基因转录

摘要： 前言.核小体是染色质的基本单位,由DNA和核心组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)组成,并由不同的蛋白质[包括组蛋白H1和高迁移率组(HMG)蛋白]组成高级结构。在组蛋白之后,HMG蛋白是第二丰富的染色体蛋白,通过调节染色质的组装、重塑,DNA结构的扭曲、弯曲以调控高等真核细胞中的基因转录。

摘要： 基因转录是中心法则的关键环节,以DNA为模板产生RNA用于蛋白质合成。发生在基因启动子区的转录起始过程是基因表达调控的核心,细胞在复杂且精密的调控信号下,将抑制或促进转录起始前复合物在基因启动子区的装配,调控后续转录的活性。目前关于转录起始调控机制的研究主要集中在转录起始激活机制,对于转录起始的负调控机制却鲜有报道。

摘要： 非编码RNA是近年来肿瘤研究的热点,其在多种不同疾病的发生和进展中发挥着不同的作用。增强子RNA(eRNA)是从增强子转录过来的非编码RNA,近年来随着高通量测序技术(RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、RIP-seq、Hi-C等)的迅速发展,对于eRNA的研究也逐渐成为基础和临床研究的热点。eRNA在多种泌尿系肿瘤的发生、发展中均有着重要的作用,并且其表达具有组织特异性,有望成为指导临床诊断、治疗、预后预测的分子指标。本文简短地总结了eRNA的产生、分类、分子特征、作用机制,以及其在泌尿系肿瘤中的研究进展。

摘要： 全氟丁烷磺酸(Perfluorobutanesulfonate,PFBS)是一种新污染物,对鱼类甲状腺内分泌系统具有一定损害效应.益生菌能在一定程度上减轻环境污染物对生物体造成的危害,但其能否调节PFBS的甲状腺内分泌干扰效应尚不清楚.通过将成年斑马鱼暴露于不同质量浓度(0、10和100μg/L)PFBS的养殖水中28 d,投喂添加或不添加益生菌(鼠李糖乳杆菌,Lactobacillus rhamnosus)的饲料,测定亲代下丘脑-垂体-甲状腺轴关键基因,以及亲代大脑、血液和子代胚胎中甲状腺激素水平,以探究PFBS与益生菌共暴露对斑马鱼甲状腺内分泌系统的联合效应.结果显示,在激素水平上,PFBS降低了亲代血液T3水平,而添加益生菌能减轻雄鱼血液T3水平的降低.在基因水平上,100μg/L PFBS与益生菌共暴露促进雄鱼大脑tshβ基因表达以应对低水平的T3,并与相应PFBS单独暴露相比差异显著,表明添加益生菌可以减轻高质量浓度PFBS诱导的雄鱼大脑T3水平的降低;PFBS单独暴露能上调雌鱼大脑trα基因表达,而PFBS与益生菌共暴露则上调trα和trβ基因表达,表明添加益生菌能使机体积极地应对PFBS诱导的雌鱼大脑T3水平降低.研究发现PFBS单独暴露能引起斑马鱼的甲状腺内分泌系统紊乱,而PFBS与益生菌共暴露后,益生菌能在一定程度上通过甲状腺激素水平和基因表达调节PFBS的毒性效应.研究结果可为后续PFBS毒性效应的研究及毒性缓解措施的开发提供重要参考.

摘要： 植物开花是植物从营养生长进入生殖生长的重要转变。植物通过对外部环境信号(如光周期、温度等)和内部环境信号(如生物钟、激素水平等)做出及时、准确的响应,实现精准的花期调控。CONSTANS(CO)是光周期途径中一个关键的转录因子,它的CCT结构域可以识别成花素(FLOWERING LOCUS T,FT)启动子区域的多个TGTG序列,并激活FT的基因转录。

摘要： 基因表达的转录是指在RNA聚合酶的催化下,以单链DNA为模板,合成mRNA的过程,这一过程需要多种不同蛋白大分子相互协调,在基因组DNA位点上组装成大型稳定的蛋白复合物,通过转录调节在基因表达中发挥核心作用。转录蛋白分子复合物可以通过多价相互作用,形成液-液相分离聚集,定位于细胞核中特异的基因位点处,参与基因转录的调控。目前液-液相分离在转录调控过程中的功能机制尚不完全清楚,现从基因转录抑制、转录激活、转录延伸和剪接等方面阐述液相分离在基因转录过程中的研究进展,总结其对基因表达调控的研究成果,为生物分子液-液相分离在基因转录中的进一步研究提供依据。

摘要： 近期,西北农林科技大学病原真菌功能基因组学研究团队在《PLoS Genetics》上在线发表了研究论文,阐明了小麦赤霉菌生长抑制因子蛋白Fng1在调控生长发育及侵染中的重要功能,发现其与组蛋白脱乙酰化复合体(Rpd3)之间的直接联系,揭示了两者在调控H4组蛋白乙酰化和基因转录过程中的相反作用。

摘要： 在个性化制造企业生产过程中,存在着各式各样的扰动,包括机械设备故障、紧急插单、原料供应不足等.在扰动环境中,如何维持调度系统的稳健是制造系统研究的难点和热点.鉴于扰动事件成因分析与生物信息学具有相似性,提出了基因转录的研究方法.首先针对生产过程中的扰动事件进行了分类与成因分析;接下来,根据扰动因子之间的关系,借助基因生物学中的动力学模型,研究扰动因子之间的关系,通过希尔函数计算扰动因子之间的耦合值;然后对耦合值进行判断,根据判断结果,在不需要产生新的调度方案前,采取主动调度的方法消除扰动,确保生产调度系统恢复稳态;最后通过经典的调度问题验证了方法的可行性.

摘要： 有研究显示,肥胖可引起骨髓脂肪增多、骨超微结构发生改变、骨密度下降,而这些都与骨髓间充质干细胞(BMSC)成脂肪/骨分化失衡有关。TAZ作为辅转录因子,共同激活Runx2依赖的基因转录,同时抑制PPARγ依赖的基因转录,达到促进BMSCs成骨分化的功能。Hong等研究显示,缺乏TAZ的斑马鱼胚胎在骨形成方面存在缺陷,并且TAZ与Runx2结合影响成骨细胞分化。

摘要： 目的 探讨异氟烷麻醉对小鼠海马和大脑皮层中时钟基因RORα、Rev-erbα的转录水平及节律相位的影响.方法 将36只7周龄雄性C57BL/6J小鼠按随机数字表法分为正常对照组与麻醉组(n=18),并于12h光照/12 h黑暗环境中持续适应1周.麻醉组于实验前一晚22:00 pm起以1.2％异氟烷麻醉维持6h.麻醉结束4h后,以8:00 am光照时间为授权时间起点(ZT0),并每间隔8小时(ZT8、ZT16、ZT24、ZT32、ZT40)采集2组小鼠的大脑皮层和海马标本,应用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测RORα、Rev-erbα mRNA的表达,以及采用Chronos-Fit软件进行RORα、Rev-erbα mRNA表达的余弦曲线节律分析.结果 组间因素主效应分析显示,与正常对照组相比,麻醉组小鼠海马中RORα mRNA的表达明显下降,大脑皮层中RORα mRNA的表达明显上升,大脑皮层中Rev-erbα mRNA的表达明显下降,差异均有统计学意义(P＜0.05).正常对照组小鼠海马和大脑皮层中RORα、Rev-erbα mRNA的表达呈现周期约24 h的节律性,而麻醉组小鼠海马中RORα mRNA的峰值相位时间较正常对照组向右偏移5.41 h,Rev-erbα mRNA的峰值相位时间向左偏移0.89 h;大脑皮层中RORα mRNA的峰值相位时间向右偏移0.35 h,Rev-erbα mRNA的峰值相位时间向左偏移0.56 h.结论 异氟烷麻醉可引起小鼠海马及大脑皮层中RORα、Rev-erbα基因的转录水平及节律相位发生改变.

摘要： 目的：观察下调膜联蛋白A2(Annxin A2,ANXA2)表达对肝癌(HCC)细胞生物学行为的影响。rn 方法：以定量PCR分析不同肝癌细胞ANXA2 mRNA转录水平,以Western blotting分析ANXA2表达;以免疫荧光检测ANXA2在细胞内表达和分布;以PI染色和流式细胞术分析细胞周期;以CCK-8试剂盒分析细胞增殖潜能;以transwell实验分析侵袭潜能;以创伤愈合实验分析迁移潜能;以裸鼠移植瘤模型分析致瘤潜能。rn 结果：高侵袭潜能MHCC97-H细胞ANXA2表达明显高于HepG2,SMMC-7721和SMMC-7402和L02细胞;特异性shRNA沉默ANXA2效率在80%以上;免疫荧光显示ANXA2定位于细胞膜和细胞质，胞核少见;下调ANXA2表达致HCC细胞S期比例下降，癌细胞增殖抑制率为44.2%(t=11.187,P<0.001),侵袭抑制率为39.5%(t=7.093,P<0.001)和迁移抑制率为36.5%(t=10.314,P<0.001);体内移植瘤模型显示裸鼠皮下肿瘤生长抑制率为38.2%(t=7.949,P<0.001)。rn 结论:下调ANXA2基因转录显著影响肝癌细胞的生物学行为，可望成为肝癌分子治疗的潜在靶目标。

摘要： 本文对长非编码RNA的研究背景、基本概念、在基因转录中可能的作用和表观遗传调控的基本概念、主要调控方式作了简单总结,并且简要介绍了几类lncRNA的基本情况以及通过何种方式介导基因沉默.

摘要： 研究糖调节蛋白78(GRP78),FOXM1(Forkhead box M1)在胃癌组织中的表达情况,与临床病理参数的关系,并进一步明确FOXM1调控GRP78的分子机制.结果表明GRP78和FOXM1在胃癌组织中表达与临床病理参数(分化程度和淋巴结转移状况等)正相关。FOXM1对GRP78的转录起促进作用，提示FOXM1可能通过GRP78参与胃癌的发生、发展。提示二者有望成为胃癌的临床检测指标和治疗靶点。

摘要： RNA是真核染色质的重要组成部分,它们在调节染色质状态和基因表达方面起关键作用.最近的研究已经通过在间期或有丝分裂期(M期)细胞中用不同方法研究了染色质结合RNA(CAR),然而关于间期和M期之间的CAR的动态变化知之甚少.同时,有丝分裂期CAR的功能,特别是分裂期染色体上保留的CAR的功能仍然不清楚.

摘要： RNA是真核染色质的重要组成部分,它们在调节染色质状态和基因表达方面起关键作用.最近的研究已经通过在间期或有丝分裂期(M期)细胞中用不同方法研究了染色质结合RNA(CAR),然而关于间期和M期之间的CAR的动态变化知之甚少.同时,有丝分裂期CAR的功能,特别是分裂期染色体上保留的CAR的功能仍然不清楚.

摘要： RNA是真核染色质的重要组成部分,它们在调节染色质状态和基因表达方面起关键作用.最近的研究已经通过在间期或有丝分裂期(M期)细胞中用不同方法研究了染色质结合RNA(CAR),然而关于间期和M期之间的CAR的动态变化知之甚少.同时,有丝分裂期CAR的功能,特别是分裂期染色体上保留的CAR的功能仍然不清楚.

摘要： RNA是真核染色质的重要组成部分,它们在调节染色质状态和基因表达方面起关键作用.最近的研究已经通过在间期或有丝分裂期(M期)细胞中用不同方法研究了染色质结合RNA(CAR),然而关于间期和M期之间的CAR的动态变化知之甚少.同时,有丝分裂期CAR的功能,特别是分裂期染色体上保留的CAR的功能仍然不清楚.

摘要： RNA是真核染色质的重要组成部分,它们在调节染色质状态和基因表达方面起关键作用.最近的研究已经通过在间期或有丝分裂期(M期)细胞中用不同方法研究了染色质结合RNA(CAR),然而关于间期和M期之间的CAR的动态变化知之甚少.同时,有丝分裂期CAR的功能,特别是分裂期染色体上保留的CAR的功能仍然不清楚.

摘要： 大量研究表明GHR和p53是机体发育过程的重要调控因子.然而,至今尚不清楚两者之间是否存在联系.本研究应用慢病毒介导的靶向GHR的shRNA在不同来源、不同p53状态的人肿瘤细胞系中分别建立GHR转录后抑制细胞系.

摘要： 大量研究表明GHR和p53是机体发育过程的重要调控因子.然而,至今尚不清楚两者之间是否存在联系.本研究应用慢病毒介导的靶向GHR的shRNA在不同来源、不同p53状态的人肿瘤细胞系中分别建立GHR转录后抑制细胞系.

摘要： 本发明提供了在培养过程中具有调节曲霉硫同化基因表达的功能的转录因子，以及编码该蛋白的基因。换句话说，涉及了含有如SEQ IDNO：3所示的氨基酸序列的蛋白质，以及编码如SEQ ID NO：3所示的氨基酸序列或含有如SEQ ID NO：2所示的碱基序列的基因。

摘要： 本发明涉及如下异种器官移植用转基因克隆猪及其制备方法：猪内源性逆转录病毒包膜C(PERV(Porcine Endogenous Retrovirus)EnvC)为阴性，α‑1,3半乳糖基转移酶(GGTA1，α‑1,3‑galactosyltransferase)、胞苷一磷酸‑N‑乙酰神经氨酸羟化酶(CMAH，CMP‑N‑acetylneuraminic acid hydroxylase)、异球三己糖神经酰胺合酶(iGb3s，Isoglobotrihexosylceramide synthase)及β‑1,4‑N‑乙酰基‑半乳糖胺转移酶2(β4GalNT2，Beta‑1,4‑N‑Acetyl‑Galactosaminyl Transferase2)被敲除，表达人类CD46及血栓调节蛋白(TBM，Thrombomodulin)基因。本发明的转基因克隆猪不发生在异种器官移植中发生的猪内源性逆转录病毒的转移的同时，还可以克服超急性及抗原‑抗体介导的免疫排斥反应、由血液凝固引起的免疫排斥反应、由补体活性引起的免疫排斥反应，从而可以将其有效用作用于异种间器官及细胞移植的供体动物。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种联合基因组三维结构差异鉴定和转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法。本发明提供一种基因组三维结构差异的鉴定方法，包括在Hi‑C数据的基础上进行差异AB Compartment的鉴定、差异TAD的鉴定和差异Loop的鉴定，利用该方法可实现利用原位Hi‑C数据对动植物进行不同层级的基因组三维结构差异的高效鉴定。本发明提供利用该基因组三维结构差异鉴定方法联合转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法，利用该联合分析方法可实现从基因组三维结构与转录组两个层面进行差异分析，进而实现对动植物功能基因的高效挖掘。

摘要： 本发明属于检测两种个体混合物中等位基因、基因组和转录物组的方法和基因型分析谱领域。本发明涉及检测胎儿等位基因和胎儿遗传变异的方法和基因型分析谱。本发明的一个实施方案是一种检测胎儿标识符的方法。本发明的另一实施方案是用于检测胎儿等位基因的单核苷酸多态性(SNP)谱。

摘要： 本发明公开了检测两种个体混合物中等位基因、基因组和转录物组的方法和基因型分析谱。

摘要： 本发明提供一种利用复制能力缺失型逆转录病毒载体导入抗体基因，通过表达转基因生产抗体的G0转基因嵌合鸟类，和通过回收该G0转基因嵌合鸟类表达的抗体生产抗体的方法，以及G0转基因嵌合鸟类的生产方法，该方法包括孵育鸟类受精卵，除去紧随孵卵开始后的时期，往其后的受精卵中注入逆转录病毒载体。即，本发明涉及一种利用复制能力缺失型逆转录病毒载体导入抗体基因，通过表达转基因生产抗体的G0转基因嵌合鸟类。

摘要： 本发明涉及一种在感兴趣的生物的基因组中鉴定介导一个或多个感兴趣的基因表达的一个或多个区的方法。该方法包括鉴定第一种和第二种感兴趣的生物，第一种感兴趣的生物的特征在于能对环境刺激表现出可测定的反应，或者表现出与相关于感兴趣的过程的差异基因表达相关的表型。第二种感兴趣的生物的特征在于对所述刺激缺乏或不具有像所述第一种感兴趣的生物那样强的反应，或与所述第一种感兴趣的生物相比具有不同的表型，其中这种不同的表型与所述感兴趣的过程相关，或该生物表现出一种感兴趣的表型，该表型在与所述第一种感兴趣的生物比较时分离，或其组合。使第一种和第二种感兴趣的生物杂交，以便生产一个分离的后代群体，并且从每一个分离的后代中提取RNA。对一个或多个感兴趣的基因的基因表达水平进行定量，所述感兴趣的一个或多个基因与对环境刺激或感兴趣的过程的反应相关。使用一种或多种标记制备分离后代的连锁图，确定所述连锁图上一种或多种标记和一个或多个感兴趣的基因的基因表达之间的关系，并且鉴定一个或多个数量性状基因座(QTL)。该方法还涉及在接受需要的环境刺激的分离后代中鉴定与一个或多个感兴趣的基因相关的一个或多个QTLs。此外，该方法可用于鉴定相应于转录因子或任何控制一个或多个感兴趣的基因表达的因子的一个或多个QTL，并且分离并表征位于一个或多个QTL上的一个或多个基因。

摘要： 本发明涉及一种基于肿瘤转录组学特征预测转录因子靶基因的系统，由4大模块组成：泛癌范围的转录组学相关性计算模块；启动子区序列获取模块；位置权重矩阵打分模块；转录因子靶基因筛选模块。其优点表现在：创新性地使用了泛癌水平的转录组学数据，利用其中存在的广泛大量基因表达调控网络扰动，实现了操作上简单且高效的转录因子靶基因预测目的；本系统通过引入位置权重矩阵(PWM)打分，可以获得准确性较高的转录因子靶基因预测结果；本系统中所采用的所有数据资料理论上皆可通过开放性公共数据库获取，这进一步地降低了研究人员在使用该系统时的实验工作量和技术、经费门槛。

摘要： 本申请提供基于Tet‑On系统的响应元件TRE或TRE和长末端重复序列(LTR)中的R‑U5功能域的启动元件，本申请还提供包含所述启动元件的逆转录病毒/慢病毒基因组转录盒及载体。

摘要： 本发明涉及一种研究组蛋白H3K4me2酶/转录因子复合体调控靶基因转录的方法，查找目的样本中MLL2/ASH2L/DPY30/WDR5/RBBP5共同富集的基因，筛选出与目的样本相关的候选基因X用作后续实验；构建X基因启动子截短片段的双荧光素酶报告载体，转染293T细胞后，培养48h，收集样本进行双荧光素酶报告检测，确定核心启动区域；对核心启动区域进行生物信息学分析，利用jaspar在线网站，对核心区域可能存在的转录因子进行分析，获得与组蛋白甲基化酶结合区域相同的转录因子，作为候选复合蛋白；分别构建5个组蛋白甲基化酶的标签载体和转录因子的标签载体，利用pulldown实验，检测组蛋白甲基化酶与转录因子的结合；通过本发明，实验设计严谨，应用广泛，在不同生物学过程均适用。