结构域

摘要： 从数据库中检索出CG13551基因氨基酸序列信息,生理生化分析显示:SK_(66)蛋白含有107个氨基酸残基,分子量约11948.3Da,理论等电点为8.96。该蛋白中,甘氨酸(Gly)含量最高,为14.0%;其次为谷氨酸(Glu)和丙氨酸(Ala),分别为11.2%和9.3%。SK_(66)蛋白是一个亲水蛋白质但不是一个分泌蛋白。SK_(66)蛋白不存在跨膜结构域。蛋白质二级结构包括57.96%α-螺旋、10.28%β-折叠、β-转角以及31.78%无规则卷曲等构象。进化树显示,主要分成两类,较为高等的动物分为第一类,包括人、小鼠、河豚;而较为低等的动物归为一类,包括斑马鱼、果蝇。这与物种的进化程度相一致。

摘要： 为了鉴定玉米基因组中组蛋白编码基因并分析其在不同条件下的表达规律,本研究利用生物信息学方法对玉米基因组中组蛋白编码基因进行了系统性鉴定和分析,利用同源性分析鉴定玉米组蛋白编码基因,利用保守结构域分析对组蛋白进行结构域鉴定,利用转录组测序数据对组蛋白编码基因进行表达规律分析。结果表明,玉米基因组中存在16个H2A,13个H2B,12个H3,9个H4和4个H1;对蛋白结构分析时发现玉米组蛋白保守结构域的数量和序列在同一亚族中高度保守,并且在不同物种中也非常保守;对玉米组蛋白基因的组织表达特异进行分析,发现玉米组蛋白编码基因在不同组织中表达水平有明显差异;对生物胁迫和非生物胁迫数据分析,发现组蛋白编码基因在不同胁迫下表达水平发生明显变化。本研究全基因组层面对玉米组蛋白编码基因进行了系统性鉴定和分析,明确了玉米中组蛋白的编码基因,揭示了组蛋白编码基因在玉米不同组织及生物和非生物胁迫中的表达规律,为进一步阐明其功能奠定了重要的理论基础。

摘要： 病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一。为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒基因组序列进行进化树构建、基因组比较、蛋白结构域分析、三维结构预测和病毒丰度分析,在养殖牡蛎体内鉴定到了5个序列完整的新型牡蛎相关圆环病毒基因组,且5个病毒基因组在多个样品中存在。结果显示,5条病毒序列与已知的圆环病毒聚类在一个大的分支,说明其为圆环病毒科成员;5条病毒基因组序列均含有一个复制酶蛋白基因,且均与节肢动物圆环病毒复制酶蛋白序列最为相似;5条序列与另外7条公共数据库检索到的序列形成了一个独立的子分支,且该分支的序列来源多为动物相关样品。基于结构域分析软件(SMART)鉴定到多数序列中存在复制酶的保守结构域。

摘要： 【目的】对白蜡虫脂酰辅酶A还原酶(fatty acyl-CoA reductase,far)基因家族进行鉴定和序列分析。【方法】以泌蜡昆虫白蜡虫作为材料,利用生物信息学分析方法对白蜡虫far基因家族进行鉴定。【结果】在白蜡虫基因组中共鉴定到30个far候选基因,其中22个FAR结构域包含完整的1个NAD(P)H结合结构域和1个FAR C结构域。基序分析表明:多数白蜡虫FAR含有13个保守基序。白蜡虫far基因有6~11个外显子、5~10个内含子。白蜡虫FAR系统进化分析表明:白蜡虫FAR成员聚为2类。对不同物种FAR进行的系统进化分析表明:FAR聚类主要与物种亲缘关系有关,与功能的相关性不大。共线性分析与氨基酸相似性分析显示:亲缘关系相近的物种FAR相似性更高,一般同物种内FAR相似性最高。【结论】本研究有助于了解白蜡虫far基因家族的进化,为深入研究白蜡虫far基因家族参与不同的功能奠定基础。

摘要： Science|原核生物通过识别病毒的保守蛋白进行天然免疫许多生物的免疫都演化出特有的模式识别受体,如真核生物中广泛存在的STAND蛋白超家族的结合核酸寡聚结构域的受体(NLR)。尽管STAND在真核免疫中的作用已得到充分证实,但在原核生物中是否使用类似的防御机制尚不明确。

摘要： 表皮蛋白(cuticular protein,CP)在昆虫生长发育、抵御外界不良环境等方面具有重要作用,但在管纹艳虎天牛Rhaphuma horsfieldi中关于CP基因的研究尚属空白.本研究基于已测序的转录组,通过生物信息学技术从管纹艳虎天牛中一共鉴定到108个CP基因,包括41个CP-RR1、30个CP-RR2、8个CPAP1、7个CPAP3、3个CPCFC、14个CPU和5个TWDL基因,其中39个基因具有全长序列.结构域及保守基序分析表明,管纹艳虎天牛的CP-RR1和CP-RR2家族均具有1个保守的Chitin_bind_4结构域,其中CP-RR1家族完全符合昆虫经典的R&R基序(G-X(8)-G-X(6)-Y),而CP-RR2家族的保守基序(G-X-Y-X(5)-D-G-X(6)-Y)出现了变化.进化分析表明,管纹艳虎天牛RhorCPs可划分为7个家族:CP-RR1、CP-RR2、CPAP1、CPAP3、CPCFC、CPU和TWDL.表达谱结果表明,RhorCPs基因的表达谱具有多样性,部分基因在检测的组织中表达量均较低;部分基因在触角和跗节中特异或高表达,可能具有化学感受功能;部分基因在不含触角和跗节的身体中有表达,可能与成虫表皮的发育和形成有关.研究结果不仅可为后续管纹艳虎天牛RhorCPs基因的功能研究奠定基础,还可筛选到害虫防治的潜在分子靶标.

摘要： 2021年,是黎家担任兰州大学生命科学学院院长的第12年。这之前,他是国际上最早揭示蛋白质FHA结构域生物学功能的科学家之一;他是首次发现油菜素内酯共受体BAK1的科学家之一,并率先发现BAK1能同时参与细胞凋亡调控植物免疫应答途径,相关系列成果成为领域内的经典之作,BAK1更是成为植物学界的一个明星蛋白……

摘要： 硫氧还蛋白(thioredoxin,TRX)是广泛存在于生物体内的一类高度保守的低分子量蛋白,具有维持生物体内氧化还原平衡等多种功能.核氧还蛋白(nucleoredoxin,NRX)是TRX超家族的成员,含有TRX典型与非典型的多个结构域,具有氧化还原活性的潜力.小麦(Triticum aestivum)核氧还蛋白TaNRX1-D含有3个TRX结构域,通过分子克隆获得编码TaNRX1-D蛋白3个结构域线性排列组合的6种类型的核酸片段,同源重组后诱导原核表达,并将纯化后的各融合蛋白进行体外胰岛素二硫键还原实验,分析该蛋白各结构域对其活性的贡献.活性检测结果表明,TaNRX1-D蛋白具有体外TRX蛋白还原活性,且催化效率与蛋白浓度呈正相关;3个结构域均具有还原胰岛素二硫键的活性,但活性大小存在差异,其中第3个蛋白结构域的活性最强,第2个结构域的活性最弱,第1个结构域的活性介于前两者之间、且明显强于第2个结构域的活性,含有3个结构域的全长蛋白还原胰岛素二硫键的活性均强于单组合或双组合的截短蛋白.本研究分析了蛋白内部3个结构域对TaNRX1-D蛋白还原活性的影响,为进一步深入认识TaNRX1-D蛋白的功能提供了参考依据.

摘要： 目的 获得鼠肺炎沙眼衣原体(CM)质粒编码蛋白Pgp3氨基端(n)、羧基端(c)和中间段(m)分别删除的蛋白Pgp3Δn、Pgp3Δm和Pgp3Δc,为近一步研究其功能及沙眼衣原体(C.t)致病机制提供基础.方法 用聚合酶链式反应(PCR)扩增目的基因Pgp3Δn、Pgp3Δm和Pgp3Δc,分别将其定向插入原核表达载体PET-30a(+)中,连接产物转化入大肠埃希菌DH5α、涂板、挑取单克隆提取质粒进行酶切、测序鉴定.鉴定正确的重组质粒分别转化入大肠埃希菌BL21,15°C诱导表达16 h和37°C诱导表达4 h,考马斯亮蓝染色和蛋白质印迹法鉴定目的蛋白.结果 PCR扩增的目的基因Pgp3Δn、Pgp3Δm和Pgp3Δc的长度分别为597、525、324 bp,NdeI和HindⅢ双酶切重组质粒后电泳显示酶切片段大小符合预期,测序结果显示插入片段序列均与基因库中一致;考马斯亮蓝染色和蛋白质印迹显示目的蛋白分子量分别约为22000、18700和12000,3个蛋白片段均在15°C诱导表达16 h的条件下表达量更多.结论 成功表达Pgp3Δn-His、Pgp3Δm-His和Pgp3Δc-His融合蛋白,为进一步研究Pgp3的功能位点和作用机制奠定基础.

摘要： 热休克蛋白A6(heat shock 70-kDa protein 6,HSPA6)属于HSP70家族,在哺乳动物谱系中部分保守的可诱导的70-kD蛋白。HSPA6基因位于人类染色体1q23.3上,包含两个重要结构领域:N末端的核苷酸结合域(NBD)和C末端的底物结合域(SBD)。目前研究发现HSPA6对肿瘤的发生、发展既有抑制作用,也有促进作用,在非肿瘤疾病的罹患中也扮演着多种重要角色。HSPA6已日渐成为研究的热点,但其作用机制仍未明确。本文对HSPA6蛋白的结构、表达、功能及其在肿瘤中的研究进展、可能的作用机制及未来展望作一概述。

摘要： 免疫球结合蛋白(Ig-binding proteins,IGBP)是一类表达于细菌表面的能与宿主免疫球蛋白特定部位结合的蛋白,能调节宿主对细菌的免疫反应,是细菌重要致病因子之一.其中研究最多的是SPA和SPG，这两种IGBP分子的胞外部分均含由若干重复的序列高度同源的Ig结合结构域。本研究对这两种免疫球蛋白结合结构域进行串联重组，获得具有更加全面的哺乳动物免疫球蛋白结合活性的重组IGBP分子，并评估其用于多物种共患传染性疾病抗体检测的潜能。本研究利用现代基因合成技术，结合选取的SPA和SPG的单结构域优点而合成的融合蛋白[AG]n，扩大了其应用范围，并成功地应用于检测多种动物FMDV感染的ELISA方法。通过对临床免疫状态不同的5个牛场829份血清和41份猪血清，16份羊血清进行检测。发现各场口蹄疫非结构蛋白阳性率差异较大，从0到41.75%。

摘要： 乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一,占女性肿瘤死亡首位,其发病率逐年增高,人们迫切需要采用新的治疗方法来提高患者的生存率及生存质量.分子靶向治疗在肿瘤治疗中的地位逐渐上升,成为肿瘤治疗的一个热点.目前已有多种分子靶向治疗的药物应用于乳腺癌的治疗或正在临床试验阶段,如赫赛汀(Herceptin)、细胞周期调节蛋白抑制剂、环氧化酶-2(COX-2)抑制剂、蛋白激酶C(PKC)抑制剂等.赫赛汀(Herceptin)是人源化的HER2胞外段单克隆抗体,代表着治疗女性HER2阳性转移性乳腺癌的重大突破.然而抗体药物的分子量过大，并且人源化不完全问题，也可能导致药物免疫原性的增加。为了降低可能发生的免疫原性并增强药物的主动靶向运输，在原有实验的基础上，本实验选择了6种以HER2为靶点的单克隆抗体重链CDR3区，通过柔性连接头GGGGS与力达霉素辅基蛋白(LDP)连接，构建、表达、纯化了两个多结构域单靶点的人工多结构域蛋白DL和HL。利用间接ELISA法检测融合蛋白DL,HL对肿瘤细胞MCF-7,SKOV3,SKBR3等细胞的免疫反应性;利用FITC标记DL和HL蛋白，检测DL,HL与肿瘤细胞表面蛋白的结合能力。ELISA结果表明:DL,HL对MCF-7,SKOV3,SKBR3等细胞的亲和力与LDP的亲和力基本一致，增加CDR3区后不能改善LDP对各肿瘤细胞的亲和力。而免疫荧光实验也得到相同的结论，均未见DL,HL与LDP的亲和特性有显著性差异。实验结果表明，通过将针对同一靶点的不同抗体的重链CDR3区通过基因工程的方法进行融合，不能很好的保持抗体的亲和力，这有可能是抗体的结构域是一个共同作用，多结构域共同参与的过程，单一结构域不能完整具备抗体的亲和特性。

摘要： 本文利用顺磁核磁共振并借助于赝接触位移提供的结构信息,详细考察了T4噬菌体的溶菌酶在溶液中的构象。顺磁标记技术为研究多结构域蛋白的域取向以及大分子复合物中蛋白与其他分子的相对取向提供了一种更加简单有效的方式。

摘要： 嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)可通过呼吸道进入人体肺部,在肺小泡巨噬细胞内增殖,造成军团菌性肺炎及自愈性的庞蒂亚克热。其特殊的胞内宿主寄生增殖过程,使得军团菌成为研究一大类胞内病原细菌的模式生物。深入研究军团菌的致病机制对于揭示病原菌与宿主之间的相互作用以及抗菌药物筛选具有重大意义。在真核细胞中，具有F-box结构域的Skp2蛋白与Skpl参与组成SCF(Skp 1-Cullin-F-box)复合体，该复合体是已被鉴定的泛素连接酶E3的一种，与泛素激活酶(E1)、泛素连接酶(E2)构成蛋白泛素化体系，介导细胞周期相关蛋白p27等靶蛋白的泛素化并最终使其降解。除了参与蛋白质泛素化途径之外，F-box蛋白还参与转录延伸等过程。因此推测军团菌中具有F-box结构域的效应蛋白也发挥类似功能。在军团菌中有5种具有F-box的效应蛋白，首先利用酵母双杂交以及Pull-down实验，证明了其中一种，即LegUl与Skpl相互作用。Ensminger et al.(2010)证实了，除了LegU1之外，另外两种具有F-box的效应蛋白LegAU13、LicA同样可以与Skp1相互作用，余下的两种效应蛋白Lpg2224、Lpg2525则不与Skp1相互作用。但是至今没有证据显示己知的相互作用对于军团菌的胞内增殖有任何影响。

摘要： 通过生物信息学软件分析出NcAMA1外功能区所含有三个结构域DⅠ、DⅡ和DⅢ，并分别对三个结构域进行克隆和表达，进而初步研究了这三个结构域的免疫原性及对虫体入侵的影响，同时指明研究结果为新孢子虫亚单位疫苗的研究和新孢子虫病的防治奠定了基础。

摘要： TCP蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长、发育、信号转导以及生理生化刺激响应等方面具有重要功能.毛竹(Phyllostachys edulis)是世界上生长速度最快的植物之一,在我国具有重要的经济、生态和社会价值.为了解TCP基因家族在毛竹基因组中的数量和表达,本研究利用生物信息学方法对毛竹TCP基因家族进行全面概述,包括基因结构、进化关系、保守结构域等.结果显示,毛竹基因组中含有19个基因编码TCP转录因子,依次命名为PheTCP1-PheTCP19,蛋白质大小为100～406aa,等电点为4.85～10.70,均是疏水性蛋白;PheTCPs基因结构较为简单,大部分不含内含子;发现所有PheTCPs转录因子具有高度保守的TCP结构域;19个PheTCPs隶属于2个组:ClassⅠ和ClassⅡ,ClassⅡ进一步划分为CIN、CYC/TB1两个亚类.本研究为进一步探索毛竹TCP基因家族各成员的功能特点提供一定的理论基础.

摘要： 目的：橡胶树转基因过程筛选效率低阻碍了转基因研究快速发展.花青素累积产生的紫红色肉眼直接可辨,是一种简单、安全的可视化筛选标记,可作为转基因筛选标记. 方法：本文首先以R2R3-MYB保守结构域(R2、R3)为探针调取橡胶树R2R3-MYB,并与拟南芥等其他物种花青素合成相关的R2R3-MYB进行进化分析. 结果：结果显示橡胶树scaffold0374_923317和Scaffold0598_393375与其他物种已功能验证的花青素合成调控R2R3-MYB聚到同一亚类.随后从古铜期叶片中克隆到scaffold0374_923317基因,并将其命名为HbAn1.序列分析表明,HbAn1蛋白具有R2R3-MYB蛋白的典型结构:R2R3结构域及bHLH互作结构域.定量表达分析表明HbAn1在古铜期叶片及暗培养茎秆中高水平表达,在其他时期叶片及光照培养茎秆表达水平很低,与不同组织花青素含量正相关.最后,在烟草中组成型过表达HbAn1,使烟草叶片、花瓣、花托、花丝等组织大量累积花青素,定量分析表明其激活了这些组织后期花青素合成酶基因NtDFR,NtLDOX,NtUFGT. 结论：本文首次获得橡胶树花青素累积相关的正调控因子R2R3-MYB(HbAn1),这为花青素作为橡胶树转基因可视化筛选标记提供了基因资源.

摘要： bZIP转录因子普遍存在于真核生物中,参于多种生物学过程.为分析巴西橡胶树(Hevea brasiliensis Muell.Arg)bZIP转录因子的结构功能,本研究克隆了1个bZIP基因家族成员,命名为HbbZIP40(登录号:KY807075).该基因属于bZIP转录因子基因家族A亚族,全长1110bp,包含一个长为900bp的完整开放读码框,编码299个氨基酸,蛋白分子量94984.07D,含bZIP结构域,是bZIP基因家族成员.qRT-PCR技术检测分析发现,HbbZIP40在草甘膦和干旱处理下显著上调表达,在白粉病菌和ABA处理下呈下调表达.推测HbbZIP40与橡胶树干旱、草甘膦药害胁迫相关.

摘要： 作为重组DNA技术的产物,融合蛋白已经被开发为一类具有多功能的新生物分子.通过基因融合两个或多个蛋白结构域,可使融合蛋白取得各组成部分的衍生功能.两个功能蛋白分子之间的接头序列(连接肽）,为一段适当的氨基酸序列,用于连接蛋白的不同结构域,并且能维护结构域间的相互作用,保留蛋白的生物活性.针对天然连接肽的研究,有助于促进实用连接肽的合理设计和研究.

摘要： 目的：运用分子生物学方法探寻臭氧对脊髓灰质炎病毒核酸的损伤情况来阐述臭氧灭活脊髓灰质炎病毒的机制。方法：常温下向含有一定滴度的脊髓灰质炎病毒的水体中通入稳定流量的臭氧水作用不同的时间点，运用RT-PCR检测各时间点的病喜核酸全序列的损伤情况，来判断率先损伤区域；同时对各灭活时间点的水样接入细胞培养，观察病毒的灭活情况，分析二者的相关性。结果：RT-PCR检测病毒的核酸发现率先损伤的区域为5'-1区域，该区域全长为124nt。结论：臭氧灭活脊髓灰质炎病毒的机制与病毒核酸5'-1区域的损伤相关。

摘要： 本发明涉及抗TIM‑3抗体分子在治疗骨髓纤维化(MF)中的用途。本发明还涉及药物组合，所述药物组合包含a)抗TIM‑3抗体分子，和b)至少一种另外的治疗剂，优选为鲁索替尼或其药学上可接受的盐。

摘要： 本发明涉及嵌合抗原受体(CAR)融合蛋白，其包含从N末端到C末端：(i)单链可变片段(scFv)，包含V

摘要： 本发明涉及可用于结合细胞的包含一个或多个疏水结构域和一个含有PEG部分的亲水结构域的新颖的化合物、及其相关的用途和组合物。所述化合物可用于固定和/或稳定细胞。

摘要： 本发明涉及包含两个或多个疏水结构域和一个含有聚乙二醇(PEG)部分的亲水结构域的化合物用于稳定细胞的用途及其相关的方法。

摘要： 本发明涉及蛋白A的B结构域和Z结构域突变体及其应用。具体而言，本发明提供一种分离的多肽，所述多肽选自：(1)与SEQ ID NO:1所示的蛋白A的天然B结构域或SEQ ID NO:2所示的蛋白A的Z结构域相比，该多肽在选自第3位、第6位、第9位、第15位和第23位的一个或多个位置上具有取代突变；和(2)与(1)所述的多肽具有至少85％序列相同性并保留了所述的第3位、第6位、第9位、第15位和第23位中一个或多个位置上的取代突变的多肽。本发明还提供含有多肽的融合蛋白或蛋白A以及分离基质。含本发明多肽的融合蛋白或蛋白A在碱清洗过程中具有明显提升的碱性稳定性。

摘要： 提供了被工程化为与κCL结构域或λCL结构域优先结合的CH1结构域变体，以及包括此类经工程化的CH1结构域变体的多肽，例如抗体重链或抗体，和包括此类CH1结构域变体和/或此类多肽的药物组合物，以及用于制备和使用此类CH1结构域变体的方法。所述CH1结构域变体使重链‑轻链错配最小化，并且促进同源重链‑轻链配对，由此改进多特异性，例如双特异性，抗体的生成。还提供了制备CH1结构域变体文库的方法和鉴定一个或多个CH1结构域变体的方法。

摘要： 本公开的问题为提供抗原结合分子、编码该抗原结合分子的多核苷酸、包含该多核苷酸的载体、保有该载体的细胞、包含各自不同的多种该抗原结合分子的文库、包含该抗原结合分子的药物组合物、筛选该抗原结合分子的方法、及制备其的方法等，其中所述抗原结合分子的抗原结合活性相应于靶组织特异性的低分子化合物的浓度而变化。本发明人发现了作为肿瘤组织特异性的低分子化合物的甲硫腺苷(MTA)，创建了针对抗原的结合活性依赖于MTA的浓度而变化的抗原结合结构域或包含该抗原结合结构域的抗原结合分子，进一步创建了含有各自不同的多个抗原结合结构域或包含该抗原结合结构域的抗原结合分子的文库，发现了通过应用该文库可以解决上述问题。通过应用本公开的抗原结合分子，可以靶组织特异性地治疗以靶组织(例如肿瘤组织)为原因的各种疾病(例如癌)。

摘要： 公开了用于折叠域的相分离的方法和系统，更具体地，用于诱导折叠域的簇作为基于药物的筛选应用的一部分。所述系统和方法利用一种或多种第一融合蛋白(100、101)，每种第一融合蛋白包含与第二区域(120)融合的的第一区域(110)，所述第一区域(110)包含至少一种光敏蛋白(115)或光敏蛋白的同源伴体(116)，并且所述第二区域(120)包含一个或多个折叠RNA结合结构域(RBDs)、无序RBDs、折叠非RBD结构域或其组合(125)。

摘要： 本发明的实施方案提供了涉及新的重组蛋白免疫原的组合物和方法，所述重组蛋白免疫原包含肺炎球菌表面蛋白A(PspA)的α螺旋结构域(aHD)和脯氨酸富集区(PRD)的特定部分，这些部分被连接以提供aHD‑PRD构建体。选择构成aHD‑PRD构建体的aHD和PRD蛋白，以使交叉反应性最大化并提供针对广谱的肺炎球菌血清型的保护。包含至少一种aHD PRD构建体的免疫原性组合物，包括疫苗，还可以包含非连接的aHD部分。还提供了编码aHD‑PRD构建体的重组核酸分子、包含这样的分子的载体和重组宿主细胞、aHD‑PRD表达产物、这样的核酸分子通过重组技术表达aHD‑PRD构建体的用途、以及表达产物在合适的宿主中引发针对肺炎球菌疾病的免疫应答或保护性应答的用途。

摘要： 本文公开用于连接DNA结合结构域和切割结构域(或切割半结构域)以形成具有替代性构型的非天然存在的核酸酶的组合物。还描述了制备和使用包含这些接头的组合物的方法。