基因文库

摘要： 对基因文库的构建过程及从基因文库中筛选目的基因的方法等几个疑难问题进行了简要分析,为高中生物学中相关内容的教学提供参考.

摘要： 目的 探讨先天性色素痣中增生结节的基因学改变及生物学潜能.方法 采用二代测序方法检测24例皮肤黑色素性肿瘤中全外显子基因改变,包括2例先天性色素痣中增生结节、12例良性的先天性色素痣和10例恶性的黑色素瘤.利用测序结果比较增生结节与先天性色素痣及黑色素瘤之间的关系并进行基因组聚类分析,从而进一步揭示增生结节的基因水平特点及其生物学潜能.同时采用4色荧光原位杂交(FISH)对增生结节区域进行检测.结果 在2例先天性色素痣的增生结节样本中检测到86个共同的体细胞基因突变,其中有52个基因是增生结节组相比于先天性色素痣组增多的突变基因,而这52个突变基因当中22个基因高发于黑色素瘤组.以先天性色素痣和黑色素瘤中有明显差异的变异基因为标准做聚类分析,显示先天性色素痣和黑色素瘤有明显分界,增生结节的基因变异介于先天性色素痣和黑色素瘤之间.4色FISH检测2例增生结节均为阳性.结论 增生结节的基因改变介于良性色素痣与恶性黑色素瘤之间,推测增生结节虽然临床表现多为良性生物学行为,但是在基因水平上具有一定的恶性潜能,这类患者在临床中需要长期监测和随访.

摘要： 以"从基因文库中获取目的基因"为例,采取简约、形象、诱思的教学策略,引导学生构建概念,领悟科学与技术之间的关系。

摘要： 通过内蒙古半干旱冷凉地区玉米秸秆还田定位试验,结合常规分析手段和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术初步研究了玉米秸秆深翻还田后土壤有机质、纤维素酶活性及土壤细菌多样性变化.结果表明,随着玉米生育期的推进,土壤有机质含量呈先增加后下降趋势,拔节期和大喇叭口期含量较高.玉米秸秆深翻还田一年(SF-Ⅰ)和连续两年玉米秸秆深翻还田(SF-Ⅱ)0～20 cm土层有机质含量除了播种期差异显著外,其余生育期均无显著差异,但均与常规旋耕秸秆不还田(CK)有显著差异;20～40 cm土层SF-Ⅰ、SF-Ⅱ和CK有机质含量除了播种期差异显著外,其余生育期均无显著差异;玉米成熟期土壤有机质含量为SF-Ⅱ>SF-Ⅰ>CK;随着土层的下移土壤有机质含量呈逐渐降低的趋势.秸秆深翻还田后土壤纤维素酶活性明显增强,表现为SF-Ⅱ>SF-Ⅰ>CK;拔节期和大喇叭口期土壤纤维素酶活性增幅较高,与CK差异达到显著水平;纤维素酶活性随土层的下移逐渐下降,0～20 cm土层中,播种期至大喇叭口期秸秆还田土壤纤维素酶活性与CK间差异显著,其余时期无显著差异;20～40 cm土层中,仅播种期秸秆还田土壤纤维素酶活性与CK间差异显著.16S rDNA-PCR-DGGE分析可知,秸秆还田后拔节期至灌浆期土壤细菌群落发生较大的变化,拔节期变化最大.SF-Ⅱ、SF-Ⅰ、CK土壤菌属不同,细菌多样性指数SF-Ⅱ>SF-Ⅰ>CK;秸秆深翻还田增加了土壤细菌多样性,尤其是土壤中纤维素分解菌和有机污染物降解菌群.半干旱冷凉地区两年秸秆还田的土壤细菌多样性比一年秸秆还田的效果更为明显.

摘要： 目的:通过宏基因组学方法研究健康志愿者口腔微生物群落,为慢性牙周炎治疗转归及预后提供生物学基础.方法:提取健康志愿者唾液样本及龈上、龈下菌斑样本的总DNA,构建基因文库,测序并分析结果(进行物种注释和相对丰度计算),获得样本微生物群落.结果:测序结果显示健康志愿者口腔唾液样本可获得15个微生物属,龈上菌斑样本中可获得19个微生物属,龈下菌斑样本中可获得20个微生物属,微生物群落存在多样性.健康志愿者龈上微生物样本组、龈下微生物样本组及唾液样本组间微生物门、属的平均相对丰度比差异有统计学意义(P<0.05).结论:结合第二代高通量测序技术的宏基因组学方法能够较好地获得健康志愿者口腔样本中的微生物群落,并初步分析各样本组中的微生物群落结构.%Objective:The purpose of this study is to find out the oral microbial community in healthy volunteers by meta-genomic method,and to provide the biological basis for the prognosis and consequences of the treatment of chronic periodontitis. Methods:To-tal DNA was extracted from healthy volunteers'saliva samples,supra-gingival and sub-gingival bacterial plaque samples,so as to built genomic libraries. After sequencing and analyzing the results,species were annotated,and their relative abundance was calculated too. Results:The sequencing results showed that there were 15 microbial genuses in saliva samples of healthy volunteers,and there were 20 microbial genuses in samples from healthy volunteers' supra-gingival and sub-gingival plaques. The mean relative abundance ratio of each healthy volunteers' microorganism sample group(saliva sample group, supra-gingival sample group and sub-gingival sample group)was significantly different(P<0.05). Conclusions:The meta-genomic method using the second generation high-throughput se-quencing technique can obtain the microbial community in the oral samples of healthy volunteers well,and it is capable of helping ana-lyze the microbial community structure in each sample group.

摘要： Objective To construct a cDNA Library of Giardia lamblia (C2 )strains. Methods By extraction of C2 strains of Giardia lamblia trophozoites RNA using the Trizol method,and by using RNA as a template by reverse transcriptase cDNA single strand.dscDNA was obtained by LD-PCR amplification.dscDNA was purified and co-transformed with pGADT7-Rec in yeast strain Y187.Through auxotrophic medium SD/-Leu screening, transformants including Giardia lamblia cDNA library were obtained.Then the storage capacity and DNA recombination rate of the library were identified.Results Using RNA as template,the ideal double stranded cDNA was obtained by reverse transcription,LD-PCR,purification and other steps.The dscDNA and pGADT7-Rec were transformed into yeast strain,and the transformants were successfully isolated and cultured.Finally,a cDNA Library of Giardia was constructed.The library capacity was 2.715× 107/mL,the recombination rate was 76.7%,and the size of the inserted fragments was mainly between 300bp and 1000bp.Conclusion An ideal C2 Library of Giardia lamblia cDNA was constructed.%目的 构建C2株蓝氏贾第鞭毛虫cDNA文库.方法 Trizol对C2株贾第虫滋养体RNA进行提取,逆转录获得cDNA单链,LD-PCR扩增获得ds cDNA,经纯化后,与pGADT7-Rec共转化酵母株Y187中.通过营养缺陷型平板SD/-Leu培养获得转化子即包含蓝氏贾第鞭毛虫cDNA文库,并对文库的库容及DNA重组率进行鉴定.结果 以RNA为模板,经逆转录、LD-PCR、纯化等,得到了较为理想的双链cDNA.将ds cDNA和pGADT7-Rec转化到酵母菌株,经分离培养,最终得到转化成功的酵母转化子,建立了贾第虫的cDNA文库,文库容量为2.715×107/mL,重组率76.7%,插入片段的大小主要集中在300~1000.结论 成功的构建了较为理想的C2株贾第虫cDNA文库.

摘要： [背景]肠道微生物与人体多项生理功能密切相关,我们课题组前期研究表明七味白术散对菌群失调腹泻有较好的疗效.[目的]探讨与七味白术散疗效相关肠道微生物,比较传统中药饮片与超微中药饮片的疗效,进一步明确七味白术散治疗菌群失调腹泻的机理,为临床应用提供科学依据.[方法]应用抗生素建立菌群失调小鼠腹泻模型,分别灌胃给药七味白术散传统汤剂和超微50％量七味白术散汤剂.治疗结束后,提取肠道内容物微生物宏基因组DNA,建立16S rRNA基因文库进行测序.[结果]肠道微生物中的群落由乳酸菌(Lactobacillus spp.)、屎肠球菌(Enterococcus feacium)、梭状芽孢杆菌(Clostridium spp.)、黏液真杆菌(Blautia producta)、毛螺旋菌(Anaerostipes spp.)、腐生性葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)和不能培养的细菌组成,其中乳酸菌为优势菌,占全部细菌DNA克隆数的61.90％.经抗生素造模后Lactobacillus spp.数量明显减少,Enterococcus feacium成为优势菌种,Clostridium spp.、Blautiaproduct、Anaerostipes spp.和Staphylococcus saprophyticus等在数量上开始有增长的趋势,而治疗结束后,传统七味白术散治疗组和超微50％量七味白术散治疗组的Lactobacillus spp.比例均有所恢复,且超微50％量七味白术散治疗组的乳酸菌比例与正常组最接近;通过建立聚类树和计算各组中各菌群的多样性(H)、丰富度(S)、均匀度(E)及优势度指数(D)可知,超微50％量七味白术散治疗组可与正常组聚为一类,且超微50％量七味白术散治疗组各项指数与正常组最为接近,说明超微50％量七味白术散治疗组肠道微生物的基因文库及多样性与正常组最接近,超微50％量七味白术散汤剂的治疗效果优于七味白术散传统汤剂. [结论]应用16S rRNA基因克隆文库技术进一步明确了正常小鼠肠道中细菌群落的组成,以及七味白术散对菌群失调腹泻小鼠肠道细菌群落的恢复效果,超微50％量七味白术散汤剂的治疗效果优于七味白术散传统汤剂.

摘要： 本文对为何构建基因文库、如何构建基因文库、基因组文库与cDNA文库的区别、如何从基因文库中获取目的基因等几个教学疑难点进行了简要分析。

摘要： 普洱熟茶是云南地理标志产品,微生物在其品质形成中起着关键作用,但已有基于纯培养的研究未能完全揭示普洱熟茶发酵过程微生物群落结构与变化,尤其是对发酵过程细菌的种类研究较少.本文应用16S RNA基因文库技术,研究了1次普洱熟茶发酵过程细菌群落的结构与动态变化.建立了发酵原料(LD-0)、5天(LD-5)、10天(LD-10)、15天(LD-15)和20天(LD-20)发酵样品的5个克隆文库,每个文库挑选克隆子测序分别获得115-174序列,共747个序列.经分析按97％的相似性,每个文库分别归于4-20单一的可操作的分类学单位(OTUs).经序RDP Naive Bayesian rRNA Classifier Version 2.5检索Ribosomal Database Project鉴定发现这些OTUs属于Actinobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes and Proteobacteria 4个门,进一步分为Alcaligenaceae,Bacillaceae,Enterobacteriaceae等10个纲.Enterobacteriaceae是原料、5天发酵样和10天发酵样的优势菌;随着发酵进行,温度升高为40–60oC,Bacillaceae成为优势菌.有趣的是我们发现15天发酵样和20天发酵样的优势菌为凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans),该菌是一种经FDA认证的公认安全的耐热益生菌.研究提示今后可以人工接种B.coagulans发酵普洱茶,生产含有益生菌的普洱熟茶.

摘要： 微生物在土壤生态过程中起主要作用.它们与地面植物群落密切相关.本文通过对16S rDNA文库的分析,研究了位于中国西北部的河西走廊盐碱土中细菌多样性.从土壤中提取DNA后构建16S rRNA基因文库,利用RFLP方法进行文库筛选,确定了11类不同的系统发育种群.统计分析显示，在原生盐碱土，次生盐碱土和农田土这三种类型的土壤中细菌群落结构的分布和比例不同.对照土中存在5大细菌类群，其中Firmicutes为优势菌群:原生盐碱土中存在9大细菌类群，Firmicutes和y-proteobacteria为优势菌群;三个次生盐碱土样品存在很大差异，y-proteobacteria为其共同优势菌群.如Marinobacter, Halomonas和Pseudomonas这些嗜盆菌普遍存在于盐碱上中.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 分子生物学技术是以DNA重组(又称基因克隆或基因重组)技术为核心发展起来的,随着DNA合成,DNA序列分析,微量纯化技术,计算机技术,PCR技术,分子标记技术,基因敲除技术,基因芯片技术,杂交技术,文库构建,重组DNA,克隆技术,以及网络技术的产生和发展,分子生物学技术以惊人的速度覆盖了生命科学领域的方方面面,在畜牧业中得到广泛的应用.

摘要： 本发明涉及一种适用于高通量测序的全基因组mRNA3'末端文库的制备方法，通过模板转换合成cDNA一链及PCR引入突变，获取全基因组mRNA3’非翻译区DNA序列。本发明全基因组mRNA3'末端文库的制备方法制得的文库数据产出量大，样品准备步骤简便、经济，便于后期生物信息学分析，易于大规模应用。

摘要： 本发明涉及一种适用于高通量测序的全基因组mRNA3′末端文库的制备方法，通过模板转换合成cDNA一链及PCR引入突变，获取全基因组mRNA3′非翻译区DNA序列。本发明全基因组mRNA3′末端文库的制备方法制得的文库数据产出量大，样品准备步骤简便、经济，便于后期生物信息学分析，易于大规模应用。

摘要： 本发明采用部分重叠引物设计，以甲基化cDNA文库为模板，进行PCR扩增，利用DpnI酶切，及DMT感受态细胞降解甲基cDNA文库，筛选包含未知基因的克隆。将该方法应用于试剂盒中，将大大方便使用者快速从基因文库中钓取基因，具有效率高，简单、省时的优点。

摘要： 本发明涉及生物工程技术领域，具体提供一种sgRNA库、敲低基因文库及敲低基因文库的构建方法和应用。所述sgRNA库包括SEQ ID NO.1～1740所示的序列。所述构建方法包括利用sgRNA库、酶切质粒、T4DNA连接酶、pir E.coli感受态细胞和MFD pirE.coli感受态细胞等构建MFD敲低质粒文库，以及利用Tn7转座系统，通过细菌接合将MFD敲低质粒文库转移至肺炎克雷伯菌中并插入基因组稳定遗传的步骤。本发明可以快速高效的构建大规模敲低基因文库，并且不受必需基因无法敲除、敲除缺失、插入突变等的限制，获得的敲低基因文库可以用于对肺炎克雷伯菌的潜在药物作用靶点进行筛选。

摘要： 本发明公开一种用于多碱基基因测序的基因文库及其构建方法，特别是一种针对多碱基基因测序，并且3端不封闭的基因测序方法的基因测序文库及其构建方法。其仅适用于3端不封闭的多碱基测序。利用其奇数轮理想信号不完全相等或偶数轮理想信号不完全相同的方式构建文库，可以用于基因测序的后续校正。

摘要： 本发明公开了高通量自动化的微生物宏基因组16s rRNA基因文库构建的方法，具体涉及分子生物学领域，具体步骤如下：S1、配制反应液；S2、设置仪器参数；S3、芯片制备；S4、PCR扩增；S5、离心回收；S6、琼脂糖凝胶电泳回收；S7、文库质控。本发明通过一种利用MSND自动化平台构建文库的方法，可以同时进行384个样本的建库，大大提升了芯片制备的通量和效率，实现了仪器自动化，节省了人力，提高了建库的通量、减少了实验成本、降低了样本的起始量，本方法仅需要切胶回收后的样本进行一次qPCR定量即可直接上机测序，更为高效，节约了试剂使用量并省去了繁琐的质控、pooling等步骤，仍能获得和常规建库方法一致的测序结果。

摘要： 本发明涉及一种基因文库的构建方法、待测核酸样本基因突变的检测方法及试剂盒。该基因文库的构建方法包括基于待测核酸样本，进行末端修复，加A，获得经修复的末端加A的核酸样本；然后和组合标签接头进行连接，以便获得连接有组合标签接头的核酸样本；扩增以便获得所述测序文库；所述组合标签接头含有组合标签和接头序列，所述组合标签包括至少两组标签，所述至少两组标签的每一组含有至少两个标签序列，其中每一组内任意标签序列间的汉明距离大于等于2，每一组间任意标签序列间的汉明距离大于等于1。由此构建的文库进行测序，可以提高测序质量以及降低样本间的污染，可以应用于肿瘤多基因的突变检测，从而在临床上用于肿瘤的预防和诊断。

摘要： 一种基于高通量基因测序建立粪便菌群基因文库的方法，该方法采用“巢式PCR”的方法对以16S rDNA进行富集扩增，最大限度减少了宿主和食物残渣基因组污染，同时将V3和V6组合，进行特异扩增并进行大规模并行测序，获得菌群的靶标基因序列库。利用该文库，能够将菌群鉴定从属(Genus)级别，提升至种(Species)级别。本发明的方法可以最大限度避免宿主细胞核酸干扰，完全且高效检测全部细菌种类16S rDNA标签序列，从而准确确定肠道菌群生态结构。

摘要： 本发明公开了BIBAC基因文库混合池的构建方法及其混合池和基因的快速筛选方法，BIBAC基因文库混合池的构建是将每一块文库保存板中每一列中的16个孔内的单克隆菌液合并成一个一级混合池；将每一块文库保存板所对应的一级混合池合并成一个二级混合池；每10个二级混合池合并成为一个三级混合池。基因的快速筛选方法是以三级混合池为第一步筛选的模板，用设计的引物进行PCR，筛选得到阳性克隆池；然后逐一以得到阳性克隆池所对应的混合池为筛选的模板，最后得到阳性克隆；根据各步骤所得到的阳性克隆的片段大小或测序比对，确定目的基因。所构建混合池能准确地找到任何单拷贝序列，基因的快速筛选方法可节省大量工作量和大量成本。

摘要： 本发明采用部分重叠引物设计，以甲基化cDNA文库为模板，进行PCR扩增，利用DpnI酶切，及DMT感受态细胞降解甲基cDNA文库，筛选包含未知基因的克隆。将该方法应用于试剂盒中，将大大方便使用者快速从基因文库中钓取基因，具有效率高，简单、省时的优点。