进化

摘要： 【目的】重复序列是真核生物基因组中重要组成部分,对物种进化、基因遗传变异、转录调控等具有重要作用。研究旨在揭示牛亚科物种重复序列特征,研究转座子和串联重复序列间的进化关系,为牛亚科物种重复序列的研究提供理论支撑。【方法】以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛以及大额牛6个牛亚科物种的基因组序列为研究对象,利用TRF和RepeatMasker软件对6个牛亚科物种基因组中的串联重复序列(tandem repeats sequence,TRs)和转座子(transposable elements,TEs)进行鉴定,并通过本地BLAST比对,分析两类重复序列间的相似性,单位点(single-locus TRs, slTRs)和多位点串联重复序列(mutiple-locus TRs, mlTRs)以及转座子内部的串联重复特征。【结果】(1)6个牛亚科物种中,重复序列在普通牛中的比例最高,为49.13%,其次为水牛46.82%、大额牛46.66%、瘤牛42.70%、野牛42.36%、牦牛42.34%;其中转座子在基因组中的比例为40.57%—45.71%,高于串联重复序列的比例(1.50%—3.42%)。(2)串联重复序列中,mlTRs的比例(76%—99%)显著高于slTRs(1%—24%),表明mlTRs为6个牛亚科物种中串联重复序列的主要组成。(3)TE-derieved的串联重复序列分析表明,TRs中43%—84%的序列来源于转座子,其中多位点串联重复序列可高达94%。(4)TRs-related转座子及其活性分析表明,与TRs具有相似性的转座子主要来自非长末端重复序列(non-Long Terminal Repeats, non-LTR),包括SINE(Short Interspersed Nuclear Element, SINE)和长末端重复序列(Long Interspersed Nuclear Element, LINE),其中SINE/Core-RTE(主要为BOV-A2)的数量(14 423—24 193)和相对丰度(4.06%—6.77%)最高,被认为是牛亚科物种中最年轻且最具活力的转座子。(5)转座子的串联重复特征分析表明,BovB在0—600 bp,L1_BT在1 500—2 700 bp的序列分别发生了大量的串联重复,与consensus序列的一致性分别达93%和87%以上,且两段区域均为非编码区。【结论】重复序列在牛亚科物种中具有相似的分布特征,non-LTR是牛亚科物种TRs-relatedTEs的重要来源,且SINE/Core-RTE(主要为BOV-A2)为牛亚科物种最年轻且最具活力的转座子;同时串联重复序列又可作为转座子内部结构的组成部分,表明串联重复序列与转座子在基因组的进化过程相互影响、相互作用。

摘要： 普罗格定位于“智慧物流价值领导者”,遵循“规划是基础、系统是核心、设备是关键、运营是保障”的螺旋进化业务理念,开创“科技+运营”的发展模式,潜心研发关键物流软硬件产品,不断提升解决方案能力,并联合生态合作伙伴,赋能客户物流优化升级。

摘要： 从地摊经济的发展历史来看,疫情后为恢复经济发展,国家放宽对地摊经济的政策无疑是一次发展契机。面对新时代互联网发展的大背景,充分结合互联网技术和互联网经济,实现双方共赢,对双方都提出了要求。本文从疫情好转国内恢复发展经济出发,对地摊经济与互联网经济的融合与再进化进行了探讨,并结合地摊经济与互联网经济的要求和特征,分析地摊经济存在和发展意义,陈述地摊经济与互联网经济的效应,并对地摊经济与互联网经济形式未来发展趋势预判。

摘要： 为探究miRNA-139进化进程及其潜在靶基因功能,以及miR-139在猪睾丸发育过程中的表达差异和变化规律,本研究通过miRbase数据库获取全物种miR-139成熟序列,在Ensembl数据库中定位miR-139在多物种基因组中的位置;通过MEGA X软件选用邻近法构建关于miR-139的系统进化树;利用RT-qPCR实验技术分析miR-139在沙子岭猪7个时期(D1、D30、D60、D90、D120、D150和D180)的睾丸组织细胞中的差异表达及变化,并使用Targetscan等多个在线软件预测可能与猪miR-139结合的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG分析。结果显示:miR-139基因在进化过程中具有较高的保守性;定量结果显示,miR-139在猪睾丸组织7个时期有差异表达,1~90 d的表达水平逐渐降低,在性发育期120 d上升又在150 d有所下降,性成熟期表达水平又显著升高;miR-139靶基因GO和KEGG分析结果显示,miR-139的靶基因主要起结合、转录前调节的作用,多个基因富集在对畜禽繁殖和生长发育有重要调控作用的信号通路;4种在线软件取交集预测保守猪源候选靶基因有25个,为SCHIP1、WDR26、DMD、MIER3、DPYSL5、CANX、ASH1L、AJAP1等。本研究发现,miR-139在物种进化过程中高度保守,并对猪睾丸的生长发育有重要影响作用,这一结果为后续进一步探讨miR-139调控猪精子发生的过程提供了理论基础。

摘要： 肿瘤的发病机制及治疗方法一直备受关注,研究肿瘤的本质及发病逻辑具有重要意义。肿瘤进化假说认为,肿瘤的发生从本质上是种群为应对环境变化而产生的适应性进化行为,肿瘤是种群、个体、系统、器官受到内外因素的影响,从而显现在进化过程中的结果差异。肿瘤的预防应从减弱进化因子的影响入手,治疗应在消灭肿瘤细胞的同时打断个体进化指令,避免肿瘤的复发和转移,肿瘤的宣教应“去肿瘤化”。本文通过研究既往科研成果,对肿瘤进化假说的框架模型和逻辑关系进行阐述,在科研和临床两方面为抗肿瘤治疗提出新思路。

摘要： 为明确葛仙米(Nostoc sphaeroides)中血红素氧合酶(Heme oxygenase,HO)基因编码蛋白的分子进化地位和高级结构,克隆该基因并进行原核细胞表达,氨基酸序列比对与分子进化分析和Swiss-model高级结构模拟。结果显示:葛仙米血红素氧合酶基因Ns-HO1密码区全长为678 bp,预编码一含225个氨基酸的蛋白质;Ns-HO1与同源蛋白氨基酸相似性达90.3%,存在少部分位点替换突变,但底物血红素的预结合位点(如Arg10和Tyr125)及金属离子结合位点(His17)等关键位点的氨基酸保持稳定。构建表达载体,葛仙米Ns-HO1在大肠杆菌中成功诱导表达,SDS-PAGE检测目的蛋白大小近26.0 kD;分子进化树分析显示Ns-HO1与普通念珠藻、发状念珠藻中同源蛋白聚类于同一分支,并与点状念珠藻中同源蛋白具有共同祖先。Ns-HO1蛋白多肽链形成8个主要α-螺旋,其中N和C末端的两个α-螺旋与第四螺旋共同为Ns-HO1高级结构提供底面支撑,其他螺旋围绕该底面进一步延展并充填其中,形成Ns-HO1分子的类夹心式结构。在高级结构中,含血红素预结合位点氨基酸的几个螺旋(第一、五和七螺旋)位于Ns-HO1分子外围,这些分支螺旋为形成Ns-HO1夹心空间以利于底物血红素锚定和产物及时释放提供了条件。总之,研究为深入了解与运用葛仙米血红素氧合酶基因的生物学功能和资源提供了基础。

摘要： 该文旨在以存在时间最长且仍被使用的广义汉传佛寺建筑为研究对象,基于存在意义的场所精神认知,对其演化过程进行归纳分析,从而提出“圣—神—人”的汉传佛寺建筑场所精神进化特征,具体包括:“坟冢—宫殿—建筑”的物化空间进化、“圣树—佛塔—佛像—空性”的祭祀崇拜进化、“世俗—神圣—世俗”的界域营造进化。以此得出:汉传佛寺建筑的演化呈现“螺旋式进化”规律的结论,形成对汉传佛寺建筑进化发展的基本认识,并进一步提出:“人”的认知的发展变化(即文化进化)是该进化规律的根本原动力。

摘要： 家兔是通过人类长期的饲养、驯化和培育,由野兔慢慢进化才形成了今天家兔的各种不同类型和品种,发展了许多对人类有益的特性,但原有的生理、生态和形态却没有完全改变。因此,家兔既有野兔固有的行为,又有进化形成的特有生活习性。当环境条件发生改变时,家兔能很快做出适应性反应,有时造成异常行为;严重时,会从过渡反应转为持续性反应,对养兔生产产生不利影响。因此,了解和掌握家兔具有独特的生活习性,对于改善饲养管理,提高养兔效益都有重要的意义。

摘要： 本文简要介绍了威宁龙街镇大寨村当地大花苗服饰文化发展的历史脉络与变迁的表现形式,最终目的在于分析其服饰文化变迁背后隐藏的原因。从文化进化与文化传播、涵化这两条研究路径出发,结合田野调查资料与文献记载分别论证与这两个研究角度相关的理论。结论认为文化进化与文化传播、涵化,或者说自然地理环境与社会文化环境的共同作用导致了当地服饰文化的变迁。此外,文化进化与文化传播、涵化之间没有一条严格的界线,二者相互联系与补充,在分析文化变迁的原因方面缺一不可。

摘要： 【目的】Mariner-like element(MLE)转座子是一类在真核生物基因组内广泛分布的DNA类转座子,以“剪切-黏贴”模式在基因组中复制扩张,可以作为一类高效稳定的工具应用于转基因、基因功能研究等领域。为了探究MLE转座子在毛竹基因组中的分布规律,揭示MLE转座子在毛竹进化过程中的演化模式,本研究对毛竹MLE转座子进行了全基因组挖掘和分析。【方法】基于水稻、大豆和毛竹目前发表的MLE转座子序列,利用IRF、Blast和Fasta等工具,根据MLE转座子序列的特异性结构末端倒置重复序列(TIR)及其所编码转座酶的保守性,对毛竹基因组中的MLE转座子进行挖掘,从毛竹基因组中筛选具有完整结构的MLE转座子。分析所获得的MLE转座子的结构特征,根据完整MLE转座子的转座调控元件,从毛竹基因组中筛选出所对应非自主转座子,通过序列提取和比对,对自主与非自主转座子的分布特点以及非自主转座子结构缺失特点进行分析。【结果】共鉴定了2个完整结构的自主MLE转座子,PhV2MLE1A和PhV2MLE2A。PhV2MLE1A全长3950 bp,编码414个氨基酸,TIR长度30 bp;PhV2MLE2A全长12990 bp,编码373个氨基酸,TIR长度49 bp。根据TIR结构的相似性,鉴定出2个自主MLE转座子所对应的非自主转座子,本试验共获得2个结构完整的自主MLE转座子,以及各自对应的非自主转座子,同时发现不同的非自主转座子的结构缺失情况并无规律。所鉴定到的MLE转座子在毛竹基因组中的分布存在随机性,在毛竹基因组中偏好插入保守序列TA之间。【结论】毛竹基因组中分布着大量的MLE转座子,其中绝大多数在进化过程中由于转座酶结构缺失,失去了转座活性。

摘要： 基于扩展的动态克隆选择的入侵检测模型,在动态克隆中引入小生境技术对成熟检测器进行进化,以增加检测器的有效性和多样性.实验结果表明,引入小生境技术的动态克隆选择算法能够较准确地检测出已知和未知的入侵行为.

摘要： 犬在自身进化进程中受到人类的影响很大,在犬的食物、生存环境及行为(被驯化)的变化下,正在逐渐地被"人性化"。

摘要： 听觉是昆虫感受外部世界的重要方式,许多昆虫的召唤、求偶、御敌和对抗都要依靠声波信息,这对于昆虫的生存具有极其重要的意义。昆虫听觉的研究已经有了相当长的时间,对听觉系统的结构基础,与听觉有关的行为和形态,听觉的生理和功能,听觉的神经系统,听觉系统的起源和进化有了很深的认识,并且愈加全面和深入。随着多个学科的不断交叉和互相影响,目前人们也从更多的角度和方向来研究昆虫的听觉,探索昆虫听觉的非线性和多层次的生物学意义。本文旨在对昆虫的听觉进行简要介绍。

摘要： 在现有复杂社会系统的组元、结构、功能的系统概念基础上,增加系统运行、产品和进化等概念,为认识、理解复杂社会系统提供了准确而完整的系统概念架构;提升与完善系统认识方法("物理-事理-文化"系统方法论)与企业建模理论,使其成为对复杂社会系统的认识方法与系统研究方法(系统模型方法论),为复杂系统的运行与进化的认识、描述和研究提供了科学而准确的方法和技术手段,使复杂系统的模型研究、系统仿真成为复杂系统研究和发展的科学手段.以系统模型作为系统知识模型,建立相应的知识管理系统,实现系统知识的转化、传输、共享、使用、存储的有效管理,使我们的社会在逐步实现信息化的同时真正建成知识化社会、创新型国家.

摘要： 大公司出于谋求发展的战略目的,对与自身产品或生产技术相关的新创企业进行风险投资.根据超循环理论,在这种出于战略目的而进行的公司风险投资中,大公司与新创企业由于功能上的相互耦合构成了超循环组织,并在自我促进和互相促进中,使得双方都能得到对方的催化支持,从而在更高的层次上加速对方的发展,不断实现进化.

摘要： 微孢子虫作为一类专营细胞内寄生的低等的原生动物,有着比较悠久的进化历史.微孢子虫是一种既具有真核生物特征又具有原核生物特征的生物,同样具有生物多样性的本质,本论文尝试用生物多样性的概念和原理,阐述原始的真核寄生虫微孢子虫的生物多样性的研究概况.

摘要： 本发明提出一种改进群机器人进化能力的异质同质群体协同进化方法（TORCH），在TORCH的进化过程中，群体中的个体交替选择不同的策略和相同的策略，能用来同时评估多个策略，以提高策略进化的效率。基于提出的TORCH，群机器人可以通过与环境的交互来进化策略。群机器人的策略进化是在局部信息条件下进行的，进化后的策略更适合于分布式任务场景。同时提出了一种基于行为表达树的行为策略表达方法，对表达树进行了扩展，提高了进化策略的可解释性。TORCH使群机器人的策略在局部信息条件下进化，使进化策略更适应分布式任务场景而不是特定的任务场景的方法，以提高进化策略的适应性。

摘要： 一种基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法，包括以下步骤：在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来降低构象空间维数；将进化种群依相似度划分为多个子种群，子种群之间协同进化，可以提高种群个体多样性；进化过程被划分为三个阶段，在不同的阶段采用不同的变异交叉策略，可以避免早熟收敛问题；结合差分进化算法较强的全局搜索能力，可以对构象空间进行有效的采样，搜索得到较高精度的近天然态构象。本发明基于差分进化算法，提出一种构象空间搜索维数较低、收敛速度较快、预测精度较高的基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法。

摘要： 本发明公开了一种结合进化多目标及进化多任务的检测模型优化方法及系统，属于目标检测技术领域，包括构建辅助任务，辅助任务为基于爬山搜索算法对目标检测模型中的权重进行优化；构建主任务，主任务为基于进化多目标方法对第一目标函数和第二目标函数进行优化求解，第一目标函数为分类损失函数，第二目标函数为回归损失函数；对辅助任务和主任务进行求解，并将辅助任务搜索过程中得到的解作为个体迁移到主任务的种群中，完成模型优化。本发明可求求解出一组相互权衡的解，并降低目标检测模型优化过程的时间复杂度。

摘要： 本发明提出一种改进群机器人进化能力的异质同质群体协同进化方法（TORCH），在TORCH的进化过程中，群体中的个体交替选择不同的策略和相同的策略，能用来同时评估多个策略，以提高策略进化的效率。基于提出的TORCH，群机器人可以通过与环境的交互来进化策略。群机器人的策略进化是在局部信息条件下进行的，进化后的策略更适合于分布式任务场景。同时提出了一种基于行为表达树的行为策略表达方法，对表达树进行了扩展，提高了进化策略的可解释性。TORCH使群机器人的策略在局部信息条件下进化，使进化策略更适应分布式任务场景而不是特定的任务场景的方法，以提高进化策略的适应性。

摘要： 本发明属于实验仪器设备领域，具体涉及一种多功能高通量定向进化系统及定向进化方法。所述定向进化系统，包括：恒温装置、培养液单元、诱导剂单元、微生物培养单元、进化单元、信号检测单元、信号读取装置、空气过滤器、泵；培养液单元与微生物培养单元无菌连通；诱导剂单元和进化单元无菌连通；微生物培养单元和进化单元无菌连通；进化单元和信号检测单元无菌连通；信号检测单元和信号读取装置电连接；所述培养液单元、诱导剂单元、微生物培养单元和进化单元上分别设置有空气过滤器。本发明的设备及使用方法，可以实现在生物体内对目标基因自动进化，避免文库的建立以及大量的筛选工作和过多的人工干预，实现自动、高通量的定向进化。

摘要： 本发明公开了一种进化神经网络的构建方法，包括：利用卷积层、反射填补层和批归一化层封装创建并初始化，N个网络染色体的网络染色体种群；计算并获得网络染色体种群中任一网络染色体的均方误差，并预设均方误差的阀值；采用两次松弛二进制竞赛选择算法选出两个父代网络染色体个体；对所述两个父代网络染色体个体进行对齐、交叉操作，得到两个子代网络染色体；选取任一子代网络染色体进行变异，直至得到N个网络染色体个体的子代种群；采用精英选择策略在N个网络染色体的网络染色体种群和N个网络染色体个体的子代种群中选出(N‑x)个网络染色体个体，并重复交叉、变异，得到N个优化子代种群，选出最优的网络染色体作为进化神经网络。

摘要： 本发明公开了一种基于协同进化和协方差的进化算法，具体包括如下步骤：步骤1,初始化种群；步骤2,针对步骤1产生的初始种群，利用扩展的差分分组，根据变量之间的相关性，对变量进行分组，将相关性变量分为一组；步骤3,对扩展的差分分组之后的种群进行协同进化；步骤4,繁殖；步骤5,对进化后的种群利用协方差进行特征分析；步骤6,选择；步骤7,判断是否满足终止条件，若函数评价次数FES进化，若函数评价次数FES≥MAXFES,则停止进化，其中MAXFES为最大函数评价次数。本发明将搜索空间中的数据投影到特征坐标系分析数据的特征，最后投影到原搜索空间，使得进化朝着好的方向进行演化，增强算法的全局搜索能力，加快其收敛速度。

摘要： 本说明书提供了进化的碱基编辑器，该进化的碱基编辑器克服了现有技术中那些碱基编辑器的缺陷(包括提高效率和/或降低对编辑位点处特定的序列背景的需求)，并且通过噬菌体辅助连续进化(PACE)系统获得。特别是，本说明书提供了进化的胞苷碱基编辑器(例如，基于APOBEC1、CDA或AID胞苷脱氨酶结构域)，该进化的胞苷碱基编辑器克服了现有技术中那些碱基编辑器的缺陷(包括提高效率和/或降低对编辑位点处特定的序列背景的需求)，并且通过噬菌体辅助连续进化(PACE)系统获得。

摘要： 本发明涉及膜蛋白定向进化领域，特别涉及一种质粒以及噬菌体辅助的连续定向进化系统和定向进化方法。一种质粒，包括AP1质粒和AP2质粒中的一种或两种；AP1质粒携带gIII基因，并且该质粒的启动子与核糖体结合位点之间设置有功能蛋白识别位点；AP2质粒携带功能蛋白基因。本发明设计新的辅助质粒AP1和AP2，将目标蛋白对胞内外底物分子的转运活性与AP1上的gIII表达偶联，通过这种间接的方式将SP的繁殖能力与目标蛋白的活性偶联，达到连续定向进化目的蛋白的效果。

摘要： 本发明公开了协同进化的多目标差分进化方法，该方法在每一代迭代过程中维持两个种群：进化种群和竞争种群，初始化阶段，在待优化问题的决策空间中随机产生两个同等规模的进化种群和竞争种群；在逐代进化过程中对进化种群依次执行差分变异、差分交叉和差分选择操作，以生成子代种群；将子代种群和竞争种群合并获得临时中间种群，运用快速非支配排序方法对中间种群进行排序，选取前面较优的若干个体组成下一代进化种群；基于排序结果和拥挤距离策略更新外部档案集，并利子代种群更新竞争种群；上述过程反复执行，直至满足终止条件。本发明的方法有效解决了遗传算法易于早熟收敛和差分进化收敛速度慢的问题，显著改善了多目标进化算法的整体性能。