下一代测序

摘要： 脓毒症是严重烧伤、孕产妇、重症监护室病房和新生儿监护病房中常见且最主要的致死性疾病之一,尤其在新生儿、免疫功能低下、受到严重创伤及合并严重并发症的患者中发病率和病死率颇高[1-3]。目前,脓毒症的发病率仍处于逐年上升趋势,全球每年脓毒症患病人数超过1900万,病死率高达43.6%[4-5]。

摘要： 目的了解赣南地区新生儿耳聋基因常见的突变类型和携带频率,并对耳聋基因检测在新生儿耳聋筛查及后续诊断随访工作中的作用进行评价。方法对2019年4月到2020年9月间赣州市区及下辖县区内分娩的122,635例新生儿应用高通量测序技术对常见的4个耳聋基因中20个热点突变进行检测,对其中的85,932例新生儿还同时应用耳声发射与听性脑干反应进行了听力筛查。结果122,635例新生儿中检出有耳聋基因突变的新生儿5066例(4.13%,5066/122,635)。GJB2基因突变新生儿2497例(49.29%,2497/5066);GJB3基因突变新生儿304例(6.00%,304/5066);SLC26A4基因突变1862例(36.75%,1862/5066);线粒体12SrRNA基因突变332例(6.55%,332/5066);多基因突变70例。进行基因检测的新生儿中,共有85,932例进行了听力初筛,其中80184例通过了听力初筛(93.31%,80,184/85,932)。共有44例确诊听障的患儿追溯到同期基因检测结果,其中15例检出耳聋基因突变携带,检出率34.09%(15/44)。44例确诊患儿中还有20例被发现通过听力初筛或未进行听力筛查,因耳聋基因检测提示高风险进而进入听力诊断并最终获得确诊的患儿共5例。结论GJB2和SLC26A4基因突变是赣南地区新生儿群体携带的主要遗传性耳聋基因突变,其纯合型和复合杂合型突变对提示婴儿期的早发性聋具有重要作用。耳聋基因检测对于新生儿听力筛查具有重要的补充作用,并可提示迟发性及药物性耳聋的基因易感个体,对于及时明确耳聋病因、尽早干预和治疗有着重要意义。

摘要： 目的探讨使用下一代测序(Next-generation sequencing,NGS)技术检测云南地区多结节肺腺癌患者肿瘤组织中EGFR基因突变与临床病理特征的关系。方法收集2018年1月至2020年5月云南省分子诊断中心共检测的79例多结节肺腺癌患者送检的111枚肺结节肿瘤组织样本,以NGS法检测EGFR突变情况分析其与临床病理特征的关系,Logistic回归分析其独立危险因素。结果111枚肺结节组织样本中EGFR总突变率58.55%(65/111),其中L858R点突变和19号外显子缺失最常见,占总突变的53.8%(35/65)。稀有突变率27.02%(30/111),单点突变率37.84%(42/111),复合突变率20.72%(23/111)。χ^(2)检验显示女性、年龄≥56岁、无吸烟史、云南区域性高发肺癌地区患者EGFR基因突变率较高,差异具有统计学意义(P=0.024、P=0.008、P<0.001、P=0.024)。Logistic回归分析显示:年龄≥56岁、无吸烟史、云南区域性高发肺癌地区是EGFR基因突变的独立危险因素(P<0.05)。同一患者配对结节样本的EGFR突变状态异质率高达87.5%(28/32)。结论云南地区多结节肺腺癌患者中,老年、无吸烟史、来自云南区域性高发肺癌地区是多发肺结节EGFR基因突变的独立危险因素。多结节肺腺癌患者病灶间驱动突变的高水平异质性提示多发结节倾向多原发肿瘤起源,这将为多结节肺腺癌的诊疗策略提供更多的选择。

摘要： 目的建立基于下一代测序(NGS)平台的检测结直肠癌患者血浆循环游离DNA(cfDNA)的方法,并进行性能确认和临床应用评价。方法在NGS平台上构建测定结直肠癌患者血浆cfDNA的检测系统(简称结直肠癌cfDNA panel)。对结直肠癌cfDNA panel的准确性、精确性、可用于抽提的最少样本量和投入量、分析灵敏度、分析特异性等性能指标进行评估。比较结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台及突变扩增阻滞系统(ARMS)(肿瘤组织样本)的一致性。结果结直肠癌cfDNA panel的准确性为99.97%,对预期突变的检出率为100%。可用于血浆抽提的样本起始量为1 mL,cfDNA投入量为10 ng,分析灵敏度为0.2%。10000 mg/L血红蛋白、500 mg/L胆红素或2%脂肪乳对结直肠癌cfDNA panel抽提无影响。结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台和ARMS(肿瘤组织样本)的一致性分别为94.12%和90.91%,结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台检测KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的阳性符合率和阴性符合率分别为100%和99.60%。结论结直肠癌cfDNA panel的检测性能符合临床应用要求,且血浆cfDNA结果与肿瘤组织结果高度一致,可作为组织活检的有益补充。

摘要： 罕见病是对具有极低患病率疾病的统称,其中150余种可累及肾脏。罕见肾脏病大多具有遗传背景,但由于其病因复杂、临床表型多样等原因,多数患者在未得到明确诊断时就已进展至疾病终末阶段。基因检测是罕见肾脏病诊断的有力工具,而下一代测序(NGS)技术的出现则显著提升了罕见肾脏疾病的诊断效率和质量,为我们了解罕见肾脏病的分子遗传学基础、选择或研发具有针对性的治疗方式等提供了新的方法。本文就NGS在罕见肾脏病中的应用进展、现存挑战及发展前景进行综述。

摘要： 新发病毒性传染病已成为人类健康的巨大威胁.自然界存在大量的未知新型病毒,它们可能构成人类未来新发传染病的传染源.由于未知新型病毒遗传信息与已知病毒差异较大,因而传统的病毒检测方法难以有效发现它们.近年来,随着病毒分子生物学和下一代测序等技术的发展,一些新的病毒高通量检测方法应用于未知新型病毒的挖掘中,其中病毒宏基因组学检测技术越来越成为人类猎取未知病毒的高效工具.本文阐述病毒宏基因组学技术的原理、主要技术流程,其在新发病毒快速确认中的优势以及新发病毒感染与特定疾病的关联分析策略,并对该技术在未来临床病毒感染诊断中的应用提出展望.

摘要： 目的 应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测下呼吸道感染患者标本中的13种病原体,为临床快速诊断感染性疾病提供依据.方法 收集疑似下呼吸道感染患者痰标本103例、肺泡灌洗液45例,常规培养分离细菌、真菌,用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行细菌鉴定,同时采用LAMP技术检测13种常见病原体(肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、流感嗜血杆菌、嗜肺军团菌、肺炎衣原体、肺炎支原体、结核分枝杆菌复合群),实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测45例肺泡灌洗液标本中肺炎支原体,LAMP法检出的结核分枝杆菌阳性标本用二代测序(NGS)技术验证.结果 148例标本中,质谱法检出率为42.6％(63/148),分离出病原菌81株;LAMP法检出率为68.2％(101/148),共检测出175种病原体.质谱法和LAMP法对金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌的检出率差异无统计学意义(P>0.05),但LAMP法对肺炎链球菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌和嗜麦芽窄食单胞菌的检出率高于质谱法(P<0.05).LAMP法从45例肺泡灌洗液中检出26例肺炎支原体,而采用RT-qPCR检出23例.148例样本中,LAMP法检出2例结核分枝杆菌复合群,并使用NGS验证为阳性.结论 与传统细菌培养鉴定相比,LAMP技术具有检测快速、准确、操作简便等优势,可为临床诊疗提供可靠依据.

摘要： 目的 通过对晚期肺腺癌患者血浆样本EGFR突变状态的检测,评价NGS液体活检技术的有效性.进一步分析EGFR突变状态与患者临床基线特征之间及血浆ctDNA中EGFR突变丰度与患者肿瘤负荷相关特征之间的相关性,从而更好地指导个体化靶向治疗及为评价治疗预后提供参考依据.方法 收集2016年11月至2017年12月内蒙古自治区人民医院收治的符合条件的50例晚期肺腺癌患者.采用NGS液体活检技术检测血浆ctDNA中EGFR突变及突变丰度情况.结果 样本总突变率为68％,常见突变19del与L858R分别占总突变的29.4％、20.6％,原发EGFR T790M突变占总突变的11.8％.女性、不吸烟及CEA水平升高的患者EGFR突变率高于男性、吸烟及CEA水平正常者,CYFRA-211水平升高的患者突变率低于正常水平者.EGFR高丰度组骨转移率高于低丰度组.结论 NGS可作为NSCLC患者EGFR表达特征分析的有效方法.

摘要： 目的 探讨羊水细胞染色体核型分析和基因组拷贝数变异测序(CNV-Seq)技术在产前诊断中联合应用的潜力.方法 316例孕妇根据产前诊断指征进行羊水穿刺,同时进行羊水细胞染色体核型分析及CNV-Seq检测.结果 两种方法联合检测共发现49例异常,占受检总人数的15.51％;其中两种方法同时发现异常16例,染色体核型分析结果异常而CNV-Seq未检出异常的有8例(主要是平衡易位);CNV-Seq检测结果异常而染色体核型分析结果正常25例.结论 染色体核型分析和C N V-S eq检测在产前诊断中各有优缺点,二者结合可以更科学、合理地指导妊娠,避免先天缺陷儿的出生.

摘要： 目的 探究质谱检测联合下一代测序在新生儿遗传代谢病诊断中的应用效果.方法 回顾性分析2016年6月至2020年6月深圳市儿童医院收治的临床表现疑似遗传代谢病高危新生儿289例为研究对象,所有患儿均给予质谱检测联合下一代测序筛查遗传代谢病,随访至6个月龄结局.结果 以下一代测序检测为金标准,289例疑似遗传代谢病新生儿中,最终确诊病例为40例,其中男性22例,女性18例;脂肪酸代谢病15例,氨基酸代谢病14例,有机酸代谢病11例.质谱检测提示遗传代谢疾病为34例,质谱检测的敏感度78.8％(95％CI:61.1％～91.0％),特异度100％(95％CI:99.8％～100％),阳性预测值100％,阴性预测值为99.7％(95％CI:99.3％～99.8％).质谱检测与下一代测序检测提示遗传代谢病可能结果不一致者有2例,质谱检测1例检测到丙氨酸或酪氨酸代谢异常,但下一代测序基因存在3-甲基戊烯二酸尿症;1例质谱检测血酪氨酸异常升高,但下一代测序中存在基因半合变异,诊断为3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶乏症.40例患儿经随访其中1例甲基丙二酸血症患儿出现急性代谢紊乱,家属放弃治疗死亡,其余患儿基于明确的诊断,干预及时,生长发育良好.结论 质谱检测可以相对快速诊断遗传代谢病以指导临床治疗,而下一代测序可对质谱检测结果进行验证,并从基因角度解释病因,从而指导进一步治疗及遗传咨询,质谱检测联合下一代测序可以更加快速且全面确诊临床表现疑似遗传代谢病的高危新生儿,尽早实施个体化治疗,改善患儿预后.

摘要： 目的：对现有的下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)纠错算法和工具进行分析,提出基于Hadoop平台的纠错算法,以解决大数据处理中计算机内存不足和运行时间长的问题,提升纠错性能. 方法：使用特定的数据对现有的基于K-spectrum的纠错算法进行测试,对各纠错工具的运行时间、内存峰值和纠错结果进行比较来衡量纠错工具的性能.在此基础上提出Hadoop分布式并行纠错算法(Parallel algorithm),并与串行程序、Lighter和Racer进行比较,分析分布式并行实现的可行性. 结果：现有的基于K-spectrum的纠错工具普遍存在较大的内存消耗现象,其中Racer和Sga的纠错效果较好.而Hadoop分布式并行纠错算法对计算机单机内存的消耗较低,当数据量超过一定值时,并行分布式程序的运算时间比串行单机程序明显减少. 结论：本研究提出的Hadoop分布式并行纠错算法不仅降低了内存消耗,而且提高了运算性能,更有利于大规模基因数据的分析处理.

摘要： 在包括通过处理组织样本采集的碱基序列的基因测序读数上操作的方法中，生成基因测序读数的紧凑文本表示。所述紧凑文本表示包括：(1)文本串，其表示碱基序列，以及(2)碱基质量文本域，其识别碱基序列的最长子序列，针对所述最长子序列，子序列的碱基的碱基质量分数满足碱基质量分数阈值；以及将基因测序读数的紧凑文本表示存储在原始读数存储器中。为了提供灵活性，所述碱基质量文本域可以识别针对两个或更多不同碱基质量分数阈值的每个的最长子序列。在读数比对期间，针对基因测序读数的偏移边界能够使用碱基质量文本域的内容高效地进行选择。

摘要： 本发明提供了一种下一代网络中定位业务质量故障的方法，该方法包括以下步骤：a、记录步骤：媒体网关将呼叫处理过程中的异常信息作为呼叫日志信息记录下来；b、定位步骤：媒体网关根据所述呼叫日志信息定位呼叫处理过程中的业务质量故障。另外，本发明还提供了一种下一代网络系统。本发明能在不影响媒体网关正常业务的情况下，可快速准确地定位呼叫处理过程中的业务故障。

摘要： 在包括通过处理组织样本采集的碱基序列的基因测序读数上操作的方法中，生成基因测序读数的紧凑文本表示。所述紧凑文本表示包括：(1)文本串，其表示碱基序列，以及(2)碱基质量文本域，其识别碱基序列的最长子序列，针对所述最长子序列，子序列的碱基的碱基质量分数满足碱基质量分数阈值；以及将基因测序读数的紧凑文本表示存储在原始读数存储器中。为了提供灵活性，所述碱基质量文本域可以识别针对两个或更多不同碱基质量分数阈值的每个的最长子序列。在读数比对期间，针对基因测序读数的偏移边界能够使用碱基质量文本域的内容高效地进行选择。

摘要： 讨论用于结合具有分离功能的gNB(下一代节点B)采用网络功能虚拟化的技术。本文所讨论的第一组实施例可以促进与参考点Itf‑N有关的gNB‑CU和gNB‑DU的操作。本文所讨论的第二组实施例可以促进用于更新gNB‑CU与gNB‑DU之间的接口的时延和带宽要求的技术。本文所讨论的各个实施例可以属于第一组实施例、第二组实施例或二者。

摘要： 本发明公开了一种下一代网络，包括：接入控制实体，用于控制用户接入网络；用户业务注册功能实体，与所述接入控制实体和业务控制功能实体连接，用于发布用户终端的业务和发现用户签约的业务；业务控制功能实体，与所述接入控制实体和用户业务注册功能实体连接，用于为接入网络的用户提供用户签约的业务。本发明还同时公开了在所述下一代网络中处理业务的方法及通信装置。

摘要： 本发明提供了一种下一代网络中定位业务质量故障的方法，该方法包括以下步骤：a.记录步骤：媒体网关将呼叫处理过程中的异常信息作为呼叫日志信息记录下来；b.定位步骤：媒体网关根据所述呼叫日志信息定位呼叫处理过程中的业务质量故障。另外，本发明还提供了一种下一代网络系统。本发明能在不影响媒体网关正常业务的情况下，可快速准确地定位呼叫处理过程中的业务故障。

摘要： 本公开内容描述了拴系有寡核苷酸的核苷酸、制备所述拴系有寡核苷酸的核苷酸的方法和使用所述拴系有寡核苷酸的核苷酸的方法。在一些实施例中，所述拴系有寡核苷酸的核苷酸包括与长度为约3个到约100个核苷酸的寡核苷酸连接的核苷酸。这些拴系有寡核苷酸的核苷酸可以用于在多种不同情形下用已知寡核苷酸来标记多种不同类型的核酸，在一些实施例中，所述已知的寡核苷酸可以充当条形码。所产生的寡核苷酸标记的核酸寡核苷酸可以用于各种核酸测序方法。

摘要： 本公开涉及包括具有一个或多个可独立操作的处理管道的微流控芯片的自动化系统。在一些实施例中，所述自动化系统适用于样品净化和/或靶标富集过程，诸如在测序之前进行的样品净化和/或靶标富集过程。

摘要： 本发明提供了用于下一代测序仪的引物，其可以提供大数量的读段。基于序列：5'‑CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT‑N5至15‑GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG‑3'(其中N5至15表示5至15个核苷酸的索引序列)，将索引序列设计为表现出推定读段数量超过给定水平的核苷酸序列，其中该推定读段数量根据将读段数量指定为目的变量并将索引序列中的核苷酸类型指定为解释变量的估算公式计算得出。

摘要： 一种下一代测序分析系统及其下一代测序分析方法。下一代测序分析系统接收一目标基因输入，并根据基因数据库的基因关联数据，决定目标基因输入的至少一基因群组。下一代测序分析系统根据至少一基因群组，将标准基因参考序列调整为特征基因参考序列，并将待测基因片段数据与特征基因参考序列进行比对，以分析待测基因片段数据与特征基因参考序列的基因变异率。