蛋白质组学

摘要： 背景:乙酰化作为蛋白质翻译后修饰之一可通过调节染色质结构诱导与突触连接、记忆存储相关的基因表达变化。去乙酰化酶抑制剂丁酸钠的神经保护效应在神经系统损伤领域受到重视,但在氟神经毒性领域还未有动物实验证实,其作用靶点也尚不全面。目的:研究丁酸钠对氟中毒脑损伤模型大鼠的干预作用,并对其可能机制做初步探讨。方法:初断乳SD雄鼠随机分成3组,氟中毒组和丁酸钠治疗组大鼠自由饮用含氟蒸馏水10周,丁酸钠治疗组大鼠染氟10周后每日给予1000 mg/kg丁酸钠灌胃处理,持续4周,氟中毒组、对照组大鼠灌胃等量生理盐水。灌胃4周后,Morris水迷宫检测各组大鼠学习记忆能力,苏木精-伊红染色观察大鼠脑皮质病理变化;高效液相色谱-串联质谱法鉴定各组大鼠脑皮质乙酰化修饰蛋白,并对其进行生物学信息分析。结果与结论:(1)与对照组相比,氟中毒组大鼠体质量下降、全脑系数上升。与氟中毒组大鼠相比,丁酸钠治疗组大鼠体质量有所上升,大鼠全脑系数下降。(2)苏木精-伊红染色结果显示,氟中毒组大鼠出现神经细胞胞浆空泡化,细胞核固缩,核周间隙增宽。丁酸钠治疗组大鼠正常神经细胞数量增多,胞浆空泡化减少,细胞核固缩现象减轻。(3)GO和KEGG富集分析显示,大量差异乙酰化修饰蛋白显著富集于突触囊泡循环、突触传递、神经递质运输、跨膜物质转运等与突触可塑性相关的通路中。(4)将蛋白互作网路图数据导入Cytoscape软件,利用不同算法筛选排名前5的关键枢纽蛋白,分别为Hsp8、Rab7a、Nsf、Ezr、Cfl1,可能是氟神经毒性的致病因素以及丁酸钠潜在的治疗靶点。

摘要： 背景:课题组前期研究发现鹿角胶小分子肽富含促进骨生长的肽链,对骨髓间充质干细胞具有良好的促增殖、促成骨化作用.目前对鹿角胶防治股骨头坏死的研究仅停留在物质基础及药效学研究方面,其作用机制及作用靶点尚未明确.目的:基于蛋白质组学初步探讨鹿角胶治疗股骨头坏死的作用机制.方法:SPF级雌性Wistar大鼠36只,随机分为空白组、模型组、鹿角胶组,后2组大鼠灌胃维甲酸70 mg/kg,每日1次,连续灌胃8周,建立股骨头坏死大鼠模型;空白组大鼠不做处理.造模8周后鹿角胶组大鼠给予鹿角胶0.35 g/kg,模型组、空白组予同体积0.9％氯化钠溶液,每天灌胃1次,连续给药8周.通过骨组织病理切片检验造模是否成功及鹿角胶对股骨头的修复效果.通过非标(Label-free)蛋白质组定量技术研究各组之间的差异蛋白情况,根据GO和KEGG数据库分析对差异蛋白的生物功能及参与的信号通路进行富集;采用蛋白质互作STRING Database构建靶点蛋白相互作用图.实验方案经山东省中医药研究院动物实验伦理委员会批准.结果 与结论:①骨组织病理切片结果显示,鹿角胶可有效修复股骨头坏死;②蛋白质组学共鉴定蛋白1457种,空白组与模型组、模型组与鹿角胶组共同差异蛋白共有353种,其中,在模型组升高或降低的差异蛋白,经过鹿角胶干预后明显回调的蛋白有97种;③鹿角胶治疗股骨头坏死的作用机制涉及到血液循环、能量代谢、炎症反应及免疫过程,利用差异蛋白质组学寻找的蛋白质二硫键异构酶(P4HB)、钙黏蛋白2(CDH2)、膜联蛋白A2(ANXA2)、枯草杆菌前蛋白转换酶/可信9型(PCSK9)、乳脂球-表皮生长因子8(MFGE8)、骨形态发生蛋白等可能是鹿角胶的重要靶点,鹿角胶可能通过调控转化生长因子β、糖酵解/糖异生、PI3K-Akt信号通路等治疗股骨头坏死.

摘要： 基于质谱的蛋白质组学技术已逐渐应用于肉类食品的真实性鉴别中,通过对特异性生物标志物的蛋白或肽段进行鉴定、检测和定量,为确证物种的真实属性、含量及来源提供有效的技术手段。本文简要介绍蛋白质组学工作流程,对物种特异性多肽的提取、分析鉴定、热稳定性评价及筛选原则进行详细概述,列举了该技术在肉类食品的动物源性及非肉蛋白成分检测鉴别中的应用,并对其发展方向及前景进行了展望,以期为复杂的食品体系研究提供新思路,也为食品溯源提供更丰富的技术手段。

摘要： 【目的】从蛋白质水平揭示烤烟根系对不同类型土壤的响应差异。【方法】以烤烟品种K326为材料,选取石灰岩土(沙壤土)、水稻土和红壤土,测定3种类型土壤烤烟根系活力、硝酸还原酶(NR)、谷氨酰胺合成酶(GS)和天冬氨酸合成酶(AS)活性;利用iTRAQ技术鉴定3种类型土壤烤烟根系差异表达蛋白,对所获得的差异蛋白进行生物信息学分析,从中选择16个蛋白进行平行反应监测(PRM)验证。【结果】(1)红壤土的烤烟根系活力、NR、GS和AS活性均高于沙壤土和水稻土;(2)从水稻土vs沙壤土、沙壤土vs红壤土、水稻土vs红壤土3组对比中分别鉴定出699、650、569个烤烟根系差异表达蛋白,其中上调/下调蛋白分别为412/287、291/359和323/246个;(3)差异蛋白质主要有催化、结合、转运活性等功能;(4)差异蛋白功能富集于次生代谢产物的生物合成、代谢途径和苯丙烷类生物合成等代谢途径;(5)红壤土烤烟根系与抗逆性、碳水化合物和能量代谢、蛋白质合成等相关的差异蛋白表达均高于沙壤土和水稻土。【结论】利用iTRAQ标记技术,结合PRM验证技术筛选出不同类型土壤烤烟根系差异表达蛋白,为获取响应关键蛋白奠定基础。

摘要： 逆境胁迫在植物生长发育中起重要作用,对植物生长质量产生直接影响。现阶段揭示植物的应答胁迫分子的机理已经成为人们探索研究的重要课题。而植物蛋白质组学研究能揭示不同胁迫状况下,植物蛋白质的具体表达情况,有助于帮助人们深入了解环境胁迫下的植物基因表达调控机制及植物响应胁迫机理,介绍了蛋白质组学研究技术,概述了植物逆境胁迫适应机制在研究中的具体应用,展望了低蛋白质组学在植物逆境生物学领域的发展状况。

摘要： 高血压是临床常见的慢性疾病,以血压持续升高为主要表现,但其发病原因及发病机制尚未完全明确。在现代研究中,蛋白质组学技术日益成熟,可动态监测病理状态下某些蛋白质的细微改变,阐释疾病机制。目前蛋白质组学技术广泛应用于高血压的研究,涉及高血压动物模型、高血压相关靶器官损伤、体液成分和治疗中的应用,丰富了高血压领域的机制研究。因此,分析蛋白质组学在高血压研究中的成果,有助于为高血压的诊断和治疗提供新思路,以促进其向临床用药的转化。

摘要： 为明确大球盖菇多糖施用对猕猴桃生长及抗性诱导的作用和机制,本研究以红阳猕猴桃为试验材料,通过叶片形态结构、生理生化指标及蛋白质组学分析,研究大球盖菇多糖对猕猴桃的影响。结果表明,大球盖菇多糖处理后猕猴桃叶面积增加、叶片变厚,叶绿素含量增加,叶片栅栏组织和海绵组织排列紧密、厚度增加。高温胁迫条件下,处理植株叶片的叶绿素荧光Fv/Fm比值、过氧化物酶活性和多酚氧化酶活性显著高于对照。利用非标记定量蛋白质组学技术共筛选出326个差异蛋白,其中上调蛋白166个(显著上调1.5倍),下调蛋白160个(显著下调1.5倍)。通过基因功能分类和代谢通路富集等生物信息学分析发现,大球盖菇多糖对猕猴桃叶绿体蛋白、胁迫应答、氧化还原相关蛋白表达的影响最大,对光合作用、激素信号途径、次生代谢产物生物合成等代谢途径改变最明显。本研究结果为多糖类抗性诱导剂的开发和利用提供了新资源和理论基础。

摘要： 弓形虫是一种呈世界性分布的机会性致病原虫,可引起致命性脑炎。人弓形虫病急性感染往往与弓形虫卵囊污染密切相关。探究弓形虫卵囊感染对宿主的致病机制和防控弓形虫病具有重要意义。因此,本研究利用iTRAQ技术,结合2D-LC-MS/MS分析弓形虫PRU虫株卵囊急、慢性感染小鼠后,其脑组织蛋白质的差异表达情况。结果表明,在急性感染期和慢性感染期小鼠脑组织中分别鉴定到85和51个差异表达的蛋白,而慢性感染期与急性感染期相比有114个蛋白差异表达。对差异表达蛋白进行功能分析发现其主要涉及到免疫、代谢过程等通路。本研究结果为进一步阐明弓形虫卵囊急慢性感染引起宿主脑组织损伤及致病机制提供了重要的数据。

摘要： 利用高分辨质谱技术获取牛初乳、牛常乳、羊初乳和羊常乳的乳清蛋白组轮廓,基于其非标记定量强度建立偏最小二乘判别分析模型。结果发现牛初乳和牛常乳在蛋白质组成方面较羊初乳和羊常乳更相似,同时筛选出羊乳中丰度较高的9种蛋白用作标志物区分这4组乳样。生物信息学分析发现羊乳中的高丰度蛋白大部分与免疫应答和代谢过程有关,说明羊乳更有助于新生儿建立抗微生物感染的免疫系统。该研究可加深对羊乳蛋白的认识,对牛乳及其制品的营养改良和母乳替代品的生产具有重要意义。

摘要： 目的:比较糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者与糖尿病并发肺结核(diabetes mellitus complicated with pulmonary tuberculosis,DM-PTB)患者的血浆蛋白质谱差异,筛选DM-PTB潜在蛋白质生物标志物,为进一步探索DM-PTB的发病机制提供思路。方法:采用回顾性研究的方法,选取于2017年1月至2018年1月在黑龙江省传染病防治院确诊的DM患者和DM-PTB患者各16例,采用基于同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白质组学技术分析两组间血浆蛋白质谱,以DM-PTB组对DM组蛋白表达量变化倍数>1.2或<0.83且P<0.05为标准筛选差异蛋白,并对差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析等生物信息学分析。结果:共筛选出275个差异表达蛋白,其中有111个在DM-PTB组上调,有164个在DM-PTB组下调。GO分析显示,差异表达蛋白富集数目最多的生物学过程为细胞过程(92.00%,253/275),定位于细胞器(87.27%,240/275),分子功能为结合(90.55%,249/275)。KEGG代谢通路分析显示,差异表达蛋白共富集到26条代谢通路(错误发现率<0.05),富集数目最多的通路为黏着斑通路(22个蛋白),此外PI3K-Akt信号通路、胆固醇代谢通路、血小板激活通路、吞噬体通路和补体及凝血通路等与糖脂代谢和免疫相关的通路也发生了变化。结论:本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了DM-PTB患者的差异表达蛋白,发现这些差异表达蛋白参与了与细胞活动、糖脂代谢和免疫调节相关的信号通路,提示上述通路的变化可能与DM-PTB的发病密切相关。

摘要： 次生代谢产物是植物中一大类非常重要的天然化合物资源,因其显著地药用活性,在医药研究中具有广泛地需求,通过研究植物次生代谢合成途径的分子机制来提高次生代谢产物含量是当前的研究重点.发掘并注释次生植物代谢产物合成途径相关的酶蛋白功能是目前主要研究内容之一.由于涉及次生代谢产物的合成酶、转录因子等在植物体内含量低,属于低丰度蛋白,难以被检测到,组合肽配体技术(CPLL)是一种新生的蛋白质组学技术,在富集低丰度蛋白的应用中具有強大的优势,目前已被广泛应用于人和动物的蛋白质组研究中,但其在植物研究中的应用很少.

摘要： 目的:通过组学等现代新技术和猪流行性腹泻模型,结合传统温病、六经、脏腑辨证的证候标准,明确猪流行性腹泻的证候分型,筛选出有效的治疗方剂,为制定可靠的中兽医学诊断标准,提高中兽药疗效,并阐明临床表征与体内理化及生物学代谢的关系积累资料. 方法:使用猪流行性腹泻病毒的标准毒株在断奶仔猪上进行造模,收集出现临床症状的模型动物的四诊信息,进行辨证分型,根据证型筛选中药,进行治疗;同时将猪流行腹泻病毒接种到猪肠微血管内皮细胞,然后进行蛋白质组学分析,确定蛋白质组学特征数据.预期。 结果:攻毒的建模动物出现典型猪流行性腹泻病症状,攻毒细胞出现差异性蛋白,综合分析蛋白质组学特征数据与临床表证,确定相应的关联性. 创新点:建立基于组学的猪流行性腹泻病的辨证分型尚无报道.

摘要： 目的:应用串联质谱(TMT)结合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术进行蛋白质组学分析,筛选绝经后骨质疏松症患者的血清蛋白分子标志物. 方法:选取10例绝经后骨质疏松患者及10例绝经后骨量正常患者,分别获取其血清,去除高丰度比蛋白,提取分化蛋白并用TMT试剂标记.接着进行质谱检测,差异表达蛋白质的数据分析和生物信息分析. 结果:从经TMT标记结合LC-ESI-MS/MS技术鉴定的蛋白表达谱中筛选出87个显着表达的差异蛋白,其中上调蛋白50个,下调蛋白37个.对差异表达蛋白进行GO基因注释分析,发现这些差异表达蛋白主要参与15种生物学过程,主要来自7种细胞组成,主要具有6种分子功能.初步筛选出与骨质疏松骨重建相关的RAB7A、TSP1、GAS6、SPP24等4个候选蛋白.通过STRING10.0蛋白相互作用网络分析工具发现RAB7A、TSP1、GAS6在相互作用网络图中处于功能网络交叉点;SPP24处于网络边缘,但是其与骨重建重要蛋白BMP2直接相关. 结论:本研究证明基于TMT标记联合LC-ESI-MS/MS技术可作为鉴定筛选绝经后骨质疏松症的血清蛋白分子标志物的有效方法;RAB7A、TSP1、GAS6、SPP24等4个蛋白可能是诊断和治疗绝经后骨质疏松症的潜在有效血清分子标志物.

摘要： "天上的龙肉,地上的驴肉",虽然是句俗语,缺乏有力的科学数据支撑,但这却是人们长期食用驴肉的体会和总结,认为驴肉与其它肉类不同,有着独特的营养和口味.现今,要把"转型升级,价值再造"作为发展中国驴业的纲,驴业的转型升级,就是从单一役用转变为多用途,对其中重要的被称谓为"龙肉"的驴肉及其副产品,作为稀缺营养品和难得保健品理由讲深讲透,一直是人们所期盼了解的.同时,只有深入研究驴肉品质和科学评价驴肉价值,才能使驴肉"价值再造"有一个坚实的理论基础.相信在不久的将来运用蛋白质组学技术对肌肉和骨骼的生长情况进行深入研究，会帮助人们更好的理解肌肉生长和肉品质性状之间是如何相互联系的。随着消费者对健康、安全肉类制品的需求日益强烈，未来在提高肉品质研究和从肉品中获得新的生物活性分子将会是蛋白质组学应用另一个重要领域，这将也是驴肉肉质研究所追求的“价值再造”目标。

摘要： 结核病是由结核分枝杆菌引起的慢性感染病.近十年来,由于艾滋病的流行,许多国家和地区的新移民及人口流动增加,地区性的战乱,以及结核分枝杆菌的耐药菌株的产生和多耐药结核病广泛传播,对结核病的控制造成了前所未有的困难.因此,迫切需要解决早期准确诊断结核病的方法出台,因为这是能让结核病患者得到及时治疗从而减少和控制结核病传播的重要手段之一。最早使用的痰涂片检查虽然检出率低，但还是目前世界各地结核病实验室检查使用最基础的细菌检查方法。培养法虽然一定程度克服了涂片检出率低的问题，但耗时间太长，不适应于临床要求的早准的诊断要求。免疫学检查的特异性和灵敏相对核酸检查不高的问题，还不能全面满足人群调查诊断和临床鉴别诊断的需要。目前发展的核酸检查虽然大幅度提高了检测的灵敏度和特异性，但检查成本和技术要求条件还没有全方位的降低到各个阶层能广范接受的水平。目前发展的蛋白质组学检查技术，全基因测序技术，和基因工程技术等，已经证明能从各个角度或和层面解决了许多人类疾病难题，但在结核病的诊断，治疗和预防等方面的应用还属于起步阶段，有待于进一步的研究和开发。

摘要： 甲酚作为一种常用化工原料,来源广泛,毒性大,长期接触会对人体造成危害.生物处理甲酚是一种最经济的方法,文中总结了甲酚的降解途径及生物处理甲酚的研究进展,并对该领域的研究做了展望。前人对甲酚的研究只是揭示了甲酚的主要降解途径，对甲酚的生物降解研究，主要还是集中在甲酚降解菌的驯化培育、处理效果和甲酚生物降解产物动力学上，而且筛选出来的菌多为假单胞菌和酵母菌，是否还有其它的高效降解菌有待进一步研究发现。另外对生物降解菌体中生物酶如何利用甲酚，哪些蛋白参与代谢活动，其代谢通道如何，并没有开展深入研究，因此有必要进一步从蛋白质组学及代谢组学角度深入研究生物代谢过程，鉴定甲酚特异诱导的蛋白质，发现与甲酚降解相关的基因，分析指出其代谢途径。

摘要： 方证相应理论是辨证论治的核心内容,是临床取效的关键环节.在病证结合、方证结合基础上,遵循整体性、动态性原则,探求方证间的内在联系与物质基础,对阐明中医药作用机理、提高临床疗效具有十分重要的意义.近年来,将系统生物学方法技术应用于方证相应理论研究取得了一些新进展,显示出更加注重整合的趋势.本文从蛋白质组学研究、代谢组学研究、整合研究方面对方证相应理论研究进展进行了综述,并就当前研究中存在的问题及下一步研究方向提出了一些看法.

摘要： 为适应海洋多变的生活环境,许多海洋生物通过足丝等黏附组织营附着生活.足丝在海洋生物中参与其运动、自我保护等生理过程,而且也是医用湿粘附等特殊仿生生物材料开发的重要基础.本研究针对扇贝足丝开展了研究,首先利用Trinity完成了首个足转录组的拼接,获得了75个足特异性表达的基因;利用蛋白质组学手段,结合转录组分析,从扇贝足丝中鉴定了25个足丝蛋白组分.相关研究为基于扇贝足丝蛋白的新型生物黏附材料开发奠定了基础.

摘要： 目的：探讨胃癌患者有根舌苔与无根舌苔的差异蛋白标志物.方法：采用荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)标记、分离蛋白质,Decyder差异分析软件进行分析、识别差异表达的蛋白质,选择差异点胶内胰酶消化后,应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析差异蛋白质点.结果：在患者舌苔标本中共鉴定出12个蛋白质点出现1.5倍以上的表达差异,其中7个上调,5个下调.结论：有根舌苔与无根舌苔存在多个差异表达的蛋白质,可能与其形成相关.

摘要： 目的：探讨胃癌患者有根舌苔与无根舌苔的差异蛋白标志物.方法：采用荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)标记、分离蛋白质,Decyder差异分析软件进行分析、识别差异表达的蛋白质,选择差异点胶内胰酶消化后,应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析差异蛋白质点.结果：在患者舌苔标本中共鉴定出12个蛋白质点出现1.5倍以上的表达差异,其中7个上调,5个下调.结论：有根舌苔与无根舌苔存在多个差异表达的蛋白质,可能与其形成相关.

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 由下述氟树脂形成了与蛋白质或包含蛋白质的组合物接触的表面的容器及用于制造蛋白质或包含蛋白质的组合物的器材具有显著的低蛋白质吸附性，其中，所述氟树脂为选自四氟乙烯‑六氟丙烯系共聚物及四氟乙烯‑全氟烷基乙烯基醚系共聚物中的至少1种氟树脂，并且，所述氟树脂的熔点为320°C以下，所述氟树脂中的相对于每1×10

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了一种尿液中外泌体的提取及其蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析方法。本发明首先提供一种表面螯合金属离子的磁性纳米材料：在氧化石墨烯的表面修饰磁性纳米颗粒，得到产物1；在产物1的表面包覆二氧化硅层，得到产物2；在产物2的二氧化硅层表面修饰带有氨基的硅烷偶联剂，得到产物3；在产物3的表面修饰金属螯合剂，得到产物4；在产物4的表面螯合金属离子即得。本发明磁性纳米材料可用于提取尿液中外泌体，并用于外泌体中蛋白质或磷酸化蛋白质组学分析。通过利用外泌体膜磷脂双分子层表面裸露的磷酸根与金属离子之间通过双配位的化学作用结合，同时结合静电吸附的作用，实现对尿液外泌体的高特异性提取，提取速度快，回收率高。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质亚细胞定位的空间蛋白质组学深度学习预测方法，该方法包括：基于蛋白质亚细胞分离组分定量的空间蛋白质组质谱数据，使用差分矩阵捕获每个蛋白质在不同亚细胞分离组分中的变化轨迹来构建特征图谱；利用卷积神经网络的提取蛋白质特征图谱的深度图特征；利用卷积注意力机制模块对深度图特征进行自适应特征优化；进而使用深度神经网络来预测蛋白质亚细胞定位；使用已知亚细胞定位的蛋白质作为训练集进行五折交叉验证，对未知亚细胞定位的蛋白质进行预测；控制蛋白质亚细胞定位的错误发现率，获得高可信度的蛋白质亚细胞定位预测结果。本发明能高效、准确地实现蛋白质亚细胞定位预测，并促进空间蛋白质组学的未来发展和应用。

摘要： 本发明涉及文物检测技术领域，本发明公开了一种蚕丝蛋白质组学的蛋白质提取与富集方法，本发明将丝蛋白溶解，通过羧基盐修饰的顺磁珠与有机溶剂的共同作用，使蚕丝蛋白富集在磁珠上，通过磁性分离，使蛋白质从溶液中提取出来，且由于磁珠属于固相且被磁场固定，对蛋白质的洗涤纯化简单便捷，纯化效果好。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。