结合位点

摘要： 与2007年人教版生物学《必修1·分子与细胞》相比较,2019年人教版中增加了“离子通道”,结合教学实践,针对师生热议的几个容易产生误解的问题进行了简要解析。

摘要： 预测RNA结合蛋白(RBP)的结合位点对于理解RNA结合蛋白如何在基因调控中发挥作用起至关重要的作用。近年来,随着高通量实验数据的大量积累和深度学习的快速发展,深度学习方法在RBP结合位点预测领域上的应用越来越广泛。通过深度学习模型可以在海量的生物数据中挖掘隐藏的模式,与传统实验方法相比,具有低消耗、高速度、高鲁棒性的优势。研究实验证明,深度学习方法已经取得了显著的性能,并且在逐步完善。本文总结了常用的RNA-蛋白质结合位点数据库,介绍了RNA序列的编码方法及经典的深度学习模型,主要回顾了近年来深度学习在RBP结合位点预测领域上的成功应用,然后进一步总结了RBP绑定模体挖掘方法。最后讨论了目前深度学习方法在RBP结合位点预测的应用上的局限性与潜力以及潜在的改进方向。

摘要： 环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类高度保守、高稳定性的非编码RNA,可作为miRNA海绵通过吸附miRNA调控其靶基因的表达,从而调控其他相关RNA的表达水平[1]。circRNA呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。近年的研究表明,circRNA分子富含miRNA结合位点,在细胞中起到miRNA海绵的作用,能阻断或降低miRNA对基因的抑制作用,从而促进靶基因的表达[2]。

摘要： 分子虚拟筛选方法旨在找到一种可以与受体蛋白质进行相互作用并适当修改其生物学行为的活性分子.大多数分子虚拟筛选方法的先决条件是已知蛋白质的结构或小分子结合物.然而对于大多数蛋白质而言,这些信息都是未知的.因此,本文提出了一种名为Screener的基于蛋白质序列比对和活性分子相似性评估的分子虚拟筛选方法.Screener首先从受体蛋白质的序列出发,生成位置特异性频率矩阵特征、二级结构特征以及溶剂可及性特征,利用I-LBR程序对受体蛋白质的潜在结合位点残基进行预测;其次,根据预测的结合位点残基以及相关特征信息构建模板蛋白质库;然后,将所有与任意模板蛋白质相互作用的活性分子收集起来构成潜在的种子分子库;最后,利用分子2D指纹之间的相似性来对待筛选分子集进行排序,完成分子虚拟筛选.在基准测试集DUD40和DUD-E65上,Screener的平均EF^(1%)分别为16.6和25.7,HR^(1%)分别为44.1和67.6.基准测试结果表明Screener的虚拟筛选平均性能优于基于对接的虚拟筛选方法AutoDock Vina及基于结构比对的虚拟筛选方法FINDSITE^(filt)和PoLi.

摘要： 锂硫(Li-S)电池被认为是下一代具有潜力的高能量存储设备。然而,多硫化锂(LiPSs)的穿梭效应及其在电解液中的溶解,以及使穿梭效应更加严重的LiPSs迟滞的转化动力学等问题严重制约了Li-S电池的商业化进程。基于此,本文采用了将具有Co−N_(x)配位结构的聚酞菁钴(CoPPc)原位转化为嵌入碳基体中的钴纳米颗粒(Co NPs),同时将其单分散在石墨烯片层上的策略来解决上述问题。其中,Co纳米颗粒可以提供丰富的吸附和催化位点,石墨烯片层可以作为良好的LiPSs传输和电子传导平台。由于这些优点,将其用于锂硫电池正极时(硫含量高达70 wt%),LiPSs的反应动力学得到显著增强;在0.2C时能提供高的初始容量(1048 mA·h/g)及在2C时可达399 mA·h/g的良好倍率性能。

摘要： 血红素是一种重要的、常用的配体,在电子传递、催化、信号转导和基因表达等方面发挥着重要作用,准确预测蛋白质与血红素相互作用的结合残基是结构生物信息学的主要挑战之一。本文下载整理了Biolip数据库中HEME配体与蛋白质结合的信息,统计分析了结合残基和非结合残基的氨基酸组分和位点保守性信息并将其作为预测特征参数,用Fisher⁃PSSM判别法识别HEME结合残基,计算结果表明优化特征参数的Fisher⁃PSSM判别法得到了较好的预测结果。

摘要： 利用光催化技术来获得氢能被认为是解决环境危机和能源短缺的一种有效手段,近年文献报道了多种制氢催化剂,其中,CdS因具有较好的可见光吸收性能,被认为是一种理想的光解水催化剂.但有限的光催化活性位点及易受光腐蚀限制了它的应用.与具有超大比表面积的MOFs材料结合,构筑异质结构可有效改善上述问题,进而提高光催化活性.但不同材料之间存在很高的界面能垒,构筑具有强相互作用的异质结构是十分困难的,因此,寻找一种有效的方法来构筑具有强相互作用的异质结构具有重要意义.目前,研究人员主要采用三种方法构筑Zr-MOFs@CdS异质结:(1)溶剂热合成法,该合成方法虽然简单,但缺少锚定位点,使得CdS易于团聚;(2)表面活性剂辅助法,可增强材料间结合力,但是表面活性剂的引入会降低电荷传输性能;(3)在MOFs配体上修饰锚定位点,增强与CdS结合位点,可有效解决上述问题,但增加了配体官能化的制备成本.本文采用简单的溶剂热反应将巯基乙酸修饰到Zr-MOFs材料的金属簇上,其中巯基官能团可作为锚定位点来固定Cd2+离子,并通过进一步的取代反应将CdS精准修饰到Zr-MOFs表面,从而构筑具有强相互作用的Zr-MOFs@CdS异质结构.X射线光电子能谱、核磁氢谱以及拉曼光谱测试证明巯基乙酸被精准修饰到Zr-MOFs的金属簇上.光解水制氢结果表明,制得的Zr-MOFs@CdS异质结构具有很好的活性,其产氢效率可达1861.7μmol·g^(‒1)·h^(‒1),是纯CdS的4.5倍,是利用溶剂热法构筑的Zr-MOFs@CdS的2.3倍.光电流测试、阻抗测试和荧光光谱测试结果表明,巯基乙酸的引入可增强Zr-MOFs与CdS的结合力,进而促进电荷在两种材料之间的传输,有效降低载流子的复合程度,最终提升其光解水制氢活性.通过能带结构分析,提出了该材料合理的光解水反应机理.综上,本文提出了一种孔道功能化策略来构筑Zr-MOFs@CdS异质结构,引入的巯基乙酸能够作为分子链接剂来增强Zr-MOFs与CdS之间的相互作用,进而提升了其载流子分离性能和光催化活性.该方法可为提升MOFs基复合光催化剂的光解水活性提供新的解决途径.

摘要： 蛋白质需要与配体相结合才能执行其功能,所以预测蛋白质与金属离子配体结合位点是当前重点研究课题且富有挑战性.本文选取碱土金属和过渡金属离子作为研究对象,添加了氨基酸的关联信息作为新的特征参数,采用偏差作为新的特征提取手段优化组分信息,结合位置权重矩阵提取的位点保守性信息和信息熵提取的物化特征,并使用卷积神经网络算法对两类金属离子配体结合位点进行预测,并对算法超参数进行优化,得到了较好的预测结果,Fe2+、Fe3+、Cu2+和Zn2+的Sn都超过了32％,MCC值都超过了0.384.

摘要： 在生命活动中,酸根离子是一种重要的蛋白质配体,蛋白质与其结合才能发挥重要功能.因此,识别蛋白质-酸根离子配体结合位点具有重要的意义.选用SO2-4,PO3-4,CO2-3和NO-2配体作为研究对象,采用距离函数和矩阵打分算法分别提取基础特征参数的组分信息和位置保守性信息,使用GBM算法对蛋白质-酸根离子配体结合残基进行预测.五交叉检验下得到较好的预测结果,其中CO2-3和NO-2配体结合残基识别要好于IonSeq方法的结果.为了进一步验证预测模型的实用性,我们选用了欠采样方法处理数据集,将同样的特征参数放入GBM算法中,独立检验结果好于随机森林算法和SMO算法的预测结果,也好于前人的预测结果.

摘要： 次黄嘌呤核苷酸脱氢酶(IMPDH)是鸟嘌呤核苷酸(GMP)生物合成途径中的限速酶,参与调控细胞分裂和增殖.IMPDH受到抑制,会导致DNA合成受阻,从而抑制细胞的增殖.因此,IMPDH作为免疫抑制、抗病毒及抗肿瘤等多类药物的作用靶标,已被广泛关注,尤其是在抗肿瘤领域,相关抑制剂已经应用于临床化疗中.本文根据各类抑制剂与IMPDH结合位点的不同,综述了目前已经或有望应用于抗肿瘤领域的IMPDH抑制剂,分析抗肿瘤衍生物研究受限的原因,并展望成功开发新型IMPDH抑制剂的前景.

摘要： 气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫专一性识别外界环境的第一步生化反应中起着重要作用.对小菜蛾Plutella xylostella普通气味结合蛋白(general odorant binding proteins,GOBPs)PxylGOBP1与PxylGOBP2进行同源建模并预测其结合位点,可为研究小菜蛾普通气味结合蛋白参与嗅觉识别过程的机理奠定基础.基于Protein Data Bank晶体库中蛋白结构的信息和GOBPs的一级序列信息,采用同源建模的方法构建小菜蛾PxylGOBP1与PxylGOBP2的三维结构,并利用Pro check、Verify_3D以及ERRAT等方法评估模型的可靠性;运用I-TASSER服务器预测其结合位点.优化后的蛋白建模结果显示:PxylGOBP1与PxylGOBP2序列均含有典型气味结合蛋白的6个保守半胱氨酸位点,结合腔主要由疏水性氨基酸组成,Pxyl GOBP2比PxylGOBP1结合口袋更大;Procheck、Verify_3D和ERRAT等对Pxyl GOBP1模型的评价分数分别为98.6％、90.07％与98.5％,对PxylGOBP2模型的评价分数分别为99.3％、98.58％与96.24％;I-TASSER服务器预测PxylGOBP1的结合位点为Ile52、Ser56、His70、Thr73、Met90、Glu98、Ile111与Ile114,PxylGOBP2的结合位点则为Thr9、Phe12、Ile52、Ser56、Met62、Met73、Met90、Glu98、Val111与Thr114.小菜蛾PxylGOBP1与PxylGOBP2预测蛋白空间结构与结合位点具有很高的可信度,可为今后研究小菜蛾GOBPs的功能结构域奠定理论基础.

摘要： 本实验发展了一种串联质谱分析方法，应用该方法准确鉴定有机金属钌配合物在链Ⅱ和链Ⅲ上的结合位点，链Ⅰ上G8的5'或3'端邻位T被换成其它碱基后(链Ⅱ和Ⅲ)，Ru对T7的高选择性减弱，末端的T也会参与竞争钌化，这表明由于DNA序列中碱基的改变所导致的疏水、静电以及空间位阻效应的变化对有机金属钌配合物与DNA的选择性结合具有重要影响。研究为进一步从动力学角度研究钌基抗癌药物与DNA的相互作用奠定基础。

摘要： 目的 研究乙型肝炎病毒(HBV)DNA上的突变所造成HBV RNA上La protein结合位点的缺失对HBV RNA在宿主细胞内稳定性的影响,评价HBV DNA上这个位点对HBV生命周期的重要性,从而寻找新的抗HBV靶点. 方法 应用PCR,分子克隆和定点突变技术,针对La protein与HBV RNA结合的相关位点,构建缺失了La protein结合相关位点的HBV突变载体,命名为pHBV-mLa;通过计算机预测突变后,这段序列所在的HBV RNA片段的二级结构;应用脂质体将未突变的HBV载体和HBV突变载体分别瞬时转染入HepG2细胞株中;半定量RT-PCR检测HBsAg mRNA和HBeAg mRNA,ELISA检测HBsAg和HBeAg表达情况. 结果 酶切鉴定和碱基测序证明,成功构建了La protein结合相关位点部分碱基缺失的HBV突变载体--pHBV-mLa;突变后的HBV RNA二级结构同突变前的比较,完全改变;转染后半定量RT-PCR检测,发现突变后HBV HBsAg mRNA和HBeAg mRNA水平均明显降低,ELISA检测发现突变引起HBsAg和HBeAg表达下调. 结论 由于HBV DNA上的人工突变,所引起的HBV RNA上La protein结合位点相应的改变,使得HBV RNA特殊的二级结构改变,导致La protein与HBV RNA结合松弛、解离,无法保护HBV RNA(HBsAg mRNA和HBeAg mRNA),RNA酶就可以引起HBV RNA的降解,从而使HBV RNA水平降低,影响HBV各种蛋白的表达.本实验表明,在HBV DNA上,这个位点碱基序列的保守性使HBV RNA可以形成特殊的二级结构,这个结构影响着HBV RNA在宿主细胞内的稳定性,所以HBV DNA上这个位点的存在和保守对HBV生命周期至关重要.

摘要： 本文选择猪氧化胰岛素B链作为研究对象,用电喷雾质谱(ESIMS)和串联质谱(MS/MS)方法研究了铜(Ⅱ)配合物与其作用的结合位点和相应的切割位点.这是用MS/MS方法确定金属离子与多肽的结合位点的又一应用实例.

摘要： 本文概述了生物体微管蛋白的制备方法、原核表达及纯化、三维结构及药物结合位点的模拟、体外聚合、同药剂的体外结合,分析了以微管蛋白为靶标进行药物离体筛选的可能性.

摘要： 在项目执行期间,项目组主要研究了一系列探针分子与疾病相关淀粉样多肽聚集体的结合机制(阿尔兹海默症(AD),脊索侧索硬化症(ALS),Ⅱ型糖尿病相关的人胰淀素(hIAPP)等),在分子层面分析了探针分子的结合位点及作用方式,并研究了有机共吸附分子与基底对于多肽表面组装的影响,开展了一系列有机小分子的自组装规律,和表面二维化学反应的研究.这些结果有助于指导高特异性新型探针分子的设计,增进对淀粉样多肽聚集体形成机制的理解,为进一步探索疾病相关多肽组装结构的生物学效应提供了重要基础,完成了项目计划书的内容.

摘要： 为了更好地了解聚乙二醇PEG与蛋白质结构-性能关系,调查了水溶液中不同分子量的PEG和PEG:蛋白质的不同的质量比和蛋白质之间相互作用.蛋白质和PEG的相互作用一直是一个被忽视的议题.从荧光光谱,核磁共振,原子力显微镜得到的集体数据表明,在水溶液中长链PEG更能够与蛋白质相互作用.这种往往被忽视的长链PEG与蛋白质相互作用在本章节体现在，蛋白的色氨酸荧光的提高，诱导了更多聚合物结合在蛋白质上，增加了蛋白质的疏水腔，提供了蛋白质和PEG的多个结合位点(核磁共振)，使形成PEG-蛋白质复合物变得容易吸附在HOPG表面(原子力显微镜)。相反，短链PEG与此不同，表现出与蛋白质的很小几乎没有的相互作用。这种PEG与蛋白的作用与分子量密切的相关，原因在于PEG链中-CH2-CH2基团的存在，高分子量的PEG表现出两亲性，而不像低分子量PEG表现出的超强的亲水性。相比传统的PEG观点，数据在溶液中支持PEG的分子量在控制PEG-蛋白质相互作用中起着重要的作用，并且高分子量的PEG可以改变蛋白质的微环境和构象，而这种变化不应忽视，因为这种相互作用非常有可能改变PEG修饰的蛋白质的活性的改变。这项工作能够对PEG的结构性能有更好的理解并提出新的见解，这有助于将来设计更多更好的基于PEG优良性能的生物医学的材料。

摘要： 目的:采用毛细管区带电泳法(CZE)研究人趋化素样因子1 C端活性多肽CKLF1-C19/C27与肝素的相互作用，并进一步研究CKLF1-C19与肝素相互作用的关键氨基酸残基结合位点。rn 方法:在pH 7.2的Tris-醋酸缓冲溶液中，CKLF1-C27/CKLF1-C19/CKLF1-C19pm/CKLF1-C19km与肝素于37°C以不同比率混合温育20min后进样，分离在6min内完成。rn 结果:CKLF1-C19和CKLF1-C27与肝素均发生了相互作用,证实了最初的推断。通过Scatchard分析计算，得到CKLF1-C19和CKLF1-C27与肝的结合常数分别为(3.38±0.49)×105mol·L-1和(1.10±0.02)×105mol·L～。同时证明，CKLF1-C19肽链上的赖氨酸残基在相互作用的过程中发挥了重要作用，脯氨酸残基也会影响CKLF1-C19和肝素间的结合。rn 结论:本实验采用的毛细管区带电泳法研究CKLF1-C19和CKLF1-C27与肝素相互作用的方法快速、准确、可靠。为进一步探讨CKLF1-C19和CKLF1-C27在体内的活性及其生物学意义打下了基础。

摘要： 本文采用酪氨酸荧光、电镜、Tricine-SDS-PAGE、原代神经元、大鼠脑组织活体切片等技术发现971能够将聚集的Aβ解聚.解聚后的Aβ主要以单体存在,同时存在少量的二聚体,而且不具有明显的神经毒性作用.APP/PS1双转基因鼠体内结果进一步证实了上述结果.计算机模拟、氨基酸定点突变、SPR结果显示,971在Aβ上的结合位点为HHQK和SNK两个蛋白区域,多个结合位点.上述实验结果表明971可能是通过上述靶点促使Aβ解聚进而发挥抗AD作用.

摘要： 5’甲基胞嚓咙(m5C)修饰广泛存在于DNA和RNA.m5C修饰在RNA中的研究相对于在DNA中的少很多。在真核生物中，NSun家族是主要的RNA:m5C修饰酶，其包括7个家族成员:NSun1到NSun7.NSun家族成员的突变及表达异常与人类疾病相关。NSun6催化某些tRNA第72位C的胞嘧啶N5位的甲基化，我们以人细胞质NSun6 (hNSun6)为研究对象，鉴定了hNSun6识别tRNA的元件，研究结果表明hNSun6需要识别底物RNA的特定的三级结构以及特殊的核苷酸序列，揭示hNSun6是专一于tRNA的甲基修饰酶。解析了hNSun6、它与tRNA的二元复合物和它与tRNA及配体(cofactor)的三元复合物的高级结构。结合一系列生物化学实验，阐明了hNSun6识别底物tRNA和催化反应的机制。

摘要： 本发明公开了包括R‑G‑磺基丙氨酸(即R‑G‑NH‑CH(CH

摘要： 本发明属于小分子结合酶位点技术领域，具体涉及了一种用于快速判断小分子结合人体肝脏果糖1,6‑二磷酸酶底物位点或变构位点的方法。本发明采用氨基酸定点突变技术将果糖1,6‑二磷酸酶的蛋白序列262位(底物位点)的苯丙氨酸突变为色氨酸，记为蛋白F262W；将果糖1,6‑二磷酸酶的蛋白序列89位(变构位点)的苯丙氨酸突变为色氨酸，记为蛋白F89W；利用小分子与蛋白F262W或蛋白F89W结合，引起蛋白周围环境发生变化，使得荧光发生猝灭，通过判断荧光猝灭的情况实现快速简便的判断小分子是否与果糖1,6‑二磷酸酶的底物位点或变构位点结合，本发明方法具有特异性好，灵敏度高的优点。

摘要： 本发明公开了包括R-G-磺基丙氨酸(即R-G-NH-CH(CH

摘要： 本发明属于小分子结合酶位点技术领域，具体涉及了一种用于快速判断小分子结合人体肝脏果糖1,6‑二磷酸酶底物位点或变构位点的方法。本发明采用氨基酸定点突变技术将果糖1,6‑二磷酸酶的蛋白序列262位(底物位点)的苯丙氨酸突变为色氨酸，记为蛋白F262W；将果糖1,6‑二磷酸酶的蛋白序列89位(变构位点)的苯丙氨酸突变为色氨酸，记为蛋白F89W；利用小分子与蛋白F262W或蛋白F89W结合，引起蛋白周围环境发生变化，使得荧光发生猝灭，通过判断荧光猝灭的情况实现快速简便的判断小分子是否与果糖1,6‑二磷酸酶的底物位点或变构位点结合，本发明方法具有特异性好，灵敏度高的优点。

摘要： 本发明公开了一种多糖蛋白结合疫苗中多糖蛋白结合位点结合率的测定方法：(1)标准品的酶解；(2)固相萃取富集目标肽段；(3)高效液相色谱串联质谱分析；(4)绘制标准曲线，得标准工作曲线方程；(5)样品检测，计算得到样品中各特征肽段的浓度；(6)计算各特征肽段的多糖结合率、各位点蛋白残留率。本发明实现了多糖蛋白结合疫苗多糖蛋白结合率的多位点定量监测，其中破伤风蛋白涉及20个监测位点，CRM197涉及16个监测位点。本发明不仅可以检测残留蛋白含量，还可以评价多糖蛋白结合疫苗多糖蛋白结合位点的结合率，也可用于多糖或蛋白残余率相同但活性和毒性不同的多糖蛋白结合疫苗的研究，可为改进多糖蛋白结合工艺提供直接的监测方法。

摘要： 本发明涉及用于抑制细胞粘附至RGD结合位点或引导诊断剂或治疗剂至RGD结合位点的组合物和方法。本发明公开了包括R‑G‑磺基丙氨酸(即R‑G‑NH‑CH(CH

摘要： 本发明涉及用于抑制细胞粘附至RGD结合位点或引导诊断剂或治疗剂至RGD结合位点的组合物和方法。本发明公开了包括R-G-磺基丙氨酸(即R-G-NH-CH(CH2-SO3H)COOH或Arg-Gly-NH-CH(CH2-SO3H)COOH)和其衍生物(包括药学上可接受的盐、水合物、立体异构体、多聚体、环状形式、线性形式、药物缀合物、前药及其衍生物)的化合物。还公开了制备和使用这种化合物的方法，包括在人或动物受试者中抑制细胞粘附到RGD结合位点上或将其它诊断剂或治疗剂递送到RGD结合位点的方法。

摘要： 本发明公开了一种多糖蛋白结合疫苗中多糖蛋白结合位点结合率的测定方法：(1)标准品的酶解；(2)固相萃取富集目标肽段；(3)高效液相色谱串联质谱分析；(4)绘制标准曲线，得标准工作曲线方程；(5)样品检测，计算得到样品中各特征肽段的浓度；(6)计算各特征肽段的多糖结合率、各位点蛋白残留率。本发明实现了多糖蛋白结合疫苗多糖蛋白结合率的多位点定量监测，其中破伤风蛋白涉及20个监测位点，CRM197涉及16个监测位点。本发明不仅可以检测残留蛋白含量，还可以评价多糖蛋白结合疫苗多糖蛋白结合位点的结合率，也可用于多糖或蛋白残余率相同但活性和毒性不同的多糖蛋白结合疫苗的研究，可为改进多糖蛋白结合工艺提供直接的监测方法。

摘要： 本发明涉及本文定义的式I和II的新型探针化合物。本发明还涉及合成这些新型探针化合物的方法，以及它们在测定和筛选中的用途，用于确定测试分子与靶蛋白(例如错配修复(MMR)组分蛋白PMS2和MLH1)的ATP结合位点的结合，或者用于确定这种靶蛋白在生物样品中的位置和/或数量。

摘要： 本申请涉及结合OX40的特异性结合成员。特异性结合成员包含位于该特异性结合成员的恒定结构域中的OX40抗原结合位点，并且可用于例如癌症和传染病的治疗中。