系统发育分析

摘要： 对光叶子花叶绿体基因组特征进行分析,探究其与近缘种之间的系统发育关系。本研究通过NCBI数据库,下载已公布的石竹目(Caryophyllaceae)12个种的叶绿体基因组序列,以秘鲁叶子花叶绿体基因组作为参考,通过Genious中的MAFFT软件进行序列比对,并利用生物信息学手段进行特征分析。结果显示:光叶子花叶绿体基因组长度为154763 bp,LSC区长度为85921 bp,SSC区长为18018 bp,一对IR区均长25412 bp,呈典型的四分体结构。注释基因有131个,蛋白编码基因86个,tRNA基因37个还有8个rRNA基因,平均GC含量为36.4%。利用MISA软件在紫茉莉科9个种的叶绿体基因组中共检测到605个SSR,重复类型中以单核苷酸最多582个,占总SSR的96.2%。重复基元最多的是A/T,572个,占比94.5%。紫茉莉科不同物种的叶绿体基因组IR边界区的基因类型和基因分布情况存在一定差异,但相对比较保守。紫茉莉科9个种叶绿体基因组之间检测到6个高变区,rps16-trnQ、rps4-trnL、ndhC-trnV、rps3-rpl22、ndhF-rpl32和ycf1。系统发育分析表明,光叶子花和叶子花在亲缘关系上关系最近。

摘要： 【目的】分析黄丹木姜子(Litsea elongata)叶绿体基因组特征,为木姜子属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供理论参考。【方法】基于Illumina HiSeq 2000高通量测序平台对黄丹木姜子叶绿体基因组进行测序,利用GeSeq在线工具对叶绿体基因组进行注释,并利用REPuter、MISA、CodonW和IQ-TREE等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子使用偏性和系统发育进行分析。【结果】黄丹木姜子叶绿体基因组全长为154028 bp,具有典型的四分结构,编码126个基因,其中蛋白编码基因82个,rRNA基因8个,tRNA基因36个。叶绿体基因组的注释基因中,有9个基因含1个内含子,有3个基因含有2个内含子,其余基因均不含内含子;44个基因编码蛋白参与光合作用信号途径,21个基因编码蛋白构成了核糖体大小亚基。黄丹木姜子叶绿体基因组含有32对长序列重复和90个SSR位点,其中,正向重复和回文重复最多,均为12对,反向重复和互补重复分别为6和2对;95.56%的SSR位点位于单拷贝区[大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)],仅4.44%的SSR位点位于反向重复区(IR)。黄丹木姜子叶绿体蛋白编码基因GC含量为39.14%,GC3s为27.95%,平均有效密码子数(ENC)为49.04,说明其密码子偏性弱;相对同义密码子使用度(RSCU)大于1.00的密码子31个,其中13个以A结尾,16个以U(T)结尾。系统发育进化树分析结果显示,木姜子属的14个物种聚为两组,其中黄丹木姜子和10种木姜子属植物聚在一个组,与日本木姜子的亲缘关系最近。【结论】黄丹木姜子叶绿体基因组结构保守,偏好A或U(T)结尾的密码子,鉴定的SSR位点可用于物种鉴定和群体遗传学研究。

摘要： 对西方蜜蜂在采蜜过程中细菌的变化进行研究,通过传统纯化培养及16S rDNA基因序列鉴定,结果表明:花蜜、蜜囊到Od蜂蜜细菌数量从10CFU-10^(6)CFU,以解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)为优势菌,所分离鉴定的菌株提交GenBank比对后,其相似度不低于99%。细菌系统发育分析包括Ⅰ红螺菌、Ⅱ柄杆菌、Ⅸ芽孢杆菌等9个族。

摘要： 为了解暴马丁香的叶绿体基因组的特征,本研究分析该叶绿体基因组结构和基因构成特征,并进行系统演化基因组分析。结果表明:(1)暴马丁香叶绿体基因组的功能基因有132个,其中包括8个rRNA基因,36个tRNA基因和88个蛋白编码基因。(2)在暴马丁香叶绿体基因组的密码子组成中,RSCU值>1的密码子有30个,其中以A/U碱基结尾的有27个;RSCU值<1的密码子有32个,其中以G/C碱基结尾的的密码子偏多,为29个。(3)在暴马丁香的叶绿体基因组中,检测出106个散在重复序列,包括61个正向重复序列和45个回文重复序列;检测到218个SSR位点,为其中211个位点成功设计出PCR引物。(4)通过邻接法(NJ)对暴马丁香及暴马丁香之外的42种木犀科植物的叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示:暴马丁香与丁香属植物北京丁香的亲缘关系最近。本研究为系统演化和种质资源的鉴定等研究奠定理论基础,同时为暴马丁香的保护遗传学和资源开发利用等研究提供科学依据。

摘要： 本研究对广西香蕉主产区的香蕉根系样本进行内生真菌分离,采用形态学与ITS序列分析相结合的方法进行菌株鉴定,开展其物种组成与多样性分析,对了解广西香蕉与其根部内生真菌间的关系以及探索其内生真菌功能具有重要意义。从168个香蕉根段中共分离获得352株内生真菌,分别归属于5纲17目34科43属62个分类单元,不同分类单元的代表菌株中,有41株菌株能够产生分生孢子(66.13%)。其中,优势纲为粪壳菌纲(Sordariomycetes)和散囊菌纲(Eurotiomycetes),相对频率(RF)分别为66.19%和20.45%;优势目为肉座菌目(Hypocreales)、散囊菌目(Eurotiales)和格孢腔菌目(Pleosporales),相对频率分别为55.4%、17.61%和9.66%;优势属为镰刀菌属(Fusarium)、青霉属(Penicillium)、木霉属(Trichoderma)、未鉴定属3、帚枝霉属(Sarocladium)、未鉴定属2、弯孢属(Curvularia)和突脐蠕孢属(Exserohilum),相对频率分别为32.39%、15.06%、13.35%、5.11%、3.98%、3.41%、3.13%和2.84%,后5个属的相对频率未超过10%,其优势不明显。多样性指数和均匀度系数结果表明,南宁地区坛洛镇TL2样地和锣圩镇LX样地的香蕉根系内生真菌种群多样性较丰富,群落分布较均匀。相似度系数分析显示,钦州地区大成镇2个样地(DC1、DC2)间香蕉根系内生真菌种群组成相似度最高(C_(s)=0.67)。不同采样点的地理环境和气候条件给香蕉提供了不同的生境,是影响香蕉根系内生真菌种类组成及多样性差异的主要因素之一。

摘要： 为了解DXS基因的系统发育、密码子偏好性和分子进化等特性,选取44个代表性物种的DXS基因序列进行分析。结果表明:DXS基因家族具有较高的保守性,序列间的平均遗传距离为0.243;DXS基因的分化时间先于对应的物种分化,DXS基因树和对应物种树的拓扑结构基本一致;所选的裸子植物和单子叶植物及同科的双子叶植物均分别聚类在一块;DXS基因的密码子偏好性较低,平均有效密码子数、GC3和G+C含量分别为47.25、0.49和0.51;DXS基因在进化过程中主要受纯化选择作用,野大豆DXS基因受到的选择压最大为0.981,黍属DXS基因受到的选择压最小为0.001,平均选择压大小为0.094;在各模型中均未检测到后验概率大于0.95的受正向选择作用位点;DXS基因的有效密码子数、GC3和G+C含量与选择压的大小均无显著的相关性。研究为进一步了解DXS基因的功能及其在MEP途径中的调控机制提供一定的理论基础。

摘要： 利用病毒宏基因组学(viral metagenomics)方法,本研究从95份林麝粪便样品中检测到1株新型圆环病毒样(Circoviruslike)病毒,经过拼接获得其全基因组序列,该毒株命名为ls-cyc。其基因组全长约3552 nt,GC含量39.00%,含有2个开放阅读框(ORF),即ORF1和ORF2。其中ORF1长度为1386 nt,ORF2长度为1953 nt。ORF1编码的氨基酸序列与来自猪血清圆环状病毒的(MH170058.1)序列相似度为34.31%。系统进化分析表明其与来自猪的圆环状病毒(MH170058.1)和鸭相关环状病毒(NC_030134.1)为同一进化分支。该病毒是否与林麝特定疾病相关有待于进一步流行病学研究。

摘要： 为鉴定青海省民和地区蒙古黄芪(Astragalus membranaceus var.mongholicus)根腐病病原菌及筛选防治该病害的有效杀菌剂,本研究基于形态学特征、rDNA-ITS,TEF-1α和RPB2序列分析对蒙古黄芪根腐病病原进行鉴定,并利用菌丝生长速率法测定8种杀菌剂对病原菌的抑制作用。结果发现,引起黄芪根腐病的病原菌为腐皮镰刀菌(Fusarium soani)、逗号镰刀菌(F.virguliforme)、木贼镰刀菌(F.equiseti)和锐顶镰刀菌(F.acuminatum)。室内药剂试验表明硅唑·咪鲜胺对4种镰刀菌的抑制作用最好,EC_(50)在0.195~0.588 mg·L^(-1)之间;多菌灵对腐皮镰刀菌、木贼镰刀菌和锐顶镰刀菌的抑制作用较强,EC_(50)在0.113~0.869 mg·L^(-1)之间;咯菌腈对逗号镰刀菌、木贼镰刀菌和锐顶镰刀菌的抑制作用较强,EC_(50)在0.153~0.390 mg·L^(-1)之间;甲基硫菌灵、噁霉灵、溴菌腈和石硫合剂对4种镰刀菌的抑制作用较差,EC_(50)在1.018~4.360 mg·L^(-1)之间。试验结果为生产上合理选用杀菌剂防治黄芪根腐病提供了科学依据。

摘要： SKIP(SKI-interacting protein)在植物的生长、发育和逆境响应中起着重要作用。以青花菜为材料,在克隆SKIP基因的基础上,利用生物信息学方法进行序列分析,并通过实时荧光定量PCR研究其在生物(寄生霜霉菌、野油菜黄单胞菌)、非生物(NaCl、PEG6000)胁迫下的表达模式。结果表明,青花菜SKIP基因全长为1836 bp,没有内含子;BoiSKIP编码611个氨基酸,具1个SNW/SKI结构域,位于推导蛋白质序列的188-347处;该蛋白质的分子量为69.22 ku,理论等电点为9.15,平均亲水性指数为-1.12,为亲水性蛋白质。系统发育分析结果表明,芸薹属植物的SKIP聚为一组,支持率达100%,BoiSKIP与甘蓝SKIP的关系最近,它们处于同一分支。基因表达分析结果表明,BoiSKIP的表达受NaCl和PEG6000的诱导,表达量分别在诱导24、12 h达到最大;BoiSKIP受寄生霜霉菌和野油菜黄单胞菌的诱导,分别在处理24 h和72 h达到最大值。青花菜SKIP基因的克隆与表达分析,为后续开展该基因在抗逆反应中的功能研究奠定了基础。

摘要： ‘德钦’紫花苜蓿(Medicago sativa L.‘Deqin’,以下简称‘德钦’苜蓿)是一种优良的地方品种,具有特异耐旱性、耐热性和耐酸铝性。本研究利用Illumina第二代高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序(NCBI登录号:MN218692),并对其结构及特征进行分析。结果显示:‘德钦’苜蓿叶绿体基因组含有一个反向重复区,属于IR缺失型;总长为125470 bp,共有110个基因,其中蛋白质编码基因76个、tRNA 30个和rRNA 4个,缺失3个基因(rps16,rpl22和infA),总GC含量为33.9%;相对同义密码子使用度显示,‘德钦’苜蓿70.74%的密码子使用度>1,偏好以A和T结尾;共鉴定出115个SSRs位点,其中clpP基因鉴定出与紫花苜蓿不同SSRs位点;最大似然树结果显示‘德钦’苜蓿与紫花苜蓿聚在一起,支持率为75%。研究结果将对苜蓿属叶绿体基因组工程研究及‘德钦’苜蓿特异基因的进一步鉴定利用提供一定的参考价值。

摘要： 本文基于ITS rDNA序列对侧耳属34个种(包含亚种和变种)进行系统发育分析，结合各个群组的标签序列将侧耳属分为9个组，并分析了各个组内同源性较高的部分种问的区别，希望对侧耳属内种的区分和鉴定提供一些借鉴.

摘要： 从养殖池污泥中分离一株对孔雀石绿具有较强降解活性的细菌M6，通过革兰氏染色、电镜技术对其形态进行了观察，用API细菌鉴定系统对其生理生化特性进行了研究，通过对其16S rDNA进行PCR扩增和测序，与NCBI中收录的与其同源性较高的菌株进行了聚类分析并构建了系统发育树，并进一步探讨了其脱色机理。实验结果表明，菌株M6革兰氏染色阴性，杆形，端生一根鞭毛，大小约为0.32 μm×0.68 μm，在含孔雀石绿的普通营养琼脂平板上形成的菌落特征为圆形、绿色、粘稠、不易挑取：其对孔雀石绿主要为降解脱色，在30°C、150 r／min条件下对孔雀石绿的脱色率为97.14%：菌株M6与GenBank基因库中假单胞菌属的细菌菌株自然聚类，同源性在98%～99%，与恶臭假单胞菌OW-16(登录号：DQ112328.1)的亲缘关系最近。结合传统的形态与生理生化特性鉴定以及16S rDNA系统发育分析鉴定的结果，判定菌株M6为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)(登录号：EU348741.1)。

摘要： 随着公共数据库信息量的不断丰富,桉树基因组序列的公布数据也逐渐增多.本文利用NCBI数据库下载的21条桉树叶绿体matK基因序列进行分析研究,发现软件模拟树与学术界承认和使用的Hill&Johnson形态分类学中的现实树有一定的差异,可能与下载的序列数据不够全面,覆盖的信息量不能代表该种的基因组序列.通过构建5种系统发育树的比较分析,MP法和Bayes法构建的系统发育模拟树与现实树较为相似,ML法构建的系统发育模拟树与现实树差异最大,进一步的确定还需研究.

摘要： 运用纯培养和非培养法对冷藏鸡肉胴体上细菌多样性进行了对比研究。采用培养法从鸡肉胴体中初步分离到32株细菌菌株，16SrDNA-ARDRA分析得到5株代表性细菌，其16SrDNA序列系统发育分析表明，这些菌株隶属于Serratiasp.、Corynebacteriumsp.、Citrobactersp.、Kurthiasp.和Klebsiellasp.等5个属。16SrDNA-ARDRA联合PAGE、16SrDNA全序列分析的非培养法结果表明，冷藏鸡肉中细菌主要属于Pseudomonassp.、Psychrobactersp.、Alkanindigesillinoisensis、Enterobacteriaceae和Stenotrophomonasmaltophilia等12个属。非培养法揭示的细菌多样性比培养法丰富，但二者结合使用能让肉品中微生物多样性得到更全面展示。

摘要： 对家蚕微粒子虫镇江株（Nosema bombycis Zhenjiang)、柞蚕微孢子虫（Nosema antheraeae)、棉铃虫微孢子虫（Nosema heliothidis)、从菜粉蝶（Pieris rapae)分离的微孢子虫、从蓝叶虫(Phyllobrotica armta)分离的微孢子虫、从桑尺蠖(Hemerophila atrilineata)分离的微孢子虫以及从家蚕分离的微孢子虫的SSU rRNA基因进行PCR扩增、克隆和测序，得到该7种微孢子虫的SSUrRNA基因的全序列。采用Phylip软件的邻位相连法(Neighbour-Joining)和MEGA4.0软件的UPGMA法，以微孢子虫的SSUrRNA基因序列构建系统发育树，通过对新微孢子虫的聚类分析，以及基因长度、G+C含量、相似性和分化度等方面的分析，确定了4种新分离的微孢子虫的分类地位。研究结果表明，从菜粉蝶分离的微孢子虫、从蓝叶虫分离的微孢子虫和从桑尺蠖分离的微孢子虫与微粒子属(Nosema)微孢子虫较近，因此，将这3种微孢子虫归为Nosema属，暂分别定名为Nosema sp. PR、Nosema sp. PA、Nosema sp. HA；从家蚕中分离的微孢子虫与内网虫属（Endoreticulatus)微孢子虫关系相近，将其归为Endoreticulatus属，暂定名为Endoreticulatus sp. Zhenjiang。研究结果同时显示，用微孢子虫的SSU rRNA基因分析微孢子虫的进化关系及其分类地位是可行的。

摘要： @@茶园生态系统中，虫生真菌种类繁多，是一类重要的害虫生防资源，少数种类还具有药用价值。国内外学者重视利用虫生真菌防治茶园害虫。一直以来，虫生真菌的分离鉴定主要根据其营养体和子实体的形态特征。形态特征易受到培养条件和其他因素的影响，而且许多子实体类型常难以获得，使得鉴定工作有些困难。

摘要： 本文旨在结合观察细菌形态特征、生理生化特性和利用16s rDNA分析对三株益生芽孢杆菌进行鉴定。根据不同种属细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物，提取菌株的基因组DNA，对菌株的16S rDNA的进行PCR扩增，对扩增到的目标片段进行测序，将测序结果与NCBI上已知菌种的16S rDNA序列进行BLAsT对比，并构建了系统进化树进行分析，结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定，最终确定芽孢杆菌Kb002为枯草芽孢杆菌，Nor3075为地衣芽孢杆菌，JD008为巨大芽孢杆菌。

摘要： 本文旨在结合观察细菌形态特征、生理生化特性和利用16s rDNA分析对三株益生芽孢杆菌进行鉴定。根据不同种属细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物，提取菌株的基因组DNA，对菌株的16S rDNA的进行PCR扩增，对扩增到的目标片段进行测序，将测序结果与NCBI上已知菌种的16S rDNA序列进行BLAsT对比，并构建了系统进化树进行分析，结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定，最终确定芽孢杆菌Kb002为枯草芽孢杆菌，Nor3075为地衣芽孢杆菌，JD008为巨大芽孢杆菌。

摘要： 本文旨在结合观察细菌形态特征、生理生化特性和利用16s rDNA分析对三株益生芽孢杆菌进行鉴定。根据不同种属细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物，提取菌株的基因组DNA，对菌株的16S rDNA的进行PCR扩增，对扩增到的目标片段进行测序，将测序结果与NCBI上已知菌种的16S rDNA序列进行BLAsT对比，并构建了系统进化树进行分析，结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定，最终确定芽孢杆菌Kb002为枯草芽孢杆菌，Nor3075为地衣芽孢杆菌，JD008为巨大芽孢杆菌。

摘要： 本文旨在结合观察细菌形态特征、生理生化特性和利用16s rDNA分析对三株益生芽孢杆菌进行鉴定。根据不同种属细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物，提取菌株的基因组DNA，对菌株的16S rDNA的进行PCR扩增，对扩增到的目标片段进行测序，将测序结果与NCBI上已知菌种的16S rDNA序列进行BLAsT对比，并构建了系统进化树进行分析，结合传统的形态观察及生理生化特性鉴定，最终确定芽孢杆菌Kb002为枯草芽孢杆菌，Nor3075为地衣芽孢杆菌，JD008为巨大芽孢杆菌。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 分析扇贝的系统发育谱系的方法,其包括测定扇贝线粒体DNA的序列以确定线粒体DNA的核苷酸碱基序列,其中核苷酸碱基序列包括其中含有核苷酸碱基取代座位的非编码区,其显示作为特定的扇贝谱系指征的序列多态性。使用基于在已知的有壳水生动物线粒体16SrRNA和12SrRNA基因间保守的核苷酸碱基序列所设计的适当的引物组,经PCR扩增扇贝的线粒体DNA,然后测序以确定其中的非编码区。在这种非编码区中,定位核苷酸碱基取代座位,由此确定扇贝的特殊谱系。基于这些步骤,分析日本扇贝Patinopecten yessoensis的核苷酸碱基序列和其谱系。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明属于生物信息分析技术领域，公开了一种生物数据管理及系统发育分析流程化方法，利用界面软件将生物数据处理以及系统发育分析流程的7个程序整合在一起，无需编程技巧，界面直观友好，配备文件拖拽、界面记忆、一键升级、插件管理和程序进度条功能；同时给MAFFT比对程序新增了密码子比对功能，以解决蛋白基因核苷酸序列的比对问题。本发明的批量操作功能可以节省大量的操作时间以及耗费的精力，结合多基因联合建树功能，可满足大数据分析和系统基因组学的需求；本发明首次提供全面的线粒体基因组生物信息学分析，相较于传统的分析方法，可节约99％的时间。

摘要： 本发明公开了一种基于氨基酸序列比对的蛋白家族系统发育分析方法，包括以下步骤：基于氨基酸序列比对融合方法，获得合并的多序列比对结果；对合并的多序列比对结果进行数字化，构建分数矩阵；对分数矩阵进行降维、聚类处理，获得输入序列；鉴定输入序列的特异位点及保守位点；对输入序列进行拟时间分析，获得输入序列的轨迹排序；基于轨迹排序，获得输入序列的发育轨迹。本发明通过序列位点特征进行分数矩阵构建及其降维分析，从而推断基因家族间的聚类和进化关系，在保证序列聚类稳定性的情况下，有效提高了序列基因聚类速度，为基因系统发育分析、发育轨迹分析提供了新的工具和方法。

摘要： 本发明公开了一种基于线粒体全基因组对台湾东风螺系统发育分析方法，涉及台湾东风螺系统发育分析领域，包括以下步骤：1）样本采集：采集台湾东风螺提取线粒体基因组DNA；2）将线粒体基因组DNA打断、纯化后构建DNA测序文库；3）获得DNA簇；4）对螺线粒体基因组DNA测序；5）与其他已知序列的东风螺进行比较，随后对编码蛋白基因基因注释；6）将台湾东风螺线粒体基因组DNA的每个基因的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与其他新腹足目物种的进行比对，并将其串联起来进行系统发育分析，本发明基于线粒体全基因组对台湾东风螺系统发育进行分析，得到了完整的台湾东风螺线粒体全基因组数据，进行系统发育进行分析方便有效。

摘要： 本发明属于生物信息分析技术领域，公开了一种生物数据管理及系统发育分析流程化方法，利用界面软件将生物数据处理以及系统发育分析流程的7个程序整合在一起，无需编程技巧，界面直观友好，配备文件拖拽、界面记忆、一键升级、插件管理和程序进度条功能；同时给MAFFT比对程序新增了密码子比对功能，以解决蛋白基因核苷酸序列的比对问题。本发明的批量操作功能可以节省大量的操作时间以及耗费的精力，结合多基因联合建树功能，可满足大数据分析和系统基因组学的需求；本发明首次提供全面的线粒体基因组生物信息学分析，相较于传统的分析方法，可节约99％的时间。

摘要： 本发明公开了一种用于石首鱼科鱼类系统发育分析的EPIC分子标记，包括，1)利用EPIC基因序列全长设计通用引物，对石首鱼科不同属代表种进行扩增，对扩增产物进行测序；2)利用线粒体COI基因对不同属代表种进行扩增，对扩增产物进行测序；3)对步骤1和步骤2的扩增产物进行比对，计算石首鱼科不同属代表种的序列变异、碱基组成及遗传距离，判断石首科鱼类的系统发育关系。有益效果为：本发明分子标记利用核基因DNA序列，同时结合线粒体COI基因，对我国常见石首科鱼类做进一步的系统发育关系的梳理和确定，操作简单、分辨率高、遗传标记丰富、引物通用性高、价格低廉、准确性高、技术重现性好。