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生物信息

生物信息的相关文献在1982年到2023年内共计1547篇,主要集中在自动化技术、计算机技术、基础医学、生物工程学(生物技术) 等领域,其中期刊论文662篇、会议论文86篇、专利文献654167篇;相关期刊497种,包括热带亚热带植物学报、生物技术通报、生物信息学等; 相关会议73种,包括中国毒理学会灾害与应急毒理学专业委员会第一次全国学术交流会、第二十六届全国信息保密学术会议(IS2016)、中国卫生统计(生物统计)2014学术年会等;生物信息的相关文献由3132位作者贡献,包括山下新吾、朴商纶、姜在珉等。

生物信息—发文量

期刊论文>

论文:662 占比:0.10%

会议论文>

论文:86 占比:0.01%

专利文献>

论文:654167 占比:99.89%

总计:654915篇

生物信息—发文趋势图

生物信息

-研究学者

  • 山下新吾
  • 朴商纶
  • 姜在珉
  • 北川毅
  • 小椋敏彦
  • 权用柱
  • 木下広幸
  • 权义根
  • 尹胜槿
  • 袁心洲
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 鄂志野; 文怡欣; 张珊; 聂影; 赵珈华; 海艳洁; 鞠宝玲; 张红军
    • 摘要: 目的 探讨Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)在肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达变化及其对肝癌预后的影响.方法 采用生物信息学方法,通过GEPIA 2.0网络平台,利用TCGA数据分析COL1A2在正常肝组织与HCC组织中的差异表达;通过Kaplan-Meier分析COL1A2表达变化对HCC患者生存率的影响;通过UALCAN在线分析COL1A2与肿瘤分级,肿瘤分期和TP53基因突变的相关性;通过TIMER数据库分析COL1A2表达对肝癌组织免疫细胞浸润的影响;通过GEPIA 2.0网络平台在线分析HCC组织中COL1A2的表达与T淋巴细胞免疫抑制检查点PD-1、CTLA4的相关性.进一步利用GEO数据库综合分析验证COL1A2在肝癌组织的差异表达.结果 COL1A2的表达与HCC的肿瘤分级、肿瘤分期及TP53基因突变呈正相关;COL1A2在HCC组织表达明显上调;生存分析显示癌组织COL1A2的表达量与HCC患者无进展生存率(PFS)和无复发生存率(RFS)相关;COL1A2的表达虽与HCC组织CD8+T细胞浸润呈正相关,但也同时与免疫抑制检查点PD-1,CTLA4的表达呈正相关,提示COL1A2的高表达与HCC的免疫抑制密切相关.结论 COL1A2可在HCC癌组织中高表达,通过促进TP53基因突变,诱导抗肿瘤细胞的免疫抑制与肿瘤的发展及患者生存密切相关,COL1A2可作为HCC预后判断的生物标志物.
    • 李广柱; 朱成磊; 杨克彬; 王新悦; 高志民
    • 摘要: 为了解毛竹(Phyllostachys edulis)中肉桂酸-4-羟化酶基因(C4H)的分子特征及其表达模式,采用生物信息学方法在毛竹基因组数据库中鉴定出6个C4H成员(PeC4H1~PeC4H6),基因编码区长度为1506~1695 bp,推测编码501~564 aa,均具有保守的血红素结合域、苏氨酸结合槽基序和5个特征性底物识别位点,属于细胞色素P450超家族。系统进化分析表明,6个PeC4Hs可分为2类,分别含有2和4个成员。转录组数据分析表明,PeC4Hs在毛竹26个组织中的表达量存在明显差异,不同高度笋中PeC4Hs的表达差异显著。PeC4Hs启动子序列中含有多种响应逆境胁迫和激素信号的顺式调控元件,PeC4Hs表达受干旱和GA_(3)的影响,干旱时,仅PeC4H3/4在根中显著上调表达,其余成员均呈下调表达;GA_(3)处理下叶中PeC4H3/6迅速响应,呈先显著上调后逐渐降低的趋势,根中PeC4H2/5在处理前1 h短暂下调后又显著上调,至8 h时恢复到处理前的表达水平。因此,PeC4Hs可能在毛竹笋的木质化过程和应对非生物胁迫中发挥着重要作用。
    • 任敬; 陈谦; 许建新; 杨新宇; 吴琦
    • 摘要: 目的探讨肌动蛋白结合蛋白(Fscn)1基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者癌组织和癌旁组织中的表达及意义。方法采用生物信息分析方法分析人类肿瘤基因组(TCGA)数据库中Fscn1基因的表达情况。在STRING数据库中建立Fscn1基因及其相关蛋白互相作用网络,对网络中的蛋白进行功能富集。采用生存分析探讨Fscn1基因高低表达水平与NSCLC患者的预后关系。同时回顾性分析NSCLC患者51例,采用免疫组织化学法检测手术标本中NSCLC患者癌组织和癌旁正常组织中Fscn1基因编码蛋白表达水平,分析比较Fscn1基因编码蛋白表达与患者临床病理特征的关系。结果Fscn1基因在多种肿瘤中表达水明显高于对应的癌旁组织,且在NSCLC患者中Fscn1基因mRNA表达水平明显上调(P0.05)。进一步根据病理类型分为鳞癌和腺癌,结果显示肺腺癌中,Fscn1基因mRNA高表达患者总生存期显著低于低表达者(HR=1.6,P<0.05)。Fscn1基因编码蛋白在NSCLC患者癌和癌旁组织中的阳性表达率分别为70.6%(36/51)和17.6%(9/51)。Fscn1基因编码蛋白在NSCLC患者癌组织中的阳性表达率显著高于癌旁组织(P<0.05)。Fscn1基因编码蛋白在癌组织中的阳性表达与NSCLC患者的临床分期(P<0.05)和纵隔淋巴结转移有关(P<0.05)。结论Fscn1基因在NSCLC患者肿瘤组织中表达明显上调,且可能参与了肺癌的转移过程。通过靶向一致Fscn1基因表达,有望成为NSCLC治疗的新靶点。
    • 巩元勇; 赵丽华; 闫飞; 朱丽红
    • 摘要: GeBP转录因子调控植物表皮毛的生长发育,并且参与控制植物叶片的发育。该文利用生物信息学方法,在大豆全基因组范围内搜索GeBP基因家族,并从氨基酸理化性质、基因结构、染色体的物理分布、系统进化、序列比对、功能结构域、组织表达情况等基本特征方面对GmGeBP基因家族进行分析。结果表明:(1)共获得9个GmGeBP转录因子基因家族成员,其中仅2个基因含有内含子,且都只有1个内含子,表明该家族成员基因构造比较简单但稳定。(2)GmGeBP编码的蛋白分子量为39.65~49.24 kD,理论等电点为4.65~9.08;这些成员基本上都是酸性氨基酸,属于亲水性、不稳定蛋白。(3)这9个基因不均匀的分布于7条染色体上,10和20号染色体上分别分布2个GeBP基因,3、5、13、15、19号染色体上各分布1个基因。(4)系统进化分析表明,大豆与拟南芥对应的GeBP成员亲缘关系较近,分别聚类到4个分支,而与水稻的距离较远。(5)结构域分析表明,9个GmGeBP成员都包含DUF573结构域,推测该部分在GeBP转录因子中很可能是与靶标基因顺式作用元件互作的结构域。(6)通过分析大豆GmGeBP转录因子基因家族的组织表达,发现不同基因在大豆不同组织的表达量不同,具有一定的特异性。该文对大豆GeBP转录因子基因家族的分析和鉴定为进一步研究大豆表皮毛发育的分子作用提供了理论基础。
    • 乔刚; 李莉; 姜山
    • 摘要: WRKY作为最先在植物中发现的转录因子,在植物生长发育等过程中发挥重要作用。为了更好地研究小立碗藓WRKY蛋白的结构与功能,该文以Pfam数据库中WRKY基因家族数据(登录号为PF03106)为材料,分析了小立碗藓(Physcomitrella patens)WRKY基因家族成员的理化性质、蛋白质的二级结构预测、染色体定位、内外显子分布及系统进化关系。结果表明:(1)小立碗藓WRKY基因家族成员共有38个基因,根据WRKY保守结构域个数和锌指结构类型分成Ⅰ、Ⅱ两大类,不含第Ⅲ类(锌指结构为C2HC型),其中部分基因WRKY保守结构域发生变异。(2)WRKY蛋白氨基酸长度在216~775 aa之间、相对分子质量在24.5~82.8 kDa之间,亚细胞定位显示WRKY家族成员蛋白质定位于细胞核中。(3)WRKY蛋白的二级结构以α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲四种构成元件构成,除PpWRKY11(α-螺旋为主)外,其余无规卷曲占比高达70%。(4)与拟南芥的系统进化关系表明,植物在进化过程中WRKY家族成员的数目与进化方式发生改变,WRKY基因家族成员外显子的个数为3~7个。(5)小立碗藓WRKY基因家族成员无规则分散于21条染色体上,并未形成基因簇。该研究通过分析WRKY基因家族的基本结构与性质,能为后续深入研究WRKY转录因子的功能奠定基础。
    • 黄伟鹏; 徐碧莹; 张敏艳; 吴委林; 郑大浩
    • 摘要: “的布”(DIBOA)是苯并噁嗪类化合物的一种,具有抗虫、抗菌、抗感等重要生物活性。该研究从高抗蚜虫的玉米自交系Mo17中克隆bx 8基因,并借助于生物信息学分析手段,对bx 8基因及其编码的酶的生物化学特性进行分析,结果表明:从Mo17中克隆的目标DNA序列长度为1380 bp;具有完整的开放阅读框(ORF),编码由459个氨基酸组成的蛋白,分子量为49601.59。与玉米标准基因组目标序列相比,从Mo17中克隆的目标DNA序列,存在4个碱基的突变,造成目的基因编码的蛋白质氨基酸序列中发生3个氨基酸的变异;该蛋白与参考蛋白均无信号肽,亲疏水结构极为相似,所以该蛋白是无信号肽、无跨膜区的膜内蛋白,存在23个磷酸化位点,与普通小麦、节节麦和野生二黎小麦几乎相似。该研究中克隆的基因所编码的蛋白质为bx 8基因的表达和功能验证奠定了基础。
    • 甘秋云
    • 摘要: SNP(单核苷酸多态性)是发生在DNA序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是2种算法得到的SNP位点数量和SNP基因型比例相近。
    • 胡莉萍; 王学燕; 陈钦艳; 张陆娟; 蒋智华
    • 摘要: 目的通过生物信息学分析方法预测miR-483-5p的靶基因和信号通路,为进一步分析其在肝癌发生、发展中的调控机制提供理论依据。方法利用starBase靶基因数据库预测hsa-miR-483-5p靶基因集,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建miRNA潜在靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图,再将预测的靶基因利用软件R 3.6.3进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果hsa-miR-483-5p预测的靶基因一共278个。GO功能富集分析结果显示,hsa-miR-483-5p的靶基因主要富集在细胞的焦点粘连、细胞基质黏着小带、细胞-基质结等细胞组分;参与蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性等分子功能(P值均<0.05)。KEGG信号通路富集分析表明,hsa-miR-483-5p的靶基因信号通路显著富集在焦点粘连通路和胰岛素信号通路(P值均<0.05)。其中,MAPK1和MAPK3同时出现在所有的细胞组分、分子功能和信号通路中,处于信号转导网络的核心位置。结论hsa-miR-483-5p可能通过靶基因参与多种生物学过程,推测其在肝癌中的作用可能与MAPK1和MAPK3的调控密切相关。
    • 李振伟; 樊凌华
    • 摘要: 目的分析脓毒症患者与正常人群外周血中差异表达基因、生物学功能及相关信号通路,探讨脓毒症发病的可能机制。方法在美国国立图书馆GEO数据库中检索脓毒症差异表达基因芯片数据并选取GSE26378为研究对象,采用在线分析软件GEO2R筛选出正常人群与脓毒症患者差异表达的基因,并对筛选出的差异表达基因进行相关生物学功能富集,同时采用STRING数据分析上述差异表达基因在脓毒症发病机制中的相关信号通路。同时,采用cytoscape软件对差异基因中的关键基因进行筛选。结果GSE26378数据集中脓毒症患者与正常人群差异表达基因为189个,差异表达基因生物学功能在生物学过程方面主要富集于中性粒细胞激活、中性粒细胞降解、免疫受体激活等;细胞成分方面主要富集于特定颗粒、胞质囊腔等;分子功能方面主要富集于蛋白质同源二聚化活性、免疫球蛋白结合等等;KEGG信号通路主要富集于金黄色葡萄球菌信号通路,炎症-免疫信号通路等。189个差异表达基因相互作用关系为268个,相互聚集系数为0.46,各个节点平均作用关系为2.69。189个差异表达基因中CEACAM8,STOM,CLEC4D,MCEMP1,GPR84,CD177,FCAR,CLEC5A,SLC2A3和CD59为关键基因,在脓毒症发病机制中发挥重要作用。结论CEACAM8,STOM,CLEC4D,MCEMP1,GPR84,CD177,FCAR,CLEC5A,SLC2A3和CD59基因在脓毒症发病机制中发挥重要作用,可作为预测脓毒症的潜在分子标志物。
    • 鲍麒; 张晓兰; 黄纯; 梁春年; 李吉叶; 褚敏; 阎萍
    • 摘要: NLRP基因家族在哺乳动物基因组中分布广泛,在免疫应答和生殖相关过程中发挥重要作用。本研究根据已报道的人类NLRP基因,利用PFAM、CDD、UniProt等数据库,采用ClustalW、MEGA X、ExPASy、MEME、GSDS和STRING等软件对牦牛NLRP家族成员进行全基因组鉴定和分析,并且基于高通量测序数据分析NLRP基因在牦牛不同组织中的表达情况。研究共鉴定出8个不同的NLRP基因家族成员,包括NLRP2、NLRP3、NLRP5、NLRP6、NLRP8、NLRP9、NLRP12、NLRP14,其中NLRP9有2个可变剪切。牦牛NLRP蛋白均有多个磷酸化位点,GRAVY值均小于0,属于亲水性蛋白;不稳定系数均大于40,均为不稳定蛋白,无跨膜结构。系统进化树显示同一家族成员氨基酸序列相似性高,在6个物种中都聚在一起,免疫相关基因与生殖发育相关基因在进化中已经分开。蛋白互作网络显示牦牛NLRP蛋白与其他物种已经研究的功能相似,不仅与参与免疫相关的蛋白互作,也与生殖标记蛋白互作。如NLRP3与多种参与炎症反应的蛋白PYCARD、MLKL、GSDMD互作,NLRP5也与生殖细胞标记蛋白GDF9、BMP15、ZAR1等互作。转录组分析结果显示,牦牛NLRP基因在6种组织中的表达较为微弱或者不表达,具有组织特异性。牦牛NLRP家族在结构及理化性质上与其他物种同源基因具有相同的特点,部分试验和预测证实其同样参与了免疫和生殖相关过程。本研究结论不仅对牦牛NLRP基因家族进行了系统分析,同时为进一步研究牦牛先天免疫和生殖相关过程提供理论依据。
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