线粒体基因组

摘要： 绒螨目是一个数量庞大且分散的类群,许多绒螨目螨类具有医学和经济学意义。本文从线粒体基因组的一般结构及基因重排、蛋白质编码基因、rRNA基因、tRNA基因、控制区、系统发育关系六个方面对绒螨目螨类线粒体基因组进行回顾,综述了当前已测序的绒螨目螨类线粒体基因组,系统总结了近年来报道的绒螨目线粒体全序列的基因特征、绒螨目的系统发育关系。

摘要： 飞虱科昆虫隶属于半翅目蜡蝉总科,是世界上最重要的农业害虫之一。昆虫的线粒体基因是昆虫分子与进化研究中常用且有效的分子标记。本研究基于线粒体蛋白编码基因探讨了飞虱科13属18种的系统发育关系,分别采用距离法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树得到的结论是一致的,即在飞虱科13属中,Ugyops属较为原始,处于系统树的基部,其余12个属聚为2支,Bambusiphaga属、Epeurysa属、Tropidocephala属和Saccharosydne属聚为一支,Peregrinus属、Perkinsiella属、Changeondelphax属、Chloriona属、Ishiharodelphax属、Sogatella属、Laodelphax属和Nilaparvata属聚为另一支。18种的进化地位和分类归属与传统分类结果基本一致。

摘要： 以分布在不同海拔(2279、3273、4452 m)的喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)为供试材料,通过二代测序技术对线粒体基因组序列进行比较分析,挖掘喜马拉雅旱獭低氧适应相关基因。结果表明:不同海拔喜马拉雅旱獭线粒体序列长度之间并无差异,但蛋白质编码基因突变位点个数随海拔增加而增多,ND5基因的突变位点个数和非同义突变位点个数都为最多,其Ka/Ks>1,表明ND5基因存在正选择效应,可作为适应高海拔低氧环境的候选基因。与玉树(海拔4452 m)相比,乐都(海拔2279 m)和黄南(海拔3273 m)的喜马拉雅旱獭亲缘关系相对较近。喜马拉雅旱獭13个蛋白质编码基因的核苷酸序列共编码氨基酸3812个,去掉起始密码子和终止密码子后共编码氨基酸3802个。在20种氨基酸中,Leu的使用率最高,达16.18%,Gys的使用率最低,仅有0.71%。RSCU值>1的密码子有32种,RSCU值<1的密码子有32种,其中AGG的RSCU为0。

摘要： 【目的】测定和分析半翅目(Hemiptera)仁蚧科(Aclerdidae)首个线粒体全基因组——高桥仁蚧Aclerda takahashii线粒体全基因组序列,并探讨与其他蚧虫类群的系统发育关系。【方法】基于Illumina测序技术进行高桥仁蚧线粒体全基因组测序,并进行生物信息学分析;基于已报道的15科31种半翅目昆虫的线粒体全基因组序列运用最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)构建半翅目系统发育树。【结果】高桥仁蚧线粒体基因组全长16599 bp,AT含量高达84.51%。在该线粒体基因组中,缩减tRNA非常普遍,10个tRNA缺失二氢尿嘧啶(DHU)臂或TΨC臂,tRNA^(ser(S1))和tRNA^(ser(S2))缺失DHU臂和TΨC臂。系统发育树显示,与仁蚧科亲缘关系最近的是蚧科(Coccidae)。【结论】本研究报道了首个仁蚧科的线粒体基因组,发现在高桥仁蚧线粒体基因组中存在普遍的tRNA缺臂现象,为进一步系统地研究蚧虫线粒体基因组提供了数据支持。

摘要： 旨在从分子水平上探究野牦牛及青海地方牦牛品种的母系遗传多样性、群体遗传结构、亲缘关系和遗传背景。本研究在测定青海省4个地方牦牛品种(即青海高原、环湖、雪多和玉树牦牛)22条全线粒体基因组(Mitogenome)序列的基础上,从GenBank下载了已公布的野牦牛及上述4个地方牦牛品种的142条相应序列,使用BioEdit 7.2.5、Arlequin 3.11和Network 10.1等软件对共计164条线粒体基因组序列进行综合分析。结果显示:1)根据序列间核苷酸变异共确定了115种单倍型,其中野牦牛和青海地方牦牛品种分别拥有22种和93种单倍型;在野牦牛和青海高原、环湖、雪多、玉树牦牛中分别检测到22、26、18、23、19种特有的单倍型。遗传多样性分析显示,野牦牛单倍型多样度最高(0.9928±0.0144),且高于4个青海地方牦牛品种的单倍型多样度(0.9731±0.0077);4个青海地方牦牛品种单倍型多样度大小依次为:雪多牦牛(0.9885±0.0126)、玉树牦牛(0.9758±0.0187)、青海高原牦牛(0.9730±0.0166)和环湖牦牛(0.9393±0.0278)。2)野牦牛与环湖牦牛之间的固定分化指数值(F_(ST)值)最大(0.0412),分化程度最高,而与玉树牦牛间的F_(ST)值最小(-0.0088),分化程度最低。青海4个地方牦牛品种中,雪多牦牛与青海高原牦牛之间F_(ST)值最大(0.0358),分化程度最高,而雪多牦牛与环湖牦牛间F_(ST)值最小(0.0112),分化程度最低。3)聚类分析显示,4个青海地方牦牛品种各自为1类,存在明显的母系遗传差异。相比而言,环湖牦牛和雪多牦牛聚类较近,青海高原牦牛和玉树牦牛聚类较近,而野牦牛与玉树牦牛聚类关系更近,各品种(群体)间的聚类结果与其分化程度、地理分布一致。4)系统发育分析表明,115种单倍型分布在3个大的母系遗传分支(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),其中Mt-Ⅰ支系所占比例为72.17%,由A、B、E和F 4种单倍型组构成;Mt-Ⅱ支系包括C、D和H 3种单倍型组,占26.09%;而Mt-Ⅲ支系只包含G单倍型组,由雪多牦牛和野牦牛所拥有,所占比例为1.74%,提示牦牛有3个母系起源。综上所述,野牦牛和青海4个地方牦牛品种均具有丰富的母系遗传多样性,其多样性水平由高到低依次为野牦牛、雪多牦牛、玉树牦牛、青海高原牦牛和环湖牦牛。青海4个地方牦牛品种间及与野牦牛间的遗传分化程度均较弱,但各自拥有特有的母系遗传信息,存在明显的母系遗传差异。野牦牛和青海家牦牛品种由3个母系支系组成,推测牦牛有3个母系起源。

摘要： 为从分子水平阐明巨石斑鱼(Epinephelus tauvina)与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的物种有效性及分类地位,本研究采用PCR扩增和测序的方法获得巨石斑鱼和斜带石斑鱼线粒体基因组全序列,对两基因组结构特征及序列差异进行比较分析。研究表明,巨石斑鱼与斜带石斑鱼的线粒体全长分别为16787和16798 bp,序列共存在11 bp长度差异。两种石斑鱼线粒体基因组全序列由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段非编码控制区(D-loop区)组成。对两种石斑鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因、2个rRNA及D-loop区等分子标记序列比对分析可知,两种石斑鱼16个基因序列遗传距离差异在5.9%(16S rRNA)~40.6%(D-loop)之间,这揭示了巨石斑鱼与斜带石斑鱼在分子水平上存在较大遗传差异,超出了种以上的分化水平。基于12个蛋白编码基因构建的分子系统进化树显示,巨石斑鱼与蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)聚为一支,斜带石斑鱼与马拉巴石斑鱼(Epinephelus malabaricus)聚为一支,两者位于不同的分支类群,进化地位相对较远。研究结果表明,两种石斑鱼虽然外部形态特征极为相似,但分子水平存在巨大差异,亲缘关系较远,两者不能混淆为同一物种。

摘要： 为从线粒体角度了解银耳(Tremella fuciformis)主要栽培菌株的遗传多样性,从37个银耳栽培菌株中选取33、34和37号3个典型菌株进行高通量基因组测序,并进行线粒体基因组组装和分析,结果表明:3个菌株的线粒体基因组序列一致,但就线粒体基因组拷贝数而言,33号显著高于34号、37号。选取37号菌株线粒体基因组与已公布的7个野生菌株进行内含子多态性分析,发现它们内含子数量和插入位点各不相同,存在丰富的多态性。针对37号菌株特异内含子及周边序列设计8对引物,通过PCR扩增分析栽培菌株的多样性,结果表明:这8对引物在36个栽培菌株中均扩增出一条长度一致的条带,其长度与37号菌株的预测长度相同,说明36个菌株均含有与37号菌株相同的内含子。

摘要： 浙江大学农业与生物技术学院杨景华教授团队系统地介绍了蔬菜作物中主要的细胞质雄性不育类型,以及通过自然突变、种间或种内杂交转育和原生质体融合等几种常见细胞质雄性不育系的应用途径;又从线粒体基因组特征角度出发,分析了细胞质雄性不育基因ORFs通过线粒体基因组重组的演化形成机制,以及ORFs的拷贝数变异与育性变异的关系。

摘要： 为快速有效鉴别(鱼师)属鱼类物种、加强(鱼师)鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(鱼师)(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16 530bp),碱基组成为A (26.83%)、G (17.6%)、C (30.04%)和T (25.53%), A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性。与其他硬骨鱼一样,高体(鱼师)线粒体基因组包含13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除ND6、tRNA^(Gln)、tRNA^(Ala)、tRNA^(Asn)、tRNA^(Cys)、tRNA^(Tyr)、tRNA^(Ser)、tRNA^(Glu)、tRNA^(Pro)基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除COⅠ、COⅡ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNA^(Ser)-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构。比较中国和日本海域高体(鱼师)线粒体基因组发现, CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异。此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(鱼师)(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种(鱼师)属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间。基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体(鱼师)与其他(鱼师)属鱼类有效区分,高体(鱼师)与长鳍(鱼师)同属一支,亲缘关系最近;黄条(鱼师)和五条(鱼师)聚为一支,亲缘关系最近。

摘要： 重盘科Diplodiscidae Cohn,1904复殖吸虫是两栖动物最为常见的寄生虫,形态多样,目前未见基于线粒体基因组的遗传多样性研究。本研究记述并分析了寄生于滇蛙Dianrana pleuraden肠道的重盘科重盘属Diplodiscus Diesing,1836黑斑蛙重盘吸虫D.nigromaculati的线粒体全基因组序列,为后续开展此类吸虫的遗传结构及遗传多样性研究提供了新的数据。黑斑蛙重盘吸虫线粒体基因组全长14697 bp(GenBank登录号:MW698822),由22个tRNA基因、12个蛋白编码基因、2个rRNA基因和1个非编码区组成;AT含量(60%)高于GC含量(40%),但AT含量为目前已报道同盘总科Paramphistomoidea Fischoeder,1901中最低;trnG基因和trnE基因的互换成为同盘总科吸虫线粒体基因组遗传结构的重要特征。基于12个蛋白编码基因的系统发育树支持重盘属隶属于重盘科。本研究中,滇蛙为黑斑蛙重盘吸虫的宿主新记录。

摘要： 为了更好地理解瓢甲科的系统发生关系,测定了具有代表性的8种瓢虫的线粒体基因组序列,对基因组特征进行了分析,包括线粒体基因组组成、基因间隔区与重叠区、基因组排列方式和密码子使用情况等.已测得的瓢甲科昆虫线粒体长度在9227～17471bp,A+T含量为75.18％～80.45％.瓢甲科线粒体基因组中已知蛋白编码基因的起始密码子除cox1为AAT外,其余均为ATN,终止密码子为TAA、TAG以及不完整终止密码T.虽然瓢甲科昆虫的基因间隔区和重叠区通常较短,但也存在例外.最后联合了以前已经发表的12种瓢甲科线粒体基因组序列和3种扁虫总科线粒体基因(外群)构建了系统发生树,分析结果支持瓢甲科的以下关系:瓢甲科是一个单系群,瓢甲亚科、植食性瓢甲亚科也都是单系群,但红瓢虫亚科和小毛瓢虫亚科是并系群.这与前人基于形态特征的研究结果一致.此外,锯叶裂臀瓢虫(Henosepilachna pusillanima)和马铃薯瓢虫(Henosepilachna vigintioctom)为姐妹群,且皆属于裂臀瓢虫属;长崎齿瓢虫属Afissula作为(裂臀瓢虫属Henosepilachna+豆形瓢虫属Subcuccinella)的姐妹群,且皆属于植食性瓢甲亚科;六斑月瓢虫(Cheilomenes sexmaculata)和十九星瓢虫(Anisosticta novemdecimpunctata)为姐妹群;六斑异瓢虫(Aiolocaria hexaspilota)和七星瓢虫(Coccinella septempunctata)为姐妹群;黄菌瓢虫属(Halyzia)和橙菌瓢虫属(Illeis)为姐妹群,两者同属于食菌瓢虫族;龟纹瓢虫(Propylea japonica)和方斑瓢虫(Propylaea quatuordecimpunctata为姐妹群.

摘要： 皮蠹科昆虫是一类重要的贮粮害虫,对皮蠹科昆虫的系统学研究从经济学角度具有重要意义.本文利用第二代测序方法测定了一种皮蠹Anthrenus fuscus的线粒体近全基因组,该线粒体基因组全长14793bp,其中A+T含量为72.38％,G+C含量为27.62％,包含37个基因(2个rRNAs;22个tRNAs;13个蛋白质编码基因,protein-coding genes,CDS)和一段不完全的控制区(control region,CR),基因排列顺序像大多数昆虫一样,不具有基因重排现象.13个蛋白质编码基因中只有nad2和nad1的起始密码子不是典型的起始密码子ATN,而是TTG,cox2、nad5及nad6的终止密码子也不是典型的TAA和TAG,而是T结尾.在13个蛋白质编码基因序列中,亮氨酸(Leu)、丝氨酸(Ser)、苯丙氨酸(Phe)、异亮氨酸(Ile)使用频率较高,平均比例依次为13.845％、9.492％、9.951％、9.355％.半胱氨酸(Cys)、精氨酸(Arg)、组氨酸(His)、天冬氨酸(Asp)使用较低,平均比例依次为1.082％、1.514％、1.839％、1.812％.atp8中出现的氨基酸种类最少,半胱氨酸(Cys)、天冬氨酸(Asp)、谷氨酸(Glu)、甘氨酸(Gly)、组氨酸(His)和精氨酸(Arg)都未出现,cox1、nad4L、nad1和nad6序列中出现氨基酸种类约18种,剩余蛋白质编码基因序列中出现的氨基酸种类均是20种.除了tRNASer(AGN)之外所有的tRNAs均是典型的三叶草结构,tR-NASer(AGN)缺少DHU臂而形成了一个简单的环,不能形成稳定的三叶草结构,另外,tRNASer(AGN)的反密码子变成了TCT而不是更常见的GCT.本文依据西方蜜蜂Apis mellifera和黑腹果蝇Drosophila melanogaster的rRNAs的二级结构模型绘制了A.fuscus的核糖体RNA的二级结构.16S rRNA的二级结构包括5个结构区域(Ⅰ至Ⅵ),第Ⅲ结构区域普遍缺失而变成一条单一的核苷酸链连接第Ⅱ和第Ⅳ结构区域,共44个螺旋.12SrRNA的二级结构包括4个结构区域,共27个螺旋,其中螺旋H47序列变异性较高,不同模型的二级结构也不相同,A.fuscus的螺旋H47结构由一个长茎和一个大环组成组成.

摘要： 基于黄瓜线粒体父系遗传特性,研究线粒体基因组SSR(mitochondria genome simple sequence repeat,mtSSR)标记技术在黄瓜杂交种纯度鉴定上的可行性.根据黄瓜线粒体基因组序列开发特异性标记,选用不同生态型的黄瓜品种对标记进行筛选,利用多态性的引物对人为掺假的黄瓜F1种子进行纯度检测.从72对标记中,共筛选出4对在30份黄瓜品种呈现出多态性的引物,其中mtSSR4引物扩增出102和107 bp的多态性片段;mtSSR10引物扩增出196、224和242 bp的多态性片段;mtSSR29引物扩增出226、239和280 bp的多态性片段;mtSSR44引物扩增出184和194 bp的多态性片段.利用引物mtSSR4和mtSSR10对4份黄瓜F1种子纯度鉴定,显示黄瓜F1种子的带型与父本的一致,可将掺入杂交组合中的假种子区分开.经田间试验数据表明,分子标记检测与田间鉴定结果基本一致,可用于黄瓜杂交种种子纯度的鉴定.线粒体基因组特异序列SSR标记能够准确地鉴定黄瓜杂种一代种子,对保证黄瓜种子生产质量具有广泛的应用前景.

摘要： 德州驴属于大型驴种,是中国四大优良地方驴品种之一,并广泛用于其他品种的改良.不同品种间线粒体基因组的比较可以说明其进化水平.由于缺少完整的线粒体基因组序列,目前大部分分析用的是线粒体Cytb基因和D-loop区的序列.为了研究德州驴与其他品种驴间的进化关系,测序和组装了德州驴完整的线粒体基因组.结果表明,整个基因组长度16,813bp,包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、25个tRNA基因和1个调控区.基于组装的完整线粒体基因组序列,在其他2头德州驴和3头云南驴扩增了13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列.在马、野驴和家驴间比较了这些序列的多态性并进行了物种进化树分析.进化树的结果支持了中国家驴起源于非洲的假说.

摘要： 目的：线粒体基因组D-环区(D-Loop区)单核苷酸多态性(SNPs)与多种肿瘤的致癌风险和疾病预后有关,本研究探讨线粒体基因组D-Loop区SNPs与胃癌患者预后的关系.rn 方法：选择在河北医科大学第四医院住院行胃癌根治性手术切除的胃癌患者136例,对其外周血线粒体D-Loop区进行测序分析,采用Kaplan-Meier方法及Log-Rank方法,分析不同单核苷酸多态性位点与患者3年生存率的关系,并采用COX风险回归模型,筛选出胃癌患者预后的独立预测因子.rn 结果：采用Kaplan -Meier方法绘制生存曲线发现，489C/T和523-524AC/del与胃癌患者的生存期有关。采用Cox比例风险回归模型分析发现，489C/T是胃癌患者预后的独立预测因子，线粒体DNA N亚型(489T)患者的预后明显好于M亚型患者(489C) (OR=1.753,95%CI1.005-3.060,P=0.048)。rn 结论：线粒体基因组D-Loox区单核苷酸多态性可作为胃癌患者预后的预测因子，有助于早期判断胃癌患者预后，更好地指导临床治疗。

摘要： 目的:线粒体基因组D-环区(D-Loop区)单核苷酸多态性(SNPs)与多种肿瘤的致癌风险和疾病预后有关,本研究探讨线粒体基因组D-Loop区SNPs与胃癌发病风险的关系。rn 方法:本研究将对胃癌患者及对照组人群外周血进行线粒体基因组D-Loop区测序分析,采用χ2检验比较胃癌患者和对照组单核苷酸多态性分布的不同,从而筛选出和胃癌发病密切相关的SNPs.rn 结果:本研究共发现7个多态性变异位点(73G/A,235A/G,309C/C insert,324C/G,523-524AC/del,16362T/C及16519C/T)与胃癌的发病风险相关，其中73G,235A,309C,324C,16362T及16519C基因型可能增加了胃癌的发病风险，相反，523-524AC基因型则可能降低了胃癌的发病风险。rn 结论:线粒体基因组D-Loop区单核苷酸多态性可作为胃癌发病的预测因子，有助于早期诊断胃癌，更好地指导临床治疗。

摘要： 藏猪主要分布于中国西藏自治区的山南、昌都地区和拉萨市,四川省的阿坝和甘孜藏族自治州,云南省的迪庆和甘肃省的甘南藏族自治州等平均海拔达3000米以上的高海拔地区,能够很好的适应低氧、低温、强紫外线等恶劣环境.本实验采用35对引物,利用常规Sanger测序技术对6个不同地区藏猪及4个四川地方猪种的线粒体基因组进行了测序和拼接.同时,结合数据库中14个代表性猪种的线粒体DNA序列进行系统发育分析,发现藏猪与四川地方猪种亲缘关系较近.采用sliding windows的方法比较了藏猪与四川地方猪种线粒体基因组不同区段的核苷酸多样性,发现在线粒体DNA多达76.9％的区域中,藏猪的核苷酸多样性显著高于四川地方猪种,充分反映了家猪受到强烈的人工选择,而藏猪由于极少受到人工选择而保持了较高的线粒体DNA多样性.相反的,发现16s核糖体RNA在藏猪中呈现多样性低的现象,通过对藏猪线粒体该区段的RNA二级结构进行预测,发现藏猪特有的16s核糖体RNA更加稳定,表明藏猪的16s核糖体RNA可能受到了正向选择.线粒体上的蛋白编码基因参与大量能量代谢过程,进一步对线粒体基因组上13个蛋白编码基因的碱基替换进行分析,发现ATP6基因在藏猪中呈现较高的核苷酸非同义突变率,暗示了ATP6基因在进化过程中受到了适应性选择,可能在藏猪的高海拔适应性中起着重要作用.本研究通过比较分析藏猪与平原猪种的线粒体基因组,揭示了自然选择和人工选择作用于线粒体DNA的不同痕迹.

摘要： 本研究获得的多刺牡蛎和棘刺牡蛎线粒体基因组蛋白质编码区序列长度、基因排布顺序、编码基因的起始与终止密码子均完全相同，且在4个线粒体基因组的蛋白质编码区中仅发现了13个SNP位点（其中6个位点为同义替换、7个位点为非同义替换）。上述研究结果表明，多刺牡蛎和棘刺牡蛎拥有相同的线粒体基因组，它们应该是相同的一个物种。本研究的结果说明贝壳上的棘刺数量、形态、分布位置，不宜作为囊牡蛎属物种的形态分类依据。

摘要： 本研究首次测序完成两种非人灵长类代表黑猩猩和白颊长臂猿蛔虫的线粒体全基因组.基因组特征分析显示:1)两蛔虫基因组呈环状,长度分别为14,268bpand 14,274bp,与已报道的人蛔虫mtDNA大小类似；2)整个基因组编码36个基因,其中蛋白质编码基因12个,tRNA基因22个,大、小核糖体亚基(16S和12S)各一个,无论基因种类还是数量二者与多数已知线虫的mtDNAs一致.借助比较基因组学、基因组核苷酸全序列一致性分析以及系统进化(NJ、MP、BI)分析,结果强有力地表明:黑猩猩源蛔虫(cA)与白颊长臂猿源蛔虫(gA)属一个种,且二者和人蛔虫享有一致遗传相似性;进一步证实cA和gA是人蛔虫,该结论与先前的形态学和分子生物学研究结果一致.本研究发现不仅将对人类,特别是非人灵长类饲养员及兽医工作者的公共卫生安全产生极大的意义和影响,而且基因组数据所蕴含的生物学信息也将加深对蛔目各物种之间系统进化关系的了解和丰富用于野生动物和家养动物蛔虫物种系统进化、种群遗传及进化生物学研究的分子标示库.

摘要： 运用PCR和测序技术对哈国和中国新疆地区哈萨克马mtDNA D-loop和ATP6-Arg (nps 7974-9963)区序列进行测定。结果D-loop区的单倍体型多样度(Hd)和核普酸多样度(Pi屡比功能基因区ATP6-Arg的高。两个群休哈萨克马之间的Hd和Pi都没有显著差异;按照mtDNA全基因序列分型方法，哈萨克马群体由13个世系(单倍体型组)(A,B,C,G,E,I,L,J,R,N,O,P,Q)组成，其中有7个世系的分布频率大于5%，占世界家马世系的72%，表明哈萨克马具有非常丰富的母系遗传背景。实验结果揭示了中国新疆哈萨克马和哈萨克斯坦哈萨克马很近的亲缘关系，而新疆哈萨克马选育严重落后，借鉴哈萨克斯坦国对哈萨克马提纯复壮的经验之路也许是个可行的选择。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本发明公开了一种马来穿山甲线粒体全基因组序列的扩增引物组和扩增方法及其应用。扩增引物组包括下述5对扩增引物：Lsc引物对：LscF：5’-AGCGGTCAAATCCAGACTAAC-3’，LscR：5’-AGAATGGGGTCACCTCCTCC-3’；Lcc引物对：LccF：5’-CGTCAATCCTTGGGGCTATC-3’，LccR：5’-GCCTGGGTTATGTGGTTTCG-3’；Lcn引物对：LcnF：5’-GGCATAATCCTGTTCATTGTCT-3’,LcnR：5’-AACGGGTGTCTGTCATCCTCT-3’；Lnc引物对：LncF：5’-ACACAAACTATGAGCGAACCC-3’,LncR：5’-AGGATGAAGTGAAGAGCGAAG-3’；Lcs引物对：LcsF：5’-GGATTCTCGGTAGACAAAGC-3’,LcsR：5’-TCAATTAACGGATTATCTGGAC-3’。

摘要： 本发明公开了线粒体基因组9bp序列基因多态性在评价苯中毒风险中的应用。本发明公开了用于检测线粒体中具有“2个串联重复的9bp序列”还是“2个串联重复的9bp序列的缺失型”的物质在制备评价慢性苯中毒风险性的产品中的应用；“2个串联重复的9bp序列”如序列表的序列1所示；“2个串联重复的9bp序列的缺失型”为所述“2个串联重复的9bp序列”缺失了第1至9个核苷酸。实验证明，线粒体基因组DNA中具有“2个串联重复的9bp序列的缺失型”的个体发生慢性苯中毒的风险高于线粒体基因组DNA中具有“2个串联重复的9bp序列”的个体”。“2个串联重复的9bp序列的缺失型”可用于评价慢性苯中毒的风险性。

摘要： 本发明公开了一种基于三代全基因组测序数据的植物线粒体基因组多构型组装方法，属于生物信息技术领域。本发明利用NewBler组装软件可保留所有Contigs之间可能连接的特点，以及三代WGS数据中线粒体与叶绿体、细胞核序列的拷贝数差异，且三代测序reads可跨过重复序列的优势，构建一套适合三代全平台(PacBio/Nanopore/HiFi)测序数据的植物线粒体基因组多构型组装流程。该流程在组装线粒体基因组过程中遇到重复序列导致的多分支时能保留所有可能的连接并继续延伸，直至形成闭环，因此能够解析线粒体基因组的所有可能构型，相比现有植物线粒体基因组组装技术具有准确度更高的优点。

摘要： 一种荧光定量检测核基因组拷贝数及人线粒体基因组拷贝数的方法，通过分别选取人核基因组DNA和线粒体基因组中的一个单拷贝基因，设计引物和探针，然后将序列片段转入PMD‑18T载体中，经转化后提取质粒得到其拷贝数并作为参考标准品；在实际检测时，以参考标准品的Cq值制作标准曲线比较得到待测样品中的核基因组DNA的拷贝数和线粒体基因组DNA的拷贝数。本发明为定量分析人不同组织细胞中线粒体基因组拷贝数提供了方法，特异性高，操作简单，只需荧光定量PCR仪就能完成线粒体基因组拷贝数的快速检测。

摘要： 本发明提供了一种线粒体靶向的基因编辑复合体、制备方法、应用及线粒体基因组编辑方法。所述基因编辑复合体包括：线粒体靶向的阳离子脂质体；和mtCRISPR/Cas9系统：线粒体TERT基因双链同源模板、特异性靶向TERT的crRNA、RNA同源重组修复模板以及Cas9蛋白。本发明通过将基于CRISPR/Cas9的基因编辑技术与线粒体靶向手段结合，提供了线粒体靶向的基因编辑复合体，实现导入正常的线粒体TERT基因功能片段代替错配的基因，通过上调线粒体TERT基因来改善氧化应激水平。

摘要： 本发明公开了一组鳖科动物线粒体全基因组扩增通用引物，属于分子生物技术领域；具体步骤包括：鳖科动物基因组总DNA的提取，线粒体基因组全序列通用扩增引物的设计，以及线粒体基因组DNA的PCR扩增和测序。鳖科动物的线粒体全基因组序列扩增引物由11对单链寡聚核苷酸组成。采用本发明的通用扩增引物可以快速高效地扩增多种鳖科动物的线粒体基因全序列，为未知鳖科动物的种质鉴定，物种资源保护，以及系统进化研究提供了有利的技术手段。

摘要： 本发明公开了一种检测人线粒体基因组特异性的引物组，该引物组包括SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.32所示的引物序列。设计16对引物，而后PCR产物直接测序，最后进行拼接的方法，相比于现有技术中长片段测序，本发明所设计引物的扩增产物覆盖了整个线粒体的全基因组序列，每对引物的扩增产物长度在1200～1300bp，且相邻两对引物获得的序列重叠100～300bp。因此可以一次性地准确地获得线粒体基因组的信息，检测到线粒体基因组上的所有突变，辅助进行线粒体相关疾病的诊断。

摘要： 本发明涉及一种用于泡吻棘虫头线粒体基因组中三个基因片段核苷酸的扩增测序方法。操作步骤是：（1）依据《分子克隆实验指南》（Sambrook et al.,1989），提取泡吻棘虫的DNA，得到浓度为200 ng/μl的DNA溶液；（2）cox1上、下游引物分别为cox1F、cox1R；rrnL上、下游引物分别为rrnLF、rrnLR；cytb上、下游引物分别为cytbF、cytbR，用上述6个引物配制PCR反应体系，进行PCR反应，得到用于测序的含目的基因阳性克隆质粒溶液；（3）测序分别得到泡吻棘虫头线粒体基因组中cox1基因片段的核苷酸序列、cytb基因片段的核苷酸序列和rrnL基因片段的核苷酸序列。通过本发明的简并引物、PCR反应，实现在1.5小时内完成泡吻属线粒体基因组cox1、cytb、rrnL三个基因片段扩增反应。

摘要： 本发明提供一种基于植物线粒体基因组特征的细胞质雄性不育(CMS)基因预测的方法及应用。具体地，本发明通过对植物线粒体基因组进行开放阅读框的预测，将预测结果与线粒体基因组基因进行比较分析，筛选出其中的嵌合体ORF，对嵌合体ORF进行跨膜结构域进行预测，然后通过数据挖掘的方法得到与CMS相关的嵌合体ORF，最后，通过实验验证了预测结果的可行性。