循环肿瘤DNA

摘要： 肺癌是世界上致死率最高的恶性肿瘤之一,治疗后复发是其难以攻克的主要原因。微小残留疾病(MRD)作为实体瘤复发的“桥头堡”,被描述为治疗原发肿瘤后,在没有任何癌症临床症状的情况下,患者的生物液体中仍然存在游离的循环肿瘤细胞或其他肿瘤细胞衍生物。2021年中国达成了首个“肺癌MRD的检测和临床应用共识”,旨在通过液体活检监测以评估肺癌患者MRD状态,进而完善其术后个体化治疗。本文综述了几种热点液体(外周血、尿液、唾液、痰液、胸腔积液)标本在肺癌MRD检测中的进展,并探讨其指导肺癌MRD精准治疗的应用价值。

摘要： 肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系常见的肿瘤之一,肾脏肿瘤发病率在全美男性及女性分别排名第7、8位,近5年呈持续上升趋势[1]。在我国,RCC同样呈现明显增长的趋势[2]。早期诊断及治疗对肿瘤的控制尤为重要,随着精准医学时代的来临,传统影像学检查方法再也无法满足新的需求,液体活检的价值逐渐提高,循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)检测技术提供了新的思路。

摘要： 目的探讨二代测序技术检测血浆循环肿瘤DNA(ctDNA)中表皮生长因子受体(EGFR)突变状态在内蒙古地区晚期肺腺癌病人中的应用价值。方法分析内蒙古自治区人民医院2016年11月至2017年12月符合条件的50例晚期肺腺癌病人,采用突变阻滞扩增系统PCR(ARMS-PCR)法检测组织样本、二代测序技术检测血浆ctDNA中EGFR突变情况,比较两种检测方法的一致性,并以组织检测作为金标准,评价二代测序技术的有效性。结果以组织检测结果为金标准,血浆ctDNA中EGFR突变检测的灵敏度为96%,特异度为68%,一致率为84%。结论基于二代测序的血浆EGFR突变检测与组织样本检测具有较好的一致性(Kappa=0.66,P=0.001),可以通过二代测序技术来反映晚期肺腺癌病人的EGFR突变情况。

摘要： 目的探究循环肿瘤细胞(CTC)在晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的动态变化及其在疗效评价和预后评估中的作用。方法收集80例晚期NSCLC血样,血样分别采集治疗开始前1 d(基线)、顺铂联合多西他赛治疗结束后1个月,通过动态分析CTC对患者治疗疗效及远期预后的作用。结果两组一般资料无统计学差异(P>0.05)。治疗前,CTC阴性组较阳性组无进展生存期(PFS)长,差异有统计学意义(P=0.0013),治疗后,两组差异有计学意义(P=0.0058)。治疗前后循环肿瘤细胞数目降低或稳定组较CTC增加组具有更长的无进展生存率(P=0.021)。结论CTC动态监测与临床疗效评价相关,对预测晚期NSCLC患者的临床预后和指导临床治疗具有潜在的应用价值。

摘要： 子宫内膜癌是常见的女性生殖系统恶性肿瘤之一。大多数子宫内膜癌可以早期诊断,预后良好,但是晚期和复发性子宫内膜癌预后不佳。液体活检作为无侵袭性的肿瘤标本获取方式,具有无创和可重复获取等优点,目前已经批准应用于多种恶性肿瘤的诊治过程。目前液体活检在子宫内膜癌的早期诊断、风险分层、治疗选择和实时疾病监测等方面也有相关的研究和应用,并且具有很好的发展前景。

摘要： 随着基因检测技术的发展,通过外周血对血液中循环细胞游离DNA(cf DNA)的检测日益便捷和低廉,为淋巴瘤患者疾病诊断、预后评估以及治疗后评估和疾病监测提供了新的选择。特别在靶向治疗时代,淋巴瘤分型和诊断越来越趋向于基于基因特征的分型,外周血cf DNA检测的优势日益凸显。

摘要： 目的:检测食管癌高发人群哈萨克族食管癌患者血浆游离DNA(cfDNA)中的p38MAPK基因并结合食管癌组织样本中p38MAPK蛋白的表达情况,探讨cfDNA中p38MAPK基因作为食管癌诊断新型分子标志物的意义。方法:收集20例哈萨克族食管癌患者手术治疗前、后的清晨空腹外周静脉血各10 mL及相对应患者术后组织的石蜡切片标本,10例健康哈萨克族人群的外周静脉血10 mL。离心柱吸附法提取cfDNA,直接PCR法检测cfDNA中的p38MAPK基因。免疫组织化学法检测患者术后组织中p38MAPK蛋白的表达情况并根据患者年龄、性别、分化程度、肿瘤最大径、T分期进行分组比较。结果:哈萨克族食管癌患者手术治疗前、后血液中cfDNA浓度均高于健康哈萨克族人群(P0.05);患者术后免疫组化检测结果显示p38MAPK蛋白在高、中分化组中的阳性表达率高于低分化组(χ^(2)=13.939,P2.5 cm组(χ^(2)=0.014,P0.05)。结论:食管癌高发人群血液中cfDNA浓度显著高于健康人群,提示cfDNA浓度可能用于早期食管癌筛查。哈萨克族食管癌患者血液cfDNA中p38MAPK基因检出率显著高于健康人群组,又提示cfDNA中p38MAPK基因可能作为诊断食管癌的非侵入性新型分子标志物。

摘要： 神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)是儿童最常见的颅外实体瘤,具有复发率高和生存率低的特点,因此,早期诊断、疗效评估和复发监测对NB患者至关重要。液体活检是指以血液为主的体液标本中细胞及核酸的检测,具有非侵入性并且可以克服肿瘤异质性,为实现NB的早期诊断及动态监测提供可能。该综述介绍了液体活检在NB中应用的最新临床研究进展。

摘要： 目的:探讨尿液中循环肿瘤DNA(circulating tumour DNA,ctDNA)水平在非肌层浸润性膀胱癌(non-muscle-invasive bladder cancer,NMIBC)术后预测复发及进展中的临床价值。方法:选取2017年06月至2019年06月在我院收治的膀胱癌患者96例,均接受经尿道膀胱肿瘤电切术(transurethral resection of bladder tumor,TURBT),且术后病检均证实为非肌层浸润性膀胱尿路上皮癌。根据术后病检结果分为两组:A组:高级别NMIBC患者46例,B组:低级别NMIBC患者50例。术后每个月测定患者尿液中ctDNA的水平,每3个月复查泌尿系彩超、膀胱镜及尿脱落细胞学检查,每6个月复查膀胱CT;所有患者术后均进行随访,随访期18个月,影像学或膀胱镜检查证实肿瘤临床复发或进展为肌层浸润性膀胱癌(muscle-invasive bladder cancer,MIBC)时即停止随访。结果:在随访期内共有62例患者通过膀胱镜检查或影像学手段证实肿瘤出现了复发或进展,其中A组有36例,B组有26例,两组间差异具有统计学意义(P0.05);两组共有63例患者在影像学及膀胱镜检查有异常之前首先从尿液中检测到了ctDNA,其中48例患者在之后的随诊复查中证实肿瘤出现了复发或进展;肿瘤进展组患者尿液中ctDNA水平显著高于复发组,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论:通过液态活检技术动态检测NMIBC术后患者尿液中ctDNA的水平,能更早地发现肿瘤的复发及进展,具有较高的特异性,而且与肿瘤进展存在一定的相关性,可能成为NMIBC术后辅助监测肿瘤早期复发或进展的新手段。

摘要： 近期,循环肿瘤DNA(ctDNA)检测和应用研究进展使得液体活检技术已进入临床实践。ctDNA作为晚期癌症患者特定分子靶向治疗的伴随诊断已有检测试剂盒获得美国食品药品监督管理局(FDA)和中国国家药品监督管理局(NMPA)批准。研究表明,ctDNA可应用于晚期患者治疗动态监控管理以评估治疗疗效和药物耐药机制等。此外,ctDNA的检测应用也从晚期向早期患者突破,如肿瘤早筛和术后患者微小残留病灶检测,ctDNA将成为卵巢癌精准诊疗潜在的研究和应用方向。本文讨论了ctDNA在卵巢癌中的研究应用进展以及未来趋势。

摘要： 在最初发现ctDNA后的几十年中，对ctDNA的生物学性质有了更深入的了解。随着灵敏度越来越高的检测平台的发展，ctDNA已经开始在肺癌治疗中发挥更加重要的作用。由于其可重复、无创伤、易获取的特性，ctDNA已被许多研究证明具有巨大的临床应用价值，包括早期诊断、评估治疗反应、监测肿瘤负荷、鉴定耐药性和早期发现复发等等。对于早期NSCLC，几项研究已经证实以ctDNA基因代表肿瘤DNA基因的可行性，并且已经有一些研究人员开始研究其临床应用。不过在将ctDNA用于临床实践之前，人们仍然面临许多挑战。为应对这些挑战，提议应使用标准化的方案和广泛认可的工作流程来检测ctDNA。此外，未来的研究需要获得更多的ctDNA相关生物学信息，以作为临床应用的理论基础。另外，未来还需要开发更敏感的ctDNA检测平台，并且需要控制成本。总体看来，ctDNA的检测技术将继续蓬勃发展，并在不久将来成为肺癌精准治疗的一部分。

摘要： 在最初发现ctDNA后的几十年中，对ctDNA的生物学性质有了更深入的了解。随着灵敏度越来越高的检测平台的发展，ctDNA已经开始在肺癌治疗中发挥更加重要的作用。由于其可重复、无创伤、易获取的特性，ctDNA已被许多研究证明具有巨大的临床应用价值，包括早期诊断、评估治疗反应、监测肿瘤负荷、鉴定耐药性和早期发现复发等等。对于早期NSCLC，几项研究已经证实以ctDNA基因代表肿瘤DNA基因的可行性，并且已经有一些研究人员开始研究其临床应用。不过在将ctDNA用于临床实践之前，人们仍然面临许多挑战。为应对这些挑战，提议应使用标准化的方案和广泛认可的工作流程来检测ctDNA。此外，未来的研究需要获得更多的ctDNA相关生物学信息，以作为临床应用的理论基础。另外，未来还需要开发更敏感的ctDNA检测平台，并且需要控制成本。总体看来，ctDNA的检测技术将继续蓬勃发展，并在不久将来成为肺癌精准治疗的一部分。

摘要： 在最初发现ctDNA后的几十年中，对ctDNA的生物学性质有了更深入的了解。随着灵敏度越来越高的检测平台的发展，ctDNA已经开始在肺癌治疗中发挥更加重要的作用。由于其可重复、无创伤、易获取的特性，ctDNA已被许多研究证明具有巨大的临床应用价值，包括早期诊断、评估治疗反应、监测肿瘤负荷、鉴定耐药性和早期发现复发等等。对于早期NSCLC，几项研究已经证实以ctDNA基因代表肿瘤DNA基因的可行性，并且已经有一些研究人员开始研究其临床应用。不过在将ctDNA用于临床实践之前，人们仍然面临许多挑战。为应对这些挑战，提议应使用标准化的方案和广泛认可的工作流程来检测ctDNA。此外，未来的研究需要获得更多的ctDNA相关生物学信息，以作为临床应用的理论基础。另外，未来还需要开发更敏感的ctDNA检测平台，并且需要控制成本。总体看来，ctDNA的检测技术将继续蓬勃发展，并在不久将来成为肺癌精准治疗的一部分。

摘要： 目前临床上常用的卵巢癌诊断方式是手术病理,但肿瘤异质性的存在,局部穿刺标本难以准确反映肿瘤的全貌,且随着肿瘤演变以及耐药基因的出现,仅依靠治疗前组织标本指导后续治疗可能会导致治疗的偏倚.循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体的检测并称"液体活检",其中循环肿瘤DNA来源于原发肿瘤或转移病灶,可及时反映肿瘤的发展情况,可以对癌症患者的治疗情况进行随时跟踪,确定用药方案或及时更换,作为非侵入性的、易获取标本的肿瘤检测方法,成为肿瘤研究的热点.在许多类型的恶性肿瘤中已经显示出液体活检在早期诊断、疗效监测以及预后判断的价值.重点对ctDNA机制及其卵巢癌早期诊治研究进展做一综述.

摘要： 目前临床上常用的卵巢癌诊断方式是手术病理,但肿瘤异质性的存在,局部穿刺标本难以准确反映肿瘤的全貌,且随着肿瘤演变以及耐药基因的出现,仅依靠治疗前组织标本指导后续治疗可能会导致治疗的偏倚.循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体的检测并称"液体活检",其中循环肿瘤DNA来源于原发肿瘤或转移病灶,可及时反映肿瘤的发展情况,可以对癌症患者的治疗情况进行随时跟踪,确定用药方案或及时更换,作为非侵入性的、易获取标本的肿瘤检测方法,成为肿瘤研究的热点.在许多类型的恶性肿瘤中已经显示出液体活检在早期诊断、疗效监测以及预后判断的价值.重点对ctDNA机制及其卵巢癌早期诊治研究进展做一综述.

摘要： 目前临床上常用的卵巢癌诊断方式是手术病理,但肿瘤异质性的存在,局部穿刺标本难以准确反映肿瘤的全貌,且随着肿瘤演变以及耐药基因的出现,仅依靠治疗前组织标本指导后续治疗可能会导致治疗的偏倚.循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体的检测并称"液体活检",其中循环肿瘤DNA来源于原发肿瘤或转移病灶,可及时反映肿瘤的发展情况,可以对癌症患者的治疗情况进行随时跟踪,确定用药方案或及时更换,作为非侵入性的、易获取标本的肿瘤检测方法,成为肿瘤研究的热点.在许多类型的恶性肿瘤中已经显示出液体活检在早期诊断、疗效监测以及预后判断的价值.重点对ctDNA机制及其卵巢癌早期诊治研究进展做一综述.

摘要： 目前临床上常用的卵巢癌诊断方式是手术病理,但肿瘤异质性的存在,局部穿刺标本难以准确反映肿瘤的全貌,且随着肿瘤演变以及耐药基因的出现,仅依靠治疗前组织标本指导后续治疗可能会导致治疗的偏倚.循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体的检测并称"液体活检",其中循环肿瘤DNA来源于原发肿瘤或转移病灶,可及时反映肿瘤的发展情况,可以对癌症患者的治疗情况进行随时跟踪,确定用药方案或及时更换,作为非侵入性的、易获取标本的肿瘤检测方法,成为肿瘤研究的热点.在许多类型的恶性肿瘤中已经显示出液体活检在早期诊断、疗效监测以及预后判断的价值.重点对ctDNA机制及其卵巢癌早期诊治研究进展做一综述.

摘要： 针对血液检测的临床应用，提出组织及细胞学标本是首选，血液标本作为补充，获取血标本的最佳时间在药物起效与游离DNA清除之间，适当病人可考虑用于动态检测，建议用血浆，不建议用血清，未来，积极引进适宜的分子诊断技术为患者提供个体化医疗 (精准医疗)的检测服务。重视多学科合作，关注液体活检(ctDNA,CTC、exosome)。

摘要： 针对血液检测的临床应用，提出组织及细胞学标本是首选，血液标本作为补充，获取血标本的最佳时间在药物起效与游离DNA清除之间，适当病人可考虑用于动态检测，建议用血浆，不建议用血清，未来，积极引进适宜的分子诊断技术为患者提供个体化医疗 (精准医疗)的检测服务。重视多学科合作，关注液体活检(ctDNA,CTC、exosome)。

摘要： 针对血液检测的临床应用，提出组织及细胞学标本是首选，血液标本作为补充，获取血标本的最佳时间在药物起效与游离DNA清除之间，适当病人可考虑用于动态检测，建议用血浆，不建议用血清，未来，积极引进适宜的分子诊断技术为患者提供个体化医疗 (精准医疗)的检测服务。重视多学科合作，关注液体活检(ctDNA,CTC、exosome)。

摘要： 本发明公开了一种用于游离循环肿瘤DNA提取的增强剂、提取外周血中游离循环肿瘤DNA的试剂盒及方法。其中，该增强剂包括：1μg/μL～5μg/μL Carrier RNA、1μg/μL～5μg/μL多聚腺苷酸、1μg/μL～5μg/μL糖原、0～5μg/μL线性丙烯酰胺、1μg/μL～5μg/μL酵母tRNA、2μg/μL～10μg/μL大马哈鱼精子DNA和/或鲱鱼精子DNA和水。本发明的用于游离循环肿瘤DNA(ctDNA)提取的增强剂，可与常规的裂解结合液、洗涤缓冲液、洗脱液等结合使用，通过特异性的结合ctDNA并沉降下来，显著地提高了ctDNA的提取效率和提取产量。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA自组装结构对两种循环肿瘤DNA同时检测的方法，属于生物医学技术领域。本发明通过构建DNA六面体纳米结构基底，利用两种ctDNA存在时形成完整的六面体并形成具有催化活性的G‑四链体‑血红素复合结构，催化苯胺聚合反应，在六面体上形成聚苯胺，从而将靶标序列与DNA纳米结构的结合转化为电信号。并且由于碱基互补配对原则，当靶标序列发生突变时不会有电信号的产生，使该传感器特异性增强，能鉴别靶标序列突变，同时检测灵敏度提高。该方法相比于检测ctDNA的传统方法，检测时间短，特异性强，灵敏度高。

摘要： 一种基于循环肿瘤DNA的肿瘤突变负荷检测装置及存储介质，该检测装置包括：数据获取单元，用于获取待测样本的循环肿瘤DNA的靶向捕获区域的测序数据；数据特征提取单元，用于从测序数据中提取测序数据特征；TMB预测单元，用于获取测序数据特征并输入TMB预测模型进行预测得到TMB预测结果；结果输出单元，用于输出TMB预测结果。本发明从循环肿瘤DNA的靶向捕获区域的测序数据中提取测序数据特征，然后输入TMB预测模型进行预测得到TMB预测结果，该方法计算得到的TMB预测结果与组织TMB结果一致，可准确反映样本中肿瘤突变负荷情况。

摘要： 本发明公开了一种用于游离循环肿瘤DNA提取的增强剂、提取外周血中游离循环肿瘤DNA的试剂盒及方法。其中，该增强剂包括：1μg/μL～5μg/μL Carrier RNA、1μg/μL～5μg/μL多聚腺苷酸、1μg/μL～5μg/μL糖原、0～5μg/μL线性丙烯酰胺、1μg/μL～5μg/μL酵母tRNA、2μg/μL～10μg/μL大马哈鱼精子DNA和/或鲱鱼精子DNA和水。本发明的用于游离循环肿瘤DNA(ctDNA)提取的增强剂，可与常规的裂解结合液、洗涤缓冲液、洗脱液等结合使用，通过特异性的结合ctDNA并沉降下来，显著地提高了ctDNA的提取效率和提取产量。

摘要： 本发明公开了一种同时提取循环肿瘤细胞DNA和肿瘤游离DNA的试剂盒，包括细胞密度梯度分离液、多孔隔膜分离管、5mL容积的离心管和血液游离DNA提取试剂盒。该试剂盒根据游离DNA和循环肿瘤细胞DNA的突变基因检出率和发生无相关性的特点，利用二者检测结果的互补性，创意性的将游离DNA和循环肿瘤细胞DNA两种来源叠加提高样本量，这样能有效的提高患者肿瘤突变基因的检出率，达到临床的检测要求，从而使无创液态活检得以更好更广的运用，使更多的不同条件类型的肿瘤患者能从肿瘤分子诊断中获益。而且使用过程也方便简单，检测成本远低于单细胞检测技术，医生容易掌握，适合临床应用推广。

摘要： 本发明提供了一种准确可靠的基于循环肿瘤DNA和肿瘤标记物的可用于多肿瘤早期筛查的系统。它包括：(1)含有亚洲人肿瘤基因突变频繁且致病的位点的数据库；(2)提取、建库、扩增、测序循环肿瘤DNA的试剂盒；(3)分析循环肿瘤DNA生物信息学的设备；(4)检测肿瘤标记物含量的试剂盒；(5)挖掘循环肿瘤DNA和肿瘤标记物与肿瘤的存在和种类关系的计算设备。本发明提供了一种针对亚洲人的多肿瘤早筛系统，该系统组成设备易得、技术人员容易操作、结果准确率高。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA自组装结构对两种循环肿瘤DNA同时检测的方法，属于生物医学技术领域。本发明通过构建DNA六面体纳米结构基底，利用两种ctDNA存在时形成完整的六面体并形成具有催化活性的G‑四链体‑血红素复合结构，催化苯胺聚合反应，在六面体上形成聚苯胺，从而将靶标序列与DNA纳米结构的结合转化为电信号。并且由于碱基互补配对原则，当靶标序列发生突变时不会有电信号的产生，使该传感器特异性增强，能鉴别靶标序列突变，同时检测灵敏度提高。该方法相比于检测ctDNA的传统方法，检测时间短，特异性强，灵敏度高。

摘要： 本发明公开了一种单链分子标签接头及单链DNA建库方法及其在检测循环肿瘤DNA中应用，单链分子标签接头，包括：14个碱基配对形成的茎结构、测序引物序列、和8个随机核苷酸组成的分子标签序列，其中测序引物序列与茎结构序列之间插入了一位碱基“U”，该单链核酸序列经退火变性会形成茎环结构；本发明通过单链DNA建库，解决现有检测技术中对液态活检特别是ctDNA片段短、浓度低、碎片化、灵敏度低技术问题；实现准确辨别基因组坐标始末位点相同的测序reads是来自同一还是多个原始细胞释放出来的cfDNA，并将来源于同一个细胞的原始正负链的测序reads配对起来分析的目的，从而降低测序的重复劳动，提高对假阳性突变的分辨率。

摘要： 本发明实施例公开了一种从外周血游离DNA中检测循环肿瘤DNA的方法、试剂盒及其测序结果的分析方法，其中，所述检测循环肿瘤DNA的方法包括以下步骤：S1.将cfDNA进行末端补平，并在cfDNA的3’端添加A碱基；S2.将经过所述S1处理后得到的cfDNA末端连上接头，得到连接产物，所述接头含有分子标签序列和Index序列；S3.利用通用引物Primer1.0和Primer7对上述连接产物进行扩增；S4.利用探针对所述S3得到的扩增产物进行捕获和富集；S5.利用通用引物Primer 7和Primer 5对所述S4得到的富集产物进行扩增，并进行测序。本发明可以有效排除PCR和测序引入的系统错误，有效提高ctDNA的测序灵敏度。

摘要： 本发明公开了一种基于循环肿瘤DNA的恶性肿瘤早期筛查系统，该恶性肿瘤早期筛查系统同时利用了样本循环游离DNA和白细胞基因组DNA中存在的突变，结合恶性肿瘤突变捕获文库及恶性肿瘤相关的病理性突变位点比对，对非肿瘤特异性的基因突变进行剔除，可以从样本的基因突变中提取恶性肿瘤细胞释放入血液循环系统的特异性的分子标志物，即循环肿瘤DNA突变位点。本发明基于人体循环肿瘤DNA的变异情况，可以对恶性肿瘤进行早期筛查，并提高筛查的敏感性和特异性。