定量蛋白质组学

摘要： 目的提出一种综合利用肽段信息的蛋白质定量方法WeQuant(weighted peptide-based protein quantification),以提高蛋白质定量的通量与准确度,特别是低丰度蛋白质。方法基于肽段和蛋白质的关系,按照肽段的丰度与来源对所有肽段进行加权,并利用肽段和蛋白质的等量关系建立加权非负最小二乘模型,从而得到蛋白质的相对丰度。结果与传统蛋白质定量方法相比,WeQuant在实验数据集上显著增加了有效定量的蛋白质数量,并在不同丰度范围均达到了更高的定量准确度。此外,WeQuant能够有效定量未被其他方法报告的低丰度蛋白质。结论本文提出的基于加权非负最小二乘的模型能够克服对高丰度肽段和唯一肽段的依赖,实现对不同丰度范围的蛋白质进行准确定量。

摘要： 目的通过构建IFNG-AS1过表达细胞系,寻找促进急性淋巴细胞白血病(ALL)进展的长链非编码RNA(LncRNA)IFNG-AS1的潜在靶点。方法采用IFNG-AS1过表达慢病毒和空载体组侵染ALL细胞系jurkat构建IFNG-AS1过表达的jurkat细胞,采用qRT-PCR方法检测两组细胞中IFNG-AS1的表达情况。采用高效液相色谱(HPLC)分离、串联质谱标记(TMT)定量蛋白质组学、液相色谱-质谱(LC-MS/MS)分析方法鉴定IFNG-AS1过表达jurkat细胞中差异表达蛋白(DEPs),并对其调控网络进行生物信息学分析,采用qRT-PCR对筛选的DEPs进行进一步验证。结果IFNG-AS1过表达jurkat细胞中91个蛋白表达显著上调,50个蛋白表达显著下调。DEPs与细胞分裂和免疫调节相关,具有催化活性和离子结合功能,参与了多种重要的信号通路(PPAR信号通路和PI3K/AKt信号通路)、代谢通路、DNA复制的调控,在细胞组成、生物过程和分子功能等方面具有重要作用。qRT-PCR结果显示FSIP2、PYGM、TTLL1和LIMD2的表达升高最为显著,ATP2A1、ESCO2和DNMT3B的表达降低最为显著,与蛋白质组学结果一致。结论LncRNA IFNG-AS1可影响jurkat细胞中多种蛋白的表达,且主要和TTLL1、PYGM相关。

摘要： 为提高学生综合能力、拓展学生思维,建设了先进的学科前沿实验技术定量蛋白质组学研究虚拟仿真实验项目,以应用最为广泛的一项蛋白质组学研究技术—同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术为出发点,开发了定量蛋白质组学研究虚拟仿真实验软件教学平台。iTRAQ技术可同时比较8种不同样品中蛋白质的绝对量和相对量的变化和差异,几乎可对任何蛋白样品进行定性定量分析,是近年来应用最为广泛的高通量定量蛋白质组学研究技术,基于该技术建设了本科生及研究生实验教学项目。通过引入该实验项目开展线上实验教学并将其与线下相关实验虚实结合,建立了完整的本科生蛋白质相关实验项目内容体系,让学生接触和了解了一些先进的实验技术和应用领域,拓展了学生的科研思维,得到了学生的正向反馈,取得了较好的实验教学效果。

摘要： 蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象的学科,是后基因组时代重要的组学技术。蛋白质是基因表达的最终产物,蛋白质表达的整体研究,对疾病机制、药物疗效研究意义重大,其中的定量蛋白质组学近年来应用广泛。肝脏是体内最重要的药物代谢器官,超过70%的药物经过肝脏代谢。本文旨在介绍定量蛋白质组学目前为止的常用技术,以及近五年定量蛋白质组学在药物性肝损伤、非酒精性脂肪性肝病、肝纤维化和肝硬化、肝细胞癌等常见肝病中的应用进展。

摘要： 目的 探索结直肠肿瘤脾气虚证患者肿瘤组织与正常组织的差异表达蛋白,寻找该证型的中医治疗靶点.方法 选择2012年8月-2019年8月就诊于天津市滨海新区中医医院行手术治疗的结直肠肿瘤患者作为研究对象,对辨证为脾气虚证的患者留取术后肿瘤组织和远端正常组织标本,运用iTRAQ定量蛋白质组学比较两种组织的差异表达蛋白,并应用Metascape进行富集和分析.结果 脾气虚证患者肿瘤组织和远端正常组织表达差异的蛋白总数为140个,上调71个,下调69个;上下调差异倍数≥1.6倍的差异蛋白总数为42个,上调蛋白20个,下调蛋白22个;Metascape富集分析显示,差异蛋白的生物过程主要集中在平滑肌收缩、气体运输、粒细胞激活等通路中.结论 脾气虚证结直肠肿瘤患者肿瘤组织与正常组织间的蛋白表达存在差异,其差异蛋白的生物过程主要集中在平滑肌收缩、气体运输、粒细胞激活等通路中,这些通路对脾气虚证的结直肠肿瘤的形成具有重要作用.

摘要： [目的]LuxR家族转录因子能够抑制或刺激不同功能类型基因的表达,来维持细胞功能的稳定性.嗜水气单胞菌是水产养殖中重要的致病菌之一,目前对该菌中的LuxR家族转录因子功能的研究还较少.[方法]本研究利用含有sacB标记的自杀载体pRE112和同源重组技术敲除LuxR家族转录因子AHA_1581基因.[结果]生理表型测定结果发现,AAHA_1581勺运动与胞外蛋白的酶活增强、生物被膜形成能力降低,且耐受低温、卡那霉素、庆大霉素胁迫,但是对K2Cr2O7更加敏感.进一步对野生型Ah和AAHA_1581的定量蛋白质组学分析,共鉴定到2654个蛋白,其中59个蛋白下调表达,142个蛋白上调表达.生物信息学分析表明AHA_1581参与调控双组分调节系统、丙酮酸代谢、碳代谢、TCA循环等细菌重要生理过程,以及细菌耐药基因和毒力因子的差异表达.[结论]了解AHA_1581基因在调控细菌毒力以及生物过程中所起的重要作用,对预防和控制嗜水气单胞菌引起疾病的发生和传播可能具有重要的科学意义.

摘要： 为了解牛肺炎支原体临床分离菌株(HN12)与标准菌株(PG45)蛋白质差异表达情况,采用定量蛋白质组学研究策略,在牛支原体临床分离菌株(HN12)和标准菌株(PG45)的全蛋白质中进行差异蛋白质鉴定,并进行生物信息学分析.结果表明,共鉴定2402个蛋白质,其中存在显著差异的有66个.上调蛋白质数量为25个,下调蛋白质数量为41个.鉴定出的蛋白质主要有膜蛋白、跨膜蛋白、脂蛋白、延长因子、膜脂蛋白P81、伴侣蛋白、可变表面脂蛋白和ABC转运蛋白等.

摘要： O-连接N-乙酰葡糖胺翻译后修饰(O-GlcNAc)是发生在蛋白质丝氨酸或者苏氨酸位点上的单糖修饰,由于其具有化学计量数少、在质谱鉴定中离子化效率低以及无特定的氨基酸序列等特点,使O-GlcNAc翻译后修饰位点的定性和定量分析难度较大.本研究结合基于凝集素弱亲和色谱的O-GlcNAc修饰糖肽富集方法、本研究组发展的准等重六重标记定量方法和电子转移/高能碰撞解离(EThcD)模式的高分辨质谱技术,发展了一种O-GlcNAc修饰位点的高通量定量分析方法,对高脂喂养小鼠肝脏中蛋白质O-GlcNAc修饰位点进行规模化定量分析.共定量分析了783个O-GlcNAc位点,其中122个位点的表达量存在明显差异,对应于85个O-GlcNAc蛋白,并初步探讨了脂代谢过程中O-GlcNAc修饰的作用.本研究有望为肥胖和胆固醇酯沉积等营养代谢相关疾病提供新的治疗思路.

摘要： 蛋白N-糖基化在内质网和高尔基体中进行,调节生命体蛋白质折叠,运输等过程。然而,在植物病原真菌中,被N-糖基化修饰的大量蛋白还未被鉴定,其调控病原菌生长发育和致病过程的分子机制尚不清楚。近日,中国农业科学院植物保护研究所作物有害生物功能基因组研究创新团队在《PLoS Pathogens》上在线发表的研究论文,报道了通过定量蛋白质组学技术系统鉴定稻瘟病菌N-糖基化修饰蛋白,并揭示了N-糖基化修饰参与内质网质量控制(ERQC)系统调节的植物病原真菌生长发育和致病的分子机制。

摘要： 目的 分析六价铬[Cr(Ⅵ)]诱导人支气管上皮样细胞(16HBE细胞)恶性转化中蛋白表达谱改变及差异蛋白SET的表达水平,为研究Cr(Ⅵ)致癌的分子机制提供新的线索.方法 以Cr(Ⅵ)诱导恶性转化的16HBE细胞为研究对象,提取总蛋白并经烷基化、脱盐,最后酶解为肽段,用Tandem Mass Tag(TMT)进行标记,利用液相色谱-电喷雾质谱(LC-ESI-MS/MS)对标记肽段进行鉴定及相对定量;通过Western blot验证差异表达蛋白SET,并检测其下游分子的表达水平.利用在线分析网站Https://david.ncifcrf.gov对差异蛋白进行基因富集分析.结果 LC-ESI-MS/MS共鉴定3 517个蛋白,上调蛋白185个、下调蛋白201个;基因富集分析发现,差异蛋白主要参与细胞自噬、DNA损伤修复、RNA加工等多个生物学过程;Western blot结果显示,与对照组比较,SET蛋白表达水平上调(P＜0.05),SET下游分子H3K18ac、H3K 27ac和p53的表达水平均呈下降趋势,差异均有统计学意义(P＜0.05).结论 Cr(Ⅵ)诱导16HBE细胞恶性转化过程中涉及多个生物学过程的蛋白发生改变,SET可能通过抑制H3K18ac、H3K 27ac水平介导p53转录活性的调控模式在Cr(Ⅵ)致癌中发挥重要作用.%Objective To investigate alteration of proteins profile in malignant transformation bronchial epithelial cells(16HBE-T) induced by hexavalent chromium[(Cr(Ⅵ))] and analyze the expression level of SET protein,then to provide some new insights for the carcinogenesis mechanism of Cr(Ⅵ).Methods Total protein was extracted from 16HBE cells and was alkylated and desalinated before digested into peptides.The products were labeled with Tandem Mass Tag (TMT) and identified using LC-ESI-MS/MS.Results A total of 3 517 proteins were found,expression differences greater than 1.5 or less 0.67 times were to found have 185 and 201 proteins,respectively.Gene enrichment analysis revealed that differential proteins were mainly involved in autophagy,DNA damage repair,RNA processing and other biological processes.Western blot results showed the expression level of SET was significantly increased while downregulated in histone H3K18/27 acetylation and p53 protein.Conclusion Proteins involved in multiple biological processes altered in 16HBE-T cells and regulation mode of SET inhibiting histone H3K18/27 acetylation regulating transcriptional activity of p53 may paly an important role in Cr(Ⅵ)-association carcinogenesis.

摘要： 目的：鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)是一种常见的恶性肿瘤,具有区域人群分布偏倚,病例多分布在我国华南地区.随着调强适形放射治疗技术及局部晚期NPC放化综合治疗的临床应用,NPC的疗效得到显著提高,但是少部分病人治疗后出现局部残留、复发或远处转移,其中,癌细胞对放射抗拒可能是局部残留和复发的重要因素.因此探寻放射抗拒机制将为鼻咽癌临床放疗增敏提供理论指导.鼻咽癌放射抗拒性涉及多种调控通路和多种蛋白质的相互作用。采用高通量的检测技术分析已经成为研究肿瘤放射抗拒性的重要手段。在蛋白质组学水平，液相色谱分离一质谱鉴定技术体系作为蛋白质组学主流技术，具备通量高、检测丰度高、重复性好等特点。就研究对象而言，目前大多数研究大多集中在细胞上，主要是避免组织异质性排除其他因素影响。本研究将鼻咽癌细胞株移植裸鼠体内成瘤的目的是模拟体内环境，考虑体内代谢等影响因素，由前期实验的体外细胞株过渡到体内移植瘤并逐步应用于临床研究，进一步探索鼻咽癌的放射抗拒机制。本实验以移植瘤组织蛋白为研究对象，采用多维蛋白质鉴定技术的蛋白组学研究方法，运用生物信息学方法对差异表达蛋白质进行GeneOntology生物功能分类。旨在模拟体内环境下探寻与鼻咽癌放射抗拒机制相关的蛋白质表达变化，为临床鼻咽癌放射治疗中预测放疗敏感性的个体差异，进一步探寻放射敏感性分了标记物提供实验基础。rn 方法：1、建立鼻咽癌细胞株裸鼠移植瘤模型并提取瘤体组织蛋白。2,提取瘤体组织总蛋白质并酶解成肤段，运用iTRAQ标记技术与二维液相色谱联用LTQ-Orbitrap质谱分离技术，在LTQ-Orbitrap高分辨率质谱仪上鉴定并筛选差异表达蛋白质。3、对鉴定的差异表达蛋白质进行Gene Ontology生物功能分类。rn 结果：质谱共鉴定分析出、PDIA3, Ubiquitin,2762种蛋白质。14-3-38/屯、差异表达蛋白质61个，其中上调17个，下调44个，ANXA2NLRC4可能与鼻咽癌放射抗拒性相关。rn 结论：CKAP4.HSPA8应用iTRAQ干个重要的差异表达蛋白，ANXA2、PDIA3标记的定量蛋白质组学技术初步筛选出若14-3-3δ/ζ、CKAP4、HSPAB、NLRC4可能与鼻咽癌放射抗拒性相关。

摘要： 棉花营养液漂浮育苗是一种全新的育苗技术,是由传统的旱生育苗环境转变到水生育苗环境的一种育苗方法.在这项技术的研究、应用及推广过程中,我们发现不同品种存在漂浮育苗适应性差异.iTRAQ(同位素相对标记与绝对定量技术)技术是一种新的定量蛋白质组学技术,相对传统的双向电泳技术及差异凝胶电泳技术,它具有定量更准确、重复性好、可同时标记4个样品的优势.利用棉花营养液漂浮育苗技术平台,通过全新的定量蛋白质组学方法,鉴定棉花漂浮育苗适应能力相关的棉花耐涝渍基因,对棉花漂浮育苗技术的推广应用具有重要的理论与实践意义,能为培育漂浮育苗适应性强的品种提供理论依据,也能为棉花耐涝渍转基因育种奠定基础.rn 本研究首先对30个典型棉花品种的漂浮育苗适应能力进行了综合比较分析,筛选出漂浮育苗适应性强、弱的品种各1个.采用漂浮育苗、传统营养钵育苗两种育苗方式对两个品种进行育苗,苗期为3叶1心时,取其根系液氮速冻后放入-80°C冰箱中保存备用,采取丙酮沉淀法提取4个棉花材料根系蛋白质,用GE公司的2D quant kit进行蛋白定量,然后对蛋白质进行酶解,再用iTRAQ试剂标记肽段并进行等量混合,然后对混合后的肽段进行强阳离子交换色谱分离,再进行液相串联质谱鉴定.利用棉花转录组预测蛋白数据库和Mascot软件进行蛋白质鉴定,并依据蛋白丰度水平,当差异倍数达到1.5倍以上,且p-value值小于0.05时,视为差异蛋白.在此基础上,对鉴定到的差异表达蛋白进行GO分析、COG注释分析和Pathway代谢通路富集分析.rn 本项研究通过质谱共鉴定肽段62323个,蛋白1681个,所有肽段匹配误差控制在10 ppm以下,但由于棉花基因组序列测定工作2012年才完成,棉花基因组学研究相对滞后,功能已知蛋白数量不多,因此鉴定肽段序列覆盖率相对其他模式生物偏低,都仍然有超过30％肽段的覆盖率在10％以上.本研究鉴定到棉花其中大部分蛋白分子量在10-100KD,还有14％蛋白的分子量大于100KD,而这些大分子量蛋白通过双向电泳等常规蛋白质组学方法往往很难鉴定.rn 本研究依据蛋白丰度水平1.5倍这一定量差异阈值,共鉴定差异表达蛋白510个,对于这些鉴定的差异表达蛋白的GO功能注释分析结果表明,有大约25％的蛋白与代谢过程有关,有大约24％的与细胞过程相关,最重要的是,有大约12％的蛋白与细胞适应刺激反应有关.而就分子功能而言,有近50％的蛋白具有催化活性,44％的蛋白具有结合活性,说明鉴定的蛋白几乎都具有功能活性.本项研究对鉴定到的差异蛋白质和COG数据库进行了比对分析,预测这些蛋白质可能的功能并对其做功能分类统计,发现鉴定的差异蛋白大都可以归入能力代谢与转化、氨基酸运输与代谢、糖运输与代谢、翻译、核酸结构与功能、翻译后修饰、信号肽等类别.rn 本研究对所鉴定的差异蛋白还进行了Pathway代谢通路富集分析,共发现51个Pathway与棉花营养液漂浮育苗适应能力相关,比如有5个差异蛋白都涉及TCA cycle Pathway.rn 总之,经过上述生物信息学综合分析,基本确定了Subtilase family protein、alpha/beta-Hydrolases superfamily protein等6个与棉花水浮育苗适应性高度相关的棉花耐涝渍关键基因,目前正在进行表达验证及后续的功能分析.

摘要： 近年来,定量蛋白质组学主要采用以质谱检测为核心的稳定同位素化学标记方法.但是受到稳定同位素试剂合成困难,价格高等因素的制约.MearesC.F.等人以化学性质很相近的稀土金属元素作为质量标签,提出了"元素标记亲和标签"(ECAT,Element-codedaffinitytags)针对蛋白质巯基标记的新方法.本文建立了一种以性质很相近的稀土金属为质量标签,特异性标记蛋白质的氨基,结合MALDI-TOFMS检测的蛋白质组学相对定量新方法。

摘要： 目的:介绍我们实验室近年来在蛋白组组学中的关键技术研究的进展。rn 方法:蛋白质组学相关的分离、选择性富集和定量技术。rn 结果:发展了带喷头混合型毛细管色谱柱制备技术、新型四氧化三铁/磷酸锆磁性纳米材料、稀土元素金属螯合标记-质谱的蛋白质组相对定量方法和18O标记结合多反应检测(MRM)质谱用于目标蛋白质组对定量方法等。rn 结论:这些新技术的开发和应用将推动蛋白质组学研究水平向更高层次发展。

摘要： 目的:介绍我们实验室近年来在蛋白组组学中的关键技术研究的进展。rn 方法:蛋白质组学相关的分离、选择性富集和定量技术。rn 结果:发展了带喷头混合型毛细管色谱柱制备技术、新型四氧化三铁/磷酸锆磁性纳米材料、稀土元素金属螯合标记-质谱的蛋白质组相对定量方法和18O标记结合多反应检测(MRM)质谱用于目标蛋白质组对定量方法等。rn 结论:这些新技术的开发和应用将推动蛋白质组学研究水平向更高层次发展。

摘要： 目的:介绍我们实验室近年来在蛋白组组学中的关键技术研究的进展。rn 方法:蛋白质组学相关的分离、选择性富集和定量技术。rn 结果:发展了带喷头混合型毛细管色谱柱制备技术、新型四氧化三铁/磷酸锆磁性纳米材料、稀土元素金属螯合标记-质谱的蛋白质组相对定量方法和18O标记结合多反应检测(MRM)质谱用于目标蛋白质组对定量方法等。rn 结论:这些新技术的开发和应用将推动蛋白质组学研究水平向更高层次发展。

摘要： 目的:介绍我们实验室近年来在蛋白组组学中的关键技术研究的进展。rn 方法:蛋白质组学相关的分离、选择性富集和定量技术。rn 结果:发展了带喷头混合型毛细管色谱柱制备技术、新型四氧化三铁/磷酸锆磁性纳米材料、稀土元素金属螯合标记-质谱的蛋白质组相对定量方法和18O标记结合多反应检测(MRM)质谱用于目标蛋白质组对定量方法等。rn 结论:这些新技术的开发和应用将推动蛋白质组学研究水平向更高层次发展。

摘要： 目的:介绍我们实验室近年来在蛋白组组学中的关键技术研究的进展。rn 方法:蛋白质组学相关的分离、选择性富集和定量技术。rn 结果:发展了带喷头混合型毛细管色谱柱制备技术、新型四氧化三铁/磷酸锆磁性纳米材料、稀土元素金属螯合标记-质谱的蛋白质组相对定量方法和18O标记结合多反应检测(MRM)质谱用于目标蛋白质组对定量方法等。rn 结论:这些新技术的开发和应用将推动蛋白质组学研究水平向更高层次发展。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法和健康人尿蛋白质组数据库，是将统计数量健康人的尿样制成尿蛋白样品，经质谱检测、搜库及定量确定其中的蛋白种类及各蛋白的定量形成一个尿蛋白质组数据，将不同尿蛋白质组数据归集不同的尿蛋白质组亚数据集和总数据集，利用数据集的数据计算得到健康人尿蛋白质组定量参考范围。利用本发明建立的健康人尿蛋白组数据库中人尿蛋白的定量参考范围能够更好地排除在尿蛋白生物标志物发现过程中来自生理性波动和个体间差异蛋白的干扰。

摘要： 本发明属于淡水养殖的技术领域，涉及基于蛋白质组学定量技术分析嗜水气单胞菌感染日本沼虾血细胞差异表达蛋白质的方法。本发明包括以下步骤：(1)提取感染嗜水气单胞菌的日本沼虾的血淋巴，分离血细胞，裂解细胞提取蛋白质；(2)对步骤(2)获得的蛋白质进行胰蛋白酶酶解，对酶解肽段进行iTRAQ标记；(3)对步骤(3)标记的肽段进行纯化、液相色谱分离和质谱分析；(4)对步骤(3)获得的质谱分析结果进行蛋白质鉴定和定量分析及生物信息学分析，分析获得差异表达蛋白质。本发明基于iTRAQ对受感染日本沼虾的快速蛋白质组学研究，为进一步研究免疫相关蛋白的作用提供参考。

摘要： 本发明提供能减小使用了特异性地结合的物质的测定中的由肝型脂肪酸结合蛋白质引起的测定值的变动幅度的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、评价该制剂的方法、制作肝型脂肪酸结合蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。一种用使用了用10mM的氧化剂在25°C下进行1小时的氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值与使用了未进行上述氧化处理的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂的测定值的比表示的氧化变动系数设定为1.4以下的肝型脂肪酸结合蛋白质制剂、用于该制剂的肝型脂肪酸结合蛋白质、编码该蛋白质的DNA、由该DNA转化得到的细胞、该蛋白质的制造方法、评价该制剂的方法、抑制使用该制剂的测定中的测定值的变动幅度的方法、制作该蛋白质的校准曲线的方法、以及定量该蛋白质的方法。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明公开了建立健康人尿蛋白质组定量参考范围的方法和健康人尿蛋白质组数据库，是将统计数量健康人的尿样制成尿蛋白样品，经质谱检测、搜库及定量确定其中的蛋白种类及各蛋白的定量形成一个尿蛋白质组数据，将不同尿蛋白质组数据归集不同的尿蛋白质组亚数据集和总数据集，利用数据集的数据计算得到健康人尿蛋白质组定量参考范围。利用本发明建立的健康人尿蛋白组数据库中人尿蛋白的定量参考范围能够更好地排除在尿蛋白生物标志物发现过程中来自生理性波动和个体间差异蛋白的干扰。

摘要： 本发明公开了一种尿液中外泌体的提取及其蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析方法。本发明首先提供一种表面螯合金属离子的磁性纳米材料：在氧化石墨烯的表面修饰磁性纳米颗粒，得到产物1；在产物1的表面包覆二氧化硅层，得到产物2；在产物2的二氧化硅层表面修饰带有氨基的硅烷偶联剂，得到产物3；在产物3的表面修饰金属螯合剂，得到产物4；在产物4的表面螯合金属离子即得。本发明磁性纳米材料可用于提取尿液中外泌体，并用于外泌体中蛋白质或磷酸化蛋白质组学分析。通过利用外泌体膜磷脂双分子层表面裸露的磷酸根与金属离子之间通过双配位的化学作用结合，同时结合静电吸附的作用，实现对尿液外泌体的高特异性提取，提取速度快，回收率高。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质亚细胞定位的空间蛋白质组学深度学习预测方法，该方法包括：基于蛋白质亚细胞分离组分定量的空间蛋白质组质谱数据，使用差分矩阵捕获每个蛋白质在不同亚细胞分离组分中的变化轨迹来构建特征图谱；利用卷积神经网络的提取蛋白质特征图谱的深度图特征；利用卷积注意力机制模块对深度图特征进行自适应特征优化；进而使用深度神经网络来预测蛋白质亚细胞定位；使用已知亚细胞定位的蛋白质作为训练集进行五折交叉验证，对未知亚细胞定位的蛋白质进行预测；控制蛋白质亚细胞定位的错误发现率，获得高可信度的蛋白质亚细胞定位预测结果。本发明能高效、准确地实现蛋白质亚细胞定位预测，并促进空间蛋白质组学的未来发展和应用。

摘要： 本发明涉及一种基于非标定量蛋白质组学技术寻找如皋黄鸡不同细胞或组织间差异表达蛋白的方法，包括以下步骤：（1）鸡不同细胞或组织的组织或细胞蛋白提取；（2）对步骤（1）中得到的不同组的细胞或组织蛋白进行胰酶酶解；（3）酶解后的细胞或组织蛋白进行液相色谱‑质谱联用分析；（4）对分析结果进行数据库搜库和注释分析。通过本发明，本发明的优越性在于：1、本发明能够较快的获得不同组织和细胞之间的差异表达蛋白。2、方法简单可行，可重复性强，结果准确。3、该方法适用于其他物种。