iTRAQ

摘要： 【目的】从蛋白质水平揭示烤烟根系对不同类型土壤的响应差异。【方法】以烤烟品种K326为材料,选取石灰岩土(沙壤土)、水稻土和红壤土,测定3种类型土壤烤烟根系活力、硝酸还原酶(NR)、谷氨酰胺合成酶(GS)和天冬氨酸合成酶(AS)活性;利用iTRAQ技术鉴定3种类型土壤烤烟根系差异表达蛋白,对所获得的差异蛋白进行生物信息学分析,从中选择16个蛋白进行平行反应监测(PRM)验证。【结果】(1)红壤土的烤烟根系活力、NR、GS和AS活性均高于沙壤土和水稻土;(2)从水稻土vs沙壤土、沙壤土vs红壤土、水稻土vs红壤土3组对比中分别鉴定出699、650、569个烤烟根系差异表达蛋白,其中上调/下调蛋白分别为412/287、291/359和323/246个;(3)差异蛋白质主要有催化、结合、转运活性等功能;(4)差异蛋白功能富集于次生代谢产物的生物合成、代谢途径和苯丙烷类生物合成等代谢途径;(5)红壤土烤烟根系与抗逆性、碳水化合物和能量代谢、蛋白质合成等相关的差异蛋白表达均高于沙壤土和水稻土。【结论】利用iTRAQ标记技术,结合PRM验证技术筛选出不同类型土壤烤烟根系差异表达蛋白,为获取响应关键蛋白奠定基础。

摘要： 弓形虫是一种呈世界性分布的机会性致病原虫,可引起致命性脑炎。人弓形虫病急性感染往往与弓形虫卵囊污染密切相关。探究弓形虫卵囊感染对宿主的致病机制和防控弓形虫病具有重要意义。因此,本研究利用iTRAQ技术,结合2D-LC-MS/MS分析弓形虫PRU虫株卵囊急、慢性感染小鼠后,其脑组织蛋白质的差异表达情况。结果表明,在急性感染期和慢性感染期小鼠脑组织中分别鉴定到85和51个差异表达的蛋白,而慢性感染期与急性感染期相比有114个蛋白差异表达。对差异表达蛋白进行功能分析发现其主要涉及到免疫、代谢过程等通路。本研究结果为进一步阐明弓形虫卵囊急慢性感染引起宿主脑组织损伤及致病机制提供了重要的数据。

摘要： In this study,the hydrolytic amino acids of Chinese human and Holstein cow milk of different lactation periods were analyzed by the advanced isobaric tags for relative and absolute quantitation(iTRAQ)combined with the high performance liquid chromatography-mass spectrometry(HPLC-MS/MS)approach.The total contents of the hydrolytic amino acids in cow colostrum,cow mature milk,human colostrum and human mature milk were 5.00,4.38,2.12 and 2.48 g·L^(-1),respectively.Among these,the contents of the hydrolytic amino acids in cow milk were higher than those in human milk,indicating a decreasing trend with the prolongation of lactation.Additionally,principal component and hierarchical cluster analyses were used to further screen the differentially expressed amino acids.These results enhanced the understanding of the hydrolytic amino acids in cow and human milk across different lactation periods,which could provide potential directions for newborn dairy powder and nutritious supplementary.

摘要： 为了研究母猪妊娠早期外周血液中蛋白质的表达情况,寻找潜在的母猪妊娠早期生物标志物,本试验采集了8头健康、生产表现正常且体况相近的配种后15 d妊娠与非妊娠的长大二元经产母猪外周血液,分离蛋白,利用iTRAQ技术及生物信息学方法筛选与胚胎附植相关的差异表达蛋白,用ELISA验证其表达情况,并进行ROC曲线分析。结果显示,筛选到配种后15 d妊娠与非妊娠母猪外周血中的24个差异表达蛋白(妊娠母猪中19个上调,5个下调),主要富集的信号通路包括PI3K-Akt、p53、MAPK、Estrogen和mTOR等重要信号通路。ELISA结果验证其表达趋势与iTRAQ检测结果一致。ROC曲线分析发现,配种后15 d血液中的FLNC、ADIPOQ、HP和TERF2以及FLNC-ADIPOQ、ADIPOQ-HP联合使用均可作为母猪早期妊娠潜在的生物标志物,且准确性与特异性较好。本研究鉴定了配种后15 d母猪血液中差异表达蛋白,且发现FLNC、ADIPOQ、HP和TERF2可作为母猪妊娠早期的潜在生物标志物,并为母猪胚胎附植机制研究提供新视角。

摘要： 本试验旨在探索家蚕体适应桑叶营养物质变动的微观机制。首先检测老、嫩2种成熟度桑叶的水分、粗蛋白质、粗脂肪、可溶性糖、还原性糖、多糖、总黄酮、总多酚和1-脱氧野尻霉素(1-DNJ)含量,然后采用相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术分析由这2种桑叶饲喂3 d的5龄家蚕脂肪体蛋白质组表达谱,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果显示:嫩桑叶的粗蛋白质、粗脂肪、还原性糖、总黄酮、总多酚、1-DNJ含量极显著高于老桑叶(P1.25或<0.80]的功能富集分析发现,GO和KEGG通路注释到这些蛋白主要参与物质代谢、运输和贮存,应激和免疫反应,机体发育等生物学过程。差异表达蛋白互作网络分析筛选到核糖体蛋白和神经前体细胞表达发育下调蛋白8(NEDD8)的网络中心性高。综上可知,桑叶成熟度显著影响其营养物质含量,引起摄食老、嫩桑叶家蚕脂肪体蛋白质组灵敏、广泛的差异响应。

摘要： 目的:以中医方证相关理论为指导,采用iTRAQ蛋白质组学方法观察经典名方补气剂四君子汤、补血剂四物汤对自然衰老模型小鼠肝脏线粒体中蛋白质的影响,挖掘衰老相关的蛋白质标志物,进一步分析四君子汤和四物汤对衰老相关蛋白生物标志物的影响,为方证关系研究提供科学依据。方法:选取40只自然衰老雌性小鼠为研究对象,10只3月龄小鼠为空白组,其他小鼠饲养至16月龄时再将其进行随机分组,分为四君子汤组、四物汤组及模型组,每组10只。四君子汤组、四物汤组灌胃给药剂量为13mL/kg,3月龄空白组与16月龄模型组采用生理盐水灌胃,与给药组等体积比,剂量为13mL/kg。摘取小鼠肝脏组织,并提取线粒体样本,采用同位素标记相对和绝对定量技术,对自然增龄模型小鼠肝细胞线粒体蛋白生物标志物进行研究和分析。结果:空白组与模型组共鉴定出差异蛋白496个;四物汤组有237个标志性蛋白质出现了良性回调;四君子汤组有256个标志性蛋白质出现了良性回调;同时受到四物汤组、四君子汤组影响的蛋白有493个。结论:通过蛋白质组学技术研究发现,补益气血剂对16月龄小鼠肝组织内质网中的蛋白质加工、剪接体及脂肪消化吸收等途径具有调节作用,通过调节这些信号通路的相关蛋白,进而对增龄产生的相关机体功能紊乱起到保护和调节作用。

摘要： 为研究杨树根系响应铵态氮胁迫的机理,以杨树“南林3412杨”无菌苗为试验材料,用NH;Cl溶液胁迫处理后,利用iTRAQ标记定量蛋白质组学技术,分析不同质量浓度的铵态氮胁迫处理下杨树根系的差异表达蛋白。结果表明:一共鉴定到266个差异蛋白,这些差异蛋白按KEGG分类,主要富集在能量代谢、氨基酸代谢和次生代谢物质合成等代谢途径。进一步分析发现,包括果胶酶、木质素过氧化物酶和角质酶等在内的11个细胞壁相关的蛋白在铵态氮胁迫下发生了显著的差异表达,参与糖酵解代谢、碳水化合物代谢的蛋白更倾向于在高质量浓度铵态氮胁迫下上调表达。此外,杨树中有17个抗氧化系统酶和5个热激蛋白在铵态氮胁迫下差异表达。上述结果表明,杨树根系主要通过维持细胞壁完整性、调节碳和能量代谢、激活抗氧化系统等方式来应对铵态氮胁迫。

摘要： 盐芥是研究耐盐机理的模式植物。为从蛋白质水平揭示盐芥响应盐胁迫的分子机制,本研究采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术对不同NaCl浓度处理7 d的盐芥叶片进行差异蛋白质组学分析。结果表明,盐芥叶片中共鉴定到4607个蛋白质,其中281个蛋白质的表达丰度显著增加,95个蛋白质的表达丰度显著降低。盐胁迫差异表达蛋白质的KEGG代谢通路和蛋白质互作网络分析结果表明,促进植株光合作用可帮助盐芥适应低盐环境;抑制叶绿素和支链氨基酸合成、调控应激反应基因的表达是盐芥应对中盐环境的重要因素;而有效清除活性氧、提高渗透物质积累量和增加能量供应可能是盐芥耐受高盐环境的关键。本研究结果为揭示盐芥应答盐胁迫的分子响应机制提供了理论基础。

摘要： 旨在通过蛋白组学探索益母草水煎液对人真皮微血管内皮细胞(human dermal microvascular endothelial cells,HDMECs)凝血与抗凝血相关因子表达的调节作用。MTT法筛选益母草水煎液对HDMECs的安全浓度;使用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术分析50和100μg·mL^(-1)益母草水煎液作用24 h后HDMECs蛋白表达谱的变化,通过对比各组蛋白谱的变化筛选出差异显著的相关通路,分析该通路中筛选到的可信差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),并选取可信DEPs中与凝血与抗凝血相关的拮抗因子进行RT-PCR和ELISA验证。结果表明:1 mg·mL^(-1)以下益母草水煎液对HDMECs无毒副作用;益母草水煎液能够同时调节与凝血相关的血小板活化等过程和与抗凝血相关的肝素结合过程。对筛选出的补体和凝血级联通路中的5种可信DEPs分析显示,与空白组相比,50μg·mL^(-1)益母草水煎液组凝血酶原(F2)、抗凝血酶-Ⅲ(AT-Ⅲ)、组织型纤溶酶原激活剂(t-PA)、凝血因子Ⅴ(F5)和激肽原(KNG)同时显著下调,100μg·mL^(-1)益母草组F2、t-PA、AT-Ⅲ、KNG显著下调;与50μg·mL^(-1)益母草水煎液组相比,100μg·mL^(-1)益母草水煎液组F2、AT-Ⅲ、t-PA、F5和KNG等凝血级联相关因子均显著升高。结果提示,益母草水煎液可显著改变HDMECs蛋白表达谱,并可能通过调控补体和凝血级联通路相关因子F2、AT-Ⅲ、t-PA、F5、KNG蛋白的表达对凝血与抗凝血相关拮抗因子发挥双向调控作用。

摘要： 旨在分析VPS28基因调控乳蛋白合成的分子机制,为奶牛泌乳性状的分子育种奠定理论基础。本研究首先利用RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术敲降奶牛原代乳腺上皮细胞(bovine mammary epithelial cells,BMECs)中VPS28基因的表达水平,检测与乳蛋白合成、泛素化-溶酶体和泛素化-蛋白酶体通路相关的11个基因、泛素蛋白的表达水平及蛋白酶体活性;然后抑制BMECs中蛋白酶体和溶酶体的活性,检测酪蛋白相关基因、核糖体蛋白的表达水平;最后利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)比较蛋白质组学分析敲降前后BMECs的差异表达蛋白。结果表明,敲降VPS28基因后,CSN1S1、CSN2、CSN3、RPS8、UBC、PSMC3、PSMC5基因均显著上调,PSMD12显著下调;抑制蛋白酶体后,CSN1S1、CSN2、CSN3显著上调,RPL13显著下调;抑制溶酶体活性后酪蛋白相关基因表达不显著;iTRAQ结果共筛选出129个差异表达蛋白,下调蛋白主要富集在核糖体、溶酶体、剪切体等相关通路,上调蛋白主要富集在内质网的蛋白质加工、加压素调控的水重吸收过程、RNA转运等通路中。研究表明,VPS28基因可通过泛素化信号通路影响BMECs中乳蛋白的合成。

摘要： 本发明公开了一种基于iTRAQ标记蛋白评价肉类冻融程度的方法，该方法采用iTRAQ标记定量蛋白质组学，对冻融处理的肉中蛋白进行定量和定性，将蛋白质水平在冻融处理的肉中具有明显差异的蛋白作为标记蛋白，从而根据肉中标记蛋白的含量判断肉的冻融程度。本发明首次鉴定了冻融肉中蛋白，为筛选反映肉类冻融品质的标记蛋白提供了依据，而且可以依据蛋白质水平结果判定肉类冻融程度，提供了一种新的品质评价方法，有利于为肉品企业创造更多的利润，应用前景广阔。

摘要： 本发明提供了一种应用iTRAQ技术研究弓形虫慢性感染小鼠脑组织差异表达蛋白质组的方法，包含以下步骤：(1)小鼠脑蛋白的提取；(2)对步骤(1)所得的蛋白质样品进行FASP酶解、肽段标记；(3)对步骤(2)标记的蛋白质样品进行HPLC分离肽段混合物及LC‑MS质谱分析；(4)对上步所得的质谱鉴定结果进行生物信息学分析、定量分析，获取弓形虫慢性感染小鼠脑组织过程中的差异表达蛋白质。本发明提供的iTRAQ结合LCMS/MS技术能快速有效地进行蛋白质组学研究，为研究弓形虫慢性感染致宿主CNS损伤机制以及发现新的生物标志物提供参考。

摘要： 本发明公开了一种应用iTRAQ技术研究三阴性乳腺癌外泌体差异表达蛋白的方法，包含以下步骤：(1)外泌体及外泌体蛋白质的提取处理；(2)对步骤(1)所得外泌体蛋白样品进行酶解和除盐得到多肽；(3)对步骤(2)所得多肽进行iTRAQ标记、混合；(4)对步骤(3)标记的多肽肽段混合物进行HPLC分离及LC‑MS分析；(5)对上述所得到质谱鉴定结果进行生物信息学分析、定量分析获取三阴性乳腺癌外泌体的差异表达蛋白。本发明提供的iTRAQ技术结合MS/MS技术能快速有效进行三阴性乳腺癌外泌体蛋白质组的研究，为研究三阴性乳腺癌的疾病机制以及发现三阴性乳腺癌相关的生物标志物提供参考。

摘要： 本发明公开了一种iTRAQ技术筛选心肌梗死疾病表达蛋白的方法，通过同位素标记相对和绝对定量蛋白质组学技术筛选早期心肌梗死疾病患病人群血清中差异表达的蛋白质，通过对两组标记后的血清样品的质谱结果进行单样本T检验分析，找到6个高表达的蛋白，1个为正常组中高表达，5个为早期心肌梗死疾病组中高表达。其中，在疾病组中Leucine‑rich alpha‑2‑glycoprotein蛋白覆盖度和唯一肽段数最高，通过肽段数据的分析证实其肽段也存在显著差异，经过基因本体功能注释分析发现此蛋白可能与血栓形成等过程相关。本发明方法具有分辨率高、通量大、速度快等优势，为此类疾病蛋白标志物的筛选开辟了一条新的途径。

摘要： 本发明为一种基于iTRAQ标记测定烟碱诱导细胞差异表达蛋白质的方法，提供一种烟碱暴露神经细胞差异蛋白质组的分析方法。具体而言，神经细胞经含有烟碱的培养基培养后，经蛋白质的抽提，蛋白浓度、样品质量及平行性的测定，酶解，iTRAQ标记和nano‑LC‑Q‑TOF分析鉴定后，进行搜库分析。本发明的方法定量分析了1mmol/L烟碱暴露1h SHSY‑5Y蛋白质的差异表达，其中参与MAPK级联生物过程和蛋白酶体信号通路的蛋白酶体蛋白，可能在烟碱成瘾中发挥重要作用，从而达到了解烟碱诱导神经细胞的差异表达蛋白质及差异蛋白质参与的生物过程的目的。

摘要： 本发明涉及一种鉴别冰鲜三文鱼和冻融三文鱼的方法，该方法采用iTRAQ技术对冰鲜和冻融处理三文鱼中的蛋白进行定量和定性分析，筛选出与三文鱼冻融后品质变化相关的差异蛋白，并利用多反应检测模式对这些蛋白做了进一步验证，为解释冻融处理后的三文鱼品质变化规律奠定了理论基础。本发明的鉴别方法为三文鱼品质评价和控制提供了研究思路和科学依据，也为进口的三文鱼品质鉴别提供了技术支持。

摘要： 本发明公开了应用iTRAQ技术研究家蚕响应球孢白僵菌感染蛋白质组变化的方法，所述方法包括：家蚕试验材料的获取及总蛋白的提取；总蛋白酶解、肽段标记、肽段分离、LC‑MS质谱分析；质谱鉴定结果数据查库、定量分析，获取家蚕响应球孢白僵菌感染过程中所有蛋白质组的变化情况。本发明采用iTRAQ技术，通过比较球孢白僵菌侵染前后家蚕自身蛋白组的变化，直接鉴定参与宿主应答反应的蛋白质，研究结果为快速寻找宿主与病原真菌互作的关键因子提供实验数据，进而解析家蚕对球孢白僵菌的免疫应答机制。预期研究结果有助于解析家蚕抵御真菌感染的调控机理，为开发家蚕真菌病的防治措施提供重要理论依据，同时也为阐明其他类型昆虫真菌致病的分子机制提供有益的参考。

摘要： 本发明公开了一种基于iTRAQ标记蛋白评价肉类冻融程度的方法，该方法采用iTRAQ标记定量蛋白质组学，对冻融处理的肉中蛋白进行定量和定性，将蛋白质水平在冻融处理的肉中具有明显差异的蛋白作为标记蛋白，从而根据肉中标记蛋白的含量判断肉的冻融程度。本发明首次鉴定了冻融肉中蛋白，为筛选反映肉类冻融品质的标记蛋白提供了依据，而且可以依据蛋白质水平结果判定肉类冻融程度，提供了一种新的品质评价方法，有利于为肉品企业创造更多的利润，应用前景广阔。

摘要： 本发明属于医疗保健技术领域，具体提供了一种基于iTRAQ技术的胎膜早破孕妇阴道分泌物差异蛋白的筛选方法。该筛选方法通过结合iTRAQ技术和2DLC‑MS/MS技术，实现了胎膜早破孕妇阴道分泌物差异蛋白的快速高关联度全面筛选，并经过进一步的鉴定分析，所筛选出的差异蛋白IGFBP‑1、AFP、PRL和LZM可作为胎膜早破诊断的生物标志物，具有较高的灵敏度和特异性。

摘要： 本发明公开了一种基于itraq技术获得高通量宏蛋白质组的定量分析方法，属于宏蛋白质组学技术领域，具体包括如下步骤：(1)总蛋白提取、(2)蛋白酶解处理、(3)脱盐处理、(4)肽段同位素标记处理、(5)肽段馏分分离处理、(6)肽段质谱鉴定、(7)质谱数据搜库。本发明分析方法整体工艺搭配合理，步骤相对简单，能够高效稳定的提取宏蛋白，并能准确快速的进行搜库分析，获得高通量宏蛋白质组数据信息，增进了人们对微生物招募，营养资源竞争，代谢活性和防御系统在整个群落中分布的了解。