蛋白质组

摘要： 本研究旨在通过干预小鼠进食,探讨对小鼠下丘脑中蛋白质磷酸化修饰和相关信号通路的影响,为完善蛋白磷酸化调控网络提供有价值的信息.将实验小鼠平均分为3组,分别为对照组(con)、禁食组(D2)和禁食后恢复组(DR),每组小鼠数量为3只.在48 h内,con组正常提供饲料,D2组不提供饲料,DR组前44 h不提供饲料、后4h提供饲料.同时解剖3组小鼠并提取下丘脑组织,提取、纯化和酶解下丘脑组织的蛋白质,并采用二氧化钛富集分离技术富集磷酸化肽段,运用高通量液相色谱-质谱联用进行检测,以鉴定样品中的磷酸化蛋白质组.利用非标记定量方法筛选差异表达的磷酸化蛋白以及位点,对鉴定数据进行GO富集和KEGG通路分析,并探究磷酸化蛋白间的相互作用关系.结果显示,共鉴定到4810个磷酸化蛋白质,对应于14259个磷酸化位点发生了变化.采用数学统计方法分析,成功确认小鼠下丘脑中有681个磷酸化蛋白差异显著,观察到这些差异蛋白与蛋白结合、激酶行为、转运、轴突生成等分子活动和生物学过程有关,并富集到了MAPK、细胞内噬和环磷酸腺苷信号通路等11个主要的信号通路.这说明禁食会对小鼠下丘脑中多种蛋白质的磷酸化修饰水平产生显著的影响,为完善小鼠下丘脑磷酸化信号调控网络提供了有价值的信息.

摘要： 背景:骨关节炎患者关节软骨和关节液中骨桥蛋白mRNA水平及蛋白表达均较正常人明显增高,但是骨桥蛋白在膝骨关节炎发展进程中的作用及其具体机制在既往文献中尚未阐明.目的:探讨膝骨关节炎患者膝关节滑膜细胞中骨桥蛋白水平及其与骨关节炎严重程度的关系,并通过转录组和蛋白质组测序,进一步阐述其影响骨关节炎进展的机制.方法:选取2019年诊治的42例原发性膝骨关节炎患者,根据胫股关节受累情况,分为单间室骨关节炎组和双间室骨关节炎组.获取滑膜标本及关节液标本,PCR法检测滑膜标本中骨桥蛋白基因在细胞中的表达丰度,ELISA法检测关节液标本中骨桥蛋白水平.应用酶消化法获取培养人膝骨关节炎滑膜成纤维样细胞,用骨桥蛋白siRNA干预24 h后,对样品进行转录组和蛋白质组检测.结果 与结论:①与单间室骨关节炎组相比,双间室骨关节炎组关节滑膜及关节液中骨桥蛋白均升高,差异有显著性意义(P<0.05);②体外培养人膝骨关节炎滑膜成纤维样细胞,通过siRNA敲减骨桥蛋白后,转录组与蛋白质组定量研究分别鉴定了14662个转录本和3608个蛋白,其中5种蛋白的转录组与蛋白质组分析结果显示同步下降,2种蛋白的转录组与蛋白质组分析结果显示同步上升;③结果 表明,骨桥蛋白对骨关节炎产生不利影响,其机制可能是通过促炎作用和胰岛素样生长因子结合蛋白3对软骨的负面作用.

摘要： 用雷公藤红素处理成纤维样滑膜细胞,通过RNA测序、定量蛋白质组学、分子对接、qPCR和Western blot检测和验证,筛选到差异基因和蛋白质,获得7803个基因和3372个蛋白质,雷公藤红素作用机制与氧化应激和氧气水平高低相关,也涉及细胞组分和细胞外基质蛋白的稳定和合成通路。结果显示,雷公藤红素可通过这些机制来抑制类风湿关节炎的发病。

摘要： 【目的】明确镉污染对泽兰实蝇(Procecidochares utilis Stone)雄性附腺蛋白质造成的影响。【方法】利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合MS/MS对染镉与未染镉的泽兰实蝇雄性附腺蛋白质进行分析与鉴定。【结果】共鉴定出3 661个蛋白质,具有定量信息差异的蛋白质58个,其中上调的蛋白质38个,下调的蛋白质20个。GO和KEGG注释分析和富集分析结果显示:这些蛋白质具有催化、代谢和转运等功能,表明染镉后泽兰实蝇雄性附腺中多种功能的蛋白质发生了变化。【结论】本研究明确了镉污染可改变泽兰实蝇雄性附腺蛋白质组,并鉴定了镉胁迫后泽兰实蝇雄性附腺的差异蛋白。

摘要： Lon是一类广泛存在于生物体内的蛋白水解酶,其通过水解受损及无用蛋白,防止蛋白聚集造成的细胞伤害,在胞内氨基酸周转再利用中发挥重要作用。极端微生物耐辐射异常球菌(Deinococcus radiodurans R1)的超强非生物胁迫耐受性与其拥有功能强大的胞内蛋白质稳态系统密切相关。而Lon作为蛋白水解系统的重要组成部分,在耐辐射异常球菌中的功能分析还未见具体报导。因此本研究以耐辐射异常球菌Lon1蛋白酶为研究对象,分析其逆境胁迫下的功能。结果显示lon1基因的转录受高温诱导,48°C高温胁迫蛋白组学分析显示,lon1的缺失使多个分子伴侣蛋白、参与膜功能和转运蛋白以及与DNA修复、转录调控、能量代谢等相关的蛋白表达量发生显著上调;lon1的缺失使5个参与细胞形态建成的蛋白表达量显著下调,电镜结果证实lon1缺失使细菌分裂异常,形成巨型细胞,细胞膜发生严重的损伤;非生物胁迫冲击实验发现,lon1的缺失使耐辐射异常球菌对0.2 mol/L NaCl以及48°C高温敏感。研究表明Lon1蛋白酶主要参与耐辐射异常球菌的细胞形态建成,并在适应高温等胁迫中发挥功能。

摘要： 采用RNA-Seq技术和iTRAQ技术对耐旱性不同的两玉米自交系(昌7-2和TS141)的幼苗根系差异基因(DEGs)和差异蛋白(DEPs)进行关联分析。定量关联分析结果表明,Chang 7-2 D1 vs CK1、Chang 7-2 D2 vs CK2、TS141 D1 vs CK1和TS141 D2 vs CK2等4个比较组中mRNA和蛋白表达趋势相同的基因相关系数分别为0.7993、0.5673、0.6406、0.6588,mRNA和蛋白表达趋势相反的基因相关系数分别为-0.7222、-0.5752、-0.7996、-0.7339;此外,通过对每个自交系的D1 vs CK1和D2 vs CK2关联结果进行整合后发现,在干旱胁迫下,昌7-2中mRNA和蛋白表达趋势相同的基因有19个,mRNA和蛋白表达趋势相反的基因有9个,TS141中mRNA和蛋白表达趋势相同的基因有11个,mRNA和蛋白表达趋势相反的基因有0个,表明植物根系在转录和转录后调控过程中存在差异。KEGG分析发现4个比较组所关联到的DEGs/DEPs主要涉及苯丙素的生物合成、次生代谢产物的生物合成和核糖体等,这些通路可能是不同自交系幼苗根系共同响应干旱胁迫的主要通路。在昌7-2和TS141中挑选9个DEPs/DEGs表达趋势相同的基因进行qRT-PCR分析表明,9个DEPs/DEGs的表达趋势与它们的RNA-Seq和iTRAQ结果基本一致。

摘要： 为研究杨树根系响应铵态氮胁迫的机理,以杨树“南林3412杨”无菌苗为试验材料,用NH;Cl溶液胁迫处理后,利用iTRAQ标记定量蛋白质组学技术,分析不同质量浓度的铵态氮胁迫处理下杨树根系的差异表达蛋白。结果表明:一共鉴定到266个差异蛋白,这些差异蛋白按KEGG分类,主要富集在能量代谢、氨基酸代谢和次生代谢物质合成等代谢途径。进一步分析发现,包括果胶酶、木质素过氧化物酶和角质酶等在内的11个细胞壁相关的蛋白在铵态氮胁迫下发生了显著的差异表达,参与糖酵解代谢、碳水化合物代谢的蛋白更倾向于在高质量浓度铵态氮胁迫下上调表达。此外,杨树中有17个抗氧化系统酶和5个热激蛋白在铵态氮胁迫下差异表达。上述结果表明,杨树根系主要通过维持细胞壁完整性、调节碳和能量代谢、激活抗氧化系统等方式来应对铵态氮胁迫。

摘要： 采用非标记定量蛋白质组学技术获得10例肝细胞癌患者和10例健康人的血浆样本蛋白质组表达谱数据,并对其细胞定位与功能进行注释分析.利用修正t-检验算法对差异蛋白质进行筛选,通过DAVID平台分析软件对差异蛋白质进行功能注释分析,发现了一系列潜在的肝细胞癌血浆诊断生物标志物,包括16个肝细胞癌血浆上调蛋白质和15个下调蛋白质.此外,还发现了一系列新的候选生物标志物,如EFEMP1,ITH3,CRP,SAA1,LBP和MBL2等.这些肝细胞癌的血浆蛋白质候选标志物可作为临床诊断标志物进行应用,然而由于样本数量较少,仍需开展大队列样本进行验证.

摘要： 核糖体蛋白不仅参与蛋白质合成,而且参与植物生长发育的调控。利用拟南芥核糖体磷酸蛋白P1(ribosomal phosphoprotein P1,RPP1)家族基因RPP1A缺失突变体rpp1a研究RPP1A缺失对幼苗蛋白质表达水平的影响,揭示其参与调控幼苗生长的作用机制。表型分析发现,与野生型WT相比,RPP1A缺失导致拟南芥幼苗生物量、叶片总表面积和叶柄长度显著增加。基于label-free的蛋白质组学分析,与野生型相比,rpp1a-2突变体有280个蛋白质表达量具有显著差异,其中98个显著上调,182个显著下调。差异蛋白主要富集在细胞过程、代谢过程、刺激反应、细胞成分组织或生物发生和氧化还原过程等生物学过程,并在核糖体、光合作用、mRNA监视途径、RNA降解和苯丙素的生物合成代谢通路中显著富集。拟南芥rpp1a-2突变体通过抑制刺激反应和增强光合作用等过程促进植物生长。

摘要： 作为主要的H2AK119ub去泛素化酶,USP16与造血功能异常、神经发育、癌症发生等病理过程密切相关。它能够调控染色质的动态性和可及性进而调控转录,也调控细胞周期。尽管USP16在细胞核内发挥功能,但它主要定位于细胞质中。迄今对USP16下游具体的功能网络和信号途径缺乏深入研究。在本研究中,我们通过对来自HeLa细胞和两株usp16稳定敲低细胞系的转录组和蛋白质组数据进行对比整合分析,发现usp16敲低后上调的基因和蛋白主要与细胞骨架形成、细胞形态构建等相关的生物学过程有关,usp16敲低后下调的基因和蛋白与线粒体中的蛋白翻译和代谢过程有关。

摘要： 目的:运用比较蛋白质组学方法研究体育运动对增龄大鼠骨骼肌和肝脏蛋白质组表达图谱的影响,基于"骨骼肌-肝脏轴"角度探究体育运动延缓衰老的整合机制.rn 方法:将20只18月龄雌性SD大鼠随机分为实验组(n=10)和安静对照组(n=10).实验组经中等强度强度运动训练(60％ VO2max～75％VO2 max),与安静对照组一起提取腓肠肌和肝脏组织的全蛋白,并通过固相-pH梯度聚丙烯酰胺凝胶电泳进行蛋白质分离,随后采用PD Quest软件进行图像分析和数据采集.选择差异表达量大于2倍的备选目标蛋白斑点进行胶内原位酶解与质谱鉴定.rn 结果:骨骼肌和肝脏蛋白差异表达量大于2倍分别为6个和12个,其中骨骼肌差异蛋白增加和减少均为3个,肝脏增加和减少分别为8个和4个.取上述蛋白斑点经质谱鉴定,骨骼肌的差异蛋白分别为热应激同源蛋白70(HSC70)、26S蛋白酶体调节亚基6B分子(S6B)、肌动蛋白结合蛋白(Cofilin)、线粒体乙醛脱氢酶2(ALDH2)、α-酮戊二酸脱氢酶复合体(α-KGDHC)、细胞膜修复相关蛋白(TRIM72);肝脏的差异蛋白分别为脂肪酸合成酶(FAS)、α-烯醇化酶(α-enolase)、11-羟化类固醇脱氢酶(11β-HSD1)、核基质结合因子B2(SAFB2)、乙基丙二酸脑病变相关蛋白(ETHE1)、蛋白酶体β亚单位6(PSMB6)、核糖核酸酶抑制因子(RNH1)、葡萄糖磷酸变位酶(PGM)、角蛋白8(Krt8)、S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMs)、主要急性期蛋白1(MAP1)、触珠蛋白(HPT).rn 结论:1)运动训练后增龄大鼠骨骼肌和肝脏的蛋白质组表达图谱发生显著性变化;2)骨骼肌和肝脏目标差异蛋白表达变化提示,运动同时调控骨骼肌和肝脏的能量代谢、氧化-抗氧化和蛋白质代谢等过程;3)S-腺苷甲硫氨酸合成酶、触珠蛋白和主要急性期蛋白1可能介导运动延缓衰老的组织间分子整合机制.

摘要： 目的：通过对痰湿质超重、肥胖者和平和质正常对照者的血清蛋白质谱的差异变化进行对比研究,探讨中医痰湿体质的病理特征.rn 方法：选择81例30-50岁的男性,参照中医体质分类判定标准和肥胖诊断标准分为平和质正常对照组8例、痰湿质超重组30例、非痰湿质超重组18例、痰湿质肥胖组25例,对各组血清蛋白质组学的指标进行对比研究.rn 结果：通过双向凝胶电泳结果显示,痰湿质肥胖组与正常对照组相比,共发现5个差异显著的蛋白质点.经基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定出3种差异蛋白质,分别为DNA依赖性蛋白激酶催化亚单位、FBW1A、LARGE.痰湿质肥胖者血清中LARGE表达上调,DNA依赖性蛋白激酶催化亚单位、FBW1A表达下调.rn 结论：痰湿质肥胖者血清蛋白质中存在LARGE的高表达及DNA依赖性蛋白激酶催化亚单位、FBW1A的低表达,提示痰湿质肥胖者存在血清蛋白质组学的差异表达.

摘要： 采用基于尿素和离子液体溶解度不同的顺序提取法对Hela细胞的蛋白质进行分级提取，并采用改进的基于filter的方法分别对两个级份的样品进行预处理。得到的酶解产物，采用RP-RP进行分级，并分别用C18分离柱和C8分离柱对8M尿素方法和离子液体方法得到的肽段进行分离及质谱鉴定。此外，对分离梯度和质谱条件进行了优化，将分析时间缩短至34小时。最后，用整个策略对Hela细胞的蛋白质组进行分析，单次分析可鉴定到9790±58个蛋白质，对应于65126±388条肽段，8859±46个基因，其丰度的动态范围可达到9个数量级(n=3)。三次分析结果合并，共鉴定到12235个非冗余的蛋白质，对应86986条肽段，10572个基因。这是迄今为止报道的关于Hela细胞最大的蛋白质组数据集。较之前Mann鉴定到10255个蛋白质，对应于9207个基因，分别提高了19%和15%，且LC-MS的分析通量提高了7倍(-1.5天vs.12天)。

摘要： 利用了Progenesis LC-MS软件对色谱图进行保留时间匹配的校正，同时比较了同组分多次重复实验中的谱图相似率，以及两种条件下蛋白质色谱图的相似度。样品经过双酶切处理后加入作为参照的QconCAT标准蛋白混合物，上样至高效液相色谱串级质谱，后续再进行了谱图校正与定量分析。该实验流程保证了蛋白质的酶解效率以及鉴定效率，可以比较校正后的色谱总离子流图的相似度，相比其他的方法更为简单快捷和流程化，具有高通量高灵敏度的优点，总共鉴定到8000个以上蛋白。另一方面，为了有效地消除电喷雾中混合分析肽之间的离子化干扰，采用了DSMO溶剂增加了被干扰分析物的逸出效率并采用带乙晴辅助气体的朱氏喷雾器装置抑制空间离子间干扰。这些技术可以有效地实现等摩尔离子化的低干扰电喷雾模式，有利于实现蛋白质组的绝对定量。

摘要： 目的：初步探寻臂丛神经损伤术中膈神经移位术后大脑运动皮层蛋白质组的变化。 方法：1.取SD大鼠12只,分为2组,分别为对照组和实验组.实验组为大鼠右侧上肢的臂丛神经上、中干损伤,膈神经移位的手术组.2.观察1、2个月后大鼠的患肢功能学变化,并行肌电图检测,明确膈神经移位后的神经功能恢复.3.取左侧大脑的运动皮层,6份并为一组,行组织蛋白质提取后,行二维凝胶电泳和质谱分析.初步探寻移位术后大脑运动皮层发生了哪些蛋白质组的变化. 结果:术后1个月后，观察实验组大鼠已出现随呼吸的屈肘运动，2个月后，实验组大鼠屈肘运动明显，且梳头试验时见其有部分自主屈肘动作。蛋白质组学试验行二维电泳后，在不同电荷梯度和质量分布上平均地取了11个点，行质谱分析后，其中8个点为有统计学意义的变化。发生变化的蛋白分别有：海马胆碱能激肽，歧化酶，纯化蛋白，癌蛋白，微管蛋白-β2A链，α烯醇化酶，ATP合成酶亚组d，组氨酸三核氨酸结合蛋白等。其中部分为辅助功能蛋白，也有部分如海马胆碱能激肽为海马胆碱能蛋白的前体蛋白，为调节大脑学习、记忆方面的蛋白。而微管蛋白为神经微管的主要组成成分。考虑以上蛋白均有可能在外周神经损伤后脑功能重塑过程中起到一定作用。 结论：可以通过蛋白质组学分析的方法探寻大脑皮层在神经移位术后的重塑过程中发现了哪些变化，为今后大脑皮层功能重塑的机制深入研究提供基础。

摘要： 发酵乳制品是引领我国乳品工业未来发展的主导产品,其质量优劣在很大程度上取决于乳酸菌发酵剂.性能优良的乳酸菌发酵剂不仅可以赋予发酵乳制品独特的品质,还可以降低生产成本,为企业创造新的效益增长点.作为发酵乳制品的特征性微生物,乳酸菌的物质代谢活动与终端产品的质量密切相关.为此,选择合适的方法,对乳酸菌及其发酵乳进行研究开发具有非常重要的意义.从这一角度出发,宏基因组、转录组、蛋白质组等现代基因组技术的应运而生,使开始有能力对乳酸菌进行更为深入的了解,也为整个领域的研究注入了新的活力.

摘要： 目的：建立适用于肺炎支原体(mycoplasma pneumoniae，mp)的双向电泳技术。 方法：对双向电泳实验中的三个关键因素：全蛋白提取量、固相ph梯度胶条范围、蛋白上样量进行摸索，比较和分析标准株FH电泳图谱，利用液相色谱串联质谱技术(LC-MS/MS)鉴定部分蛋白斑点。 结果：采用菌液离心结合超声破碎的方法提取全蛋白，上样量为2mg，固相ph梯度胶条选取ph4-7，可以得到蛋白点分布均匀的双向电泳图谱，蛋白点数为60±2。利用液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)技术成功获得了分子伴侣蛋白(Chaperone protein DnaK)，鉴定成功率为100%。 结论：成功建立了适用于肺炎支原体蛋白质组分析的双向电泳技术，为肺炎支原体蛋白质组学的研究提供一个可靠的技术平台。

摘要： 濒危动物的角,如犀角、羚羊角等在亚洲地区广为应用.本文研究评价了7种角类动物药的解热、镇静、促凝血等传统功效.基于shotgun技术的蛋白质组学研究角类动物药物质基础,nano LC-MS/MS从每个角类样品中鉴定了200个以上蛋白质,根据这些蛋白质的分子功能与细胞组成,采用主成分分析(PCA)将其进行分组.结果表明,7种角类动物药均表现出解热、镇静与促凝血作用.蛋白质组研究表明牦牛角(YH)、水牛角(WBH)与犀角(RH)相似,而山羊角(GH)与羚羊角(SAH)相似.此外,YH与GH在细胞成分的组成轮廓上与RH相似.基于角蛋白与角蛋白相关蛋白组成的PCA分析表明,WBH与RH相似,而GH与SAH相似.本文研究分析了角类动物药的蛋白质组成,表明以可持续资源替代珍稀角类动物药资源是可行的.

摘要： 胸肌作为家禽骨骼肌中最重要的组成部分之一,其发育与肉用家禽生产效率和肉品质紧密相关.此外,肌内脂肪(IMF)能够提高肌肉嫩度,是影响肌肉风味的最重要因素之一.IMF的沉积受肌肉和脂肪组织发育等多因素的共同作用.动物肌肉和脂肪均来源于间充质干细胞,且两种组织的发育几乎同步经历细胞发育的两个阶段,一是胚胎期至生长早期的细胞增生期,即细胞数量的增多,肌肉/脂肪细胞的数量在出生前及出生早期被固定;二是生长后期细胞肥大期,即细胞体积的增大.因此,动物胚胎期至生长早期的细胞增生期肌肉发育和IMF的变化对最终肉品质具有决定性作用.但是至今为止,针对鸡胚胎期至生长早期肌肉组织和IMF沉积分子机制的研究还未见报道.在肌肉快速发育时期，科宝富集通路中有关能量代谢的通路（如糖酵解/糖异生，氧化磷酸化及丙酮酸代谢）数目明显多于北京油鸡富集得到的，这可能是科宝鸡生长速度快于北京油鸡的一个原因。北京油鸡和科宝鸡在1日龄时肌内脂肪含量无明显差异，而在其各自出栏日龄时，风味有所差异，这可能是因为科宝的肌肉生长速度远超过北京油鸡。

摘要： 采用氧化石墨烯修饰聚合物微球，制备了一种新型的胰蛋白酶固定化酶反应器，实现了蛋白质的同时酶解和18O标记。为了评价该酶反应器的性能，采用BSA为样品对该酶反应器进行了评价。结果表明，与传统离线方法相比，采用该酶反应器，无论是1SO标记效率(99%vs95%)，还是样品预处理时间(2.5min vs36h)均得到了显著的提高。此外，将该酶反应器与2D-nanoLC-MS在线联用，并用于小鼠腹水淋巴道高低转移细胞株差异蛋白质分析，结果表明，采用该集成化分析平台，三针可共同定量1750种蛋白质(CV<50%)，其中89种蛋白质上调，32种蛋白质下调，且多数差异蛋白质与文献报道的趋势一致，显示出了高通量筛选潜在标志物的潜力。

摘要： 由下述氟树脂形成了与蛋白质或包含蛋白质的组合物接触的表面的容器及用于制造蛋白质或包含蛋白质的组合物的器材具有显著的低蛋白质吸附性，其中，所述氟树脂为选自四氟乙烯‑六氟丙烯系共聚物及四氟乙烯‑全氟烷基乙烯基醚系共聚物中的至少1种氟树脂，并且，所述氟树脂的熔点为320°C以下，所述氟树脂中的相对于每1×10

摘要： 本发明提供能减小使用了特异性地结合的物质的测定中的由肝型脂肪酸结合蛋白质引起的测定值的变动幅度的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、评价该制剂的方法、制作肝型脂肪酸结合蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。一种用使用了用10mM的氧化剂在25°C下进行1小时的氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值与使用了未进行上述氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值的比表示的氧化变动系数设定为1.4以下的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、用于该制剂的肝型脂肪酸结合蛋白质、编码该蛋白质的DNA、由该DNA转化得到的细胞、该蛋白质的制造方法、评价该制剂的方法、抑制使用该制剂的测定中的测定值的变动幅度的方法、制作该蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明公开了建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法和健康人尿蛋白质组数据库，是将统计数量健康人的尿样制成尿蛋白样品，经质谱检测、搜库及定量确定其中的蛋白种类及各蛋白的定量形成一个尿蛋白质组数据，将不同尿蛋白质组数据归集不同的尿蛋白质组亚数据集和总数据集，利用数据集的数据计算得到健康人尿蛋白质组定量参考范围。利用本发明建立的健康人尿蛋白组数据库中人尿蛋白的定量参考范围能够更好地排除在尿蛋白生物标志物发现过程中来自生理性波动和个体间差异蛋白的干扰。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质。本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质组学研究抑郁或焦虑症大鼠蛋白质组变化方法，所述方法包含下述步骤：步骤1，对大鼠大脑前额叶皮层分离与蛋白提取；步骤2，对步骤1所得的蛋白样品进行FASP法酶解、多肽iTRAQ标记、SCX分级及LC‑MS/MS质谱分析；步骤3，对步骤2得到的质谱数据进行搜库与生物信息学分析；步骤4，对步骤3得到的差异蛋白进行PRM技术验证。本发明：1、利用CMS构建的临床前模型可帮助暴露抑郁症和焦虑症的潜在分子特征。2、抑郁症和焦虑症导致人类或动物前额叶皮层脑容积和树突棘减少。3、本发明采用iTRAQ定量蛋白质组学方法针对4组抑郁症/焦虑症大鼠模型的前额叶蛋白表达水平进行差异分析，提高了定量蛋白质组学结果的可靠性、客观性和准确性。

摘要： 本发明公开了一种尿液中外泌体的提取及其蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析方法。本发明首先提供一种表面螯合金属离子的磁性纳米材料：在氧化石墨烯的表面修饰磁性纳米颗粒，得到产物1；在产物1的表面包覆二氧化硅层，得到产物2；在产物2的二氧化硅层表面修饰带有氨基的硅烷偶联剂，得到产物3；在产物3的表面修饰金属螯合剂，得到产物4；在产物4的表面螯合金属离子即得。本发明磁性纳米材料可用于提取尿液中外泌体，并用于外泌体中蛋白质或磷酸化蛋白质组学分析。通过利用外泌体膜磷脂双分子层表面裸露的磷酸根与金属离子之间通过双配位的化学作用结合，同时结合静电吸附的作用，实现对尿液外泌体的高特异性提取，提取速度快，回收率高。

摘要： 本发明公开了建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法和健康人尿蛋白质组数据库，是将统计数量健康人的尿样制成尿蛋白样品，经质谱检测、搜库及定量确定其中的蛋白种类及各蛋白的定量形成一个尿蛋白质组数据，将不同尿蛋白质组数据归集不同的尿蛋白质组亚数据集和总数据集，利用数据集的数据计算得到健康人尿蛋白质组定量参考范围。利用本发明建立的健康人尿蛋白组数据库中人尿蛋白的定量参考范围能够更好地排除在尿蛋白生物标志物发现过程中来自生理性波动和个体间差异蛋白的干扰。