蛋白质相互作用

摘要： Bcl-2蛋白是Bcl-2家族中主要行使抗凋亡功能的蛋白质.核孤儿受体蛋白Nur77可出核定位至线粒体与其发生相互作用,促使Bcl-2的功能发生逆转,由细胞保护者转变为细胞杀手,从而促发细胞凋亡.Bcl-2的功能受翻译后修饰调控,如位于其BH3与BH4基序间无序loop区上T69位点的磷酸化.由于缺乏全长Bcl-2蛋白的结构信息,目前loop区T69的磷酸化修饰对两种蛋白相互作用的影响尚不清楚,缺乏原子水平的相关研究.因此,我们构建了含有loop区的胞内全长Bcl-2,并用T69E突变体模拟稳定的磷酸化修饰,综合运用圆二色谱(CD)、免疫印迹(Western Blot)、核磁共振(NMR)等技术手段对其相互作用进行研究.我们发现相比只含结构区的Bcl-2/xl嵌合体,胞内全长的Bcl-2和Nur77具有更强的相互作用,并且T69E模拟磷酸化修饰减弱了Bcl-2与Nur77的相互作用.该项研究对基于Bcl-2和Nur77信号转导通路和癌症细胞靶向凋亡的研究具有重要的参考意义.

摘要： 近日,一篇发表在《Nature Communications》上的研究显示,研究人员使用CRISPR-Cas9介导的基因筛选技术在原代CD4^(+)T细胞中靶向敲除了426个与HIV生命周期有关的基因,确定了它们对HIV复制的功能影响,同时进行深度测序,以量化每个扰动的等位基因敲除效率,监测HIV-1病毒激发后7 d内的感染情况。该研究表明,宿主-病原体蛋白质-蛋白质相互作用数据集为功能宿主因子的发现提供了丰富的候选来源,使人们能更好地理解原代T细胞中的HIV复制机制。该研究策略能有效地将高质量的阵列筛选实验用于未来原代细胞类型中的宿主因子鉴定,对继续探索原代人类细胞中的蛋白质相互作用和功能机制及临床治疗至关重要。

摘要： 基于“致病基因邻居倾向于引起相似疾病”和“必需基因和致病基因关联较少”的假设,融合蛋白质相互作用和代谢通路,构建双层生物分子网络,提出一种基于双层生物分子网络双流量网络传播的致病基因排序方法。为致病基因和必需基因分配正流量和负流量,挖掘与已知致病基因相似的潜在致病基因。实验结果表明,本方法与基于经典假设的单层网络方法相比,在富集分数1和富集分数2分别提高11.66和13.66。

摘要： 肿瘤的发病率在逐年增长,其中恶性肿瘤严重影响着人类的健康和生命。目前,临床上常规抗癌药物由于存在靶向性较低、毒副作用明显、容易产生耐药性等缺点,正在失去其一些治疗用途。而抗肿瘤多肽类药物拥有分子量小、靶向性强、特异性高、毒性弱、易于合成等特点,使其成为了治疗肿瘤的新方法。抗肿瘤多肽主要包括天然多肽、人工修饰多肽及人工合成多肽,其作用机制非常复杂,主要包括抑制肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭,促肿瘤细胞凋亡,免疫调节等。该文从多肽通过阻断蛋白质相互作用发挥抗肿瘤作用这一机制进行概述。

摘要： 工程抗坏血酸过氧化物酶(The Engineered Ascorbate Peroxidase,APEX2)是一种能够有效地应用于研究活细胞内蛋白质与蛋白质的相互作用的方法。与其他传统的蛋白质互作研究方法相比,APEX2技术不仅可以允许靶向和邻近依赖性标记蛋白质,并且实现了亚细胞室的蛋白质组学定位以及动态蛋白质复合物的识别,现已成为蛋白质组学分析的一种新方法。主要总结了APEX2的技术发展及其在不同类型的蛋白质组的应用。

摘要： 基于生物素酶的蛋白质邻近标记技术是利用融合在感兴趣蛋白上的生物素连接酶对邻近的蛋白质生物素化,通过生物素与链酶亲和素之间的亲和力进行分离,再结合质谱分析鉴定出生物素化蛋白。该技术能够用于检测弱而短暂的蛋白质相互作用,也给在无膜细胞器和其他不易分离或纯化的亚细胞结构的上的蛋白互作研究提供了新的选择,很好地补充了传统研究蛋白质互作方法的空白。本文对近几年出现的基于生物素酶的蛋白质邻近标记的技术发展及其应用进行了综述。

摘要： 复杂网络控制能够捕获整个网络的状态,使得从海量的蛋白质相互作用数据中找到潜在的肿瘤致病基因成为可能。该文利用复杂网络控制理论探究肿瘤关键基因,对5种癌症相关的蛋白质–蛋白质相互作用网络,通过网络最小控制集方法,选取始终处于最小控制集(minimum dominating set,MDS)的基因作为候选关键基因。利用肿瘤相关的生物通路数据和已被证实的肿瘤基因数据,采用富集分析证明了该方法的有效性。构建网络综合中心性指标,对候选关键基因进行排序。进而针对不同的癌症类型,挑选排在前面的候选基因(非已知重要基因集的基因)作为最终的预测基因,基于网络结构和体细胞突变数据分析,对其作为生物标志物的有效性进行验证。该研究在一定程度上为复杂网络控制理论在生物医学中的应用提供了思路。

摘要： 目的通过基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analaysis,WGCNA)及蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)识别肺腺癌发生发展中的枢纽基因。方法从TCGA数据库中下载497例肺腺癌组织和54例正常肺组织的RNA-seq表达矩阵及配套临床信息。利用R语言的DESeq2软件包进行差异基因表达分析。随后通过WGCNA筛选出枢纽模块,PPI分析鉴定出枢纽基因。最后使用GEIPA数据库验证枢纽基因与肿瘤分期、预后的关系。结果通过DESeq2分析得到1904个差异基因。通过构建共表达网络,确定棕色和蓝色模块为枢纽模块,PPI分析筛选得到核分裂周期蛋白80(nu⁃clear division cycle 80,NDC80)为枢纽基因。GEIPA数据库验证结果显示NDC80基因与肿瘤的分期相关(F=3.58,P<0.05),且NDC80基因高表达与肿瘤的总生存期较差有明显相关(HR=1.6,P<0.05)。结论通过构建WGCNA及PPI分析得到枢纽基因NDC80,且NDC80基因的高表达与肿瘤的分期及预后密切相关。提示NDC80基因有望成为肺腺癌预后的生物学标志物。

摘要： 蛋白质-蛋白质相互作用是生命活动的基础,在多种生理过程中有至关重要的作用。研究蛋白质的相互作用可为治疗肿瘤提供理论依据。传统的相互作用蛋白筛选方法有一定的局限性,邻近标记技术拥有可检测弱、瞬时的蛋白质相互作用的优势。主要介绍了邻近标记技术的分类及邻近标记技术的应用。

摘要： 目的利用生物信息学方法探讨小鼠肌球蛋白轻链激酶(MYLK)的结构、编码蛋白质的结构及功能等,为研究MYLK蛋白功能调节机制奠定基础。方法通过生物信息学分析,对MYLK基因编码的产物及理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构、结构域、亚细胞定位、磷酸化及互相作用蛋白等进行预测分析。结果MYLK由1950个氨基酸组成,为理论等电点为5.92的亲水性不稳定蛋白,无信号肽和跨膜区域,二级结构主要为无规则卷曲,成功构建其三级结构,MYLK蛋白有四种结构域,主要存在于细胞核,有较多的Thr、Ser磷酸化位点,Tyr磷酸化位点相对较少,与MYLK相互作用的蛋白主要是肌球蛋白和钙调蛋白。结论MYLK是具有核定位、无跨膜结构、亲水性不稳定的蛋白质,在细胞黏附、迁移、凋亡等生理活动中具有极为重要的意义。

摘要： 提出了一种基于人工免疫特性的蛋白质相互作用(PPI)网络聚类模型与算法以期提高其辨识准确率.在该算法中将聚类中心作为抗原,将邻接的节点作为抗体,通过计算抗体与抗原之间的亲和度,将其作为记忆细胞把节点划分到聚类中;然后选择优秀抗体作为疫苗,尝试将疫苗注入聚类模块并进行更新,通过与注射前的模块适应度进行比较,不断更新记忆细胞.对PPI数据集上的数据进行了仿真,实验结果表明,与功能流算法(FLOW)相比,所提方法的正确率和查全率的几何平均值均得到了提高.

摘要： 蛋白质与蛋白质相互作用对于包括DNA的转录与复制、信号转导、基因调控、细胞周期控制、免疫识别、酶催化以及新陈代谢在内的生命现象均具有重要的调控作用.因此,正确识别蛋白质与蛋白质的相互作用,不仅对于蛋白质功能注释,而且对于新药的研究都具有重要作用.该文基于氨基酸序列信息,利用特征选择方法和支持向量机技术对蛋白质与蛋白质的相互作用进行了预测研究.对酵母蛋白质相互作用数据集的预测研究表明了当前方法的有效性.

摘要： 蛋白质相互作用关系抽取是蛋白质知识网络构建的必要前提，对生物医学领域的研究具有十分重要的意义。本文使用了基于SVM的方法，从生物医学文献中抽取蛋白质相互作用的有向关系。首先针对蛋白质关系的特点，抽取了几组合理有效的特征集合，并根据句法分析的结果设计了依存句法特征集合，有效地改善了蛋白质关系抽取的效果。在此基础上，围绕蛋白质相互作用的关联词抽取特征，判断了蛋白质相互作用的方向，为蛋白质知识网和生物实体关系网的构建提供了更为充分的信息。本文在LLL05语料上进行了实验，取得了较好的效果。实验结果表明，依存句法特征集合对关系抽取具有重要影响;围绕关联词抽取的特征集合对关系判断是十分有效的。最后，本文分析了不同特征对实验结果的影响，明确了下一步的研究方向。

摘要： 拟位(mimotope)或称“模拟位”或“模拟表位”，是能模拟天然表位与相应抗体结合的多肽。通过噬菌体展示技术，常常能够得到大量拟位及其序列。研究分析这些拟位，在基础研究中往往有助于阐明蛋白质相互作用的位点与网络，在应用研究中有助于诊断试剂、新型药物、疫苗的开发。因此，拟位生物信息学分析工具的研究受到各国研究者的关注。本文在列举现有的6种基于拟位的表位预测方法与工具的基础上，着重介绍了我们新近开发的拟位生物信息学分析工具MIMOX的总体结构与算法，并将其与前述6种工具进行了初步的比较，凸现了MIMOX与操作系统及计算机硬件平台无关并可自由免费使用的特点。本文可望为该领域实验研究者选择合适的生物信息工具提供一个参考。

摘要： 从E.coli JM83基因组和人肝总RNA中分别扩增获得细菌碱性磷酸酶(BacterialAlkaline Phosphatase，BAP)基因和人甾体受体辅活化因子-1(Steroid Receptor Coactivator-1，SRC-1)的186个氨基酸对应的基因序列(以下简称SRC186)。用重组技术，构建BAP-SRC186-pET28a融合基因表达载体，在E.coli Rosetta(DE3)中，以IPTG低温诱导表达，获得可溶性融合蛋白BAP-SRC186。表达实验结果表明，Rosetta(DE3)对该蛋白的表达能力强于BL21(DE3)，BAP的存在有利于可溶性SRC186的获得。以对硝基苯磷酸盐(P-nitrophenyl-phosphate，PNPP)为底物进行的活性测定显示，该融合蛋白的BAP比活力为0.176±0.0134 μmol/min/mg蛋白。活性表达的BAP-SRC186融合蛋白被应用于辅活化因子与核受体的相互作用研究。在利福平存在的情况下，BAP-SRC186能与孕烷X受体配体结合域(Pregnane X Receptor Ligand Binding Domain，PXRLBD)发生利福平剂量依赖性的相互作用，作用强度通过BAP的显色反应可方便地检测。BAP融合蛋白能有效应用于蛋白质相互作用研究。

摘要： 细胞穿透肽(cell-penetrating peptides, CPPs)具有携带不同种类的物质进入细胞、组织和器官的能力。使用CPPs 向细胞内输送信息分子，调节蛋白质-蛋白质之间的相互作用，从而阻止疾病的分子进程。CPPs 介导的药物转运，改变了以往药物的体内分布、降低了药物毒性、提高了病人的依从性等其他利于治疗的因素。目前CPPs 介导的物质转运已进入临床前和临床研究阶段，主要用于治疗中枢神经系统疾病、心血管疾病和癌症等难治性疾病。然而，国内尚无开展CPPs 的临床研究。在此，我们对CPPs 大量临床前研究和临床试验进行综述，为发展具有我国知识产权的药物提供借鉴。

摘要： 细胞穿透肽(cell-penetrating peptides, CPPs)具有携带不同种类的物质进入细胞、组织和器官的能力。使用CPPs 向细胞内输送信息分子，调节蛋白质-蛋白质之间的相互作用，从而阻止疾病的分子进程。CPPs 介导的药物转运，改变了以往药物的体内分布、降低了药物毒性、提高了病人的依从性等其他利于治疗的因素。目前CPPs 介导的物质转运已进入临床前和临床研究阶段，主要用于治疗中枢神经系统疾病、心血管疾病和癌症等难治性疾病。然而，国内尚无开展CPPs 的临床研究。在此，我们对CPPs 大量临床前研究和临床试验进行综述，为发展具有我国知识产权的药物提供借鉴。

摘要： 细胞穿透肽(cell-penetrating peptides, CPPs)具有携带不同种类的物质进入细胞、组织和器官的能力。使用CPPs 向细胞内输送信息分子，调节蛋白质-蛋白质之间的相互作用，从而阻止疾病的分子进程。CPPs 介导的药物转运，改变了以往药物的体内分布、降低了药物毒性、提高了病人的依从性等其他利于治疗的因素。目前CPPs 介导的物质转运已进入临床前和临床研究阶段，主要用于治疗中枢神经系统疾病、心血管疾病和癌症等难治性疾病。然而，国内尚无开展CPPs 的临床研究。在此，我们对CPPs 大量临床前研究和临床试验进行综述，为发展具有我国知识产权的药物提供借鉴。

摘要： 细胞穿透肽(cell-penetrating peptides, CPPs)具有携带不同种类的物质进入细胞、组织和器官的能力。使用CPPs 向细胞内输送信息分子，调节蛋白质-蛋白质之间的相互作用，从而阻止疾病的分子进程。CPPs 介导的药物转运，改变了以往药物的体内分布、降低了药物毒性、提高了病人的依从性等其他利于治疗的因素。目前CPPs 介导的物质转运已进入临床前和临床研究阶段，主要用于治疗中枢神经系统疾病、心血管疾病和癌症等难治性疾病。然而，国内尚无开展CPPs 的临床研究。在此，我们对CPPs 大量临床前研究和临床试验进行综述，为发展具有我国知识产权的药物提供借鉴。

摘要： 细胞穿透肽(cell-penetrating peptides, CPPs)具有携带不同种类的物质进入细胞、组织和器官的能力。使用CPPs 向细胞内输送信息分子，调节蛋白质-蛋白质之间的相互作用，从而阻止疾病的分子进程。CPPs 介导的药物转运，改变了以往药物的体内分布、降低了药物毒性、提高了病人的依从性等其他利于治疗的因素。目前CPPs 介导的物质转运已进入临床前和临床研究阶段，主要用于治疗中枢神经系统疾病、心血管疾病和癌症等难治性疾病。然而，国内尚无开展CPPs 的临床研究。在此，我们对CPPs 大量临床前研究和临床试验进行综述，为发展具有我国知识产权的药物提供借鉴。

摘要： 提供了用于表征至少一种蛋白质分子与可检测标记的探针的结合特征的方法。

摘要： 本发明提供了一种应用iTRAQ技术研究弓形虫慢性感染小鼠脑组织差异表达蛋白质组的方法，本发明还提供了一种与大脑发育调节蛋白相互作用的蛋白质或多肽、及其应用，本发明通过CoIP和Pulldown实验发现与大脑发育调节蛋白相互作用6个弓形虫蛋白，并进一步针对TgRPS14、TgH4基因进行基因敲除实验和神经行为学验证。本发明提供了的弓形虫慢性感染小鼠脑组织差异表达蛋白质组的方法能快速有效地进行蛋白质组学研究，有利于快速定位到具有研究价值或商业应用价值的检测靶标、防治药物靶点。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 分析方法和体系利用蛋白质-蛋白质相互作用所导致的酶切割来调节(激活或失活)报道分子。

摘要： 本发明涉及如通式(I)所表示的非天然氨基酸化合物及其制备方法、在生物大分子蛋白质定点修饰、蛋白质相互作用及生物学研究中的应用。具体地，本发明提供的非天然氨基酸作为一类结构新颖的化学探针，用于蛋白质交联、蛋白质‑蛋白质相互作用的研究、蛋白质的定点标记以及蛋白质定点修饰的应用。

摘要： 本发明公开了一种基于蛋白质相互作用网络和蛋白质组学的蛋白质鉴定方法。该方法基于相互作用蛋白质间的存在概率亦相互影响的现象，在鸟枪法蛋白质组学数据上融合蛋白质相互作用网络信息，定义了新的蛋白质鉴定图模型，利用图模型中蛋白质的存在概率及其所获得的邻居蛋白质结点的支持度来调整肽映射到蛋白质的概率，从而调整蛋白质的存在概率。该方法能识别大部分的蛋白质，与其它鉴定方法比较，具有较的高的精确度。为生物学家通过蛋白质组学数据推断和鉴定蛋白质的实验以及进一步研究提供有价值的参考信息。

摘要： 本发明提供了在复合体混合物中分离和鉴定参与蛋白质－蛋白质相互作用的蛋白质的方法。该方法使用化学反应性支持基质来分离蛋白质，蛋白质随后非共价结合其它蛋白质。分离支持基质，随后将非共价结合的蛋白质释放用于分析。由于在结合和释放步骤中都可通过化学操作影响蛋白质，鉴定非共价结合蛋白产生关于特定相互作用蛋白质种类的信息，如钙依赖或底物依赖性蛋白质相互作用。这允许在特定相互作用标准基础上从复合体混合物中选择蛋白质亚群。此方法优势是能同时筛选完整蛋白质组，不像双杂交系统或噬菌体展示方法，它们每次仅能检测结合单一钓饵蛋白。该方法可应用于研究活组织切片和尸体解剖样本中的蛋白质－蛋白质相互作用，研究信号分子、药物试剂或毒素存在时的蛋白质－蛋白质相互作用，用于比较患病和正常组织或癌和未转化细胞。

摘要： 分析方法和体系利用蛋白质-蛋白质相互作用所导致的酶切割来调节(激活或失活)报道分子。

摘要： 本公开提供了一种蛋白质表示模型预训练、蛋白质相互作用预测方法和装置，涉及人工智能技术领域，具体为自然语言处理、深度学习技术领域。具体实现方案为：获取蛋白质的氨基酸序列、功能信息和结构信息，根据上述氨基酸的序列、功能信息和结构信息，对蛋白质表示模型进行预训练。由此，提供了一种基于多模态蛋白质表示模型的预训练方式。

摘要： 本发明涉及一种基于孪生‑集成神经网络的蛋白质蛋白质相互作用预测模型,包括:(1)蛋白质序列对输入到编码层,每一个蛋白编码成1000*N的特征矩阵；(2):把这一对蛋白质特征输入到孪生‑集成神经网络进一步提取特征。集成神经网络由MCN和MBC构成。相同的集成神经网络共享参数,构成了孪生神经网络。我们的特征提取是从全局和局部共同提取特征。MCN通过调整不同的kernel‑size可以专注于提取蛋白质特征的局部信息,MBC可以整体提取蛋白质序列的全局信息,输出是四个256维的向量(3):把这四个256维的特征向量通过concatenation操作合并成1024维的特征向量,随后通过多层感知机来最终输出模型的预测结果。根据数据集原始的标签和模型预测结果，通过损失函数评价模型性能，反向传播来更新模型参数。