DNA序列分析

摘要： 目的 分析4例少见地中海贫血(地贫)患者的DNA序列、临床表型,提高对地贫的认识.方法 对2014年5月至2019年12月4例少见地贫患者的临床及DNA序列特征进行回顾性分析并复习相关文献.结果 地贫基因常规检测显示,例l～3均未检测到常见的3种α株蛋白1/2(HBA1/A2)基因缺失及其3种点突变和l6种β株蛋白(HBB)基因点突变,例4检测到αα-SEA缺失.HBA1/A2和HBB基因全序列Sanger测序示:例1～4分别存在HBB:c.347C＞A、HBB:c.1 A＞G、HBB:c.393T＞G及HBA2:c.301-1G＞A(IVS-II-142 G＞A)突变.同时,例2的祖父、父亲和姑姑均为HBB:c.1A＞G杂合突变.结论 本研究发现了新的珠蛋白基因突变,HBB:c.347C＞A、HBB:c.1 A＞G和HBB:c.393T＞G以及HBA2:c.301-1 G＞A(IVS-II-142 G＞A)突变在中国地贫患者中为首次报道,HBB:c.393T＞G突变为全球首次报道,丰富了地贫基因突变数据库.

摘要： [目的]鉴定与研究9个新疆地方梨品种S基因型,为库尔勒香梨授粉品种的筛选及其遗传改良提供理论依据.[方法]设计特异性引物对9个新疆地方梨品种的基因组DNA进行PCR扩增,片段回收、克隆、测序,使用生物信息学软件对各序列进行分析.[结果]褐色句句梨、轮台句句梨、霍城冬黄梨、八月梨、库尔勒黄酸梨、句句梨、奎克阿木特l号等7个品种的S基因型分别是:S28S4、S28S4、S28S1、S28S4、S22S35、S28S4、S36S34S22;可特阿木特和棋盘梨各鉴定出一条基因,S基因型分别是S8Sx和S28Sx.[结论]确定了7个新疆地方梨品种S基因型,可特阿木特和棋盘梨中各有1条S基因没有被鉴别出.丰富了我国梨资源的S基因型信息,为库尔勒香梨的丰产栽培和遗传改良提供了依据.

摘要： 目的 对福建省不同地区的腌菜样品中的乳酸菌进行分离鉴定.方法 采集福建省部分地区农户自制的12种腌菜, 并分离出26株乳酸菌, 并通过乳酸菌的计数、分离纯化、革兰氏染色、过氧化氢酶实验、API 50CHL试剂鉴定、电镜检验和DNA测序方法记录乳酸菌的种类和多样性.结果 腌菜中分离、鉴定出3株乳杆菌种,分别为FJAT-46739 Lactobacillus.brevis(短乳杆菌)、FJAT-46744 Lactobacillus.fermentum(发酵乳杆菌)、FJAT-7926 Lactobacillus.plantarum(植物乳杆菌).结论 此研究结果与文献报道基本相符,为研究福建省腌菜乳酸菌的机制与开发应用奠定基础.%Objective To isolate and identify the lactic acid bacteria from pickles samples in different regions of Fujian province. Methods Twelve kinds of pickles from peasant households in some parts of Fujian province were collected, and 26 strains of lactic acid bacteria were isolated. The varieties and diversity of lactic acid bacteria were recorded by counting, isolation and purification, Gram staining, hydrogen peroxidase experiment, API 50CHL reagent identification, electron microscopy and DNA sequencing. Results Three strains of Lactobacillus were isolated and identified in pickles, including FJAT-46739 Lactobacillus.brevis, FJAT-46744 Lactobacillus.fermentum and FJAT-7926 Lactobacillus.plantarum. Conclusion The results of this study are consistent with the literature report, which lays a foundation for the study of the mechanism and development of lactic acid bacteria in pickles in Fujian province.

摘要： 通过对菌株鉴定及DNA序列分析,确定菌株为解糖类芽胞杆菌.采用实际应用中的高效消毒剂对其进行杀灭实验.且采用不同浓度,不同作用时间及温度对其进行对比实验,最后选择浓度为500ppm复方过氧乙酸消毒剂对其进行杀灭.

摘要： 1900年奥地利科学家KARL LANDSTEINER发现了人类ABO血型系统,1990年YAMAMOTO等[1]首次成功克隆了人类ABO血型基因并进行了测序,这就标志着ABO血型鉴定进入了基因水平。ABO血型系统能引起溶血性输血反应、新生儿溶血等疾病,具有十分重要的临床意义,因此ABO血型鉴定至关重要,是输血安全的重要保障。除正常的ABO血型外,还存在一些抗原性减弱的亚型,至今已报道的A亚型有A1、A2、A3、Am、Aend、Ax、Ael、Ay、Aw等,B亚型有B1、B3、Bx、Bel、Bw、CisAB、B(A)等,目前常规的血型血清学检测技术还无法鉴定一些疑难血型,需要采用基因检测技术进行进一步的分析。

摘要： DNA序列分析在物种的系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力,其中cpDNA序列分析因具有基因组小、进化速率适中、母系遗传等特点,已被大量用于系统进化研究.本研究采用4对cpDNA引物对收集来的32份江华苦茶资源进行了亲缘关系研究,其中有3对测序成功.扩增序列长度分别为634(1F-724R)、499(rbcla-rev)、532(rbcla-ajf634).变异位点数量分别为5(1F-724R)、4(rbcla-rev)、4(rbcla-ajf634).变异率从高到低分别是rbcla-rev(0.80%)、1F-724R(0.79%)、rbcla-ajf634(0.75%).将3对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,将参试的32份茶树资源分为4大类.本研究为江华苦茶亲缘关系研究开辟了一条新途径,为江华苦茶资源的应用和保护研究提供理论参考.

摘要： 目的：鉴定1例海南汉族个体罕见的 D13S317-5等位基因。方法应用 PCR-短串联重复和DNA 序列分析技术,对母子亲子鉴定中的罕见等位基因 D13S317-OL 进行检测。结果序列分析结果显示 D13S317-OL 等位基因的核心序列为[TATC]5,为罕见的等位基因 D13S317-5。结论罕见等位基因D13S317-5在海南汉族人群中也有分布,对于个体识别和亲权鉴定有重要意义。%Objective To report on a rare D13S31 7-off-ladder (OL)allele identified in an ethnic Han Chinese from Hainan.Methods The rare allele D13S31 7-OL was detected with a short tandem repeat (STR)-PCR method and DNA sequencing.Results The core repeat sequence of the rare allele was found to be [TATC]5 .Conclusion The rare D13S31 7-5 allele also exists among ethnic Hans from Hainan,which may have a significant value for personal identification and paternity testing.

摘要： 目的：确认HLA新等位基因HLA－A倡02∶01∶01并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法应用DNA测序分型技术（ PCR－SBT）进行HLA分型，分析其与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果新基因与所有已知的HLA－A等位基因序列均不相同，与HLA－A倡02∶01∶01基因序列相比在第2外显子181位碱基由G→A，导致第37位密码子改变，天冬氨酸→天冬酰胺（ D→N）。结论发现一个新的HLA－A等位基因，现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA－A倡02∶416。

摘要： Objective To explore the correlation between IL-17F gene polymorphism and children asthma,providing some theoretical basis for pathophysiology and identification of susceptibility to asthma.Methods 60 Follow-up chil-dren with asthma in clinic were enrolled randomly to be asthma group,sixty healthy children were set as control group. 2 ml peripheral vein blood was drawn from each child with empty stomach in early morning.Each blood sample was ex-tracted genomic DNA,Polymerase chain reaction (PCR),gene clone and DNA sequencing were used to analyse the IL-17F polymorphisms (rs763780).Results The H161R homozygote (CC )is not found in both asthma group and health group.Significant deviations from the genotypes (TC/TT)of rs763780 were found in the asthma and health group.(χ2=5.71 P=0.017<0.05).The OR for asthma was 2.09 (95% CI,1.12-3.90)for the H161R mutant type(TC),the OR for asthma was 0.76 (95% CI,0.60-0.95)for the H161R wild type(TT).Conclusion Significant deviations from the genotypes (TC/TT)of IL-17F rs763780 were found between the asthma and control groups,the polymorphisms may be associated with asthma.The H161R homozygote (CC)is not found in both groups,The H161R mutant type (TC)may be the risk of asthma.%目的：探讨白细胞介素-17F基因多态性与儿童支气管哮喘的相关性，为支气管哮喘的易感基因筛选提供可能的理论依据。方法取本院门诊随诊的60例哮喘患儿设为哮喘组，60例健康儿童设为对照组，两组儿童均于清晨空腹留取外周静脉血2 ml，提取全基因组 DNA，应用聚合酶链反应及克隆、基因测序方法分析 IL-17F基因序列rs763780（H161R）基因多态性。结果 IL-17F基因序列 rs763780（H161R）基因型在两组内均未检测到突变型 CC， rs763780（H161R）基因型（TC/TT）在两组间内的分布有明显的差异（χ2＝5．71，P＜0．05）。TC基因型 OR和95％可信区间（CI）为2．09（1．12-3．90），TT基因型 OR和95％CI为0．76（0．60-0．95）。结论 IL-17F基因多态性 rs763780（H 161 R）基因型分布（TC/TT）在两组间存在差异，其多态性可能与哮喘相关，两组内均未发现基因型 CC在，基因型TC可能是哮喘发病的危险因素。

摘要： 目的：克隆奶山羊B-乳球蛋白基因5’、3’调控区并对其进行序列分析。方法：从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA，采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4．2kb的5’调控区和1．8kb的3’调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体中，经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。结果：部分序列分析表明，5’区与GeneBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5’区同源性分别为100％和95％；3’区与这些动物的同源性分别为99％和93％。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同，5’区和3’区同源性分别为83％和88％。结果表明，克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体，为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。

摘要： 目的：克隆奶山羊B-乳球蛋白基因5’、3’调控区并对其进行序列分析。方法：从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA，采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4．2kb的5’调控区和1．8kb的3’调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体中，经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。结果：部分序列分析表明，5’区与GeneBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5’区同源性分别为100％和95％；3’区与这些动物的同源性分别为99％和93％。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同，5’区和3’区同源性分别为83％和88％。结果表明，克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体，为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。

摘要： 目的：克隆奶山羊B-乳球蛋白基因5’、3’调控区并对其进行序列分析。方法：从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA，采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4．2kb的5’调控区和1．8kb的3’调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体中，经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。结果：部分序列分析表明，5’区与GeneBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5’区同源性分别为100％和95％；3’区与这些动物的同源性分别为99％和93％。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同，5’区和3’区同源性分别为83％和88％。结果表明，克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体，为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。

摘要： 目的：克隆奶山羊B-乳球蛋白基因5’、3’调控区并对其进行序列分析。方法：从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA，采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4．2kb的5’调控区和1．8kb的3’调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体中，经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。结果：部分序列分析表明，5’区与GeneBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5’区同源性分别为100％和95％；3’区与这些动物的同源性分别为99％和93％。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同，5’区和3’区同源性分别为83％和88％。结果表明，克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体，为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为配对序列(17b)。

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 本发明涉及编码具有漆酶活性的蛋白质且含有DNA序列SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2之一的DNA序列。本发明进而涉及这些DNA序列的表达,这些DNA序列编码的嗜热漆酶,及其在纸浆的去木质化、高分子量聚集物的解聚、废纸的去墨渍、废水尤其是纸浆漂白后含木质素的废水中的芳香化合物的聚合、染料的氧化、或者染料的活化以形成颜料中的应用以及其在有机合成上用于芳香化合物的偶联反应或者芳香侧链的氧化作用中的应用。

摘要： 序列数据分析装置(1)具有：读取字典生成部(21)，其基于利用结合字符连接作为从样本DNA片段的两端分别定序的对的左方序列(11a)和右方序列(11b)之间而得的结合字符串，生成读取序列字典(14)；样本重构部(25)，其提取位于读取序列字典(14)内的查询序列(16)的命中位置(17a)周围的直至出现结束字符为止的字符串，作为样本序列(17)，并提取样本序列(17)内不存在命中位置(17a)一侧的直至出现结束字符为止的左方序列(11a)或者右方序列(11b)，作为伴侣序列(17b)。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明公开了一种DNA序列检测方法，通过目标探针获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。本发明通过使用所述目标探针对所述待测DNA分子进行定向修饰，换句话说，将根据所述待定位序列信息确定的目标探针与所述待测的DNA分子中的目标序列结合，增大目标序列的空间位阻，使目标序列通过纳米孔时的电流变化更剧烈，实现提升信噪比，进而提升DNA过孔信号的分辨率的目的。本发明同时还提供了一种具有上述有益效果的DNA序列检测设备。

摘要： 本申请涉及生物技术领域，提供了一种人线粒体DNA全序列扩增的方法，包括：设计人线粒体DNA全序列扩增的单一对引物，所述单一对引物的序列如下：正向引物：5’‑CTAACCTGAATCGGAGGACAACC‑3’，反向引物：5’‑AATGAGGAGGTCTGCGGCTAG‑3’；以人线粒体DNA为模板，采用单一对引物对人线粒体DNA进行PCR扩增，得到人线粒体DNA全序列。本申请提供的方法，采用一对引物把整个人线粒体扩增区域达到了16569bp，完整扩增整个环形线粒体DNA，可覆盖环形线粒体DNA上所有可能的突变类型。与现有的技术相比，该方法提升了检测的范围，大幅度降低了漏检的可能性。

摘要： 本发明涉及一种构建目的序列DNA文库的试剂盒及目的序列DNA文库的构建方法。该试剂盒包括：目的序列扩增试剂，用于从待测样本中扩增目的序列得到第一样本；消化试剂，用于去除第一样本中的引物得到第二样本，消化试剂包括0.2U/uL～2U/uL的UDG酶、0.2U/uL～5U/uL的Fpg酶、0.2U/uL～4U/uL的聚合酶及0.2U/uL～2U/uL的T4多聚核苷酸激酶；及连接试剂，用于对第二样本接上接头得到目的序列DNA文库。上述试剂盒的构建的文库质量较好、测序覆盖度较高且均一性较好。

摘要： 公开了用于检测样品中靶核酸的方法。该方法包括在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸接触。还公开了用于检测样品中靶核酸的方法，其中在聚合酶和核酸内切酶的存在下将所述样品与序列转换寡核苷酸和信号扩增寡核苷酸接触。本发明还提供了组合物和试剂盒，其包含这些序列转换和信号扩增寡核苷酸。