H3N2亚型猪流感病毒重庆株的分离、鉴定、基因组测定及序列分析

摘要

目的:从猪流感疑似病例中分离鉴定猪流感病毒,并对病毒进行全基因组测序及其序列的分析. 方法:采用鼻棉拭子法从猪流感疑似病猪的鼻中收集病样,制成病毒悬液,经SPF鸡胚增殖培养和纯化.采用红细胞凝集、血凝抑制和神经氨酸酶抑制试验进行病毒亚型的判定,并作电镜观察.运用RT-PCR法扩增病毒的8个基因片段,分别克隆到pMD18-T载体,进行全基因组测序及序列分析. 结果与结论:获得一株猪流感病毒,经血凝和血凝抑制试验,判定为H3N2亚型,命名为A/Swine/Chongqing/CQ/3/2011(H3N2),简称SIV CQ3.基因组序列比较分析显示,SIV CQ38个节段与不同时间的猪流感广东分离株(H3N2亚型)相应基因的核苷酸相似性最高,可能来源于H3N2亚型SIV.然而,NP、HA和NA基因编码氨基酸序列与参考毒株A/New York/392/2004(H3N2)的相似性比较低,分别达95％、89％和90％;而血凝素(HA)裂解位点处的氨基酸序列为P-E-K-Q-T-R↓G,与参考毒株的一致,不具有高致病分子特征.此外,HA和NA的糖基化位点、受体结合位点处氨基酸存在一定程度的差异.最后,系统进化树分析显示,NP、HA基因位于SIV群,与A/swine/Guangdong/2006/(H3N2)处于同一分支;而NA基因与禽流感(A/Duck/Ontario/2000/AJ697881)和猪流感位于同一个进化单元,表明这株H3N2亚型流感病毒在不断的发生演变.