16S

摘要： 目的探索首发未用药精神分裂症患者与健康对照肠道菌群的差异,及患者肠道菌群特征与精神症状的关系。方法纳入42例首发未用药精神分裂症患者(患者组)和47名人口学特征相匹配的健康对照(对照组),使用16S rRNA技术检测肠道菌群组成和丰度,并使用精神病症状维度评定量表(clinician-rated dimensions of psychosis symptom severity,CRDPS)和阳性与阴性症状量表(positive and negative syndrome scale,PANSS)评估患者精神症状。结果患者组和对照组肠道菌群α-多样性的Chao1指数差异有统计学意义(P=0.01),Shannon指数和Simpson指数组间没有统计学差异(P>0.05)。β-多样性显示患者组肠道菌群聚类比对照组更紧密,差异有统计学意义(P<0.05)。两组间21个特征菌属的丰度有差异。患者组肠道菌群中,毛螺菌属水平与CRDPS得分呈负相关(r=-0.49,P<0.01),链球菌属水平与PANSS阴性症状得分呈正相关(r=0.39,P<0.01),与PANSS阳性症状得分呈负相关(r=-0.31,P=0.04),毛螺菌属水平与PANSS一般精神病理量表得分呈负相关(r=-0.33,P=0.03)。结论首发未用药精神分裂症患者肠道菌群多样性低于对照,部分菌属比例与对照存在差异,毛螺菌属、链球菌属水平与精神症状相关。

摘要： 目的:探讨益肾化湿颗粒通过“肠-肾轴”调节肠道菌群进而改善糖尿病肾病(DKD)的作用机制。方法:32只SD大鼠随机分为对照组(N)、模型组(M)、益肾化湿颗粒组(Y)及缬沙坦组(V),每组8只。以链脲佐菌素(STZ)构造DKD模型,Y组与V组分别予5.54 g·kg^(-1)·d^(-1)、7.38 mg·kg^(-1)·d^(-1)灌胃,N组与M组给以等量生理盐水。观察大鼠体重、血糖、血脂、肾功能及炎症指标、结肠及肾脏病理,并提取大鼠肠道微生物总DNA进行16S rDNA V3+V4区测序。结果:(1)与M组相比,Y组大鼠体重增加(P<0.01),血糖降低(P<0.01);(2)Y组大鼠的UACR、NAG、CysC、IL-6、TG及TC均明显低于M组(P<0.01或P<0.05);(3)与M组比较,Y组大鼠结肠组织ZO-1表达增加,肾脏系膜细胞及基质增生、小管空泡变性等减轻;(4)与N组相比,M组大鼠菌群多样性与丰度降低,厚壁菌门与拟杆菌门比值(F/B)升高,益肾化湿颗粒干预后均明显回调;(5)在菌群组成方面,N组的优势物种拟杆菌属(Bacteroidia),M组优势菌属为厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)、普雷沃菌属(Prevotella),Y组的优势菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)。结论:益肾化湿颗粒能通过“肠-肾轴”调节肠道菌群结构,降低肠道通透性,增加乳杆菌属等益生菌含量,降低厌氧螺菌属等条件致病菌含量,改善DKD大鼠糖脂代谢,减轻炎症水平,保护肾功能。

摘要： 目的评价全身应用阿奇霉素辅助治疗对Ⅲ/Ⅳ期牙周炎患者非手术治疗的临床疗效及其对唾液微生物群落的影响。方法纳入40例Ⅲ/Ⅳ期牙周炎患者作为研究对象,随机分为常规非手术治疗组(SRP组)和阿奇霉素辅助非手术治疗组(AZI组)。在基线、SRP后第3天和第6周3个时点进行临床检查和唾液采集。通过临床检查分析两组患者临床治疗效果;通过16S rRNA测序分析唾液微生物组,确定各分类单元丰富度、多样性和相对丰度的差异。结果与基线相比,两组患者治疗后所有临床指数均显著改善(P0.05)。结论阿奇霉素结合常规的牙周非手术治疗,能改善Ⅲ/Ⅳ期牙周炎患者的临床治疗效果,改变其唾液微生物菌群的组成,抑制牙周红、橙复合体中的密螺旋体、梭杆菌和卟啉单胞菌。

摘要： Dear editor,Eggerthelle lenta(E.lenta)is a gram-positive non-spore-bearing anaerobic bacilli that was first isolated from human feces by Arnold Eggerth in 1935.[1]It is classified as an anaerobic eubacterium that cannot decompose glucose and tryptophan[2]but can synthesize diff erent kinds of steroid metabolism enzymes.[3]On the basis of the high content of guanine+cytosine detected by 16S ribosomal RNA gene sequencing,its original name Eubacterium lentum was changed to E.lenta and concurrently transferred to its own distinct genus Eggerthella.[4]E.lenta often exists in the gastrointestinal tract.[5]Previous reports on E.lenta-induced sepsis were rare.Herein,we present a case of E.lenta-induced sepsis with abdominal pain as the main symptom.

摘要： 禾谷镰孢引起的玉米茎腐病会导致玉米产量锐减,筛选高效的拮抗菌株对防治玉米茎腐病尤为重要。中国科学院沈阳应用生态研究所/污染生态与环境工程重点实验室研究人员采用稀释培养法从土壤中分离得到810株细菌,通过平板对峙法和16S rDN A分子测序方法进行拮抗菌的筛选和分子鉴定,共分离出禾谷镰孢拮抗菌23株,占分离细菌总数的2.84%,抑菌圈直径10.12~27.56mm。

摘要： 该项目从白蚁幼虫肠道中分离出了可降解纤维素的微生物并进行鉴定.实验采用可溶性羧甲基纤维素降解试验分离并测试了33株细菌的纤维素分解活性.发现在这些菌株中,有5种(CDB3、CEB2、FB6、FB7和EB2)可以降解纤维素.在羧甲基纤维素平板培养基(CMC培养基)上测定透明带的形成以及纤维素的分解指数,发现纤维分解指数最高的是CEB2.采用部分16S rDNA测序、形态学和生化试验鉴定5个分离株,分离筛选和鉴定这些可降解纤维素的微生物,可以为实现白蚁肠道来源的微生物资源的工业化应用奠定基础.

摘要： P2543关于新生儿败血症的微生物暗物质问题//Shamim A.Sinnar,Steven J.Schiff新生儿败血症(NS)每年导致75万名婴儿死亡.及时的诊断并使用与致病菌相匹配的抗菌药物能有效治疗NS,但对大多数疑似NS患儿的血液培养未能检出致病病原体.我们将这些未能被培养检出的可疑病原体称为微生物暗物质.鉴于血培养的低检出率,许多非培养基技术正在被探索用于诊断NS,包括PCR、16S扩增子测序和全基因组测序.

摘要： 为了解上海地区种猪场猪群猪链球菌流行情况、血清型分布情况,于2020年5月,从上海8家规模化种猪场采集猪口液样品148份,开展猪链球菌监测及血清型分型研究.86份检测口液样品猪链球菌阳性,阳性率58.11％.86株猪链球菌分离株中,49株鉴定为传统血清型,血清型鉴定率56.98％;共鉴定出12种血清型,其中优势血清型为猪链球菌7型(42.86％),其次为12型(20.41％),1型和2型猪链球菌各检出1株,9型未检出.本次调查结果提示,上海地区健康猪群携带的1型、2型、7型猪链球菌可能成为感染人和猪群的风险因素.

摘要： 目的 采用16S rRNA测序技术,检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异.方法 选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象,以及同期健康志愿者10名作为对照.采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA,对V3-V4区进行PCR扩增,再进行文库构建和Illumina MiSeq测序.最后对数据进行生物信息学分析,探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征.结果 本研究共得到534个OTU.物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足.HG和QD两组alpha指数不存在明显差异(P>0.05).通过beta多样性分析可见,HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异.此外,QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高.相较于HG,g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_Streptophyta在QD中显著富集(P<0.05).结论 气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异.在气虚证的发生发展中,肠道菌群的改变可能起到了重要作用.

摘要： 开发一种可用于保守序列相似度较高的菌群快速鉴定的方法,并用其鉴定一株从土壤采集的芽孢杆菌.从厦门市同安国家农业科技园区施用动物肥的种植区采集土壤,稀释涂布平板,分离纯化菌株后,扩增16S与gyrB基因序列并测序,在Genbank选择序列相似的ATCC菌株进行比对,将16S序列与gyrB序列线性拼接后,利用Paup* 4.0构建进化树,通过生理生化实验对鉴定结果进行验证.在16S序列与gyrB基因序列单独建树均无法鉴定到种的情况下,通过16S与gyrB碱基线性拼接序列联合建树,将土壤中分离得到的芽孢杆菌HX2016002鉴定为蜡样芽孢杆菌,该方法所构建的进化树自展值高,鉴定结果与生理生化实验一致.对Genbank中已知的蜡样芽孢杆菌序列建树分析表明,该方法在蜡样芽孢杆菌中具有普适性.利用16S与gyrB基因拼接序列联合建树,在保守序列相似度高的属内菌种鉴定中具有进一步研究的价值.