禽传染性支气管炎病毒SCZJ-2株分子特征与中国流行台湾1型毒株的对比分析

摘要

传染性支气管炎是由传染性支气管炎病毒(IBV)引起的高度传染性疾病,它是危害养殖业的重要的传染性疾病之一.为了深入了解IBV菌株SCZJ-2的产生机制及进化情况,用分段测序、拼接的方法对它进行了全基因组测序分析.除5和3末端,SCZJ-2基因组大小为27587bp.预测结果表明,SCZJ-2包含13个开放阅读框(ORF)并按5'ITR-1a-1b-S-3a-3b-EM-4b-4c-5a-5b-N-6b-3UTR排列.其中,ORF4b,4c和6b仅有少量文献报道,但它们存在于SCZJ-2基因组中.系统进化分析和重组分析显示,SCZJ-2源自于tl/CH/LDT3/03型毒株和TW1型毒株之间的重组.另外,分析表明S1基因中的四个氨基替换(K154N,N282T,D320A和V479F)可能对TW1型IBV进化具有重要意义,而SCZJ-2是此过程中的重要中间毒株.本研究表明,重组仍然是新的IBV菌株不断出现的重要原因,对IBV的流行病学监测仍需加强.