核小体

摘要： 前言.核小体是染色质的基本单位,由DNA和核心组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)组成,并由不同的蛋白质[包括组蛋白H1和高迁移率组(HMG)蛋白]组成高级结构。在组蛋白之后,HMG蛋白是第二丰富的染色体蛋白,通过调节染色质的组装、重塑,DNA结构的扭曲、弯曲以调控高等真核细胞中的基因转录。

摘要： 为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法.ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价.结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4％、90.2％和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性.在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83％,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱.ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导.

摘要： H1连接组蛋白(H1 linker histone,H1)是染色质结构和功能的关键调节因子。在相邻的核小体之间,H1与连接体DNA(linker DNA)结合构成染色质的念珠状结构,以稳定染色质的高级结构、调节基因表达。研究发现一种H1亚型,命名为卵母细胞特异性连接组蛋白(oocytespecific linker histone,H1foo),在哺乳动物卵母细胞中特异性表达。文章主要针对H1foo在卵巢卵泡、卵母细胞及早期胚胎发育中的表达分布模式,H1foo在卵母细胞减数分裂恢复和早期胚胎发育中的作用,H1foo在卵母细胞受精和体细胞核移植过程中与其他成分置换、实现基因组的完全重编程、恢复全能性中的重要作用进行综述,以期为相关机制研究提供参考。

摘要： DNA复制是人类遗传物质在细胞之间得以精确传递的基础,人们对高等生物中识别DNA复制起始位点的具体过程并不清楚,这在一定程度上也阻碍了人们对癌症发生发展机制的理解。中国科学院生物物理研究所李国红团队及其合作者揭示了一种精细的DNA复制起始位点的识别调控机制。该研究发现,组蛋白变体H2A.Z能够通过结合组蛋白甲基化转移酶SUV420H1,促进组蛋白H4的第二十位氨基酸发生二甲基化修饰。而带有二甲基化修饰的H2A.Z核小体能进一步招募复制起始位点识别蛋白,从而帮助DNA复制起始位点的识别。

摘要： 核小体是染色质复杂三维结构的基本单位,它在基因组上的定位及占位在DNA转录、复制和修复等基础生物过程中发挥重要功能.在众多核小体定占位研究技术中,微球菌核酸酶测序(micrococcal nuclease sequencing,MNase-seq)被认为是目前最为高效的方法,因此应用十分广泛.研究人员利用该技术绘制了多种生物的核小体图谱,并揭示了核小体组织特点的共性和差异.本文介绍了MNase-seq的技术原理以及在解析核小体组织及其功能中的应用,总结了在染色质构象这一快速发展领域中的研究进展,并展望了染色质生物学的未来发展方向.由MNase-seq揭示的核小体组织结构为基因表达和发育调控提供了新的见解,也有助于人们理解疾病的发生过程.

摘要： 高通量体外实验证实DNA序列是影响核小体定位的重要因素,DNA序列之间的差异能够影响核小体定位的能力。本工作以人类基因组序列为研究对象,分析了人类核小体定位序列的组分特征,k-mer位置偏好等,统计结果显示核小体定位序列单核苷酸G和C的含量明显高于A和T,发现核小体定位序列中GC含量显著高于AT含量,并且出现频率较低的模体可能是核小体定位序列的特征模体。

摘要： 核小体定位调控着基因表达,是表观遗传学研究中的重要组成部分.影响核小体定位的因素包括DNA序列内在特性及一些外在的因素,如染色质重塑、组蛋白修饰等.研究认为DNA序列特征被认为是影响核小体定位的关键因素之一,其中核小体定位较强的一些序列上存在TA10bp周期性以及DNA序列模体,而polyA则具有较强的核小体排斥作用.本论文基于Trifonov EN提出的核小体定位理论，基于影响核小体定位的DNA序列10bp 周期性和序列模体， 设计了6条具有对组蛋白亲和性不同的DNA序列，分别命名为 CS1-CS6；将其克隆到重组质粒中，在PCR扩增实验中，利用在引物中标记Cy3荧光信号分子，获得大量标记有Cy3荧光信号分子的目的序列；利用体外组装核小体的技术，将目的DNA序列重构为核小体；电泳后检测荧光信号，比较分析6条目的序列重构核小体的能力强弱。结果发现，CS1、CS2、CS3的核小体形成能力比较强， CS4、CS5和CS6形成核小体能力较弱。该实验结果与Trifonov EN所提出的核小体在该模体上的精确定位基本吻合。

摘要： 核小体是构成真核生物染色质的基本结构.真核生物DNA复制和基因转录过程中,染色质结构及其动态变化过程会影响反式调控因子与DNA序列的结合及相关蛋白的招募.基因组中核小体定位主要受到DNA序列特性和一些诸如甲基化、组蛋白修饰、组蛋白变体、染色质重塑等外在因素的共同影响.研究发现,DNA序列特征是决定核小体定位关键因素之一.本工作从UCSC数据库中下载了人基因组DNA序列（hg18），利用公开发表的高通量测序得到的CD4+T细胞的核小体定位图谱数据，统计分析了人基因组中所有的三核苷酸重复序列核小体定位特征。本研究发现人基因组中一些三核苷酸重复序列可以导致重复序列位点的核小体占据缺乏，该结果可能对从染色质水平上理解由三核苷酸重复序列引起疾病的致病机理有一定的意义。

摘要： 核小体是染色质的基本结构单元,核小体定位,也就是核小体相对于DNA序列的位置,可以影响转录因子与DNA的结合,从而有效地调控基因的转录.对核小体定位机制的研究已经成为表观遗传领域的一个研究热点;国际上有学者基于核小体对DNA序列的偏好性提出"核小体密码"的观点,认为核小体的定位主要是由DNA序列信息所决定的.前期的工作通过将体外组装的核小体定位信息与细胞内的核小体定位信息进行比较,系统的评估了DNA序列对核小体定位的影响.通过对高通量数据的比较发现,细胞内与体外组装的核小体定位之间存在实质性区别:首先,细胞内核小体在基因转录起始位点周围存在规律性的周期排布,而体外组装的核小体定位缺乏这一特征;其次,细胞内核小体之间的连接区长度大致相等,而体外组装的核小体缺乏规律;此外,细胞内核小体定位信号的稳定性要显著高于体外组装的核小体.这个工作针对"核小体密码"的观点提出了相反的证据,表明DNA序列本身对于核小体定位影响较小;而转录和转录因子结合等调控事件会对其具有较大影响。

摘要： 狼疮性肾炎是常见而严重的继发性肾病，核小体在其发病中可能具有重要作用，凋亡机制 核小体的主要来源，针对其机制的新型免疫抑制剂在治疗中显示良好的应用前景。

摘要： 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(a,b)，母函数为墨西哥帽函数；尺度范围为[2,8]。计算|W(a,b)|的最大值M_W(b)。M_W(b)中的峰即为核小体的二分点位置。

摘要： 本发明涉及组织特异性转录因子‑核小体加合物或转录辅因子‑核小体加合物作为生物学流体中的生物标志用于检测或诊断受试者中的癌症的用途。本发明进一步涉及使用所述组织特异性转录因子或辅因子加合物鉴定受试者中的癌症发展位点。

摘要： 本发明涉及携带组蛋白和/或DNA修饰的重组/半合成核小体作为用于定量来自生物样品的共价修饰(在组蛋白上或包裹DNA上)、变体或突变核小体(统称“修饰核小体”或“核小体修饰”)的参考标准品的用途。本发明还涉及使用该测定来准确定量作为疾病生物标志物的单个或组合核小体修饰的方法。

摘要： 一种基于核小体脱氧核糖核酸模版的核小体预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1获取待预测DNA序列，长度为T，计算待预测DNA序列弯曲度信号Signal。步骤2建立核小体DNA模版信号P，P的长度为147bp，两端区域宽为50bp，高为0.07，中间区域宽为47bp，高为0.05，卷积P和Signal得到信号S_covn，从S_covn中部取出长为T-10的信号S_covn_keep。步骤3计算S_covn_keep的连续小波变换W(

摘要： 本发明涉及从生物流体样品中分离包含接头DNA的循环无细胞核小体，特别是疾病来源的核小体的方法。这样的方法允许与疾病来源的核小体相关的遗传学和表观遗传学标记物的改进的分析。

摘要： 本发明涉及作为血管癌或血液癌的血浆样品中的生物标志物的无细胞核小体。

摘要： 本发明的目的提供一种通过液体活检法迅速且容易地进行疾病检测的方法，该方法将通过细胞凋亡而释放到血液中的片段化DNA(细分化核小体)作为疾病关连物质，并利用从血液等体液采集的甲基化片段化DNA(细分化核小体)的自体荧光。本发明是一种利用片段化DNA(细分化核小体)的自体荧光进行的液体活检法，该方法包括下列步骤：a)使具有试料中等离子体子(plasmon)金属介晶区域的测定基板与检体接触，将检体中的片段化DNA(细分化核小体)作为疾病关连物质并于等离子体子金属介晶捕捉电荷的步骤，其中，前述检体是将含有体液或细胞的培养液原状或稀释作成；b)对该等离子体子金属介晶上捕捉到的片段化DNA(细分化核小体)照射激发光，通过表面等离子体子增强效果而增强其自体荧光，决定片段化DNA(细分化核小体)的荧光菌落的荧光影像的固定测定区域(ROI)，通过比激发光滤器长波长域的滤器取得荧光菌落影像的步骤；c)采用该荧光菌落影像中显示规定阈值以上亮度的像素的步骤；d)演算于采用的测定区域的既定波长域中既定阈值以上的像素的总面积值、或采用的测定区域不同的二波长区域既定阈值以上的像素的总面积值的比(ratio)的步骤。

摘要： 本发明涉及使用无细胞核小体水平来鉴定处于发生针对感染的NETosis相关不良反应的风险中的患者。该方法用于监测疾病的进展并指定遭受感染的患者的不良后果的风险。

摘要： 本发明公开了核小体蛋白类似蛋白1作为心肌缺血再灌注损伤的治疗靶点。本发明通过动物模型实验表明核小体蛋白类似蛋白1能够作为心肌缺血再灌注损伤的治疗靶点，在小鼠缺血再灌注损伤模型中，损伤区心肌组织核小体蛋白类似蛋白1升高，通过注入重组蛋白wnt2下调核小体蛋白类似蛋白1，从心脏收缩功能评估发现模型小鼠心脏收缩力较核小体蛋白类似蛋白1未下调组明显改善，且EF％和FS％较对照组明显升高；本发明为临床上研发能够有效治疗心肌缺血再灌注损伤的药物提供了新的治疗靶点。

摘要： 本公开提供了涉及修饰的微核小体核心蛋白和/或核酸递送的组合物和方法。具体地，本公开尤其包括用于递送核酸的非病毒性蛋白质媒介物。在各种实施方案中，本文提供的非病毒性蛋白质媒介物包含(a)核酸结合结构域；(b)靶向结构域；(c)核酸释放结构域；以及任选地，(d)另外的结构域，包括例如稳定性结构域、寡聚化结构域和/或接头结构域中的一者或多者。在各种实施方案中，蛋白质媒介物包含一个或多个修饰残基。