全基因组测序

摘要： 目的:通过对环境样本进行全基因组测序,为全基因组测序在检测环境标本中SARS-CoV-2的应用提供实践基础,为新冠肺炎疫情的溯源和防控工作提供科学依据。方法:采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Illumina二代测序的技术对5例SARS-CoV-2核酸阳性环境样本进行全基因组测序,应用多种分析软件及在线病毒变异分析平台,判定病毒家系及型别,追溯病毒来源。结果:成功从2份环境样本中获得SARS-CoV-2全基因组序列,均属于B.1.617.2.33进化分支,属于Delta变异株。结论:通过对环境样本进行全基因组测序,不仅能够对病毒进行分型,还能追溯病毒的潜在来源,从分子流行病学角度为贵阳市新冠肺炎疫情的溯源和防控工作提供科学依据。

摘要： 科研团队首次完成春兰全基因组测序日前,江苏里下河地区农科所孙叶研究团队携手相关高校,首次完成了兰花中春兰的全基因组测序及基因功能分析。通过转录组测序和基因注释等研究发现,调控花萼、花瓣、唇瓣和蕊柱发育的基因,基因的占位表达将导致各种与正常花形不同的突变花形,当调控蕊柱基因在花瓣处高表达,花瓣呈现出类似蕊柱形状。

摘要： 目的 利用液相芯片技术和全基因组测序2种分子血清分型技术,对抗原缺失血清型沙门菌进行血清分型。方法 采用玻片凝集法对3株沙门菌进行分型;提取沙门菌基因组DNA,采用液相芯片技术进行血清型分型;然后全基因组测序后组装草图,用SISTR预测沙门菌血清型。结果 3株沙门菌分离株,用传统玻片凝集法鉴定属于B群和E1群沙门菌,未能继续分型,属于抗原缺失沙门菌。经液相芯片技术分型分析,3株分别为斯坦利沙门菌、鼠伤寒沙门菌和伦敦沙门菌,全基因组测序鉴定结果与液相芯片技术分析一致,3株沙门菌MLST分型预测依次为ST29、ST19和ST155型。结论 利用液相芯片技术和全基因组测序成功对3株抗原缺失血清型沙门菌进行血清型分型,且结果完全一致;可在有条件的机构应用于日常工作中沙门菌抗原缺失型菌株的血清分型分析。

摘要： 目的基于全基因组测序技术,探究成都市人源沙门菌的基因组特征,为监测与预防沙门菌感染提供资料。方法收集35株成都市人源沙门菌(分离自腹泻患者粪便)进行全基因组测序。根据测序数据,进行血清型预测、耐药基因及可移动遗传元件预测、毒力因子注释及分布分析。结果35株沙门菌分离株经全基因组测序,共预测到5种血清型,包括15株I 4,[5],12:i:-沙门菌(13株为ST34、2株为新ST型)、12株鼠伤寒沙门菌(ST19)、5株肠炎沙门菌(ST11)、2株德比沙门菌(ST40)与1株火鸡沙门菌(ST463)。35株沙门菌分离株共预测到10类42种不同的耐药基因,其中氨基糖苷类aac(6′)-Iaa携带率为100%(35/35)。I 4,[5],12:i:-沙门菌的耐药基因、质粒及插入序列数目及种类多于其他血清型菌株。I 4,[5],12:i:-、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的毒力因子数目大于其他血清型菌株。部分鼠伤寒沙门菌有更高的毒力质粒、质粒编码菌毛和血清抗性毒力因子分布。结论成都市人源沙门菌不同血清型菌株之间耐药基因、可移动遗传元件、毒力因子分布差异明显,值得在转录组、蛋白组进一步探究其耐药与毒力机制。

摘要： 本研究从玉米根际土壤中分离获得一株具有良好生防效果的细菌菌株CSR-2,该菌株对多种植物病原真菌均具有拮抗作用,抑制禾谷镰孢菌丝生长、形态及孢子萌发。将菌株CSR-2与玉米膜下滴灌水肥药一体化技术联用田间试验表明,该菌株对玉米茎腐病的防治效果为52.3%,可显著降低玉米茎腐病的田间发病率。利用第三代PacBio测序技术,对菌株CSR-2进行全基因组测序,基因组长度为3202366bp,共编码3007个基因,平均基因长度为943.76 bp。根据全基因组序列分析,确定菌株CSR-2为醋酸菌中的茂物朝井杆菌Asaia bogorensis (GenBank收录号:CP081941)。该研究为进一步挖掘微生物资源及其代谢基因簇用于农业生物防治提供理论依据。

摘要： 目的 开发并搭建适用于临床研究的基因测序项目管理和数据质量控制流程,为基于队列的组学分析、疾病机制探索、药物靶标开发等提供技术保障。方法 基于生物医学研究中小样本的测序流程,参考国际大规模测序队列,形成面向临床研究的基因测序项目框架。从样本处理、测序数据生成、生物信息学分析、项目的质量保证、数据安全与生物样本安全等多个环节,进行管理流程的搭建和优化。结果 确定了面向临床研究的基因测序项目的设计原则,搭建了系统性管理流程。通过将此流程应用于中国国家卒中登记Ⅲ(China national stroke registry-Ⅲ,CNSR-Ⅲ)队列,建立了数据质控标准,包括DNA提取和文库制备质控、测序和遗传变异鉴定质控、样本临床信息推断质控和基因检测数据的相互验证等。结论 在临床研究中将基因检测纳入试验设计,并采用标准化的管理流程、数据分析方案和统一的质控标准,能够满足科学研究的可扩展性、可重复性、可溯源性的需求。本研究搭建的基因测序项目管理流程和质控标准已在CNSR-Ⅲ队列上验证成功,可以作为其他临床研究中此类项目的参考标准。

摘要： 某养殖户所饲四眼斑龟(Sacalia quadriocellata)突发群体死亡,为查明具体死亡原因,提供有效的后续防控措施建议,本试验对病死的四眼斑龟进行大体剖检,取相应脏器制成病理切片进行观察,于多脏器中获取病料进行细菌分离培养,经PCR扩增、全基因组测序、药敏试验和动物回归感染试验,确定致病病原体。结果显示:引起四眼斑龟发病的病原体为1株耐氨苄青霉素的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila),其对氨苄青霉素和喹乙醇具有耐药性;分离菌的基因组中含有2种与β-内酰胺酶相关的耐药基因和多种毒力基因;在动物回归感染试验中,接种该株嗜水气单胞菌的小鼠出现了被毛粗乱、食欲减退,部分小鼠死亡;经计算得该分离菌的半数致死量为2.00×10^(7) CFU,主要侵袭小鼠的肝脏、肾脏和肺脏。据此判断,该起四眼斑龟发病事件由分离所得的耐药性嗜水气单胞菌感染引起。

摘要： 目的明确2株不同来源泛耐药肺炎克雷伯菌耐药基因、毒力因子及同源性。方法2株泛耐药菌均于2019年1月从2位绍兴市人民医院住院患者的尿液中分离得到,采用微量肉汤稀释法对菌株进行最低抑菌浓度(MIC)检测,EDTA和PBA协同试验筛查碳青霉烯酶表型。通过三代测序平台进行基因组测序并对耐药基因和毒力因子筛选,对测序结果进行拼接、组装以及注释等。多位点序列分型(MLST)技术对菌株进行基因分型。结果除了替加环素和多黏菌素,2株菌对包括碳青霉烯类在内的大部分抗菌药物均耐药,EDTA和PBA协同试验提示可能携带碳青霉烯酶。2株菌均携带有1个染色体及2个质粒,染色体基因相差1192 bp,质粒基因数量完全相同。检测到SHV-28、DHA-18、NMC、SPM、AIM等β内酰胺类耐药基因,AcrA-AcrB-TolC等外排系统及OmpK35和OmpK36外膜蛋白缺失,毒力因子包括铁摄取系统、菌毛、荚膜、内毒素、二元调控系统等。MLST分型均为ST15。结论β内酰胺类耐药基因合并外膜蛋白丢失是细菌对碳青霉烯类耐药的主要原因,首次在本地区肺炎克雷伯菌中检测到NMC、SPM、AIMβ内酰胺类耐药基因。院内可能存在泛耐药肺炎克雷伯菌克隆传播。

摘要： 为明确2株SVA广西分离株的生长特性以及与其他毒株的同源关系,进一步了解其致病性,以GX84/2020和GX94/2020为研究对象,参考GD05/2017(MH316116)毒株全基因组序列设计4对覆盖全长的引物,通过RT-PCR扩增、测序和拼接,得到GX84/2020(MW117128)和GX94/2020(MW117129)毒株的全长基因组序列后进行序列分析;并将其攻毒8~10周龄仔猪。结果表明:GX84/2020和GX94/2020毒株基因组全长7250bp,同源性分析显示这2个广西分离株与其他43株SVA毒株的同源性为93.2%~98.1%;系统发育分析表明GX84/2020和GX94/2020毒株与美国毒株SVA-OH2(KU058183)亲缘关系最近,同源性为98.1%。攻毒结果显示,部分仔猪出现口蹄部位水疱、跛行及体温升高等临床症状,整个过程未出现仔猪死亡。通过全基因组序列分析和动物试验,明确了GX84/2020和GX94/2020分离株的生长特性、与其他毒株的同源关系以及该毒株的致病性,为研发疫苗和抗病毒药物奠定了基础,且丰富了SVA的基因组信息数据库。

摘要： 为比较生化鉴定法、质谱鉴定法和全基因组测序法对双歧杆菌鉴定的差异,本文选取双歧杆菌属不同种类的菌株,分别用VITEK全自动生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱和二代测序仪进行鉴定。结果显示,VITEK生化鉴定法无法鉴定至种水平,且实验结果稳定性较差;MALDI-TOF质谱法鉴定双歧杆菌所需的时间最短,但仅能对部分菌种鉴定至种水平;全基因组测序法可以实现双歧杆菌种水平的鉴定,但其实验成本高于前2种方法。MALDI-TOF质谱法和全基因组测序法是双歧杆菌属水平和种水平鉴定必要的补充方法。

摘要： 随着技术的发展及成本的降低,全基因组测序已经广泛应用于结核分枝杆菌的各方面研究当中,包括微进化与传播、宏观进化与种系发生、耐药检测等.根据现有研究成果,全基因组测序已经解决了很多用传统分子研究方法无法解决的问题,比如鉴定传播链、分辨复发与再感染、解析结核分枝杆菌的进化过程、快速诊断结核耐药、诊断混合感染等.尽管如此,目前还存在很多问题亟需解决.笔者对全基因组测序技术的研究方向及成果进行回顾,提出其局限性,并展望其应用前景.

摘要： 我国作为世界上最大的产煤国和煤炭消耗国,煤炭占我国一次能源的3/4,并将在今后相当长的一段时间内占据我国能源消费结构的主体地位.因此,洁净煤技术的开发和推广刻不容缓.本实验室自主分离得到一株施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri LH-42),该菌具有脱除高煤炭中有机硫的能力.本文拟通过全基因组测序,分析该菌的关键硫代谢基因,并将菌株应用于煤炭生物脱硫实验中,检测该菌株的脱硫性能,此外,本文还探究了该菌的最佳生长条件,为其在煤炭生物脱硫领域中的工业应用奠定基础.该菌的最适pH值为6.0～7.0之间，最适温度为30°C。该菌可以利用多种碳源和氮源进行生长，最佳碳源为甘油，最佳氮源为苯丙氨酸，该菌主要利用有机硫源DBT，几乎不利用单质硫。该菌对煤炭脱硫处理25天，即可脱除煤中92.5%的有机硫，其中30天的有机硫脱除率与25天差别不大，表明该菌经25天即可脱除煤中绝大部分的有机硫，有较好的脱硫效率，可作为煤炭生物脱硫的高效菌株。

摘要： 目的：明确岭南地区一汉族遗传性易栓症家系的分子学诊断. 方法：采集该家系中3人血液(2名患者,1名正常人)进行凝血功能、PC活性、PS活性、AT-Ⅲ活性、HC-Ⅱ浓度等检测,并进行全基因组测序,试图寻找其发病的分子遗传学位点. 结果：结合家系图谱和所有检查结果分析,此遗传性易栓症家系属于常染色体显性遗传;根据金基因测序结果,找出3个与此病有关的突变基因,即①FⅡ(c.C1504T:p.R502W、c.C1573T:p.R525W、c.C1621T:p.R541W)、②MASP1(c.C1609G:p.H537D)的点突变,可能通过激活凝血酶原,加速凝血过程而导致血栓形成;此家系患者病情反复,使用华法林效果欠佳,可能与③CALU(c.383-387del:p.N128fs、c.386-390del:p.N129fs、c.839-843del:p.N280fs、c.617-621del:p.N206fs、c.863-867del:p.N288fs)的移码删除突变有关. 结论：通过全基因测序结果,寻找出此家系可能的致病基因为FⅡ、MASP1,此家系使用华法林效果欠佳可能与CALU基因突变有关.

摘要： 果胶裂解酶是切割多聚半乳糖醛酸α-1,4-糖苷键的一种酶类,能有效水解果胶,在纺织、造纸、食品、饲料等方面都有重大的应用价值.Massilia eurypsychrophila是分离自南极阿斯曼丘陵的一个低温菌,对其进行全基因组测序分析以后发现一个新的果胶裂解酶基因,其编码产物注释为PELI.

摘要： 从2015年开始,中国多个地区爆发了包涵体肝炎-心包积液综合症,给家禽养殖业造成了严重的经济损失.本研究从中国西南地区爆发心包积液综合症的鸡场中分离到3株禽腺病毒,对其中一株命名为SC-Neijiang株,进行了全基因组测序和致病性研究.全基因组系统进化分析表明SC-Neijiang株属于Ⅱ群禽腺病毒血清4型.SPF鸡感染实验中,80％的鸡只死于肌肉注射且表现出明显的心包积液综合症的典型特征,5％的鸡只死于滴鼻途径.本研究为禽腺病毒的防控研究提供基础材料.

摘要： 传染性支气管炎是由传染性支气管炎病毒(IBV)引起的高度传染性疾病,它是危害养殖业的重要的传染性疾病之一.为了深入了解IBV菌株SCZJ-2的产生机制及进化情况,用分段测序、拼接的方法对它进行了全基因组测序分析.除5和3末端,SCZJ-2基因组大小为27587bp.预测结果表明,SCZJ-2包含13个开放阅读框(ORF)并按5'ITR-1a-1b-S-3a-3b-EM-4b-4c-5a-5b-N-6b-3UTR排列.其中,ORF4b,4c和6b仅有少量文献报道,但它们存在于SCZJ-2基因组中.系统进化分析和重组分析显示,SCZJ-2源自于tl/CH/LDT3/03型毒株和TW1型毒株之间的重组.另外,分析表明S1基因中的四个氨基替换(K154N,N282T,D320A和V479F)可能对TW1型IBV进化具有重要意义,而SCZJ-2是此过程中的重要中间毒株.本研究表明,重组仍然是新的IBV菌株不断出现的重要原因,对IBV的流行病学监测仍需加强.

摘要： 青铜小单孢菌(Micromonospora chalcea,M.chalcea)FIM02-523能够合成对乏氧肿瘤细胞、艰难梭菌等具有活性的一组化合物Rakicidins.利用Illumina HiSeq高通量测序平台,本研究首次对M.chalcea FIM02-523进行全基因组测序,得到总长约6.74Mb的序列信息,利用AntiSMASH预测基因组中存在19个生物合成基因簇.结合Rakicidins化学结构特点,定位到了Rakicidins的生物合成基因簇,并初步推测其生物合成途径:以脂肪酸侧链作为起始物,甲基丙二酰COA、甲基丙二酰COA、丝氨酸、丙二酰COA、甘氨酸、天冬酰胺等依次参与生物合成,经环化与后修饰,最终形成Rakicidins.研究为M.chalcea FIM02-523的功能基因组学研究和代谢调控提供了理论基础.

摘要： 目的:从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析. 方法:采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化.采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察.运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析. 结果与结论:获得一株猪流感病毒,经血凝和血凝抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/Swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3.基因组序列比较分析显示,SIV CQ38个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV.然而,NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95％、89％和90％;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征.此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异.最后,系统进化树分析显示,NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/Duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变.

摘要： 基于高通量测序的CNV-Seq技术是一项检测覆盖范围全面，检测分全辨率高，检测成本相对经济的产前诊断技术。与经典的染色体核型分析相结合应用于产前，必能适应当下及未来产前诊断量增加，高龄孕妇增多.珍贵儿增多的局面.为孕妇提供更全面、更精准、更方便得产前诊断服务让从事产前诊断的医生减压，使孕妇受益。另一方面，作为一项全基因组低覆盖度测序技术CNV-Seq技术还可以也应该应用于反复性流产胚胎的检测和遗传相关疾病患者的检测，为这此受检者提供诊断的同时，去探索发现特定疾病表型与染色体CNVs之间的联系，积累丰富数据库，进而将研究清楚的染色体结构变异、共至基因变异再应川到产前诊断中。

摘要： 基于高通量测序的CNV-Seq技术是一项检测覆盖范围全面，检测分全辨率高，检测成本相对经济的产前诊断技术。与经典的染色体核型分析相结合应用于产前，必能适应当下及未来产前诊断量增加，高龄孕妇增多.珍贵儿增多的局面.为孕妇提供更全面、更精准、更方便得产前诊断服务让从事产前诊断的医生减压，使孕妇受益。另一方面，作为一项全基因组低覆盖度测序技术CNV-Seq技术还可以也应该应用于反复性流产胚胎的检测和遗传相关疾病患者的检测，为这此受检者提供诊断的同时，去探索发现特定疾病表型与染色体CNVs之间的联系，积累丰富数据库，进而将研究清楚的染色体结构变异、共至基因变异再应川到产前诊断中。

摘要： 本发明公开一种全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法。所述用于全基因组重测序分析的方法包括：获取对待检测样本的DNA序列进行识别所得到的多条测序序列；将所述多条测序序列分成多个测序序列组；基于每个测序序列组，并行地执行如下操作：依次地或并行地将所述测序序列组中的各条测序序列与参考基因组进行测序序列对比，确定每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号；以及根据每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号，对各条测序序列进行排序和去重，生成对应各染色体的测序序列库。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明公开一种全基因组重测序分析及用于全基因组重测序分析的方法。所述用于全基因组重测序分析的方法包括：获取对待检测样本的DNA序列进行识别所得到的多条测序序列；将所述多条测序序列分成多个测序序列组；基于每个测序序列组，并行地执行如下操作：依次地或并行地将所述测序序列组中的各条测序序列与参考基因组进行测序序列对比，确定每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号；以及根据每条测序序列在所述参考基因组上的对应位置及对应的染色体编号，对各条测序序列进行排序和去重，生成对应各染色体的测序序列库。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明属于第二代基因测序技术领域，具体为一种全基因组范围内基因组DNA修饰(如5-羟甲基胞嘧啶即5hmC，5-甲基化胞嘧啶即5mC，5-羧基胞嘧啶即5caC、5-甲酰胞嘧啶即5fC等)定量测序方法。本发明是采用标签法，对多个待测样品分别加上特异性的序列标签（即Barcode），然后将这些样品混合在一起进行相应修饰的DNA片段免疫沉淀，从而实现全基因组范围内基因组DNA修饰的定量测序。具体步骤包括：基因组DNA的抽提、Barcode样品制备、相应修饰的DNA片段免疫沉淀实验及特异性产物PCR扩增、illuminaGA‖平台测序。本发明可以在全基因组范围内同时对多个样本中的相应修饰的DNA进行定量比较，精确定位不同区域、不同修饰的DNA的含量差别。

摘要： 本发明公开了一种适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，向产糖被细菌的培养物中加入提取缓冲液和溶菌酶，37°C下静置10min，再加入蛋白酶K，65°C下静置1h；加入苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提；加入氯仿-异戊醇混合溶液，抽提；加入冷乙醇和醋酸钠，离心，沉淀经乙醇洗涤后室温干燥，加DNA提取缓冲液溶解；加入RNA酶，37°C下静置10min；加入PEG6000，混匀，50°C下静置10min；加入苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提；加入氯仿-异戊醇混合溶液，抽提；加入冷乙醇和醋酸钠溶液，离心，沉淀经乙醇洗涤后室温干燥，加ddH

摘要： 本发明提供了一种测序引物组，所述测序引物组包括通用上游引物、通用下游引物及富集启动子下游引物；以及一种基于PCR的全基因组测序方法，其包括利用所述通用上游引物和通用下游引物对所述待测样品的DNA进行第一PCR扩增得到第一扩增产物，利用所述通用上游引物和所述富集启动子下游引物对所述待测样品的DNA进行第二PCR扩增得到第二扩增产物；再同时进行测序的方法，上述方法通过优化引物，可以任意调节基因组大小和样品量的大小，同时对DNA质量要求不高；建库更加简洁；不需要已知SNP标记，不需要前期构建芯片；具有基因区富集效，可以满足对全基因组检测筛选。

摘要： 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。

摘要： 本发明是一种适用于全基因组测序的婴幼儿唾液内基因组DNA的提取方法，其特征在于，包括预处理、裂解、纯化、沉淀、洗涤、溶解，本发明方法操作安全、简便、高通量、成本低，对人体无伤害、无痛苦。提取的基因组DNA纯度高，含量高，片段在23kb以上，完全满足全基因组测序文库构建及一般分子生物学实验操作的要求。

摘要： 本发明公开了一种适用于全基因组测序的产糖被细菌基因组DNA的提取方法，向产糖被细菌的培养物中加入提取缓冲液和溶菌酶，37°C下静置10min，再加入蛋白酶K，65°C下静置1h；加入苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提；加入氯仿-异戊醇混合溶液，抽提；加入冷乙醇和醋酸钠，离心，沉淀经乙醇洗涤后室温干燥，加DNA提取缓冲液溶解；加入RNA酶，37°C下静置10min；加入PEG6000，混匀，50°C下静置10min；加入苯酚-氯仿-异戊醇的混合溶液，抽提；加入氯仿-异戊醇混合溶液，抽提；加入冷乙醇和醋酸钠溶液，离心，沉淀经乙醇洗涤后室温干燥，加ddH