SNPs

摘要： 研究通过测序技术对迪庆藏猪脂肪分化蛋白基因(ADFP)部分启动子区域和外显子1进行了多态位点遗传分析。结果发现,迪庆藏猪在ADFP基因启动子区域存在2个SNPs,外显子1上存在6个SNPs;各SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量和杂合度均小于0.5。研究了解了迪庆藏猪ADFP基因的变异情况及群体遗传特征,为下一步开展脂肪沉积基因的遗传育种奠定了理论基础。

摘要： Red tilapia(Oreochromis spp.)is one of the most popular fish in China due to its bright red appearance,fast growth rate,and strong adaptability.Understanding the sex determination mechanisms is of vital importance for the selection of all-male lines to increase aquacultural production of red tilapia.In this research,the genetic architecture for sex from four mapping populations(n=1090)of red tilapia was analyzed by quantitative trait loci(QTL)-seq,linkage-based QTL mapping,and linkage disequilibrium(LD)-based genome-wide association studies.Two genome-wide significant QTL intervals associated with sex were identified on ChrLG1(22.4-23.9 Mb)and ChrLG23(32.0-35.9 Mb),respectively.The QTL on ChrLG1 was detected in family 1(FAM1),FAM2,and FAM4,and the other QTL on ChrLG23 was detected in FAM3 and FAM4.Four microsatellite markers located within the QTL were successfully developed for marker-assisted selection.Interestingly,three(Ipp,sox14,and amh)of the 12 candidate genes located near or on the two QTL intervals were abundantly expressed in males,while the remaining genes were more highly expressed in females.Seven genes(scly,ube3a,Ipp,gpr17,oca2,cog4,and atp10a)were significantly differentially expressed between the male and female groups.Furthermore,LD block analysis suggested that a cluster of genes on ChrLG23 may participate in regulating sex development in red tilapia.Our study provides important information on the genetic architecture of sex in red tilapia and should facilitate further exploration of sex determination mechanisms in this species.

摘要： 本研究旨在探究绵羊HERC1与ALDH6A1多态性与胸椎数和胴体体长间的相关性,筛选提高绵羊胴体品质的重要分子标记。利用Sequenom MassARRAY SNP技术检测苏尼特羊和小尾寒羊两个绵羊群体与胴体性状相关候选基因HERC1和ALDH6A1单核苷酸多态性(SNPs)位点,进行群体遗传学分析,并与表型性状关联;利用生物信息学工具对HERC1分子结构进行预测分析。结果表明,HERC1 c.8950G>A、g.43407058T>G、c.11902A>G和ALDH6A1 c.1126A>G在小尾寒羊和苏尼特羊中均与胸椎数不显著相关。SNPs与胴体体长分析结果表明,在小尾寒羊HERC1 c.8950G>A中,野生型(GG)胴体体长显著高于突变型(GA)(PA位点与小尾寒羊胴体体长显著相关,可作为提高绵羊胴体性状的潜在分子辅助标记。

摘要： 为探究KIAA2012和UTP20多态性与胸椎数间的关联性,筛选胸椎数相关重要分子标记,利用Sequenom MassARRAY^(■)SNP技术检测苏尼特羊和小尾寒羊中与胸椎数相关候选基因KIAA2012和UTP20的单核苷酸多态性(SNPs)位点,开展群体遗传学分析,并与胸椎数进行关联分析;利用生物信息学分析工具对KIAA2012和UTP20的遗传特征进行分析。结果表明,UTP20 g.170058254G>A位点在苏尼特羊群体中突变型(GA)胸椎数显著(PA和g.170072471G>A在小尾寒羊和苏尼特羊中均与胸椎数没有显著相关;KIAA2012 g.203440537A>G、g.203424302A>G、g.203440384A>T在小尾寒羊和苏尼特羊中与胸椎数均没有显著相关(P>0.05)。SNPs与胴体长度分析结果表明,在小尾寒羊KIAA2012 g.203440537A>G中,突变型(GA)胴体长度显著(PA位点与苏尼特羊胸椎数性状显著相关,KIAA2012 g.203440537A>G与小尾寒羊胴体长度性状显著相关,可作为调控绵羊胸椎数变异潜在的分子辅助标记。

摘要： 【目的】筛选出塔河马鹿高质量的单核苷酸多态性位点(SNP),构建特异性分子遗传标记,为塔河马鹿的纯种鉴别提供参考。【方法】对国家特种经济动物资源共享平台1999年收集整理的32份塔河马鹿血液DNA样本进行全基因组重测序,与梅花鹿染色体级别的参考基因组进行比对,统计比对率、覆盖度和测序深度。用SNPEff统计每条染色体上SNP位点的分布,用SNPhylo基于位点构建分子进化树,用VCFTOOLS计算遗传分化指数(Fst),按降序排序并设定阈值Fst≥0.25,淘汰不符合条件位点,用R语言进行主成分分析(PCA),统计33条染色体排名前1500的SNPs位点,提取前100个SNPs集合的特征值,分别进行主成分分析。【结果】全基因组重测序结果表明,32份质检合格的塔河马鹿血液基因组DNA有效数据量为868791354600 bp,测序质量均符合后续数据分析要求。32份样品测序数据的平均比对率为98.06%,平均覆盖度为97.66%,平均深度为6.787。过滤后得到20139122个高质量的SNPs位点,其中4号染色体上SNPs分布最多,90%以上的变异位于基因间和外显子区域。建树后候选特异性SNPs位点数为12050781个。使用VCFTOOLS筛选得到544717个SNPs位点。选取每条染色体排名前1500的SNPs位点进行主成分分析,主成分分析结果显示,当SNPs从49500降至100时区分效力没有下降,最终筛选出100个特异性强、稳定性高的塔河马鹿SNPs位点。【结论】通过全基因组重测序技术和生物信息学分析得到了100个塔河马鹿特异性SNPs位点,为塔河马鹿的纯种鉴别以及核心种质的筛选工作提供了理论依据。

摘要： 为探究狮头鹅的星形肌动蛋白2(ASTN2)基因单核苷酸多态性(SNPs)位点的蛋白和mRNA二级结构及生物学特性,以在同一环境下饲养的200只500日龄正处于繁殖期的健康狮头鹅为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序技术对该基因进行单核苷酸多态性(SNPs)筛查,利用生物信息学方法从分子水平对狮头鹅ASTN2蛋白和ASTN2基因的mRNA结构进行功能预测。结果显示,在狮头鹅群体中共筛选出3个SNPs位点,分别位于外显子Exon2的71、104和146处,其中g.3682861 G>A偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。狮头鹅ASTN2基因编码区序列全长3 939 bp,编码1 312个氨基酸,突变位点均未改变编码区氨基酸的编码,理论等电点为5.58,是一种酸性不稳定亲水性跨膜分泌蛋白,有信号肽存在。亚细胞定位结果显示,其分布概率为质膜(39.1%)、内质网(26.1%)、细胞核(13%)、细胞质(8.7%)、细胞壁(4.3%)和细胞架(4.3%),主要在质膜发挥生物学作用;3种特殊结构(EGF_like、MACPF、FN3),蛋白二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成。ASTN2基因突变前后mRNA二级最小自由能(MFE)、质心、含假结结构及折叠发生改变,且突变后自由能上升,结构稳定性变弱。本试验成功筛选出狮头鹅ASTN2基因的多态位点,为进一步筛选狮头鹅产蛋量候选基因的分子遗传标记奠定理论基础。

摘要： Background:The lateral root is one of the most important organs that constitute the root architecture system in plants.It can directly affect the contact area between plants and soil and plays an important role in plant structural support and nutrient absorption.Optimizing root architecture systems can greatly increase crop yields.This study was designed to identify the molecular markers and candidate genes associated with lateral root development in cotton and to evaluate correlations with yield and disease traits.Result:The number of lateral roots for 14-day old seedlings was recorded for 215 Gossypium arboreum accessions.A correlation analysis showed that the number of lateral roots positively correlates with the sympodial branch node and seed index traits,but negatively correlates with lint percentage.A Genome-wide association study(GWAS)identified 18 significant SNPs with 19 candidate genes associated with the lateral root number.Expression analysis identified three genes(FLA 12,WRKY29,and RBOHA)associated with lateral root development.Conclusion:GWAS an alysis identified key SNPs and candidate gen esfor lateral root number,a nd gen es of FLA 12,WRKY29,and RBOHA may play a pivotal role in lateral root development in Asian cotton.

摘要： 【目的】本研究旨在探索梅花鹿甲硫氨酸亚砜还原酶B3(methionine sulfoxide reductase B3,MSRB3)基因多态性及其与茸重性状的关联性。【方法】选取高、低产茸量的梅花鹿各8只,应用DNA直接测序法检测基因变异位点。采用MassARRAY SNP分型技术对314头24月龄梅花鹿MSRB 3基因进行基因分型,并结合梅花鹿茸重性状数据进行了关联分析和单倍型分析。【结果】在梅花鹿MSRB 3基因中共发现6个SNPs位点,其中2个SNPs位点位于外显子区域,且突变均未引起氨基酸改变,属于同义突变,其余4个SNPs位点均存在于内含子区域。分型结果显示4个样本未分型成功,其余310个样本进行后续分析。各位点观测杂合度和期望杂合度基本一致,g.44455582 T>C、g.44455759 C>T、g.44414424 T>C、g.44350306 T>C及g.44340836 G>A等5个位点的杂合度较高,均属于中度多态(0.25C位点杂合度较低,属于低度多态(PICT位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。对6个SNPs位点的不同基因型与梅花鹿茸重的关联分析结果表明,g.44455582 T>C位点的TT基因型个体茸重极显著高于CC和TC基因型(PC和g.44350306 T>C、g.44455582 T>C和g.44455759 C>T位点存在强连锁,各产生3种单倍型,在Block 2区块中单倍型TC茸重显著高于单倍型CT(PC位点和单倍型TC可作为筛选高产梅花鹿的分子标记。

摘要： 【目的】试验旨在研究多形性腺瘤基因1(plemorphic adenoma gene 1,PLAG1)基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3′-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊(PG、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型(PC位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型(PA位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型(PT位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型(PG位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型(P<0.05)。【结论】PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。

摘要： 钙调磷酸酶(CaN)是调节肌纤维转化的重要信号分子,PPP3CA基因编码CaN催化亚基,对畜禽肉质性能有重要影响.本实验以江口萝卜猪为研究对象,测定了112头江口萝卜猪11项主要肉质性状指标,提取背最长肌中基因组DNA,扩增了PPP3CA基因全部外显子和启动子序列并测序.结果显示:发现3个SNPs位点,分别为A-918C、G154767A和G316451A.启动子上的A-918C位点等位基因分布较均匀,生物信息学分析发现A-918C位点位于一个高评分核心启动子区附近,还会导致2个转录因子结合位点的消失和2个转录因子结合位点的产生,可能会对PPP3CA基因的表达产生影响.与肉质的关联性分析发现,A-918C位点AA和AC型个体肉色明显高于CC型个体,而剪切力反之.双倍型分析发现,H6H7(CC-GG-GA)和H7H7(CC-GG-GG)肉色显著低于其余双倍型,剪切力明显高于其余双倍型,也说明A-918C位点AA和AC型猪肉质优于CC型猪,说明了A-918C位点对肉质性能有明显影响.G154767A和G316451A位点等位基因频率差异大,等位基因分布不均匀,表明群体内变异程度较低.G154767A位点会使mRNA二级结构最小自由能降低,稳定性降低,极显著偏离Hardy-Weinberg平衡.与肉质的关联性分析发现,G316451A位点GG型和GA型大理石纹评分显著高于AA型.本研究结果表明,PPP3CA基因对江口萝卜猪肉质存在明显影响,A-918C和G316451A位点可能是影响江口萝卜猪肉质的重要功能SNPs位点.

摘要： 本研究旨在分析酰基辅酶A氧化酶(acyl—Coenzyme A oxidases3,ACOX3)基因5’侧翼区单核苷酸多态性与生长和体组成性状的关系,以期了解该基因与脂类代谢的关系。本研究以东北农业大学肉鸡高低脂双向选择品系和东北农业大学F2资源群体为材料,采用PCR-RFLP方法检测了ACOX3基因5’侧翼区的多态性,并分析基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关。结果发现一个点突变c.-442A>C。该突变位点在高、低脂双向选择品系八、九、十世代混合群体对5周龄和7周龄体重、屠体重、小胸肌重、小胸肌率、脾脏重、脾脏比率有显著影响(PC突变尤其对鸡体重和肌肉重有显著的影响,可以尝试作为遗传标记对体重和肌肉重性状进行分子标记辅助选择。

摘要： 本研究旨在分析酰基辅酶A氧化酶(acyl—Coenzyme A oxidases3,ACOX3)基因5’侧翼区单核苷酸多态性与生长和体组成性状的关系,以期了解该基因与脂类代谢的关系。本研究以东北农业大学肉鸡高低脂双向选择品系和东北农业大学F2资源群体为材料,采用PCR-RFLP方法检测了ACOX3基因5’侧翼区的多态性,并分析基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关。结果发现一个点突变c.-442A>C。该突变位点在高、低脂双向选择品系八、九、十世代混合群体对5周龄和7周龄体重、屠体重、小胸肌重、小胸肌率、脾脏重、脾脏比率有显著影响(PC突变尤其对鸡体重和肌肉重有显著的影响,可以尝试作为遗传标记对体重和肌肉重性状进行分子标记辅助选择。

摘要： 本研究旨在分析酰基辅酶A氧化酶(acyl—Coenzyme A oxidases3,ACOX3)基因5’侧翼区单核苷酸多态性与生长和体组成性状的关系,以期了解该基因与脂类代谢的关系。本研究以东北农业大学肉鸡高低脂双向选择品系和东北农业大学F2资源群体为材料,采用PCR-RFLP方法检测了ACOX3基因5’侧翼区的多态性,并分析基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关。结果发现一个点突变c.-442A>C。该突变位点在高、低脂双向选择品系八、九、十世代混合群体对5周龄和7周龄体重、屠体重、小胸肌重、小胸肌率、脾脏重、脾脏比率有显著影响(PC突变尤其对鸡体重和肌肉重有显著的影响,可以尝试作为遗传标记对体重和肌肉重性状进行分子标记辅助选择。

摘要： 本研究旨在分析酰基辅酶A氧化酶(acyl—Coenzyme A oxidases3,ACOX3)基因5’侧翼区单核苷酸多态性与生长和体组成性状的关系,以期了解该基因与脂类代谢的关系。本研究以东北农业大学肉鸡高低脂双向选择品系和东北农业大学F2资源群体为材料,采用PCR-RFLP方法检测了ACOX3基因5’侧翼区的多态性,并分析基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关。结果发现一个点突变c.-442A>C。该突变位点在高、低脂双向选择品系八、九、十世代混合群体对5周龄和7周龄体重、屠体重、小胸肌重、小胸肌率、脾脏重、脾脏比率有显著影响(PC突变尤其对鸡体重和肌肉重有显著的影响,可以尝试作为遗传标记对体重和肌肉重性状进行分子标记辅助选择。

摘要： 五羟色胺1B型受体是目前已鉴定的14个五羟色胺受体之一,它参与动物的睡眠、恐惧、攻击型和采食等多种行为的调控。本试验的目的是研究HTR1B基因多态性,并分析多态位点与中国荷斯坦奶牛泌乳性状的相关性。采用PCR-SSCP技术研究了该基因4个片段的多态性,共计发现了3处SNP,其中205G>T导致Ala突变成Ser。G205T位点与泌乳性状存在相关。其中H1-C基因型个体产奶量比H1-A基因型高489kg(P<0.05)。

摘要： 五羟色胺1B型受体是目前已鉴定的14个五羟色胺受体之一,它参与动物的睡眠、恐惧、攻击型和采食等多种行为的调控。本试验的目的是研究HTR1B基因多态性,并分析多态位点与中国荷斯坦奶牛泌乳性状的相关性。采用PCR-SSCP技术研究了该基因4个片段的多态性,共计发现了3处SNP,其中205G>T导致Ala突变成Ser。G205T位点与泌乳性状存在相关。其中H1-C基因型个体产奶量比H1-A基因型高489kg(P<0.05)。

摘要： 五羟色胺1B型受体是目前已鉴定的14个五羟色胺受体之一,它参与动物的睡眠、恐惧、攻击型和采食等多种行为的调控。本试验的目的是研究HTR1B基因多态性,并分析多态位点与中国荷斯坦奶牛泌乳性状的相关性。采用PCR-SSCP技术研究了该基因4个片段的多态性,共计发现了3处SNP,其中205G>T导致Ala突变成Ser。G205T位点与泌乳性状存在相关。其中H1-C基因型个体产奶量比H1-A基因型高489kg(P<0.05)。

摘要： 本试验以广东温氏集团培育的黄羽肉鸡种蛋胚胎为研究对象,以与人和小鼠胚胎发育相关的胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R:Insulin-like growth factor type Ⅱ receptor)为候选基因,进行了SNP位点的筛选和多态性的检测;探讨了IGF2R基因的变异对胚胎死亡的影响.在IGF2R基因第34外显子中发现2个SNP位点,对具有AlwNI酶切位点的SNP位点进行了PCR-RFLP检测;分析了胚胎IGF2R的SNP位点PCR-RFLPs基因型在死亡和正常发育胚胎中分布特征,经卡方检验,鸡IGF2R基因第34外显子AlwNI-RFLP基因型在死亡和正常发育胚胎中存在显著差异,在死亡的胚胎中基因型AT的频率(0.326)高于正常发育胚胎的频率(0.077).

摘要： 本试验以广东温氏集团培育的黄羽肉鸡种蛋胚胎为研究对象,以与人和小鼠胚胎发育相关的胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R:Insulin-like growth factor type Ⅱ receptor)为候选基因,进行了SNP位点的筛选和多态性的检测;探讨了IGF2R基因的变异对胚胎死亡的影响.在IGF2R基因第34外显子中发现2个SNP位点,对具有AlwNI酶切位点的SNP位点进行了PCR-RFLP检测;分析了胚胎IGF2R的SNP位点PCR-RFLPs基因型在死亡和正常发育胚胎中分布特征,经卡方检验,鸡IGF2R基因第34外显子AlwNI-RFLP基因型在死亡和正常发育胚胎中存在显著差异,在死亡的胚胎中基因型AT的频率(0.326)高于正常发育胚胎的频率(0.077).

摘要： 本试验以广东温氏集团培育的黄羽肉鸡种蛋胚胎为研究对象,以与人和小鼠胚胎发育相关的胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R:Insulin-like growth factor type Ⅱ receptor)为候选基因,进行了SNP位点的筛选和多态性的检测;探讨了IGF2R基因的变异对胚胎死亡的影响.在IGF2R基因第34外显子中发现2个SNP位点,对具有AlwNI酶切位点的SNP位点进行了PCR-RFLP检测;分析了胚胎IGF2R的SNP位点PCR-RFLPs基因型在死亡和正常发育胚胎中分布特征,经卡方检验,鸡IGF2R基因第34外显子AlwNI-RFLP基因型在死亡和正常发育胚胎中存在显著差异,在死亡的胚胎中基因型AT的频率(0.326)高于正常发育胚胎的频率(0.077).

摘要： 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。

摘要： 本发明涉及农业分子检测领域，具体涉及用于小麦品种鉴定的SNP分子标记组合以及SNP分子标记检测方法。本发明的96个SNP位点组合在我国1463份审定小麦品种中共检出192个等位变异，对小麦品种具有较高的分辨率，96个SNP引物及其引物组合均能稳定、重复、特异性扩增，便于推广应用。

摘要： 本发明提供了一种用于检测SNP多态性的引物组和利用引物组检测SNP多态性的方法，属于生物技术领域。所述用于检测SNP多态性的引物组，包括引物组A1和引物组A2；所述引物组A1包括上游引物A1、下游引物A1和延伸引物A1，所述引物组A1中引物的质量分别为4300～6600Da；所述引物组A2包括上游引物A2、下游引物A2和延伸引物A2，所述引物组A2中引物的质量分别为6700～9000Da。本发明以引物质量为4300‑6600Da和6600‑9000Da两个区间来分别设计引物，从而在MALDI‑TOF MS结果读取时互不干扰，可以一个芯片点获取两份检测数据，试剂耗材的利用率更高，高产出低成本。

摘要： 本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

摘要： 本发明公开了一种SNP‑SNP标记的复合体系及其检测不平衡混合样本的方法和应用。该复合体系包括扩增以下17个复合遗传标记SNP‑SNP的复合扩增引物、单碱基延伸引物以及测序引物；复合扩增引物中每个位点均包括两条正向引物和一条反向引物，其序列如SEQ ID NO.1～51所示，单碱基延伸引物具体序列如SEQ ID NO.52～68所示。本发明中17个新型复合遗传标记SNP‑SNP的复合体系的检测方法包括ARMS‑PCR、SNaPshot和CE技术的结合应用，并且所使用的仪器设备均为可以很容易地在法医实验室中操作，而无需对额外设备进行任何投资，操作简单，费时短，易于普及。

摘要： 本发明公开了鉴别尖塘鳢鱼种的SNPs及基于SNPs的AS‑PCR引物组及其检测方法与应用。所述SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列中。本发明基于得到的SNPs位点转化成AS‑PCR标记，利用AS‑PCR鉴别三种尖塘醴，本发明中的检测方法操作简便、耗时短、成本低；而且设计得到的AS‑PCR引物组灵敏度高，P2引物在模板中可稀释到10‑4倍，P3引物在模板中可稀释到10‑3倍，具有极高的应用价值。

摘要： 本发明提供了官庄花猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供官庄花猪SNP位点，具有明显的官庄花猪的种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将官庄花猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备SNP芯片或检测试剂盒，并将SNP芯片或检测试剂盒应用官庄花猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

摘要： 本发明涉及一种利用SNP开发与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记的方法，步骤如下：(1)根据待开发样品的已知SNP分子标记在遗传图谱上的位置，查找获得SNP标记延伸序列；(2)将SNP标记延伸序列在待开发样品的基因组测序数据库进行比对，选取序列片段；(3)以重复序列长度≥20bp，对完全型、不完全型、复合型三种SSR进行查找，获得SSR位点；(4)根据SSR位点的侧翼区域设计引物，经PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰的，获得待验证分子标记；(5)利用待验证分子标记的引物，制得SNP-SSR分子标记。本发明所述方法能够快速大量的筛选与SNP紧密连锁的SNP-SSR分子标记。

摘要： 本发明公开了梅花鹿全基因组SNP分子标记组合、SNP芯片及应用，涉及分子标记开发技术领域。包括43316个SNP分子标记。上述SNP分子标记组合对于梅花鹿样本数据量在1.5Gb时位点检出率在95％以上，表明本发明提供的SNP分子标记组合有用信息量多，具有较大的利用价值。此外，本发明开发的SNP分子标记组合在梅花鹿全基因组33条染色体上均匀分布，可以提高相关研究应用的准确性。

摘要： 本发明涉及一种与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记、检测SNP标记的dCAPS引物对及其应用，SNP标记是yfSNP01，位于黄瓜基因组第4号染色体4964651处，yfSNP01处碱基为C的黄瓜为白色果肉品种，yfSNP01处碱基为T的黄瓜为白色果肉品种。一组用于检测权利要求1所述的与黄瓜黄色果肉紧密连锁的一个SNP标记的dCAPS引物对，引物对包括yfSNP01的正向引物5′‑TCGTCTTTTCCGAATATCGAAAGTCA‑3′和yfSNP01的反向引物5′‑GTTCAATCATGGGATGGACA‑3′。所述的dCAPS引物对在黄瓜果肉颜色分子标记辅助育种中的应用。通过本发明，本发明具有如下有益效果：本发明利用基因组学和群体遗传学筛选到与黄瓜果肉颜色紧密连锁的SNP标记，通过测序和转化为dCAPS标记的方法鉴定黄瓜基因型，且这个SNP标记为共显性标记，可以区分纯合体和杂合体，可以加速黄瓜果肉分子育种进程。