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生物信息分析

生物信息分析的相关文献在2005年到2022年内共计205篇,主要集中在肿瘤学、分子生物学、基础医学 等领域,其中期刊论文147篇、会议论文6篇、专利文献824736篇;相关期刊117种,包括生物技术通报、风湿病与关节炎、中国人兽共患病学报等; 相关会议4种,包括中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会、中国园艺学会观赏园艺专业委员会2012年学术年会、2010年全国养羊生产与学术研讨会等;生物信息分析的相关文献由751位作者贡献,包括梁江、卢云、徐宇等。

生物信息分析—发文量

期刊论文>

论文:147 占比:0.02%

会议论文>

论文:6 占比:0.00%

专利文献>

论文:824736 占比:99.98%

总计:824889篇

生物信息分析—发文趋势图

生物信息分析

-研究学者

  • 梁江
  • 卢云
  • 徐宇
  • 周荣艳
  • 张磊
  • 李祥龙
  • 王勇
  • 赵车冬
  • 陈葳
  • 黄维琛
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

作者

    • 郭江玲; 尚蕾; 李万水; 丁光树; 杨帆; 孙敬; 孙辉; 张更谦
    • 摘要: 二代测序相较于毛细管电泳技术(capillary electrophoresis, CE),以其体系中可容纳更多的基因座而在法医学实践中更具潜力和价值。MiSeq FGx^(TM)系统是专为法医学设计研发的一个测序平台,其配套试剂盒Forenseq DNA Signature Prep kit具有较高的灵敏度和准确度。本实验利用该试剂盒对41份家系样本进行测序,结果发现,58个STR基因座中有26个基因座出现了等位基因亚型,等位基因总数目增加了79个;与CE一致性上,有1份样本在DYS392基因座出现缺失,推测应与试剂盒引物扩增效率有关,另外还有8份样本在DXS7132基因座出现与CE不一致的情况,通过Sanger测序以及使用其他软件分析后,排除扩增失败,确认是生物信息分析问题。实验证明,二代测序相比于毛细管电泳技术有很多优势,不过目前在数据分析方面还存在一些问题,需要不断优化完善所涉及的生物信息分析方法。随着未来相关技术与标准的不断完善,二代测序会逐渐应用于法医学实践中。
    • 操利超; 巴颖; 张核子
    • 摘要: 近年来,高通量测序技术(Next-generation sequencing, NGS)快速发展,已广泛应用于生命科学各个领域,但传统的混合细胞测序(Bulk cell sequencing)检测的是细胞群体的总平均反应,无法反应每个细胞的真实情况,这会影响研究者对细胞功能认知的准确性。单细胞测序技术(Single cell sequencing, sc-Seq)的出现,从一定程度上解决了传统测序固有的缺陷。单细胞测序是针对单个细胞的RNA或DNA进行测序,能够准确测出单个细胞的基因结构和表达状态,从而分析相同表型细胞的异质性。本文首先介绍单细胞测序的原理、测序类型和测序平台,有助于理解单细胞测序和在进行科研项目时设计合适的项目方案。进一步介绍单细胞转录组测序的分析流程和各种常用的分析工具或软件,并重点阐述单细胞转录组测序分析中的细胞聚类和拟时序分析的原理和研究进展,为进行单细胞转录组测序数据分析提供参考。最后,本文简述了单细胞测序研究热度、单细胞测序的应用、挑战和展望等,有助于更全面地认识单细胞测序。
    • 谭晶; 栾海艳; 张慧明; 王琳; 王李鸣; 郑小鹏; 孙跞; 单洪超; 江智慧; 辛华
    • 摘要: 目的:利用生物信息学方法分析参与肾小管上皮细胞(HK-2)相关的候选基因及其潜在机制。方法:数据来源于NCBI的Gene Expression Omnibus数据库,下载编号为“GSE30122”、“GSE142153”的芯片数据。本研究使用R语言中GEO query包下载GEO芯片矩阵及临床信息,采用stringr、dplyr及limma等程序包对基因芯片数据进行质量分析。识别相关差异表达基因,然后对这些差异表达基因进行KEGG通路富集分析。结果:通过差异分析,共得到251个差异基因,其中上调基因174个,下调基因77个。结论:对差异基因进行KEGG富集分析,共得到37条KEGG通路富集结果,发病机制与Rheumatoid arthritis、Pertussis、NF-kappa B信号通路、Complement and coagulation cascades、Staphylococcus aureus infection信号通路等有关。糖尿病肾病发病是由多途径造成的,这也为临床医生提供了其潜在的治疗手段。
    • 吕义品; 梁楠松; 宋婷婷; 崔靖弘; 于磊; 詹亚光
    • 摘要: 【目的】探究水曲柳光敏色素互作因子(FmPIFs)在激素调控与非生物胁迫应答过程中的重要作用,为揭示水曲柳抗逆分子机制和制定林木遗传育种策略提供理论依据。【方法】在水曲柳中克隆FmPIFs基因,并对其基因结构、蛋白质理化性质、保守基序、系统进化关系等进行生物信息学分析。采用qRT-PCR方法分析水曲柳中FmPIFs基因在不同组织及不同激素与胁迫条件下的表达模式。【结果】获得5个水曲柳FmPIFs基因家族成员,分别命名为FmPIF1、FmPIF3、FmPIF4、FmPIF7和FmPIF8,其对应的蛋白均为亲水性不稳定蛋白,全部定位在细胞核内。多序列比对结果表明FmPIFs均存在APB保守结构域,成员FmPIF1与FmPIF3存在特有的APA结构域。组织特异性分析显示FmPIFs均在叶中表达量最高,其中成员FmPIF8表达量最高,为对照的3.96倍;但在茎中少量表达,茎中表达量最高的是FmPIF3,仅是对照的0.21倍;而在根中表达量均极低。胁迫响应分析表明,FmPIFs正调控水曲柳植株盐、碱和干旱胁迫抗性,而对植株抗寒性起负调控作用,其中成员FmPIF3对寒冷及盐胁迫明显响应,FmPIF8在碱胁迫下表达量明显上调,FmPIF1在干旱胁迫下表达量明显上调。在激素响应结果中,FmPIFs对脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)和赤霉素(GA_(3))的响应较为一致,而对生长素(IAA)和茉莉酸甲酯(MeJA)的响应存在差异。FmPIF1在施加MeJA后剧烈应答且表达量显著上调,FmPIF7在SA处理后表达量明显上调,FmPIF3和FmPIF4在GA3处理后表达量明显上调。【结论】FmPIFs各成员在基因及蛋白结构上表现出较高的一致性。RT-qPCR结果表明,FmPIFs在水曲柳叶片中表达量最高。在盐、碱、干旱和寒冷胁迫下,FmPIFs被诱导表达,且大部分表达模式相似。FmPIFs也在水曲柳响应IAA、ABA、MeJA、SA、GA3激素调控过程中发挥重要作用。
    • 聂红毅; 郭永康; 郑秋岚; 曾何泉
    • 摘要: 在昆虫的气味感知和转运过程中,作为运送气味分子载体的气味结合蛋白发挥着不可或缺的作用.但是气味结合蛋白在蜜蜂哺育蜂中的功能尚未报道.克隆了西方蜜蜂AmOBP17基因中的CDS序列,并对其进行生物信息分析;通过前期的转录组数据分析该基因不同发育时期和组织表达谱.克隆结果显示:AmOBP17基因CDS全长为408 bp,包含1个信息素/普通气味结合蛋白结构域和6个保守的半胱氨酸残基.结合生物信息学分析发现该蛋白存在1个Sec/SPI类型的信号肽;第18、66位存在潜在的苏氨酸N磷酸化位点,第126位存在潜在的酪氨酸N磷酸化位点,第84位存在潜在的O糖基化位点.时期表达谱显示:AmOBP17基因在卵期、幼虫期及蛹前期基本不表达,而在刚出房和哺育蜂中表达量较高,尤其在哺育蜂中达到最大峰值;脑部、上颚腺和咽下腺的转录组学表明:AmOBP17基因在哺育蜂脑部和上颚腺中的表达量显著高于相同日龄(10日龄和21日龄)采集蜂脑部和上颚腺中的表达量;该基因在哺育蜂咽下腺中的表达量也高于相同日龄(10日龄和21日龄)采集蜂咽下腺中的表达量,其中21日龄哺育蜂咽下腺中的表达量显著高于21日龄采集蜂咽下腺中的表达量,表明在西方蜜蜂哺育行为中,AmOBP17基因发挥着重要的作用.本研究成果为进一步探索AmOBP17基因的功能提供了理论支撑,也为蜜蜂哺育行为的研究提供了新的视角.
    • 罗锦琳; 童璐; 邹联洪; 范培芝
    • 摘要: 目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)对甲状腺乳头状癌细胞增殖的影响及相关分子机制。方法:采用慢病毒感染的方法敲低甲状腺乳头状癌细胞TPC-1和BCPAP中FN1的表达,通过CCK8实验证明FN1对甲状腺乳头状癌增殖的影响;采用三代测序技术对FN1敲低的TPC-1细胞及其对照组进行全长转录组测序,筛选差异表达基因,使用BMKCloud在线分析软件对差异基因行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库对筛选出的差异表达基因进行蛋白互作网络分析。结果:敲低FN1能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖;FN1敲低后与对照组转录本的表达差异明显,GO功能富集显示差异转录本主要集中在细胞过程、细胞部分的组成、细胞黏附功能、催化活性功能,在KEGG富集上显示在HIF-1信号途径、糖酵解、碳代谢富集明显,PPI结果显示FN1和HSPA8是关键蛋白。结论:本研究通过细胞实验证明敲低FN1的表达能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖,测序及生物信息学分析为后续甲状腺乳头状癌诊断及靶向治疗的进一步研究提供数据支持。
    • 丁祥青; 胡敏杰; 向双; 赖兴凯; 乐易迅; 刘仲健; 邹双全
    • 摘要: WRKY蛋白在植物胁迫响应和应答过程中发挥着重要作用。秋茄生长环境恶劣,生存压力使其进化出极强的胁迫响应能力,对各种胁迫的响应是决定秋茄逆境生存的重要因素。目前,关于秋茄WRKY基因家族的研究报道较少。对秋茄WRKY基因家族进行全面的研究,共鉴定出71个KcWRKY基因。结构域分析和进化分析结果表明,KcWRKY基因高度保守且分为3组。保守基序分析结果表明,同组的KcWRKY基因基序分布一致而组间差异显著,说明同组的KcWRKY基因可能具有相似的功能。染色体定位和复制关系表明,71个KcWRKY基因不均匀分布在秋茄基因组18条染色体上,存在4对串联重复基因和大量片段复制基因,这些基因可能在秋茄胁迫响应进化历程中发挥了重要作用。根据KcWRKY基因在不同器官的表达模式推测KcWRKY71参与调节编码线粒体和叶绿体蛋白的胁迫响应,KcWRKY66参与秋茄叶和果衰老的调节。本研究揭示了秋茄WRKY转录因子的基本结构与性质,研究结果能为后续深入研究秋茄WRKY转录因子的功能奠定基础。
    • 周丽霞; 杨蒙迪; 曹红星; 杨耀东
    • 摘要: 【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR蛋白结构域分析,剔除无保守结构域的序列,最后利用生物信息学软件对油棕SAUR基因家族成员进行可视化分析。【结果】从油棕全基因组中共鉴定出40个SAUR基因家族成员(EgSAUR1~EgSAUR40),有31个基因在油棕14条染色体上呈不均匀分布,其中4号染色体上分布的基因最多为7个;除EgSAUR14和EgSAUR24基因含有2个外显子外,其余38个基因均仅含1个外显子,无内含子。40个EgSAURs蛋白亚细胞定位于细胞核,其二级结构均由α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链组成,以无规卷曲和α-螺旋所占比例较高,其中有11个EgSAURs蛋白呈酸性,29个EgSAURs蛋白呈碱性。40个油棕SAUR蛋白被划分为四大类,其中第Ⅰ(除EgSAUR27蛋白外)、Ⅱ(除EgSAUR3和EgSAUR22外)、Ⅲ、Ⅳ类蛋白均有Auxin_inducible保守结构域。40个EgSAURs蛋白共含10种保守基序(Motif),其中Motif 2存在于所有基因成员中。在花中特异表达的EgSAURs基因(EgSAUR4、EgSAUR9、EgSAUR10、EgSAUR24、EgSAUR29、EgSAUR30、EgSAUR32和EgSAUR33)数量最多,其次为根、茎和叶,在中果皮中特异表达的基因数最少。【结论】基因重复和组织表达特异性是油棕SAUR家族基因的两大特点,推测该家族基因对油棕花的生长发育及授粉受精过程发挥调控作用。
    • 高扬; 田龙龙; 毕春花
    • 摘要: 目的:挖掘类风湿关节炎的潜在基因标志物,探究类风湿关节炎的免疫浸润情况,为进一步阐明类风湿关节炎的发生发展提供方向,并指导临床治疗。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE55235基因集,获得RA和健康样本之间的差异表达基因(DEGs)。用R软件进行DEGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。我们还进行基因集富集分析(GSEA)以进一步了解基因的功能,并利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建基因共表达网络,并确定最重要的模块。并运用Cytoscape软件构建蛋白互作网络,筛选出位于Top 5的关键基因。建立临床预测模型对得到的关键基因进行验证。最后,使用R软件的“e1071”,“CIBERSORT”和“parallel”包来分析疾病的免疫细胞浸润模式。结果:总共筛选了5个在RA的发生发展中最具重要意义差异基因(IGLJ3、IGHM、IGKC、IGLV1-44、GUSBP11)。生物功能分析确定了RA中的关键相关通路、基因模块和共表达网络。免疫浸润分析发现,CD8阳性T淋巴细胞和浆细胞浸润增加,CD4阳性的静息记忆T淋巴细胞和活性肥大细胞浸润减少可能与RA的发生有关。结论:IGLJ3、IGHM、IGKC、IGLV1-44、GUSBP11基因在RA的发生发展中具有重要作用,这将有助于确定RA的新型诊断标志物和治疗靶点,也为后续的发病机制研究提供可靠的依据和全新的视角。
    • 摘要: 植物与病原物之间的互作一直是植物病理学研究的热点之一,为植物抗病调控机制的解析和抗病育种奠定了理论基础。水稻与稻癌病菌互作研究,目前虽已取得巨大的进展,但仍缺乏系统认知,这也影响到相关抗病基因的育种应用。本研究通过水稻稻癌病基因组学的生物信息分析,开发了含Piz和Pik基因座功能基因的标记并用其创制抗稻癌病水稻新材料,通过转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组的数据分析,筛选出抗稻癌病关键基因、蛋白质及代谢通路,为水稻稻癌病抗性育种提供重要参考。
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