16SrRNA

摘要： 为了分析细菌16S rRNA基因可变区与其全长序列之间进化关系的相似性,对核糖体数据库项目(RDP)所提供的细菌16S rRNA基因进行了研究.在对可变区进行截取、筛选等数据预处理后,对可变区实际碱基数目和操作分类单元数目进行了统计分析.结果显示,V2、V3、V4可变区,特别是V2、V4可变区,不仅在序列长度上较长,实际碱基数目也大大超过其他可变区,较其他可变区包含更多的序列信息;建立了层次距离矩阵算法,计算出V2、V3、V4可变区与全长序列所构建的进化树之间的距离差异值分别为59052、87154、45848,可见V4可变区在进化关系上更接近全长序列,使用V4可变区构建进化树的可信度要优于V2、V3可变区,且层次距离矩阵算法比一些传统的距离与相似度算法具有更好的性能.

摘要： 目的探究T1L和NBV两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群结构的影响。方法将25只小鼠随机分为5组(对照组、NBV滴鼻组、NBV灌胃组、T1L滴鼻组、T1L灌胃组),每组5只。对照组用PBS灌胃,其余组别均用2×10^(7) PFU/mL病毒滴度感染小鼠。7 d后采集小鼠粪便,从每组5个样本中选出粪便重量较重的3个样本,对粪便DNA进行V3+V4可变区特异性扩增,运用16S rRNA测序分析小鼠粪便中菌群的丰度、多样性及物种组成结构。结果T1L和NBV灌毒后的小鼠肠道菌群丰度和多样性与对照组相比有所下降,且T1L滴鼻组下降最为显著(P<0.05);与NBV灌胃组相比,NBV滴鼻组的菌群丰度和多样性增加显著(P<0.05)。在门的级别上,T1L和NBV灌胃组中厚壁菌(Firmicutes)丰度明显减少,T1L和NBV滴鼻组中拟杆菌(Bacteroidetes)丰度明显减少;在属的级别上,T1L滴鼻组、T1L灌胃组和NBV灌胃组中罗姆布茨菌(Romboutsia)丰度明显减少,T1L滴鼻组中别样杆菌(Alistipes)丰度明显增加(P<0.05)。结论T1L和NBV感染小鼠会降低菌群的丰度和多样性,可能通过有益菌减少或致病菌增多来破坏菌群平衡。此外,病毒的感染方式不同,对菌群的影响也有所不同。

摘要： 研究大果山楂发酵液对高脂饮食小鼠体质量、体脂肪、血脂及肠道菌群的影响。将32只C57BL/6雄性小鼠随机分为4组:正常组、高脂饮食组、低浓度大果山楂发酵液组和高浓度大果山楂发酵液组,处理12周,测定相关肥胖指标和肠道菌群。结果表明,大果山楂发酵液可抑制由高脂饮食导致的体质量、内脏脂肪指数和肝脏指数增加;降低高脂饮食小鼠总胆固醇(TC)、肝甘油三酯(TG)和低密度脂蛋白(LDL)含量;增加高脂饮食小鼠肠道菌群丰度和多样性,提高拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度,降低厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度;8种菌的相对丰度在高脂饮食组和大果山楂发酵液组差异显著(P<0.05)。

摘要： 目的:探讨躯体症状障碍(SDD)患者肠道菌群多样性及物种相对丰度特征。方法:收集25例SSD患者为SSD组,同时招募与SSD组年龄、性别、教育程度匹配的健康对照25名为对照组,收集受试者一般资料及临床资料;采集大便样本并应用16S rRNA高通量测序分析肠道菌群特征,比较两组间α多样性和β多样性差异以及物种相对丰度差异。对SSD组中组间差异菌群特征与临床心理特征作Spearman相关分析。结果:SSD组α多样性中的observed species指数(Z=-2.089,P=0.037)、shannon指数(Z=-2.309,P=0.021)较低,simpson指数较高(Z=-2.573,P=0.010)。β多样性聚类分析未能有效区分SSD组与对照组。物种相对丰度分析显示SSD组在埃希氏杆菌属及其所属的科、目、纲水平含量均较对照组明显增加(t=2.177、2.229、2.229、2.238,P=0.038、0.032、0.032、0.032)。相关分析未发现差异α多样性指标或菌属相对丰度与临床心理特征之间有相关。结论:SSD患者存在肠道菌群失调,表现为菌群多样性降低,潜在致病菌埃希氏杆菌属增加,可能有助于了解其病理机制。

摘要： 目的探讨锝[^(99)Tc]亚甲基二膦酸盐注射液(^(99)Tc-MDP)治疗类风湿关节炎(RA)患者前后的肠道菌群变化。方法采集RA患者在应用^(99)Tc-MDP治疗前和治疗后的新鲜粪便样本各32例,提取粪便基因组DNA,利用Illumina Miseq测序平台对样本16S rRNA V3-V4区域进行测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果Alpha多样性分析中,两组样本间Chao、observed species、Shannon及Simpson指数差异无统计学意义,但治疗后组均大于治疗前组。肠道菌群组成及结构差异分析显示门水平上两组所含优势菌群的相对丰度差异无统计学意义,而软壁菌门(Tenericutes)的相对丰度在经治疗后降低(P<0.05)。属水平上,治疗后组的瘤胃菌属、丁酸菌、克里斯滕森菌属_R-7_group、霍尔德曼氏菌属等菌属的相对丰度减少(P<0.05),而巴氏杆菌属、毛绒厌氧杆菌属及口腔杆菌属的相对丰度增加(P<0.05)。结论RA患者经^(99)Tc-MDP治疗前后的肠道菌群出现一定差异,且多样性有一定程度升高。

摘要： 牦牛乳的营养价值很高,是一种天然、绿色且健康的特色奶源,有十分广阔的市场开发价值。为了了解不同温度贮藏条件下细菌对牦牛牛乳品质的影响和危害,本研究检测了在4°C、15°C、20°C温度下储存的牦牛牛乳中细菌菌落总数的变化和细菌生长特征。用稀释涂布和划线分离结合的方法对牛乳中的细菌进行了分离,通过形态学特征、生理生化试验和16S rRNA序列比对进行菌株鉴定。实验结果表明,从牦牛乳中分离出的细菌主要包括不动杆菌属(Acinetobacter)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜根寡养单胞菌(Stenotrophomonas rhizophila)、短波单胞菌(Brevundimonas)和拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)。本研究分析了储存温度对牦牛牛乳中可培养细菌的多样性及其对牛乳品质的潜在影响,为牦牛牛乳食品安全控制提供科学依据。

摘要： 研究旨在鉴定引起犊牛呼吸系统疾病的细菌性病原,选择38份采集自阿克苏地区某规模化牛场病牛病料组织,进行细菌分离鉴定、16S rRNA基因鉴定、动物试验以及PCR扩增等。结果显示,分离株对营养要求很低,在麦康凯琼脂培养基上形成粉红色、边缘整齐、表面光滑湿润的菌落;在伊红美蓝琼脂上产生黑色带金属光泽的菌落;综合生化试验结果等确定分离株为肠外致病性大肠杆菌。将分离株注入小鼠体内,从死亡小鼠的肺脏和肝脏中可分离得到相同种类菌株。毒力扩增结果显示,分离株中毒力基因hlyF的携带率最高,为46.15%;ST、LT、Stx1、eae等4种毒力基因携带率为0;fimC、fyuA和ompC的携带率依次为38.46%、34.61%和11.53%。研究表明,阿克苏地区存在犊牛肺源致病性大肠杆菌,各规模化养殖牛场需引起重视。

摘要： 草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失。利用16S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性。试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样性分析结果显示,1号池草鱼肝脏中的菌群丰度和多样性最高;β多样性分析结果显示,1号池草鱼的皮肤、2号池草鱼的皮肤与2号池草鱼的肝脏群落结构相似,但1号池草鱼的肝脏与这3个样品存在差异,分析推测1号池草鱼感染情况较2号池复杂。患病草鱼皮肤和肝脏细菌群落结构以拟杆菌门和变形杆菌门为优势菌门,以黄杆菌属和希瓦氏菌属为优势菌属,推测其是引发本次草鱼病害的优势病原细菌。试验结果可为前期病害防治提供科学依据,也可为后期细菌分离鉴定提供优势菌群的参考。

摘要： 【目的】在生物学研究及生物制品生产中易发生支原体污染,针对我国当前支原体检验方法在时效性和敏感性上的不足,建立一种简便快速、特异敏感的支原体检验PCR方法。【方法】从SILVA数据库下载包含全部细菌、古菌和真菌的核糖体rRNA小亚基(16S/18S, SSU)参考序列的库文件SILVA_123_SSURef,从中提取全部支原体序列,经去重复后得到181条(种)支原体(包括139个已分类的单一种类和42个未分类的支原体)的16S rRNA序列,经比对后选取高变区V6到V9为检测目标区段,设计筛选出表现最佳的检测引物,建立检测支原体的通用PCR方法。选取12种常见的支原体或2种甾原体作为待检样品对该PCR方法进行检测范围验证;取6种不同动物来源的常用传代细胞和3种常见细菌进行特异性验证;选取了5种最常见的支原体和1种甾原体进行敏感性试验;并将其与经典培养法一同对17批(种)动物病毒活疫苗(分别用于6种动物)和24份8种细胞培养物样本进行对比检测以评价其实际应用效果。【结果】建立了一种通用的支原体PCR检测方法,检测引物由2条上游引物(5′-GCAAARCTATRGARAYATAGYVGAG-3′和5′-GCAAAGGCTTAGAAATAAGTTCGGAG-3′)和1条下游引物(5′-CCARCTCYCATRGTKTGACGG-3′)组成,引物配比为3﹕1﹕4,最佳退火温度为56°C。采用该PCR方法对14个较常见的支原体种类进行检测,结果均能扩增出396—413 bp大小的特异性条带,表明该方法的检测范围符合检测要求;对6种动物传代细胞和3种常见细菌进行检测,结果均未扩增出特异性条带,表明其特异性良好;灵敏度测定结果表明该PCR方法的检测下限可达20—200 CCU的活菌,对应的核酸为1.5—15.0 pg;对共计17批病毒活疫苗和24份细胞样品的检测结果与培养法检测结果基本一致,表明本研究建立的支原体PCR检测方法与培养法有很好的一致性,而且敏感性更高。【结论】建立的支原体PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、简单快速,为细胞及病毒活疫苗中可能的支原体污染提供了一种准确可靠的快速检测方法。

摘要： 目的探究汉族和藏族健康人群肠道菌群差异,为种族-微生物群假说以及以菌群为研究对象的疾病机制研究提供参考。方法采集同一地区汉族和藏族健康志愿者粪便样本共133例,通过倾向性评分匹配法(propensity score matching,PSM)筛选出42例样本,其中,汉族样本14例,藏族样本28例。通过对样本DNA的16S rRNA基因V3+V4区高通量测序后,生成OTU表并注释。在分析Alpha、Beta多样性基础上,使用R语言的DESeq2包和edgeR包进行汉族和藏族的肠道菌群差异分析;通过bnlearn包、psych包和reshape2包进行网络分析,筛选与民族因素密切相关的菌群,通过LEfSe分析鉴定物种在属水平上的民族生物标志物。最后通过IDBA-UD软件将高质量数据进行拼接组装,使用CD-HIT软件构建非冗余基因集,使用PICRUST分析,获得代谢通路信息和GO注释结果。利用STAMP软件进行组间差异分析,比较两组代谢通路的差异。结果汉族和藏族肠道菌群共有199个差异OTU,证明汉族和藏族人群的肠道菌群存在差异。藏族肠道菌群中瘤胃球菌属(Ruminococcus)、厌氧支原体属(Anaeroplasma)、变形杆菌属(Proteobacteria)显著高于汉族;丁酸蓖麻单胞菌(Butyricimonas)、粪厌氧棒杆菌(Anaerostipes)、小杆菌属(Dialister)显著低于汉族。与民族因素密切相关的菌群有普氏菌(copri)、粪普雷沃氏菌(stercorea)、副流感嗜血杆菌(Haemophilus parainfluenzae)等。藏族在属水平上菌群标志物为假丁酸弧菌(Pseudobutyrivibrio)、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)、伯吉古菌(Catenibaterium);汉族属水平上的生物标志物为小杆菌属(Dialister)、血尿杆菌(Turicibacter)。差异代谢通路共有10个,在藏族组中显著上调的通路有酶家族、复制和修复、转化、核苷酸代谢、萜类化合物和聚酮类化合物的代谢。结论本研究部分验证了种族-微生物群假说,菌群与疾病的相关研究应考虑民族因素的影响。

摘要： 通过显微形态特征观察，发现分离于海南定安的菌株PPh01与穿刺巴氏杆菌形态特征相似。经16S rRNA基因序列分析,该菌株与穿刺巴氏杆菌的同源性最高，达到99.3％。综合形态特征、分子系统发育分析结果，鉴定该菌株为穿刺巴氏杆菌。亲和性试验显示，菌株PPh01对南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫的二龄幼虫均具有侵染能力。

摘要： 通过显微形态特征观察，发现分离于海南定安的菌株PPh01与穿刺巴氏杆菌形态特征相似。经16S rRNA基因序列分析,该菌株与穿刺巴氏杆菌的同源性最高，达到99.3％。综合形态特征、分子系统发育分析结果，鉴定该菌株为穿刺巴氏杆菌。亲和性试验显示，菌株PPh01对南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫的二龄幼虫均具有侵染能力。

摘要： 通过显微形态特征观察，发现分离于海南定安的菌株PPh01与穿刺巴氏杆菌形态特征相似。经16S rRNA基因序列分析,该菌株与穿刺巴氏杆菌的同源性最高，达到99.3％。综合形态特征、分子系统发育分析结果，鉴定该菌株为穿刺巴氏杆菌。亲和性试验显示，菌株PPh01对南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫的二龄幼虫均具有侵染能力。

摘要： 通过显微形态特征观察，发现分离于海南定安的菌株PPh01与穿刺巴氏杆菌形态特征相似。经16S rRNA基因序列分析,该菌株与穿刺巴氏杆菌的同源性最高，达到99.3％。综合形态特征、分子系统发育分析结果，鉴定该菌株为穿刺巴氏杆菌。亲和性试验显示，菌株PPh01对南方根结线虫、爪哇根结线虫、花生根结线虫的二龄幼虫均具有侵染能力。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 对小型猪携带的细菌种群分布情况及耐药性进行调查分析。对小型猪采样进行细菌分离培养，生化鉴定和细菌16S rRNA基因PCR扩增、测序分析，并进行药敏试验。从25只小型猪中共分离到45株细菌。结果显示，小型猪携带的细菌种群主要有弯曲菌属(空肠弯曲菌)、螺杆菌属(幽门螺杆菌)、克雷伯菌属(肺炎克雷伯氏菌);肠杆菌属(阴沟肠杆菌)，埃希繭属(大肠埃希菌、弗格森埃希菌);假单胞菌属(铜绿假单胞菌);窄食单胞菌属(嗜麦芽窄食单胞菌)。葡萄球菌属(金黄色葡萄球菌，溶血葡萄球菌、模仿葡萄球菌);链球菌属(肺炎链球菌、猪链球菌、前庭链球菌、缓症链球菌、麻疹孪生球菌、绿色气球菌);肠球菌属(粪肠球菌);芽孢杆菌属(枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜂房芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌)。这些菌株对氨曲南、头孢噻吩等药物敏感，而对痢特灵等药物不敏感。小型猪携带的细菌种群具有多样性，研究结果为我国小型猪细菌学检测以及质量标准的制定提供了科学依据。

摘要： 本发明公开了一种用于构建16S rRNA基因扩增子测序文库的四重标签引物组，所述四重标签引物组由第一步PCR两重标签引物对和第二步PCR两重标签引物对组成；所述第一步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:1～8中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:9～20中的任一条；所述第二步PCR两重标签引物对的上游引物的序列为SEQ ID NO:21～44中的任一条，下游引物的序列为SEQ ID NO:45～68中的任一条。本发明所提供的四重标签引物组中增加了平衡碱基序列，增加了文库多样性，提高了测序质量，在上机测序时仅需混合少量PhiX文库，并进行错位测序，减少了测序通量的浪费，保证了测序质量。

摘要： 本发明公开了一种快速检测食品中鹌鹑源性成分的方法及专用引物。专用引物见序列表SEQ ID NO 1‑2。针对以鹌鹑肉源DNA为阳性模板，牛、羊、猪、兔、鸽、鸡、鸭和鹅8个物种的DNA为干扰模板的混合模板，分别进行PCR和qPCR反应。其中PCR方法的结果以琼脂糖凝胶电泳图谱中电泳条带为阳性结果，而qPCR方法中以扩增曲线的Ct值小于34的扩增作为阳性结果，检测灵敏度达皮克级DNA。该方法首次利用16S rRNA为目标基因对深加工鹌鹑肉进行检测，所设计引物同时适用于PCR和qPCR方法中，不仅具有良好的特异性，且高度的灵敏性为食品中动物源性成分的鉴定探索了新的途径，具有操作便捷，稳定准确等有益结果。

摘要： 本发明涉及动物遗传学领域，特别是指利用12S rRNA基因的突变位点鉴别豫西黑猪的方法。步骤为：在NCBI中下载猪参考序列中的12S rRNA基因；在12S rRNA基因第314位碱基的上游和下游分别设计一条PCR引物；提取待测样本的DNA，以待测样本的DNA为模板，步骤（2）中的PCR引物为引物进行PCR扩增；对PCR产物进行电泳跑胶（琼脂糖凝胶电泳）鉴定，并回收目标产物；将目标产物进行测序后与豫西黑猪的12S rRNA基因进行比对，完成豫西黑猪的鉴定。本发明不但解决了同一地域黑猪之间的区分，而且解决了现有猪肉市场混乱、以次品猪肉充当优质猪肉，却没有有效的检测方法的问题。

摘要： 本申请涉及生物检测技术领域，具体公开了一种检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的引物和探针组合物及其应用、试剂盒。所述引物和探针组合物包括用于检测幽门螺杆菌23S rRNA基因的A2142C位点、A2142G位点和A2143G位点的突变型引物和探针组合物、用于检测幽门螺杆菌16S rRNA基因的引物和探针组合物、用于检测人源RNAse P基因的引物和和探针组合物、以及封阻引物。所述引物和探针组合物在制备用于检测幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的试剂或试剂盒的应用。所述试剂盒包括上述引物和探针组合物。本申请提高幽门螺旋杆菌23S rRNA基因突变的检测效率。

摘要： 本发明提供了变形杆菌属的16SrRNA基因特异性靶标序列片段及其筛选方法，涉及基因筛选技术领域，所述特异性序列片段的核苷酸序列为SEQIDNO.21、SEQIDNO.29或SEQIDNO.31所示序列中的一种。利用NCBIGeneBank数据库比对功能、以属内普适性、属间特异性和菌外特异性为指标，所提出的筛选方法，筛出了三条对变形杆菌属“属”的高特异性16SrRNA基因序列片段。并通过PCR、电泳实验方法对这些片段序列进行了验证。实现了变形杆菌属细菌在水溶液、尿样中的检测，检测过程无需经过额外的细菌培养和核酸提纯，临床体液样本中的背景物质不会影响检测结果。

摘要： 本发明公开了一种基于16SrRNA扩增子测序检测土壤致病细菌生物污染的方法，其包括步骤为：步骤一、构建土壤非冗余致病细菌数据库；步骤二、完成对土壤/植物样品DNA的提取；步骤三、完成样品的16S rRNA基因测序，获得测序下机数据；步骤四、采用DADA2分析流程封装土壤非冗余致病细菌库，获得代表性序列；步骤五、将代表性序列与土壤非冗余致病菌数据库比对注释致病细菌，得到最终的ASV物种表，通过R语言对ASV物种表中不同样品的致病细菌组成、多样性特征等进行可视化作图。本发明能快速、精准检测致病菌，且不易受到样品污染的影响，可而可实现快速、全面、准确检测致病菌的目标。

摘要： 本发明公开了一种检测结核分枝杆菌复合群16SrRNA基因的引物、探针、方法和试剂盒，涉及生物技术领域；第一个方面，本发明提供了一种检测结核分枝杆菌复合群16SrRNA基因的引物和探针，包括：上游引物MTB‑F primer，其核苷酸序列为：ATGCCGCGAGGTTAAGCG；下游引物MTB‑R primer，其核苷酸序列为：TGATCTGCGATTACTAGCGACT；本发明仅有2个探针，相较于Xpert MTB/RIF产品而言显著降低了成本，并且保证了与Xpert MTB/RIF相当的灵敏度和特异性，因此该产品作为结核核酸检测初筛试剂盒，对减轻个人和国家医保支出将会起到较大作用。

摘要： 本发明公开了一种利用5S rRNA鉴定鱼类早期发育阶段生理性别的方法，步骤是：(1)利用总RNA提取试剂盒或TRIzol试剂常规提取动物细胞总RNA的方法，提取鱼类性腺组织总RNA，利用核酸分析仪测定OD260/280值，判断RNA纯度；利用琼脂糖凝胶电泳法分离总RNA，观察5S rRNA,18S rRNA和28S rRNA的亮度和分布；(2)将提取的性腺总RNA进行微毛细管电泳，根据核酸分析软件所得出的RNA类型覆盖区域面积大小，计算其中5S rRNA占总RNA的比例；(3)根据5S rRNA占总RNA比例判断鱼类早期发育阶段的生理型雌雄，其中5S rRNA比例小于或等于9.0％时判断为精巢组织，5S rRNA比例大于或等于12％时判断为卵巢组织。方法易行，操作简便，在12小时以内实现了100尾以上鱼类个体的生理型性别鉴定，确定了鱼类生理性别。

摘要： 本发明公开了一种环境样品中硅藻18SrRNA基因拷贝数绝对定量的方法，涉及硅藻群体的特定引物绝对定量检测方法技术领域，为解决目前市面上缺少标准的目标硅藻群体的特定引物绝对定量检测方法的问题。包括以下步骤：步骤1：进行DNA样品的制备；步骤2：使用DNeasy Powersoil kit对各样品进行DNA提取，将样品按比例稀释到相同的浓度；步骤3：选定3对硅藻检测片段及特异性引物用于预实验；步骤4：选择能够得到拷贝数浓度已知的质粒样品，通过进行Sanger测序计算得到质粒的相对分子质量；步骤5：确定内标添加量和实验条件；步骤6：根据样品提取的DNA浓度确定DNA上样量，采用SYBRGreen法进行预实验；步骤7：采用SYBRGreen法进行实验；步骤8：计算硅藻18SrRNA基因拷贝数。

摘要： 本发明公开一种肠道微生物16 S rRNA的NGS数据分析方法，包括以下步骤：1)数据库准备：首先从SILVA132和Dreengene13‑8‑16S数据库中找出能用V4通用引物扩出的序列，把序列切去V4通用引物，获得254bp的序列，从正反两个方向分别截取125bp的序列，然后将双向125bp的序列连接，获得一个长度均为250bp的序列；2)特征分类训练器训练：使用qiime2的朴素贝叶斯分类器对1）中的序列以及对应的分类信息进行训练获得更准确的特征分类器；3)准确性评估：使用一个模拟的微生物群落，使用DADA2对混合测序样品进行推断，并且和真正的注释信息进行比较；4)多样性分析：使用mafft程序执行对代表序列进行多序列比对，应用FastTree基于过滤后的比对结果生成系统发育树。提高了数据利用率，可以实现更长读长测序的检测效果。