rRNA

摘要： 目的探索首发未用药精神分裂症患者与健康对照肠道菌群的差异,及患者肠道菌群特征与精神症状的关系。方法纳入42例首发未用药精神分裂症患者(患者组)和47名人口学特征相匹配的健康对照(对照组),使用16S rRNA技术检测肠道菌群组成和丰度,并使用精神病症状维度评定量表(clinician-rated dimensions of psychosis symptom severity,CRDPS)和阳性与阴性症状量表(positive and negative syndrome scale,PANSS)评估患者精神症状。结果患者组和对照组肠道菌群α-多样性的Chao1指数差异有统计学意义(P=0.01),Shannon指数和Simpson指数组间没有统计学差异(P>0.05)。β-多样性显示患者组肠道菌群聚类比对照组更紧密,差异有统计学意义(P<0.05)。两组间21个特征菌属的丰度有差异。患者组肠道菌群中,毛螺菌属水平与CRDPS得分呈负相关(r=-0.49,P<0.01),链球菌属水平与PANSS阴性症状得分呈正相关(r=0.39,P<0.01),与PANSS阳性症状得分呈负相关(r=-0.31,P=0.04),毛螺菌属水平与PANSS一般精神病理量表得分呈负相关(r=-0.33,P=0.03)。结论首发未用药精神分裂症患者肠道菌群多样性低于对照,部分菌属比例与对照存在差异,毛螺菌属、链球菌属水平与精神症状相关。

摘要： 对蝽科4亚科线粒体基因组中22个tRNA和2个rRNA基因的序列特征、遗传距离和二级结构进行比较研究,采用贝叶斯法分别对这两个数据集构建了系统发育树.结果表明,蝽科26个物种的22个tRNA基因碱基组成中,多数种表现AT正偏斜,所有种表现GC正偏斜;2个rRNA基因碱基组成中所有种均表现AT负偏斜和GC正偏斜.遗传距离结果表明:4亚科间舌蝽亚科和蝽亚科亲缘关系最近,益蝽亚科和短喙蝽亚科亲缘关系最远.蝽科昆虫tRNA比rRNA基因的二级结构保守.系统发育结果均表明短喙蝽亚科和益蝽亚科为单系群,蝽亚科和舌蝽亚科均未形成单系群.因此,tRNA和rRNA基因可用于蝽科昆虫的系统发育研究.

摘要： 拟南芥RNA核糖甲基化修饰研究中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组、北京大学现代农学院王玉秋博士和中国科学院遗传与发育研究所李家洋课题组合作,系统检测了模式植物拟南芥中多种RNA上的2''氧甲基化修饰谱,并对指导修饰的snoRNA进行了归属。相关成果发表于Nucleic Acids Research。研究者在snRNA上发现了19个修饰位点,其中13个位点在人源snRNA也保守分布。线粒体rRNA和叶绿体rRNA上各含有5个几乎相同的修饰位点,其中2个为新发现的位点,它们分布在核糖体大亚基和小亚基的结合界面。论文还分析了C/D snoRNP突变体中修饰的变化,揭示了拟南芥3种类型rRNA和snRNA上的2''氧甲基化修饰谱。

摘要： 核糖体RNA(Ribosomal RNA,rRNA)广泛存在于各种生物的细胞中,在生命活动中具有非常重要的作用,目前很多的生物信息研究以及系统发育研究都会利用到rRNA.rRNA的结构决定了其功能,因此研究其结构具有现实意义.本文从rRNA二级结构的特征和预测方法及其在黏孢子虫研究中的应用方面进行了综述,以期为以后的黏孢子虫研究提供参考.

摘要： 2021年11月9日,《自然通讯》(Nature Communications)在线发表了浙江大学基础医学院张进研究员的最新研究成果“rRNA biogenesis regulates mouse 2C-like state by 3D structure reorganization of peri-nucleolar heterochromatin”(DOI:10.1038/s41467-021-26576-2)。该研究通过多组学数据整合挖掘与分子实验相结合的研究策略,发现核糖体RNA(rRNA)生物发生通过调控核仁相分离以及重塑核仁周边异染色质区高级结构来调控二细胞样胚胎干细胞(ES-2C-like细胞)命运转变以及早期胚胎发育。

摘要： 植物茎顶端分生组织干细胞是具有持续分化潜能的细胞团,是植物体地上部所有组织和器官的来源.由于植物行固着生长模式,其无法通过移动来趋利避害,因此保护植物干细胞免受病毒和其它病原体侵害对于植物正常生长发育至关重要.尽管人们很早就观察到植物茎顶端干细胞区域与其它部位相比具有极强的抗病毒特性,但很长时间以来对于植物干细胞如何抵御病毒侵染却知之甚少.近日,中国科学技术大学赵忠团队阐明了拟南芥(Arabidopsis thaliana)茎顶端干细胞通过WUS蛋白介导的固有免疫反应抵御病毒侵害的机制.WUS能被黄瓜花叶病毒诱导表达,并抑制病毒在茎尖中央区和周边区积累.WUS通过直接抑制S-腺苷-L-甲硫氨酸依赖的甲基转移酶(SAM MTase)基因的转录,影响rRNA的加工和核糖体的稳定性,使病毒蛋白质合成受阻,从而阻止病毒的复制与传播.该研究揭示了植物体的一种保守且广谱抗病毒策略,具有重要的理论意义和应用价值.

摘要： 目的:了解野生冬虫夏草周际土壤中的细菌群落组成,为优化冬虫夏草人工培育条件奠定基础。方法:采集5份四川省阿坝藏族羌族自治州小金县崇德乡野生冬虫夏草周际土壤,提取微生物DNA,利用16S rRNA高通量测序技术对土壤中细菌构成进行测定,并进行生物信息学分析。结果:5份所测土壤样品细菌群落构成相似,土壤中细菌主要有19门55纲124目194科325属350种,其中变形菌、放线菌、酸杆菌、壁厚菌、绿弯菌和拟杆菌的物种丰度较高。结论:崇德乡野生冬虫夏草土壤中细菌多样性丰富,土壤细菌群落与冬虫夏草的关系值得进一步研究。

摘要： 目的 探讨和评价多靶位基因测序联合分析的方法用于脓肿分枝杆菌复合群的快速菌种鉴定.方法 收集经PNB/TCH鉴别培养基表型鉴定和16S rRNA基因测序鉴定为脓肿分枝杆菌复合群的临床分离株,再应用hsp65和rpoB基因测序的联合分析进行种/亚种的鉴定.结果 经表型鉴定为非结核分枝杆菌的52株临床分离菌株,16S rRNA基因测序比对分析与脓肿分枝杆菌的同源性高达100%.最后经hsp65和rpoB测序及16S rRNA基因序列的联合分析鉴定40株菌株为脓肿分枝杆菌脓肿亚种,10株为脓肿分枝杆菌马赛亚种以及2株脓肿分枝杆菌bolletii亚种.结论 16S rRNA、hsp65和rpoB三个靶位基因测序联合分析的方法能够快速将脓肿分枝杆菌复合群分离株鉴定至亚种的水平.%Objective To evaluate the multi-target genes sequencing analysis for rapid identification of Mycobacterium abscessus complex. Methods The clinical isolates were collected and identified as NTM by PNB/TCH differential medium phenotype test. Members Were verified by the sequencing of 16S rRNA gene. The identification of species/subspecies was carried out by using three genes PCR sequencing combined analysis. Results In total,52 clinical specimens were identified as NTM by phenotype test. 16S rRNA gene sequencing analysis of all samples shared over 100%similarity with MABC. Finally,species identification with 16S rRNA,hsp65 and rpoB sequencing analysis revealed that 40 strains were M. abscessus subsp. abscessus,10 were M. abscessus subsp. massiliense and 2 was M. abscessus subsp. bolletii. Conclusion The combined analysis of 16S rRNA, hsp65 and rpoB three genes sequencing can quickly identify the MABC isolates to the subspecies level.

摘要： 目的 探究轻度认知功能障碍患者的肠道菌群特征和危险因素.方法 纳入28例轻度认知功能障碍患者,年龄、性别和教育水平相当的65例认知功能正常者作为对照组.对所有受试者进行颈动脉彩超检查,采集空腹抗凝血和新鲜粪样,提取受试者粪便样本中的细菌DNA并进行16S rRNA测序,分析轻度认知功能障碍的危险因素.结果 和对照组相比,轻度认知功能障碍组肠道菌群显著改变(P<0.05),主要表现为肠道内变形菌门、互养菌门、乳酸杆菌等细菌富集和费氏刺骨鱼菌的减少.多元逻辑回归分析提示,高回声斑块数量(OR=11.511, 95%CI:1.406~94.226, P=0.023)和乳酸杆菌高丰度(OR=4.894, 95%CI:1.090~21.966, P=0.038)与轻度认知功能障碍显著相关.结论 肠道内乳酸杆菌高丰度可能是轻度认知功能障碍潜在的危险因素.%Objective To investigate the gut microbial characteristics and risk factors in people with mild cognitive impairment. Methods Twenty-eight people with mild cognitive impairment and 65 age-, gender- as well as education-matched controls were recruited. Carotid artery ultrasonography was conducted and fasting anticoagulant blood and fresh fecal samples were collected on all subjects. Total bacterial DNA was extracted from the stool samples and amplified through real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Next generation analysis of 16S rRNA was performed to achieve genomic sequences using the Illumina Hiseq 2500 platform. Results Compared with the control group, mild cognitive impairment group exhibited greater microbial diversity (Bray Curtis distance, Adonis test, P<0.05), which were characterized by enrichment of proteobacteria, Synergistetes, lactobacillus, and depletion of Epulopiscium. Age, creatinine, average CCAIMT, Crouse score, and plaque numbers were associated with cognitive impairment. Multiple logistic regression analysis revealed that the number of hyperechoic plaques (OR=11.511, 95%CI:1.406~94.226, P=0.023) and the abundance of lactobacillus (OR=4.894, 95%CI: 1.090~21.966, P=0.038) were the important risk factors for mild cognitive impairment. Conclusion Higher abundance of lactobacillus in the gut holds potential as novel risk factor of people with mild cognitive impairment.

摘要： 资料显示国内蛋鸡群鸡杆菌(Gallibacterium)感染十分普遍,国内报道的菌株均为鸭源鸡杆菌种(Gallibacterium anatis).gyrB基因是16SrRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因,适合于细菌近缘种的鉴别.因此,本文选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法,对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析,在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类.

摘要： 资料显示国内蛋鸡群鸡杆菌(Gallibacterium)感染十分普遍,国内报道的菌株均为鸭源鸡杆菌种(Gallibacterium anatis).gyrB基因是16SrRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因,适合于细菌近缘种的鉴别.因此,本文选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法,对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析,在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类.

摘要： 资料显示国内蛋鸡群鸡杆菌(Gallibacterium)感染十分普遍,国内报道的菌株均为鸭源鸡杆菌种(Gallibacterium anatis).gyrB基因是16SrRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因,适合于细菌近缘种的鉴别.因此,本文选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法,对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析,在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类.

摘要： 资料显示国内蛋鸡群鸡杆菌(Gallibacterium)感染十分普遍,国内报道的菌株均为鸭源鸡杆菌种(Gallibacterium anatis).gyrB基因是16SrRNA基因以外适合细菌鉴别的又一理想靶基因,适合于细菌近缘种的鉴别.因此,本文选用gyrB基因结合16S rRNA和rpoB基因序列分析的方法,对河南和陕西省分离的14株鸡杆菌进行遗传进化分析,在更大范围内分析我国鸡杆菌的流行种类.

摘要： 烟曲霉是曲霉属中最常见的致病菌。它的ｒＲＮＡ基因ＩＴＳ间区序列尚不完全清楚。研究人员应用分子克隆技术率先对烟曲霉的ＩＴＳⅠ区和ＩＴＳⅡ区进行了克隆测序分析。结果发现，３株不同来原的烟曲霉的ＩＴＳⅠ区序列完全相同，而１株烟曲霉的ＩＴＳⅡ区序列与基因库中的１株烟曲霉的相应序列仅有２个碱基的变异。从而揭示烟曲霉的两个ＩＴＳ区序列都十分保守。研究人员将所测得的烟曲霉ｒＲＮＡ基因ＩＴＳⅠ区和Ⅱ区序列与基因库中所查寻到的黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉等的相应序列相比，均有一定的变异，而且种间变异大于种内变异。该结果

摘要： 本发明提供用于生成rRNA除尽的样本以及用于从样本分离rRNA的方法、组合物和试剂盒。具体地，本发明提供组合物，所述组合物包含与至少一种rRNA分子(例如28S、26S、25S、18S、5.8S和5S真核细胞质rRNA分子，12S和16S真核线粒体rRNA分子，以及23S、16S和5S原核rRNA分子)的大体上所有的rRNA分子对应的亲和标记的反义rRNA分子，并提供方法，所述方法用于利用这类组合物以生成rRNA除尽的样本或者从样本分离rRNA分子。

摘要： 本发明属于白及基因组技术领域，具体涉及两个在高温条件下稳定表达的高温内参基因Bs18S rRNA和BsUBI。所述Bs18S rRNA基因，含有1792bp；所述BsUBI基因，含有422bp。本申请中，基于正常生长温度和高温胁迫条件下的对比，对部分候选内参基因的表达稳定性进行了实时荧光定量PCR分析，综合分析结果表明：Bs18S rRNA和BsUBI这两个基因在正常生长温度和高温胁迫下的不同时间和不同组织中表达情况最为稳定，因此可为高温胁迫条件下基因表达稳定性和可靠性研究、以及耐高温白及种质资源筛选和培育奠定一定应用基础。

摘要： 一种鉴别转录组rRNA污染源的方法、装置和改善rRNA污染的方法，其中鉴别转录组rRNA污染源的方法包括：获取待鉴别的样本的转录组二代测序数据；将转录组二代测序数据比对到参考基因组，获得rRNA测序数据占二代测序数据的比例超过第一预设值的候选样本；分析候选样本中rRNA测序数据比对到基因组反义链的情况得到rRNA残留的样本；对rRNA残留的样本的rRNA测序数据进行设定区域的覆盖度分析获得测序读长深度分布结果；将测序读长深度分布结果与深度分布预设模型进行比较，得到由于样本变性不完全导致的rRNA污染情况。本发明解决rRNA污染比例高的问题，节约RNA‑seq建库和测序成本。

摘要： 本发明提供用于生成rRNA除尽的样本以及用于从样本分离rRNA的方法、组合物和试剂盒。具体地，本发明提供组合物，所述组合物包含与至少一种rRNA分子(例如28S、26S、25S、18S、5.8S和5S真核细胞质rRNA分子，12S和16S真核线粒体rRNA分子，以及23S、16S和5S原核rRNA分子)的大体上所有的rRNA分子对应的亲和标记的反义rRNA分子，并提供方法，所述方法用于利用这类组合物以生成rRNA除尽的样本或者从样本分离rRNA分子。

摘要： 本发明提供了一种细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段的筛选方法及其应用，属于微生物检测技术领域。本发明提供的筛选方法，包括筛选候选靶标片段和验证候选靶标片段两部分构成。按照本发明的筛选方法得到的细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段能够满足“种内普适性”、“种间特异性和菌外特异性”要求。

摘要： 本发明公开了一种利用5S rRNA进行鱼类卵巢发育数量化的分子生物学方法，包括如下方法：获取特定鱼类雌鱼不同发育时期的卵巢样品，测定各发育时期的卵巢样品中5S rRNA占总RNA的比值以及初级卵母细胞体积占所有卵母细胞总体积的比值，构建5S rRNA占比与初级卵母细胞体积占比相关关系的公式，通过5S rRNA占比即可计算出初级卵母细胞体积占比，根据初级卵母细胞体积占比判断雌鱼卵巢发育的阶段。该方法解决了现阶段鱼类卵巢发育未建立有效数量化方法、卵巢发育判断标准不明确、主观性强、判断步骤繁琐、耗时长、取样致死等问题，可以通过非致死方式采取微量卵巢组织进行鱼类卵巢发育阶段的准确判断。

摘要： 本发明公开了一种建立物种rRNA序列数据库的方法，属于转录组测序数据处理技术领域，包括以下步骤：获得物种的第一转录组测序数据及参考基因组数据；将转录组数据与参考基因组数据进行比对，获得未比对序列，选取未对比序列的前M条，与NCBI数据库进行比对，其中M＝8000～20000；获得比对上的rRNA序列，建立rRNA序列数据库。进一步，本发明还公开了基于建立的rRNA序列数据库过滤转录组测序数据中rRNA序列的方法和装置，能够针对性地过滤rRNA序列，快速、准确地获得纯净的mRNA数据，进行后续分析。

摘要： 本发明专利公开了一种基于纳米孔测序靶向富集细菌16S rRNA基因的测序方法，其方法包括如下步骤：提取临床样本中的总基因组、总基因组末端去磷酸化封闭、通用sgRNA靶向酶切病原细菌微生物16S rRNA基因组保守序列、选择性在酶切位点添加A黏性末端尾巴、并连接测序接头、根据测序数据与基因数据库进行序列对比，得到待鉴定细菌的菌种；本发明专利使用了稳定16S rRNA的V2‑V3保守基因进行靶向富集，以V2‑V3为测序起点，检测获得16S rRNA两端基因覆盖率更高，检测范围更广，分类结果更可信，本发明特异性靶向细菌16S rRNA基因建库，有效避免了宿主基因组的干扰，降低背景宿主的人源比例，提高病原体检测灵敏度和检出效率，缩短检测时间，提高纳米孔检测效率。

摘要： 本发明提供一种制备rRNA沉默的RNA文库的方法及其使用的试剂或试剂盒。

摘要： 本发明公开一种非诊断目的的基于细菌16S rRNA基因序列在“种”(species)水平上鉴定人体肠道菌群的方法。所述方法包括：(1)构建基于细菌操作系统发生学单元为基础的人肠道菌群16S rRNA基因参比序列库，(2)对待检测标本的16S rRNA基因进行序列测定；(3)将标本16S rRNA基因序列与16S rRNA基因参比序列库进行比对并进行菌种鉴定。本发明的方法可将人肠道菌群检测注释到“种”的水平，并揭示其多样性、构成比、丰度等数据。这些数据可用于分析人的肠道菌群是否失调，可发现是否存在已知病原菌、潜在致病菌等，可分析肠道益生菌的种类和丰度，可分析肠道菌群紊乱与健康状态、疾病等的相关性。