比较基因组学

摘要： 八氢番茄红素合成酶(PSY)是类胡萝卜素合成途径上的第一个限速酶,本研究旨在探索PSY基因的序列特征及其在黄化茶树新梢中的表达模式.在茶树品种‘黄棪’基因组中鉴定到3个PSY基因,分别命名为CsPSY1、CsPSY2、CsPSY3;从‘铁观音’基因组中鉴定到2个PSY基因,分别命名为TGY-PSY1、TGY-PSY2;从‘舒茶早’基因组中鉴定到4个PSY基因,分别命名为CSS-PSY1、CSS-PSY2、CSS-PSY3、CSS-PSY4.利用生物信息学和实时荧光定量PCR技术对其进行分析,结果表明,茶树PSY基因编码的蛋白序列长度为645~1506 bp,氨基酸个数为214~501,其中,CsPSY1、TGY-PSY1和CSS-PSY1编码的蛋白序列长度均为1269 bp,氨基酸个数均为422.亚细胞定位预测结果显示,CsPSY3和CSS-PSY2分别定位于细胞膜和线粒体上,其他茶树PSY基因均定位在叶绿体上.CsPSY1、CsPSY2和CsPSY3编码的蛋白分别有2、1、0个无序化区域以及41、27、19个磷酸化位点.无规则卷曲和α-螺旋是PSY蛋白的主要组成部分.CsPSY1编码的蛋白与柿子、木瓜、葡萄等具有较高的同源性.启动子区域分析结果显示,茶树PSY基因存在大量与植物光响应、生长作用、激素、胁迫等响应相关的顺式作用元件.实时荧光定量PCR检测结果显示:PSY基因在‘黄金芽’中有较高的表达量;CsPSY1在福黄1号中的表达量较高,是‘福安大白茶’的37.56倍;CsPSY2在福黄2号中的表达量较高,是‘福云6号’的141.43倍.研究表明,PSY基因在茶树黄化种中的表达量显著上调,推测PSY基因可能是茶树黄化种中类胡萝卜素合成的重要调控因子.

摘要： 目的:瑞士乳杆菌是广泛用于干酪、发酵乳饮料等领域的重要发酵剂菌种之一。以瑞士乳杆菌H9和H10为例,解析不同瑞士乳杆菌菌株间的遗传背景和基因组差异,为菌株鉴定和开发应用奠定遗传学基础。方法:以瑞士乳杆菌H9和H10为例,结合NCBI数据库中其它16株瑞士乳杆菌全基因组完成图,通过比较基因组学方法探究不同菌株之间的遗传差异。结果:不同瑞士乳杆菌菌株基因组大小、质粒数量、CDSs、tRNA、rRNA数量均存在差异。系统发育分析结果显示,瑞士乳杆菌H9和H10聚类于不同进化分支。与瑞士乳杆菌H10相比,瑞士乳杆菌H9与工业发酵剂菌株瑞士乳杆菌CNRZ32的系统发育关系更近;平均核苷酸一致性(Average nucleotide identity,ANI)聚类结果与系统发育树基本一致,瑞士乳杆菌H9与H10聚类于不同类群,瑞士乳杆菌发酵乳制品分离株间的基因组序列一致性低于人类肠道/粪便分离株;与参考菌株瑞士乳杆菌DPC4571相比,瑞士乳杆菌H9和H10基因组序列中均有不同程度的片段插入、缺失和倒置;瑞士乳杆菌H9和H10特有功能基因存在差异,瑞士乳杆菌H10的特有功能基因更多涉及氨基酸和能量代谢。结论:通过比较基因组学方法分析瑞士乳杆菌基因组信息,发现不同瑞士乳杆菌菌株间存在遗传差异。

摘要： 利用可视分析技术对基因组学数据进行比较,能够高效地感知基因序列与属性背后的多组学功能结构,深度挖掘保守与变异对基因组亲缘关系的影响,对数据密集型的比较基因组学知识发现具有重要意义.综述近年来国内外比较基因组学可视分析的相关研究,首先简述基因组学序列及衍生信息的数据结构和分析任务,将基因组坐标空间布局分为纵向离散、横向连续和径向嵌套3类,比较归纳各类空间映射方法的研究现状和优缺点;然后针对基因组比较关系进行抽象,总结适用于交互关联和家族层次2种主要比较关系的可视化方法;最后指出面向比较基因组学的可视化方法在数据融合、交互联动、通用框架中面临的挑战和机遇.

摘要： 群体感应是一种细菌细胞间的通讯过程,细菌通过测量细胞外自诱导剂浓度从而感知群体细胞密度变化。群体感应使细菌能够在两种基因表达模式下转换:在低细胞密度时有利于个体发展,而在高细胞密度时则有利于群体发展。目前主要有7种群体感应通路,分别以oligopeptides、AHL(Acylated Homoserine Lactones)、AI-2(Autoinducer-2)、CAI-1(Cholera Autoinducer-1)、PQS(Pseudomonas Quinolone Signal)、AI-3(Autoinducer-3)以及DSF(Diffusible Signal Factor)作为各群体感应通路的信号分子;其中oligopeptides存在于革兰氏阳性细菌中,其余6种信号分子存在于革兰氏阴性细菌中。弧菌是导致人类感染和水产品污染的主要病原菌,传统的抗生素治疗弧菌感染具有很强的选择压力,导致越来越多耐药弧菌出现。面对愈发严峻的弧菌耐药性问题,目前群体感应淬灭被认为是治疗弧菌感染的重要替代手段之一,因而有必要调查弧菌属细菌不同群体感应通路的分布情况,为针对弧菌的群体感应淬灭剂研发提供重要参考信息。通过比较基因组学分析,发现全基因组测序的46株弧菌存在AHL、AI-2以及CAI-1这3种信号分子通路,其中5株弧菌均含有上述3种信号分子通路,共有30株弧菌只含有AI-2和CAI-1两种信号分子通路;而46株弧菌都不存在PQS、AI-3以及DSF群体感应通路。此外,弧菌群体感应通路的分布与物种进化有关,含有同种群体感应信号分子通路的弧菌,其亲缘关系较近,说明该通路的基因进化自它们的共同祖先。本研究表明开发针对弧菌的群体感应淬灭剂应以AI-2和CAI-1两种信号分子介导的通路作为靶点。

摘要： 马克斯克鲁维酵母(Kluyveromyces marxianus)是一种富有潜力的新型细胞工厂宿主菌。K.marxianus FIM1(CGMCC No.10621)基因组组装与注释已于2019年完成并在NCBI上公布(GCA_001854445.2),但在应用该基因组信息时发现其仍不完善。所以本研究使用重测序的DNA-seq数据校验了K.marxianus FIM1的基因组序列,随后补充了K.marxianus FIM1的注释,并使用比较基因组学的方法进一步完善了K.marxianus FIM1的基因组信息。根据重测序比对结果,删除了测序数据无法覆盖的位点61处,共4910bp。K.marxianus FIM1新序列总长为10909543bp,可覆盖酵母目保守基因库中99.5%的基因。同时对K.marxianus FIM1的非编码RNA、次级代谢产物基因簇的也进行了补充注释。进一步,我们使用基因组共线性分析的方法分析了K.marxianus FIM1在物种分化过程中基因排列顺序保守的区域,并将K.marxianus FIM1与NCBI公布的11株K.marxianus进行了种内基因组比较。发现12株K.marxianus早在约180万年前分化为两个亚型,它们共有的同源基因家族有4009个,基因组中核心基因平均占比为79.88%,预测K.marxianus为闭合型泛基因组,核心基因数为3760个,为K.marxianus FIM1遗传学的研究与遗传工程的改造提供了数据支持。

摘要： 【目的】研究芽孢杆菌产蛋白酶能力与携带的蛋白酶基因的关系,探寻影响芽孢杆菌产蛋白酶能力的重要基因。【方法】通过筛选培养基筛选能够产生蛋白酶的菌株,采用福林酚法检测菌株产生的蛋白酶的活性,对15株芽孢杆菌分离株进行全基因组测序,获得菌株染色体上携带的蛋白酶基因情况并将其分类;采用实时荧光定量PCR方法检测蛋白酶基因mRNA的转录水平;通过比较基因组学和细菌全基因组关联分析(BGWAS),探讨影响细菌产蛋白酶能力高低的原因。【结果】根据菌株染色体上携带的蛋白酶基因情况,可分为7种基因型(G1~G7)。比较基因组学和BGWAS分析发现,细菌染色体上携带的蛋白酶基因种类的多寡与其产蛋白酶能力的高低有直接关系,且缺少aprX和aprE基因菌株的产蛋白酶能力明显下降。进一步研究基因mRNA水平发现,芽孢杆菌产蛋白酶能力的差异与aprX的表达水平有关。【结论】菌株染色体上携带的蛋白酶基因情况与菌株产蛋白酶能力之间存在关联。aprX是影响芽孢杆菌属细菌产胞外蛋白酶能力的重要基因。

摘要： 线粒体基因组是系统发育常用的分子标记,本研究旨在对猎蝽科昆虫的线粒体基因组进行比较研究,着重分析基因重排、碱基组成、密码子使用偏好性等特征,并构建基于13个蛋白编码基因的系统发育关系。在GenBank数据库下载猎蝽科11亚科30属代表物种的线粒体基因组序列,通过Geneious 8.0.4抽提各编码基因的序列。利用MEGA 7.0统计碱基组成、氨基酸和核苷酸序列信息位点、起始密码子、终止密码子、相对密码子使用频率(RSCU)等序列基本信息。另外,利用DnaSP 6.0计算蛋白编码基因的非同义替换率(K_(a))和同义替换率(K_(s)),并通过K_(a)/K_(s)值比较基因的核苷酸进化速率。通过jModelTest选择进化模型,在MrBayes 3.2.2软件中构建基于贝叶斯法(BI)的系统发育树。结果表明:猎蝽科线粒体基因组均呈共线性结构,没有发现大面积的基因重排现象,只有部分序列中rrnS和trnT基因编码方向与原始序列编码方向相反,trnR和cytb基因出现多拷贝的现象。猎蝽科线粒体最常使用ATN起始密码子和TAA终止密码子。BI系统发育树对猎蝽科各亚科之间的关系进行了一定的解析,光猎蝽亚科(Ectrichodiinae)和猎蝽亚科(Reduviinae)为并系群,真猎蝽亚科(Harpactorinae)和锥猎蝽亚科(Triatominae)为单系群。本研究为猎蝽科昆虫的线粒体基因组进行了比较分析,为后续研究该科系统发生关系奠定了科学基础。

摘要： 为探究不同物种生长激素(GH)基因的遗传变异及多样性,本研究基于比较基因组学方法对NCBI数据库中马鹿、绵羊、山羊、牛、家马、猪、人、狨、猕猴、家犬、家猫、水貂、小家鼠、褐家鼠、原鸡、火鸡、鹌鹑、野鸭、鹅、草鱼和斑马鱼共计21个物种的GH基因完整编码区序列进行了系统的生物信息学分析,进一步对不同物种该基因编码氨基酸序列的理化特性、亲水性、信号肽裂解位点及二级结构进行了预测,构建了马鹿GH蛋白三维结构模型。结果表明,21个物种150条GH基因序列中检测到426个多态位点,共生成92种单倍型;GH基因在物种间的遗传多样性比较丰富,种内相对保守;绵羊与山羊亲缘关系最近,草鱼与其他物种亲缘关系最远;除马鹿、绵羊、山羊、牛、火鸡和鹌鹑外,其他物种GH蛋白理论等电点大多低于7.00,属不稳定酸性蛋白,均存在1个信号肽且亲缘关系较近的物种具有相似的裂解位点;马鹿GH基因编码氨基酸序列的二级结构元件以-螺旋和无规则卷曲为主,GH蛋白三级结构存在4个反向平行的互补螺旋。该研究结果可为进一步分析和研究GH基因功能及其应用奠定基础。

摘要： Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物的多种生命进程中发挥着重要作用。为解析烟草中Dof家族成员在生长发育过程中的潜在作用,本研究利用比较基因组学、进化分析、共线性分析等方法解析烟草中的Dof家族成员的潜在生物学功能。结果表明,在烟草基因组中共鉴定到69个Dof转录因子,其Dof功能域在进化上十分保守,根据系统进化分析结果将其划分为9个亚家族。共线性分析表明,烟草中的16个Dof基因与拟南芥17个Dof基因有27个共线性基因对,同时,25个NtDof基因被检测到存在17个全基因组复制对,表明复制事件在烟草Dof基因家族的扩张中起关键作用。此外,表达模式分析表明NtDof基因的表达存在明显的组织特异性,其中NtDof05和NtDof28基因可能与根系生长发育有关。本研究对烟草基因组中的Dof转录因子进行了系统的鉴定和分析,为烟草Dof转录因子家族成员的功能研究奠定了基础。

摘要： 为筛选可高效降解菜籽饼粕中硫苷的细菌,给硫苷降解基因工程菌的构建提供实验数据,以堆放菜籽饼粕的土壤为分离源,通过硫苷选择培养基筛选及硫苷降解率测定,获得一株硫苷降解率最大的菌株C1,采用16S rRNA基因序列进行种属鉴定,通过第3代Illumina NovaSeq PE150测序,获得其基因组完成图并进行功能注释,借助比较基因组学探究C1降解硫苷的机制。结果表明:菌株C1为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),其硫苷降解率为(68.98±4.74)%;C1菌株的基因组染色体全长为4 139 381 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶含量为43.88%,编码区总长度占全基因组的比例为89.14%;C1菌株能编码大量的功能蛋白,主要涉及氨基酸转运与代谢;比较基因组学分析确认,C1与枯草芽孢杆菌的模式菌株(NC000964.3)共线性高,序列中未见大片段易位和倒置的区域,但C1序列中2.7 Mb处出现一个小片段的插入,2.1~2.4 Mb处出现小片段缺失,分别涵盖了2条黑芥子酶的相关基因,推测C1的硫苷降解机制为其可高效分泌黑芥子酶。C1菌株能够高效降解菜籽饼粕中的硫苷,是构建硫苷降解基因工程菌的可选材料。

摘要： 布鲁氏菌是一类革兰氏阴性的胞内寄生菌,主要感染牛、羊、猪、狗等哺乳动物,也可以通过接触感染的动物或者吃被感染的食物以及实验室接触等方式传播给人类.由布鲁氏菌感染引起的疾病被称为布鲁氏菌病,是一种分布广泛的人畜共患病,可以造成较大的经济损失和严重的公共安全问题.据WHO统计,全世界每年都有超过50万的布鲁氏菌病患者.中国,在过去的十几年里,布鲁氏菌病患者的数目呈现快速增长,而且在每个省内均发现不同程度的流行.本研究首先对现有104M疫苗株进行基因组测序，获得了完整的全基因组序列，然后基于已有的布鲁氏菌株的基因组序列进行比较基因组学分析。结果发现疫苗株104M和毒株A13334的基因组最为相似。进一步分析发现:与A13334的基因组相比，104M缺失了一些基因，这些基因直接或问接的与菌株毒力相关;另外，一系列在毒力相关基因上的突变位点也被识别出来，其中一些位点突变与菌株的毒力改变有关。总之，该研究提供了一组与毒力相关的候选基因，为进一步阐明布鲁氏菌104M的减毒机制提供了研究基础。

摘要： DNA连接酶是生物体内重要的酶,在DNA复制,重组和修复过程中发挥着非常重要的作用,其可以在DNA复制中连接冈崎片段,可进行不同途径的修复,如核苷酸的切除修复,碱基的切除修复,单链破损修复或者通过非同源末端连接来修复双链缺口.根据连接酶—腺嘌呤核苷酸形成所需要的底物,可将DNA连接酶分为两类:NAD+依赖型和ATP依赖型.通过生物信息学方法对分枝杆菌中这两类DNA连接酶进行了结构,功能,进化的比较基因组学分析。

摘要： 为更好地研究高产工业菌株9-39中阿维菌素的高产机制，从基因组水平解析阿维菌素高产性状相关的关键基因，对其进行了全基因组序列的精细测定，在该工业菌株的基因组上发现了3个大片段缺失、463个SNP和35个InDel位点，为通过比较基因组研究揭示阿维菌素高产机制奠定了基础。菌株9-39的基因组共计约9,767,982 by(平均GC含量为70.7%)，编码8,148个可能的开放阅读框(ORF)。与ATCC31267基因组的比较分析发现，菌株9-39的基因组上core genome区域(oriC附近的6.5 Mb左右)相对保守，该区域包含绝大多数的必需基因，而左末端约1 Mb左右的亚端粒区域，在基因组的右末端同时存在一个反向重复的拷贝。在高产菌株左末端435 Kb的大片段缺失经实验验证表明对阿维菌素产量有促进作用，而菌株特有的大片段ST16(154 Kb)和ST27(202 Kb)对于阿维菌素产量也具有一定的促进作用。

摘要： 在本研究中，使用了基于同源搜索的最先进的比较基因组学方法，在亚洲棉栽培种内鉴定出了73个miRNAs，包含在miRNA49个家族中。采用实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR），验证了几个预期的miRNAs。这些miRNA的长度为18-22个核苷酸大小，平均长度为20个核苷酸。miRNA前体的长度在46-684个核苷酸范围内，平均长度为1386120个核苷酸。对于大多数亚洲棉miRNAs，每一个家族只有一个miRNA。尽管如此，我们已经鉴定出了大量miRNAs，分别属于miRNA156,414,837,838,1044,1533,2902,2868,5021和5142家族。在亚洲棉miRNA前体中，核苷酸A和U占比例最大，达到62. 95%。亚洲棉miRNA前体具有较高的负相关最小折叠自由能(MFE)、校正最小折叠自由能(AMFE)和较高的最小折叠自由能系数(MFEI)。在亚洲棉中鉴定出了大量的miRNAs，表明在二倍体棉花生长发育过程中，同陆地棉一样，miRNA也起了同样的调控作用。

摘要： 一些细菌能够在人类和脊椎动物之间自然感染与传播，并引起人类和动物共患的传染病，被称为人兽共患致病菌，其对人类健康、畜牧业生产、畜产品安全和公共卫生均会造成重大危害。

摘要： 猪传染性胸膜肺炎(PCP)是由胸膜肺炎放线杆菌(APP)引起的一种高度接触传染的呼吸道疾病。猪瘟(SF)，欧洲人称为古典猪瘟(CSF)，是由猪瘟病毒(CSFV)引起的一种高度接触性和致死性传染病。这两种重要的病原微生物所引起的疾病已经给全世界的养猪业造成了巨大的经济损失。随着高通量测序技术的发展，越来越多的基因组序列被测序完成，对基因组序列的比较分析为探索微生物的遗传变异提供了一个崭新的机会。rn 本文利用生物信息学的分析方法和策略，对以上2种病原微生物的基因组序列进行了深入地比较与分析，阐述了基因组序列结构与病原的致病能力，代谢机制之间的关系。

摘要： 藻类是水生植物的主体，是人类的一大自然财富，在食品、农业和药物开发上都有着广泛的利用，加大对藻类基因组的研究将有助于更快、更准确地了解各种藻类的独特之处，以便更好的加以利用。利用新一代测序技术绘制藻类基因组精细图谱，可以在DNA序列水平准确、直观的了解其基因组信息，同时与其他物种进行比较基因组学研究，了解其独特的生物系统，有助于加强对藻类的分类研究和进化分析。对同一藻类多个品种进行全基因组重测序，能够快速进行种质资源普查筛选，寻找大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。对预测的重要性状候选基因进行克隆并验证，找到与藻类重要性状相关的功能基因，将可用于分子设计育种，开展藻类转录组、表达谱和表观组等研究，以更深入更完善的了解藻类并加以利用。

摘要： 动物线粒体基因组是研究基因组进化模式与机制的良好模型。已知无脊椎动物尤其是贝类的线粒体基因组表现出高度变异性，而双壳类是目前已知变异程度最高的类群。真曲巴菲蛤(Paphia euglypta)隶属于帘蛤科(Veneridae)，主要分布于我国浙江以南沿海地区，栖息于潮下带细沙泥质海底，是我国重要的经济贝类。GenBank目前已经公布帘蛤科2种类菲律宾蛤仔(Venerupis philippinarum)和文蛤(Meretrixpetechialis)的线粒体全序列。经比较分析发现，这两种的线粒体基因组表现出很大的差异，如tRNA数量、基因排列顺序等。基于这些发现，本研究通过测定帘蛤科中第三个物种的线粒体基因组全序列，分析帘蛤科种类线粒体基因组的进化模式及机制。结果表明：真曲巴菲蛤线粒体全长18643 bp，包含12个蛋白编码基因，22个tRNA基因，2个rRNA基因，且所有基因均由一条链编码：与许多海洋双壳贝类相同，它缺少atp8基因。

摘要： 水稻细菌性条斑病和白叶枯是目前水稻种子检疫中的两种主要病害.细菌性条斑病是一种主要分布在热带和亚热带地区的严重的水稻病害,它会导致水稻减产最高达50％(Mansfield et al.,2012).而白叶枯主要发病于热带地区，其造成的损失一半为30%左右。这两种病害在包括中国和美国在内的大多数国家均被视为重要的检疫病害。这两种病害不仅对于人类的食品安全重要非凡，而且也是人类了解病原发生发展以及植物保护的重要的模式。

摘要： 水稻细菌性条斑病和白叶枯是目前水稻种子检疫中的两种主要病害.细菌性条斑病是一种主要分布在热带和亚热带地区的严重的水稻病害,它会导致水稻减产最高达50％(Mansfield et al.,2012).而白叶枯主要发病于热带地区，其造成的损失一半为30%左右。这两种病害在包括中国和美国在内的大多数国家均被视为重要的检疫病害。这两种病害不仅对于人类的食品安全重要非凡，而且也是人类了解病原发生发展以及植物保护的重要的模式。

摘要： 本发明提供了一种同时对单细胞基因组和转录组进行高通量文库构建及测序的方法。本发明还提供了一种基于单细胞整合基因组学(SCIG)的测序方法及其应用。本发明提供的SCIG方案能够实现在单次实验中同时得到一个单细胞的基因组和转录组，获得单个细胞中遗传和表观遗传信息，并进行综合分析，全方位，多层面的展示该细胞的状态；这些优势使得SCIG在鉴定单细胞的特性和共性方面具有优越性。

摘要： 本发明提供了一种同时对单细胞基因组和转录组进行高通量文库构建及测序的方法。本发明还提供了一种基于单细胞整合基因组学(SCIG)的测序方法及其应用。本发明提供的SCIG方案能够实现在单次实验中同时得到一个单细胞的基因组和转录组，获得单个细胞中遗传和表观遗传信息，并进行综合分析，全方位，多层面的展示该细胞的状态；这些优势使得SCIG在鉴定单细胞的特性和共性方面具有优越性。

摘要： 本发明涉及一种基于宏转录组学和宏基因组学的环境中新型抗生素抗性基因的活性定量方法。具体包括以下步骤：1)从环境微生物样本中提取总DNA和RNA；2)DNA样品进行宏基因组测序；RNA样品进行宏转录组测序；3)通过对宏基因组测序以及宏转录组测序结果进行分析，识别新型抗生素抗性基因及其宿主，并对其活性进行定量。本发明的方法不依赖菌株分离培养，结合了宏基因组和宏转录组方法能够实现环境微生物样品中抗生素抗性基因的活性定量及其宿主鉴定。

摘要： 本发明是快速鉴定大白菜抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1)大白菜全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2)MLO型基因的鉴定；3)MLO型基因系统发育关系；4)MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了大白菜白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记(SNP、SCAR等)，还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述大白菜抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定菜豆抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1)菜豆全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2)MLO型基因的鉴定；3)MLO型基因系统发育关系；4)MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了菜豆白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记(SNP、SCAR等)，还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述菜豆抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定草莓抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1)草莓全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2)MLO型基因的鉴定；3)MLO型基因系统发育关系；4)MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了草莓白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的白粉病基因开发相应的共分离功能性标记(SNP、SCAR等)，还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述草莓抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定荠菜抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1)荠菜全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2)MLO型基因的鉴定；3)MLO型基因系统发育关系；4)MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了荠菜白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记(SNP、SCAR等)，还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述荠菜抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定百脉根抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1）百脉根全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2）MLO型基因的鉴定；3）MLO型基因系统发育关系；4）MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了百脉根白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记（SNP、SCAR等），还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述百脉根抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定蒺藜苜蓿抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1）蒺藜苜蓿全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2）MLO型基因的鉴定；3）MLO型基因系统发育关系；4）MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了蒺藜苜蓿白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记（SNP、SCAR等），还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述蒺藜苜蓿抗白粉病分子机制奠定了基础。

摘要： 本发明是快速鉴定木薯抗白粉病基因；涉及到植物比较基因组学，遗传学和生物信息学等学科知识，属于植物生物技术科学领域。该发明主要步骤为：1）木薯全基因组序列的下载及MLO型基因的采集；2）MLO型基因的鉴定；3）MLO型基因系统发育关系；4）MLO型白粉病基因的比对。该发明有效的缩短了木薯白粉病基因挖掘周期，有利于白粉病基因的快速鉴定；通过鉴定的候选白粉病基因开发相应的共分离功能性标记（SNP、SCAR等），还可以快速的用于抗白粉病基因的分子标记辅助选择，准确性高；结合其它抗病基因分子标记可进行多抗性育种材料的创制，缩短育种年限，提高育种效率；为阐述木薯抗白粉病分子机制奠定了基础。