多位点序列分型

摘要： 为明确湖南某养殖基地中华倒刺鲃大量死亡的原因,本研究采用常规方法从患病中华倒刺鲃肝脏、肾脏和脾脏等组织及腹水中分离出一株优势菌AH32,并对其进行形态学、生理生化特性、16S rRNA基因测序鉴定;利用K-B法检测菌株AH32对30种药物的耐药性;利用PCR分析该菌的多位点序列分型及检测该菌携带的毒力基因;通过动物人工感染实验分析菌株致病性。结果显示,AH32株为革兰氏阴性短杆菌;生化鉴定结果显示,AH32株对葡萄糖、麦芽糖、七叶苷等反应均为阳性,对乳糖、尿素、蜜二糖等反应均为阴性;16S rRNA基因序列与嗜水气单胞菌ATCC7966的同源性为99.78%。综合菌株理化和分子特征,确定该分离菌为嗜水气单胞菌。多位点序列分型(MLST)分析表明,AH32株的序列型为ST251。药敏试验显示该分离菌对复方新诺明、氟苯尼考等19种抗菌药物敏感,对链霉素、呋喃唑酮、氨苄西林等11种抗菌药物中度敏感或耐药。经鉴定,该菌株的毒力基因型为alt+aer-aha+ahp+lip+ela+。人工感染试验结果显示,AH32株对中华倒刺鲃具有较强的致病性,人工感染实验鱼的临床症状与自然发病症状相同,且从实验中华倒刺鲃的肝脏、肾脏、脾脏和腹水中可重新分离到该嗜水气单胞菌。本研究首次报道了嗜水气单胞菌对中华倒刺鲃具有致病性,可选用恩诺沙星、氟苯尼考和多西环素防治该菌的感染,为中华倒刺鲃的病害防治和健康养殖提供参考依据。

摘要： 目的通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化。方法应用16S rRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1238株致病性钩体的基因种与MLST数据进行种群结构分析。结果16S rRNA基因测序分析结果显示7株钩体国际参考菌株和47株国内菌株基因种主要为问号基因种,分别占比71.4%和59.6%。7株国际参考菌株呈现7种不同ST型。而在47株中国钩体分离株中,发现15种ST型及24种尚未报道的新ST型。MLST聚类分析发现问号、波氏和卫氏基因种菌株均各自形成单独分支。7株不同ST的疫苗株也位于问号基因种内不同亚分支中。系统发育进化树表明世界范围内近百年分离的1238株钩体菌株主要包括16个进化簇,分别为ST17、ST34、ST149、ST1和ST37等,而中国236株钩体菌株可分为4个主要进化簇,主要流行基因型为ST1、ST128、ST17和ST143;不同国家流行菌株的基因种和ST型不尽相同。致病性钩体可在不同宿主物种广泛地交叉感染,不同国家间相互传播。结论获得我国致病性钩体基因种和MLST基因多态性资料,并系统地了解国内和全球致病性钩体种群结构和遗传进化关系,为后续致病性钩体监测和溯源提供科学指导。

摘要： 阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和辅食中的阪崎克罗诺杆菌进行分子分型,计算3种分型方法的辛普森多样性指数(DI)值,评价3种方法的分型效率,以便精确和快速开展阪崎克罗诺杆菌流行病学研究。PFGE、MLST和ERIC-PCR可分别将37株阪崎克罗诺杆菌分为35个PFGE基因型、28个ERIC-PCR型和23个序列(ST)型,分型结果的DI值分别为99.55%,96.40%和98.05%。3种方法对阪崎克罗诺杆菌均具有较高的分型能力,其中PFEG分型能力最高,分型效率最佳。

摘要： 目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在高原地区对耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌(CRE)同源性的分析能力。方法 收集2020年1月于青海大学附属医院重症医学科分离的5株碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌和其他科室的6株碳青霉烯敏感的肺炎克雷伯菌进行回顾性分析,采用多位点序列分型(MLST)和MALDI-TOF MS技术进行同源性分析。结果 两种方法进行同源性分析的结果基本一致,MLST分析显示5株碳青霉烯耐药的肺炎克雷伯菌均为ST11型,6株碳青霉烯敏感的肺炎克雷伯菌中3株为ST147型,2株为ST340型,1株为ST1724型。MALDI-TOF MS将11株肺炎克雷伯菌分为两大类,其中来自重症医学科的5株为Ⅰ类,来自其他科室的6株为Ⅱ类。结论 MALDI-TOF MS技术相比MLST能更快地对CRE同源性分析,能更快对CRE院内感染暴发进行诊断。

摘要： 目的分析永康地区耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药表型及分子分型,以期为本地区临床CRKP抗感染治疗和院内感染防控提供依据。方法从永康市第一人民医院2017年1月至2019年12月332例住院患者中分离获得非重复CRKP菌株332株,分析菌株的患者性别、年龄、标本、科室来源分布以及对抗菌药物的敏感性试验结果。随机选取30株CRKP菌株,采用改良Hodge试验、头孢他啶/阿维巴坦纸片扩散法、PCR法检测其耐药表型及基因型,采用多位点序列分型技术检测其分子分型。结果332株CRKP菌株主要来自男性(占72.0%)、>60岁(占74.1%)的患者;标本来源主要为痰液(占70.2%);科室来源主要为ICU(占50.6%)。CRKP菌株对复方新诺明的敏感性最高(71.9%),对亚胺培南的敏感性最低(1.2%)。30株CRKP菌株改良Hodge试验阳性率为90.0%;对头孢他啶/阿维巴坦的体外敏感性为96.7%;耐药基因型为bla_(NDM-1)仅1株,bla_(KPC-2)29株;分子分型为ST11型28株(占93.3%)。结论CRKP是永康地区感染性疾病的重要病原菌,对多数抗菌药物具有高度耐药性,流行株为ST11型,应积极采取有效措施来预防CRKP传播。

摘要： 目的明确2株不同来源泛耐药肺炎克雷伯菌耐药基因、毒力因子及同源性。方法2株泛耐药菌均于2019年1月从2位绍兴市人民医院住院患者的尿液中分离得到,采用微量肉汤稀释法对菌株进行最低抑菌浓度(MIC)检测,EDTA和PBA协同试验筛查碳青霉烯酶表型。通过三代测序平台进行基因组测序并对耐药基因和毒力因子筛选,对测序结果进行拼接、组装以及注释等。多位点序列分型(MLST)技术对菌株进行基因分型。结果除了替加环素和多黏菌素,2株菌对包括碳青霉烯类在内的大部分抗菌药物均耐药,EDTA和PBA协同试验提示可能携带碳青霉烯酶。2株菌均携带有1个染色体及2个质粒,染色体基因相差1192 bp,质粒基因数量完全相同。检测到SHV-28、DHA-18、NMC、SPM、AIM等β内酰胺类耐药基因,AcrA-AcrB-TolC等外排系统及OmpK35和OmpK36外膜蛋白缺失,毒力因子包括铁摄取系统、菌毛、荚膜、内毒素、二元调控系统等。MLST分型均为ST15。结论β内酰胺类耐药基因合并外膜蛋白丢失是细菌对碳青霉烯类耐药的主要原因,首次在本地区肺炎克雷伯菌中检测到NMC、SPM、AIMβ内酰胺类耐药基因。院内可能存在泛耐药肺炎克雷伯菌克隆传播。

摘要： 目的:通过参加中国食品药品检定研究院组织的能力验证,比对不同检验方法对巧克力样品中沙门氏菌的检出及鉴定效果,找出不同检验方法对样品中不典型沙门氏菌分离及鉴定的特性,有效提升实验室对不典型沙门氏菌检验能力及质量控制水平。方法:实验中样品前处理按照考核方案作业指导书进行,沙门氏菌的分离按照《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》(GB 4789.4—2016)要求进行操作,通过BAX®system Q7快速筛查可疑样品,MALDI-TOF-MS定位可疑菌株,VITEK 2 COMPACT全自动微生物分析系统确认阳性菌株,MLST技术对沙门氏菌阳性菌株进行分子生物学分型。结果:3个样品中两个样品检出沙门氏菌,样品CODE-0695检出鼠伤寒沙门氏菌,样品CODE-0050未检出沙门氏菌,样品CODE-0542检出肠道沙门菌双相亚利桑那亚种。结论:实验发现肠道沙门菌双相亚利桑那亚种在显色培养基上菌落形态及生化表征与常见沙门氏菌不一致,易漏检,实际工作中应加强对不典型沙门氏菌检验能力的建设。

摘要： 目的分析重症监护病房(ICU)临床来源耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)的分子特征及流行情况,为感染控制及药物治疗提供实验室数据。方法收集2018年7月—2020年7月某院ICU分离的51株CRKP,采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度,多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳分析菌株同源性,检测菌株耐药和毒力基因,接合试验验证质粒的转移性。结果药敏试验显示,CRKP对头孢他啶/阿维巴坦全部敏感,对替加环素耐药率最低(3.9%),其次是阿米卡星(49.0%)、多粘菌素(64.7%),对亚胺培南(96.1%)、美罗培南(98.0%)、左氧氟沙星(98.0%)和头孢他啶(100.0%)均高度耐药。51株CRKP中,mCIM试验阳性菌株49株(96.1%),eCIM试验阳性菌株1株(2.0%)。碳青霉烯酶基因blaKPC-2阳性菌株占96.1%。所有分离株中,高黏液表型阳性4株(7.8%),毒力基因阳性情况分别为:uge 100.0%,mrkD 94.1%,kpn 94.1%,fim-H 72.5%,aero 2.0%,rmpA 2.0%。ST11 CRKP在ICU中占98.0%(50/51),ST1373占2.0%(1/50)。检出1株ST1373的高毒力肺炎克雷伯菌。携带blaKPC-2基因菌株的接合试验成功率为12.2%。结论ICU存在产KPC-2的ST11 CRKP单克隆传播,同时携带一定的毒力基因。携带blaKPC-2基因的质粒可通过接合水平传播。头孢他啶/阿维巴坦对CRKP有较高的敏感性,可供临床治疗选择使用。

摘要： 目的本研究对广州地区5家教学医院的鲍曼不动杆菌进行分子流行病学分析。方法5家教学医院共采集138株鲍曼不动杆菌,利用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)及eBURST算法评价菌株之间的遗传关系。结果MLST将138株鲍曼不动杆菌分为8个已有序列类型(STs),分别为ST195、ST208、ST457、ST136、ST254、ST548、ST445和ST53,还发现17个新STs。其中ST195的数量最多,占所有分离株的35.5%(49/138),其次为ST208,占所有分离株的21.0%(29/138)。eBURST算法分析显示以ST195为预测祖先型的克隆复合体(clonal complex,CC)195在医院环境中广泛传播。结论鲍曼不动杆菌CC195是广州地区的流行克隆,各家医疗机构应根据其自身实际制定感染防控策略。

摘要： 目的探讨无菌血标本分离碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药机制及分子分型。方法测定32株CRKP最低抑菌浓度(MIC),mCIM和eCIM法检测碳青霉烯酶;PCR法检测耐药基因;多位点序列分型(MLST)进行分子分型;RT-PCR检测膜孔蛋白OMPK35/36基因相对表达情况。结果药敏试验显示32株CRKP对所有β-内酰胺类、喹诺酮类抗生素耐药,对阿米卡星耐药率87.5%、对复方新诺明耐药率56.3%、替加环素耐药率6.2%。mCIM阳性30例,eCIM阳性1例。基因测序检出30例产碳青霉烯酶菌株;菌株携带blaKPC-2基因占90.6%(29/32)、检出1株产金属酶NDM-5菌株;超广谱β-内酰胺酶SHV、CTX及AmpC酶DHA基因检出率分别为62.5%、46.9%、37.5%。MLST分型结果显示ST11型29株,占90.6%,ST524两株;ST716一株。膜孔蛋白表达水平,12株OMPK35表达水平降低,4株OMPK35与OMPK36表达同时降低。结论血流感染分离的CRKP存在高度耐药性,耐药菌主要携带碳青霉烯耐药基因KPC-2;非产碳青霉烯酶菌株耐药与产ESBLs合并膜孔蛋白表达降低相关。MLST分型表明,ST11型是我院CRKP主要类型。

摘要： 目的：采用多位点序列分型技术对成都地区不同来源铜绿假单胞菌进行遗传多样性分析,并了解本地区不同来源铜绿假单胞菌的种群结构及遗传进化特点. 方法：对铜绿假单胞菌的7个管家基因进行PCR扩增,测序后拼接上传到MLST数据库并获得相应的ST型,START2软件计算等位基因相关参数,eBURST软件构建铜绿假单胞菌株的克隆群,MEGA6.06软件构建进化树对铜绿假单胞菌的ST型进化分析. 结果：107株铜绿假单胞菌经MLST分成61种ST型,其中包括10种新的型别.START2软件分析结果显示trpE含有最多的等位基因及丰富的多态性位点;7个管家基因的G+C％含量在62.57％(nuoD)～70.68％(aroE);aroE和trpE的dN/dS比值均大于1,说明这两个管家基因受到外界明显的选择压力;eBURST聚类分析结果显示共有19个克隆群,其中最大的克隆群为CC17;UPGMA法依据ST型的联合基因序列进行系统进化分析表明,铜绿假单胞菌株形成不同的亚群,存在多样性的遗传背景,与eBURST结果一致. 结论：首次在成都地区对不同来源铜绿假单胞菌进行MLST分型及遗传多样性分析,为铜绿假单胞菌的PubMLST数据库提供了数据资料,并得出不同来源分离株其ST型既有交叉又分散在不同克隆群中,呈多克隆来源,并向不同方向进化,未见明显大范围单克隆流行.

摘要： 目的:对东莞地区孕妇携带的GBS菌株进行MLST分型,探讨BS流行的序列型,以及流行的序列型与耐药的关系.rn 方法:采用PCR方法扩增东莞地区孕妇携带的43株GBS七个管家基因内部的400bp～500bp片段,对扩增片段进行DNA测序,对DNA序列进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST),分析GBS菌株序列型(sequence type,ST型)与GBS耐药性的相关性.rn 结果:东莞地区孕妇携带的GBS菌株有14种序列型,分别为ST1、ST4、ST17、ST19、ST23、ST24、ST48、ST139、ST190、ST336、ST378、ST485、ST486、ST651,其中ST19、ST17和ST1为主要序列型,分别占21％ (16/43)、20.93％ (9/43)和11.63％ (5/43).87.5％(14/16)的ST19型GBS菌株对左氧氟沙星耐药;ST17型GBS菌株均对红霉素、克林霉素耐药,对左氧氟沙星敏感.rn 结论:东莞地区孕妇携带的GBS菌株的序列型主要为ST19、ST17和ST1.GBS菌株的序列型与其对左氧氟沙星、红霉素、克林霉素耐药有一定相关性.

摘要： 目的:分析2008年～2011年北京港口进出口水产中非O1/O139群霍乱弧菌的多位点序列分型(MLST)特征,为霍乱弧菌导致食品安全事件的有效溯源提供理论支持. 方法:选取2008年～2011年北京港口食源性非O1/O139群霍乱弧菌分离株67株,采用毒力基因PCR检测并用MLST分析. 结果:毒力基因PCR检测结果显示,所有菌株均未检出CTX、toxR、hlyA3种基因.菌株的MLST结果显示菌株可被分为62个ST型,具有明显的多样性.其中原有STs2个,新发现STs60个.同ST型菌株均来源于同一国家,本实验数据同pubmlst数据库中数据进行分析,有7个STs可以归为7个克隆组,它们来源中国和泰国,同组内STs来源于中国、澳洲、法国、泰国和非洲. 结论:北京港口非O1/O139群霍乱弧菌遗传特征复杂多样,MLST方法可作为可靠的食品污染溯源手段,相同地区的菌株有一定的地域特点,此研究丰富了现有霍乱弧菌MLST数据库,为其溯源提供支持.

摘要： 目的：通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法对进出口食品中不同血清型沙门氏菌的分辨力和应用价值进行了比较研究. 方法：采用PFGE和MLST两种方法对进出口食品中分离得到的鼠伤寒及肠炎两种血清型共30株沙门氏菌进行分型研究. 结果：两种血清型共30株沙门氏菌经PFGE分型可得到23种型别,DI值为0.9563;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经PFGE分型,DI值分别为1.000和0.9048.MLST对30株沙门氏菌分型得到4种ST型,DI值为0.5793;鼠伤寒和肠炎两种血清型菌分别经MLST分型,DI值分别为0.2571和0.1333. 结论：在分辨力方面,PFGE更适合于同一沙门氏菌血清型的分型,MLST则适合于不同沙门氏菌血清型间的分型.MLST在替代、补充血清型分型方面有潜在的优势,PFGE在溯源研究方面更胜一筹.

摘要： 空肠弯曲菌是引起人类细菌性腹泻的主要人兽共患病原菌,其中鸡肉污染导致的食源性传播是人类感染的重要原因.为了调查湖北地区鸡肉制品的空肠弯曲菌污染情况,本研究运用最可能数法(MPN)与聚合酶链式反应(PCR)技术结合,即MPN-PCR方法,对市场采集的128份鸡肉进行了空肠弯曲菌的定量检测.通过将匀浆处理后的鸡肉进行10倍倍比稀释,每个梯度取3份样品平行增菌培养,并采用特异性引物扩增hipO基因检测阳性增菌管数,最终查阅MPN表获得鸡肉中污染菌数的MPN值.结果显示阳性检出率为18.75％,其中鲜鸡肉检出率为28.26％ (13/46),冻鸡肉检出率为13.41％ (11/82),含菌量范围为3.6-92MPN/g.对24株分离菌株的7个看家基因(aspA、gltA、pgm、uncA、glyA、glnA和tkt)进行PCR扩增和测序,进行多位点序列分型(MLST)分析,共获得19个ST型,包括11个新的ST型,分属于7个克隆群,其中4株分离菌株属于ST353,5株分离株属于ST464克隆群,为分离率最高的克隆群,而ST353克隆群为人腹泻病人中报道较多的克隆群,显示鸡肉中分离的空肠弯曲菌具有潜在的食源性威胁.

摘要： 目的：对浙江省2004～2013年分离的54株脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行基因分型研究,了解菌株间的遗传进化关系.rn 方法：参照细菌分子分型和基因组差异公共数据库(Pubmlst)提供的引物与方法,获得多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)序列型(Sequence Type,ST).采用进化分析软件(Splitstree)4、聚类分析软件(eBURST)V3等处理所得序列数据,并构建遗传进化图谱.rn 结果：54株Nm得到21个STs,其中11个STs为新发现,主要序列型ST-7和ST-4821分别占29.63％和27.78％.不同血清群其STs/ST-克隆群(Complex)有明显不同,A群菌株78.95％(15/19)为ST-7/ST-5Complex(15/19);B群菌株STs分散,57.14％(8/14)呈单体存在;C群菌株82.35％(14/17)为ST-4821/ST-4821Complex.不同来源分离株其ST-Complex不同,来自病人及密切接触者分离株ST-5Complex分别占48.15％(13/27)及33.33％(4/12)、ST-4821Complex分别占40.74％(11/27)及25.00％(3/12),而来自健康带菌者分离株ST-4821Complex克隆群占40.00％(6/15).7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.01298(adk)～0.11100(aroE).Splitstree4构建径向系统进化树显示,浙江省Nm菌株分属5个分枝,主要序列型ST-7及ST-4821分别分布于3分枝及2分枝中,4分枝中均为浙江省STs.eBURST V3聚类分析发现,浙江省STs/ST-5Complex基因型相对稳定,但浙江省STs/ST-4821Complex基因型已具遗传多样性变化.rn 结论：浙江省Nm以A群78.95％(15/19)ST-7/ST-5Complex和C群82.35％(14/17)ST-4821/ST-4821Complex两大克隆群占绝对优势,B群57.14％(8/14)呈单体分散.浙江省A、B、C群均存在ST-4821Complex相同基因型菌株,可能不同血清群之间已产生荚膜转换,其种群间已显示基因重组进化特征,这是中国首次从A群Nm中检出ST-4821/ST-4821Complex及ST-5798/ST-4821Complex菌株.

摘要： 目的：明确万古霉素耐药肠球菌(VRE)耐药转座子结构及MLST分型。rn 方法：收集2006年6月～2007年4月浙江大学医学院附属第一医院5株VRE菌株，用E-test法进行抗菌药物的药敏试验，并通过聚合酶链反应(PCR)、接合试验、质粒提取、耐药转座子结构及多位点序列分型(MLST)进行研究。rn 结果：5株VRE基因型及表型均符合VanA，属于不同的MLST分型，其中3株属于克隆复合体CC17，另外两株为ST343与CC17接近。VRE菌株均对利奈唑胺、奎奴普丁/达福普汀及替加环素敏感。多对引物对转座子的不同区域的PCR扩增并进行序列拼接、比对，发现2株VRE菌株携带典型的耐药转座子Tn1546，其余3株VRE菌株均携带一种新的与Tn1546相似耐药转座子，均在VanXY之间反向插入IS1485。5株VRE菌株均可通过滤膜接合试验进行耐药转移。rn 结论：5株VRE菌株均为VanA表型及基因型，发现了一种新的万古霉素耐药转座子结构。5株VRE菌株经MLST分型属于4个不同的序列分型，属于或接近易在医院环境里生存并在近年来迅速造成了全球播散的克隆复合体CC17。

摘要： 本发明涉及单核细胞增生李斯特氏菌检测技术领域，具体涉及一种单核细胞增生李斯特氏菌的多位点基因分型方法。本发明提供与单核细胞增生李斯特氏菌基因分型相关的7个SNP位点，利用这7个SNP位点的组合可以较为准确地进行单增李斯特菌的基因分型，对于单增李斯特菌的种间区分度较高，并且分型结果与传统的MLST分型结果可相互对应。本发明提供的多重PCR‑反向线点杂交对单增李斯特菌进行基因分型的方法能够实现高效快速的单增李斯特菌的基因分型，大大提高了单增李斯特菌检测和分型的工作效率。

摘要： 本发明公开了一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法，属于肺炎支原体基因分型技术领域。本发明通过对肺炎支原体全基因测序株序列比对分析，筛选出遗传稳定、种间区分度高的6个SNP位点，并将其组合使用，可将肺炎支原体分成63个基因型，每个基因型都是固定的，该方法分型准确，重复性好，操作简单，可同时进行大批量样品检测，其分性能力比现有的MLVA和SNP分型技术区分度强，既包含了传统的两种基因型肺炎支原体分型理念，又具备了高分辨率能力，为一种优秀的肺炎支原体基因分型技术。

摘要： 本发明属于基因测序标准品技术领域，提供一种用于多位点可持续使用的基因分型标准品，所述标准品包括PTC‑HEX、PTC‑FAM和PTC‑H；其中，PTC‑HEX的PCR产物包括rs25487(G)、rs1042522(C)和rs1048943(A)；PTC‑FAM的PCR产物包括rs25487(A)、rs1042522(G)和rs1048943(T)，PTC‑H的PCR产物包括PTC‑HEX。本标准品经DNA结构改造，可用于多位点SNP分型，可持续使用的基因分型标准品。可通过单引物PCR扩增的方式进行标准品复制，从而使标准品可持续使用，且大大降低了标准品重新制备的成本。

摘要： 本发明公开了一种针对连续多位点基因突变快速检测和分型的方法、应用及试剂，其方法包括：针对基因组连续N个突变位点，分别设计一组四个扩增引物，其中，针对第一个位点通过保守序列设计第一组正向引物，其后的第N个引物组引物，3’端第一个碱基对应第N突变位点，第二个碱基对应第N‑1突变位点，且第一个碱基分别为ATCG，其余对应突变位点的碱基均为兼并序列，以此类推；对组织样品进行裂解或者进行基因组DNA提取，使用上述引物组合，进行荧光PCR；根据PCR反应的扩增曲线以及溶解曲线确定突变信息和基因分型。本发明，可以一次确定连续多个碱基突变的序列信息及基因分型，覆盖突变位点的所有的突变情况，操作简单，用时短，成本低。

摘要： 本发明提供一种基于SNE同时实现维D受体多位点准确分型的引物组合物、试剂、检测方法和系统。所述基于SNE同时实现维D受体多位点准确分型的引物组合物包括SEQ ID NO：01～SEQ ID NO：12所示的序列。本发明提供的基于SNE同时实现维D受体多位点准确分型的引物组合物具有以下优点：1.相比传统Sanger测序一次只能检测一个位点，本方法的通量是其四倍，效率更高；2.相对QPCR只能区分常见的探针相对应的多态性，本方法不受多态性种类的限制，可以同时检测该位点的所有可能多态性；3.相对QPCR方法，本方法的分型结果直观呈现对应的碱基，准确性高。

摘要： 本发明公开了一种用于肺炎支原体的多位点SNP基因分型方法，属于肺炎支原体基因分型技术领域。本发明通过对肺炎支原体全基因测序株序列比对分析，筛选出遗传稳定、种间区分度高的6个SNP位点，并将其组合使用，可将肺炎支原体分成63个基因型，每个基因型都是固定的，该方法分型准确，重复性好，操作简单，可同时进行大批量样品检测，其分性能力比现有的MLVA和SNP分型技术区分度强，既包含了传统的两种基因型肺炎支原体分型理念，又具备了高分辨率能力，为一种优秀的肺炎支原体基因分型技术。

摘要： 本发明涉及单核细胞增生李斯特氏菌检测技术领域，具体涉及一种单核细胞增生李斯特氏菌的多位点基因分型方法。本发明提供与单核细胞增生李斯特氏菌基因分型相关的7个SNP位点，利用这7个SNP位点的组合可以较为准确地进行单增李斯特菌的基因分型，对于单增李斯特菌的种间区分度较高，并且分型结果与传统的MLST分型结果可相互对应。本发明提供的多重PCR‑反向线点杂交对单增李斯特菌进行基因分型的方法能够实现高效快速的单增李斯特菌的基因分型，大大提高了单增李斯特菌检测和分型的工作效率。

摘要： 本发明公开了一种嗜肺军团菌多位点序列分型用PCR引物、分型方法和应用。该PCR引物共包括5对引物对，分别针对cca部分片段、trpA以及lssD、lspE和icmK的部分基因片段，该5个基因位点cca、trpA、lssD、lspE和icmK在嗜肺军团菌上存在较多的单核苷酸多态性位点，其核苷酸相对变异性较大，因此进行测序后，对嗜肺军团菌进行序列分型时可以获取较大的分辨率，有利于分子流行病学调查和研究。利用本发明的嗜肺军团菌多位点序列分型用的PCR引物和分型方法在对嗜肺军团菌进行多位点序列分型时所需检测基因数目少、序列分型方法分辨率高，操作简便，可以提高多位点序列分型方法效率。

摘要： 本发明公开了一种嗜肺军团菌多位点序列分型用PCR引物、分型方法和应用。该PCR引物共包括5对引物对，分别针对cca部分片段、trpA以及lssD、lspE和icmK的部分基因片段，该5个基因位点cca、trpA、lssD、lspE和icmK在嗜肺军团菌上存在较多的单核苷酸多态性位点，其核苷酸相对变异性较大，因此进行测序后，对嗜肺军团菌进行序列分型时可以获取较大的分辨率，有利于分子流行病学调查和研究。利用本发明的嗜肺军团菌多位点序列分型用的PCR引物和分型方法在对嗜肺军团菌进行多位点序列分型时所需检测基因数目少、序列分型方法分辨率高，操作简便，可以提高多位点序列分型方法效率。

摘要： 本发明公开了一种副猪嗜血杆菌多位点序列分子分型的方法。该方法首次公开了采用多位点序列分型方法（MLST），对副猪嗜血杆菌进行分子分型的操作技术，本发明提取该病原菌基因组DNA，通过7个看家基因（