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生物信息学分析

生物信息学分析的相关文献在1999年到2023年内共计2314篇,主要集中在分子生物学、畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂、农作物 等领域,其中期刊论文2267篇、会议论文28篇、专利文献825533篇;相关期刊628种,包括生物技术通报、农业生物技术学报、热带作物学报等; 相关会议27种,包括2015年中国观赏园艺学术研讨会、第五届中国兽药大会(中国畜牧兽医学会动物药品学分会2014年学术年会、中国畜牧兽医学会生物制药学分会暨中国微生物学会兽医微生物学专业委员会联合学术论坛)、第四届京津冀一体化畜牧兽医科技创新研讨会暨“瑞环杯”新思想、新方法、新观点论坛等;生物信息学分析的相关文献由9457位作者贡献,包括原晓龙、王毅、杜丽等。

生物信息学分析—发文量

期刊论文>

论文:2267 占比:0.27%

会议论文>

论文:28 占比:0.00%

专利文献>

论文:825533 占比:99.72%

总计:827828篇

生物信息学分析—发文趋势图

生物信息学分析

-研究学者

  • 原晓龙
  • 王毅
  • 杜丽
  • 王凤阳
  • 赖钟雄
  • 钟金城
  • 周碧君
  • 柴志欣
  • 王伟
  • 阎萍
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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作者

    • 孙红; 邓进; 彭国璇; 庄勇; 刘淼; 宁旭; 杨华
    • 摘要: 背景:人脂肪间充质干细胞成软骨分化过程受多种因素影响。研究证实,长链非编码RNAs在表观遗传调控、转录以及转录后水平调控等过程中扮演着重要角色,而目前其在人脂肪间充质干细胞成软骨分化过程中表达谱的改变以及调控作用鲜有报道。目的:探讨人脂肪间充质干细胞成软骨诱导分化过程中差异表达长链非编码RNAs及其功能。方法:以人脂肪间充质干细胞成软骨诱导分化0 d(未诱导组)、14 d(诱导组)细胞为研究对象,利用转录组测序技术筛选成软骨诱导分化前后差异表达倍数变化2倍及以上的长链非编码RNAs和mRNAs,并通过qRT-PCR对测序结果进行验证。采用生物信息学分析对差异表达基因行GO功能分析和KEGG通路富集分析,并筛选长链非编码RNAs邻近基因以及共表达基因。结果与结论:①与未诱导组相比,诱导组中显著差异表达的长链非编码RNAs共有816条,mRNAs共有5138条;②GO功能和KEGG信号通路分析发现,差异表达基因富集的主要生物学过程包括细胞进程、生物调节和代谢过程等;主要通路包括黏附斑激酶、胰岛素信号通路、Wnt信号通路等;③对差异表达长链非编码RNAs行邻近基因和共表达基因分析发现,部分长链非编码RNAs如SNHG16、XLOC_003886可能在脂肪间充质干细胞成软骨分化和软骨退变中发挥重要作用;④结果表明,长链非编码RNA的表达谱在脂肪间充质干细胞诱导成软骨分化过程中发生了明显改变;差异表达长链非编码RNAs的生物学功能可能与邻近基因和共表达基因功能密切相关,从而调控脂肪间充质干细胞成软骨分化。然而,其具体调控作用和分子机制有待实验进一步证实。
    • 李浩令; 包智航; 仰高伟; 倪宇轩; 王文锐
    • 摘要: 目的 探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma,LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能.方法 从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用.采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证.应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis,GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性.通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系.结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR0.4,均P<0.001).TIMER数据库分析显示USP39与免疫细胞浸润具有显著相关性.结论 USP39表达与肝细胞癌患者预后及免疫浸润具有相关性,并且其可能通过肿瘤细胞自噬调控肝细胞癌的进展.
    • 陈复喜; 吴本娟; 马秋晟
    • 摘要: 目的 探讨CD10基因在乳腺癌中的表达及与患者生存期的关系.方法 使用在线分析功能检索生物医学数据库中CD10的基因表达水平.应用STRIN数据库分析CD10基因编码蛋白间互相作用网络.依据CD10在乳腺癌患者癌组织中的表达中位数分为高、低表达组,分析比较CD10高表达与低表达组患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DFS)有无差异.选取手术治疗的58例乳腺癌患者进行回顾性分析,检测58例患者肿瘤组织中CD10蛋白的表达,并探讨其与患者病理特征的关系.结果 在乳腺癌患者中,癌组织中CD10基因表达水平显著低于癌旁正常乳腺组织(P0.05).结论 CD10在乳腺癌患者肿瘤组织中呈现明显的低表达,但CD10表达水平与乳腺癌患者临床特征及预后并无明显相关性.
    • 余慧芳; 张卫娜; 康益晨; 范艳玲; 杨昕宇; 石铭福; 张茹艳; 张俊莲; 秦舒浩
    • 摘要: Catharanthus roseus receptor-like kinase1-like kinases (CrRLK1Ls)是植物所特有的一类蛋白类受体激酶,在维持细胞壁完整性、细胞间通讯、生物和非生物应激反应中发挥重要作用。本研究鉴定了马铃薯CrRLK1Ls (StCrRLK1Ls)基因家族的成员数量,并对其理化特性、染色体位置、进化特征、亚细胞定位和对晚疫病菌侵染时的表达模式进行全面分析。结果显示,共获得17个StCrRLK1Ls基因,其氨基酸序列大小为753~997 aa,分子量和等电点分别为83.34~108.69kD和5.30~7.56,主要位于质膜。进化分析将马铃薯、拟南芥、水稻、苹果和番茄的CrRLK1Ls家族成员分为7个亚组,马铃薯CrRLK1Ls家族成员分布于亚组Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ。StCrRLK1Ls不均匀的分布于8条染色体上,存在3个串联重复基因簇,包含6个基因。此外,StCrRLK1Ls启动子区域存在响应植物激素、防卫和逆境等多种顺式调控元件。‘大西洋’和‘陇薯7号’接种晚疫病菌(Phytophthora infestans,Pi)后,大量StCrRLK1Ls为差异表达。其中,StCrRLK1L8和StCrRLK1L10的相对表达量在晚疫病菌侵染期间明显上调;在‘大西洋’接种Pi 8 d时,StCrRLK1L11的表达量是对照的9.74倍,推断其可能在马铃薯响应病原真菌的过程中起重要的作用,可作为进一步开展抗病研究和功能分析的候选基因。
    • 余慧芳; 张卫娜; 康益晨; 范艳玲; 杨昕宇; 石铭福; 张茹艳; 张俊莲; 秦舒浩
    • 摘要: Catharanthus roseus receptor-like kinase1-like kinases (CrRLK1Ls)是植物所特有的一类蛋白类受体激酶,在维持细胞壁完整性、细胞间通讯、生物和非生物应激反应中发挥重要作用。本研究鉴定了马铃薯CrRLK1Ls (StCrRLK1Ls)基因家族的成员数量,并对其理化特性、染色体位置、进化特征、亚细胞定位和对晚疫病菌侵染时的表达模式进行全面分析。结果显示,共获得17个StCrRLK1Ls基因,其氨基酸序列大小为753~997 aa,分子量和等电点分别为83.34~108.69kD和5.30~7.56,主要位于质膜。进化分析将马铃薯、拟南芥、水稻、苹果和番茄的CrRLK1Ls家族成员分为7个亚组,马铃薯CrRLK1Ls家族成员分布于亚组Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ。StCrRLK1Ls不均匀的分布于8条染色体上,存在3个串联重复基因簇,包含6个基因。此外,StCrRLK1Ls启动子区域存在响应植物激素、防卫和逆境等多种顺式调控元件。‘大西洋’和‘陇薯7号’接种晚疫病菌(Phytophthora infestans,Pi)后,大量StCrRLK1Ls为差异表达。其中,StCrRLK1L8和StCrRLK1L10的相对表达量在晚疫病菌侵染期间明显上调;在‘大西洋’接种Pi 8 d时,StCrRLK1L11的表达量是对照的9.74倍,推断其可能在马铃薯响应病原真菌的过程中起重要的作用,可作为进一步开展抗病研究和功能分析的候选基因。
    • 孙炜玮; 马丹丹; 董庆泰; 李中虎; 林振宇; 金炜东; 杨瑞
    • 摘要: 目的 研究染色体结构维持蛋白4(structural maintenance of chromosome 4,SMC4)在胰腺癌组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关系,并探讨其可能发生相互作用的蛋白网络及调控的可能信号通路。方法 采用Western blotting检测中国人民解放军中部战区总医院收集的12例胰腺癌组织及癌旁组织中SMC4蛋白表达,比较表达的差异。比较GEPIA数据库中SMC4在胰腺癌组织及正常胰腺组织中的mRNA表达差异。采用Cox回归、Kaplan-Meier法分析TCGA数据库中SMC4基因表达差异与胰腺癌患者临床病理特征和预后的关系。通过STRING数据库分析与SMC4相互作用的蛋白网络。采用GSEA预测TCGA数据库中SMC4在胰腺癌中调控的可能信号通路。结果 SMC4的临床表达:(1)对我院的12例样本Western blotting检测显示SMC4在胰腺癌组织中的蛋白表达量高于癌旁组织;(2)GEPIA数据库分析显示SMC4在胰腺癌组织中的mRNA表达量高于正常胰腺组织;(3)TCGA数据库分析结果显示SMC4基因表达水平与胰腺癌患者的病理分级和T分期密切相关。Cox分析结果显示,SMC4 mRNA表达水平和N分期是胰腺癌患者预后的独立危险因素。SMC4高表达组胰腺癌患者的生存时间显著低于SMC4低表达组患者。生物信息学分析结果:(1)STRING数据库分析表明与SMC4相互作用蛋白有NCAPH、NCAPG、SMC2等;(2)GSEA研究显示,SMC4 mRNA高表达样本富集到ERBB信号通路、WNT信号通路、TGF-β信号通路等相关基因集。结论 SMC4在胰腺癌中高表达,且与胰腺癌不良预后密切相关,可能通过调节SMC2等相互作用蛋白及激活TGF-β等信号通路在胰腺癌发生发展中发挥促癌作用。
    • 雷行; 李天峰; 李嘉昊; 满欣; 白素英
    • 摘要: 【目的】测定麝鼠超长链脂肪酸延伸酶1(elongase of verylong chain fatty acid 1,Elovl1)基因序列并进行生物信息学分析,探讨其在麝鼠香腺发育和泌香过程中的作用。【方法】使用TRIzol法提取成年雄性麝鼠香腺总RNA,采用转录组测序技术获得麝鼠香腺Elovl1基因序列并测序;在GenBank数据库中下载啮齿目不同物种的Elovl1基因及其多转录本CDS序列并构建系统进化树;通过在线工具对Elovl1基因编码蛋白的理化性质及结构进行预测与分析;利用实时荧光定量PCR技术分析成年雄性麝鼠香腺发育周期内香腺组织中Elovl1基因的表达水平。【结果】Elovl1基因在麝鼠香腺中表达2个转录本,能编码2个不同的蛋白,分别由313和279个氨基酸组成。Elovl1基因2个转录本在2~9月末的麝鼠香腺中均有表达,且表达量整体呈先上升后下降的趋势。Elovl1基因编码的2个蛋白均为稳定的亲脂性、非分泌蛋白,具有7个跨膜螺旋区,亚细胞定位均主要位于内质网。在啮齿目动物中,Elovl1基因进化与物种进化基本一致,仓鼠科与鼠科亲缘关系较近,麝鼠与水鼠平亲缘关系最近;同一物种Elovl1基因的不同转录本间相对保守,均按物种聚在一起且置信值普遍较高,旱獭例外。【结论】Elovl1基因表达规律与麝鼠香腺的发育、萎缩及泌香周期相吻合,提示Elovl1与麝鼠香分泌相关,并参与了香腺细胞发育。
    • 刘子刚; 田佩耕; 王宁; 翟鑫娜; 张云帅; 刘毅强; 武佳颖; 田再民; 魏东
    • 摘要: 【目的】探明马铃薯StWRKY转录因子的生物信息学特征及其在不同组织、低温和盐胁迫下的表达模式,揭示StWRKY转录因子在逆境下的调控规律,为进一步研究此转录因子的功能奠定基础。【方法】本试验以冀张薯12号马铃薯组培苗为材料,从马铃薯中克隆获得StWRKY基因,并对其进行生物信息学分析和功能的初步研究。【结果】StWRKY基因长度为747 bp,由172个氨基酸编码而成,相对分子量19921.58,理论等电点9.22,带负电残基总数21,带正电残基总数28,不稳定系数40.56。该蛋白质二级结构以无规曲线为主占40.1%,α-螺旋为37.4%、伸展链为15.1%、β-折叠为7.6%,是不稳定蛋白,属于亲水蛋白。通过进化树分析,与番茄同源性最高,为97.1%;利用RT-qPCR分析表明,表达谱分析中StWRKY基因的表达量在叶片中最高;功能初步分析,StWRKY基因的表达量在经过低温胁迫和盐胁迫处理6和7 h表达量显著增加,说明可能参与马铃薯对盐胁迫和低温的响应路径。【结论】StWRKY能够不同程度响应盐胁迫和低温胁迫,说明在马铃薯逆境反应机制中发挥不同作用,初步揭示了马铃薯StWRKY转录因子的功能,为进一步研究其功能提供依据。
    • 靳皓宇; 武顺; 权洁; 韩真真; 张小雪
    • 摘要: 高迁移率族蛋白A1基因(high mobility group protein A1,HMGA1)是一类对DNA转录起调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究HMGA1基因在绵羊体内的功能,对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析。结果显示,绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子式为C443H759N151O151S1,分子质量为10.648 35 kDa,等电点pI为10.31。绵羊HMGA1蛋白为不稳定蛋白、亲水性蛋白、非分泌蛋白且无信号肽序列和跨膜结构;亚细胞定位主要存在于细胞核(95.7%)。绵羊与牛的HMGA1蛋白相似度为100%。其二级结构和三级结构主要以无规卷曲组成。
    • 张艳; 吴畅; 陈铭; 牟春霓; 刘卫娟; 邹华文
    • 摘要: α-半乳糖苷酶(α-Galactosidase)属于糖苷水解酶家族,是棉子糖(RFO)分解代谢过程中的关键酶。为了探究玉米α-半乳糖苷酶基因ZmAGA3在玉米生长发育及应对非生物逆境过程中的功能,对玉米ZmA⁃GA3(alkaline alpha-galactosidase 3)基因及其编码的蛋白质进行了生物信息学预测分析,并研究了ZmAGA3在不同非生物胁迫处理下的表达模式。结果表明,ZmAGA3编码747个氨基酸,相对分子质量81155.05,理论等电点(PI)6.59,总平均亲水性-0.146。ZmAGA3具有AmyAc_family结构域(淀粉酶催化结构域),主要由α-螺旋(26.77%)和无规则卷曲(42.97%)构成;可能发生磷酸化的位点共有46个,主要集中在丝氨酸上;与高粱、狗尾草的亲缘关系更近,与拟南芥和水稻的亲缘关系较远;在外源PEG、ABA、NaCl、H_(2)O_(2)的处理下,ZmA⁃GA3基因的表达量均发生了上调。因此,ZmAGA3基因可能在响应非生物胁迫过程中发挥着重要作用,这为进一步揭示ZmAGA3基因的功能奠定了基础。
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