进化树

摘要： 为了分析细菌16S rRNA基因可变区与其全长序列之间进化关系的相似性,对核糖体数据库项目(RDP)所提供的细菌16S rRNA基因进行了研究.在对可变区进行截取、筛选等数据预处理后,对可变区实际碱基数目和操作分类单元数目进行了统计分析.结果显示,V2、V3、V4可变区,特别是V2、V4可变区,不仅在序列长度上较长,实际碱基数目也大大超过其他可变区,较其他可变区包含更多的序列信息;建立了层次距离矩阵算法,计算出V2、V3、V4可变区与全长序列所构建的进化树之间的距离差异值分别为59052、87154、45848,可见V4可变区在进化关系上更接近全长序列,使用V4可变区构建进化树的可信度要优于V2、V3可变区,且层次距离矩阵算法比一些传统的距离与相似度算法具有更好的性能.

摘要： 可拓创造法是一类重要的产品创新方法,但在拓展时可能存在拓展路径不明确的缺点。本文以第三创造法作为研究对象,融入系统层级关于时间的产品缺点分析方法,重点引入TRIZ理论的进化树作为基元拓展的路线,从而构建缺点挖掘和基元拓展进化树两大应用工具,并给出在插座创新中的具体案例。改进后的创造法具有明确的缺点挖掘与要素拓展路径,可为物元拓展提供方向指引,最终提高物元拓展的效率和质量。

摘要： 尖膀胱螺是一种重要的医学贝类。为了解西安市尖膀胱螺的生物入侵现状,对西安市6条重要河流的尖膀胱螺进行了形态学和分子生物学鉴定。调查得到螺壳长度(10.83±3.26)mm且呈左旋的尖膀胱螺,以cox1为分子标记进行扩增,测序结果与GenBank中发布的尖膀胱螺cox1基因相似度为99.45%~99.63%,覆盖率为100%。基于cox1测序数据利用最大似然法构建进化树,受试样品与欧洲及南、北美洲来源的尖膀胱螺聚类在一起。研究表明,所调查河流均有尖膀胱螺分布,提示西安市外来物种尖膀胱螺的入侵情况较严峻,应加强监测。

摘要： 为了解新疆北疆地区旅游骑乘马携带人乳头瘤病毒(HPV)的类型,本研究利用高通量测序技术检测北疆伊犁地区52匹纯血马、昌吉市100匹纯血马和乌鲁木齐市30匹汗血马鼻拭子样品携带HPV的类型。病毒组学分析显示,马鼻拭子携带HPV 23型(HPV-23)。根据注释到的人源HPV-23 E2基因序列,设计特异性引物,对样品进行PCR检测并测序后分析HPV E2基因的同源性及遗传进化关系。结果显示,乌鲁木齐市汗血马鼻拭子样品HPV-23阳性率为16.7%(5/30),伊犁地区和昌吉市纯血马鼻拭子样品HPV-23阳性率分别为2%(1/52)、1%(1/100),表明旅游景区骑乘纯血马和汗血马携带HPV-23,携带病毒阳性率与马匹品种有关。马源HPV-23 E2基因与国外人源HPV-23 E2基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为98.2%~99.4%、95.5%~99.1%,与马乳头瘤病毒(EcPV)E2基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为44.2%~55.1%、18.2%~29.4%。遗传进化分析显示马源HPV-23与国外人源HPV-23亲缘关系较近,而与EcPV处于不同分支,提示马源HPV-23可能来源于人。本研究首次检测到马源HPV-23,并对其E2基因进行遗传进化分析,为动物源HPV-23的流行病学研究提供了参考依据。

摘要： bHLH转录因子在植物的生长发育、生物合成及胁迫反应等方面起着重要作用。利用生物信息学方法对森林草莓全基因组序列进行bHLH家族的搜索和鉴定,共鉴定出112个森林草莓的bHLH基因,这些基因分别被定位在7条染色体上,但分布不均匀,在5号染色体上分布得最多,3号染色体上分布得最少。进化树结果显示,森林草莓的bHLH家族可以进一步被分为12个亚家族,其中第Ⅰ、Ⅲ亚族的成员较多。森林草莓bHLH家族基因的表达模式分析结果显示,有73个FvbHLH基因与花的发育相关,有28个FvbHLH基因与果实的发育相关,其中FvbHLH97/36/55/39/42/52/26/44/68/54对森林草莓花的整个发育过程都尤为重要,而FvbHLH57/59/66/78/100/15/17/46则在果实发育中起到主要的调控作用。

摘要： 为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)GRF基因家族成员在盐胁迫下的耐盐分子机制,采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库进行分析,并对GRF家族成员的理化性质、保守结构域、进化树、基因家族表达谱进行分析。结果表明,通过转录组数据共筛选出14个GRF家族成员,这些蛋白编码氨基酸的个数为136~585 aa,等电点为5.58~9.33,分子量为14.56697~62.98665 kDa。保守基序表明,多数黑果枸杞GRF的N端具有QLQ和WRC保守结构域。系统进化分析发现,14个LrGRFs被分为7个亚族,位于同一亚族的GRF基序组成相似,部分黑果枸杞GRF与番茄GRF具有相对应的进化关系。表达谱表明,不同组织的LrGRFs在不同盐胁迫下均有响应,其中LrGRF6,LrGRF10和LrGRF12在根中高表达,而LrGRF2,LrGRF6和LrGRF10在叶中表现为高表达,这表明其可能在黑果枸杞中发挥着更加重要的调控作用。结果为进一步深入揭示LrGRFs在盐胁迫环境下的分子机制奠定了理论基础。

摘要： 克隆猪OASL2基因并对其进行序列分析。采用PCR技术扩增猪OASL2基因,连接至pCE2 TA/Blunt-Zero载体并将其转化至DH5α化学感受态细胞,测序获得猪OASL2基因CDS全长,对其进行生物学功能预测以及构建系统进化树。结果显示,猪OASL2基因全长为633 bp,编码211个氨基酸,蛋白分子质量为23.94 ku,理论等电点为8.16。与猪OASL1相似性为98.1%,氨基酸相似性为97.6%,与其它物种OASL相似性为52.3%~72.0%,氨基酸相似性为9.8%~58.1%。系统进化树表明猪OASL2与猪OASL1位于同一分支,与牛OASL位于同一亚分支,亲缘关系较近。氨基酸序列比对结果表明猪OASL2包含P-loop、D-box以及保守位点LLRL。

摘要： 克隆猪三联基序21(Tripartite motif 21,TRIM21)基因,并对其进行序列分析和生物学功能预测。采用PCR技术扩增猪TRIM21基因,将其克隆至pCE2 TA/Blunt-Zero载体上。对猪TRIM21基因生物学功能进行预测,并对其理化性质进行分析。核苷酸相似性与进化树分析结果显示,猪TRIM21基因与黄牛核苷酸相似性为86.0%,亲缘关系最近,与斑马鱼核苷酸相似性为47.7%,亲缘关系最远;序列分析结果表明猪TRIM21基因序列全长1401 bp,编码469个氨基酸,编码蛋白的分子量为53.57 ku,理论等电点为6.07,属于亲水性蛋白。成功获得猪TRIM21基因序列,初步通过生物学信息学分析了猪TRIM21基因,为进一步揭示猪TRIM21基因的蛋白表达和免疫学特点提供理论依据。

摘要： 大豆根腐病是一种严重危害大豆生产的世界性土传病害。大豆根腐病病原复杂,病原鉴定是防治大豆根腐病的前提和基础。2019-2020年从山东省采集大豆根腐病标样432份,采用常规组织分离法对大豆水渍状的根系进行病原菌的分离和纯化,得到了279株菌株,其中52株菌株为腐霉菌(Pythium)。对这52株菌株通过形态学特征和ITS、CoxⅡ和β-tubulin序列分析等分子生物学手段鉴定出3种腐霉菌,分别为瓜果腐霉Pythium aphanidermatum、终极腐霉Pythium ultimum和林栖腐霉Pythium sylvaticum。这3种腐霉菌的分离频率分别为:瓜果腐霉P.aphanidermatum占50%,终极腐霉P.ultimum占34.62%,林栖腐霉P.sylvaticum占15.38%,其中瓜果腐霉P.aphanidermatum为优势菌株。对这3种腐霉菌进行了致病性测定,发现3种腐霉菌均可侵染大豆,重复出大豆根腐病的症状。林栖腐霉P.sylvaticum作为大豆成株期根腐病的致病菌在国内是首次报道。研究结果为大豆根腐病的抗病育种及其防治提供了科学依据。

摘要： 马疱疹病毒2型(EHV-2)是引起马流产的重要病原之一,严重危害马产业的健康发展。为了解EHV-2在流产伊犁马中的流行态势,本研究利用PCR方法检测从新疆伊犁昭苏县6个规模化马场及周边散养户采集的93份马流产胎儿肺组织样品,结果显示,3份伊犁马流产胎儿样品携带EHV-2,阳性率为3.2%(3/93)。同源性分析结果显示,鉴定的3株EHV-2 gB基因序列和氨基酸序列之间的同源性分别为99.9%~100%、99.6%~100%;与澳大利亚、巴西、德国、冰岛、波兰、英国及中国EHV-2参考株gB基因和氨基酸序列的同源性分别为91.6%~96.4%和90.8%~96.2%;与EHV-2新疆参考株CJ-31-06和CJ-07相比,该3株EHV-2 gB氨基酸序列有12个位点发生突变,而与其他参考株gB氨基酸序列比对显示有26个氨基酸位点发生突变,表明3株EHV-2 gB基因具有遗传变异多样性。遗传进化分析显示鉴定的3株EHV-2与波兰、英国、瑞士EHV-2参考株处于同一进化分支,亲缘关系较近,与引起新疆马呼吸道疾病的EHV-2参考株处于不同进化分支。本研究首次在国内伊犁马流产样品中检测到EHV-2,并对其gB基因进行遗传进化分析,为我国EHV-2感染的防控及流行病学研究提供基础数据。

摘要： 随着手机向多功能化、智能化方向进化,手机输入技术起着越来越重要的作用。在过去短短20年中,市场上出现过上万款不同类型的手机.在这个过程中,手机输入技术扮演着什么样的角色,未来又会走向何方?本文通过构建手机输入技术的进化树,试图分析该项技术的进化路径,预测未来的发展方向。

摘要： 德州驴属于大型驴种,是中国四大优良地方驴品种之一,并广泛用于其他品种的改良.不同品种间线粒体基因组的比较可以说明其进化水平.由于缺少完整的线粒体基因组序列,目前大部分分析用的是线粒体Cytb基因和D-loop区的序列.为了研究德州驴与其他品种驴间的进化关系,测序和组装了德州驴完整的线粒体基因组.结果表明,整个基因组长度16,813bp,包括13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、25个tRNA基因和1个调控区.基于组装的完整线粒体基因组序列,在其他2头德州驴和3头云南驴扩增了13个蛋白编码基因和2个rRNA基因序列.在马、野驴和家驴间比较了这些序列的多态性并进行了物种进化树分析.进化树的结果支持了中国家驴起源于非洲的假说.

摘要： 目的：通过克隆十二指肠钩虫的ITS1-5.8S-ITS2,初步分析钩口属的系统发育,构建基于ITS1、ITS2的圆线目线虫的系统进化树,为进一步研究其遗传进化关系奠定基础.rn 方法：从厦门海沧东孚镇收集标本,分离,形态鉴定为十二指肠钩虫,分别克隆了供试钩虫的ITS1-5.8S-ITS2序列,经NCBI网站的BLAST比对以及基于ITS1和ITS2序列的钩口属的系统发育分析.rn 结果：供试钩虫的ITS1、5.8S和ITS2序列,它们的长度分别为366bp、153bp和221bp,登陆http：//www.ncbi.nlm.nih.gov进行BLAST,在数据库中没有与之相匹配的序列,将获得的序列作为新的序列上传至GenBank中进行注册,各序列的GenBank登录号分别为：5.8S rRNA基因：EU344796、ITS1-5.8S-ITS2：EU344797.rn 结论：从系统进化树中,本实验的供试十二指肠钩虫均与GenBank中已公布的十二指肠钩口线虫自然聚类在一起.

摘要： 2010年对公司历年保存的PRRSV阳性血清和部分问题猪经RT-PCR检出阳性血清，先后送样8次共62个样品，成功测序59个，用DNAStar剪切出完整的ORF5序列，进行基因比对和进化树分析，发现核苷酸置换率为58％，同源性从94.7-100％不等，整体分化成二大类：PRRSV表明出明显的区域性和时间性，各个商品场间的序列均有所差异，不同时间段的样品也有差异。测序结果与目前市面的疫苗株ch-1a、ch-1R、HuN4-Fn2、JXA1、Ingelvac ATP和RespPRRS MLV 比对，发现公司商品场近4年流行的PRRS毒株与HuN4-F112、JXA1比较接近，表明目前流行的PRRSV以变异株为主。

摘要： 虫草真菌，隶属于子囊菌亚门核菌纲肉座菌目，是寄生在昆虫等物体上所形成的子实体。虫草作为一种珍稀的食用真菌，价格昂贵，并有报道部分虫草菌种在抗癌、抗氧化、调节免疫系统和降低血糖等领域都具有很高的医用价值。但是虫草真菌种类繁多，全球已发现400多个种，形态大小差异较大，并具有有性型和无性型的复性生活史。因此，目前准确的对虫草进行鉴别及分类还是困扰很多研究者的一个难题，虫草同种异名现象较为普遍。另外，对于虫草无性型菌种的鉴定研究还较为缺乏。传统的鉴定方法是利用栽培的方法获得子实体来从形态上鉴定各种虫草的无性型以及确定该虫草种类，但虫草子实体形成条件苛刻，且有些无法形成子实体。因此在探索虫草进化地位以及分类识别和无性型的鉴定时，有必要采用DNA指纹等分子水平的手段来辅助完成。本研究共计收集不同来源虫草菌株13株，采用DNA指纹技术将此13株虫草菌株的rDNA ITS全序列与NCBI上收集的72种虫草以及肉座菌目上191个物种的ITS序列进行序列比对和生物信息分析，结果表明ITS区在种内具有较高的保守性，保守位点集中于5.8srDNA上，种间差异较大，证明了rDNA ITS序列在虫草鉴定上的可行性。且发现部分虫草生信分析结果与传统培养分析具有不一致性，有待进一步研究。通过对虫草和近缘目肉座菌目的各菌种进行ITS比对及进化树分析，寻找到与蚧生虫草，阔孢虫草，小蝉草，拟柄肉座虫草，冬虫夏草高度相似的菌种，推测它们与虫草种之间可能是有性与无性的关系，为我们研究虫草无性型，寻找虫草替代资源方面提供了新的思路。发现红座虫草与蛹虫草ITS序列高度相似，且有文献报道它们的无性型菌种都为蛹草拟青霉。同时探讨了虫草与肉座菌目各科的亲缘关系，补充了传统分类的观点。本研究对于包括自然保护区在内的虫草菌株分子鉴定、资源保护及综合利用等具有重要的价值及意义。

摘要： 本实验室从长春地区送检的猫脾脏中分离保存的一株猫细小病毒，命名为CC-1株，对此毒株提取病毒基因组DNA，根据Genbank中收录的猫细小病毒(CU-4株)基因组，设计一对包含NS1全基因的PCR引物，对其基因进行整体扩增。将扩增产物提纯后克降入pMD18-T载体，通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明，该毒株NS1基因序列长度约为2.35kb，该基因的阅读框总长为2007bp，编码668个氨基酸组成的多肽。该序列与FPV193/70株、PLI-IV株、TU-2株、CU-4株、94-1株和XJ-1株的NS1基因比较，核苷酸的同源性分别为99.0％、98.9％、98.8％、98.7％、98.6％、99.4％，氨基酸的同源性分别为98.8％、98.7％、98.5％、98.7％、98.5％、99.3％。该毒株与CPV、MEM、RPV、PPV、GPV、MVM NS1的进化树分析表明，它与MEM和CPV的亲缘关系比较近，与PPV的亲缘关系较远。

摘要： 设计1对特异引物，以花生栽培种四粒红及其与野牛种光叶花生的种间杂种为材料，对花生ITS1-5.8S-ITS2序列进行高保真PCR扩增，获得长度约800bp的单一条带，在对PCR产物进行克隆测序的基础上构建了花生属进化树。

摘要： 为研究来自全国各个地区的猪2型链球菌耐药性及耐药基因的流行情况，对实验室分离的122株2型链球菌采用K-B（Kir by Bauer）纸片法检测2004~2006年从湖南、湖北、河南、浙江、广西、河北、北京、广东、江西、安徽等十三省分离的122株2型链球菌对14种抗生素的耐药性。实验结果显示：所分离的122株猪源链球菌对万古霉素、环丙沙星和先锋霉素V表现较高的敏感性，耐药率均低于10℅，尤其对万古霉素和先锋霉素V的敏感率为98.4%和99.2%；对红霉素、氨基糖苷类及四环素类则表现出较高的抗药性。122株2型链球菌中以多重耐药菌株为主，四耐至7耐居多，3耐及以下为32株，10耐11耐各一株。通过PCR检测红霉素类(ermA、ermB、ermC和mefA)、氨基糖苷类（aph3'）及四环素类(tetM、tetO)耐药基因，基因检出率分别为ermA（9.0%）、ermB(37.7%)、ermC(0.82%)、mefA(18.0%)、aph3'(26.2%)、tetM(13.9%)、tetO(13.1%)和tetC(0.82%)。基因型与耐药表型符合率最高的为红霉素（78.8%）。将部分菌株ermB、aph-3'、tetM测序，与实验室以外其他来源链球菌及肺炎链球菌相比较，建立进化树，显示其同源性高达97%以上。

摘要： 在国内首次完成猪脑心肌炎病毒分离株的全基因组序列测定.根据国外已发表的EMCV基因组序列,设计5对引物扩增EMCV BJC3分离株基因组完整开放阅读框(ORF)序列;3'UTR和5'UTR应用3'-RACE和5'-RACE进行扩增并测序.结果表明,EMCV BJC3株全长7746nt,具有一个长的开放阅读框,编码2292aa.BJC3分离株5'UTR的Poly(C)长度为26nt,Poly(A)尾较短,仅15个腺嘌呤核苷.EMCV BJC3与国外其他EMCV参考毒株ORF编码氨基酸同源性最高为99.6％.EMCV ORF编码氨基酸序列系统进化树分析表明EMCV BJC3分离株与欧洲流行株BEL-2887A/91进化关系较近.

摘要： 长久以来，我们只知道人类有处女膜，而文献资料介绍，处女膜在许多哺乳动物中都有，这是物种进化和生存适应的需要。本文介绍了在对家鸡进行人工授精时，发现文昌鸡也有处女膜的过程，指出鸡也有处女膜。

摘要： 本发明公开了一种用于量化生物进化树间相似度的新算法。属于生物信息学和进化生物学领域。依据本发明中关于生物进化树间相似度的度量方法步骤和实施方案，提出了具体计算生物进化树相似度的方法，为生物学领域中生物进化树的物种间系统发育及相关方法研究、类似的树形结构图之间的比较研究提供参考。

摘要： 本发明公开了一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法。本方法为：1)对系统进化基础大树进行分割，并记录分割次数、分割权值以及每个叶子节点的关系链，然后存储到数据库中；2)根据物种子名录中的物种名称确定一物种子名录列表，从数据库中查找匹配的节点元素列表，并建立该子名录列表与该节点元素列表的映射关系；3)从数据库中检索该节点元素列表中每个节点元素的关系链和节点权值；4)将关系链两两之间进行比对，形成节点元素的分组关系；5)根据节点元素的节点权值和分组关系，计算每个节点元素在系统进化子树中对应的权值；生成并输出该物种子名录对应的系统进行子树。本方法能满足根据名录快速构建生物样方中生物进化关系等需要。

摘要： 本发明公开了一种用于电子病历属性约简的自适应蛙群进化树设计方法，首先建立电子病历属性约简进化目标优化模型；其次根据进化子树最优选择度集将电子病历属性集划分成进化子树，并设计一种自适应蛙群进化树动态寻优结构优选出各进化子树精英个体；再次将电子病历属性子集分配至各进化向量

摘要： 本发明公开了一种用于量化生物进化树间相似度的新算法。属于生物信息学和进化生物学领域。依据本发明中关于生物进化树间相似度的度量方法步骤和实施方案，提出了具体计算生物进化树相似度的方法，为生物学领域中生物进化树的物种间系统发育及相关方法研究、类似的树形结构图之间的比较研究提供参考。

摘要： 本发明公开了一种近视发展进化树建立方法，首先获取样本个体的视网膜预设区域的近视参量分布图，视网膜预设区域位于视网膜除黄斑区以外的区域，然后将各个样本个体划分为多个分组，各个分组分别对应不同的近视发展程度，并对于每一分组，获得本分组的代表性近视参量分布图，进一步获取任意的上一近视发展程度对应分组的任一代表性近视参量分布图与下一近视发展程度对应分组的任一代表性近视参量分布图的相似度，根据各个分组的代表性近视参量分布图以及相似度数据建立近视发展进化树。本发明实现根据周边视网膜的近视参量分布建立近视发展进化树，能够用于指导评估近视发展风险。本发明还公开一种近视发展风险评估装置。

摘要： 本发明属于教学设备技术领域，为了解决现有技术中进化树这种引导思维过程的工具无法随意组合、无法通过结构反复迭代的问题，本发明提供了一种基于进化树的创新设计教学装置，包括外盒、折叠式磁片板和若干个进化节点磁片，所述折叠式磁片板折叠设置在外盒内部，所述折叠式磁片板上按照进化树模板的顺序开设有若干个进化节点凹槽，所述若干个进化节点磁片对应设置在若干个进化节点凹槽内组成进化树模型。采用本发明提供的技术方案，打破进化树在使用方面的局限性，使进化树这种引导思维过程的工具应用面更加广泛。

摘要： 本公开是关于一种基于进化树的模拟生物教学方法、装置、电子设备以及存储介质。其中，该方法包括：获取预设的生物进化关系表，所述生物进化关系表包括用于生物进化教学的代表性生物及其亲缘关系的映射关系；根据生物分类学以及所述亲缘关系建立包含所述代表性生物的生物进化树；确定所述生物进化树的关键节点，查找并补充所述生物进化树的关键节点对应的生物信息；根据所述生物进化树以及所述关键节点对应的生物信息生成生物进化树模拟教学信息，并调用显示接口显示所述生物进化树模拟教学信息。本公开可以通过接收并分析代表性生物的生物分类学及亲缘关系信息自动生成基于进化树的模拟生物教学系统。

摘要： 本发明提供了一种基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置。该构建方法包括：对不同株系的菌株进行系统进化树构建，得到系统进化树；根据不同株系的菌株在系统进化树上的不同位置，按照从底层到顶层的方向两两聚类，逐层进行泛基因组构建，得到不同株系总的泛基因组。该方法从底层到顶层的泛基因组构建，不仅解决了现有方法中比对结果不准确的问题，而且使得每一个进化节点的泛基因组都可以得到，从而可以从更加细致的进化角度来分析存在/缺失变异结果。

摘要： 本实用新型公开了一种展示生物进化树的互动展示装置，包括底座，所述底座上设置有至少一个生物进化树模型，所述生物进化树模型的枝头上嵌设有电磁铁和射频传感器，所述生物进化树模型的树干和每一条树枝上分别铺设有一灯带，每一树枝上的灯带分别延伸至对应的枝头；所述展示生物进化树的互动展示装置还包括至少一张卡片，所述卡片内嵌设有铁片。本实用新型可以让观众自己动手去摆放进化树上每一个物种的位置，从而使观众在动手、动眼、动脑的互动体验中更好的理解生物进化的知识，具有很好的实用性和推广价值。

摘要： 本实用新型涉及一种生命进化树，包括固定在地面上的树架、沿树架侧端面上端部并竖直方向排布的Led灯带、加设在树架侧端面并正对和分别控制Led灯带的按钮、加设在屋顶并正对Led灯带的灯箱和加设在书架上供观众查询各门类生物的触摸屏，所述触摸屏与灯箱电连接，并与所述灯箱与Led灯带电连接。本实用新型的优点是：利用地面、立面和顶部空间，结合多媒体互动设备和声光电效果为观众呈现出科学合理、展示手段丰富多样、形态美观的生命进化树，让观众对生命演化和生物界门类划分、特质等知识点有概念性的认识。