染色体微阵列分析

摘要： 目的探究短串联重复序列(short tandem repeat,STR)检测技术在产前诊断性染色体嵌合体检测中的价值。方法自2018年1月至2020年5月在广东省妇幼保健院医学遗传中心,对孕妇具有产前诊断指征的样本进行绒毛穿刺、羊水穿刺或脐血穿刺,进行STR检测发现的34例性染色体嵌合体,并同时对其应用染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)检测技术进行进一步检测,对两种方法进行比较,评价检测结果。结果34例STR结果性染色体嵌合体中,主要嵌合体类型为45,X/46,XX、45,X/46,XY,其中CMA也提示为嵌合的比例为73.53%。结论在产检诊断检测胎儿异常染色体中,STR检测技术可以为临床遗传咨询提供快速而相对准确的信息和依据,为孕妇提早做抉择准备和心理安慰具有重要作用。

摘要： 目的:探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在偶发自然流产(SA)遗传学诊断中的应用价值。方法:选取2011年8月至2021年3月在南京医科大学附属妇产医院就诊的3070例自然流产病例,包括1854例SA和1216例复发性自然流产(RM),行CMA检测。结果:排除74例(2.4%,74/3070)重度母体细胞污染样本,共2996例病例(1815例SA和1181例RM)纳入最终研究。SA组和RM组的总体致病性染色体异常率比较,差异无统计学意义(61.0%vs 59.4%,P=0.380)。SA病例中检出异倍体876例(48.3%),多倍体148例(8.2%),大片段结构异常60例(3.3%),致病性微缺失/微重复17例(0.9%),单亲二倍体7例(0.4%)。SA病例中,孕妇年龄≥35岁组的异倍体发生率显著高于<35岁组(64.3%vs 45.2%,P<0.01);孕周<13周组中异倍体发生率显著高于≥13周组(49.3%vs 36.4%,P<0.01)。结论:CMA具有检测成功率高、分辨率高、检测周期短等优势,在SA病因学研究中具有重要临床价值,能为再次生育提供精准的遗传学信息。

摘要： 目的探讨染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)在高危妊娠人群中临床应用的可行性,以期促进临床对产前诊断指征的准确把控,为产前诊断提供更准确的遗传咨询。方法回顾性分析潍坊市妇幼保健院2018~2020年共582例高危妊娠产前羊水的CMA检测结果,从多个角度分析临床指征与CMA阳性诊断率的相关性。结果582例高危妊娠产前羊水共检出86例致病性变异,占比14.78%。其中50例常染色体非整倍体异常和大片段(≥10 Mb)异常病例与传统核型分析(≥10Mb)检出一致;此外,相较于核型分析,CMA诊断阳性率提升3.26%(19/582)。高危妊娠孕妇的CMA诊断率最高的临床指征为高龄和无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)高风险,共占52.63%;其次为血清学筛查高风险(15.38%)和B超异常(15%)。NIPT检出的173例异常病例中,CMA共确诊40例,其中真阳性率最高的异常类型为性染色体异常。B超异常的300例样本中胸腹部异常(40%)、胎儿生长受限(37.5%)、肠管异常(27.27%)、脉络丛囊肿(22.22%)和胎儿颈项透明层厚度(nuchal translucency,NT)异常(21.28%)的CMA检出率较高。435例随访病例中,非整倍体异常43例,占比9.89%;致病拷贝数变异(pathogenic copy number variation,pCNV)27例,占比6.21%;临床意义未明变异(variants of uncertain significance,VOUS)42例,占比9.66%。结论与传统核型分析相比,CMA进一步提高了染色体异常的检出率;结合高危妊娠孕妇的临床结局,应慎重把握行侵入性产前诊断的临床指征,并充分做好遗传咨询,通过产前诊断达到优生优育的目的。

摘要： 相较于传统核型分析,染色体微阵列分析(CMA)作为新的遗传学分析技术,其优势在于高通量、高分辨率及可自动化检测,且不需要组织培养,检测周期更短。同时,CMA能够检测出染色体微缺失/微重复,其结果客观精准,使染色体变异的检出率和诊断率获得明显提高,因此已逐步被广泛应用于胎儿染色体疾病的检测中。然而,通过CMA检出的大多数拷贝数变异(CNV)并不具有明确的临床意义,这为CMA的遗传咨询带来了问题和挑战。本文将对CMA的检测原理及其临床应用、进展等进行综述。

摘要： 目的:探讨妊娠中期高危因素孕妇染色体微阵列分析(CMA)联合产前超声筛查诊断胎儿鼻骨缺失/发育不良价值.方法:2014年1月—2021年1月本院产前检查高危因素孕妇80例,行羊水CMA核型筛查及超声胎儿颈项透明层厚度(NT)异常筛查,分析两种方法诊断胎儿鼻骨缺失/发育不良效能.结果:80例中检出CMA核型异常7例(8.8%),其中arr[hg19]5q23.1(118,253,123-120,744,968)×3,2.4Mb变异2例,arr[hg19]15q13.3(31,967,496-32,444,043)×11例,476.5kb、arr[hg19]16q23.3(83,741,751-84,087,310)×3,345.5Kb1例,arr[hg19]15q11.2(24,940,792-25,282,886)×3,342kb3例,CMA检查联合超声NT检测诊断鼻骨缺失/发育不良效能较高(曲线下面积0.923),特异度达97.4%.结论:CMA技术联合产前超声NT检测筛查高危因素孕妇妊娠中期胎儿鼻骨缺失/发育不良具有较高诊断价值.

摘要： 目的本研究旨在评估染色体微阵列分析在检测高龄孕妇(有无合并其他高危因素)胎儿染色体异常方面的价值。方法收集498例接受染色体微阵列分析的单胎高龄孕妇,根据孕期是否合并其他高危因素,将患者分为单纯高龄组和非单纯高龄组。采集患者的一般资料与染色体结果进行分析。结果非单纯高龄孕妇的总体胎儿染色体异常率与染色体数目异常率均明显高于单纯高龄组,非单纯高龄孕妇组中进一步发现合并NIPT异常、超声结构异常、不良接触史及不良孕育史的孕妇胎儿染色体异常率较高。结论针对合并其他高危因素的高龄孕妇,医生应强烈建议其行侵入性产前诊断,明确胎儿染色体状态。

摘要： 背景无创产前筛查针对胎儿非整倍体的筛查效率明显高于传统的血清学筛查方式,本研究试图获得真实的无创产前基因检测(NIPT)筛查染色体非整倍体及染色体拷贝数变异(CNVs)的阳性预测值(PPV)数据,并初步探讨孕妇对于性染色体非整倍体及染色体微缺失、微重复胎儿的妊娠选择。目的评估应用胎儿染色体核型分析、染色体微阵列分析(CMA)明确NIPT筛查提示高风险病例的临床意义。方法选择2014-01-01至2018-12-31就诊于河北省人民医院生殖遗传科,经无创产前筛查提示胎儿染色体非整倍体高风险以及胎儿CNVs高风险而需进行产前诊断的528例孕妇为研究对象。经羊膜腔穿刺或脐静脉穿刺获取胎儿细胞,进行染色体核型分析、CMA的产前诊断。对所有分娩病例在1年内进行电话随访,记录其妊娠结局。结果NIPT提示528例胎儿中447例为染色体非整倍体高风险,产前诊断的PPV分别为21-三体82.86%(174/210)、18-三体51.52%(34/66)、13-三体12.50%(4/32)、性染色体非整倍体50.82%(62/122)、其他类型三体5.88%(1/17)。NIPT提示81例为CNVs高风险,CMA发现拷贝数变异28例(PPV为34.57%),CMA有明确致病意义者占24.69%(20/81)。<35岁和≥35岁孕妇经产前诊断明确结果异常的比例分别为48.51%(147/303)、70.22%(158/225),<35岁和≥35岁孕妇产前诊断结果异常率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=24.938,P<0.05)。62例确诊为胎儿性染色体非整倍体的孕妇中,继续妊娠率为20.97%(13/62);CMA无明确意义8例,其中1例失访、7例选择继续妊娠(1例婴儿具体情况未告知;1例女婴,双手为六指;余5例婴儿发育正常)。结论本研究获得了真实的NIPT筛查染色体非整倍体及CNVs的PPV数据和妊娠结局随访情况,为临床遗传咨询及处理提供了可靠的依据;无创高风险提示染色体存在可疑异常(染色体偏多/偏少/微缺失/微重复)时,建议同时行染色体核型及CMA检查,以便发现染色体倒位、平衡易位、低比例嵌合以及某些形态上的异常,提高胎儿染色体异常的检出率。

摘要： 目的应用染色体微阵列分析(CMA)技术在全基因组水平分析先天性心脏病(CHD)胎儿的遗传学病因,探索CMA技术在CHD胎儿致病基因检测中的临床应用价值。方法选取216例经胎儿超声心动图确诊为CHD胎儿的羊水或者脐血标本进行常规染色体核型分析,所有标本同时增加CMA检测,应用相关生物信息学数据库对结果进行分析,并随访胎儿的妊娠结局。结果在216例CHD胎儿中,染色体异常检出率为8.80%(19/216),CMA检测显示致病性染色体拷贝数变异(CNV)的检出率为14.35%(31/216)。根据结构畸形情况分成3组:单一心脏结构畸形组(Ⅰ组91例)、多发心脏结构畸形组(Ⅱ组66例)、心内合并心外结构畸形组(Ⅲ组59例)。3组胎儿染色体异常检出率分别为:Ⅰ组6.59%(6/91)、Ⅱ组9.09%(6/66)、Ⅲ组11.86%(7/59),差异无统计学意义(P>0.05);3组胎儿CMA致病性CNV检出率分别为:Ⅰ组8.79%(8/91)、Ⅱ组13.64%(9/66)、Ⅲ组23.73%(14/59),差异无统计学意义(P>0.05);在197例染色体正常的CHD胎儿中,CMA额外检测到14例异常,可将CHD胎儿的遗传学病因检出率提高7.11%。结论在常规染色体核型分析基础上增加CMA检测,可以提高CHD胎儿的遗传学病因检出率,为评估CHD胎儿的远期预后提供科学依据。

摘要： 目的 回顾性分析胎儿颈后透明层(NT)厚度在其分布的第95百分位数(P_(95))至2.9 mm之间病例的产前遗传学检测结果,探讨是否可将NT厚度在其分布的P_(95)作为产前遗传学检测的切割值。方法 回顾性分析2017年1月1日至2021年8月31日在北京协和医院就诊、妊娠11~13;周行超声检查提示胎儿NT厚度介于其分布的P_(95)至2.9 mm之间的115例孕妇的临床资料,根据超声检查是否合并其它异常,将纳入患者分为孤立性NT增厚组(99例)和非孤立性NT增厚组(16例)。所有患者均行产前染色体核型分析及染色体微阵列分析(CMA)检测,记录并分析两组患者的一般资料及产前遗传学诊断结果。结果 115例患者平均年龄为(32.3±3.9)岁。99例孤立性NT增厚患者中,有3例(3.03%)通过染色体核型分析和CMA检测均检出异常,其中2例21三体,孕妇选择终止妊娠;1例47,XXX,对孕妇及其家属进行相应遗传咨询后,孕妇选择继续妊娠。16例非孤立性NT增厚患者中,有3例通过核型分析和CMA检测均检出异常,均为18三体,占18.75%(3/16);有1例仅通过CMA检测检出致病性拷贝数变异(pCNV),pCNV检出率占6.25%(1/16)。这4例胎儿均行引产。结论 当胎儿NT增厚在其分布的P_(95)至2.9 mm之间时,胎儿染色体异常风险增加,建议将其作为NT增厚的切割值,对孕妇进行产前遗传学检测;尤其是当NT增厚为非孤立性表现时,胎儿染色体非整倍体及pCNV风险均升高,产前遗传学检测的方案应包含CMA检测。

摘要： 目的探讨羊水染色体核型分析联合染色体微阵列分析(CMA)在产前诊断中的临床价值。方法选择2006年4月至2020年8月5624例在常州市妇幼保健院进行羊水穿刺产前诊断的孕妇作为研究对象。对诊断结果进行回顾性分析,并对核型分析和CMA 2种方法进行比较。结果共检出异常结果515例,总异常率为9.25%。主要产前诊断指征为血清学高风险和高龄。高龄合并无创产前DNA检测(NIPT)高风险的异常检出率最高,达78.57%。CMA技术提高了3.50%的额外致病性检出率(51/1457)。结论当孕妇指征为NIPT高风险或合并2项及以上指征时阳性检出率极高,临床医生应充分告知其风险,推荐羊水核型联合CMA作为产前诊断的方法,为临床提供更全面的诊断依据。

摘要： 目的：结合产前超声诊断评价染色体微阵列分析(CMA)在Dandy-Walker综合征胎儿病因解释及产前咨询中的应用价值. 方法：选取2011年12月至2015年12月在首都医科大学附属北京妇产医院超声科行超声检查提示为典型或变异型Dandy-Walker综合征的胎儿12例行CMA检测,终止妊娠者行胎儿病理检查. 结果：超声检查提示并经病理尸检证实为Dandy-Walker综合征胎儿12例,单发2例,合并其他畸形10例,其中合并其他中枢神经系统畸形7例,合并唇腭裂畸形4例.超声检查提示典型Dandy-Walker综合征4例、变异型8例.CMA检测结果显示6例(包括典型2例和变异型4例)存在与临床表型相关的可能致病性拷贝数变异,1例存在不明确临床意义的拷贝数变异,1例Y染色体异常,4例未发现异常。 结论：Dandy-Walker综合征容易合并神经系统畸形及唇腭裂畸形,产前CMA对典型及变异型Dandy-Walker综合征的病因解释及产前咨询均具有一定价值。

摘要： 一种染色体核型分析中染色体分割方法：采用高倍镜图像和高倍镜图像的掩膜图像对搭建的染色体初级分割网络进行训练，得到染色体初级分割模型；对搭建的二级重叠染色体分割网络进行训练，得到二级重叠染色体分割模型；用染色体初级分割模型对高倍镜图像进行初级分割，并提取染色体掩膜图像；使用二级重叠染色体分割模型对包含重叠染色体的高倍镜区域图像中的重叠染色体进行二级分割，得到只包含重叠染色体中的单条染色体的掩膜图像，即为包含重叠染色体的高倍镜区域图像中重叠染色体的最终分割结果；获取高倍镜图像中染色体的最终分割结果。本发明大幅度提高了单条染色体分割的准确率。本发明由于不需要人工辅助，节省了人力和时间。

摘要： 本申请公开了一种染色体分割方法、装置、染色体分析仪及存储介质，其中，该方法包括：对原图像进行图像处理，获得所述原图像对应的掩码图像，所述原图像中包含交叉染色体；对所述掩码图像进行图像骨架提取，获得骨架图像；根据所述骨架图像中各个像素点的像素值，确定骨架上的目标像素点，所述目标像素点对应所述原图像中交叉染色体的交叉点；确定所述原图像中交叉染色体对应的多个轮廓关键点；根据所述交叉点与多个所述轮廓关键点，确定所述原图像中交叉染色体的分割点；基于所述分割点，对所述原图像中的交叉染色体进行分割，实现了染色体准确分割，因此提高了染色体分析的准确性。

摘要： 本发明公开一种染色体图像拼接方法及染色体核型分析方法，染色体图像拼接方法包括：读入两条不同染色体的图像，将各染色体片段分割出来，对齐不同染色体片段的切割面，根据切割面将不同染色体连接起来，再用自编码网络对连接后的染色体进行重构，重构后复原非连接区域的染色体，得到拼接后的染色体。与现有技术相比，本发明通过神经网络和图像处理方法对染色体图像进行拼接处理，能快速形成异常染色体参考图像，辅助医生进行异常类型判断，从而降低医生的诊断难度，提高诊断的准确性。

摘要： 本发明提供一种基于染色体微阵列的ROH数据分析系统，包括依次连接的ROH数据采集及筛选模块、计算模块和检索及分析模块1～4；ROH数据采集及筛选模块，用于采集下机数据并筛选出≥5Mb的ROH；计算模块，用于计算≥5Mb的ROH的总长占所有常染色体长度总和的比值；检索及分析模块1，用于对来自计算模块的ROH进行检索及分析；检索及分析模块2，用于对来自模块1的ROH进行检索及分析；检索及分析模块3，用于对来自模块2的ROH进行检索及分析；检索及分析模块4，用于对来自模块3的ROH进行检索及分析。本发明不仅适用于染色体微阵列ROH数据分析，也适用于其他检测技术，如STR和WGS检出的ROH数据分析。

摘要： 本发明实施例公开了一种染色体微阵列数据的分析方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：获取染色体微阵列数据，并根据设定标准对染色体微阵列数据进行筛选，获得目标染色体微阵列数据；根据染色体信息将目标染色体阵列数据转化为第一设定位数代码；将第一设定位数代码输入病理性数据库和/或良性数据库进行匹配；若匹配成功，则根据匹配结果获取第一分析报告；若匹配不成功，则根据染色体信息将目标染色体阵列数据转化为第二设定位数代码；将第二设定位数代码输入可疑致病数据库和/或可疑良性数据库进行匹配，并根据匹配结果获取第二分析报告。本发明实施例提供的染色体微阵列数据的分析方法，可以提高染色体微阵列数据的分析效率。

摘要： 在制作微阵列等各种阵列时，将从任意生物中得到的多种类生物物质、或与生物物质相互作用的合成物质在载体上按照，与各生物物质相对应的各个碱基序列块在染色体上的排列顺序可以确认的方式进行规则的排列、固定。上述生物物质可以是DNA等的核酸、蛋白质等的多肽；上述合成物质可以是与这些物质反应的化合物。这样，通过规定在载体上被固定的生物物质、合成物质的排列顺序，可用于例如生物的品种改良时的挑选等。

摘要： 本发明公开一种染色体图像拼接方法及染色体核型分析方法，染色体图像拼接方法包括：读入两条不同染色体的图像，将各染色体片段分割出来，对齐不同染色体片段的切割面，根据切割面将不同染色体连接起来，再用自编码网络对连接后的染色体进行重构，重构后复原非连接区域的染色体，得到拼接后的染色体。与现有技术相比，本发明通过神经网络和图像处理方法对染色体图像进行拼接处理，能快速形成异常染色体参考图像，辅助医生进行异常类型判断，从而降低医生的诊断难度，提高诊断的准确性。

摘要： 本申请提供了一种染色体核型图像质量评估方法、染色体分析仪和存储介质，通过根据预设的轮廓检测算法从染色体核型图像中提取染色体轮廓；并对各所述染色体轮廓进行离散度分析，得到各类簇染色体的第一数目和非簇染色体的第二数目后，对各所述非簇染色体进行显带清晰度分析，得到所述染色体核型图像的显带清晰度；实现根据所述染色体核型图像的显带清晰度，确定所述染色体核型图像的质量。实现了采用图像处理技术获取染色体核型图像中的各类簇染色体数目和染色体核型图像的显带清晰度，进而根据各类簇染色体数目和染色体核型图像的显带清晰度对染色体核型图像质量进行评估，能有效降低后续染色体核型分析的难度及提高分析的准确度。

摘要： 一种染色体核型分析中染色体分割方法：采用高倍镜图像和高倍镜图像的掩膜图像对搭建的染色体初级分割网络进行训练，得到染色体初级分割模型；对搭建的二级重叠染色体分割网络进行训练，得到二级重叠染色体分割模型；用染色体初级分割模型对高倍镜图像进行初级分割，并提取染色体掩膜图像；使用二级重叠染色体分割模型对包含重叠染色体的高倍镜区域图像中的重叠染色体进行二级分割，得到只包含重叠染色体中的单条染色体的掩膜图像，即为包含重叠染色体的高倍镜区域图像中重叠染色体的最终分割结果；获取高倍镜图像中染色体的最终分割结果。本发明大幅度提高了单条染色体分割的准确率。本发明由于不需要人工辅助，节省了人力和时间。

摘要： 本申请公开了一种染色体分割方法、装置、染色体分析仪及存储介质，其中，该方法包括：对原图像进行图像处理，获得所述原图像对应的掩码图像，所述原图像中包含交叉染色体；对所述掩码图像进行图像骨架提取，获得骨架图像；根据所述骨架图像中各个像素点的像素值，确定骨架上的目标像素点，所述目标像素点对应所述原图像中交叉染色体的交叉点；确定所述原图像中交叉染色体对应的多个轮廓关键点；根据所述交叉点与多个所述轮廓关键点，确定所述原图像中交叉染色体的分割点；基于所述分割点，对所述原图像中的交叉染色体进行分割，实现了染色体准确分割，因此提高了染色体分析的准确性。