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调控网络

调控网络的相关文献在1995年到2023年内共计348篇,主要集中在肿瘤学、畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂、基础医学 等领域,其中期刊论文216篇、会议论文12篇、专利文献370832篇;相关期刊154种,包括昆虫学报、生物工程学报、生物技术通报等; 相关会议12种,包括中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会、2011年中国卫生统计学年会、第七次全国地方病学术会议等;调控网络的相关文献由1209位作者贡献,包括郭睿、陈大福、熊翠玲等。

调控网络—发文量

期刊论文>

论文:216 占比:0.06%

会议论文>

论文:12 占比:0.00%

专利文献>

论文:370832 占比:99.94%

总计:371060篇

调控网络—发文趋势图

调控网络

-研究学者

  • 郭睿
  • 陈大福
  • 熊翠玲
  • 郑燕珍
  • 付中民
  • 杜宇
  • 王之琼
  • 王海朋
  • 范衠
  • 周丁丁
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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    • 郭淑慧; 杨晔; 江杨洋; 许建文
    • 摘要: 背景:miRNA-mRNA调控网络在各种生物过程中发挥重要作用,但其在脊髓损伤后神经源性膀胱中的具体作用机制尚不清楚。目的:基于生物信息学挖掘神经源性膀胱的相关靶点,并构建miRNA-mRNA调控网络,加以动物实验验证。方法:从GEO数据库筛选神经源性膀胱的差异基因,构建miRNA-mRNA调控网络。利用David数据库对差异基因进行GO和KEGG分析,利用STRING数据库进行PPI分析,并通过Cytoscape和ROC曲线筛选关键基因,最终通过神经源性膀胱大鼠模型对关键基因进行RT-PCR验证。结果与结论:①共筛选出188个神经源性膀胱的差异基因,GO及KEGG分析发现其主要在炎症反应、Cytokine-cytokine受体相互作用、趋化因子信号通路等方面显著富集;通过Cytoscape及ROC曲线结果筛选出miR-147-脑源性神经营养因子和miR-362-5p-Scn9a 2个关键调控网络;②RT-PCR检测结果显示,与对照组比较,神经源性膀胱模型大鼠中miR-147、miR-362-5p、脑源性神经营养因子表达量上调,Scn9a基因下调;③结果提示,miR-147-脑源性神经营养因子、miR-362-5p-Scn9a作为炎症、氧化应激等病理生理过程的重要调控因子,有望成为诊断和治疗神经源性膀胱的新靶点。
    • 梁学振; 谢国鑫; 李嘉程; 温明韬; 许波; 李刚
    • 摘要: 背景:microRNA(miRNA)被证实参与了股骨头坏死的发生、发展及防治,但其作用机制尚不清楚.目的:借助GEO数据库,采用生物信息学手段探讨股骨头坏死相关的miRNA-mRNA调控关系对,阐释其潜在的作用机制.方法:通过GEO数据库下载股骨头坏死相关的miRNA芯片数据集(GSE89587)和mRNA芯片数据集(GSE74089),借助R软件Limma包进行数据差异表达分析,使用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测差异表达miRNA调控的潜在下游靶基因,利用Cytoscape构建miRNA-mRNA调控网络,通过R软件clusterProfiler包对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,借助STRING数据库构建调控网络中靶基因的蛋白互作网络.结果 与结论:①实验共筛选出23个差异表达的miRNA,其中10个上调(如hsa-miR-4325,hsa-miR-3654),13个下调(如hsa-miR-4680-5p,hsa-miR-4711-3p);②实验共筛选出3992个差异表达mRNA,其中2503个上调(如TGFBI,AMTN),1489个下调(如MSMP、FLJ35424);③利用Targetscan、miRTarBase和miRDB数据库预测出255个同时存在于3个数据库的下游靶基因,整理出10个miRNA(如hsa-miR-3920、hsa-miR-3675-5p)和34个mRNA(如MAPK6、SP1)进行调控网络构建;④GO和KEGG富集分析主要集中在调节mRNA稳定性、转化生长因子β信号通路及自噬等;⑤DDX3X、HNRNPC和SP1作为PPI网络中的枢纽基因,可能是股骨头坏死的关键靶标;⑥实验构建的miRNA-mRNA调控网络在一定程度上阐明了miR-4725-3p可能靶向抑制SP1介导的转化生长因子β信号通路诱发股骨头坏死发病,为股骨头坏死的防治诊疗提供了强有力的数据支撑和研究方向.
    • 李壬清; 刘济嘉; 杜景考; 姜北; 张志清; 张永财; 刘林轩; 魏会平; 苏立宁
    • 摘要: 阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)是痴呆症最常见的病因,它会导致衰老大脑中神经元的损伤和认知功能的退化。有证据表明非编码RNA (ncRNAs)参与AD相关的发病过程,并揭示了AD与竞争性内源性RNA (ceRNA)网络之间的潜在联系。鉴于此,本研究深入探讨ceRNA调控网络与AD疾病发病机制的潜在关系,为临床治疗提供基础。方法:通过GEO2R筛选差异mRNA和miRNA。利用DAVID对差异表达的mRNA作GO富集分析,筛选与神经系统疾病相关的通路中的差异性表达mRNA用作后续研究。选取top 10的miRNA (5个上调表达的miRNA和5个下调表达的miRNA),使用miRWalk 3.0数据库预测其与目标差异表达mRNA之间的靶向关系,对预测的靶向mRNA和通路筛选到的目标差异表达mRNA取交集,此mRNA作为后续研究的目标差异表达mRNA,使用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA靶向调控网络关系图。分别利用DIANA和ENCORI数据库做lncRNA-miRNA和circRNA-miRNA关系对的预测。最后构建circRNA-miRNA-mRNA和lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,并进行分析,这将有助于理解和阐明AD的发病机制,并为AD的临床诊断提供可能选择的生物标志物。
    • 冯睿蓉; 付中民; 杜宇; 张文德; 范小雪; 王海朋; 万洁琦; 周紫彧; 康育欣; 陈大福; 郭睿; 史培颖
    • 摘要: 【目的】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术和生物信息学方法对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道的微小RNA(microRNA,miRNA)进行全转录组鉴定和分析,旨在丰富中蜂的miRNA信息,并为深入研究miRNA调控中蜂幼虫肠道发育的分子机理提供依据。【方法】利用sRNA-seq技术对中蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Ac1、Ac2和Ac3)进行测序,通过数据质控获得有效标签序列(clean tags)。采用Blast工具将clean tags连续比对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组和miRBase数据库,以鉴定保守miRNA和新miRNA。采用TPM法对miRNA的表达量进行归一化处理。通过GraphPad Prism7软件统计各组肠道样品中sRNA占比、miRNA长度分布及首位碱基偏向性。利用相关软件预测上述miRNA靶向的mRNA并进行GO和KEGG数据库注释。进一步根据靶向结合关系构建和分析注释到发育和免疫相关通路的基因及其靶向miRNA的调控网络,并利用Cytoscape软件进行可视化。利用茎环反转录PCR(Stem-loop RT-PCR)、分子克隆和Sanger测序验证miRNA的表达和序列的真实性。【结果】共鉴定到中蜂的371个保守miRNA和64个新miRNA;这些miRNA的长度介于18—25 nt且首位碱基主要偏向于U;上述miRNA共靶向14 750条mRNA,涉及离子结合、金属离子结合、细胞膜、细胞膜组件和单一有机体进程等2 270个GO条目,以及内吞作用、细胞凋亡、mTOR信号通路、RNA转运和昆虫激素的生物合成等332条KEGG通路。进一步分析结果显示156个miRNA与注释到Wnt、Hippo、Notch和mTOR等生长发育相关通路的67个靶基因存在调控关系,145个miRNA与注释到Toll、Imd/JNK、Jak-STAT和抗菌效应因子等免疫相关途径的21个靶基因存在调控关系。Stem-loop RT-PCR结果显示miR-8-y、miR-9-z、miR-14-y、miR-281-y、miR-283-x和miR-306-x均能扩增出预期的特异性片段;Sanger测序结果显示上述6个miRNA的序列与深度测序结果一致。【结论】提供了中蜂miRNA的数量、结构特征和表达谱;揭示中蜂幼虫肠道miRNA潜在调控诸多生命进程与细胞活动;中蜂幼虫肠道的部分miRNA可通过靶向结合相应的mRNA参与调节发育和免疫相关途径。
    • 何梅; 游旭; 杨云斌; 李艳萍; 张丽芬; 卢自祥; 张云桥; 龙青; 马晓; 曾勇
    • 摘要: 目的构建miRNA-mRNA调控网络,为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA(GSE54578)和死后大脑扣带回mRNA(GSE145554)微阵列数据集,利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA,筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子;然后,将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因;最后,对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能,构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA,差异表达miRNA共预测出转录因子10个;GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA,取交集基因后筛选出17个目标mRNA;GO分析显示,目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等,KEGG通路富集分析显示,目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等,PPI网络分析显示,mRNA(KRAS和CD28)可能是精神分裂症的关键基因。结论基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因,并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络
    • 李鑫; 王永; 王雨雪; 李艳艳; 朱江江; 林亚秋
    • 摘要: 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类具有较高组织细胞特异性、不具有编码功能的RNA片段,广泛参与各种生物反应过程。脂肪性状是肉用家畜的重要经济性状,其沉积部位和数量是影响肉质的重要因素。近些年研究表明lncRNA分别从转录、转录后和表观遗传等不同作用水平调控动物脂肪细胞分化。本文在概述lncRNA生物学特性的基础上,对家畜脂肪细胞分化相关的lncRNA及可能的作用机制研究进行综述,以期为构建动物脂肪细胞分化的调控网络提供参考。
    • 许雅静; 孙明会; 刘佳美; 郭意龙; 胡颖; 张佳欣; 赵萧; 张凯遥; 熊翠玲; 陈大福; 郭睿
    • 摘要: 为探究东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)胁迫下意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂的piRNA差异表达表达谱及潜在功能,本研究利用前期获得的东方蜜蜂微孢子虫接种7 d和10 d的意蜂工蜂中肠(AmT1组和AmT2组)及未接种工蜂中肠(AmCK1组和AmCK2组)转录组数据筛选出宿主响应胁迫的差异表达piRNA(Differentially expressed piRNA,DEpiRNA),并通过相关软件预测和分析DEpiRNA的靶mRNA,进而利用Stem-loop RT-PCR和qPCR对随机选取的DEpiRNA进行验证.结果显示在AmCK1 vs AmT1和AmCK2 vs AmT2比较组分别筛选出50和207个DEpiRNA;上述两个比较组共有的DEpiRNA为10个,特有的DEpiRNA分别为40和197个;共有的DEpiRNA piR-ame-1128833可靶向3021条mRNA;Stem-loop RT-PCR验证结果显示4个DEpiRNA均真实表达;qPCR结果显示4个DEpiRNA的表达趋势与测序数据中的表达趋势一致.研究结果揭示了东方蜜蜂微孢子虫胁迫引起意蜂工蜂中肠piRNA表达谱的改变;DEpiRNA可通过靶向相关mRNA潜在调控宿主对东方蜜蜂微孢子虫胁迫的响应.
    • 代红梅; 刘志朋; 张霞; 霍海龙; 王配; 赵筱; 霍金龙
    • 摘要: 为研究AURKC基因在版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)精子发生中的功能特性及表达调控,本研究利用RNA-seq技术对BMI 12月龄成年公猪的睾丸进行全转录组测序;采用RT-PCR技术从BMI睾丸获得AURKC全长编码序列,并分析其分子结构、蛋白保守结构域及功能特性,构建多物种氨基酸序列进化树和蛋白互作网络图;利用睾丸全转录组测序数据,借助相关数据库,对AURKC基因进行功能注释,预测调控的ceRNA(competing endogenous RNA,竞争性内源RNA),并构建转录调控网络。结果表明:AURKC在BMI睾丸中原始平均表达量为721.25,其对应转录本ENSSSCT00000051895.2的平均表达量(TPM)值为18.37,该基因CDS长894 bp(GenBank登录号:OK042305),编码297个氨基酸,位于猪6号染色体,含7个外显子;氨基酸序列N端亲水,C端疏水,含269个氨基酸组成的结构域S_TKC,二级结构中无规则卷曲占比最大;进化分析表明,AURKC氨基酸序列在哺乳动物多物种间具有高度的保守性及进化同源性;蛋白互作网络分析发现AURKC与10个蛋白存在相互作用;功能注释发现AURKC涉及26个GO,包括11个生物学过程,9个分子功能,6个细胞组分;ceRNA网络分析表明AURKC受ssc-miR-28-3p、ssc-miR-202-3p、ssc-miR-1296-5p和ssc-miR-361-5p共4个miRNA靶向调控。本研究可为进一步深入研究AURKC基因在BMI精子发生中的功能及表达调控奠定基础。
    • 叶静静; 徐文琴; 陈天兵
    • 摘要: 目的构建肝细胞癌中生存相关的促癌miRNA与其靶基因的调控网络并对关键miRNA-靶基因进行实验验证。方法利用OncomiR和Oncolnc获取肝癌中生存相关的miRNA,并进行表达分析和生存分析;利用miRNet预测miRNA的靶基因,通过GEPIA2、Ualcan分别对靶基因进行生存和表达分析,通过Starbase进行miRNA-靶基因共表达分析,利用Cytoscape软件构建miRNA-靶基因网络,通过Enrichr进行靶基因富集分析,利用String数据库进行蛋白互作网络构建。将NC,hsa-miR-1226-3p的mimic或inhibitor,hsa-miR-221-5p的mimic或inhibitor分别转染HepG2细胞,利用CCK8检测转染后细胞活力的变化情况,另取转染后48 h样品利用Q-PCR检测靶基因表达情况;将NC,hsa-miR-221-5p的mimic或inhibitor分别转染HepG2细胞,48 h后用Werstern blot检测靶基因蛋白表达情况;将NC+p-GCDH-WT质粒,NC+p-GCDH-MUT质粒,hsa-miR-221-5p mimic+pGCDH-WT质粒,hsa-miR-221-5p mimic+p-GCDH-MUT质粒分别转染HepG2细胞,48 h后利用多功能酶标仪检测荧光素酶活性;将NC,hsa-miR-221-5p mimic,pEGFP N1-GCDH质粒,hsa-miR-221-5p mimic+pEGFP N1-GCDH质粒分别转染HepG2细胞,利用CCK8检测转染后细胞活力的变化情况,transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。结果从OncomiR和Oncolnc数据库中分别得到223个(P<0.05)和146个(P<0.05)在肝癌中与生存相关的miRNA,两者交集为131个;结合表达分析和生存分析的结果共鉴定出48个促癌miRNA;miRnet共预测出10 278个靶基因,通过生存和表达分析符合预期的为44个,miRNAmRNA共表达分析后的结果显示27个靶基因符合预期。通过Cytoscape软件构建的miRNA-靶基因网络包含了25个促癌miRNA和27个抑癌基因。富集分析结果显示靶基因集中作用于脂肪酸代谢通路。验证实验显示,转染hsa-miR-1226-3p的mimic和inhibitor,hsa-miR-221-5p的mimic和inhibitor后,其对应的靶基因mRNA或蛋白水平均显著改变(P<0.05);hsa-miR-221-5p mimic和p-GCDH-WT质粒共转可显著降低其荧光素酶的活性(P<0.05);pEGFP N1-GCDH质粒和hsa-miR-221-5p mimic共转可显著恢复其对细胞活力,以及细胞迁移、侵袭能力的影响(P<0.05)。结论通过综合分析鉴定了肝癌中的促癌miRNA并构建了其调控网络;脂肪酸代谢可能是肝细胞癌中促癌miRNA发挥作用的重要的靶标信号通路之一。hsa-miR-221-5p/GCDH轴是肝癌进展的重要分子机制。
    • 朱文韬; 曲浩宁; 何群
    • 摘要: 目的运用生物信息学方法分析构建E2F1对微RNA(miRNA)的转录调控进而影响下游靶基因mRNA的转录因子网络,从而探讨E2F1通过miRNA参与肿瘤发生发展的机制。方法基于TCGA数据库筛选存在E2F1上调表达的肿瘤组,检索存在E2F1差异表达的20种肿瘤组织中差异表达的miRNAs。分析差异表达miRNAs的靶基因,并与差异表达mRNAs取交集以构建E2F1-miRNA-mRNA调控网络,对靶基因进行富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质相互作用网络,讨论E2F1调控miRNA及其靶基因,进而影响肿瘤发生发展的生物机制。结果通过生物信息学方法分析构建的TF-miRNA-mRNA调控网络,展现了miR-7,miR-9,miR-17,miR-21,miR-22,miR-24并调节micoRNA in cancer信号通路。结论E2F1转录因子在多种癌症中起促癌作用,本研究为泛基因组癌症的早诊与设计治疗药物提供了潜在的靶点。
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