细菌群落结构

摘要： 本文通过对养殖场猪粪和鸡粪堆放地0～100 cm土壤样品的采集和分析,研究了长期堆放畜禽粪便对土壤中抗生素抗性基因(简称"抗性基因")和细菌群落结构垂直分布的影响.定量PCR结果表明,与对照土壤相比,猪粪和鸡粪堆放增加了0～100 cm土壤中四环素类抗性基因(tetC、tetG、tetL、tetW)、磺胺类抗性基因(sulI、sulII)以及整合酶基因(intI1)的检出率和检出丰度,说明粪肥堆放造成堆放地土壤中抗性基因污染.聚类分析结果表明,抗性基因和intI1基因的丰度随土壤深度呈递减趋势,且主要集中在0～30 cm土层,表明堆放地土壤中抗性基因存在向下层土壤迁移的风险.相关性分析表明,intI1基因分别与抗性基因呈显著正相关,说明intI1基因可能在抗性基因传播中起着重要作用.同时高通量测序结果表明,与对照土壤相比,猪粪和鸡粪堆放显著降低了0～10 cm和10～30 cm土层细菌群落结构的多样性,0～30 cm土层中,猪粪和鸡粪堆放地土壤中细菌群落结构与对照土壤的差异要高于深层土壤.此外,方差分解分析结果表明,土壤化学性质和细菌群落结构均影响了土壤中抗性基因的垂直分布,且细菌群落结构的变化是其主要的影响因素.本研究可为控制畜禽粪便堆放地土壤中抗性基因污染提供科学依据.

摘要： 试验研究生物有机肥DNBF32对除草剂阿特拉津在玉米田土壤中残留量及玉米生长情况的调控作用,并通过关注土壤细菌群落结构对DNBF32施用响应探讨DNBF32强化阿特拉津消减及调节玉米生长潜在作用机制.田间试验结果表明,DNBF32施用量为150 kg·hm-2以上时,玉米成熟期土壤中无阿特拉津检出.上述施用水平的DNBF32可使玉米株高和产量较对照处理相比分别提升7.64％和8.30％.上述结果说明DNBF32具有强化土壤中残留阿特拉津消减及调节玉米生长的能力.此外,当DNBF32施用量为0～225 kg·hm-2时,玉米成熟期农田土壤中可培养细菌菌落总数随DNBF32施用量增加而显著提升,各生物有机肥施用处理与未施肥对照处理相比均达到显著差异水平(P<0.05).高通量测序结果表明,施用量为150 kg·hm-2的DNBF32在提升土壤细菌多样性同时,可调控土壤出现具有污染物降解、光合能力等生态功能的微生物.结合相关性分析结果表明,DNBF32施用可通过调节土壤细菌数量及群落结构强化阿特拉津消减.研究为生物有机肥在黑土污染修复及农业环境保护中应用提供方法借鉴.

摘要： 【目的】探究健康与感染黑胫病烟株根际土壤的细菌群落结构差异,为该病害的早期预防或生态调控提供科学依据。【方法】利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析健康烟株与感染黑胫病烟株根际土壤细菌群落结构差异。【结果】健康和患病烟株根际土壤样品中细菌OTU数分别为4 763个和4 653个。感染黑胫病烟株根际土壤OTU总数较健康烟株菌根际土壤减少2.31%,特有OTU数减少3%。与健康烟株根际土样相比感染黑胫病烟株根际土壤细菌群落多样性水平明显下降。患病烟株根际土壤的Shannon、ACE和Chao1指数分别较健康植株降低了3.05%、21.29%、15.23%。同时,感染黑胫病烟株与健康烟株根际土壤细菌菌群落的优势物种显著不同,感染黑胫病烟株根际土壤中拟杆菌门(Bacteroidota)和粘球菌门(Myxococcota)相对丰度减少59.13%、20.38%;厚壁菌门(Firmicutes)、Methylomirabilota相对丰度分别增加了34.17%、117.19%。属水平上,在健康烟株根际土壤样本中为优势菌属的类诺卡氏菌属(Nocardioides, 4.99%)在感染黑胫病烟株土壤样本中未检测到。【结论】烟草植株根际土壤中细菌群落结构改变及物种多样性降低是烟草黑胫病发生的重要特征。

摘要： 【目的】比较强降雨前后鱼菜共生池塘水质和浮游植物及其细菌群落结构的变化情况,为揭示鱼菜共生养殖系统的稳定性及建立科学有效的鱼塘夏季生产管理技术提供理论依据。【方法】在夏季主养鲢(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙(Aristichthys nobilis)的池塘中,分别设空心菜浮床(覆盖率为18%)处理组和无浮床对照组,根据气象预警信息,在强降雨前后分别检测各处理池塘水体的水温(WT)、透明度(SD)、pH、溶解氧(DO)、五日生化需氧量(BOD_(5))、氨氮(NH_(4)^(+)-N)、总氮(TN)、总磷(TP)、高锰酸盐指数(COD_(Mn))、叶绿素a(Chla)含量,以及浮游植物的种类组成、丰度、生物量和多样性指数,水体的细菌群落结构和Alpha多样性指数,对比分析强降雨对鱼菜共生池塘生态系统的影响。【结果】夏季强降雨可显著降低养殖池塘水体的WT和DO浓度(P0.05),种类组成稳定为绿藻—硅藻—蓝藻型,而对照组的浮游植物种类增加42.86%,其种类组成由绿藻—蓝藻—裸藻型转变为绿藻—硅藻—蓝藻型,Shannon指数、Pielou指数和Margalef指数分别显著增加97.93%、80.65%和60.65%,浮游植物丰度显著减少68.01%;强降雨后处理组蓝藻门浮游植物的相对丰度增加,绿藻门、硅藻门和裸藻门浮游植物的相对丰度减少,颗粒直链藻优势度下降,而对照组蓝藻门浮游植物的相对丰度减少,绿藻、硅藻和裸藻门浮游植物的相对丰度增加,颗粒直链藻优势度上升;强降雨后处理组水体细菌的丰度和多样性减少,放线菌门的相对丰度减少,而对照组水体细菌的相对丰度增加,多样性无明显变化,放线菌门的相对丰度增加;处理组与对照组水体蓝细菌门的相对丰度均增加,变形菌门的相对丰度均减少。【结论】相对于无浮床池塘,强降雨后鱼菜共生池塘水质和浮游植物群落的稳定性更高,更有利于水产养殖动物生长,但其细菌群落的丰度和多样性减少。生产上可在强降雨后使用微生物制剂调节水质,以维持池塘微生态系统的稳定,确保养殖动物健康生长。

摘要： 本试验旨在研究荨麻草块饲粮对藏系绵羊瘤胃细菌群落结构、发酵参数及生长性能的影响,为荨麻资源在藏羊养殖中的科学应用提供理论依据和技术支撑。选用1岁左右、体重相近的彭波半细毛羊公羊30只,随机分为3组(n=10),分别为自由放牧组(G组,对照组)、混合荨麻草块饲粮组(M组)和单一荨麻草块饲粮组(N组)。M、N组饲粮的精粗比分别为40∶60和8∶92,粗蛋白质水平分别为19.61%和19.48%。试验期共57 d,其中预试期18 d,正试期39 d。结果表明:1)M、N组的的瘤胃细菌操作分类单元(OTU)数量显著低于G组(P<0.05);M、N组的瘤胃细菌ACE指数、Chao1指数和Shannon指数显著低于G组(P<0.05),而Simpson指数显著高于G组(P<0.05)。2)M、N组瘤胃拟杆菌门(Bacteroidetes)、普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)、普雷沃氏菌科_UCG-003(Prevotellaceae_UCG-003)相对丰度显著高于G组(P<0.05),而瘤胃厚壁菌门(Firmicutes)、瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2)、瘤胃球菌科_NK4A214群(Ruminococcaceae_NK4A214_group)相对丰度显著低于G组(P<0.05)。3)N组瘤胃pH显著低于G、M组(P<0.05),M组瘤胃总挥发性脂肪酸含量显著高于G、N组(P<0.05);M、N组瘤胃丙酸比例显著高于G组(P<0.05),而瘤胃乙酸/丙酸和丁酸比例显著低于G组(P<0.05)。4)N组干物质采食量显著低于G、M组(P<0.05);M、N组平均日增重显著高于G组(P<0.05),而料重比显著低于G组(P<0.05)。由此可见,将荨麻应用于藏系绵羊养殖中,单一荨麻草块饲粮不利于瘤胃发酵,而混合荨麻草块饲粮不仅符合反刍动物瘤胃发酵正常模式,优化了瘤胃细菌群落结构,而且提升了绵羊生长性能。因此,由60%西藏荨麻+40%精饲料构成的混合荨麻草块饲粮更适合在当地推广应用。

摘要： 为研究不同连作、轮作组合对土壤细菌群落和作物产量的影响,选择北方旱地常见种植作物甘蓝(C)、菜豆(B)和玉米(M),以3种作物轮作下甘蓝-玉米-甘蓝(CMC)、菜豆-玉米-甘蓝(BMC)、甘蓝-甘蓝-甘蓝(CCC)、甘蓝-玉米-菜豆(CMB)、菜豆-玉米-菜豆(BMB)、菜豆-菜豆-菜豆(BBB)、甘蓝-甘蓝-玉米(CCM)、甘蓝-菜豆-玉米(CBM)、菜豆-菜豆-玉米(BBM)、菜豆-甘蓝-玉米(BCM)共10种轮作组合为对象,利用IlluminaHiSeq高通量测序平台,基于16S rRNA基因序列扩增子测序,研究10种轮作模式下耕层土壤细菌群落结构和多样性的变化,分析其不同变化对作物产量的影响。结果表明:各处理间细菌OTU数目差异较小,丰富度间没有差异;前茬种植作物为甘蓝时,CCC处理特有OTU数为2,BMC处理特有OTU数为1;前茬种植作物为菜豆时,BBB处理无特有OTU,CMB处理轮作特有OTU数为1;前茬种植作物为玉米时,CCM、CBM、BCM处理均有1个特有OTU。BCM处理的土壤细菌丰富度指数(Ace指数和Chao1指数)显著低于CCC处理,但CCC、BCM处理与其余处理间无显著差异;与CCC处理相比,BCM处理的Ace指数降低了2.6%,Chao1指数降低了2.5%。CMC、BMC、CCC、BMB、CCM、BBM处理的土壤细菌多样性指数(Shannon指数)较CBM处理显著提高了3.3%~3.6%。与连作相比,CBM处理土壤细菌相对丰度和群落结构变化最大,BCM处理次之;与CCC处理相比,轮作能够降低土壤细菌丰富度和土壤细菌多样性。CMB和BMB处理细菌优势门(相对丰度>10%)为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其余处理细菌优势门为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、厚壁菌门(Firmicutes);各处理相对丰度最大的门是变形菌门(25.0%~31.1%)。与连作相比,CBM处理显著降低酸杆菌门、绿弯菌门、放线菌门相对丰度,显著提高拟杆菌门相对丰度。属水平相对丰度聚类热图显示,CMC、BBB、CCM处理与BMC、BBM、BCM处理土壤细菌群落相似性较高,CCC、CMB、BMB处理与CMC、BMC、BBB、CCM、BBM、BCM处理群落相似性次之,CBM处理与其余9种处理细菌群落差异最大。前茬种植作物相同时,各处理产量均无显著差异,其中CMC、BMB、BBM处理产量最高。综合而言,菜豆-菜豆-玉米为最优轮作组合。

摘要： 为研究土壤细菌群落对不同农艺措施的响应,揭示土壤细菌群落结构与土壤环境因子的相互关系,以紫泥田水稻土为研究对象,设置石灰、商品有机肥、土壤调理剂3个处理,对土壤细菌16S rRNA基因测序,分析不同处理对细菌群落组成和多样性的影响。结果表明:与对照相比,有机肥和调理剂处理提高了土壤细菌α多样性指数,而石灰处理降低了土壤细菌α多样性指数;石灰和有机肥处理的细菌α多样性显著高于调理剂处理。与对照相比,石灰、有机肥和调理剂处理酸杆菌门的相对丰度分别提高了64.77%、95.69%和67.52%,石灰处理变形菌门和硝化螺旋菌门的相对丰度分别提高了10.40%和11.99%,而有机肥处理降低了9.17%和43.06%,调理剂处理降低了10.67%和31.07%。主成分分析结果表明,与对照相比,石灰和有机肥处理土壤细菌群落结构较为相似,但调理剂处理改变了土壤细菌群落结构。冗余分析结果表明,土壤pH和全钾是影响土壤细菌群落结构的主要因子,阳离子交换量、全磷、有效态镉、全氮、微生物量碳和土壤有机碳影响较小。研究表明,不同农艺调控措施改变了紫泥田水稻土细菌的群落结构组成和多样性。

摘要： 为分析超高压处理对臭鳜鱼微生物群落及品质变化的影响,分别使用300 MPa与500 MPa超高压处理臭鳜鱼10 min,以常压处理样品为对照组,通过高通量测序技术解析超高压处理前后各组样品的细菌群落变化。同时,进行色泽、持水性、体积皱缩比测定与感官评价,并结合微观组织结构观察与傅里叶变换红外光谱分析,综合评价超高压处理对臭鳜鱼品质变化的影响。结果表明,超高压处理对臭鳜鱼的菌相组成影响明显,其能使微生物组成类型明显减少,漫游球菌属和冷杆菌属为超高压处理前后的优势腐败菌。与对照组相比,样品经超高压处理后,其体表变白,持水性与体积皱缩比下降,其中,300 MPa处理的臭鳜鱼感官品质相对较好。超高压处理会使样品肌纤维纹理变得模糊,肌纤维结构紧致无序。傅里叶变换红外光谱分析结果显示,超高压处理能改变样品肌原纤维蛋白的二级结构,使α-螺旋和β-转角相对含量减少,无规卷曲和β-折叠相对含量增加。综上所述,300 MPa处理10 min对保持臭鳜鱼的质构特性与感官品质较好。

摘要： 为研究西藏不同种源地喜马拉雅紫茉莉根际土壤理化性质及细菌群落结构组成差异,本试验利用常规检测方法和高通量测序技术,对不同种源地喜马拉雅紫茉莉根际土壤理化性质及细菌群落结构进行了研究。结果表明,不同种源地根际土壤理化性质差异较大;15个根际土壤样品中共获得237120条有效序列,通过聚类共获得2435个OTUs。在门分类水平上,不同种源地根际土壤细菌的优势物种均为放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria);在属分类水平下,不同样品中的优势属不尽相同。Alpha多样性分析结果表明,工布江达县样品中细菌群落均匀度和多样性指数最高,而扎囊县样品中最低。冗余分析结果表明,土壤pH值、总钾、总氮、速效磷、有机质、速效氮、总磷含量和电导率是影响喜马拉雅紫茉莉根际土壤细菌群落结构组成的关键因素。根际土壤细菌功能预测结果表明,土壤细菌主要参与氨基酸代谢、次级代谢产物合成、碳代谢、能量代谢和辅酶因子及维生素代谢。本试验为喜马拉雅紫茉莉人工种植及提高药材品质提供了理论依据。

摘要： 本研究揭示了九龙江流域周边农业生产活动对漳州区域大气气溶胶的影响及对人群健康的可能危害.2015年11月间采集了6个九龙江流域周边大气气溶胶样品,应用16 S rRNA基因高通量测序技术分析了各个样品中细菌群落的结构特征.研究结果表明:1)漳州市大气气溶胶细菌群落结构组成为22个门726个属,主要优势门为厚壁菌门(34.82%)、放线菌门(23.87%)和变形杆菌门(20.92%),主要优势属为梭菌属(8.49%)、蓝藻未分类菌属(4.43%)和乳杆菌属(4.28%);2)梭菌属(8.49%)成为漳州地区大气气溶胶中细菌群落的最优势菌属,显示其受本地区农业活动影响且具有区域性特征;3)在所有气溶胶样品中共检出41个潜在病原菌属,且均检出丰度较高的梭菌属、异常球菌属和链球菌属,表明本地区大气气溶胶的产生和传播对本地区人群健康具有潜在威胁.

摘要： 为探明不同产地及不同部位的片烟在自然醇化过程中细菌群落结构的差异,以福建三明尤溪、云南曲靖沾益、贵州黔南长顺、河南驻马店确山4个产地,上中下3个烟叶部位的12份自然醇化片烟为材料,利用Illumina MiSeq测序平台对自然醇化片烟中细菌16S rDNA进行高通量测序分析.结果表明:12份自然醇化片烟样品共获得940个操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU).福建三明尤溪C3F自然醇化片烟细菌群落的多样性最丰富.12份样品细菌群落的优势菌门均为变形菌门,大多数样品的优势菌属为鞘氨醇单胞菌属.不同产地自然醇化片烟细菌OTU的韦恩图分析表明,4个产地共有的OTU数量为195个,福建三明尤溪、云南曲靖沾益、贵州黔南长顺和河南驻马店确山特有的OTU数量分别为300、9、4和0个.

摘要： 为明晰烤烟连作是否对根际细菌群落结构产生影响,采集不同生育时期的轮作和连作烤烟根际土壤,运用454焦磷酸测序技术,对根际土壤细菌16S rDNA V1-V3片段序列结构组成进行分析.结果表明,较轮作处理相比,连作处理烤烟根际酸杆菌门丰度在生育前期低而在后期高,但α-变形菌门和放线菌门表现出相反的变化趋势;烤烟连作降低了表征菌群丰度的Chao指数和物种丰富度的Shannon指数,表明烤烟连作降低了根际土壤细菌多样性.主成分分析和NMDS(non-metric multidimensional scaling)的聚类分析结果显示不同处理烤烟根际细菌群落结构随生育期而迁移,轮作与连作烤烟根际土壤细菌群落结构差异在生育前期体现明显,生育后期不明显,表明生育期是影响烤烟根际细菌群落结构变化的主要因素,而连作与轮作是次要因素.该研究结果为明确烟草连作障碍的土壤微生物学机制提供了理论参考.

摘要： 芝麻香型白酒作为中国传统白酒的创新酒种,以独特的浓、酱、清融合的生产工艺特点和优雅的芝麻香味而闻名.高温制曲为芝麻香型白酒酿造提供丰富的微生物种类、生物酶、各类香味物质及其前驱物质,其质量好坏直接关系到芝麻香型白酒的出酒率和酒质.本文以山东扳倒井芝麻香型白酒高温大曲为研究对象,首次将现代分子生物学和分子生态学技术应用于高温大曲细菌群落结构研究中,为探索芝麻香型白酒高温大曲功能性微生物的作用机制提供科学依据.

摘要： 采用PCR-DGGE和16SrDNA克隆文库构建技术对洋河水库蓝藻水华消长期间(6月26日-10月27日)细菌群落结构的动态变化进行了分析.6月26日-8月12日期间,藻细胞密度较高,以微囊藻为主,而在9月28日以后,藻密度显著下降,藻组成以非微囊藻为主.在整个调查期间,γ-proleobalcterin和Actinobacteria类群的克隆子所占比例一直比较稳定,属于α-proteobacteria和β-proteobacteria的克隆子在叶绿素和藻细胞含量最高的8月12日的文库中消失.在8月12日及之前的样品中稳定存在的届于Planctoaycetes、Verrucomicrobia、Fihrobacteres类群的克隆子在水华末期(10月份)样品文库中消失,同时,归属于Bacteroidetes的克隆子在未期所占的比例则显著增大.细曲群落结构的变化可能同藻的消长有较为密切的关系.

摘要： 本研究采用re-PCR/TGGE技术对焦化废水处理系统好氧池和厌氧池活性污泥及滤膜上细菌群落结构进行为期4周的动态监测，通过相似性聚类分析，比较不同时间活性污泥及滤膜上细菌群落结构的变化。目的是为废水处理系统的功能监测提供理论依据及分子水平的评价方法。

摘要： 目的：应用TGGE指纹图谱技术揭示微宇宙细菌种群多样性,初步了解消毒剂对微宇宙细菌群落结构的影响。 方法：构建池塘型微宇宙模拟水生态系统,通过连续投加含氯消毒剂进行消毒试验,采用温度梯度凝胶电泳(TGGE)技术,对不同剂量组微宇宙的细菌群落结构进行动态分析,结合条带回收、克隆测序等方法分析细菌种群多样性以及随时间、剂量的变化规律。 结论：消毒剂进入环境后会对细菌群落结构产生影响,但不同剂量消毒剂产生的影响有显著差异,存在明显的剂量──效应关系:低剂量消毒剂对细菌群落结构的影响比较小,而且是可逆的,微宇宙系统对消毒剂逐渐适应后其群落结构即可恢复；而高剂量消毒剂对细菌群落结构的破坏比较大,且不可逆转,即使消毒剂停止投加后也不能恢复。

摘要： 研究选取江苏省常州市某城市河道为研究对象,对河流水环境因子、细菌群落结构进行解析,根据其结果选取河流指示性指标对水质及水生态进行分析,结果表明:研究河道受环境因子影响较大,NH3-N污染较轻,TN污染较为严重,TN为劣Ⅴ类水水平;环境质量综合指数P对水质评价结果显示,研究河道整体处于污染状态;细菌总数指示下游河道微生物污染较上游有一定降低;变形菌门、β-变形菌纲和不动杆菌属丰度均指示河道受到污染情况较严重且具有一定病原微生物致病可能性.

摘要： 本文以沉水植物-生物膜系统作为研究对象,进行水培试验,通过高通量测序分析芘胁迫下沉水植物叶片附着生物膜中的菌群结构,并探讨了植物类型、芘的浓度和培养时间对菌群分布的影响.结果表明:在门分类水平下,植物叶表生物膜中的优势菌群主要有变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycees)、酸杆菌门(Acidobacteria)等,其中绿弯菌门与14天时芘的降解率呈显著负相关(P=0.982);惰性表面的仿生植物其菌群种类是沉水植物的1.5倍但丰度很低,而沉水植物有明显的优势菌群,其中苦草叶片附着生物膜的更新速率快,生物膜的循环周期较短;芘的胁迫具有阶段性效应;随着培养时间的延长,不同体系下菌群的差异在低分类水平下更加明显;沉水植物本身在芘的降解过程中并不占绝对主导地位,且苦草体系的降解能力最强,可高达48％.

摘要： 本文以沉水植物-生物膜系统作为研究对象,进行水培试验,通过高通量测序分析芘胁迫下沉水植物叶片附着生物膜中的菌群结构,并探讨了植物类型、芘的浓度和培养时间对菌群分布的影响.结果表明:在门分类水平下,植物叶表生物膜中的优势菌群主要有变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycees)、酸杆菌门(Acidobacteria)等,其中绿弯菌门与14天时芘的降解率呈显著负相关(P=0.982);惰性表面的仿生植物其菌群种类是沉水植物的1.5倍但丰度很低,而沉水植物有明显的优势菌群,其中苦草叶片附着生物膜的更新速率快,生物膜的循环周期较短;芘的胁迫具有阶段性效应;随着培养时间的延长,不同体系下菌群的差异在低分类水平下更加明显;沉水植物本身在芘的降解过程中并不占绝对主导地位,且苦草体系的降解能力最强,可高达48％.

摘要： 本文以沉水植物-生物膜系统作为研究对象,进行水培试验,通过高通量测序分析芘胁迫下沉水植物叶片附着生物膜中的菌群结构,并探讨了植物类型、芘的浓度和培养时间对菌群分布的影响.结果表明:在门分类水平下,植物叶表生物膜中的优势菌群主要有变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycees)、酸杆菌门(Acidobacteria)等,其中绿弯菌门与14天时芘的降解率呈显著负相关(P=0.982);惰性表面的仿生植物其菌群种类是沉水植物的1.5倍但丰度很低,而沉水植物有明显的优势菌群,其中苦草叶片附着生物膜的更新速率快,生物膜的循环周期较短;芘的胁迫具有阶段性效应;随着培养时间的延长,不同体系下菌群的差异在低分类水平下更加明显;沉水植物本身在芘的降解过程中并不占绝对主导地位,且苦草体系的降解能力最强,可高达48％.

摘要： 本发明提供了一种基于细菌群落数据好氧发酵腐殖质化程度预测模型的构建和预测的方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过从不同有机固体废弃物好氧发酵过程中细菌群落中筛选共性细菌，同时再筛选节点细菌和功能细菌并经差异性分析，挑选出不同有机固体废弃物好氧发酵过程中关键差异细菌，以共性细菌为基础结合关键差异细菌构建了好氧发酵的细菌码；将细菌码和实际腐殖化程度作为训练样本，通过随机森林模型分析，得到好氧发酵腐殖化程度预测模型。将待预测的样本的细菌群落输入预测模型中，实现对不同有机固体废弃物好氧发酵腐殖化程度进行预测，解决了长期以来腐殖化程度判断复杂，判断结果不全面的问题。

摘要： 本发明公开了一种基于细菌群落组成与丰度快速判断杏鲍菇菌种衰退的方法及其应用，属于食用菌技术领域。该方法包括：1)待测杏鲍菇菌株菌丝通过Illumina HiSeq 2500测序平台进行高通量测序；2)高通量测序数据过滤去杂后根据97%以上相似性进行聚类，以测序所有序列数的0.005%作为阈值过滤OTU，获得菌株菌丝的细菌组成以及菌群丰度；3)通过获得的细菌多样性指数以及菌群丰度快速判断杏鲍菇菌种是否衰退。全面了解杏鲍菇菌种的细菌组成以及结构情况，基于多样性指数以及菌群丰度判断杏鲍菇菌种是否衰退，为工厂快速判断杏鲍菇菌种是否衰退提供一种新的判断指标。

摘要： 本发明公开了一种用于定量耐酸乳杆菌的分子标记及一种绝对定量黄酒发酵过程中细菌群落组成的方法，属于生物工程技术领域。能够有效解决黄酒由于其复杂的微生物群系，确定原始内标复杂而一直无法运用的技术问题，本发明提供了一种SEQ ID NO：3所示的分子标记作为鉴定和特异性定量耐酸乳杆菌的标志物的应用，以内标Lactobacillus acetotolerans的特异性引物可以在黄酒发酵系统中检测和定量内标。针对内标的分布范围进行统计，结果显示内标广泛分布在黄酒发酵系统中。通过对内标的绝对定量，能够对不同的菌群含量进行计算，具有操作方便、应用范围广的特点。

摘要： 本发明属于生物分析技术领域，具体为一种同时分析氨氧化或甲烷氧化相关细菌群落结构的分析方法。本发明步骤为：设计能同时覆盖颗粒性甲烷氧化酶α亚基基因和氨氧化单加氧酶α亚基基因的高简并加tag引物；利用此引物对环境样品中提取的基因组DNA进PCR扩增；利用barcode标记的tag引物对纯化过的第一步PCR产物进行PCR扩增；对扩增序列进行测序，分析得到氨氧化或甲烷氧化相关细菌的群落结构特征。本方法的保真性经不同pmoA/amoA基因重组质粒混合实验的验证，故本方法能够在显著提高引物覆盖度的前提下提高PCR扩增效果，并真实反映环境样品中不同类群的分布，使得环境样品中氨氧化或甲烷氧化细菌群落结构分析更加完整。本方法也可应用于其它功能微生物群落结构分析。

摘要： 本发明公开了一种花生不同生长时期根际土壤细菌群落结构的分析方法，通过收集花生不同生长时期的根际土壤，分别提取土壤基因组DNA，采用16SrRNA基因简并引物进行扩增，获得的PCR产物经均质化处理后纯化，用于构建16SrRNA基因文库，对得到的文库数据经分析比较，从而全面展示花生不同生长发育时期根际土壤的细菌群落结构。本发明能获知花生不同生长发育时期根际土壤共有的细菌类群以及优势类群，全面了解花生不同生长发育时期根际土壤细菌群落结构的差异，具有效率高、周期短、全面揭示根际土壤中具体细菌类群的优势。

摘要： 本发明属于生物分析技术领域，具体为一种同时分析氨氧化或甲烷氧化相关细菌群落结构的分析方法。本发明步骤为：设计能同时覆盖颗粒性甲烷氧化酶α亚基基因和氨氧化单加氧酶α亚基基因的高简并加tag引物；利用此引物对环境样品中提取的基因组DNA进PCR扩增；利用barcode标记的tag引物对纯化过的第一步PCR产物进行PCR扩增；对扩增序列进行测序，分析得到氨氧化或甲烷氧化相关细菌的群落结构特征。本方法的保真性经不同pmoA/amoA基因重组质粒混合实验的验证，故本方法能够在显著提高引物覆盖度的前提下提高PCR扩增效果，并真实反映环境样品中不同类群的分布，使得环境样品中氨氧化或甲烷氧化细菌群落结构分析更加完整。本方法也可应用于其它功能微生物群落结构分析。

摘要： 本发明公开了一种针对新疆地区基于细菌群落结构变化的地震监测方法。利用末端限制性片段长度多态性（T-RFLP）技术分析地震前后乌鲁木齐10号泉水体细菌群落结构变化，选定最具代表性的地震地区震断裂带，取样，应用酶解法提取样品总DNA，以总DNA为模版，采用细菌通用引物进行PCR扩增，将PCR产物直接利用HinfⅠ和MspⅠ限制性内切酶进行消化，酶切产物进行T-RFLP检测，得到T-RFLP图谱经分析和数据处理后，获得泉水土著及地震前后细菌群落组成和其消长规律，表明理化性质对地震的响应不灵敏，而细菌群落对地震的响应更为灵敏。利用细菌种群对地震具有突出的映震效果，对短临地震监测具有广泛的使用价值。

摘要： 本发明公开了一种花生不同生长时期根际土壤细菌群落结构的分析方法，通过收集花生不同生长时期的根际土壤，分别提取土壤基因组DNA，采用16SrRNA基因简并引物进行扩增，获得的PCR产物经均质化处理后纯化，用于构建16SrRNA基因文库，对得到的文库数据经分析比较，从而全面展示花生不同生长发育时期根际土壤的细菌群落结构。本发明能获知花生不同生长发育时期根际土壤共有的细菌类群以及优势类群，全面了解花生不同生长发育时期根际土壤细菌群落结构的差异，具有效率高、周期短、全面揭示根际土壤中具体细菌类群的优势。

摘要： 本发明涉及一种研究大曲细菌群落结构多样性的方法，即梯度变性凝胶电泳(DGGE)技术，属于微生物生态技术领域，主要步骤如下：1)：直接提取大曲基因组DNA；2)：选择细菌通用引物，扩增细菌核糖体DNA中的特异性DNA片段；3)：DGGE电泳分离PCR产物；4)：切胶回收DGGE指纹图谱中微生物对应的条带；5)：重新PCR，将产物连接至T载体，蓝白斑筛选并进行阳性克隆验证；6)：测序获得DGGE条带对应微生物的种属信息。本发明是不依赖于传统培养方法的分子生物学技术，具有灵敏、方便、准确的特点，解决了对某些不能或难以培养的微生物进行研究的难题，为鉴定大曲细菌群落结构、发现新的酿酒微生物或功能微生物提供了技术依据。

摘要： 本发明公开了一种变性梯度凝胶电泳技术检测黄酒麦曲中细菌群落结构的方法，采用氯化苄法提取麦曲样品基因组DNA，PCR扩增细菌16S rDNA V3区，DGGE电泳条带分离，割胶回收后二次PCR及T-克隆，挑选阳性克隆子DGGE条带比对，比对正确后测序并到GenBank获取微生物的相关信息。本发明简便、快捷、重复性好，对分析黄酒麦曲中的优势细菌和功能微生物具有很好的指导意义。