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功能预测

功能预测的相关文献在1989年到2022年内共计290篇,主要集中在畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂、分子生物学、农作物 等领域,其中期刊论文221篇、会议论文13篇、专利文献1122004篇;相关期刊156种,包括生物技术通报、生物信息学、微生物学报等; 相关会议13种,包括第十二届全国计算(机)化学学术会议、中华医学会第十八次全国儿科学术会议、第八次国际微笑列车唇腭裂学术会议等;功能预测的相关文献由1201位作者贡献,包括郭壮、崔朝辉、张霞等。

功能预测—发文量

期刊论文>

论文:221 占比:0.02%

会议论文>

论文:13 占比:0.00%

专利文献>

论文:1122004 占比:99.98%

总计:1122238篇

功能预测—发文趋势图

功能预测

-研究学者

  • 郭壮
  • 崔朝辉
  • 张霞
  • 汤一凡
  • 赵立军
  • 王玉荣
  • 付平
  • 冯收
  • 张振东
  • 徐明珠
  • 期刊论文
  • 会议论文
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    • 杨婷; 王来娣; 胡晓丹; 袁春友; 白皓; 王志秀; 江勇; 陈国宏; 常国斌
    • 摘要: 环状RNA(circ RNA)由于其广泛性、稳定性、保守性等特点具有较高研究价值,已成为生物研究领域热点之一。为研究circ RNA在鸡脂肪细胞分化中作用,选择与前期发现在鸭脂肪细胞分化中具有重要作用的鸭circ_PLXNA1具有高度同源性的鸡circ_PLXNA1作验证分析。鸡circ_PLXNA1是一个稳定的环状转录本,核质分离试验发现鸡circ_PLXNA1主要定位在细胞质中。此外,circ_PLXNA1主要在鸡心脏和肝脏中表达。生物信息学分析结果表明,鸡circ_PLXNA1和预测的靶基因富集于Erb B、MAPK和Hedgehog等信号通路,表明鸡circ_PLXNA1可能通过调控靶基因间接参与脂肪细胞分化。
    • 田丽君; 荊永锋; 郑卜凡; 彭新辉; 龚嘉蕾; 吴涛; 李正风; 李振杰; 田祥珅; 周启运; 龚嘉; 黎娟
    • 摘要: 【目的】为研究浏阳洞库3个不同香型陈化烟叶样品微生物多样性和群落组成差异。【方法】利用高通量测序对3个不同香型陈化烟叶样品微生物多样性、群落组成进行显著性差异分析,构建各样品微生物生态网络,并对各细菌群落进行功能预测。【结果】(1)浏阳洞库3个不同香型陈化烟叶样品中细菌物种丰富,在门水平上主要由变形菌门和厚壁菌门组成,在属水平上微生物群落主要由鞘氨醇单胞菌属、丁酸杆菌属、假单胞菌属、黄单胞菌属、不动杆菌属、泛菌属、芽孢杆菌属和短波单胞菌属组成;(2)浏阳洞库3个不同香型陈化烟叶样品微生物多样性和群落组成均存在显著差异,清香型陈化烟叶的微生物群落更为丰富,Buttiauxella、黄单胞菌属、泛菌属、甲基杆菌属、鞘氨醇菌属和Kebplela显著增加,微生物之间相互作用的关系更为复杂,浓香型陈化烟叶的微生物生态网络更稳定。(3)陈化烟叶微生物菌群的化能异养功能、发酵功能占主导地位,这也是微生物在烟叶陈化过程中发挥的主要功能。【结论】陈化烟叶样品细菌物种丰富,不同香型陈化烟叶微生物群落多样性和组成有显著差异,清香型烟叶的微生物群落更为丰富,微生物菌群的化能异养和发酵功能占主导地位。本研究为陈化烟叶的研究提供了微生物信息,为后续作用机制研究、菌种资源开发奠定了基础。
    • 祁亮亮; 吴小建; 李俐颖; 莫长明; 郎宁; 陈振妮
    • 摘要: 灰肉红菇是广西等地特色野生食用菌,生于锥属植物林地,但其与相似类群子实体下土壤真菌多样性研究并不系统,土壤真菌功能未见报道。本研究在广西浦北县同一样地,以灰肉红菇(H)及其相似类群(玫瑰红菇JH,毒红菇FH;白黄乳菇DZ)子实体下土壤为研究对象,采用高通量测序技术,明确土壤真菌的多样性及群落组成、优势类群及其功能。结果表明,H、JH、FH、DZ子实体下土壤真菌均匀度相似,但H丰富度最高,红菇属(H、JH、FH)土壤真菌的丰富度高于乳菇属(DZ);H、JH、FH、DZ共有OTUs463个,H特有121个;门水平上,H子实体下土壤真菌中子囊菌门与担子菌门丰度较JH、FH、DZ高,DZ与H、JH、FH在球囊菌门、芽枝霉门丰富度上呈极显著差异;属水平上,H子实体下土壤真菌红菇属、丝盖伞属丰度较JH、FH、DZ高,DZ中青霉属、Saitozyma、黄丝曲霉属较其他组别丰度高,大团囊菌属、喇叭菌属、小球腔菌属、Paraphaeosphaeria、丝盖伞属等与H关联度高,与JH、FH、DZ关联度较低,但H、JH、FH、DZ土壤真菌属的丰度无显著性差异;特定物种丰度方面,H中Gliocephalotrichum humicola、Talaromycesruber、玫瑰红菇较其余组别丰度高,排名前十的物种无显著性差异,但H子实体下土壤真菌Aspergilluscitocrescens在同属间(H,FH,JH)两两比较丰度差异达到显著水平。功能方面,H具有共生作用的土壤真菌丰度较高,JH、FH、DZ具有腐生作用的土壤真菌丰度相对较高。本研究为进一步研究灰肉红菇的土壤微生态及核心微生物组奠定了基础。
    • 陶禹; 李雪峰; 张竹青; 张清壮; 李鑫
    • 摘要: 土壤强还原灭菌技术(Reductive soil disinfestation,RSD)是一种缓解连作障碍的有效手段,目前关于它对土壤微生物群落结构与活性影响的研究很多,但对于不同RSD处理下,不同深度土壤微生物群落结构的差异及其与环境因子的联系关注很少。为在一定程度上说明RSD改良缓解连作障碍的基本原理,并为后续研究人员采用微生物手段改良土壤质量、防治土壤连作障碍提供研究基础,本研究通过土壤理化性质检测和高通量测序技术比较了不同土壤灭菌方式对土壤养分和微生物群落的影响。结果表明:RSD处理能有效提高土壤中全氮、全钾和全磷含量,并促进有效磷、速效钾等土壤速效养分在土壤中的转化积累。同时,根据群落与环境因子关联分析,发现土壤深度、全氮、有效磷和交换态镁等环境因子共同驱动了Chloroflexi、Actinobacteria、Ascomycota、Basidiomycota、Mortierellomycota等菌门丰度变化,其中土壤深度差异是造成微生物群落结构差异的最主要原因。群落功能预测表明,RSD能有效提高浅层土壤中细菌的碳水化合物代谢、萜类与多酮类化合物代谢等功能丰度,并促进深层土壤中土壤腐生真菌、木质腐生真菌和枯落物腐生真菌的定殖。综上所述,RSD能有效提高土壤养分积累并驱动微生物群落结构与功能变化,有利于农田土壤地力提升与生态可持续发展。
    • 张秋玉; 陈晶; 周雪妹; 龚汉雨; 余光辉
    • 摘要: 为研究莼菜内生细菌的多样性,挖掘莼菜的内生细菌资源,采用IlluminaMiSeq高通量二代测序技术对莼菜不同组织及水样进行了Alpha、Beta多样性分析,分析细菌群落的结构组成以及对比KEGG数据库进行内生细菌菌群基因功能预测.莼菜样品和水样中获得16S rRNA基因V3-V4区高质量序列1124709条,1391个细菌OTUs隶属于21个门和399个属.分析结果表明:莼菜内生细菌的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),水样和莼菜组织间共有29个共有菌属,占内生细菌所有种类的7.27%.PICRUSt2功能预测发现内生细菌菌群共有34个子功能,菌群功能丰富,代谢为最主要的功能.莼菜茎的内生细菌多样性大于其他组织,且不同组织均有各自特异的菌属,推测植物组织结构可能会促进内生细菌选择合适的组织生态位为植物体提供动力.
    • 王博; 张宏; 洪文静; 李晨阳; 陈健; 沈磊; 李琪
    • 摘要: 目的基于肠道菌群研究复方黑骨藤有效成分组(active ingredient group from Periploca forrestii Schltr.compound,AIG)对胶原诱导性关节炎(collagin-induced arthritis,CIA)大鼠的治疗作用。方法采用牛Ⅱ型胶原乳剂制备CIA大鼠模型,采用酶联免疫方法考察各组大鼠踝关节中TNF-α、IL-6的含量变化,同时运用16s rRNA高通量测序技术测定各组大鼠肠道菌群,并通过KEGG预测菌群功能。结果AIG可明显改善CIA大鼠关节滑膜组织中炎性细胞浸润和组织增生等情况,减轻关节肿胀,以及明显降低其踝关节中IL-6和TNF-α的含量。肠道菌群结果表明AIG能增加CIA大鼠拟杆菌门、拟普雷沃菌属和Prevotella_9的相对丰度,降低杜氏杆菌属、毛螺菌属等11种菌属的相对丰度。功能预测发现AIG可能影响细胞凋亡等信号通路。结论AIG可明显改善CIA大鼠足趾肿胀,以及关节滑膜中炎性细胞浸润和组织增生,修复CIA大鼠紊乱的肠道菌群结构,可能影响其细胞凋亡通路,恢复机体免疫力。
    • 林铭珍; 周新科; 姚文霞; 潘劲辉; 董志杰; 王知源; 肖瑶; 黄伟; 梁敏
    • 摘要: 目的环状RNA(circRNA)在多种生理病理过程中均发挥重要作用,但仍有许多circRNAs的功能尚待发掘,文章旨在研究锌指蛋白基因ZMYM2转录形成的环状RNA hsa_circ_0029625的主要特征,并对其进行功能预测和初步探究。方法从反向剪接位点及全长测序验证、核糖核酸酶R(RNase R)抵抗实验(细胞样本分为RNase R组和对照组)、细胞核质RNA分离实验、翻译蛋白潜能四个方面探究该circRNA的基本特征。利用荧光实时定量PCR实验初步探究该circRNA在胃癌中的表达。通过生物信息学预测circRNA上潜在结合的微小RNA(miRNA),并应用基因本体论(GO)对下游靶基因进行功能注释,初步验证下游靶基因,筛选和分析下游关键基因。结果hsa_circ_0029625是由ZMYM2转录本NM_003453反向剪接形成,全长测序比对结果符合预期。hsa_circ_0029625可耐受RNase R,主要位于细胞质。蛋白翻译分析显示:hsa_circ_0029625可能编码多肽。RNA定量分析显示:该circRNA在胃癌组织中较癌旁组织明显下调。荧光实时定量PCR实验验证5个下游靶基因在胃癌组织中表达下调。GO功能注释显示:靶基因主要涉及转录等生物过程以及转录调节活性等分子功能。结论锌指蛋白基因ZMYM2来源环状RNA hsa_circ_0029625具有环状RNA的基本特征,有编码多肽潜能,可能通过海绵miRNAs参与多种生物学过程及功能,在胃癌样本中低表达及生物信息学预测提示其可作为胃癌潜在靶点。
    • 段健诚; 胡吉卉; 沈宇航; 邓高威; 高威; 牟华; 张庆起; 高焕
    • 摘要: 为探究虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)感染对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)肠道菌群的影响,本研究基于16S rRNA基因的测序结果,对感染EHP的脊尾白虾肠道菌群进行了分析。结果显示,感染虾与健康虾肠道菌群差异较大,且其肠道菌群结构多样性显著低于健康虾。研究发现,病虾中归属于变形菌门(Proteobacteria)的脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、未分类蓝细菌科(unidentified Cyanobacteria)、支原体科(Mycoplasmataceae)和未分类α变形菌科(unidentified Alphaproteobacteria)为优势菌,而归属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)及噬几丁质杆菌科(Chitinophagaceae)细菌在健康虾中占据优势地位。EHP侵蚀导致感染虾肠道内潜在致病菌显著增加(P<0.05),增加了其他疾病的易感性。此外,通过Tax4Fun功能预测,发现感染虾肠道菌群主要用于新陈代谢,从而抵抗EHP侵染,维持机体正常功能;健康虾肠道菌群则多用于个体生长与环境信息处理,进而保证生长与存活。本研究从虾肠道菌群结构方面入手,进一步探究了EHP感染对脊尾白虾肠道菌群的影响,以期为EHP的防治提供帮助。
    • 邹晓爽; 李江; 李彦澄; 王斌; 易倩文; 张云涛; 代永恒
    • 摘要: 为探究两级缺氧/好氧(anoxic/oxic,A/O)工艺处理焦化废水有机污染物转化和细菌群落结构之间的关系,以实际运行的焦化废水处理厂为研究对象,采用傅里叶变换红外光谱和三维荧光光谱对废水中有机污染物官能团与溶解性有机物(dissolved organic matter,DOM)进行分析,并采用高通量测序技术,分析两级A/O工艺中细菌群落结构及其功能的沿程变化.结果表明:①两级A/O工艺对化学需氧量(COD)、氨氮(NH_(4)^(+)-N)、硫氰酸盐(SCN-)、苯并[a]芘(BaP)、苯酚、挥发酚的去除率均在90%以上.②各有机污染物的去除与醇类、脂类、醚类、多糖类及羧酸类等物质的C≡N、C—N、C=C、—CO—伸缩振动,以及—NH_(2)和N—H弯曲振动等官能团运动有关,原水中大部分DOM被去除.③微生物分析表明,硫杆菌(Thiobacillus)为两级A/O工艺的优势菌属(相对丰度为18.85%~31.06%),Fluviicola和norank_f_JG30-KF-CM45的相对丰度与BaP浓度均呈负相关,Arenimonas的相对丰度与挥发酚、苯酚浓度均呈正相关,Bradyrhizobium、Nakamurella、Nitrospira、norank_f_NS9_marine_group、unclassified_f_Rhizobiaceae的相对丰度与挥发酚、苯酚浓度均呈负相关.④两级A/O工艺中有机污染物的去除与氟苯甲酸酯降解、多环芳烃降解、苯甲酸酯降解等多种代谢途径有关.研究显示,经两级A/O工艺处理后,焦化废水中的主要污染物均显著去除,并且有机污染物变化均会影响功能微生物相对丰度的改变.
    • 钟蕊; 林亚莹; 朱毅; 吴焕淦; 孙可鑫; 黄艳; 祁琴; 吴璐一
    • 摘要: 目的:采用16S rDNA高通量测序技术分析针灸对克罗恩病(CD)大鼠肠道菌群物种相对丰度和多样性的影响,探讨针灸对克罗恩病的作用机制。方法:将40只SD大鼠随机分为正常组、模型组、隔药饼灸组、电针组和西药组,每组8只。采用2,4,6-三硝基苯磺酸溶液灌肠4周构建CD大鼠模型,隔药饼灸组和电针组选取天枢(双侧)、气海穴进行干预,西药组采用柳氮磺吡啶溶液灌胃干预。干预结束后取结肠组织进行HE染色,收取大鼠粪便进行16S rDNA高通量测序并对进行物种相对丰度、alpha多样性和基因功能代谢预测分析等。结果:隔药饼灸组和电针组大鼠结肠组织病理学评分显著低于模型组(P<0.01)。与正常组比较,模型组拟杆菌门、放线菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、紫单胞菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃菌属等的相对丰度升高,厚壁菌门、变形菌门、梭菌纲、梭菌目、毛螺菌科、瘤胃菌科、乳酸杆菌属等的相对丰度降低;在经过隔药饼灸和电针治疗后,上述大多数微生物相对丰度均有不同程度改善。与正常组比较,模型组肠道菌群的Chao1、Observed species、Shannon、Simpson等alpha多样性指数均显著下降(P<0.05);与模型组比较,隔药饼灸组和电针组上述指数均显著升高(P<0.05)。功能预测分析发现隔药饼灸和电针均能调节参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢等的功能基因。结论:CD与肠道菌群结构变化有关,针灸能够调节CD大鼠肠道菌群物种相对丰度和菌群多样性。
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