核糖体

摘要： 分泌蛋白究竟在哪种核糖体合成?囊泡又是如何精准定位的?从核糖体、内质网、高尔基体的结构和功能出发,对真核细胞分泌蛋白合成和运输的过程作一简介。

摘要： BRIX蛋白质超家族主要有BXDC1、BXDC2、BXDC3、BXDC4和BXDC5。BRIX蛋白质超家族可通过参与核糖体生物发生,参与结直肠癌(CRC)的发生发展。RPF2作为TOR的下游因子,可通过调节核糖体发生促进CRC细胞的增殖,抑制细胞凋亡,参与到mTOR相关的CRC发生发展中;上调的PPAN可通过促进核糖体的生物发生,抑制CRC细胞的凋亡;RPF1可通过跨Ras相关核蛋白通路转运到核仁中,参与核糖体的生物发生,在Ras相关CRC的发生、发展中发挥重要作用;IMP4参与组成真核生物U3 snoRNP复合物,通过调控18S前体rRNA的加工,参与CRC肿瘤相关的核糖体发生。BRIX蛋白质超家族还可通过核糖体生物发生合作因子途径、5sRNP-MDM2-p53途径、Wnt/β-catenin信号通路等核糖体外途径,参与CRC的发生发展。

摘要： 目的采用单细胞测序分析溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)患者肠道组织中巨噬细胞差异基因及其功能。方法挖掘数据集GSE150115,分析5例UC患者肠黏膜组织10×Genomics单细胞转录组测序数据,采用Seurat软件进行细胞亚群分类、巨噬细胞识别、细胞间差异基因筛选、GO和KEGG生物信息学分析。结果从10个细胞亚群中识别出巨噬细胞,筛选出细胞间差异基因,如CR1、BCL11A等。GO及KEGG分析发现,巨噬细胞的核糖体信号通路可能参与UC疾病过程。结论肠道巨噬细胞可能通过核糖体信号通路影响UC。

摘要： 目的探究化合物M6所干预的谷氨酸棒状杆菌(Cg)基因表达网络,以期为深入研究M6的抗菌作用机制提供候选基因。方法利用Chemdraw 18.0软件展示M6的分子结构,二倍稀释法测定M6在多种微生物中的抗菌谱;模式菌选用与MTB细胞壁相似的Cg,刃天青法测定M6的最低抑菌浓度(MIC);用转录组测序分析M6对Cg基因表达的影响,实验组和对照组分别用1/2 MIC浓度的M6和相同浓度的DMSO处理Cg 24 h,每组设3次生物学重复;Trizol法提取总RNA并进行转录组测序;利用Bewtie 2软件分析差异表达基因(DEGs),用GO功能和KEGG通路分析DEGs富集及功能,STRING分析DEGs表达蛋白质之间的互作关系。结果大部分G^(-)菌和真菌对M6耐受,G^(+)菌对M6较敏感,特别是MTB最敏感(MIC为0.0625μg·mL-1);分子结构显示M6具备有限的分子构象。选用对M6敏感的Cg(MIC为0.5μg·mL^(-1))为模式菌进行后期的转录组测序,测序结果显示,M6干预使Cg差异表达的mRNA共452个(P≤0.05,|log2FC|≥1.0),其中346个高表达,106个低表达;差异倍数4倍以上的基因有40个,包括高表达的ctpA、ftn、dps、cmr、trxC和clpB等34个基因及6个低表达基因bioB、bioA、gip、hI_0095、DNA81和DNA345。GO功能富集分析显示,DEGs主要富集在核糖体结构组分、r RNA结合和核蛋白复合体等与核糖体相关的功能途径。KEGG通路功能分析显示,核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路中的DEGs富集程度最显著,以rplL、rplJ、rplQ、rpmD、ftn、dps、cmr、trxC、bioA和ugpE等差异性最大。在蛋白互作网络图中,位于中心节点的蛋白质所对应的基因分别为rplQ、rplJ、rspD、rpmD、rpoA、rplE和rplL等。结论M6具备显著的抗MTB活性。在调控Cg的基因表达方面,主要影响了Cg的核糖体及阳离子抗菌肽耐药性通路相关多个基因的表达。

摘要： 核糖体是细胞内一种核糖核蛋白颗粒,主要由核糖体RNA和核糖体蛋白质构成,负责将mRNA上的遗传密码翻译成多肽链上的氨基酸序列,是细胞内蛋白质合成的主要场所。自噬是由溶酶体介导的吞噬细胞内成分及细胞器,形成自噬溶酶体,降解内容物和再利用的一个过程。自噬可以是选择性的,也可以是非选择性的,其中核糖体自噬是一种选择性自噬方式。NUFIP1是目前已知介导核糖体自噬的关键蛋白分子。本文围绕核糖体自噬的研究新进展及核糖体病变与疾病的关系作一综述。

摘要： 心血管疾病是全球发病率及致死率最高的疾病之一。核糖体是细胞中合成蛋白质的细胞器。研究证实泛素化系统在心血管疾病中具有重要的生理和病理生理学意义。越来越多的证据表明,核糖体的泛素化可能参与心血管疾病的发生发展,有望成为心血管疾病诊断的标志物以及治疗靶标。现就核糖体泛素化在心肌梗死、缺血后再灌注损伤、心肌肥厚和心肌重构等心血管疾病中的研究进展进行综述。

摘要： mRNA,即Messenger RNA(信使核糖核酸),是把遗传信息从DNA传递到蛋白质的信使。通俗来讲,mRNA复制了细胞核中双链DNA的一条链的遗传信息,随即离开细胞核在细胞质中生成蛋白质。在细胞质中,核糖体沿着mRNA移动,读取其碱基序列,并翻译成其相应的氨基酸,最终形成蛋白质(如图1)。

摘要： 大肠杆菌诱导肉鸭肠道损伤和炎症反应的分子机制被揭示近日,中国农业科学院饲料研究所科研团队揭示了大肠杆菌O88通过氧化磷酸化和核糖体途径诱导肉鸭肠道损伤和炎症反应的分子机制,为有效防治肉鸭的大肠杆菌病提供理论依据。相关研究结果发表在《细胞与感染微生物学前沿(Frontiers in Cellular and infection microbiology)》上。

摘要： 全球气候和环境变化影响海洋动物的生长发育和繁殖等生命过程,探究环境因子调控发育的分子机制,需要深入了解海洋动物早期发育的生理和分子特征。以实验室驯化的潜在模式动物海洋线虫Litoditis marina为研究对象,对其胚胎期和孵化后发育早期2 h、4 h和6 h的L1幼虫样品进行了转录组测序和分析。结果表明,2 h、4 h和6 h的L1幼虫间差异较小,而三个L1幼虫样品与胚胎期相比,基因表达发生了显著变化。通过KEGG富集分析,发现与胚胎期相比,三个L1幼虫样品的多个通路如核糖体、核糖体生物发生、糖酵解/糖原异生、TCA循环和氧化磷酸化通路相关基因发生了显著上调。另外还发现多个神经递质和神经肽受体基因如dop-和npr-等在L1期转录水平显著上调。与胚胎期相比,L1幼虫的多个DNA复制和修复相关、Notch、Hippo和Hedgehog信号和剪切体等通路相关基因发生了显著下调。发现的L.marina早期发育转录组变化模式与已经发表的陆生模式生物秀丽线虫Caenorhabditis elegans从胚胎期到L1幼虫的转录组变化特征非常相似,但同一上调或下调通路中具体发生表达变化的基因有些不同。另外,L1幼虫显著上调的核糖体生物发生通路相关基因在秀丽线虫中发生了显著下调。进一步通过基因编辑等技术和方法深入研究发育调控关键基因的功能将为海陆近缘线虫间的发育进化机制、海洋线虫对潮间带环境适应以及全球气候变化应答的分子机制研究提供新认知。

摘要： 目的·探究乙酰化修饰在细菌应对核糖体靶向抗生素胁迫下的作用.方法·通过肉汤稀释法检测嘌呤霉素、巴龙霉素、四环素和壮观霉素对于鼠伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhimurium,S.Typhimurium)14028S 的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC).配置浓度低于各抗生素MIC的固体培养基.点板实验检测 S.Typhimurium 14028S和3种乙酰化修饰相关基因敲除株[蛋白质乙酰转移酶(protein acetyltransferase,Pat)编码基因敲除株Δpat、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸依赖性去乙酰化酶(NAD+-dependent protein deacylase,CobB)编码基因敲除株ΔcobB、乙酸激酶(acetate kinase,AckA)编码基因敲除株ΔackA]在不同抗生素浓度的固体培养基上的生长差异.结果·乙酰化程度升高(ΔackA),增加S.Typhimurium对嘌呤霉素的敏感性,但会减弱S.Typhimurium对巴龙霉素的敏感性;而乙酰化程度升高(ΔackA、ΔcobB)或降低(Δpat)均不影响S.Typhimurium对四环素和壮观霉素的敏感性.结论·乙酰化修饰影响细菌对核糖体靶向抗生素的敏感性,这种改变可能是通过核糖体蛋白的乙酰化修饰来调控的.

摘要： 本研究以寄生于绵羊瘤胃的鹿前后盘吸虫为研究对象,对其核糖体序列完整重复单元包括18S核糖体DNA小亚基序列、内转录间隔区1、5.8S、内转录间隔区2、28S核糖体DNA大亚基序列、基因间隔区进行扩增、测序及分析,并与G-enBank上已发表的其他吸虫的相关序列进行比较,以猪蛔虫作外群,基于核糖体18S rDNA序列,对鹿前后盘吸虫和其他代表性吸虫采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建系统发生树,探讨鹿前后盘吸虫在吸虫中的系统发生位置.结果显示,前后盘吸虫核糖体序列完整重复单元的全长为7985 bp,其中18S rDNA-SSU、ITS1、5.8S、ITS2、28S rDNA-LSU及IGS序列大小分别为1 994 bp,782 bp,157 bp,286 bp,4 189 bp,577 bp;各部分的AT含量在45.86％～51.15％之间.以MP、ML和BI三种方法构建的系统发生树结果一致,均显示鹿前后盘吸虫与前后盘科的其他吸虫在一个进化分支上,并且分类地位与传统形态学分类地位一致.此外,通过生物信息学软件分析发现,IGS序列内有多个正向和反向重复序列.本研究为前后盘吸虫的进化和分类研究奠定基础.

摘要： 目前报道的已有几个用于鉴定PSA(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的PCR引物,该病菌引起猕猴桃的溃疡病,但发现这几个引物缺乏专一性.两组新的PCR引物,PsaF1/R2和PsaF3/R4,已设计出来,并且与16S-23S核糖体DNA内转录间隔区间(ITS)有区域互补性.这些引物由一个PSA菌株的DNA片段扩增而来,而并不是来自6个属、17种植物上获得的56个溃疡病菌株,仅有一例菌株来自茶树病菌(P.syringae pv.theae,PST).当用这些引物去检测由另外20个采自日本、韩国、意大利和美国不同菌株培养物提取的DNA时,除6个培养物外,其余的都得到了期望的片段,用PsaF1/R2引物扩增出280 bp片段,PsaF3/R4引物获得175 bp片段.当用5个看家基因(gyrB,acnB,rpoD,pgi和cts)进行多基因序列分析后发现这6个菌株在系统发育地位上就不是PSA类型.与PSA典型菌株相反的是,这6个菌株在冰核化和丁香假单胞菌素进行的鉴定测试中,都呈现阳性.由此结果也可以推断出这6个菌株是被错误地鉴定为PSA了.利用ITS,gyrB,acnB,rpoD,pgi和cts基因区域设计的PCR引物还不能将PSA与其系统发育很近似的茶树溃疡病菌(PST)区分开来,由于PST不太可能在猕猴桃上出现,引物对PsaF1/R2和PsaF3/R4可以用于筛选猕猴桃树体组织内的PSA菌株.

摘要： 本文选择形态分类学上确定为杂交种的M.X Cookei及其可能的亲本五脉绿绒蒿和红花绿绒蒿为研究对象,用核糖体ITS基因作为分子标记,旨在从分子水平上对杂交种M.X Cookei进行进一步鉴定,并探讨该杂交种与其可能的亲本在ITS序列上的变化特点和规律,同时也为其他植物杂交种的鉴定提供借鉴作用.

摘要： 利用ITS、18S rDNA和28S rDNA及gpd基因片段对木耳属(Auricularia)34个菌株进行分子系统发育分析,结果显示木耳属为单起源属.在4个基因片段联合构建的系统发育树中,黑木耳和皱木耳菌株分别单独聚为一支(PP=1.00),毛木耳菌株被分为多支,角质木耳A.cornea和遁形木耳A.peltata亲缘关系较近.尽管三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是一个高度保守的蛋白,但其基因序列上的变异使其可以用于木耳属内种及种以下水平的系统发育关系分析.

摘要： 本研究对絮凝的酵母细胞进行极端温度处理，金属离子鳌合剂处理及金属离子回补，糖溶液处理实验，结果指出，絮凝细胞的作用机制是通过细胞表面存在的某种高度糖基化的，依赖于二价金属离子的糖蛋白，结合相邻细胞壁上的单糖残基使得细胞聚集。功能基因组学研究显示，在絮凝的细胞中，GASI, MEU10等9种细胞壁蛋白表达量显著上升，这些细胞壁蛋白可能是直接介导细胞作用的粘附因子。

摘要： 本文研究证明RPL32的两个同源基因承担不同的功能：RPL32同源基因分别在细胞处于不同生长状态表现出不同表达水平；敲除或过表达显示RPL32同源蛋白对细胞生长有不同的作用；细胞学分析显示RPL32-1抑制细胞分裂，RPL32-2促进细胞分裂；转录组学分析表明RPL32-1和RPL32-2对一系列参与不同细胞生理过程的基因转录具有相反的调控。

摘要： 桃树溃疡病是桃树上的重要真菌性病害,它能引起枝条枯萎、严重时死亡或导致毁灭性灾害.20世纪初在欧洲、美洲等地发生和流行,在国内少见报道.上海市南汇区新场镇是上海市水蜜桃主要产区,种植面积1100余亩,2009年6月在该地区部分农户果园桃树枝条溃疡病发生严重,发生部位主要在枝条分叉处,病斑圆形至椭圆形,棕褐色、稍凹陷,后期往往导致发病枝条枯死.通过分离物核糖体DNA ITS序列克隆和分析，并通过登录GenBank比对，该病原分离物与Farr等1999年报道的引起桃树嫩枝枯萎的Phomopsis amygdali分离物FAU1052, FAU1072(AF102998，AF102994)等序列相似性为99%;与Li等2009年中国的分离物JX-Pa-1, JX-Pa-2 (GU133063, GU133064)等序列相似性为98%，初步鉴定该病原物为Phomopsis amygdali。

摘要： 侧耳是重要的经济和环境真菌,与人类生活关系密切,但是侧耳属的分类和系统发育关系一直不甚明确,给科学研究和学术交流带来困难。传统的形态学和生理生化的方法已不能完全澄清其复杂的关系。现代分子生物学技术给侧耳的系统发育研究提供了新的方法。rn 核糖体DNA(rDNA)的部分序列已成为国际公认的较为理想的系统发育标记。rDNA的转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)、大亚基(large subunite rDNA，LSU rDNA)片段(即28SRNA)等是在侧耳系统发育研究中使用最多的片段,为侧耳属的分类和系统发育研究提供了可靠的依据。近年来,诸多真菌专家正在探索侧耳属的分子系统发育,寻求更为合理的侧耳属分类方法,是值得深入思考的问题。

摘要： 细菌体内普遍存在3种核糖体RNA(ribosome RNA), 即23S、5S和16S rRNA,他们与核糖体大小亚基组合在一起共同参与细菌的蛋白质合成过程.其中16S rRNA大约2.9kb,比真核生物的相应rRNA略小.随着对细菌研究的不断深入,人们发现,16S rRNA及其基因在细菌种系发生与鉴定方面有着无可比拟的优势与作用.

摘要： 实验目的:对比分析丛梗孢外瓶霉表型及基因型特征,对该菌种进行基因分类.材料与方法:实验菌株包括外瓶霉标准株、参照株、临床及环境分离株.根据暗色真菌18S rRNA3'端序列及28SrRNA5'-端序列设计了一对引物——NCS1和D12;应用PCR、序列测定等分子生物学方法,经过生物统计分析确定不同菌株及菌种之间的遗传距离;应用微分干涉显微镜、扫描电镜观察疑难菌株的微观形态特征;将表型与基因型进行对比分析研究.结果:引物NCS1和D12扩增片段为960bp左右,包括18S rRNA3'-端的部分基因,ITS1,5.8 rRNA基因ITS2及28S rRNA5'-端的部分基因;8株不同来源的丛梗孢外瓶霉可分为4个型,这4型菌株与甄氏外瓶霉有交叉现象.根据表型特征8株菌分属4个型,基因型与表型特征基本吻合.结论:不同来源的8株丛梗孢外瓶霉可分为4个型;应用ITS区序列对外瓶霉分类与表型分类方法具有较好的统一性,提示有必要对现有的丛梗孢外瓶霉菌株进行进一步研究.

摘要： 本发明公开了一种去除核糖体RNA的反转录引物池、试剂盒及去除核糖体RNA的方法；该反转录引物池的序列如SEQ ID NO：1～21所示；该试剂盒包含上述反转录引物池，本发明利用真核生物共有的rRNA序列，设计不同密度覆盖的反转录引物，根据具体需要去除的RNA中本身的rRNA序列的差异，进行特异性的反转录，从而得到与目标RNA完全反向互补的cDNA序列，再通过后续的RNase H和DNase I特异性消化杂合链的rRNA和cDNA，最终去除核糖体RNA；该方法能够搭配建库试剂盒，最终得到浓度足够高的转录组文库，从而有效实现转录组测序在基础研究、临床诊断和药物研发等领域的广泛应用。

摘要： 本发明公开了一种去除核糖体RNA的反转录引物池、试剂盒及去除核糖体RNA的方法；该反转录引物池的序列如SEQ ID NO：1～10所示；该试剂盒包含上述反转录引物池，本发明利用原核生物共有的rRNA序列，设计不同密度覆盖的反转录引物，根据具体需要去除的RNA中本身的rRNA序列的差异，进行特异性的反转录，从而得到与目标RNA完全反向互补的cDNA序列，再通过后续的RNase H和DNase I特异性消化杂合链的rRNA和cDNA，最终去除核糖体RNA；该方法能够搭配建库试剂盒，最终得到浓度足够高的转录组文库，从而有效实现转录组测序在基础研究、临床诊断和药物研发等领域的广泛应用。

摘要： 本发明公开了一种去除核糖体RNA的反转录引物池、试剂盒及去除核糖体RNA的方法；该反转录引物池的序列如SEQ ID NO：1～8所示；该试剂盒包含上述反转录引物池，本发明利用植物共有的rRNA序列，设计不同密度覆盖的反转录引物，根据具体需要去除的RNA中本身的rRNA序列的差异，进行特异性的反转录，从而得到与目标RNA完全反向互补的cDNA序列，再通过后续的RNase H和DNase I特异性消化杂合链的rRNA和cDNA，最终去除核糖体RNA；该方法能够搭配建库试剂盒，最终得到浓度足够高的转录组文库，从而有效实现转录组测序在基础研究、临床诊断和药物研发等领域的广泛应用。

摘要： 本发明涉及用于治疗核糖体障碍和核糖体病(例如Diamond Blackfan贫血(DBA))的方法、组合物和试剂盒。在一些实施方式中，本发明涉及新型化合物(即RSK(p90S6K)抑制剂；p70S6K抑制剂；以及rps6抑制剂)在治疗核糖体障碍和核糖体病方面的用途。在一些实施方式中，本发明涉及特定Chk2抑制剂在治疗核糖体障碍和核糖体病(例如DBA)方面的用途以及特定吩噻嗪衍生物在治疗核糖体障碍和核糖体病(例如DBA)方面的用途。

摘要： 本发明公开了一种细菌核糖体核糖核酸体外扩增－基因芯片。它在固相载体上设有如下:1)universal bacterialprobe,2)Gram－positve universal probe,3)Gram－negativeprobe1,4)Gram－negative probe2,5)Bacteroides－Flavobacteriumprobe,6)Haemophilus species probe,7)Streptococcus pneumoniaeprobe,8)Escherichia coli－enteric bacterium probe,9)Listeriamonocytogenes probe等17种探针。本发明具有快速、特异、敏感、准确、实用等优点。

摘要： 本发明提供一种人45S核糖体DNA拷贝数检测方法，包括：提取待测样本基因组DNA，对待测样本基因组DNA和参考标准品分别利用荧光定量PCR方法进行检测，并通过PCR反应收集核糖体基因荧光信号(R)和单拷贝基因荧光信号(S)，基于所述标准曲线和待测样本基因组DNA检测得到的R/S比值计算得到待测样本的人核糖体DNA拷贝数相对量；PCR反应中以白蛋白基因作为内参基因并使用合适的引物，控制每10μL的反应体系中含有10μM的上游引物0.5μL、10μM的下游引物0.5μL和1μL的待测样本DNA或参考标准品DNA。本发明还提供用于检测人45S核糖体DNA拷贝数的试剂盒。本发明的检测方法和试剂盒检测准确性高、操作简便、需样量低，适用于大样本量的人群检测。

摘要： 本发明提供一种人5S核糖体DNA拷贝数检测方法，包括：提取待测样本基因组DNA，对待测样本基因组DNA和参考标准品分别利用荧光定量PCR方法进行检测，并通过PCR反应收集核糖体基因荧光信号(R)和单拷贝基因荧光信号(S)，基于所述标准曲线和待测样本基因组DNA检测得到的R/S比值计算得到待测样本的人核糖体DNA拷贝数相对量；PCR反应中以白蛋白基因作为内参基因并使用合适的引物，控制每10μL的反应体系中含有10μM的上游引物0.5μL、10μM的下游引物0.5μL和1μL的待测样本DNA或参考标准品DNA。本发明还提供用于检测人5S核糖体DNA拷贝数的试剂盒。本发明的检测方法和试剂盒检测准确性高、操作简便、需样量低，适用于大样本量的人群检测。

摘要： 本发明提供一种表达磷酸转移酶与非核糖体肽合成酶的细胞及其应用，所述表达磷酸转移酶与非核糖体肽合成酶的细胞为将含磷酸转移酶基因的表达质粒与含非核糖体肽合成酶基因的表达质粒转入宿主细胞中得到。本发明通过构建重组基因工程菌，使用生物酶催化的方法制备脱羧肌肽，比现有化学合成法更加绿色环保。本发明的方法通过全细胞催化法制备脱羧肌肽，是生物法制备脱羧肌肽的首次报道。

摘要： 本发明提供了一种不占用核糖体资源的翻译抑制剂。该不占用核糖体资源的翻译抑制剂显示良好的抗肿瘤作用，且安全性高，可以用于制备抗肿瘤药物。

摘要： 本实用新型公开了一种细菌核糖体核糖核酸体外扩增一基因芯片。它在固相载体上设有如下:1)universalbacterial probe,2)Gram-positve universal probe,3)Gram-negativeprobe 1,4)Gram-negative probe 2,5)Bacteroides-Flavobacteriumprobe,6)Haemophilus species probe,7)Streptococcuspneumoniae probe,8)Escherichia coli-enteric bacteriumprobe,9)Listeria monocytogenes probe等17种探针。本实用新型具有快速、特异、敏感、准确、实用等优点。