DNA芯片

摘要： 1分子生物技术的发展1.1DNA microarray(DNA微阵列)技术DNA microarray技术又被称之为生物芯片技术或蛋白质微阵列技术,该技术是目前分子生物学领域中最火爆的技术、在世界各地的科研组织都在竞相开发,DNA microarray技术的大概步骤为:在一个特定的固相机制上,将高密度地点上的众多DNA片段,通过操作制作成微阵列也就是DNA芯片或生物芯片。在检测时通常采用分子杂交的手段,将微阵列与荧光标记的标本进行杂交,杂交完成后经过洗涤,使用激光共聚焦显微扫描仪检测荧光信号,经过微机处理分析就可以得到检测结果。

摘要： 目的 通过研究头孢类药物过敏性休克死亡者外周血有核细胞DNA甲基化情况,为药物过敏性休克死亡的法医学诊断提供新的研究方向和依据.方法 运用甲基化芯片检测头孢类药物过敏性休克死亡者和免疫正常者外周血有核细胞DNA甲基化情况.使用R语言methylkit、ChAMP包分别对测序数据、芯片数据进行DNA甲基化差异分析,运用随机森林算法对所得DNA甲基化差异位点重要性进行评估.结果 在ETS1、PRR23B、GNAS等基因座上获得与头孢类药物过敏高度相关的DNA甲基化差异位点.结论 头孢类药物过敏与DNA甲基化相关,DNA甲基化有望成为过敏性休克死亡的法医学鉴定新策略.

摘要： 随着高性能计算需求的不断增长,传统计算模式面临着前所未有的巨大挑战.在众多新兴计算技术中,DNA计算系统以其低能耗、并行化等特点而广受关注.DNA电路(DNA circuit)是实现DNA计算的基础,也是该领域重要的分子信息调控和处理技术.文中重点介绍了DNA计算的基本原理,并总结了最新的研究进展,最后讨论了基于DNA计算所面临的挑战.此类集成的分子计算系统有望广泛应用于航空航天、信息安全及国防建设等领域.

摘要： 研究了基因芯片技术在动物源性成分检测中的应用,在研究过程中选择mtDNA 18S rRNA为目标基因,在通用引物扩增区间设计了质控探针、特异性探针.最终验证了基因芯片检测技术在动物源性成分检测中的应用效果.本次研究证实了基因芯片检测技术在特异性、灵敏度等方面可以达到较高检测水平,该方法成本较低,灵敏度和准确性较高,可用于高通量检测饲料中是否含有猪、牛、鸡和鸭等4种动物源性成分.

摘要： 研发了一种基于DNA芯片(DNA microarray)的荧光分析方法,并将其用于检测甲状腺乳头癌相关的BRAFV600突变.本方法采用三链杂交体系,首先将单链DNA(ssDNA)捕获探针固定在微阵列芯片基底上,制备DNA芯片;以其为反应平台,加入ssDNA目标物与ssDNA捕获探针进行杂交;最后加入荧光分子Cy5的修饰ssDNA标记ssDNA目标物,检测荧光信号.在优化的实验条件下,本方法对BRAFV600E突变型ssDNA目标物的检测灵敏度达到亚纳摩尔级(0.25 nmol/L),且具有3个数量级的线性范围,并能够从突变型ssDNA目标物和野生型ssDNA目标物的混合物中区分出低至0.1％ 的BRAFV600E突变型ssDNA目标物.利用本方法对15例临床甲状腺组织样本的BRAFV600E突变水平进行了分析,实验结果与常规Sanger测序法检测结果一致,表明本方法具有良好的实用性.

摘要： Objective To diagnose the case of meningitis suspected of cryptococcal infection by molecular detection technique. Methods Cerebrospinal fluid samples of patients were collected,DNA was extracted,primers were designed for PCR amplification,and gene detection was performed on the amplified products by DNA chip technology.Results Sample showed positive results for Cryptococcus neoformans.Conclusion PCR amplification of primers designed from ITS conserved sequence and non-culture detection of cerebrospinal fluid samples by DNA chip technology have clinical reference value for deep fungal infections that are difficult to diagnose by traditional methods.%目的 采用分子检测技术对疑似隐球菌感染的脑膜炎病例进行诊断.方法 收集患者的脑脊液样本,提取DNA,设计引物进行PCR扩增,采用DNA芯片技术对扩增产物进行分子检测.结果 显示样本新生隐球菌阳性.结论 通过 ITS保守序列设计引物进行PCR扩增和DNA芯片技术对常规真菌学检查不能确定的疑似隐球菌脑膜炎患者脑脊液样本进行非培养检测,具有实验室诊断参考价值.

摘要： 中国首个羽毛红、产蛋多、蛋重小、体重大的蛋鸡品种“京粉6号”,日前获得国家畜禽遗传资源委员会颁发的畜禽新品种配套系证书,标志着我国蛋鸡育种达到国际先进水平。“京粉6号”蛋鸡是由首农食品集团旗下峪口禽业联合中国农业大学,为中国人“量身定制”的特色蛋鸡品种。峪口禽业育种总监吴桂琴介绍,“京粉6号”具有“高颜值”、产粉蛋、80周龄产蛋数达380个的特点,是科研团队对5个世代、约5万只蛋鸡,经过核心育种群选育、配合力测定、性能测定等一系列实验所筛选出的结果。蛋鸡实现“定制”,得益于“凤芯壹号”DNA芯片,这是我国第一款具有自主知识产权的蛋鸡基因芯片,内含大量DNA探针,通过与样品杂交就可获得其遗传信息。2018年,中国农业大学和峪口禽业联合研发出“凤芯壹号”,与美国现有商业化芯片相比,基因组选择准确率平均提高了20%以上。

摘要： 目的 利用聚合酶链反应(PCR)体外扩增和DNA反向位点杂交相结合的DNA芯片技术检测宜昌地区乙型肝炎病毒(HBV)分型及耐药情况,为临床医师对指导患者选用何种抗病毒药、继续使用该抗病毒药及换用何种抗病毒药提供依据.方法 采集2015年1月至2017年5月宜昌地区共160例乙肝阳性且乙肝D N A检测结果大于103的患者血清标本.对160例患者采取性别、年龄、D N A检测结果分组的方法分析该地区HBV感染分布;采用DNA芯片技术检测基因分型HBV-B、HBV-C、HBV-D,以及rt180、rt204、rt207、rt181、rt236、rt184、rt202、rt250基因位点突变情况.结果 DNA芯片检测出感染HBV-B、HBV-C、HBV-D患者分别为87例(54.37％)、63例(39.38％)、0例,同时感染H B V-B及H B V-C的患者为10例(6.25％).药敏试验显示该地区HBV对拉米夫定(LAM)、替比夫定(LdT)、阿德福韦酯(ADV)、恩替卡韦(ETV)4种药具有耐药性且耐药情况各有差异,4种同时全部耐药的有0例,全部敏感的有31例,未检测出耐药突变的有54例.DNA芯片检测rt180、rt204、rt207、rt181、rt236、rt184、rt202、rt250基因位点,8组基因位点均有野生型和突变型被检测出,其中野生型最多的为rt236,有150例,突变型最多的为rt180,有23例,野生型与突变型同时被检测出的最多的是rt250,有31例,被检出率最高的为rt180,为98.13％(157/160).被检测出突变的有106例,突变率最高的为rt180M(为39.62％);rt184F及rt250I未检测到突变;检测出单基因位点突变的有48例,双位点突变的有29例.结论 宜昌地区感染HBV-B的患者最多.该地区HBV对LAM、LdT、ADV和ETV总耐药率低于全国平均水平,男性HBV感染者远高于女性,20～<60岁感染率最高且耐药率最高.DNA检测结果在105～107感染率最高,103、105及106耐药率最高且多为同时耐2种或2种以上药物.单个基因位点突变的概率最大,双位点突变的概率其次.

摘要： 利用全基因组SNP信息,筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合,可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段.本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质进行SNP分型.以南京农业大学陆地棉TM-1基因组Gossypium hirsutum(AD1)genome NBI v1.1版本为参考序列,对SNP位点进行注释.结果表明,93.85％(72990/77774)的位点检出率超过99％,61595(79.20％)个SNP位点具有多态性,其中76.32％(47009)的位点最小等位基因频率(MAF)大于0.1.基于位点检出率大于0.99、位点具多态性、MAF大于0.2、杂合率小于0.05、每条染色体的SNP密度为400 kb/SNP左右等要求,最终获得4857个覆盖全基因组的高质量核心SNP位点组合.这些核心SNP位点组合平均检出率接近100％;平均MAF值为0.34;平均杂合率为0.02;99％以上的陆地棉材料均能够被准确鉴定.统计分析表明利用核心SNP位点组合与CottonSNP80K的鉴定结果呈极显著相关.本研究提供了包含4857个SNP位点,适于陆地棉品种指纹图谱绘制的核心SNP位点组合,可实现陆地棉品种身份鉴定和品种确权.

摘要： 建立了单链DNA芯片纳米力学分析的非线性弯电模型。首先，基于非线性Poisson-Boltzmann(NLPB)方程和液晶薄膜的弯电理论，利用Fogolari修正公式，建立了DNA分子结构特征、溶液离子浓度等因素与生物膜电势、芯片宏观挠度之间的关系。其次，结合Wu的实验数据拟合了新模型参数，并将生物膜电势分布及芯片挠度变化的线性预测和非线性预测进行了比较，阐明了非线性模型的有效性，最后，考察了DNA链片断数和封装密度等因素对芯片挠度的影响。结果表明：随着DNA链片断数和封装密度的增加，芯片挠度随之逐渐增加。

摘要： 建立了单链DNA芯片纳米力学分析的非线性弯电模型。首先，基于非线性Poisson-Boltzmann(NLPB)方程和液晶薄膜的弯电理论，利用Fogolari修正公式，建立了DNA分子结构特征、溶液离子浓度等因素与生物膜电势、芯片宏观挠度之间的关系。其次，结合Wu的实验数据拟合了新模型参数，并将生物膜电势分布及芯片挠度变化的线性预测和非线性预测进行了比较，阐明了非线性模型的有效性，最后，考察了DNA链片断数和封装密度等因素对芯片挠度的影响。结果表明：随着DNA链片断数和封装密度的增加，芯片挠度随之逐渐增加。

摘要： 建立了单链DNA芯片纳米力学分析的非线性弯电模型。首先，基于非线性Poisson-Boltzmann(NLPB)方程和液晶薄膜的弯电理论，利用Fogolari修正公式，建立了DNA分子结构特征、溶液离子浓度等因素与生物膜电势、芯片宏观挠度之间的关系。其次，结合Wu的实验数据拟合了新模型参数，并将生物膜电势分布及芯片挠度变化的线性预测和非线性预测进行了比较，阐明了非线性模型的有效性，最后，考察了DNA链片断数和封装密度等因素对芯片挠度的影响。结果表明：随着DNA链片断数和封装密度的增加，芯片挠度随之逐渐增加。

摘要： 建立了单链DNA芯片纳米力学分析的非线性弯电模型。首先，基于非线性Poisson-Boltzmann(NLPB)方程和液晶薄膜的弯电理论，利用Fogolari修正公式，建立了DNA分子结构特征、溶液离子浓度等因素与生物膜电势、芯片宏观挠度之间的关系。其次，结合Wu的实验数据拟合了新模型参数，并将生物膜电势分布及芯片挠度变化的线性预测和非线性预测进行了比较，阐明了非线性模型的有效性，最后，考察了DNA链片断数和封装密度等因素对芯片挠度的影响。结果表明：随着DNA链片断数和封装密度的增加，芯片挠度随之逐渐增加。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 综述了DAN条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检验检疫领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,可在检验检疫领域中实现非专家鉴定。

摘要： 一种估计第一DNA链或“探针”与第二DNA链或“靶”杂交形成长度为Lbp的杂交体的亲和性Φ的方法，所述方法包括：在杂交体的一组M个分区的每一分区内，计数一组P个DNA链杂交体的每一杂交体存在于所述分区中的次数，所述杂交体长度为k，小于长度Lbp，或是“k‑杂交体”；对于长度为Lbp的杂交体中一组L个错配组合的每一错配组合，确定所述错配对是否存在于所述杂交体中；和根据以下关系式计算亲和性Φ：该表达式中：是当P个k‑杂交体组的第p个k‑杂交体存在于所述分区的第m个区域时，定量此第p个k‑杂交体对亲和性Φ的贡献的预定标量，且xm，p是这第p个k‑杂交体在所述分区的第m个区域中被计数的次数；和α是实数项。

摘要： 本发明提供在通常条件下具有给定表达时机和表达顺序的生理节律调控基因簇(Bmal1基因、Npas2基因、Rev-erbα基因、Rev-erbβ基因、Dbp基因、Per3基因、Per2基因和Per1基因)，以及具有至少按顺序排列的生理节律调控基因群的DNA芯片。还提供预测生理节律调控基因簇表达时机调节的方法、测定生理节律调节的方法、选择生理节律调节剂的方法、筛选生理节律调节剂和筛选涉及生理节律异常的物质的方法，上述方法均利用DNA芯片。

摘要： 用于固定化DNA等以产生DNA文库的基体和适于通过PCR扩增用于扩增DNA的芯片。PCR扩增方法是使用在卓越传导率基体固定DNA的固相基体进行的。这些基体是用末端有极性基团的化学基团表面修饰的。在PCR方法中，使用DNA固定化在基体上的DNA-固定化芯片，可以在短时间内扩增DNA。

摘要： 本发明公开了一种用于人工智能检测DNA的硅基SERS芯片DNA数据库构建和训练的方法，包括以下步骤：通过氢氟酸辅助刻蚀方法制备银纳米颗粒修饰的硅基SERS基底；构建DNA的SERS数据库；对于所述SERS数据库，提取用于深度神经网络的主要特征值，并训练所述深度神经网络。本发明的检测方法可在常室温下进行，操作安全，对DNA靶标的识别率可达到86.11％，且具有很好的特异性，重现性，检测过程方便。

摘要： 一种估计第一DNA链或“探针”与第二DNA链或“靶”杂交形成长度为L

摘要： 本发明提供在通常条件下具有给定表达时机和表达顺序的生理节律调控基因簇(Bmall基因、Npas2基因、Rev－erbα基因、Rev－erbβ基因、Dbp基因、Per3基因、Per2基因和Per1基因)，以及具有至少按顺序排列的生理节律调控基因群的DNA芯片。还提供预测生理节律调控基因簇表达时机调节的方法、测定生理节律调节的方法、选择生理节律调节剂的方法、筛选生理节律调节剂和筛选涉及生理节律异常的物质的方法，上述方法均利用DNA芯片。

摘要： 用于固定化DNA等以产生DNA文库的基体和适于通过PCR扩增用于扩增DNA的芯片。PCR扩增方法是使用在卓越传导率基体固定DNA的固相基体进行的。这些基体是用末端有极性基团的化学基团表面修饰的。在PCR方法中,使用DNA固定化在基体上的DNA－固定化芯片,可以在短时间内扩增DNA。

摘要： 核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白，提出了一种检测DNA结合蛋白的新方法，其特征在于运用该方法检测DNA结合蛋白包括如下步骤：(a)制备蛋白质结合DNA探针、PCR引物和Tag－DNA微阵列芯片；(b)蛋白质结合DNA探针与DNA结合蛋白结合；(c)核酸外切酶酶切；(d)PCR扩增及标记；PCR产物与Tag－DNA微阵列芯片杂交检测。本发明提出的“核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白”检测DNA结合蛋白的特点是，不需对蛋白质进行任何化学修饰及标记，可同步对多种DNA结合蛋白进行高通量检测，检测灵敏度高。

摘要： 一种DNA合成芯片和DNA合成方法，所述DNA合成芯片为薄膜晶体管半导体阵列，所述薄膜晶体管半导体阵列包括：多个反应位点和多个由薄膜晶体管构成的反应位点控制单元，并且每个反应位点控制单元都包括至少一个像素电路，所述像素电路由所述薄膜晶体管构成像素寻址和控制，每个反应位点都配置为能够并行合成一条与其他反应位点互相一致或互为不同的DNA链。本申请的DNA合成芯片基于薄膜晶体管进行设计，使得DNA合成反应可以按需地在特定区域(像素)进行，属于真正意义上的可编程、高通量DNA合成芯片。

摘要： 本发明公开了一种用于人工智能检测DNA的硅基SERS芯片DNA数据库构建和训练的方法，包括以下步骤：通过氢氟酸辅助刻蚀方法制备银纳米颗粒修饰的硅基SERS基底；构建DNA的SERS数据库；对于所述SERS数据库，提取用于深度神经网络的主要特征值，并训练所述深度神经网络。本发明的检测方法可在常室温下进行，操作安全，对DNA靶标的识别率可达到86.11％，且具有很好的特异性，重现性，检测过程方便。