染色质

摘要： 前言.核小体是染色质的基本单位,由DNA和核心组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)组成,并由不同的蛋白质[包括组蛋白H1和高迁移率组(HMG)蛋白]组成高级结构。在组蛋白之后,HMG蛋白是第二丰富的染色体蛋白,通过调节染色质的组装、重塑,DNA结构的扭曲、弯曲以调控高等真核细胞中的基因转录。

摘要： 组蛋白H3是构成染色质的重要成分之一。高等植物中,组蛋白H3的氨基酸序列非常保守。越来越多的研究证明组蛋白H3在维持染色质结构的稳定性及细胞分裂的正常进行、调控植物生长发育、适应不断变化的环境等方面具有重要的作用。笔者根据近些年的研究进展,对组蛋白H3变体的分类、结构和功能、表观遗传修饰以及CENH3介导的单倍体诱导技术等方面进行了综述,并对未来的研究方向进行了展望。

摘要： 华中农业大学揭示细胞命运转变的染色质高级构象调控新机制细胞命运决定和转变是生物体发育和再生过程中自然发生的过程。通过人为调控某些重要因子的活性,可以将一种类型的体细胞,转分化为另外一种体细胞。但是这种细胞转化的效率较低,产生的目标细胞纯度和功能有限,无法完全替代原有细胞。如何提高细胞转分化效率,是研究细胞命运决定和转变的热点问题。

摘要： DNA的完整稳定是真核生物正常生命活动的基础,为了保证自身基因结构的稳定,生物体进化出了完整的DNA损伤反应(DDR)系统及应对各种损伤的修复系统.染色质作为生物遗传信息的承载,它的动态调节对包含DAN复制、转录、重组和修复等生物学过程在内的生命活动至关重要.组蛋白分子伴侣以不依赖ATP的方式在染色质组织中发挥着关键作用,影响着染色质的动力学变化.有研究表明,H3-H4组蛋白分子伴侣CAF-1在染色质相关的DNA损伤修复中发挥着一定作用.就近年来对CAF-1、DNA损伤修复及两者相关性的研究进行探讨,并对DNA损伤修复的深入研究进行展望.

摘要： 目的 探讨不明原因智力障碍/全面发育迟缓(ID/GDD)患儿遗传学检测策略.方法 收集65例ID/GDD患儿外周血样本,行拷贝数变异(CNVs)检测,阴性样本行家系全外显子测序(trio-WES).比较CNVs阳性组与单核苷酸变异(SNV)阳性组表型差异.将样本分为单独检测组(CNV-seq)和联合检测组(CNV-seq联合trio-WES),比较二者阳性率差异.结果 联合检测组阳性率44.6％(29/65),单独检测组阳性率33.8％(22/65),阳性率有显著性差异.结论 CNV-seq和trio-WES联合检测可提高阳性率.

摘要： 近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所猪遗传育种科技创新团队成功绘制了猪胚胎发育全期骨骼肌基因组染色质开放区域精细图谱,鉴定出了调节肌肉发育的顺式调控元件及相关基因,为进一步研究猪胚胎骨骼肌发育相关基因的调控动力学奠定了基础。相关研究成果发表在《畜牧与生物技术杂志(Journal of Animal Science and Biotechnology)》上。

摘要： 目的 初步探讨蚕茸柱天胶囊联合维生素E对于特发性弱精子症和/或少精子症不育患者精子染色质损伤及氧化应激的临床疗效.方法 将60例特发性弱精子症和/或少精子症的男性不育患者随机分为治疗组(n=30)和对照组(n=30),分别予以蚕茸柱天胶囊+维生素E和单纯维生素E治疗90 d,采用计算机辅助精液分析系统(CASA)检测相关精液常规参数,精子染色质扩散法(SCD法)检测精子DNA碎片指数(DFI),抽血查超氧化物歧化酶(SOD)活性,比较治疗前后精子浓度(sperm concentration)、前向运动精子百分率(The percentage of progressively motile sperm rate,PR％)及DFI、SOD活性的变化.结果 两组治疗后患者PR及SOD活性明显高于治疗前(P0.05).治疗后治疗组精子浓度、PR及SOD明显高于对照组(P<0.05),DFI明显降低(P<0.05).治疗组临床总有效率明显高于对照组(P<0.05).结论 蚕茸柱天胶囊联合维生素E治疗对于不育患者精液质量有改善作用,对于精子染色质损伤及氧化应激有一定的改善作用.

摘要： 本文通过高分辨率核磁共振实验解析出Cdt1-MCM6结合结构域的空间结构,结构与点突变研究表明,电荷的互补性是Cdt1和Mcm2-7复合物特异相互作用的决定性因素.将Cdt1和Mcm2-7复合物作用表面上的保守氨基酸突变为丙氨酸后,Cdt1和Mcm2-7复合物特异相互作用消失.研究结果显示MCM2-7六聚体复合物面向ORC复合物通过它的C-末端完成装配。为基于Cdt1的MCM2-复合物的染色质装配提供了结构基础。

摘要： 染色质构象捕获(Chromosome conformation capture,3C)是检测基因组内染色质间相互作用的一种方法.主要通过染色质的甲醛交联,限制性酶切消化,并以DNA片段共价连接的方式,重新连接形成新的连接产物,用生物素标记的核苷酸连接在接口处,使带有生物素标记的核苷酸的连接接口可被选择性纯化,进行扩增检测.因此，对于研究3D核型空间模式的调控及远距离调控机制，必须弄清楚一个具有高稳定性和通用性的高级染色质构象实验的方法。但是，以上这些方法仍然有其制约性，不能提供染色质相互关系的一个整体基因组观查。如何以一个新的较高效率的方法研究染色质相互作用，低噪声，广泛的基因组等仍然是一个问题。在未来一段时间内，会有更多的以3C为基础的新的实验方法。以期能像荧光染色体原位杂交技术一样，能提供一个更独立的分析结果，为染色体相互作用提供一个更直接更真实的证据。

摘要： 随着测序技术的蓬勃发展,细胞核的功能越来越受到人们的重视,而细胞核的功能与染色体的空间结构密不可分.近年来,以染色质构象捕获技术为基础衍生出来的以高通量测序为手段的技术(Hi-C)得到了充分发展,它是在全基因组范围内捕获不同基因之间的空间交互以及探明全基因组空间结构的分析技术.利用Hi-C技术可以对染色质内部或者所有染色质之间的相互作用进行精密分析,从而把基因的表达调控引入到空间的、全局的层面中来,为全面解析与DNA有关的生物学过程的机理开启新的契机.Hi-C试验让科学家们发现,核内存在特定的染色质区隔,染色质和异染色质在不同的区域,人类不同类型细胞系,细胞核染色质组织大致相同.

摘要： 目的：探讨男性不育伴乙型肝炎病毒感染患者精子DNA完整性.方法：应用精子染色质结构分析检测90例男性不育伴乙型肝炎病毒感染者(A组)、82例男性不育者(B组)及70例正常生育者(C组)的精子DNA完整性:DNA碎片化指数(DNA fragmentation index,DFI)和高DNA可染性(High DNA stainability,HDS),分别比较三组之间精子DNA完整性的差异.结果：精子DNA完整性:DFI:A组为(28.17士13.06)％,高于B组(26.64±9.79)％和C组(15.67±4.73)％,A组及B组与C组比较差异有统计意义(P＜0.05),A组与B组比较差异无统计意义(P＞0.05);HDS:A组为(10.83±5.60)％,高于B组(9.04±3.48)％及C组(8.04±2.25)％,A组与C组比较差异有统计意义(P＜0.05).结论：男性不育患者的精子DNA完整性与正常生育者存在差异,若伴乙型肝炎病毒感染,会进一步加重精子DNA损伤,主要表现精子核成熟异常.

摘要： 本文研究了核心组蛋白H2A的一种变体macroH2A1在辐射损伤中的作用.我们通过集落形成实验发现，当细胞中敲减掉macroH2A 1，细胞将会变得对电离辐射更加敏感，说明了macroH2A 1在电离辐射损伤修复中的重要性。此外，免疫荧光方法和染色质免疫沉淀实验证明，DNA受到辐射损伤后，macroH2A 1会被迅速招募到DNA损伤部位，并且这种招募是依赖于多聚ADP核糖转移酶PARP 1的活性。PARP 1是真核细胞内具有多聚腺普酸二磷酸核糖基(PAR)催化活性的蛋白酶，在DNA损伤断裂时被激活，参与DNA的修复，在DNA修复和细胞凋亡中发挥至关重要的作用。因此，我们的研究工作发现了一个新的辐射损伤反应组蛋白macroH2A 1，进一步阐明了表观遗传调控在辐射损伤修复中的作用。

摘要： 细胞分化是不同表达的结果，人们对细胞分化的研究已经进入分子水平。细胞分化是在细胞繁殖的基础上进行的，无丝分裂是细胞繁殖的一种方式，无丝分裂的多样性和特殊性又与细胞分化有联系，找出这些关系对细胞分化的研究有重要的意义。文章介绍了无丝分裂的方式多样性与分化细胞细胞核的多样性，从DNA复制、核仁的复制、染色质的组装与分离、细胞核分离四方面阐述了无丝分裂时细胞核的特点，探讨了决定细胞分化的因素。综上所述无丝分裂时核的分裂方式的多样性是与分化细胞核中染色质的多态性相吻合的。

摘要： 多年生簇毛麦(Dasypyrumbreviaristatum)是一个小麦育种中尚未广泛应用的新种质,为跟踪多年生簇毛麦优异基因向小麦中导入,用基因组原位杂交方法对获得的含多年生簇毛麦染色体组的材料和衍生后代进行了鉴定.结果表明TDH-2是一个小麦-多年生簇毛麦的部分双二倍体,在TDH-2与小麦的杂交回交后代中观察到了多年生簇毛麦染色体以多种形式导入,为进一步分离和鉴定小麦-多年生簇毛麦附加系和易位系打下了基础.

摘要： 本文的公开内容包括用于标记细胞中核靶缔合的DNA的系统、方法、试剂盒和组合物。一些实施方案提供了包含DNA消化酶和能够与核靶特异性结合的结合试剂的消化组合物。一些实施方案提供了包含转座体和能够与核靶特异性结合的结合试剂的缀合物。转座体可以包含转座酶(例如Tn5转座酶)、具有第一5’突出端的第一衔接子和具有第二5’突出端的第二衔接子。方法可以包括使包含与dsDNA(诸如基因组DNA(gDNA))缔合的核靶的透化的细胞与本文提供的组合物接触以产生多于一种核靶缔合的dsDNA片段(例如，核靶缔合的gDNA片段)，所述多于一种核靶缔合的dsDNA片段各自包含一个或两个单链突出端。

摘要： 本发明涉及通过分别将物质加入到浓缩的或去浓缩的染色质/染色体中而使染色质或染色体去浓缩和/或浓缩的方法。具体地说，本发明涉及在细胞循环的分裂间期去浓缩并随后可选择地再浓缩细胞中染色质的方法，以及在破碎精子后浓缩染色质/染色体的方法。本发明还涉及用于去浓缩和/或浓缩染色质/染色体的物质以及含有所述物质的试剂盒，和在染色质/染色体分析，生殖，特别是生育力评价，不育症诊断和治疗，临床或自然辅助受孕以及避孕中利用这些物质的方法。一被鉴定的具体因子是去浓缩因子，其分子量为20kDa，可得自海拉细胞。

摘要： 本发明公开了一种基于Type I‑F CRISPR/Cas系统的染色质成像系统。本发明首次研究显示隶属于Type I‑F CRISPR/Cas系统的Cascade复合物，如PaeCascade复合物，能有效用于染色质成像；同时，本发明对Type I‑F CRISPR/Cas系统进行了哺乳动物表达系统优化，使得其在哺乳动物细胞内具有高效的双链DNA结合活性，并将荧光分子融合表达至优化后的Cascade亚基上，成功构建了染色质成像系统。本发明使得Type I‑F CRISPR/Cas系统在哺乳动物细胞的染色质成像方面的应用成为可能，并为基于Type I‑F CRISPR/Cas系统的染色质成像提供了必要工具。

摘要： 本发明公开一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法，包括如下步骤：（1）为待研究的染色质区间构建携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型集合；（2）模拟携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型在微小球形空间中的随机折叠过程，计算得到染色质3D结构的集合；（3）基于层级优化法得到高精度的待研究的染色质区间的3D结构集合；（4）基于步骤（3）得到的染色质3D结构集合，构建平均接触矩阵以显示TAD结构。本发明采用层级优化法对携带染色质可及性信息的高分子链模型的随机折叠过程进行分子动力学模拟，在10kb精度下预测了哺乳动物全基因组3D结构中40%以上的TAD结构。

摘要： 本发明提供了检测染色质开放位点间染色质相互作用的NicE‑C方法，其参考了NicE‑seq与Hi‑C技术，在前期用NicE‑seq技术中使用的Nt.CivPII和DNA聚合酶I这两个酶替代Hi‑C技术中使用的限制性内切酶进行染色质切割，从而实现对染色质开放位点的切割。后续参考Hi‑C技术等在末端补平(不需在此处加入生物素标记)，加dA尾后通过生物素标记的桥接头连接来实现对染色质相互作用的捕获。本发明具有样品起始细胞量少，操作简便，信号富集效果好，分辨率高等特点。

摘要： 本发明公开了一种基于Type I‑F CRISPR/Cas系统的染色质成像系统。本发明首次研究显示隶属于Type I‑F CRISPR/Cas系统的Cascade复合物，如PaeCascade复合物，能有效用于染色质成像；同时，本发明对Type I‑F CRISPR/Cas系统进行了哺乳动物表达系统优化，使得其在哺乳动物细胞内具有高效的双链DNA结合活性，并将荧光分子融合表达至优化后的Cascade亚基上，成功构建了染色质成像系统。本发明使得Type I‑F CRISPR/Cas系统在哺乳动物细胞的染色质成像方面的应用成为可能，并为基于Type I‑F CRISPR/Cas系统的染色质成像提供了必要工具。

摘要： 一种从细胞培养收获物中去除染色质的方法，包括以下步骤：—提供含有选自细小病毒或腺相关病毒的所需生物制品的细胞培养收获物，—在pH值在3.0至4.0范围内、离子强度对应于浓度在3.0M至饱和范围内的NaCl的水性培养基中孵育细胞培养收获物，和—将所需的生物制品与产生的固体分离。

摘要： 本发明公开了染色质调控因子Ahc1p在减少酿酒酵母尿素积累中的应用，属于微生物遗传和分子生物学技术领域。本发明将酿酒酵母中的染色质调控因子Ahc1p基因序列连接到高拷贝质粒上，并转化到酿酒酵母中游离表达，使过量表达Ahclp基因的酿酒酵母在以天冬酰胺、精氨酸或脯氨酸为唯一氮源的培养基中的尿素积累量分别降低了51.55％、54.50％和37.21％。还增加了多种非偏好氮源的利用率，不仅有助于减少有害氮代谢物的积累，还有望大大提高原料中的非偏好氮源的利用率，减少原料的浪费。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA邻近组合编码扩增的细胞内成对染色质修饰成像方法，属于细胞成像领域。包括：结合化学酶识别和DNA纳米技术，通过邻近连接激活闭环反应，形成完整的环形模板，从而引发滚环扩增反应，实现成对染色质修饰组合的同时编码成像分析。该方法克服了无法进行多种成对染色质修饰的同时检测的技术缺点。

摘要： 本发明公开了一种基于染色质开放性测序技术研究植原体病害的方法，属于分子生物学领域；包括下述步骤：(1)样本处理：分别取健康植物样本与植原体侵染植物样本，裂解植物细胞获得细胞核；(2)文库制备及测序：利用步骤(1)获得的细胞核，使用Tn5转座酶酶切并纯化，回收DNA片段，构建高通量测序文库后进行测序；(3)生物信息学分析：对健康植物样本与植原体侵染植物样本的测序结果进行Peak分析，筛选植原体病害相关基因。本发明方法可为研究植原体病害发病相关转录因子功能的预测和验证奠定基础，提供借鉴。