛋白(HGB)水平低于无突变患者,NPM1基因突变白细胞计数(WBC)水平高于无突变患者(P<0.05);NPM1、DNMT3A基因突变在中危患者中的检出率高于低、高危患者(P<0.05)。NPM1基因突变患者的两年累计生存率高于无突变患者,DNMT3A基因突变患者的两年累计生存率均低于无突变患者(P<0.05),基因突变数目≥3个患者的两年累计生存率低于基因突变数目<3个的患者(P<0.05)。多因素分析结果显示,NPM1基因无突变、DNMT3A基因突变、基因突变数目≥3个与AML患者较差OS相关(P<0.05)。结论:AML患者基因突变率较高,基因突变数目和类型与患者临床特征、预后相关。

摘要： 目的:探讨采用二代测序技术检测胸腔积液中细胞沉淀物DNA及上清液ccfDNA的临床价值。方法:选取惠东县人民医院收治的156例肺腺癌患者作为研究对象。将其中45例EGFR突变型肺腺癌患者作为EGFR突变组,另选该医院收治的29例野生型表皮生长因子受体(EGFR)肺腺癌患者作为EGFR野生组。收集两组患者胸腔积液标本及转移瘤标本,利用TaqMan突变检测法检测EGFR基因第19号外显子(DelE746A750)和第21号外显子(L858R)突变的情况,提取并检测胸腔积液中液基细胞学(LBC)涂片的细胞沉淀物DNA和上清液基因组DNA(cell-free DNA,ccfDNA),并对检测结果进行比较。结果:1)EGFR野生组患者胸腔积液中所有细胞沉淀物DNA、上清液ccfDNA单独检测的结果均显示EGFR突变呈阴性,EGFR突变组患者胸腔积液中细胞沉淀物DNA、上清液ccfDNA单独检测的结果均显示原发灶和相应转移灶EGFR基因第19、21号外显子的突变情况无差异。2)在EGFR突变组患者中,细胞沉淀物DNA中EGFR突变与上清液ccfDNA中EGFR突变的符合率为35.6%(16/45),表明这两种标本在EGFR突变检测中经常表现出不一致。对这两种标本进行联合检测后发现,联合检测可将EGFR突变检测的敏感度提高至60.0%。结论:采用二代测序技术对胸腔积液中细胞沉淀物DNA和上清液ccfDNA进行联合检测可有效提高原发肿瘤和相应转移瘤之间EGFR突变的符合率。

摘要： 胃肠间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GIST)是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤,它可以起源于胃肠道的任何部位.c-kit或PDGFRα基因的功能获得性突变被认为是GIST发病的主要机制,但约有5％～15％的胃肠间质瘤患者应用目前直接测序方法检测不到c-kit/PDGFRα基因突变.甲磺酸伊马替尼(Mesylate Imatinib,STI571,Glivec)已成为GIST的标准一线用药,但大部分患者在用药2-3年后会出现伊马替尼耐药,目前认为c-kit/PDGFRα基因继发突变是导致伊马替尼耐药的主要原因,但约一半的患者耐药后检测不到继发突变.本研究采用二代测序技术为胃肠间质瘤驱动基因及耐药基因的研究提供大量数据，为后续深入研究提供依据;KRAS基因突变也可发生在c-kit基因突变的GIST患者，其突变率可能高于既往文献报道;c-kit基因突变的多克隆性在伊马替尼治疗前已经存在;一部分既往诊断的“野生型”GIST并非真正的野生型GIST。

摘要： 线粒体病是一种严重的多基因遗传病,目前,线粒体内多数蛋白功能尚不明确,一些蛋白是否定位于线粒体亦存在争论,阐述线粒体病发生的基因机制极为困难.线粒体病病因复杂,约有25％的线粒体患者因线粒体基因突变发病,75％为不同的核基因缺陷所致,因此导致不同的临床表型和遗传方式.国际上认为1500余种核基因与线粒体病相关,通过高通量基因筛查,部分患儿可找到其致病基因,显着提高病因诊断率.目前,国外已报道多种基于二代测序技术筛查出的致病核基因突变,其中不乏尚未被研究的新基因.本文采用第二代测序技术分别对已确诊呼吸链酶复合物缺陷的患者进行线粒体基因及1100种核基因筛查,进行病因学研究.课题组选取病情严重的125例线粒体呼吸链酶缺陷的线粒体病患者。其中复合物Ⅰ缺陷76例，复合物Ⅱ缺陷2例，复合物Ⅲ缺陷4例，复合物Ⅳ缺陷8例，复合物Ⅴ缺陷8例，联合缺陷27例。通过线粒体DNA测序分析，确认13例患者存在线粒体。NA致病突变。对112例线粒体DNA无明确致病突变的患者进行了1100种核基因外显子及外显子内含子交界区域的高通量筛查，32例(28.5% )患者存在不同类型的核基因突变。已知的基因突变为:SURF1(6例)，PDHA1(5例)，AIFMl(2例)，BSC1L、POLG1、FOXREDI、ETHE1、SUCLGl、ETFDH, GFM1、NDUFAIO、ACAD9、HIBCH、NUBPL、AARS2、DGUOK和VARS2各1例。另有5位患者存在4种未报道过的新基因突变。结果表明，第二代基因测序是一种先进的，可以提高线粒体病的诊断率的分析方法，可寻找致病基因，协助产前诊断。但同时应注意排除基因筛查的假阳性结果，应当分别从家系、临床特征、SNP位点以及相应的蛋白活性分析进行假阳性结果的排除。

摘要： 本文选取根据临床表现诊断为DMD的2例男性患儿外周血样本，采用针对DMD基因的PCR反应进行编码区扩增，采用PCR产物定量混合构建文库方法的基础上将二代测序技术应用于上述PCR产物临床DMD基因突变检测。结果表明：基于Ion Torrent PGM平台、采用PLR产物定量混合构建文库测序的方法，具有较高的准确性。同时因其灵活可控、数据分析相对简单的优点，可适用于临床检测。

摘要： 目的：对临床确诊为假肥大型肌营养不良(DMD/BMD)患儿进行基因检测,分析其基因突变类型,并比较分析检测方法的优劣。方法：以进行性肌无力和运动功能倒退来就诊的患儿为对象,根据患儿病史、临床表现、实验室检查等临床确诊假肥大型肌营养不良患儿6例,应用二代测序技术检测抗肌萎缩蛋白基因突变类型,应用多重链接依赖探针扩增技术(MLPA)和Sanger技术进一步验证基因突变情况。结果：通过二代测序技术检出外显子大片段缺失3例，外显子大片段重复2例，点突变1例，5例外显子缺失和重复患儿运用MLPA技术进行基因检测，1例点突变患儿，经Sanger测序验证，均与二代测序检测结果一致。结论：二代测序技术能检出抗肌萎缩蛋白基因的突变类型以及变异片段的大小，并能检出点突变，为假肥大型肌营养不良基因诊断、预后判断及产前诊断提供帮助。

摘要： 结节性硬化症具有两个致病基因TSC1和TSC2,外显子数目多,突变形式复杂,应用传统的Sanger测序技术进行突变检测有一定局限性.近年来二代测序技术(NGS)发展迅速,因其高通量、高性价比的特点,较传统测序更具有优势,应用日益广泛.本研究旨在应用NGS技术对一个结节性硬化症家系进行基因诊断,寻找其致病位点.通过对先证者进行靶向基因测序(TGS),通过数据库过滤及生物信息学分析筛选候选位点,如发现的已知点突变在家系内应用Sanger测序进行共分离验证,如新发的变异位点在家系内共分离后,再在200个正常人中进行验证,排除其多态可能;结果发现了该家系TSC1基因的一个新发突变c.3392T＞G,该突变符合家系内成员疾病表型共分离,在200个正常人中验证未发现此突变.本研究应用NGS技术从遗传学水平完成了一个结节性硬化症家系基因诊断，发现了一个新发的致病突变，为结节性硬化症的诊断提供了新的思路,并进一步证实了NGS技术在诊断具有遗传异质性的罕见神经系统孟德尔病时中具有明显的优势。

摘要： 椰枣是中东和北非地区广泛种植的作物,具有重要的经济价值和历史文化意义.为了揭示椰枣的生物多样性、地理种群的分布、抗旱和抗逆的分子机理、性别决定(雌雄异株植物)与分子育种研究等,开展了椰枣基因组和转录组测序和分析工作.利用二代测序技术拼接完成的椰枣基因组草图大小为605.4Mb,覆盖了椰枣总基因组的90％以上.通过对椰枣基因组和转录组的分析,注释出41,660个基因,并发现了众多与抗旱、抗病、抗盐碱以及耐高温相关的基因以及基因家族,而多时期取样的转录组数据表明椰枣果实在发育和成熟过程中具有独特的糖类代谢和累积的过程和机制.同时,基因组分析揭示了椰枣基因组在一次古老的基因组倍增或大区段扩增之后,又经历了一次较新的全基因组倍增.另外通过对不同椰枣品系的比较研究,描述了椰枣基因组中的变异情况,并发现了一些与重要性状相关基因的富集区域,其中与环境压力和糖代谢相关基因所在的染色体区域明显位于"SNP Desert"区.椰枣全基因组测序的完成和比较基因线学的研究,将为后续提高椰枣对环境适应性以及改善果实质量奠定了数据基础。

摘要： 常染色体显性遗传性多囊肾病是最常见的遗传性肾脏病。通过目标区域捕获一代测序技术并结合Sanger测序对少数读序低深度区域的补充，实现对PKD1的全部编码外显子区域全覆盖测序分析，简化了PKD1基因的基因诊断程序。另外，通过存储的频率信息可以进一步评估其致病可能，节省了后期对于新发突变在群体发生频率的验证工作。在患者中检出一致病突变，可作为其生育时产前基因诊断的依据。木研究检出的新的突变类型补充了PKD1基因突变数据库。

摘要： 目的：探讨人卵巢癌细胞UACC-1598中双微体(double minute chromosomes，DMs)分子组成及序列特征，以深入揭示双微体形成的详细机制及其在肿瘤发生发展中的生物学功能。方法：应用二代测序技术(454)对分离所得较高纯度的DMs DNA进行高通量测序分析，对所得序列信息进行比对、拼接等生物信息学分析。结果：Mapping结果表明卵巢癌细胞UACC-1598中双微体上含有4个主要的扩增子(1q21.2，2p24.3，3q26.2和6p22.3)，同时双微体上也含有非扩增的DNA序列。与正常基因组DNA序列的比对分析显示双微体上DNA中含有157个基因重组序列;这些重组既可发生于扩增子边界处及扩增子内部，同时还见于非扩增序列之间。结论：人卵巢癌细胞UACC-1598中双微体主要由4个扩增区域通过大量的基因重组以复杂的方式组成：非扩增区域可能作为双微体上扩增子间的连接序列参与了双微体的构成：测序分析所得的双微体序列特征提示双微体的组成尤为复杂。

摘要： 肺癌是全球发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,是威胁居民健康的最主要的恶性肿瘤.研究发现,肿瘤具有持续增殖、浸润转移、诱导血管生成和基因组不稳定性等重要特征,通过抑制肿瘤的上述特征而采取针对性的治疗策略有助于延长患者的生存期.近年来,对基因组学的研究增加了对肿瘤表征的深入理解,当控制肿瘤细胞存活和增殖的关键基因异常时,利用针对性的小分子抑制剂或单克隆抗体靶向关闭相应基因信号的传导,从而诱导肿瘤细胞的凋亡.目前,对肺癌研究和临床应用最多的是靶向药物是EGFR-TKI,该类药物可有效抑制存在EGFR突变的肿瘤的进展,EGFR基因突变是吉非替尼/厄洛替尼治疗最重要的预测因子.

摘要： 本发明公开了一种基于二代和三代测序技术的植物线粒体基因组组装方法，对样品DNA进行二代测序和三代测序，利用二代测序数据进行三代数据的校正；利用构建好的植物线粒体编码基因数据库，使用此植物线粒体编码基因数据库中所有参考序列比对第（3）步校正得到的三代序列数据集，获取seed序列进行下一步分析；对seed序列进行延伸，获取全长的线性线粒体基因组DNA序列，对线性线粒体基因组DNA序列进行环化，获取环状线粒体基因组DNA序列。本发明组装方法能够快速地从三代测序数据中得到完整的植物线粒体基因组序列，适用于大部分植物线粒体基因组。

摘要： 本发明公开了用于多发性骨髓瘤第二代测序的组合基因及其应用和基于其的测序方法，包括92种基因组合、基因检测区域、测序流程及测序结果分析。本发明提供的新型基因测序组合，囊括了MM相关致病基因、耐药基因、骨病基因及其他高频基因，具有通用、敏感、准确的特点，补充了常规遗传学检测的不足，从分子水平探索了疾病的发生与发展，对耐药患者提供潜在治疗靶点，为临床治疗决策提供重要参考依据，使MM最终达到个体化及精准化治疗。

摘要： 本发明属于生物技术领域，其公开了一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法及二代测序盒，该二代测序文库的构建方法包括步骤：对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成，得到一链cDNA；对述一链cDNA进行二链合成，得到二链cDNA；对二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物；将加A产物进行接头连接和第一次纯化处理，得到目标RNA片段和DNA片段并回收；对目标RNA片段和DNA片段进行PCR扩增反应，以构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库。该方法构建二代测序文库，采用整体建库流程，工艺步骤简化，极大缩减了操作流程和实验时间，可最大程度减少核酸样本的损耗，同时，无需构建两种文库，可大大节约人力、试剂、时间等成本。

摘要： 一种二代测序实验智能监控系统、二代测序实验的方法和手表。该系统包括：实验室质控设备和实验手表，实验手表包括手表本体、表带和摄像头。表带两端与手表本体两端连接，以形成环形；摄像头设置在表带上；实验手表与实验室质控设备无线连接，实验人员在二代测序实验过程中佩戴该实验手表，以使摄像头朝向佩戴的手部方向，通过该摄像头记录下实验人员的手部操作图像。实验手表向实验室智能质控设备发送该实验人员的手部操作图像，实验室质控设备可以存储和/或显示该手部操作图像数据。从而使得实验操作被记录下来，实验过程可以颗粒化记录，实验过程可追溯。实验人员更好控制拍摄角度，更容易拍摄到实验人员的手部操作过程。

摘要： 本发明公开了一种基于二代和三代测序技术的植物线粒体基因组组装方法，对样品DNA进行二代测序和三代测序，利用二代测序数据进行三代数据的校正；利用构建好的植物线粒体编码基因数据库，使用此植物线粒体编码基因数据库中所有参考序列比对第（3）步校正得到的三代序列数据集，获取seed序列进行下一步分析；对seed序列进行延伸，获取全长的线性线粒体基因组DNA序列，对线性线粒体基因组DNA序列进行环化，获取环状线粒体基因组DNA序列。本发明组装方法能够快速地从三代测序数据中得到完整的植物线粒体基因组序列，适用于大部分植物线粒体基因组。

摘要： 本发明公开了一种基于分子标签和二代测序降低测序错误的测序方法、试剂盒以及其应用，测序方法包括：S1.针对每个样本合成4‑16种含有不同固定特异序列标签的接头的正链P5和反链P7，将P5和P7退火，形成Y字型接头；S2.将模板DNA末端补平，并在3’端添加A碱基；S3.将Y字型接头连接到处理后的模板DNA两端；S4.回收连接上接头的模板DNA，并用带有样本标签的接头引物对模板DNA进行富集扩增；S5.回收经富集扩增的产物；S6.对富集扩增产物进行二代测序。本发明方法可有效识别双链DNA原始模板中的突变，尤其是不对称突变,因而可有效识别从第一次富集扩增开始引入的扩增错误,在Illumina单端和双端样本标签测序模式下，通过样本独有的4‑16种接头的固定特异序列，可有效解决样本标签漂移问题。

摘要： 本发明公开了一种先天性晶状体不全脱位的靶基因二代测序panel，包括41个基因。本发明还公开了使用所述的靶基因二代测序panel进行的先天性晶状体不全脱位的靶基因二代测序方法。本发明设计了新的专用于先天性晶状体不全脱位CEL的靶基因二代测序panel，设计的panel具有针对性强、准确性高等特点，并且，通过挑选出41个靶基因组合成了panel，降低了测序成本，提高了测序深度。

摘要： 本发明公开了用于多发性骨髓瘤第二代测序的组合基因及其应用和基于其的测序方法，包括92种基因组合、基因检测区域、测序流程及测序结果分析。本发明提供的新型基因测序组合，囊括了MM相关致病基因、耐药基因、骨病基因及其他高频基因，具有通用、敏感、准确的特点，补充了常规遗传学检测的不足，从分子水平探索了疾病的发生与发展，对耐药患者提供潜在治疗靶点，为临床治疗决策提供重要参考依据，使MM最终达到个体化及精准化治疗。

摘要： 本发明公开了一种通过计算差异等位基因测序深度检测二代测序数据SMN基因拷贝数的方法，通过屏蔽参考基因组SMN2基因第7、8外显子，使所有SMN基因第7、8外显子的测序序列都比对到SMN1上，在SMN1和SMN2基因第7、8外显子差异碱基位置可以计算AD，本发明的技术方案可以消除随机测序错误等因素的影响；另外，本发明的技术方案兼容各种探针捕获测序样本，兼容单样本以及各种数量级样本的SMN拷贝数计算，可用于计算SMN1和SMN2第7、8外显子的各种拷贝数。

摘要： 本发明公开了一种基于二代测序技术的游离线粒体DNA突变检测技术，主要包括以下步骤：1)制备cfDNA单链测序文库，2)mtDNA捕获，3)数据分析。本发明与现有技术相比的优点在于：针对游离mtDNA片段化程度高，突变频率低的特征，在NGS中富集游离mtDNA序列信息，解决其低频突变检测假阳性问题，克服NUMT对于突变检测的干扰，实现游离线粒体DNA突变的精准检测。