RT-PCR

摘要： 2021年在宁夏银川地区病害调查时发现番茄植株茎秆和未成熟果实上出现了褐色、不规则形病斑等疑似病毒病的症状。采用Trizol法提取番茄病株样品的总RNA,使用常见侵染番茄的病毒特异性引物进行RT-PCR检测。结果显示:番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)和南方番茄病毒(southern tomato virus,STV)的特异性引物分别从样品cDNA中扩增出777 bp和681 bp的目的产物,通过对产物测序并进行BLAST比对和系统发育分析,发现宁夏银川地区番茄上的TSWV与西班牙辣椒上的TSWV分离物聚在同一分支上,进化关系最近;STV分离物与法国、巴基斯坦、哥伦比亚番茄上的STV分离物的进化关系最近,与其他地区的STV分离物关系较远,表明宁夏银川地区的番茄被TSWV和STV复合侵染。

摘要： 桑属植物细胞中含大量蛋白酶及多糖等生物功能性分子。以新鲜的桑叶、桑果为试验材料,应用Trizol法提取总RNA。试验表明,使用Trizol法配合氯仿—苯酚试剂提取RNA操作简单,且能够有效去除桑叶中多糖和多酚类等次生物质,从而得到高质量的RNA,以获得的RNA为模板,设计简并引物,成功从桑叶中鉴定出花青素合成的关键酶基因MCHS基因。该试验为分子水平研究桑科类黄酮代谢机制、以及桑葚功能性食品的开发等提供了一定的理论依据。

摘要： 为了建立一种检测鸡新城疫病毒核酸的方法,以F蛋白基因序列为模板设计了一对引物,并利用建立的方法对采集的10份样品进行了检测。结果显示,本次设计的引物序列对新城疫具有较好的特异性和灵敏性,10份样品中全部为阳性。结合临床症状,实验结果能为鸡新城疫病毒分子病原学检测提供一定依据。

摘要： 为调查宁夏回族自治区(简称“宁夏”)银川市规模牧场犊牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染情况,本试验采集某牧场6月龄内犊牛血液和粪便拭子各69份,采用商品化BVDV抗原检测试剂盒结合RTPCR检测及微流控芯片检测技术等进行检测。结果表明,商品化BVDV抗原检测、RT-PCR核酸检测方法及微流控芯片检测结果一致,阳性率均为7.24%。结果表明,该牛场BVDV感染率较高,为了做好该病的净化,应加强全群牛只的检测,以防止该病在此牧场进一步蔓延。

摘要： 随着草莓保护地栽培面积的增加和无性繁殖种苗的繁殖与调运,草莓病毒病的发生与流行日益严重。为明确侵染我国部分省市草莓种苗的病毒种类,应用小RNA深度测序技术进行检测,并利用RT-PCR技术对结果进行验证及序列分析。结果表明,从来自我国7省市的41株具有典型病毒病症状的草莓种苗样品中检测到草莓斑驳病毒strawberry mottle virus(SMoV)、草莓镶脉病毒strawberry vein banding virus(SVBV)和草莓轻型黄边病毒strawberry mild yellow edge virus(SMYEV)3种。SMoV、SVBV和SMYEV的检出率分别为34.1%、24.4%和2.4%。选取不同产地草莓种苗上检出的不同病毒进行部分序列测定和分析,获得了3个SMoV分离物(四川分离物schhy13、辽宁分离物lnhy23和河北分离物hbhy28)的部分RNA13′端非编码区606 bp核苷酸序列,其一致性为98.12%~99.34%。测定并获得了5个SVBV分离物(辽宁分离物lnhy15、lnhy17、lnhy24、河北分离物hbhy28和陕西分离物shaxhy35)的ORF6的部分基因及其5′端非编码区的核苷酸序列,其中部分ORF6基因序列的一致性为97.98%~99.8%。仅1个辽宁样品中检测到SMYEV,获得了辽宁分离物lnhy26,其CP基因序列与中国甘肃分离物sy02的一致性为99.02%。病毒侵染草莓植株产生的典型症状有叶片畸形、变色和植株矮化。存在2种病毒和3种病毒复合侵染的情况,占所有阳性样品的41.2%。辽宁和河北的‘红颜’种苗中检出SMoV和SVBV或SMoV、SVBV和SMYEV的复合侵染情况;四川和陕西的‘红颜’种苗仅检出SMoV或SVBV,而其他省市和品种均未检出病毒。研究结果可以为草莓病毒的检测以及草莓病毒病的科学防治提供依据。

摘要： 为探究江苏省内猪场猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行和遗传变异情况,采集江苏省13个地级市规模猪场和屠宰场健康猪群的鼻拭子和肛拭子样品,通过RT-PCR方法检测PEDV,并对部分阳性样品进行S基因序列扩增、测序及遗传进化分析。结果显示:259份猪鼻拭子样品中,PEDV阳性检出率为10.42%(27/259);178份猪肛拭子样品中,PEDV阳性检出率为9.55%(17/178)。选取的8株PEDV代表株的核苷酸序列同源性在99.2%~100%之间,氨基酸序列同源性在95.2%~97.1%之间,与国内流行毒株SD-M、JS2008的同源性最高,核苷酸序列同源性达到97%以上;遗传进化分析显示,8株PEDV代表株属于同一群,与经典毒株CV777、DR13亲缘关系较近。本研究初步明确了江苏地区健康猪群中猪流行性腹泻流行状况和PEDV遗传演化特点,为有效防控猪流行性腹泻提供参考。

摘要： 目的探讨维吾尔族乳腺癌中STAT3蛋白及mRNA的表达及其临床病理意义。方法收集维吾尔族乳腺癌组织80例,正常乳腺组织30例,运用RT-PCR和免疫组化法检测STAT3在不同分子分型维吾尔族乳腺癌中表达的差异及其与临床病理特征的关系;评估维吾尔族乳腺癌中STAT3蛋白及mRNA的表达情况及其与患者预后的关系。结果STAT3蛋白和mRNA在维吾尔族乳腺癌中的表达均高于正常组织(P<0.05);STAT3蛋白在不同分子分型维吾尔族乳腺癌组织中的表达差异具有统计学意义(P<0.05);STAT3蛋白表达与乳腺癌肿瘤大小、组织学分级、淋巴结转移、TNM分期均明显相关(P<0.05);在不同淋巴结转移情况、TNM分期乳腺癌组织中STAT3 mRNA的相对表达量比较差异均具有统计学意义(P<0.05)。绘制乳腺癌患者术后60个月生存曲线,STAT3低表达患者的中位生存期为54个月(95%CI:51.93~56.07),STAT3高表达患者的中位生存期为48个月(95%CI:42.21~53.79),STAT3低表达组患者的生存率明显高于高表达组(Log-rankχ^(2)=4.256,P=0.039)。结论STAT3高表达的乳腺癌可能更具有侵袭性,预后较差,其在维吾尔族乳腺癌发生发展过程中可能发挥着重要作用。

摘要： 为诊断云南省石林县某土杂鸡养殖场鸡肿瘤疫病发病原因,分别采集病死鸡的肝脏、脾脏、肾脏、法氏囊等组织病料,提取核酸,采用RT-PCR、PCR方法进行ALV、CAV、MDV、FAdV、REV等核酸扩增,结果ALV核酸为阳性,其他病原核酸为阴性,阳性扩增产物经测序证实为ALV gp85基因。遗传进化分析结果表明:云南省石林县某土杂鸡场ALV阳性样品与其他8株ALV-J亚群毒株均在GroupⅠ分支上,同源性在75%~94.2%,其中与2010年国内分离得到的ALV-J亚群毒株KC711043-J同源性最高,为94.2%;与埃及J亚群毒株DQ316908-J同源性最低,为75%;与其他ALV-J亚群毒株同源性在90.1%~92.7%;与ALV A—E亚群毒株同源性在48.9%~49.6%。证实引起该养殖场鸡肿瘤疫病的主要病因为ALV-J亚群感染,为该场的疫病防控提供了依据。

摘要： 为掌握北京市猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)与国内外毒株基因型之间的差异性,无菌采集北京市宠物医院4例疑似患有猫传染性腹膜炎病例的腹水和组织等病料样本,将经RT-PCR诊断为猫冠状病毒(FCoV)阳性的病料样本接种于猫肾细胞(CRFK)进行连续传代培养,结果分离到1株毒株。对分离毒株进行形态学观察,RT-PCR检测,TCID_(50)测定以及基因测序及遗传演化分析。结果显示:该毒株在CRFK上出现典型细胞病变效应(CPE),且经连续细胞接种,可以得到稳定增殖;RT-PCR扩增获得与预期目的基因片段大小一致的条带,证实为FCoV,将其命名为FCoV BEJ5-2021(B5)。对该毒株S、3c、7ab蛋白编码基因片段进行测序发现:在S蛋白基因分型上,该分离毒株属FCoV I型,与意大利参考分离株VGCaFn@14同源性为99.8%;基于3c蛋白基因分析,该毒株与德国参考分离毒株FIPV16F同源性为98.9%;基于7ab蛋白基因分析,该毒株与美国参考分离毒株FIPV-UCD 15b-1同源性为99.1%。不同组织病料分离毒株TCID_(50)测定显示,肠管、脾等组织病料中的病毒滴度相对较高,气管中的滴度最低。结果表明:FCoV分离毒株不同基因分型对应不同血清型和生物型,因而基因进化树同源性分析只能确定遗传进化关系;分离毒株对猫肠、脾组织等有较强嗜性。本研究丰富了我国FIPV分子流行病学资料,为该病防控提供了参考。

摘要： 为建立快速鉴别蓝舌病病毒血清29型(BTV-29)的方法,根据BTV-29型毒株基因节段2(Seg-2)的序列特征,分别设计用于RT-PCR与q RT-PCR方法的特异性引物与Taq Man探针,通过试验确定其敏感性,用BTV-1~BTV-24等核酸作为对照评价其特异性。对BTV-29感染动物血液样本中的病毒核酸进行监测,并用BTV群特异q RT-PCR方法验证其可靠性。结果显示,建立的BTV-29特异RT-PCR的灵敏度是1.12×10^(1)copies/μL,而BTV-29特异q RT-PCR的灵敏度是1.12×10^(2)copies/μL,均与BTV-1~BTV-24、流行性出血病病毒、帕利亚姆病毒和阿卡斑病毒之间无交叉反应;用BTV-29特异q RT-PCR检测BTV-29型感染山羊血液中的BTV-29核酸的动态变化,结果与BTV群特异q RT-PCR检测结果基本一致。本研究建立的BTV-29特异RT-PCR和q RT-PCR方法均具有良好的特异性和较高的灵敏度,能快速鉴别BTV-29,为BTV-29的致病性、诊断与流行病学研究提供了技术保障。

摘要： 本研究应用鉴别诊断美洲型传统毒株和变异株的RT-PCR、DFA及病毒分离3种检测方法对临床疑似病料和人工感染病料进行检测。结果显示,RT-PCR检测试剂盒敏感性最高,DFA免疫荧光鉴别诊断试剂盒次之,病毒分离最差。DFA与病毒分离、RT-PCR的总符合率分别为92%和85.5%。RT-PCR灵敏性高,可作为PRRS鉴别诊断的首选方法;DFA免疫荧光鉴别诊断法所需时间较短、特异性好,但需要一定的操作经验;病毒分离敏感性低、操作繁琐,阳性分离需要其它方法验证,不适合于PRRS的鉴别诊断。

摘要： 本研究应用鉴别诊断美洲型传统毒株和变异株的RT-PCR、DFA及病毒分离3种检测方法对临床疑似病料和人工感染病料进行检测。结果显示,RT-PCR检测试剂盒敏感性最高,DFA免疫荧光鉴别诊断试剂盒次之,病毒分离最差。DFA与病毒分离、RT-PCR的总符合率分别为92%和85.5%。RT-PCR灵敏性高,可作为PRRS鉴别诊断的首选方法;DFA免疫荧光鉴别诊断法所需时间较短、特异性好,但需要一定的操作经验;病毒分离敏感性低、操作繁琐,阳性分离需要其它方法验证,不适合于PRRS的鉴别诊断。

摘要： 本研究应用鉴别诊断美洲型传统毒株和变异株的RT-PCR、DFA及病毒分离3种检测方法对临床疑似病料和人工感染病料进行检测。结果显示,RT-PCR检测试剂盒敏感性最高,DFA免疫荧光鉴别诊断试剂盒次之,病毒分离最差。DFA与病毒分离、RT-PCR的总符合率分别为92%和85.5%。RT-PCR灵敏性高,可作为PRRS鉴别诊断的首选方法;DFA免疫荧光鉴别诊断法所需时间较短、特异性好,但需要一定的操作经验;病毒分离敏感性低、操作繁琐,阳性分离需要其它方法验证,不适合于PRRS的鉴别诊断。

摘要： 本研究应用鉴别诊断美洲型传统毒株和变异株的RT-PCR、DFA及病毒分离3种检测方法对临床疑似病料和人工感染病料进行检测。结果显示,RT-PCR检测试剂盒敏感性最高,DFA免疫荧光鉴别诊断试剂盒次之,病毒分离最差。DFA与病毒分离、RT-PCR的总符合率分别为92%和85.5%。RT-PCR灵敏性高,可作为PRRS鉴别诊断的首选方法;DFA免疫荧光鉴别诊断法所需时间较短、特异性好,但需要一定的操作经验;病毒分离敏感性低、操作繁琐,阳性分离需要其它方法验证,不适合于PRRS的鉴别诊断。

摘要： 本研究应用鉴别诊断美洲型传统毒株和变异株的RT-PCR、DFA及病毒分离3种检测方法对临床疑似病料和人工感染病料进行检测。结果显示,RT-PCR检测试剂盒敏感性最高,DFA免疫荧光鉴别诊断试剂盒次之,病毒分离最差。DFA与病毒分离、RT-PCR的总符合率分别为92%和85.5%。RT-PCR灵敏性高,可作为PRRS鉴别诊断的首选方法;DFA免疫荧光鉴别诊断法所需时间较短、特异性好,但需要一定的操作经验;病毒分离敏感性低、操作繁琐,阳性分离需要其它方法验证,不适合于PRRS的鉴别诊断。

摘要： 取北京郊区某鸭场的病鸭肝脏制备病料,接种9～11日龄sPF鸡胚尿囊腔,结果显示所分离的毒株能使鸡胚发育迟缓,胚爪发育畸形。rn 肝脏变绿。分离病毒接种2日龄健康雏鸭进行动物试验,能使雏鸭在2～3 d内100％发生死亡,其发病症状及剖检病理变化与自然发病的小鸭一致。分离毒对氯仿不敏感。病毒接种于鸭胚成纤维细胞后没有观察到明显的CPE。血清中和试验表明分离病毒能被Ⅰ型鸭瘟病毒(DHV)标准血清所中和。应用RT．PCR方法对病鸭的肝脏悬液及鸭胚尿囊液进行检测并测序,证明所分离病毒为Ⅰ型DHV。

摘要： 取北京郊区某鸭场的病鸭肝脏制备病料,接种9～11日龄sPF鸡胚尿囊腔,结果显示所分离的毒株能使鸡胚发育迟缓,胚爪发育畸形。rn 肝脏变绿。分离病毒接种2日龄健康雏鸭进行动物试验,能使雏鸭在2～3 d内100％发生死亡,其发病症状及剖检病理变化与自然发病的小鸭一致。分离毒对氯仿不敏感。病毒接种于鸭胚成纤维细胞后没有观察到明显的CPE。血清中和试验表明分离病毒能被Ⅰ型鸭瘟病毒(DHV)标准血清所中和。应用RT．PCR方法对病鸭的肝脏悬液及鸭胚尿囊液进行检测并测序,证明所分离病毒为Ⅰ型DHV。

摘要： 取北京郊区某鸭场的病鸭肝脏制备病料,接种9～11日龄sPF鸡胚尿囊腔,结果显示所分离的毒株能使鸡胚发育迟缓,胚爪发育畸形。rn 肝脏变绿。分离病毒接种2日龄健康雏鸭进行动物试验,能使雏鸭在2～3 d内100％发生死亡,其发病症状及剖检病理变化与自然发病的小鸭一致。分离毒对氯仿不敏感。病毒接种于鸭胚成纤维细胞后没有观察到明显的CPE。血清中和试验表明分离病毒能被Ⅰ型鸭瘟病毒(DHV)标准血清所中和。应用RT．PCR方法对病鸭的肝脏悬液及鸭胚尿囊液进行检测并测序,证明所分离病毒为Ⅰ型DHV。

摘要： 取北京郊区某鸭场的病鸭肝脏制备病料,接种9～11日龄sPF鸡胚尿囊腔,结果显示所分离的毒株能使鸡胚发育迟缓,胚爪发育畸形。rn 肝脏变绿。分离病毒接种2日龄健康雏鸭进行动物试验,能使雏鸭在2～3 d内100％发生死亡,其发病症状及剖检病理变化与自然发病的小鸭一致。分离毒对氯仿不敏感。病毒接种于鸭胚成纤维细胞后没有观察到明显的CPE。血清中和试验表明分离病毒能被Ⅰ型鸭瘟病毒(DHV)标准血清所中和。应用RT．PCR方法对病鸭的肝脏悬液及鸭胚尿囊液进行检测并测序,证明所分离病毒为Ⅰ型DHV。

摘要： 取北京郊区某鸭场的病鸭肝脏制备病料,接种9～11日龄sPF鸡胚尿囊腔,结果显示所分离的毒株能使鸡胚发育迟缓,胚爪发育畸形。rn 肝脏变绿。分离病毒接种2日龄健康雏鸭进行动物试验,能使雏鸭在2～3 d内100％发生死亡,其发病症状及剖检病理变化与自然发病的小鸭一致。分离毒对氯仿不敏感。病毒接种于鸭胚成纤维细胞后没有观察到明显的CPE。血清中和试验表明分离病毒能被Ⅰ型鸭瘟病毒(DHV)标准血清所中和。应用RT．PCR方法对病鸭的肝脏悬液及鸭胚尿囊液进行检测并测序,证明所分离病毒为Ⅰ型DHV。

摘要： 本发明涉及一种用多个光学单元(106、107)来监视在多个样本腔室(101-104)中的实时PCR反应的光学检测系统。由于光学单元相对于样本腔室的相对运动，可组合颜色多路复用和空间多路复用，以便在PCR的处理期间光学检测在样本中的病原体和输送定量结果。

摘要： 本发明涉及一种用多个光学单元(106、107)来监视在多个样本腔室(101-104)中的实时PCR反应的光学检测系统。由于光学单元相对于样本腔室的相对运动，可组合颜色多路复用和空间多路复用，以便在PCR的处理期间光学检测在样本中的病原体和输送定量结果。