您现在的位置: 首页> 研究主题> 基因芯片

基因芯片

基因芯片的相关文献在1997年到2022年内共计5991篇,主要集中在肿瘤学、基础医学、分子生物学 等领域,其中期刊论文4422篇、会议论文369篇、专利文献199714篇;相关期刊1339种,包括生命科学研究、生物技术通讯、现代生物医学进展等; 相关会议303种,包括第十六次全国动物遗传育种学术讨论会暨纪念吴仲贤先生诞辰100周年大会、第二届京津冀畜牧兽医科技创新论坛暨第六届新思想、新方法、新观点“首农杯”论坛、第十五次全国动物遗传育种学术讨论会等;基因芯片的相关文献由14878位作者贡献,包括马文丽、王升启、郑文岭等。

基因芯片—发文量

期刊论文>

论文:4422 占比:2.16%

会议论文>

论文:369 占比:0.18%

专利文献>

论文:199714 占比:97.66%

总计:204505篇

基因芯片—发文趋势图

基因芯片

-研究学者

  • 马文丽
  • 王升启
  • 郑文岭
  • 李瑶
  • 文心田
  • 曹三杰
  • 黄小波
  • 谢毅
  • 方肇勤
  • 王磊
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

搜索

排序:

年份

作者

    • 陈财; 曾平; 刘金富; 钱晓芬; 陆冠宇; 熊波; 陈莉华; 黄悦
    • 摘要: 背景:随着人口老龄化的进程,骨性关节炎发病率越来越高,目前仍缺乏有效的治疗方法,基因芯片技术已经广泛用于疾病的诊断和治疗.目的:采用整合生物信息学和加权基因共表达网络分析法鉴定骨性关节炎中的关键基因,并探讨其作用机制.方法:从基因表达综合数据库中下载骨性关节炎患者滑膜组织芯片原始数据集4组,利用CIBERSORT算法进行免疫浸润分析;通过R语言软件筛选差异表达基因,并对其进行基因本体论、京都基因与基因组百科全书分析.将筛选出的差异表达基因通过STRING(http://string-db.org/)在线工具得到的相关差异表达基因文本文件,将其导入Cytoscape软件编辑可视化蛋白质相互作用网络;利用R语言软件构建差异表达基因条形图获取degree值前10的差异表达基因.整合4组芯片数据集运用加权基因共表达网络分析算法筛选出相关性最高的基因共表达模块的基因,采用Venn分析法筛选出交集基因.收集4例骨性关节炎患者和4例关节创伤患者滑膜组织,采用实时荧光定量PCR进行验证分析.结果 与结论:①共筛选出107个差异表达基因;包含上调基因46个,下调基因61个;②基因本体论富集结果表明,差异表达基因主要涉及骨化和细胞黏附的正调控等生物学过程;京都基因与基因组百科全书通路主要富集在类风湿性关节炎通路、核因子κB信号通路和受体酪氨酸激酶-蛋白激酶B信号通路;免疫浸润结果表明在骨性关节炎患者滑膜组织中M0巨噬细胞和M2巨噬细胞含量较高;③基质金属蛋白酶1、金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3是获得的交集基因;荧光定量PCR验证结果表明金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3在骨性关节炎患者与关节创伤患者滑膜组织中的表达量具有明显差异性;④筛选出的金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3可能是骨性关节炎的治疗靶点.
    • 吕李飞; 吴俊松; 苟江腾; 赵成周; 徐卫松; 李忠宽; 贾守宁; 祁永福
    • 摘要: 目的探究慢性心衰靶向EGR1中药化合物抑制剂的筛选。方法选取基因芯片中慢性心衰患者与健康人差异表达上调最显著的EGR1基因,再以6种治疗药物作为阳性对照,分析其与EGR1的作用模式,并推测拟筛的化合物与阳性对照物是否具有相似的活性。最后取空白组、模型组及巴西苏木素组大鼠血浆,采用质谱技术联合代谢组学Meta X软件对质谱数据进行多元统计分析,寻找出差异代谢物,再基于KEGG数据库进行代谢物通路注释。结果通过SP、XP打分,将最初30000个小分子化合物筛为100个,再通过结合模式评估筛选出巴西苏木素。三组大鼠血浆代谢组学共鉴定出209个差异代谢物,涉及氨基酸类、脂质类、萜类类和黄酮类。整合多组学研究结果,初步证实巴西苏木素可干预慢性心衰。结论靶向EGR1抑制剂的巴西苏木素可基于糖脂及氨基酸代谢紊乱干预慢性心衰,这与苯丙氨酸代谢、酪氨酸合成、2-氧代羧酸代谢相关。
    • 林怡秀; 向辉; 李阳; 邵生辉; 张健; 郑勇; 陈卫刚
    • 摘要: 目的对新疆哈萨克族食管鳞癌(ESCC)组织与正常组织间差异表达的mRNA进行基因芯片筛选,进一步了解ESCC发生、发展机制。方法利用基因芯片对5对新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织(距癌组织>5 cm)中mRNA进行筛选;利用R软件及R软件包进行生物信息学分析;结合生物信息学工具metascape对差异基因行GO功能注释和KEGG通路富集分析;利用生物信息学网站STRING及Cytoscape软件寻找核心基因;搜集23例新疆哈萨克族ESCC组织和20例癌旁正常组织,对核心基因PLAUR进行免疫组化验证。结果最终筛选出哈萨克族ESCC差异表达的mRNA 1764个(差异倍数≥2且P<0.01);差异表达的mRNA中上调的基因378个,下调的基因1368个,这些差异表达的mRNA涉及了一系列生物学功能及通路;免疫组化结果显示核心基因PLAUR在哈萨克族ESCC中表达高于癌旁正常组织。结论该研究通过基因芯片筛选出新疆哈萨克族ESCC组织与癌旁正常组织中差异表达的mRNA,找出了其中的核心基因,完善了新疆哈萨克族ESCC基因谱,为ESCC诊断、预后的进一步研究打下基础。
    • 朱家凤; 苏琦
    • 摘要: 目的基于GEO数据筛选卵巢癌患者对紫杉醇耐药的基因分子机制和治疗药物并进行实验验证。方法利用GEO数据库下载卵巢癌紫杉醇耐药基因芯片GSE28784和GSE15372,通过R和Bioconductor筛选共同差异表达基因并进行GO和KEGG分析。分析卵巢癌紫杉醇耐药的基因分子机制,采用ConnectivityMap筛选紫杉醇耐药卵巢癌患者的治疗药物并进行验证。结果GSE15372和GSE28784数据集筛选共同差异表达基因,其中上调143个,下调83个。GO分析显示,共同差异表达基因参与DNA复制和代谢过程、胆固醇代谢、染色体细胞组分、辅酶结合及腺嘌呤核苷酸结合等分子功能。KEGG结果显示,共同差异表达基因参与细胞周期、蛋白酶体及萜类化合物骨架生物合成等肿瘤信号通路。与紫杉醇耐药卵巢癌相关的关键基因有CDK2,MCM4,hMSH2,JUN及AREG。根据ConnectivityMap模块分析结果,确定潜在候选药物为血根碱。1.0,3.0及5.0μmol/L血根碱组、紫杉醇组及空白对照组的卵巢癌细胞增殖率和侵袭数目比较,差异具有统计学意义(F=189.265,95.127,均P0.05)。不同浓度血根碱组组间卵巢癌细胞增殖率和侵袭数目比较,差异具有统计学意义(t=2.380~5.677,均P<0.05)。结论卵巢癌紫杉醇耐药与CDK2,MCM4,hMSH2,JUN及AREG关键基因有关,血根碱能有效抑制卵巢癌细胞的增殖、侵袭,有望成为紫杉醇耐药卵巢癌患者的治疗新药。
    • 徐魁; 李敏才
    • 摘要: 目的基于2型糖尿病(T2DM)患者内皮细胞中基因芯片数据分析差异性表达基因、信号传导通路及蛋白质网络。方法从基因表达数据库(GEO)下载GSE92724数据,数据预处理后,使用R软件分析T2DM与对照组中内皮细胞差异表达基因,运用基因富集分析(GSEA)进行富集基因本体(GO)分析和通路分析,并对差异性基因行蛋白质网络分析。结果芯片数据分析显示,与正常组比较,T2DM组基因表达水平显著上调有126个基因,表达水平显著下调有651个基因(均P<0.05)。GO功能富集分析发现:T2DM差异基因表达图谱中上调表达的基因与呼吸爆发正性调节、免疫效应过程调节、体液免疫反应调节相关,下调表达的基因与表皮发育、乳腺上皮发育、乳腺发育相关。通路富集分析显示:T2DM差异基因表达图谱中上调表达的基因与类风湿关节炎、疟疾、自身免疫性甲状腺疾病相关,下调表达的基因与黑色素、癌症中蛋白多糖、基底细胞癌相关。经过STRING分析筛选出CCL20、LPAR3、LPAR1、LPAR5、NMU、PTGER3、S1PR5、CCL27、ACKR3等核心基因。结论通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据进行分析,发现糖尿病患者内皮细胞中差异性基因的相关信号传导通路及相应的核心基因。
    • 赵文慧; 徐冬祥; 钟雷; 冯万文
    • 摘要: 目的利用生物信息学方法对中枢神经系统性原始神经外胚层瘤(central nervous system primitive neuroectodermal tumors,CNS-PNETs)基因表达谱芯片进行分析,从分子水平探讨CNS-PNETs可能的发病机制。方法从GEO数据库下载CNS-PNETs的基因表达谱芯片数据集GSE35493和GSE74195,利用GEO2R在线分析工具以及Venn软件筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并利用DAVID数据库在线分析工具对DEGs进行基因本体论(Gene ontology,GO)和通路富集(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,通过STRING在线分析工具、Cytoscape软件及其插件cytoHubba对CNS-PNETs的DEGs进行蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络分析,寻找关键基因。结果本研究共获得262个DEGs,包括49个上调基因和213个下调基因。GO功能和KEGG信号通路富集分析结果显示,DEGs涉及了DNA转录和有丝分裂核分裂、细胞分裂、运动行为、学习记忆和突触信号传递等生物过程,参与了细胞周期、肿瘤相关通路及p53信号通路、突触相关信号通路、cAMP信号通路及钙离子信号通路等。通过STRING分析筛选出10个关键基因:CDK1,CDC20,MAD2L1,KIF11,ASPM,TOP2A,TTK,NDC80,NUSAP1,DLGAP5。结论包括CDK1在内的10个关键基因可能在CNS-PNETs发生发展中起重要作用。本研究为探索CNS-PNETs的发病机制提供新的线索。
    • 杨雷; 伍搏宇; 熊辉(指导); 齐新宇; 简功辉; 杨少锋; 聂颖; 马露
    • 摘要: 目的:探究骨关节炎(OA)的免疫机制,挖掘其潜在干预中药。方法:通过GEO数据库获取OA滑膜组织相关基因探针,以正常人群滑膜组织为对照组,采用R软件识别差异表达基因并进行功能相关分析,采用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作(PPI)分析,并筛选核心靶基因,通过CIBERSORT反卷法计算免疫细胞浸润情况及相关性,采用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关生物学过程及核心靶基因进行中药预测。结果:共筛选出716个差异基因,其中上调基因382个,下调基因334个;差异基因PPI涉及IL-6、CXCL8、JUN、VEGFA、IL-1β、MMP9、ITGB2、FOS、APOB、CXCL12 10个核心靶基因;GO结果显示,上调基因与免疫炎症反应关系最为密切;免疫细胞浸润矩阵分析显示,浆细胞、M0型巨噬细胞和未活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量较高,而未活化的CD4记忆T细胞、活化的NK细胞、活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量降低;免疫细胞间相关性分析显示,OA未活化CD4记忆T细胞与活化的肥大细胞呈正相关,而未活化的肥大细胞与活化的肥大细胞呈负相关。COREMINE预测发现,青风藤、姜黄、雷公藤、藤黄、三七、黄芩、独活、苍术、人参、黄连和冬虫夏草与OA相关免疫途径及核心靶基因关系最为密切。结论:巨噬细胞、浆细胞、肥大细胞、CD4记忆T细胞和活化的NK细胞与OA关系密切;OA差异基因涉及白细胞正向调节、白细胞黏附、吞噬作用等生物学过程以及TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体等相关信号通路,青风藤、姜黄、雷公藤、藤黄等中药可作为潜在的药物分子来源。
    • 郏莉莉; 张喆
    • 摘要: 乳腺癌是一种高度异质性的女性恶性肿瘤,分子诊断技术可通过检测乳腺癌细胞的分子分型、致病基因,对肿瘤的诊断、治疗和预后进行分析。作者通过对近年来的乳腺癌分子诊断技术的应用情况进行综述,分析各技术优缺点,为乳腺癌患者精准诊断和个体化治疗提供理论依据和指导。
    • 罗立才
    • 摘要: 目的:应用生物数据库及生物信息分析技术探索乙型肝炎病毒(HBV)感染肝细胞的差异表达基因,分析其在肝癌预后中的预测价值。方法:登录基因芯片公共数据库(GEO)下载数据并检测基因芯片品质,应用R软件甄选差异基因,富集分析对差异基因进行分类注释,构建蛋白质相互作用网络筛选核心基因,运用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)验证核心差异表达基因,分析5年生存率。结果:合计1041个基因在乙型肝炎病毒感染肝细胞中存在表达差异,基因本体(GO)富集分析显示差异基因主要与细胞外间隙、胞外区、胞外外泌体、环氧化酶P450通路、受体结合相关。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析显示差异基因主要参与补体及凝血级联反应、糖酵解/糖异生、视黄醇代谢、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、碳代谢、代谢途径、初级胆汁酸生物合成、癌症中的蛋白聚糖、胆汁分泌等信号通路。蛋白互作网络筛选出10个关键基因。GEPIA数据库验证结果显示其6个基因高表达于肝癌组织,而生存分析验证激肽原基因1(KNG1)高表达组肝癌患者5年生存率更高。结论:生物信息学技术能有效筛选HBV感染肝细胞中的核心差异基因,并具有预测肝癌预后的作用。
    • 王宝祯; 凌珺; 陈静; 李涛
    • 摘要: 目的通过基因芯片技术分析三阴性乳腺癌细胞经SB939抑制剂作用后基因的差异表达。方法选三阴性乳腺癌细胞MDA-MB-231接种于培养皿中培养;待细胞贴壁后,用不同浓度的SB939(0、40、60μmol·L^(-1))处理24 h,将收集的细胞分为3个对照组C(未经SB939处理C1~C3)及6个实验组T(低剂量组T1~T3及高剂量组T4~T6)进行RNA的提取和纯化;随后与基因芯片杂交并进行芯片图像分析,以差异≥1.5倍的标准筛选差异表达基因。结果与对照组相比,经HDAC抑制剂SB939高剂量处理后,根据基因芯片得到的数据并分析差异表达基因,其中表达上调1.5倍的基因19个,表达下调1.5倍的基因92个;通过GSEA分析,miR-501、miR-23A、miR-23B等miRNA在表达下调基因中显著富集;通过GO富集分析发现,下调的DEGs主要富集在唾液腺形态发生发展、受体结合、蛋白结合、细胞外空隙、血小板α颗粒管腔、肌动蛋白丝等;通过KEGG通路富集分析,下调DEGs通路主要富集于上皮细胞的细菌侵袭途径,磷酸肌醇代谢、磷脂酰肌醇信号系统及ECM-受体相互作用途径。结论基因芯片技术能快速有效地检测SB939抑制剂抑制三阴性乳腺癌细胞后相关基因、miRNA基因表达水平及相关信号通路的改变,为乳腺癌精准治疗提供理论依据。
  • 查看更多

客服邮箱:kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备:11010802029741号 ICP备案号:京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有
  • 客服微信

  • 服务号