进化关系

摘要： 为了分析细菌16S rRNA基因可变区与其全长序列之间进化关系的相似性,对核糖体数据库项目(RDP)所提供的细菌16S rRNA基因进行了研究.在对可变区进行截取、筛选等数据预处理后,对可变区实际碱基数目和操作分类单元数目进行了统计分析.结果显示,V2、V3、V4可变区,特别是V2、V4可变区,不仅在序列长度上较长,实际碱基数目也大大超过其他可变区,较其他可变区包含更多的序列信息;建立了层次距离矩阵算法,计算出V2、V3、V4可变区与全长序列所构建的进化树之间的距离差异值分别为59052、87154、45848,可见V4可变区在进化关系上更接近全长序列,使用V4可变区构建进化树的可信度要优于V2、V3可变区,且层次距离矩阵算法比一些传统的距离与相似度算法具有更好的性能.

摘要： 基于辣椒全基因组序列,对辣椒八氢番茄红素合成酶(PSY)基因家族进行鉴定、系统分析,并对其在果实不同发育阶段和不同组织的表达特性进行研究。结果表明,在辣椒基因组中鉴定出6个CaPSY基因,分布在4条染色体上,编码358~432个氨基酸。系统进化树分析结果表明,辣椒PSY基因与其他相关物种PSY基因分为2大类。通过MEME工具鉴定出辣椒PSY基因共有8个保守基序(motif1~motif8)。辣椒PSY实时定量检测结果表明,6个CaPSY基因在辣椒根、茎、叶、花和果实中均有表达,但表达量不同,呈现出组织特异性,推测这些基因在辣椒组织中有不同的功能。该研究结果可以为辣椒PSY基因进化关系、功能差异等进一步研究提供参考。

摘要： 昆虫与植物的相生相克,是大自然最原始、最重要的伴生进化关系。它们触动了地球生物优胜劣汰的机关,为生命的绵延不息找到了正确的途径。科学家断言,人类在地球消失后,坚持到最后的谢幕者,一定还是它们一昆虫与植物。与其说绿色植物与食草动物的关系紧密,倒不如说它们与昆虫的关系更密切。动物啃食绿叶是清晰可见的宏观活动,而昆虫骚扰植物却是悄无声息的微观行为。植物和昆虫就像是守擂与攻擂的对手,在亿万斯年的较量中,它们互有胜负,至今难决雌雄。

摘要： 目的了解不同病例来源肺炎克雷伯菌致病特性及其遗传进化关系,深入探索该菌致病机制和传播途径奠定基础。方法分别采集锦州医科大学附属第一医院发热患者、硫化氢中毒患者、脑梗死患者、脑血管病患者及胆肠吻合口结石患者的血液或痰液样品,分离鉴定得到5株肺炎克雷伯菌,编号为KP1、KP2、KP3、KP4、KP5。对所分离的菌株通过16S rRNA序列进行基因测序和同源性比对分析;选取小鼠和雏鸡作为试验动物进行致病性试验,观察比较不同菌株所引起的病理变化特征、发病率和死亡率;应用纸片扩散法进行常用抗菌药物的耐药性检测分析。结果上述不同病例来源分离的肺炎克雷伯菌的亲缘关系有明显差异,KP1~KP4菌株同源性较高,为98.85%,而KP1~KP5整体同源性为93.42%,说明KP1~KP4与胆肠吻合口结石病例KP5亲缘关系较远;所分离菌株均可引起小鼠和雏鸡发病,发病率均为100%,而死亡率为50%~100%不等;其中脑梗死病例KP3致死率最高为100%,显著高于其它分离菌株,而胆肠吻合口结石病例KP5致死率最低,仅为50%;不同病例来源肺炎克雷伯菌对常用抗菌药物产生了耐药性,但耐药性差异显著。结论不同病例来源的肺炎克雷伯菌的亲缘关系远近不一,致病性差异显著,而亲缘关系远近与致病性及耐药性没有必然联系。由于该菌可感染小鼠和禽类,可以应用小鼠和禽类作为多种肺炎克雷伯菌研究的动物模型开展致病机制和药物开发等研究。同时提示在肺炎克雷伯菌防控过程中应重视对鼠类和禽类传播途径的控制。

摘要： 目的 了解不同病例来源肺炎克雷伯菌致病特性及其遗传进化关系,深入探索该菌致病机制和传播途径奠定基础.方法 分别采集锦州医科大学附属第一医院发热患者、硫化氢中毒患者、脑梗死患者、脑血管病患者及胆肠吻合口结石患者的血液或痰液样品,分离鉴定得到5株肺炎克雷伯菌,编号为KP1、KP2、KP3、KP4、KP5.对所分离的菌株通过16S rRNA序列进行基因测序和同源性比对分析;选取小鼠和雏鸡作为试验动物进行致病性试验,观察比较不同菌株所引起的病理变化特征、发病率和死亡率;应用纸片扩散法进行常用抗菌药物的耐药性检测分析.结果 上述不同病例来源分离的肺炎克雷伯菌的亲缘关系有明显差异,KP1～KP4菌株同源性较高,为98.85％,而KP1～KP5整体同源性为93.42％,说明KP1～KP4与胆肠吻合口结石病例KP5亲缘关系较远;所分离菌株均可引起小鼠和雏鸡发病,发病率均为100％,而死亡率为50％ ～100％不等;其中脑梗死病例KP3致死率最高为100％,显著高于其它分离菌株,而胆肠吻合口结石病例KP5致死率最低,仅为50％;不同病例来源肺炎克雷伯菌对常用抗菌药物产生了耐药性,但耐药性差异显著.结论 不同病例来源的肺炎克雷伯菌的亲缘关系远近不一,致病性差异显著,而亲缘关系远近与致病性及耐药性没有必然联系.由于该菌可感染小鼠和禽类,可以应用小鼠和禽类作为多种肺炎克雷伯菌研究的动物模型开展致病机制和药物开发等研究.同时提示在肺炎克雷伯菌防控过程中应重视对鼠类和禽类传播途径的控制.

摘要： 肺炎克雷伯菌是获得性感染相关的条件致病菌,被WHO列为急需研发新抗生素的耐药致病菌.铁载体因子是肺炎克雷伯菌在宿主细胞内增殖的重要毒力因子,主要包括肠杆菌素、耶尔森菌素、气杆菌素和沙门菌素.笔者前期从病猪的肝脏分离到一株多重耐药ST37型(ST)肺炎克雷伯菌KP200,文中利用生物信息学软件,分析KP200与来自NCBI的ST37型的160株肺炎克雷伯菌菌株铁载体因子的进化关系及遗传多样性.单拷贝核心基因组进化树分析表明,KP200与1株中国的人源肺炎克雷伯菌位于同一个进化支,相似度为99.8％;铁载体因子分析表明,所有161株ST37型肺炎克雷伯菌都携带肠杆菌素entABCEF和fepABC,KP200与其他15株肺炎克雷伯菌携带气杆菌素转运基因iutA,且这些iutA基因序列间核苷酸相似性为73.49％ ～100％.与高毒力肺炎克雷伯菌NTUH-K2044携带的iutA核苷酸序列比较,发现KP200携带的iutA核苷酸序列中两个碱基突变,导致两个氨基酸替换:即亮氨酸替换成苯丙氨酸、缬氨酸替换成亮氨酸.本研究为肺炎克雷伯菌ST37型别菌株的进化及其毒力分析提供了基础数据.

摘要： 利用生物信息学技术鉴定高粱脂氧合酶(LOX)家族基因,并对其进化关系、基因结构、保守基序、不同组织及低温胁迫下的表达模式等进行分析,以此为高粱LOX基因的功能研究奠定基础.结果表明,共鉴定出11条高粱LOX家族基因,根据其染色体位置命名为SbLOX1—SbLOX11,该家族基因可分为2个亚族(9-LOX、13-LOX)且同一亚族基因结构基本相似.表达分析发现,不同基因家族成员在不同组织部位的表达模式各不相同,SbLOX10和SbLOX9基因在各个组织部位中表达量均较低,SbLOX2—SbLOX5、SbLOX8在各个组织部位中表达量均较高.对低温(4°C)处理下高粱LOX基因转录组数据进行分析发现,耐冷型高粱9-LOX亚族中的SbLOX1、SbLOX3、SbLOX5和13-LOX亚族中的SbLOX4、SbLOX9在大多时间点均呈上调表达,且在冷敏感材料中表达量也较高,推测LOX基因在低温胁迫响应中具有重要作用.

摘要： 在高等植物中,线粒体转录终止因子(mTERF)影响线粒体或叶绿体的基因表达及植物对逆境的反应等生物学过程.为了研究甘蓝型油菜中线粒体转录终止因子1(mTERF1)的功能,本研究以甘蓝型油菜品种中双11号为材料,在A06连锁群上克隆了mTERF1,该基因编码285个氨基酸,含有5个mTERF功能结构域.利用生物信息学分析筛选到37个甘蓝型油菜mTERF家族蛋白,并进行了系统进化树、基因结构及染色体定位分析.此外,构建甘蓝型油菜BnaA06.mTERF1基因的功能互补表达载体,转化拟南芥mTERF1(soldat10)突变体后,拟南芥的表型恢复到野生型(Ler),说明该基因在油菜和拟南芥中具有保守的功能.本研究填补了油菜中线粒体转录终止因子研究的空白,为进一步探究油菜中线粒体转录终止因子的分子功能奠定了基础.

摘要： 本研究以分布于我国南海裸胸鳝属常见的5种鱼类(黄边裸胸鳝、斑点裸胸鳝、波纹裸胸鳝、云纹裸胸鳝、匀斑裸胸鳝、蠕纹裸胸鳝)为对象，采用聚合酶链式反应将PCR扩增产物克隆到T载体后进行Cyt b基因全序列测定，并用花鳗鲡(Anguilla marmorata)的Cyt b基因全序列作为外群进行比较分析和构建分子系统树，初步探讨了裸胸鳝属鱼类的系统发育关系。一方面补充了GenBank中裸胸鳝属鱼类的基因序列数据；另一方面为裸胸鳝属鱼类分类系统和进化关系提供了理论依据。

摘要： 本文从两个方面阐述了近十多年国内外学者研究文昌鱼与脊椎动物起源进化关系的新进展:一、研究表明:脊椎动物调控轴的演化始自头索类文昌鱼.二、几个基因家族的系统发育分析揭示:在脊椎动物起源的时期,发生了两次基因组复制.

摘要： 萜类化合物是植物次级代谢物中最庞大的类别,在植物生长发育以及与周围环境的作用中都具有重要作用,萜类合成酶(TPS)是萜类化合物合成的关键酶.基于生物信息学的方法,本文对毛竹(Phyllostachysedulis)TPS家族成员进行了鉴定,并就其编码蛋白的理化性质、基因结构、进化关系、功能分化及启动子元件等进行了分析.结果表明,毛竹全基因组含有14个TPS候选基因,大小为693-2439bp,编码蛋白等电点为5.08-8.17;亚细胞定位预测显示,13个毛竹TPS成员能获得信号肽位置,其中6个定位在细胞质;系统发育分析显示,毛竹含有TPS-a、TPS-b、TPS-e/f、和TPS-g4个亚家族,成员数目分别为6,5,2,1;启动子分析获得50个元件,可分为6大类,其中光响应相关元件数量最多,共包含17个顺式调控元件.本研究在全基因组水平上初步分析了毛竹TPS家族的特征和进化关系,为深入分析该家族的功能提供了理论基础.

摘要： 本文首先说明了宿主动物的种群构成与密度也就决定了汉坦病毒（HV）疫源地的类型及其流行强度；然后分析了我国是受HV危害最严重的国家，以及该病毒的传播途径和地理分布情况，并证实了肾综合征出血热是由实验动物汉坦病毒的引起，说明了该病毒不但受与宿主共进化的遗传影响，也受到宿主地理生态条件变化的影响。

摘要： 本文研究了麻疹病毒(MeV)疫苗株S191毒种及其传代病毒以及流行株血溶素F(HL)基因稳定性，对该序列一些重要位点的氨基酸进行了比较，推测了其功能结构及生物学活性变化，对该基因与M蛋白基因之间的非编码序列进行比对分析。利用RT-PCR方法扩增S191减毒株23、26、27代及一株流行株yunnanLC-10的F基因，测序后进行比对分析。S191传代病毒F基因序列之间核苷酸同源性为99.8%，氨基酸同源性为99.5%～99.6%；S191疫苗株与流行株之间核苷酸序列同源性达95.2%；疫苗株与流行株1003nt的非编码区序列同源性为85.0%。S19l传代病毒F基因具有较高遗传稳定性，其与流行株F基因同源性较高；1003nt非编码区序列变异速度较快。

摘要： 叶绿体基因组是研究进化关系的理想基因组.为了获得最适合梅(Prunus mume)叶绿体提取及测序方法的方案,以梅品种'龙眼'新鲜幼叶为试验材料,比较叶绿体试剂盒,高盐-低pH配合Percoll密度梯度以及改良高盐-低pH3种方法分离叶绿体的效果.结果表明改良高盐-低pH法提取梅cpDNA的OD260/OD280值为2.043,质量浓度为5286.4ng/ul,是3种方法中最适合梅叶绿体提取的方法.此外,通过比较直接与拼接2种测序方法得到的'龙眼'梅叶绿体基因组差异,发现两者的显著差异为直接测序法测得基因组在IR区112～118kb区间有一段冗余序列,基因组重排相似度高于99％.综合考虑,梅叶绿体最佳提取方法为改良高盐-低pH法,直接测序法获得的信息量较大但增加了提取叶绿体DNA的成本.

摘要： 本文以人工种植、野外自然的精河沙拐枣种群为研究对象，在样株不同方位、种群内样株间、种群间不同样株间三个层次，从果实形态和花粉形态的差异性入手进行研究。并对比人工栽培的精河沙拐枣和自然种群中的果实形态，找出精河沙拐枣植物较为稳定的性状;易受环境影响较大的性状，为该属植物的准确分类，提供理论依据和基础资料;研究精河沙拐枣形态的变异式样及其规律，确定三列沙拐枣的分类地位及其系统位置提供基础资料以及修订《中国植物志》。

摘要： 本文以人工种植、野外自然的精河沙拐枣种群为研究对象，在样株不同方位、种群内样株间、种群间不同样株间三个层次，从果实形态和花粉形态的差异性入手进行研究。并对比人工栽培的精河沙拐枣和自然种群中的果实形态，找出精河沙拐枣植物较为稳定的性状;易受环境影响较大的性状，为该属植物的准确分类，提供理论依据和基础资料;研究精河沙拐枣形态的变异式样及其规律，确定三列沙拐枣的分类地位及其系统位置提供基础资料以及修订《中国植物志》。

摘要： 本文以人工种植、野外自然的精河沙拐枣种群为研究对象，在样株不同方位、种群内样株间、种群间不同样株间三个层次，从果实形态和花粉形态的差异性入手进行研究。并对比人工栽培的精河沙拐枣和自然种群中的果实形态，找出精河沙拐枣植物较为稳定的性状;易受环境影响较大的性状，为该属植物的准确分类，提供理论依据和基础资料;研究精河沙拐枣形态的变异式样及其规律，确定三列沙拐枣的分类地位及其系统位置提供基础资料以及修订《中国植物志》。

摘要： 本文以人工种植、野外自然的精河沙拐枣种群为研究对象，在样株不同方位、种群内样株间、种群间不同样株间三个层次，从果实形态和花粉形态的差异性入手进行研究。并对比人工栽培的精河沙拐枣和自然种群中的果实形态，找出精河沙拐枣植物较为稳定的性状;易受环境影响较大的性状，为该属植物的准确分类，提供理论依据和基础资料;研究精河沙拐枣形态的变异式样及其规律，确定三列沙拐枣的分类地位及其系统位置提供基础资料以及修订《中国植物志》。

摘要： 本发明提出一种改进群机器人进化能力的异质同质群体协同进化方法（TORCH），在TORCH的进化过程中，群体中的个体交替选择不同的策略和相同的策略，能用来同时评估多个策略，以提高策略进化的效率。基于提出的TORCH，群机器人可以通过与环境的交互来进化策略。群机器人的策略进化是在局部信息条件下进行的，进化后的策略更适合于分布式任务场景。同时提出了一种基于行为表达树的行为策略表达方法，对表达树进行了扩展，提高了进化策略的可解释性。TORCH使群机器人的策略在局部信息条件下进化，使进化策略更适应分布式任务场景而不是特定的任务场景的方法，以提高进化策略的适应性。

摘要： 本发明公布了基于语句占优关系的变异测试数据进化生成方法。变异测试的关键问题之一是要在短时间内生成有效杀死变异体的测试数据。随着程序的规模和复杂程度的日益增加，在传统的变异测试准则下，需要同时运行被测程序和变异体，以检测变异体是否被杀死，这势必会影响变异测试效率。本文首先给出基于语句占优关系的变异测试准则，在此基础上建立了基于语句占优关系的变异测试数据生成问题的数学模型，并给出相应的进化优化求解方法。

摘要： 本发明公开了一种差分进化算法的可逆数据库水印的嵌入和提取方法。首先，利用边缘检测算子提取版权图像的边缘特征点，生成二进制比特序列指导水印的嵌入。对需要嵌入水印的数据库进行分块处理，将每个数据的属性列和元组个数作为坐标索引，选取每个数据块中一定个数的点集作为待嵌入点集。然后，在每个分块上运用差分进化算法，对初始个体，用适应度函数判断种群个体的好坏，通过变异、交叉和选择多次迭代之后选出最优的个体最为嵌入位置。为每一个分块随机生成水印序列，在水印嵌入阶段，对最优位置进行反复嵌入。最后，对嵌入成功的数据库进行模拟攻击来检测方法的鲁棒性。实验结果表面，该方法可有效提高数据库水印的不可见性和鲁棒性。

摘要： 本发明属于数据挖掘与知识服务领域，涉及学术合作关系网络协作构建、网络结构自适应进化、网络存储与分析等技术，公开了一种无障碍、少干预的学术合作关系协作构建与自适应进化方法，用来构建一张以学术主页为节点、以合作关系为连接的学术合作网络，为后续网状数据挖掘、社区发现与个性化推荐、全景式协作学习等知识服务奠定基础。

摘要： 本发明公开了一种结合进化多目标及进化多任务的检测模型优化方法及系统，属于目标检测技术领域，包括构建辅助任务，辅助任务为基于爬山搜索算法对目标检测模型中的权重进行优化；构建主任务，主任务为基于进化多目标方法对第一目标函数和第二目标函数进行优化求解，第一目标函数为分类损失函数，第二目标函数为回归损失函数；对辅助任务和主任务进行求解，并将辅助任务搜索过程中得到的解作为个体迁移到主任务的种群中，完成模型优化。本发明可求求解出一组相互权衡的解，并降低目标检测模型优化过程的时间复杂度。

摘要： 本发明提出一种改进群机器人进化能力的异质同质群体协同进化方法（TORCH），在TORCH的进化过程中，群体中的个体交替选择不同的策略和相同的策略，能用来同时评估多个策略，以提高策略进化的效率。基于提出的TORCH，群机器人可以通过与环境的交互来进化策略。群机器人的策略进化是在局部信息条件下进行的，进化后的策略更适合于分布式任务场景。同时提出了一种基于行为表达树的行为策略表达方法，对表达树进行了扩展，提高了进化策略的可解释性。TORCH使群机器人的策略在局部信息条件下进化，使进化策略更适应分布式任务场景而不是特定的任务场景的方法，以提高进化策略的适应性。

摘要： 本发明涉及基于样本的微生物群体的进化关系和丰度信息的分析方法及设备。包括：获取样本的微生物群体的遗传信息，构建样本的微生物群体的系统发育树，根据所述系统发育树提取所述微生物群体间的进化关系的特征；获取样本的微生物群体的丰度信息，提取所述微生物群体的丰度信息的特征；将所述微生物群体间的进化关系的特征与所述微生物群体的丰度信息的特征融合，得到特征集；将所述特征集输入到分类器中，得到样本的分类结果。本发明方法整合微生物系统发育树提供的微生物的进化信息和微生物的丰度信息，从深层次挖掘隐含在微生物数据背后的生命规律，具有重要的应用价值。

摘要： 本发明涉及基于样本的微生物群体的进化关系和丰度信息的分析方法及设备。包括：获取样本的微生物群体的遗传信息，构建样本的微生物群体的系统发育树，根据所述系统发育树提取所述微生物群体间的进化关系的特征；获取样本的微生物群体的丰度信息，提取所述微生物群体的丰度信息的特征；将所述微生物群体间的进化关系的特征与所述微生物群体的丰度信息的特征融合，得到特征集；将所述特征集输入到分类器中，得到样本的分类结果。本发明方法整合微生物系统发育树提供的微生物的进化信息和微生物的丰度信息，从深层次挖掘隐含在微生物数据背后的生命规律，具有重要的应用价值。

摘要： 本发明适用于毕赤酵母基因研究技术领域，提供了一种毕赤酵母中EHT1基因进化关系分析的实验方法，通过依次复活菌株GS115和pPIC9K、培养菌株GS115和pPIC9K、合成EHT1引物、提取及鉴定菌株GS115和pPIC9K的总RNA、反转录毕赤酵母总RNA并扩增EHT1CDS区，从而方便进行后续的EHT1的进化关系分析，本发明的实验方法可以应用于发酵工程菌。

摘要： 本发明涉及基因组变异技术领域，且公开了一种结肠腺癌基因组变异与肿瘤进化关系的研究方法，包括以下步骤：S1、数据下载；S2、数据预处理：TCGA数据预处理：A、对TCGA的临床样本数据做以下预处理：a、去掉没有临床信息或者生存时间小于30天的样本；b、去掉正常组织样本数据；B、对突变数据做以下预处理：a、去掉silent和intron突变位点。该种结肠腺癌基因组变异与肿瘤进化关系的研究方法，收集来自TCGA的结肠腺癌(COAD)基因组的数据，并从其体细胞突变(SSNV)和拷贝数变异(SCNV)的组库中推断出每个肿瘤样本的克隆(亚克隆)组成，利用该肿瘤克隆系统发育数据，进一步评估肿瘤内异质性与基因组不稳定性关系，从而使这些特征可以作为潜在肿瘤复杂性的标志。