一种基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法

摘要

一种基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法，包括以下步骤：在差分进化算法框架下，采用Rosetta Score3粗粒度知识能量模型来降低构象空间维数；将进化种群依相似度划分为多个子种群，子种群之间协同进化，可以提高种群个体多样性；进化过程被划分为三个阶段，在不同的阶段采用不同的变异交叉策略，可以避免早熟收敛问题；结合差分进化算法较强的全局搜索能力，可以对构象空间进行有效的采样，搜索得到较高精度的近天然态构象。本发明基于差分进化算法，提出一种构象空间搜索维数较低、收敛速度较快、预测精度较高的基于多阶段子群协同进化策略的差分进化蛋白质结构从头预测方法。