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蛋白质复合物

蛋白质复合物的相关文献在1987年到2022年内共计207篇,主要集中在自动化技术、计算机技术、生物化学、化学 等领域,其中期刊论文94篇、会议论文7篇、专利文献1570391篇;相关期刊70种,包括科学教育、长沙大学学报、质谱学报等; 相关会议6种,包括第十二届全国计算(机)化学学术会议、江苏省植物生理第三届青年学术年会、湖南省第三届研究生创新论坛——信息与控制工程的新理论和新技术分论坛等;蛋白质复合物的相关文献由438位作者贡献,包括张丽华、张玉奎、李敏等。

蛋白质复合物—发文量

期刊论文>

论文:94 占比:0.01%

会议论文>

论文:7 占比:0.00%

专利文献>

论文:1570391 占比:99.99%

总计:1570492篇

蛋白质复合物—发文趋势图

蛋白质复合物

-研究学者

  • 张丽华
  • 张玉奎
  • 李敏
  • 王建新
  • 梁振
  • 杨开广
  • 毛伊敏
  • 汤希玮
  • 王献
  • 王荣全
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 张锦雄; 钟诚
    • 摘要: 蛋白质相互作用网络中的模块化结构通常对应于蛋白质复合物或者蛋白质功能模块。基于蛋白质相互作用网络预测蛋白质复合物和功能模块不仅有助于理解生命有机体的细胞生物过程,而且可为探讨疾病的发生、发展和治疗以及合理的药物开发提供重要的基础。本文通过回顾近二十年来基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物和功能模块预测算法研究的发展历程,按照静态蛋白质相互作用网络(SPIN)和动态蛋白质相互作用网络(DPIN)两个方向分别梳理预测算法所涉及的方法和技术,同时归纳常用的数据集并分析所面临的问题,为进一步研究提供有价值的参考。
    • 韩若楠; 赵丽丽; 安雨馨; 梁振; 赵群; 张丽华; 张玉奎
    • 摘要: 蛋白质主要以复合物的形式参与各项生命活动。化学交联质谱(CXMS)技术作为近年来新兴的蛋白质复合物解析技术,不仅可实现蛋白质复合物规模化解析,而且普遍适用于任意相对分子质量和纯度的蛋白质复合物样品,因此已成为X-射线晶体衍射技术、冷冻电镜技术等蛋白质复合物解析经典技术的重要补充。目前,CXMS主要采用胰蛋白酶将交联后的蛋白质复合物进行酶切,并进行质谱鉴定。然而鉴定到的交联肽段谱图中b/y特征碎片离子的鉴定数目不足,且因肽段序列匹配连续性较差导致谱图可信度相对较低,影响了蛋白质复合物交联位点的鉴定精准度。该文基于镜像酶正交切割的互补特性,采用胰蛋白酶镜像酶与胰蛋白酶联合酶切的方法,对交联后的蛋白质复合物分别进行酶切,再利用液相色谱-质谱联用技术对酶解产生的交联肽段进行鉴定,进而实现蛋白质复合物的组成、相互作用和结构位点距离约束的解析。对牛血清白蛋白和大肠杆菌全蛋白的交联肽段的分析结果表明,该方法通过增加交联肽段谱图中特征碎裂离子的数目和连续性,鉴定到的大肠杆菌全蛋白的交联位点,较单一胰蛋白酶酶切,提高了16%。因此,镜像酶正交酶切策略能有效提高交联肽段的鉴定准确度和覆盖度,有望为实现规模化的蛋白质复合物精准解析提供新思路。
    • 卢鹏丽; 蔚京娟
    • 摘要: 关键蛋白质的识别有助于从分子水平上理解生命的活动过程,然而仅从拓扑特性角度来识别的关键蛋白质不够精准,因此为了提高识别准确率,结合复合物信息提出了确定蛋白质关键性的指标模型EIC,该模型是基于蛋白质复合物内的局部中心性特性以及网络的全局信息特性来考虑.使用DIP和MIPS两种蛋白质相互作用(PPI)网络作为实验数据集,选用“排序-筛选”方法、精准召回、折刀等评估方法,通过与现有方法DC、BC、EC、SC、LAC、NC以及UC作对比,实验结果表明EIC方法优于这些方法,能够提高预测关键蛋白质的准确率.
    • 张恒钰
    • 摘要: 肝脏健康,平时需要注意些什么。希望通过以下介绍,广大群众及患者能意识到保护肝脏的重要性,爱肝护肝,拥抱健康。1.酒酒主要成分是酒精,就是乙醇,对肝脏有直接毒性作用,其次,乙醇在肝内代谢后产生乙醛,乙醛与蛋白质结合成为乙醛蛋白质复合物,该物质可引发肝脏的免疫损伤,从而导致酒精性肝病.
    • 潘玉亮; 关佶红; 姚恒; 石运佳; 周水庚
    • 摘要: 蛋白质是生命活动的物质基础,直接参与、执行生命的活动过程。大多数蛋白质通过相互作用形成复合物来实现各种生物功能,因此预测蛋白质复合物有助于了解复合物的结构及其功能,也为细胞机制的研究奠定了重要基础。目前,随着高通量实验技术的不断发展,全基因组蛋白质相互作用(PPI)数据日益增多,领域内已经出现了很多基于计算的蛋白质复合物预测方法。虽然现有方法各具特色与优势,但也存在一些不足。首先,针对现有基于计算的蛋白质复合物预测方法进行了分类和比较全面、详细的分析评述;接着,介绍了复合物预测中常用的评价指标和主要数据集,并比较和分析了几种代表性方法的预测性能;最后,对复合物预测方法进行了总结与展望,提出了今后有待解决的若干问题。希望通过对各类方法的分析与比较,为相关人员使用和研究基于计算的蛋白质复合物预测方法提供有价值的参考和方向指引。
    • 费兆杰; 刘培强; 郭俊宏; 杨壮; 刘畅
    • 摘要: 现有关键蛋白质识别算法对生物信息考虑不全面、识别准确率亦有待提高,针对此问题,提出一种高效关键蛋白质识别算法PDWS。首先,结合由亚细胞定位信息获取到的蛋白质位置和蛋白质相互作用网络边聚类系数构建加权网络;其次,依据蛋白质所处亚细胞位置,提出亚细胞定位区室子网参与度指标;最后,融合亚细胞定位区室子网参与度和蛋白质复合物子网参与度指标,多维度度量蛋白质关键性。在DIP和Krogan两个标准数据集上的实验结果表明,PDWS算法性能优于PeC、PCSD等已有算法,可识别出更多特定结构的关键蛋白质,且识别精度分别达到0.76与0.73。
    • 葛永錱; 赵熙强
    • 摘要: 本文构造了一种基于图嵌入技术和布谷鸟搜索的二步蛋白质复合物预测方法(TSSComplex),该算法可在蛋白质交互(PPI)网络上探测蛋白质复合物。采用图嵌入技术,更新边权的计算方式,使得边权同时兼顾了网络的拓扑结构和空间结构。将布谷鸟算法和传统的复合物搜索算法NEOComplex相结合,构成了TSSComplex算法,使用TSSComplex算法既能有效控制复合物中包含的蛋白质数量,又不会遗漏一些小型复合物。将该算法用于最新的人类PPI网络进行实验分析,获得了22.78%的精度和18.62%的召回率(使用传统的NEOComplex算法,其精度和召回率从47%降到了0%)。同时,又定义了最优重合率,用来衡量探测到的复合物能否尽可能地包含已知复合物。实验发现,在参考复合物集合中,有55.43%的复合物能够完全包含在某个通过预测获得的复合物中。另一方面,在参考复合物集合中,有94.78%的复合物,其最优重合率超过了50%。研究结果显示,在蛋白质交互信息大量增加的情况下,TSSComplex算法依然具有一定的精度,且能够为进一步精确探测复合物缩小搜索范围。
    • 盛江明; 薛娟; 李鹏; 伊娜
    • 摘要: 目的探讨利用时空图卷积神经网络在动态蛋白质网络中挖掘复合物的新方法。方法文中首先定义了边强度、节点强度和边存在概率等指标对动态蛋白质网络进行建模,然后结合图上的时间序列信息和结构信息,基于希尔伯特-黄变换、注意力机制和残差连接等技术设计了2种卷积算子来对网络中蛋白质的特征进行表示学习,构建得到动态蛋白质网络特征图。最后采用谱聚类来识别复合物。结果在多个公开生物数据集上的仿真实验结果表明,所提算法在DIP数据集和MIPS数据集上的F值都达到了90%以上,相比于DPCMNE、GE-CFI、VGAE和NOCD等4种识别算法而言,识别效率分别平均提高了约34.5%、28.7%、25.4%和17.6%。结论运用深度学习技术来处理动态蛋白质网络的性能表现良好,具有普适意义。
    • 徐香; 柴胡玲潇; 王冠博
    • 摘要: 在完整复合物层面表征糖蛋白复合物的高级结构和动态学,对于研究蛋白质功能具有重要意义。行波式离子淌度与非变性质谱结合不仅可提供额外的正交分离维度,还可通过测定碰撞截面积(CCS)获取分析物的几何特征信息,助力结构表征。本工作针对糖蛋白复合物稳定性及小规模结构差异的表征需求,选取由不同物种表达的亲和素作为糖蛋白模式复合物,探究离子淌度在非变性质谱分析中可提供的结构信息。结果表明,离子淌度可在完整复合物水平上分离蛋白型亚群分布,能够反映高阶复合物的几何特征,以及蛋白在气相解离条件、电荷调控条件和经电荷调控的气相解离条件下的构象变化程度,可应用于糖蛋白复合物体系的稳定性评价。
    • 陈清蓉; 柴胡玲潇; 陈韬; 王冠博
    • 摘要: 在完整蛋白及其复合物层面表征糖蛋白可提供修饰程度、变异体分布、结合计量关系等方面的重要结构信息。大量天然蛋白质及蛋白质药物都以糖蛋白形式存在,随着糖基化程度的增大,蛋白体系的异质性增强,糖链与肽链理化性质的差异使得常规表征手段容易损失准确性。使用质谱测定会因蛋白型质量分布展宽造成信号重叠,以及不同糖型离子化响应差异造成不同价态蛋白型质量分布差异而损失准确度,甚至无法实现分子质量测定。为解决这一问题,开发了基于有限价态还原的非变性质谱方法,但这些方法有的存在还原效率有限,有的需使用仅个别型号商品化仪器才具备的基于电子/质子转移的气相反应功能,应用范围受到限制。本工作针对含有非共价亚基的完整IgA2单克隆抗体及其尺寸变异体复合物体系,使用基于非变性质谱及串联质谱的碎片互补方法,以及碰撞诱导解离(CID)或高能碰撞解离(HCD)反应,综合利用有限价态还原效应和解离反应的质量守恒约束条件,实现高异质性糖蛋白复合物的测定。通过与针对全体蛋白型系综还原方法及蛋白型亚群有限还原方法的平行比较和交叉验证,评价各种方法的性能。结果表明,在解离产物特异性高且分子质量均一的情况下,碎片互补法可充分保证价态及分子质量测定的准确性。这一策略可为高异质性糖蛋白体系在完整层面的分析提供普适化方案。
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