非编码RNA

摘要： 及全文,经过初筛和复筛,共筛选出74篇文献。结果与结论:血管生成在滑膜炎、软骨破坏及退化、关节边缘骨赘形成、关节疼痛中都起着促进作用,是骨关节炎形成和临床症状加剧的重要因素之一。而促进血管生成的因素主要有促血管生成因子、炎症因子、神经血管相互作用、外泌体及非编码RNA,因此,抑制血管生成成为骨关节炎治疗的有力靶点,但目前血管抑制剂的研究还局限于体外实验和动物模型,其在骨关节炎的临床应用可行性需进一步探讨。

摘要： 背景:目前非编码RNA已被证实在多种骨科疾病中发挥重要作用,因此,非编码RNA可能为了解该疾病的病因、发病机制、治疗方法带来新的思路。目的:探索早期诊断、治疗股骨头坏死的方法和思路,综述非编码RNA在股骨头坏死中的研究进展,并提出目前所存在的问题及解决方法。方法:以“股骨头坏死,非编码RNA,miRNA,lncRNA,circRNA”为检索词检索中国知网、万方、维普等数据库,以“osteonecrosis of the femoral head,non-coding RNAs,miRNA,lncRNA,circRNA”为检索词检索PubMed、Medline等数据库,检索时限均为2000年1月至2021年11月。最终纳入67篇文献。结果与结论:(1)非编码RNA的种类非常丰富,大约占所有转录产物的98%,同时占所有RNA的90%左右,根据其功能可分为管家非编码RNA(如tRNA、rRNA、snoRNA)以及调节非编码RNA(如miRNA、lncRNA、circRNA、siRNA);(2)目前miRNAs与激素型股骨头坏死的研究逐渐成为热点,而外泌体lncRNAs、circRNAs与股骨头坏死的相关研究尚未见到报道;(3)多数非编码RNA在发生激素型股骨头坏死时表达下调,大部分非编码RNA通过负向调控其相关靶基因,以促进骨髓间充质干细胞增殖、成骨分化,促进成骨标记物的表达,也可以促进血管内皮细胞生成,从而抑制股骨头缺血性坏死的发生及进展;(4)外泌体携带的非编码RNA也可以在股骨头坏死中发生作用,但目前文献量较少,非编码RNA是否通过外泌体携带所产生的作用目前暂不清楚,在未来的研究中可逐渐完善;(5)利用非编码RNA类似物和抑制剂可以有效抑制非创伤性股骨头坏死的发生发展,可以为非创伤性股骨头坏死的早期诊断和治疗提供新的策略。

摘要： 背景:胃癌干细胞是近年医学领域研究的热点,能够干预胃癌的发生、转移、复发和耐药等,理论上,胃癌干细胞是未来治疗胃癌最有前途的候选靶点,因此研究胃癌干细胞的作用机制不仅能够阐明胃癌的发生发展,而且有助于寻找新的有效分子靶点,有着广阔的应用前景。目的:利用文献计量学对胃癌干细胞的研究进行可视化分析,总结研究热点和趋势,为相关领域科研工作者的研究提供参考。方法:基于Web of Science核心数据库,通过CiteSpace对2011-2021年的年度发文量、作者、国家、期刊、被引情况和关键词等进行可视化分析。结果与结论:筛选后共纳入2832篇文献,目前全球胃癌干细胞研究的文献数量呈快速增长趋势;中国和美国是发文量最多的国家。中国学者的总发文量虽然位居世界第一,但中心度和篇均被引频次较低,说明受关注程度及学术影响力不足,在发文质量上还有待提高;《Oncotarget》是国内外学者发文量最多的期刊,《Oncology Letters》是中国学者发文量最多的期刊;胃癌干细胞研究呈现出多学科交叉的发展特点;胃癌干细胞目前的研究热点主要与上皮间质转化、对胃癌细胞生物学功能的影响以及自我更新等有关;胃癌干细胞的可塑性、与脂肪酸氧化和血管内皮生长因子的关系,以及非编码RNA对胃癌干细胞的调控等可能是目前及未来的研究重点。胃癌干细胞研究目前正处于快速上升阶段,近年来胃癌干细胞的作用机制逐渐明朗,未来胃癌干细胞干预将是胃癌患者新的靶向治疗策略。

摘要： 背景:缺血性脑卒中是一种破坏性的脑血管疾病,与全球高致残率和死亡率有关。目前临床治疗缺血性脑卒中的效果有限,仍需进一步探究其发病机制,有助于寻求更新颖的治疗靶点。新近研究表明环状RNA不仅在基因表达调控中担当重要角色,而且在脑缺血发病机制中也发挥了重要作用。目的:从细胞凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应、血管新生、血脑屏障等方面对环状RNA在脑缺血发病机制中的调控作用进行阐述,以期为临床研究提供思路。方法:应用计算机从中国知网(CNKI)、万方中文数据库及PubMed数据库检索2010年3月至2022年3月收录的相关文献;以“缺血性脑卒中、急性缺血性脑卒中、核糖核酸、非编码RNA、环状RNA、细胞凋亡、细胞自噬、氧化应激、炎症反应、血管新生、血脑屏障”为中文检索词,以“ischemic stroke,acute ischemic stroke,RNA,ncRNA,RNA,Circular,circRNA,apoptosis,autophagy,oxidative stress,inflammation,angiogenesis,blood brain barrier”为英文检索词,最终纳入48篇文献进行研究分析。结果与结论:①环状RNA是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子,特点是反向剪接和缺乏5’端帽子和3’端多聚腺苷酸尾巴,其广泛存在于真核细胞中,具有许多重要的调控功能。已有证据表明环状RNA在缺血性脑卒中的病程发展中起着非常重要的作用,如:circSHOC2作为miR-7670-3p的海绵,可通过调节自噬促进去乙酰化酶1(SIRT1)的表达以减少神经元损伤;一项微阵列显示,当小鼠脑中动脉阻塞时circHECTD1的水平显著增加,敲低circHECTD1的表达可显著减少小鼠的脑梗死体积,进而减少其神经元损伤和改善星形胶质细胞激活。②环状RNA具有高度稳定性和进化保守性,其环状结构对核糖核酸酶不敏感,比线性更稳定,因此环状RNA可能在开发新型疾病诊断与治疗方法方面更具有潜力。③目前对于环状RNA在缺血性脑卒中的作用机制仅有少量研究,其具体机制仍不明朗,相关治疗策略也需进一步完善,因此深入研究环状RNA调控缺血性脑卒中后的作用机制,探索未来精准治疗缺血性脑卒中新的潜在靶点极其重要。

摘要： 背景:牙周炎是发生在牙周支持组织的炎症,具体表现为牙龈的炎症及牙槽骨吸收。巨噬细胞可通过M1,M2极化在牙周炎发生发展中发挥作用,影响牙周炎的病情进展。目的:通过对巨噬细胞极化与牙周炎的关系及其相关机制进行综述,为牙周炎的临床治疗提供思路。方法:第一作者利用Pub Med和中国知网数据库检索1991-2022年发表的相关文献,以“macrophage polarization,M1/M2 macrophage”等为英文检索词,以“巨噬细胞极化、M1/M2巨噬细胞、牙周炎”等为中文检索词,阅读每篇文献的文题、摘要进行初筛,最终筛选出97篇文献进行归纳分析。结果与结论:①巨噬细胞作为人体固有免疫细胞,在炎症发生发展过程中起重要作用。巨噬细胞在环境刺激下会发生极化,且巨噬细胞极化是一个复杂的过程。②JAK/STAT、TLRs/核转录因子κB、PI3K/Akt等信号通路,炎症因子如肿瘤坏死因子α、干扰素γ、白细胞介素4和白细胞介素13等,以及表观遗传学等均可影响其极化。③巨噬细胞M1型极化促进炎症进展,巨噬细胞M2型极化发挥抗炎作用。④不同极化类型的巨噬细胞通过各种信号通路及分泌炎性因子等在牙周炎疾病过程中发挥促炎或抗炎作用,且通过多种途径影响骨吸收与骨形成,进而影响牙周炎的进展。⑤巨噬细胞通过相关机制进行极化,极化后的巨噬细胞又可以在牙周炎过程中发挥抗炎或促炎作用,对牙周炎进展产生影响。⑥研究巨噬细胞极化在牙周炎发病过程中的作用及机制对牙周炎治疗有重要意义,但目前对于巨噬细胞极化机制不完全明确,因此发现其极化的潜在机制,并将其与牙周炎治疗结合,促进牙周炎过程中巨噬细胞向M2型转化及其所占比例或者抑制或减少M1型巨噬细胞表达,对未来牙周炎治疗有重要意义;将表观遗传与巨噬细胞极化及牙周炎联合,从基因和蛋白水平上治疗牙周炎,可能成为临床上治疗牙周疾病的一种有效的方法。

摘要： N6⁃甲基腺苷(N6⁃methyladenosine,m6A)修饰是真核生物最丰富的一种RNA修饰,广泛参与RNA的核输出、剪接、翻译和降解等过程的调控。越来越多的证据表明环状RNA(circular RNA,circRNA)m6A甲基化修饰与代谢、免疫以及良恶性疾病有关。本文对circRNA m6A甲基化修饰在机体生理过程、恶性肿瘤中的作用及口腔疾病中的研究现状作一综述。现有研究显示,m6A甲基化修饰主要通过调节circRNA翻译、促进circRNA的核输出以及促进circRNA降解对circRNA产生影响;circRNA m6A甲基化修饰在免疫、生殖系统、肌细胞发生发育和恶性肿瘤中发挥调控作用;m6A甲基转移酶蛋白3(methyltransferase⁃like 3,METTL3)通过YTH m6A RNA结合蛋白1(YTH m6A RNA binding protein 1,YTHDF1)介导的m6A修饰促进口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)的发生,METTL14的高表达可有效降低OSCC的增殖、迁移和侵袭;circRNA m6A甲基化修饰在口腔领域的研究较少,仅限于成釉细胞瘤和口腔种植骨吸收方向的初步研究,在口腔重大疾病(如口腔潜在恶性疾病及OSCC)方向有广阔的研究前景。

摘要： 背景:恶性神经胶质瘤经过手术、放疗和化疗后,其预后仍然很差,因此阐明胶质瘤发生发展的分子机制,进一步探索可靠的生物标志物至关重要.非编码RNA在外泌体中富集且稳定,由于其在各种肿瘤的起始和进展中的调节功能而受到了广泛关注.目的:文章就外泌体非编码RNA在胶质瘤中的研究和进展进行概述,介绍外泌体非编码RNA的生物来源,阐明其在胶质瘤中的生物学影响,寻找可靠的肿瘤标志物,以期为神经胶质瘤的诊断和治疗提供新的思路.方法:以"Exosome,Extracellular vesicles,Noncoding RNA,Glioma,Molecule mechanism,Biomarkers"为英文检索词,在PubMed和Web of Science数据库中检索筛选出114篇文献进行归纳总结,文献内容主要涉及外泌体非编码RNA在胶质瘤中的肿瘤细胞增殖、侵袭和血管生成,以及外泌体非编码RNA在胶质瘤中的基因诊断和基因治疗等相关内容.结果 与结论:①外泌体非编码RNA在细胞间选择性包装、分泌和转移,参与肿瘤微环境中的细胞间通讯,并可调节胶质瘤的许多生物学行为,如增殖、侵袭、血管生成、免疫逃逸和治疗耐药性,在胶质瘤的发生发展中起着重要作用.②外泌体包含多种功能分子,可以反映整个肿瘤复杂的异质性.③外泌体具有较高的特异性和灵敏度,并且非常稳定,在几乎所有类型的体液中都很容易获得,这些因素使外泌体成为最有潜力的生物标记物,这为未来诊断胶质瘤提供了很大帮助.④外泌体是天然且无毒性的,与质膜的构造相当类似,可将其作为许多治疗性药物的治疗载体,携带多种生物活性分子并能轻易跨越血脑屏障,通过外泌体来开发靶向抗癌药物,既能突破血脑屏障,还能避免人体的免疫排斥反应.⑤外泌体与靶细胞结合具有特定的靶向性,这些优势极大提升了外泌体应用在胶质瘤生物靶向治疗的可行性,但其在临床应用中还面临着一些困难,如外泌体的分选难度大,外泌体非编码RNA的含量有限,以及如何让外泌体精确到达肿瘤部位等.⑥随着外泌体非编码RNA在胶质瘤中研究的不断深入,未来将为攻克胶质瘤这一难题提供新的路径.

摘要： 背景:激素性股骨头坏死早期很难被发现,其发病机制尚不明确,易被忽视并错过最佳治疗时间,晚期致残率高.研究表明非编码RNA与激素性股骨头坏死的发展相关.目的:总结国内外相关文献资料,综述非编码RNA的表达对激素性股骨头坏死发病的调控机制,进一步了解其发病机制.方法:英文以"miRNA、lncRNA、circRNA、Glucocorticoids、steroid、dexamethasone、osteonecrosis of the femoral head、bone marrow mesenchymal stem cells"为关键词,检索PubMed、Web of Science数据库;中文以"miRNA、lncRNA、circRNA、激素、股骨头坏死、骨髓间充质干细胞"为关键词,检索中国知网、万方、维普数据库,收录非编码RNA与激素性股骨头坏死发病机制相关的文献,排除重复性研究、无参考意义文献,纳入符合标准文献48篇.结果 与结论:①非编码RNA通过调控骨髓间充质干细胞分化、骨细胞代谢、血管内皮细胞生成及脂质代谢的途径参与激素性股骨头坏死的发病过程;②非编码RNA有望成为激素性股骨头坏死临床诊断及治疗预后的生物标志物;③干扰非编码RNA的异常表达或外泌体来源的miRNA,未来或将成为激素性股骨头坏死临床治疗的新策略.

摘要： 阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)是痴呆症最常见的病因,它会导致衰老大脑中神经元的损伤和认知功能的退化。有证据表明非编码RNA (ncRNAs)参与AD相关的发病过程,并揭示了AD与竞争性内源性RNA (ceRNA)网络之间的潜在联系。鉴于此,本研究深入探讨ceRNA调控网络与AD疾病发病机制的潜在关系,为临床治疗提供基础。方法:通过GEO2R筛选差异mRNA和miRNA。利用DAVID对差异表达的mRNA作GO富集分析,筛选与神经系统疾病相关的通路中的差异性表达mRNA用作后续研究。选取top 10的miRNA (5个上调表达的miRNA和5个下调表达的miRNA),使用miRWalk 3.0数据库预测其与目标差异表达mRNA之间的靶向关系,对预测的靶向mRNA和通路筛选到的目标差异表达mRNA取交集,此mRNA作为后续研究的目标差异表达mRNA,使用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA靶向调控网络关系图。分别利用DIANA和ENCORI数据库做lncRNA-miRNA和circRNA-miRNA关系对的预测。最后构建circRNA-miRNA-mRNA和lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,并进行分析,这将有助于理解和阐明AD的发病机制,并为AD的临床诊断提供可能选择的生物标志物。

摘要： 胆管上皮癌(cholangiocarcinoma,CCA)属于罕见的恶性肿瘤,主要由胆管上皮细胞癌变而来,相关数据显示,恶性肿瘤中CCA仅占2%,发病率却在逐渐升高[1]。据调查研究,在2000-2015年期间,CCA在美国的发病率和死亡率呈上升趋势[2]。不仅如此,其发病率在其他地区大多数国家同样有所增加[3]。CCA根据病变解剖位置,分成肝内胆管癌(intrahepatic cholangiocarcinoma,ICCA)和肝外胆管癌(extrahepatic cholangiocarcinoma,ECCA)[1,4]。目前,诊断CCA通常采取实验室检查,影像学检查和组织活检等[5],缺乏早期特异性标志物。故通常在晚期发现,即使行手术切除,预后也不乐观.

摘要： 非编码RNA简介，非编码RNA定义:是一组含量丰富,不具有编码蛋白质功能的RNA，非编码RNA的主要种类:microRNA(miRNA);长链非编码RNA(IncRNA);环化RNA(drRNA)，人巨细胞病毒(HCMV)编码的非编码RNA:HCMV存在以上三种主要的非编码RNAs.

摘要： 非编码RNA简介，非编码RNA定义:是一组含量丰富,不具有编码蛋白质功能的RNA，非编码RNA的主要种类:microRNA(miRNA);长链非编码RNA(IncRNA);环化RNA(drRNA)，人巨细胞病毒(HCMV)编码的非编码RNA:HCMV存在以上三种主要的非编码RNAs.

摘要： 非编码RNA简介，非编码RNA定义:是一组含量丰富,不具有编码蛋白质功能的RNA，非编码RNA的主要种类:microRNA(miRNA);长链非编码RNA(IncRNA);环化RNA(drRNA)，人巨细胞病毒(HCMV)编码的非编码RNA:HCMV存在以上三种主要的非编码RNAs.

摘要： 非编码RNA简介，非编码RNA定义:是一组含量丰富,不具有编码蛋白质功能的RNA，非编码RNA的主要种类:microRNA(miRNA);长链非编码RNA(IncRNA);环化RNA(drRNA)，人巨细胞病毒(HCMV)编码的非编码RNA:HCMV存在以上三种主要的非编码RNAs.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.

摘要： 本发明公开了一种与螺原体感染相关的非编码RNA的鉴定方法、非编码RNA及其应用。本发明公开的与螺原体感染相关的非编码RNA的鉴定方法能够准确地鉴定出与螺原体感染相关的非编码RNA，对该病原菌的ncRNA进行系统和全面的筛查与鉴定，并分析该病原菌ncRNA在不同宿主体内、不同感染时期和体外培养不同阶段的转录调控差异。确定螺原体特定ncRNA的生物学功能，为进一步探讨该病原微生物的致病分子机理奠定基础，同时丰富了螺原体类微生物基础研究的内容。

摘要： 本发明提供新的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)Lnc21q22.11序列、检测细胞和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次鉴定出LncRNALnc21q22.11全长共1202bp，并应用特异性引物通过半定量RT‑PCR首次在胃癌细胞及35对胃癌系及癌旁组织中以及结直肠癌细胞系和10对结直肠癌及癌旁组织中检测LncRNALnc21q22.11的表达水平，具有首创性。利用本发明所述试剂盒及特异性引物对胃癌组织中LncRNALnc21q22.11的表达的检测可作为胃癌及结直肠癌诊断、疗效观察、预后判断、病灶残留以及复发检测等的有效手段，而且操作简便、稳定性好、灵敏度高，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明提供一种新发现的长链非编码RNA(Long noncoding RNA)Lnc5q21.2、检测结肠癌细胞系和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次运用芯片技术发现长链非编码RNALnc5q21.2在结肠癌及癌旁组织中存在差异表达。通过5’‑RACE和3’‑RACE技术首次获得了Lnc5q21.2的全长序列。在结肠癌细胞系及20对结肠癌组织及配对癌旁组织和胃癌细胞系及20对胃癌组织及配对癌旁组织中，运用特异性引物通过半定量RT‑PCR技术检测长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达水平，具有首创性。应用本发明试剂盒特异性检测结肠癌组织中长链非编码RNA Lnc5q21.2的表达，可以作为结肠癌及胃癌诊断、疗效观察、预后判断、残留病灶以及复发检测等的有力手段，并且操作简便、稳定性好、灵敏度高的特点，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本发明属于肿瘤干细胞研究技术领域，具体涉及一种非编码RNA和编码RNA、包含非编码RNA的RNA序列及其应用。该非编码RNA的序列如Sequence NO.1所示，该非编码RNA与与所述PLA2G16基因的mRNA的3'‑UTR‑1区结合增强PLA2G16基因的表达，从而促进细胞的干性特征，在肿瘤干细胞中，可以通过敲除所述非编码RNA抑制PLA2G16基因的表达，从而抑制肿瘤干细胞的发生/发展。本发明通过有效敲除所述非编码RNA抑制PLA2G16基因的表达可以有效的抑制乳腺癌干细胞/肿瘤的发生/发展。

摘要： 本发明涉及医学检验技术领域，尤其涉及长链非编码RNA及特异性干扰长链非编码RNA表达的siRNA的应用，长链非编码RNA为LINC00601。肝癌组织高表达长链非编码RNA—LINC00601的患者对奥沙利铂治疗抵抗，预后较差；本发明在治疗前针对肝癌组织进行LINC00601基因检测，预测奥沙利铂治疗疗效，以填补临床空白，并建议潜在化疗抵抗的患者采用其他系统治疗方案如靶向或免疫治疗，更好地改善晚期肝癌患者的预后。

摘要： 本发明公开了一种细粒棘球绦虫原头节源和囊液源外泌体非编码RNA表达谱分析方法，包括如下步骤：1)细粒棘球绦虫原头节和囊液分离；2)细粒棘球绦虫原头节体外培养；3)细粒棘球绦虫原头节和囊液源外泌体分离，获得原头节源外泌体PSC‑ELVs和囊液源外泌体HF‑ELVs；4)透射电镜分析；5)纳米粒径跟踪分析；6)Western blotting；7)miRNA文库构建及测序；8)全转录组测序文库构建及测序分析；9)ceRNA调控网络构建。此外，本发明还公开了采用该方法筛选获得的细粒棘球绦虫原头节源和囊液源外泌体非编码RNA。本发明为国际上首次获得细粒棘球蚴原头节源和囊液源外泌体中非编码RNA表达谱。

摘要： 本发明提供了一种转录本注释方法以及筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA的方法，属于生物信息学领域，为了提供精准和完整的转录本，得到表达量较低、重复序列来源的长非编码RNA，本发明提供了一种转录本的注释方法，RNA测序和小RNA测序数据结合注释转录本，得到完整精准的转录本信息，提供更精准的长链非编码RNA注释，准确获取长链非编码RNA的表达信息，本发明应用在筛选长非编码RNA和内源逆转录病毒来源长非编码RNA，筛选得到新预测长非编码RNA 2,711条，其中内源逆转录病毒来源长非编码RNA占59.3％。

摘要： 本发明公开了一种与螺原体感染相关的非编码RNA的鉴定方法、非编码RNA及其应用。本发明公开的与螺原体感染相关的非编码RNA的鉴定方法能够准确地鉴定出与螺原体感染相关的非编码RNA，对该病原菌的ncRNA进行系统和全面的筛查与鉴定，并分析该病原菌ncRNA在不同宿主体内、不同感染时期和体外培养不同阶段的转录调控差异。确定螺原体特定ncRNA的生物学功能，为进一步探讨该病原微生物的致病分子机理奠定基础，同时丰富了螺原体类微生物基础研究的内容。

摘要： 本发明提供新的长链非编码RNA(Long noncoding RNA,LncRNA)Lnc21q22.11序列、检测细胞和组织中的该长链非编码RNA表达水平的引物对及试剂盒。本发明首次鉴定出LncRNALnc21q22.11全长共1202bp，并应用特异性引物通过半定量RT-PCR首次在胃癌细胞及35对胃癌系及癌旁组织中以及结直肠癌细胞系和10对结直肠癌及癌旁组织中检测LncRNALnc21q22.11的表达水平，具有首创性。利用本发明所述试剂盒及特异性引物对胃癌组织中LncRNALnc21q22.11的表达的检测可作为胃癌及结直肠癌诊断、疗效观察、预后判断、病灶残留以及复发检测等的有效手段，而且操作简便、稳定性好、灵敏度高，具有深远的临床意义和推广性。

摘要： 本实用新型公开了长链非编码RNA的测序文库构建单元和对长链非编码RNA进行测序的系统。其中，该测序文库构建单元包括：去除rRNA装置、逆转录装置、第一扩增装置、片段化装置和第二扩增装置。该测序文库构建单元的去除rRNA装置先通过rRNA去除探针去除rRNA，再通过逆转录装置进行逆转录，避免了大量的rRNA对mRNA和lncRNA逆转录的影响，并且，利用rRNA去除探针去除rRNA，rRNA的去除率高，单元的稳定性好，尤其适用于微量RNA样本中的rRNA去除，从而，该单元尤其适用于单细胞的文库构建。