16S rRNA基因

摘要： 我们对52例胃粘膜活检标本和18株 Hp 临床分离株进行 Hp 特异的16S rRNA 基因和鞭毛素 A 基因 PCR 扩增和 PCR-RFLP 及 PCR-RFLP-SSCP 分析,以检测 Hp 鞭毛素 A 基因的变异性,进而研究其与 Hp 致病性的关系。结果对43例 Hp(+)的 flaA 基因 PCR-RFLP(HindⅢ)大约可分7个型(变异检出率为16.3%),而PCR-RFLP-SSCP 可分37个型(变异检出率为86.0%),两者有非常显著性差异。本研究表明,flaA 基因变异性极大,PCR-RFLP-SSCP 是检测其变异的有效方法。

摘要： 本发明是应用新兴分子生物学技术之一的Real-time PCR对动物源性嗜衣原体(Chlamydophilapsittaci、C.abortus、C.caviae、C.pecorum、C.felis)实施的快速检测与诊断方法。本检测体系采用以动物源性嗜衣原体的16S rRNA的保守区域为基础设计了一对引物及相应的TaqMan探针。该体系能对来自动物的粪便和泄殖腔的棉拭子及人的气管洗脱液中存在的动物源性嗜衣原体基因进行检测，并且检测敏感度比普通的PCR高出10倍。Real-time PCR具有无需进行后PCR的处理，可避免因进行琼脂糖凝胶电泳而可能造成的交叉污染，从而提高检测的准确率和可信度。

摘要： 本发明属于白及基因组技术领域，具体涉及两个在高温条件下稳定表达的高温内参基因Bs18S rRNA和BsUBI。所述Bs18S rRNA基因，含有1792bp；所述BsUBI基因，含有422bp。本申请中，基于正常生长温度和高温胁迫条件下的对比，对部分候选内参基因的表达稳定性进行了实时荧光定量PCR分析，综合分析结果表明：Bs18S rRNA和BsUBI这两个基因在正常生长温度和高温胁迫下的不同时间和不同组织中表达情况最为稳定，因此可为高温胁迫条件下基因表达稳定性和可靠性研究、以及耐高温白及种质资源筛选和培育奠定一定应用基础。

摘要： 本发明公开了一种中国南方海区砗磲科物种线粒体16S rRNA基因通用扩增引物及其筛选方法。所述的通用扩增引物为：16ST‑F：5’‑CCTTAAAGTAGCGTGATA‑3’；16ST‑R：5’‑GATCCTTTCGTACGAGAG‑3’。本发明筛选出一对用于我国南方海区砗磲线粒体部分16S序列的通用扩增引物16ST‑F和16ST‑R，并确定了其反应体系和PCR扩增条件，经试验证明该引物具有条带单一、扩增效率高的特点，能够满足我国南方海区砗磲物种的物种鉴定、系统发育关系分析等研究的需求。

摘要： 一种污泥脱水及去除细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因的方法，属于分子生物学领域。包括如下步骤：(1)银杏叶改性纳米零价铁的制备及氧化剂过硫酸钠的激活；(2)剩余污泥的深度处理。本发明可实现污泥脱水及去除细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因，常温条件下，采用过硫酸钠作为氧化剂，利用银杏叶改性纳米零价铁激活，产生各类强氧化型自由基，对剩余污泥进行脱水及对细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因进行去除。经本发明处理后的剩余污泥过滤比阻可减少95.42％、污泥体积可减少56.28％、细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因去除可达99.00％以上。

摘要： 本发明公开了高通量自动化的微生物宏基因组16s rRNA基因文库构建的方法，具体涉及分子生物学领域，具体步骤如下：S1、配制反应液；S2、设置仪器参数；S3、芯片制备；S4、PCR扩增；S5、离心回收；S6、琼脂糖凝胶电泳回收；S7、文库质控。本发明通过一种利用MSND自动化平台构建文库的方法，可以同时进行384个样本的建库，大大提升了芯片制备的通量和效率，实现了仪器自动化，节省了人力，提高了建库的通量、减少了实验成本、降低了样本的起始量，本方法仅需要切胶回收后的样本进行一次qPCR定量即可直接上机测序，更为高效，节约了试剂使用量并省去了繁琐的质控、pooling等步骤，仍能获得和常规建库方法一致的测序结果。

摘要： 本发明是应用新兴分子生物学技术之一的Real-time PCR对动物源性嗜衣原体(Chlamydophilapsittaci、C.abortus、C.caviae、C.pecorum、C.felis)实施的快速检测与诊断方法。本检测体系采用以动物源性嗜衣原体的16S rRNA的保守区域为基础设计了一对引物及相应的TaqMan探针。该体系能对来自动物的粪便和泄殖腔的棉拭子及人的气管洗脱液中存在的动物源性嗜衣原体基因进行检测，并且检测敏感度比普通的PCR高出10倍。Real-time PCR具有无需进行后PCR的处理，可避免因进行琼脂糖凝胶电泳而可能造成的交叉污染，从而提高检测的准确率和可信度。

摘要： 本发明属于基因芯片应用技术领域，具体地，本发明涉及一种基于rRNA基因种专一序列的非酶扩增检测基因芯片、检测系统及检测方法。根据本发明的基于rRNA基因种专一序列的非酶扩增检测基因芯片，其包括：1)基质；2)捕获探针，所述捕获探针为基于原核生物rRNA基因种的16SrRNA专一序列，直接固定于基质表面；3)报告探针，所述报告探针是基于rRNA基因种间的高度保守序列，其末端被标记。根据本发明的技术，可以直接检测多种形式粗略样品中的核酸，而不需要核酸的抽提和扩增环节；捕获探针直接连接到芯片基质表面，简化检测步骤、减少检索成本，同时具有极高的检测灵敏度。

摘要： 本发明提供了一种细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段的筛选方法及其应用，属于微生物检测技术领域。本发明提供的筛选方法，包括筛选候选靶标片段和验证候选靶标片段两部分构成。按照本发明的筛选方法得到的细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段能够满足“种内普适性”、“种间特异性和菌外特异性”要求。

摘要： 本发明专利公开了一种基于纳米孔测序靶向富集细菌16S rRNA基因的测序方法，其方法包括如下步骤：提取临床样本中的总基因组、总基因组末端去磷酸化封闭、通用sgRNA靶向酶切病原细菌微生物16S rRNA基因组保守序列、选择性在酶切位点添加A黏性末端尾巴、并连接测序接头、根据测序数据与基因数据库进行序列对比，得到待鉴定细菌的菌种；本发明专利使用了稳定16S rRNA的V2‑V3保守基因进行靶向富集，以V2‑V3为测序起点，检测获得16S rRNA两端基因覆盖率更高，检测范围更广，分类结果更可信，本发明特异性靶向细菌16S rRNA基因建库，有效避免了宿主基因组的干扰，降低背景宿主的人源比例，提高病原体检测灵敏度和检出效率，缩短检测时间，提高纳米孔检测效率。

摘要： 本发明公开一种非诊断目的的基于细菌16S rRNA基因序列在“种”(species)水平上鉴定人体肠道菌群的方法。所述方法包括：(1)构建基于细菌操作系统发生学单元为基础的人肠道菌群16S rRNA基因参比序列库，(2)对待检测标本的16S rRNA基因进行序列测定；(3)将标本16S rRNA基因序列与16S rRNA基因参比序列库进行比对并进行菌种鉴定。本发明的方法可将人肠道菌群检测注释到“种”的水平，并揭示其多样性、构成比、丰度等数据。这些数据可用于分析人的肠道菌群是否失调，可发现是否存在已知病原菌、潜在致病菌等，可分析肠道益生菌的种类和丰度，可分析肠道菌群紊乱与健康状态、疾病等的相关性。