碱基序列

摘要： DNA N4-胞嘧啶甲基化(N4-methylcytosine,4mC)是一种重要的表观遗传修饰,能在基因表达、细胞修复、DNA复制及保护等方面发挥作用.机器学习算法在预测4mC位点时,一个重要的环节是特征提取,为更充分地提取数据特征,进一步提高4mC位点的预测准确率,提出了一种基于双层卷积神经网络的4mC位点预测模型.首先,将序列数据进行特征编码,搭建具有双卷积层和双池化层的卷积神经网络模型,采用L2范式正则化避免模型过拟合,并采用10折交叉验证保证模型预测的稳定性;其次,对模型参数进行调试,选取预测能力较高的参数组合进行模型训练;最后,将模型的4mC位点预测能力与几种已有算法进行比较.结果表明,双层卷积神经网络模型具有较好的预测性能和鲁棒性,优于基于一般机器学习和单层卷积神经网络的4mC位点预测算法,有效提高了4mC位点的预测能力.

摘要： mRNA,即Messenger RNA(信使核糖核酸),是把遗传信息从DNA传递到蛋白质的信使。通俗来讲,mRNA复制了细胞核中双链DNA的一条链的遗传信息,随即离开细胞核在细胞质中生成蛋白质。在细胞质中,核糖体沿着mRNA移动,读取其碱基序列,并翻译成其相应的氨基酸,最终形成蛋白质(如图1)。

摘要： 针对花粉管通道法导入苦瓜DNA的籼稻子代D9和受体RT,采用Illumina HiSeqTM平台进行全基因组重测序,分析了精米的基本营养成分、总皂苷成分以及膨胀势和米饭的食味品质.结果表明:苦瓜的部分DNA片段被整合进了受体水稻的DNA中,使生理活性成分总皂苷含量显著提高;苦瓜基因对水稻的营养成分有改善作用,使脂肪含量增加,膳食纤维与灰分的含量有所减少.

摘要： 生物体具有精妙绝伦的信息系统。2010年,美国J.Craig Venter研究院将化学合成的约1 Mb的基因组DNA导入受体细菌,成功启动了世界首个“人造生命”辛西娅。这条基因组携带有46位科学家的姓名和一个专属邮箱地址,诉说着人类作为造物主,设计生命、书写遗传密码的浪漫主义情怀。如今,虽然我们对基因组的奥秘仍一知半解,将人工信息写入DNA分子却已成为触手可及的技术现实。DNA信息存储从狭义上讲,是以线性碱基序列的形式,合成并保存编码任意数字信息的DNA分子;从广义上讲,意味着数字信息与生命信息的物理融合。2018年底,美国国家标准技术研究所、国际半导体研究联盟、美国情报高级研究计划局等联合发布《半导体合成生物学路线图》;2021年5月,我国科技部发布了“十四五”国家重点研发计划“生物与信息融合”(BT与IT融合)重点专项项目申报指南。这代表着世界两大经济体对于以DNA存储为代表的未来颠覆性融合技术的顶层认可。

摘要： "自分教学",即称自然分材教学,旨在营造以幸福指数、感情调节和师生合作为标志的和谐氛围,建构由自学、互帮、释疑、练习和反思组成的实践形态,并借助一系列新的教学策略和自学指导书、互帮显示板、信息沟通牌、问题跟踪卷和师徒合作制等辅助手段,实现弱生上进、优者更优、全体学生齐发展的目标。自分教学是由华东师范大学熊川武教授从我国实际出发,在对传统的"因材施教"进行扬弃的基础上提出来的。长沙市麓山滨江实验学校(以下简称"麓山滨江")在熊川武教授教研团队的理论指导下,借鉴全国其他学校"自然分材教学"改革经验,结合学校的实际特点,经过近4年的努力形成了具有本校特色的"自然分材教学"模式。这一模式已经深刻地改变了麓山滨江的老师、学生、课堂,提升了学校的软实力。

摘要： 限制性核酸内切酶,又称限制酶,是一类可以识别并附着特定的脱氧核苷酸序列,并对每条主链中特定部位的两个脱氧核糖核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的酶,简称限制酶。根据限制酶的结构,辅助因子的需求切位与作用方式,可将限制酶分为三种类型:Type Ⅰ、Type Ⅱ及Type ID。Ⅰ型限制酶既能催化宿主DMA的甲基化,又催化非甲基化的DNA的水解;Ⅱ型限制酶只催化非甲基化的DNA的水解;瓜型限制酶同时具有修饰及认知切割的作用。由于Ⅱ型限制酶所识别的位置多为短的回文序列,所剪切的碱基序列通常即为所识别的序列,所以是基因工程上实用性较高的限制酶种类,如,EcoRⅠ、HindⅢ。

摘要： 目的构建人细胞分裂周期25家族蛋白B（Cdc25B）基因启动子（promoter）荧光素酶报告基因载体p GL3-Cdc25B-promoter,并检测其转录活性。方法应用欧洲启动子在线数据库（EPD）获得人Cdc25B基因5＇端非编码区处包含转录起始位点在内的-2000～＋100的DNA序列。以正常人全血基因组DNA为模板,利用PCR扩增该序列,并插入到p GL3-Basic荧光素酶报告基因载体上。通过设计不同引物,进一步构建系列缺失体,共获得7个不同长度启动子序列的报告基因载体。将其与内参质粒pRL-TK瞬时共转染He La细胞,通过双荧光素酶报告基因活性测定实验检测不同缺失体的转录活性。利用定点突变及RNA干扰（RNAi）探究预测的转录因子对Cdc25B转录活性的影响。结果构建的人Cdc25B基因启动子荧光素酶报告基因载体p GL3-Cdc25B-promoter经酶切鉴定及测序结果比对完全正确,将其转染He La细胞后,检测到荧光素酶高表达（P〈0.05）。启动子系列缺失分析显示-160～-53片段包含基本核心启动子,与生物信息学的预测结果一致。定点突变及RNA干扰显示NF-YB转录因子对Cdc25B起正调控作用。结论成功构建了7个具有转录活性的人Cdc25B启动子缺失片段,确定了NF-YB是Cdc25B转录的一个重要调控因子,为进一步将其用于抗肿瘤药物的筛选与评价奠定了基础。

摘要： 目的 构建人细胞分裂周期25家族蛋白B(Cdc25B)基因启动子(promoter)荧光素酶报告基因载体pGL3-Cdc25B-promoter,并检测其转录活性.方法 应用欧洲启动子在线数据库(EPD)获得人Cdc25B基因5′端非编码区处包含转录起始位点在内的-2000～+100的DNA序列.以正常人全血基因组DNA为模板,利用PCR扩增该序列,并插入到pGL3-Basic荧光素酶报告基因载体上.通过设计不同引物,进一步构建系列缺失体,共获得7个不同长度启动子序列的报告基因载体.将其与内参质粒pRL-TK瞬时共转染HeLa细胞,通过双荧光素酶报告基因活性测定实验检测不同缺失体的转录活性.利用定点突变及RNA干扰(RNAi)探究预测的转录因子对Cdc25B转录活性的影响.结果 构建的人Cdc25B基因启动子荧光素酶报告基因载体pGL3-Cdc25B-promoter经酶切鉴定及测序结果比对完全正确,将其转染HeLa细胞后,检测到荧光素酶高表达(P<0.05).启动子系列缺失分析显示-160～-53片段包含基本核心启动子,与生物信息学的预测结果一致.定点突变及RNA干扰显示NF-YB转录因子对Cdc25B起正调控作用.结论 成功构建了7个具有转录活性的人Cdc25B启动子缺失片段,确定了NF-YB是Cdc25B转录的一个重要调控因子,为进一步将其用于抗肿瘤药物的筛选与评价奠定了基础.

摘要： 为了快速准确地鉴定毛绒制品的成分,采用分子生物学手段建立了适用于羊毛、羊绒及羊驼绒的PCR扩增体系,同时进行方法特异性及灵敏度研究.结果表明利用设计的特异性引物可针对性扩增相应的Cytb的基因片段,利用片段长度不同可鉴别出不同的毛绒组分.利用该扩增体系扩增不同来源Cytb基因的灵敏度可达0.5％.采用建立的方法体系对混合毛绒制品进行了定性分析,结果显示当羊绒含量仅为0.5％时即可准确地鉴定出来.该方法简单易行且灵敏度高,可应用于毛绒制品日常检测.

摘要： 为了研究散发型甲状腺髓样癌(sporadic medullary thyroid carcinoma,sMTC)酪氨酸激酶受体(RET)基因的突变情况,我们采用PCR、基因序列测定技术,检测了17例sMTC和4例正常甲状腺组织该基因包含第13外显子在内的第18852～19042位点之间的碱基序列,序列测定结果与Genebank中正常碱基序列比较发现所有sMTC和正常甲状腺组织的第18973和18974位点之间均有一个鸟嘌呤插入,本文对其发生的可能原因进行了讨论.本文介绍了实验的材料和仪器及试剂。并详细给出了方法步骤：1、基因组DNA提取；2、PCR反应扩增目的基因；3、从琼脂糖凝胶中回收目的基因DNA；4、目的基因DNA序列分析。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 基因是人类一切生命活动的分子基础.人类有10万全基因,30亿对碱基,可以表达几十万种蛋白质,实现人体的各种生理机能,维持人类种族的遗传和正常的生命活动.随着人类基因计划的即将完成,我们将得到人类基因组的全部的碱基序列,克隆出人体全部基因,并表达出相应的蛋白质.近年来的研究显示,人体内每100-1000个碱基对中,就可能有一个核苷酸突变,因此估计人类有300万个有差异的序列.这种有差异的基因可以遗传,表达,产生不同的基因型和多态性.这些将决定人类的种族差异和个体差异;决定不同人群对环境的适应能力;对疾病的易感性和对药物的敏感性,即所谓的核苷酸多态性(SNP).本文探讨，一、DNACHIP的基本原理，二、DNACHIP的应用。

摘要： 将删除33个碱基序列的CAVDNA克隆进质粒pSBⅡ,提取质粒DNA,经过纯化、定量后作为竞争性模板,建立了一种定量检测鸡传染性贫血病毒核酸方法.该方法能够检测出的最低CAVDNA为103.5Molecules/μl,其精确度可达到100.5Molecules/μl.该方法与传统方法相比,具有节省时间、节约试剂和受其它因素干扰小等特点。

摘要： 目的:本研究通过克隆广西巴马小型猪的血清淀粉样P物质基因全cDNA序列,来分析SAP基因的结构特点与其他物种间的聚类关系.rn 方法:根据GenBank上发表的猪的SAP基因序列的保守性来设计引物,以广西巴马小型猪血液为实验材料,采川RT-PCR方法,通过扩增、连接、转化、测序和分析,获得了SAP基因cDNA片段。rn 结果:扩增得到了长度为928个碱基的序列。序列分析表明,广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有99.1％、76.9％的同源性。与猪相比,在第537bp处碱基由G变成A,而氨基酸没有发生变化,为同义突变。以上研究结果表明SAP基因在哺乳动物内有较高的保守性。

摘要： 目的:本研究通过克隆广西巴马小型猪的血清淀粉样P物质基因全cDNA序列,来分析SAP基因的结构特点与其他物种间的聚类关系.rn 方法:根据GenBank上发表的猪的SAP基因序列的保守性来设计引物,以广西巴马小型猪血液为实验材料,采川RT-PCR方法,通过扩增、连接、转化、测序和分析,获得了SAP基因cDNA片段。rn 结果:扩增得到了长度为928个碱基的序列。序列分析表明,广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有99.1％、76.9％的同源性。与猪相比,在第537bp处碱基由G变成A,而氨基酸没有发生变化,为同义突变。以上研究结果表明SAP基因在哺乳动物内有较高的保守性。

摘要： 目的:本研究通过克隆广西巴马小型猪的血清淀粉样P物质基因全cDNA序列,来分析SAP基因的结构特点与其他物种间的聚类关系.rn 方法:根据GenBank上发表的猪的SAP基因序列的保守性来设计引物,以广西巴马小型猪血液为实验材料,采川RT-PCR方法,通过扩增、连接、转化、测序和分析,获得了SAP基因cDNA片段。rn 结果:扩增得到了长度为928个碱基的序列。序列分析表明,广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有99.1％、76.9％的同源性。与猪相比,在第537bp处碱基由G变成A,而氨基酸没有发生变化,为同义突变。以上研究结果表明SAP基因在哺乳动物内有较高的保守性。

摘要： 目的:本研究通过克隆广西巴马小型猪的血清淀粉样P物质基因全cDNA序列,来分析SAP基因的结构特点与其他物种间的聚类关系.rn 方法:根据GenBank上发表的猪的SAP基因序列的保守性来设计引物,以广西巴马小型猪血液为实验材料,采川RT-PCR方法,通过扩增、连接、转化、测序和分析,获得了SAP基因cDNA片段。rn 结果:扩增得到了长度为928个碱基的序列。序列分析表明,广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有99.1％、76.9％的同源性。与猪相比,在第537bp处碱基由G变成A,而氨基酸没有发生变化,为同义突变。以上研究结果表明SAP基因在哺乳动物内有较高的保守性。

摘要： 目的:本研究通过克隆广西巴马小型猪的血清淀粉样P物质基因全cDNA序列,来分析SAP基因的结构特点与其他物种间的聚类关系.rn 方法:根据GenBank上发表的猪的SAP基因序列的保守性来设计引物,以广西巴马小型猪血液为实验材料,采川RT-PCR方法,通过扩增、连接、转化、测序和分析,获得了SAP基因cDNA片段。rn 结果:扩增得到了长度为928个碱基的序列。序列分析表明,广西巴马小型猪SAP基因与普通猪和人类分别有99.1％、76.9％的同源性。与猪相比,在第537bp处碱基由G变成A,而氨基酸没有发生变化,为同义突变。以上研究结果表明SAP基因在哺乳动物内有较高的保守性。

摘要： 本发明涉及包含单核苷酸序列的多核酸探针，所述单核苷酸序列与用于检测多种核酸的生物标志物结合。通过本发明所述的设计人工核苷酸序列的方法设计的人工核苷酸序列显示出与所有模拟物更好的杂交反应性，并且包含人工核苷酸序列的多核酸探针被设计成使得单个诊断探针能够同时结合多种类型的具有意义的核酸，以检测样品中的整体表达产物。相应地，本申请使用单个诊断探针可实现核酸生物标志物的超多重诊断，由此可以提高诊断能力并且可以显著降低检查成本。

摘要： 本发明涉及直接在正向(Forward)引物或反向(Reverse)引物的5'末端使用互补碱基序列或包含错配碱基序列的互补碱基序列或者使用肌苷(Inosine)作为连接肽(linker)的用于聚合酶链式反应的引物及包括在包含上述引物的聚合酶链式反应组合物中混合核酸模板后，对上述混合物执行聚合酶链式反应的步骤的聚合酶链式反应方法。本发明的聚合酶链式反应用引物具有如下的优点，即，直接与5'位置相连接或者借助连接肽相连接的互补碱基序列或在互补碱基序列内包含错配碱基(mis‑matched)序列，从而在聚合酶链式反应中，减少基于扩增产物增加的敏感度增加及非特异发生的反应。

摘要： 针对多核苷酸在电极对之间通过时产生的隧穿电流的多个脉冲，对各脉冲测定最大电流值和脉冲持续时间，基于该最大电流值和脉冲持续时间确定多核苷酸的碱基序列。

摘要： 本发明从RNA干扰的目标基因的碱基序列中搜索符合下述规则(a)－(d)的序列部位，根据搜索结果进行能够产生RNA干扰的小干扰RNA(siRNA)的设计、合成等。(a)3’末端的碱基是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)。(b)5’末端的碱基是鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)。(c)3’末端的7碱基序列中富含由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)组成的群组中选择的1或1种以上的碱基。(d)碱基数在产生RNA干扰且不产生细胞毒性的范围内。

摘要： 本发明涉及直接在正向(Forward)引物或反向(Reverse)引物的5'末端使用互补碱基序列或包含错配碱基序列的互补碱基序列或者使用肌苷(Inosine)作为连接肽(linker)的用于聚合酶链式反应的引物及包括在包含上述引物的聚合酶链式反应组合物中混合核酸模板后，对上述混合物执行聚合酶链式反应的步骤的聚合酶链式反应方法。本发明的聚合酶链式反应用引物具有如下的优点，即，直接与5'位置相连接或者借助连接肽相连接的互补碱基序列或在互补碱基序列内包含错配碱基(mis‑matched)序列，从而在聚合酶链式反应中，减少基于扩增产物增加的敏感度增加及非特异发生的反应。

摘要： 针对多核苷酸在电极对之间通过时产生的隧穿电流的多个脉冲，对各脉冲测定最大电流值和脉冲持续时间，基于该最大电流值和脉冲持续时间确定多核苷酸的碱基序列。

摘要： 本发明涉及碱基序列分析方法和碱基序列分析装置。该碱基序列分析方法包括：核酸扩增步骤，通过核酸扩增反应获得扩增产物，浑浊度测量步骤，测量核酸扩增反应的反应溶液的浑浊度，以及熔解曲线分析步骤，对位于核酸扩增反应的反应场所的探针核酸链和扩增产物执行熔解曲线分析。

摘要： 提供一种碱基序列检测装置及碱基序列自动解析装置。包括：流路，设于碱基序列检测片上，由片盒上盖和密封构件沿药液或空气的流动方向设置多个；工作电极，沿上述流路各一个地设置多个，将探头固定化；对电极，在流路的内周面对应于工作电极各一个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；参比电极，在流路的内周面对应于工作电极各1个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；送入口，从上述流路的上游侧将药液或空气送入到流路内；该送出口从流路的下游侧送出流路内的药液或空气；试样注入口，将试样注入到流路内。

摘要： 提供一种碱基序列检测装置及碱基序列自动解析装置。包括流路(601)、工作电极(501)、对电极(502)、参比电极(503)、送入口(116a)、送出口、及试样注入口(119)；该流路(601)设于碱基序列检测片(21)上，由片盒上盖(112)和密封构件(24a)沿药液或空气的流动方向设置多个；该工作电极(501)沿上述流路(601)各一个地设置多个，将探头固定化；该对电极(502)在流路的内周面对应于工作电极(501)各一个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；该参比电极(503)在流路(601)的内周面对应于工作电极(501)各1个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；该送入口(116a)从上述流路(601)的上游侧将药液或空气送入到流路(601)内；该送出口从流路的下游侧送出流路内的药液或空气；该试样注入口(119)将试样注入到流路(601)内。

摘要： 提供一种碱基序列检测装置及碱基序列自动解析装置。包括流路(601)、工作电极(501)、对电极(502)、参比电极(503)、送入口(116a)、送出口、及试样注入口(119)；该流路(601)设于碱基序列检测片(21)上，由片盒上盖(112)和密封构件(24a)沿药液或空气的流动方向设置多个；该工作电极(501)沿上述流路(601)各一个地设置多个，将探头固定化；该对电极(502)在流路的内周面对应于工作电极(501)各一个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；该参比电极(503)在流路(601)的内周面对应于工作电极(501)各1个地设置多个，分别位于与片表面平行的平面地配置；该送入口(116a)从上述流路(601)的上游侧将药液或空气送入到流路(601)内；该送出口从流路的下游侧送出流路内的药液或空气；该试样注入口(119)将试样注入到流路(601)内。