蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析

摘要

目的：本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 方法：利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络. 结果：本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18-25nt之间,不同长度的miRNA的首位碱基偏好性差异明显.Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在.共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库.进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路.Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs. 结论：本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础.