系统进化树

摘要： 为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显示,所采病虾均为EHP阳性,采样地区EHP 18S rRNA基因具有高度同源性,为98.5%~100%.对国内外EHP基因序列进行同源性分析,其同源性为86.2%~100%,所采EHP与印度EHP聚为一个分支. EHP 18S rRNA基因序列与其他水生生物微孢子虫18S rRNA均处于不同分支,表明18S rRNA可作为EHP的主要鉴别序列.将本研究所采EHP与NCBI中同源性较高的比氏肠胞虫和金头鲷微孢子虫比较分析,结果表明微孢子虫基因序列同源性与宿主进化发育程度有关,宿主之间进化距离越近,则微孢子虫基因序列同源性相聚越近.

摘要： 目的分析2020年北京市门头沟区急性胃肠炎病例诺如病毒分子流行病学特征。方法对2020年门头沟区急性胃肠炎散发监测病例、聚集性疫情样本及流行病学资料进行系统收集和回顾性分析。采用实时荧光定量聚合酶链式反应对样本进行检测,GⅡ组阳性样本使用一步法逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增,阳性扩增产物进行聚合酶区和衣壳区片段测序,并构建系统进化树。结果共收集126件样本,诺如病毒检出率为34.13%(43/126),其中GⅠ组检出率为1.59%(2/126),GⅡ组检出率为32.54%(41/126)。聚合酶区和衣壳区测得基因型包括:GⅡ.2[P16]、GⅡ.6[P7]、GⅡ.4[P16]和GⅡ.3[P12]。引起急性胃肠炎聚集性疫情的诺如病毒基因型为GⅡ.2[P16]、GⅡ.6[P7]和GⅡ.3[P12]。2015-2020年散发监测病例中诺如病毒的检出率呈每2~3年出现一个高峰的现象,不同年份间诺如病毒的检出率比较,差异有统计学意义(χ^(2)=11.765,P=0.038),且每年检出的诺如病毒均以GⅡ型为主。结论2015-2020年门头沟区散发监测病例诺如病毒的检出率呈每2~3年出现一个高峰的现象,且每年检出的诺如病毒均以GⅡ型为主。2020年诺如病毒GⅡ型流行基因型呈多样性。

摘要： 为查明中山市某鸽场病鸽的病因,进而制定合理的治疗方案,对中山市某鸽场的肉鸽进行了病理剖检,细菌分离、培养、纯化,特性观察,镜检,16S rDNA测序,序列分析及构建进化树判断疑似致病菌。方法:利用家禽生理解剖技术对肉鸽进行解剖,培养肝脏及粪便中所分离的疑似致病菌。对疑似病原菌进行革兰氏染色、基因组DNA提取、PCR扩增及测序,进而进行同源性比对,选择合适的菌株构建系统发育树。结果:从病鸽肝脏分离到一株疑似病原菌20210801.OX1,革兰氏染色呈红色,DNA跑电泳的结果显示在1500bp,根据测序结果构建进化树的结果初步判断肉鸽分离的疑似致病菌为弗氏志贺氏菌。

摘要： 为鉴定获取春尺蠖嗅觉受体基因,初步探究雌雄差异表达受体基因在对气味分子识别中的作用,基于本实验室已测春尺蠖雌雄成虫转录组数据,共筛选鉴定13个嗅觉受体(odorant receptor,OR)蛋白基因,分别命名为AcinOR1~AcinOR13,并对其信号肽、分子量、等电点进行了预测,同时进行了序列对比与进化关系分析,初步分析雌雄成虫中13个嗅觉受体蛋白基因的差异表达情况。结果发现,AcinOR1~AcinOR13长度在68~415 aa之间,分子量在7.91~47.32 kDa之间,等电点在4.42~10.03之间,均未发现信号肽。系统进化分析发现,AcinOR2/AcinOR5/AcinOR13、AcinOR13/AcinOR7分别聚在一支上,同时AcinOR1/BmorOR10、AcinOR4/HarmOrco、AcinOR10/EoblOR4、AcinOR3/EoblOR29和AcinOR8/ScinOR5聚在一支上;此外,表达分析结果发现,AcinOR6和AcinOR9呈雌性高表达,AcinOR1呈雄性高表达,其他基因在雌雄个体间表达无显著差异。本研究为探究春尺蠖的嗅觉受体基因的功能奠定了基础,同时为该虫生物防治提供新思路。

摘要： 【目的】旨在明确河南省开封市祥符区部分水稻长势弱,叶尖表现灰白干枯、扭曲干尖等症状的病因,为进一步研究水稻上该病害的发生危害规律和防治提供科学依据。【方法】通过改良贝尔曼漏斗法和直接浸泡法分离采集水稻地上部的线虫,挑取单条雌虫在胡萝卜愈伤组织上进行单雌扩繁,采用形态学和分子生物学相结合的方法对纯化培养的水稻线虫KF-1群体进行了种类鉴定。【结果】形态学结果表明待鉴定线虫与水稻干尖线虫(Aphelenchoides besseyi Christie,1942)的形态特征较一致。rDNA的ITS和28S rRNA基因中D2-D3区序列比对结果表明,待鉴定线虫与GenBank中水稻干尖线虫序列具有高度相似性,最高分别达到100%和98.98%。基于rDNA-ITS和28S D2-D3区序列构建的系统进化树结果与已知鉴定结果相一致,待鉴定线虫与其他水稻干尖种群位于同一高度支持的分支。【结论】通过形态和分子鉴定,确定了造成河南开封市祥符区部分水稻叶尖干枯的病原为水稻干尖线虫,这是河南东部地区首次发现该线虫的发生危害,应采取相应措施避免该线虫病害的进一步扩散蔓延。

摘要： 天然免疫系统是硬骨鱼类抵抗病毒感染的主要防御系统,三重基序(tripartite motif,TRIM)蛋白家族作为天然免疫系统的重要组成部分,参与病毒感染的免疫网络调控,其中,TRIM25已被证实在多种鱼类的免疫反应中发挥重要作用。本研究对鲤(Cyprinus carpio)trim25基因的16个拷贝进行了序列进化分析、共线性分析和功能域结构分析,并比较了各拷贝在组织中的表达和顺式调控位点的差异。序列比对和系统进化分析结果均显示,位于鲤11和12号染色上、结构完整的TRIM25的2个拷贝与金线鲃(Sinocyclocheilus grahami)和斑马鱼(Danio rerio)的TRIM25蛋白结构高度相似,与鲤科鱼类以外的其他物种的结构差异较大。基因共线性结果显示,trim25基因上下游基因在不同物种的进化过程中相对保守。鲤TRIM25蛋白的结构分析显示,在鲤TRIM25的16个拷贝中,有6个拷贝具有完整功能结构域,其中,各有5个拷贝在鲤的肝与脑组织中高表达。在构建的表达数量性状基因座(eQTL)调控网络中,在肝和脑组织中分别筛选到5个和17个顺式调控trim25基因表达的单核苷酸多态性(SNP)位点。本研究对鲤trim25基因多个拷贝的序列差异进行了比较,并对鲤与其他物种TRIM25的序列、进化关系和共线性相似度进行了比较,揭示了鲤trim25各拷贝间的结构多样性和在组织中的表达情况,筛选出了可能调控trim25基因表达的SNP位点,为今后研究鲤TRIM25相关的调控和抗病研究提供了理论依据。

摘要： 为掌握新疆南疆某规模牛场牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染的基因型,将该规模牛场所采集的血清样本经BVDV抗原ELISA检测阳性后作为PCR检测样本,针对BVDV基因组中5′-UTR、N^(pro)基因设计特异性引物,进行RT-PCR扩增,然后将目的基因进行测序、BLAST比对和序列分析,并构建系统发育树。结果显示,该规模牛场4份样本皆为BVDV-1c型。本研究结果为南疆规模牛场制定科学合理的牛病毒性腹泻防控措施以及选择相应疫苗提供了理论参考。

摘要： 将鮰鱼在4°C冷库中取得背部肌肉组织,进行真空包装,在4°C冰箱中贮藏7 d,分离得到2株细菌,分别编号为by 7-2、bs 7-3,进行细菌形态学观察、革兰氏染色、生化鉴定、16S rDNA测序及负染等。结果表明:菌株by 7-2在LB琼脂培养基上为圆形、湿润、白色菌落,菌株bs 7-3在LB琼脂培养基上为圆形、湿润、乳白色菌落;革兰氏染色镜检表明,2株细菌均为革兰氏阴性菌;负染结果表明,by 7-2为短杆菌,bs 7-3为长杆菌,且二者均无鞭毛;生化鉴定结果显示,菌株by 7-2和bs 7-3硝酸盐还原、精氨酸双水解酶、乙酰胺酶、分解木糖、分解麦芽糖、分解甘露醇、DNA酶和氧化酶实验均为阴性,菌株bs 7-3的利用柠檬酸盐和O-F实验为阳性,菌株by 7-2利用柠檬酸盐和O-F实验为阴性;进一步通过16S rDNA测序及系统发育树分析显示,by 7-2与约翰逊不动杆菌(Acinetobacter johnsonii)亲缘关系最近,相似度达99.90%,bs 7-3与抗辐射不动杆菌(Acinetobacter radioresistens)亲缘关系最近,相似度达99.79%。因此,菌株by 7-2为约翰逊不动杆菌,bs 7-3为抗辐射不动杆菌。

摘要： 目的:克隆斑马鱼多配体聚糖(SDC)4基因并分析其遗传进化关系,为探究斑马鱼SDC4基因的功能奠定分子生物学基础。方法:将分子克隆得到的斑马鱼SDC4基因全长cDNA利用Gibson组装方法构建至pCS2+载体并对其进行序列分析;利用qRT-PCR检测受精后1 d和3 d的AB、Tübingen(TU)野生型斑马鱼SDC4 mRNA表达量和胚胎发育前10 d的TU野生型斑马鱼SDC4 mRNA的表达差异;根据NCBI和ensemble网络信息,对斑马鱼SDC4、人SDC4和小鼠SDC4基因在染色体上的基因连锁信息作出分析,并利用MegAlign软件对斑马鱼SDC4、人SDC4和小鼠SDC4蛋白进行氨基酸序列比对分析其同源性,再应用MEGAX软件对不同物种SDC4蛋白构建系统发生树。结果:测序结果显示克隆得到的斑马鱼SDC4基因与ensemble公布的序列一致;AB、TU野生型斑马鱼在受精后前3 d的SDC4 mRNA表达差异无统计学意义(P>0.05),TU野生型斑马鱼SDC4 mRNA表达在胚胎发育前期呈现一定程度的母系遗传控制;染色体连锁基因座位图发现斑马鱼SDC4与人SDC4、小鼠SDC4的连锁基因不完全相同,蛋白序列比对分析斑马鱼SDC4蛋白与人SDC4、小鼠SDC4蛋白同源性分别为38.3%、44.2%,根据不同物种的SDC4氨基酸序列构建的系统发生树反映了生物进化的关系。结论:成功克隆了斑马鱼SDC4基因并对其进行了遗传进化分析,补充了斑马鱼SDC4的分子生物学信息。

摘要： 为了探究犊牛腹泻死亡的原因,本试验采集死亡犊牛胸腔液、肝脏组织、肠组织和粪便样品共4份,进行细菌分离培养、生化鉴定、16S rDNA测序。以1株肝脏样品分离的纯化菌为供试菌株进行小鼠致病性试验、毒力基因检测和药物敏感性试验,并用MEGA 6.0软件构建系统进化树。结果显示,从4份样品中分离的4株病原菌与大肠杆菌生长形态及生化特征一致,分离率为100%;16S rDNA序列与GenBank中大肠杆菌同源性为98%;肝脏样品分离菌命名为HCDE/17-1,其可在12 h内致小鼠死亡,用改良寇氏法计算其半数致死量(LD_(50))为1.38×10^(7) CFU/mL,毒力基因检测结果显示,astA、aggR基因呈阳性,表明该菌属致泻性大肠杆菌亚群肠聚集性大肠杆菌;药敏试验结果显示,分离株HCDE/17-1对庆大霉素、头孢唑林、苯唑西林、多西环素、复方新诺明、恩诺沙星、克林霉素等12种抗菌药高度耐药,对氯霉素、红霉素敏感;系统进化树结果显示,分离株HCDE/17-1与GenBank中10个大肠杆菌代表株形成2个大的分支,与菌株O112ab∶H8(登录号:CP062910.1)在同一个小的分支上,亲缘关系较近。结果表明,分离株HCDE/17-1为一种毒力较强的肠聚集性大肠杆菌,对抗菌药呈多重耐药,该菌可能是引起犊牛腹泻的主要原因,日常需加强监测,防止疫情流行。

摘要： 为了探讨怀集县铁厘茶竿竹和白水茶竿竹与其它茶竿竹亚属竹种之间在分子水平上的差异以及它们的分类地位,对包括铁厘茶竿竹和白水茶竿竹在内的9个茶竿竹亚属竹种的核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(ITS)序列进行分析,并构建系统进化树.结果表明,所有供试材料ITS全长在559～648bp,G+C含量变化范围为46.02％～57.65％,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹ITS全长分别为559bp和614bp,G+C含量分别为55.64％和57.65％.ITS序列构建的系统进化树显示:正种茶竿竹及其变种聚为一个大支,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹聚在一起.以上结果佐证了铁厘茶竿竹和白水茶竿竹是正种茶竿竹的2个变种.

摘要： 为研究犬猫蓝氏贾第虫基因分型及对比各基因位点的分型差异.采用多位点基因分型方法(MLST),通过普通PCR及套式PCR对采自广东犬和猫蓝氏贾第虫分离株的小亚基核糖体RNA(16S rRNA)、β贾第素(bg)和磷酸丙糖异构酶(tpi)三个基因位点进行扩增、克隆、测序、NCBI比对以及MegAlign软件分析,建立系统进化树,确定其基因型.结果发现1个样品为混合感染,既有A型又有F型,1个样品被tpi和16S rRNA同时鉴定为A型.研究结果表明,多位点基因分型方法比单位点或双位点基因分型方法更为精确,为我国贾第虫分子分类学研究奠定了基础.

摘要： 微孢子虫作为一种专营细胞内寄生的真核生物,具有广泛的寄主域,包括脊椎动物和无脊椎动物,几乎所有的昆虫都可能被微孢子虫侵染.蓖麻蚕微孢子虫寄生于蓖麻蚕,是蓖麻蚕原虫动物病的主要病原体.在之前的研究中发现,蓖麻蚕微孢子虫隶属于Nosema属,与家蚕微孢子虫有着较近的亲缘关系.为进一步丰富蓖麻蚕微孢子虫的分子生物学信息,本文克隆了蓖麻蚕微孢子虫的α-和β-微管蛋白部分基因.序列分析表明,蓖麻蚕微孢子虫与真正的Nosema属("true"Nosema)其它物种之间有着很高的基因相似性(≥96％).同时,基于α-、β-以及α-和β-微管蛋白序列的系统进化树的结果也表明,蓖麻蚕微孢子虫与家蚕微孢子虫聚类在同一分支,是真正的Nosema属成员.此外,通过数据分析认为通过对微孢子虫α-和β-微管蛋白基因的分析,可以为区分真正的Nosema属与Nosema/Vairimorpha属成员提供一定的依据.

摘要： 目的：获得版纳微型猪近交系(BMI)SRY基因编码区序列并进行分子系统进化研究。方法：以看家基因GAPDH为内参,对BMI猪的SRY基因编码区序列进行PCR扩增、克隆和序列分析,并应用Lasergene、BioEdit、Clusta1X、MEGA等生物信息学软件同鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹等15个物种相应SRY编码区核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对分析,在此基础上采用NJ和ME法对其编码区氨基酸序列构建了分子系统进化树。结果：BMI猪SRY基因编码区序列长711 bp,编码236个氨基酸,GentBank登录号为GLJ991615。BMI猪与鲸鱼、海豚、鹿、绵羊、牛、海豹、马、海象、熊猫、人、驴、熊、猫、虎和美洲豹的SRY基因编码区核苷酸序列相似性分别为83.7%、82.8%、78.4%、78.0%、76.9%、73.3%、73.1%、73.0%、72.9%、72.7%、72.7%、72.2%、71.6%、71.3%、70.8%,相应的氨基酸序列相似性分别为72.8%、54.5%、67.3%、64.5%、61.5%、61.9%、59.5%、61.4%、62.0%、59.1%、59.0%、62.0%、59.6%、59.6%、59.2%。结论：BMI猪同鲸鱼等15个物种的SRY基因编码区核苷酸和相应氨基酸序列具有较高的保守性。NJ和ME方法聚类构建的分子系统进化树表明,BMI猪与牛、绵羊、鹿聚为一个分支,符合分类学地位,它们分别为偶蹄目下的猪科、牛科和鹿科动物。

摘要： 传染性支气管炎(IB)是由传染性支气管炎病毒( IBV)引起的一种鸡的急性、高度接触传染性传染病，影响肉鸡的品质，造成蛋鸡产蛋量和蛋品质的下降，是给养禽业造成巨大经济损失的元凶之一。本研究对我国2009-2010年间13个省市的40株IBV分离株的S1基因进行序列测定，通过序列比对和系统进化树分析，了解目前我国流行的IBV毒株基因序列的变异情况，分析目前流行毒株的基因型，以期为IB的防治和疫苗的选择提供科学依据。

摘要： 为探讨分离之河南滑县、武陟等12个地域的猪源肠球菌的亲缘关系，采用对其16S rDNA基因的RFLP分析、序列分析、及系统进化树的构建等方法，对这12株疑似猪源肠球菌进行了研究：结果显示：12株分离株均与肠球菌同源性最高，同源率达98.1％-100％;而与猪链球菌同源率最高才达85.5％，且进化树中，12株菌株均位居与猪链球菌并列的肠球菌主干分支中。HandⅢ，XbaⅠ，ECORⅠ分别对这12株球菌的16SrDNA-RFLP分析发现，它们在该片段上有限制性位点，但没有产生限制性片段长度多态性;而HinfI单酶切结果出现了限制性片段长度多态性，且12株分离株可分为两大rDNA图谱类群，与实际测序分析的酶切位点相一致，且找到鉴定肠球菌的-350bp的分子标记,说明所分离这12株球菌均是肠球菌，且不同地理种群已出现分化。

摘要： 本研究应用FAO和ILRI推荐的18对微卫星引物，并结合荧光PCR在测序仪上进行片段分析技术，对中国五大生态类型9个地方马品种和1个英纯血马群体进行了遗传多样性检测。17个微卫星位点在10个马品种中显示出高度多态性。等位基因数、多态信息含量和遗传杂合度等数据表明：中国地方马品种的遗传多样性较为丰富，五大生态类型的地方品种各项遗传多态性指标都高于英国纯血马。在这10个马品种中，云南马在期望杂合度(HP)、多态信息含量(PIC)和等位基因丰富度(AR)等遗传指标上都表现出了最高值，表明我国的云南马蕴含着很大的遗传多样性潜力。系统进化树NJ图能够清晰地将纯血马从中国马中独立出来，同时中国地方马种被分为四个枝，基本上与五大生态类型马种的地理格局相符。我们用主成分对系统发生关系进行了进一步的验证，结果证实了上述系统发生关系的可靠性。

摘要： 参考Genebank上收录的PUR46-MAD株(NC-002306)、TS株(DQ201447)和Purdue-115株(Z34093)核苷酸序列，设计并合成16对引物，应用RT-PCR技术成功地分16个片段扩增了猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)SC-Y株全长基因组序列，将这16个基因片段克隆，并测定其核苷酸序列。应用生物软件BioEdit对各测序结果进行序列拼接，确认SC-Y株基因组全长cDNA 28590 bp(GenBank收录号DQ443743)，共包含7个开放阅读框。基因组5’端非编码区长315 nt，3’端非编码区长277nt。与Miller-M60株、Miller M6株和TS株相比，SC-Y株S基因缺失6个碱基。通过构建结构蛋白基因(S、sM、M和N)系统进化树，结果表明，SC-Y株可能与美国Purdue株来源于共同的祖先病毒。密码子偏爱性分析结果认为猪传染性胃肠炎病毒对以T和A结尾的密码子表现轻微的偏爱性，病毒基因表达选择酵母等真核系统可能更为合适。

摘要： 为研究雏鹅感染鹅细小病毒后微生物区系的变化规律，建立了鹅粪细菌的16S rRNA文库。通过16S rRNA PCR-DGGE电泳分析技术，从鹅粪的16S rRNA文库中获得了5个优势条带进行测序分析。BLAST分析结果显示，在鹅粪的5个优势菌群中，其中4种菌分别与大肠杆菌属、芽孢杆菌、乳酸杆菌、肠球菌成员有96%以上的同源性，而感染GPV后肠道优势菌群则增加了沙门氏杆菌，说明感染GPV后鹅肠道菌群发生了根本性的改变。

摘要： 为研究雏鹅感染鹅细小病毒后微生物区系的变化规律，建立了鹅粪细菌的16S rRNA文库。通过16S rRNA PCR-DGGE电泳分析技术，从鹅粪的16S rRNA文库中获得了5个优势条带进行测序分析。BLAST分析结果显示，在鹅粪的5个优势菌群中，其中4种菌分别与大肠杆菌属、芽孢杆菌、乳酸杆菌、肠球菌成员有96%以上的同源性，而感染GPV后肠道优势菌群则增加了沙门氏杆菌，说明感染GPV后鹅肠道菌群发生了根本性的改变。

摘要： 本发明公开了一种用于量化生物进化树间相似度的新算法。属于生物信息学和进化生物学领域。依据本发明中关于生物进化树间相似度的度量方法步骤和实施方案，提出了具体计算生物进化树相似度的方法，为生物学领域中生物进化树的物种间系统发育及相关方法研究、类似的树形结构图之间的比较研究提供参考。

摘要： 本发明公开了一种用于量化生物进化树间相似度的新算法。属于生物信息学和进化生物学领域。依据本发明中关于生物进化树间相似度的度量方法步骤和实施方案，提出了具体计算生物进化树相似度的方法，为生物学领域中生物进化树的物种间系统发育及相关方法研究、类似的树形结构图之间的比较研究提供参考。

摘要： 本发明公开了一种近视发展进化树建立方法，首先获取样本个体的视网膜预设区域的近视参量分布图，视网膜预设区域位于视网膜除黄斑区以外的区域，然后将各个样本个体划分为多个分组，各个分组分别对应不同的近视发展程度，并对于每一分组，获得本分组的代表性近视参量分布图，进一步获取任意的上一近视发展程度对应分组的任一代表性近视参量分布图与下一近视发展程度对应分组的任一代表性近视参量分布图的相似度，根据各个分组的代表性近视参量分布图以及相似度数据建立近视发展进化树。本发明实现根据周边视网膜的近视参量分布建立近视发展进化树，能够用于指导评估近视发展风险。本发明还公开一种近视发展风险评估装置。

摘要： 本实用新型公开了一种展示生物进化树的互动展示装置，包括底座，所述底座上设置有至少一个生物进化树模型，所述生物进化树模型的枝头上嵌设有电磁铁和射频传感器，所述生物进化树模型的树干和每一条树枝上分别铺设有一灯带，每一树枝上的灯带分别延伸至对应的枝头；所述展示生物进化树的互动展示装置还包括至少一张卡片，所述卡片内嵌设有铁片。本实用新型可以让观众自己动手去摆放进化树上每一个物种的位置，从而使观众在动手、动眼、动脑的互动体验中更好的理解生物进化的知识，具有很好的实用性和推广价值。

摘要： 本发明公开了一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法。本方法为：1)对系统进化基础大树进行分割，并记录分割次数、分割权值以及每个叶子节点的关系链，然后存储到数据库中；2)根据物种子名录中的物种名称确定一物种子名录列表，从数据库中查找匹配的节点元素列表，并建立该子名录列表与该节点元素列表的映射关系；3)从数据库中检索该节点元素列表中每个节点元素的关系链和节点权值；4)将关系链两两之间进行比对，形成节点元素的分组关系；5)根据节点元素的节点权值和分组关系，计算每个节点元素在系统进化子树中对应的权值；生成并输出该物种子名录对应的系统进行子树。本方法能满足根据名录快速构建生物样方中生物进化关系等需要。

摘要： 本发明属于应用生物信息学技术领域，涉及一种系统进化树的重建方法。该方法首先选定特定的序列标记片段进行检索并筛选相关的序列数据并组织成.fasta格式文件作为基础数据集；随后对基础数据集进行基础系统发育树的构建并生成.XML系统发育树文件，同时构建基础BLAST库；然后综合基础数据集和新输入的自测序列数据进行系统发育树的重建并生成.XML文件，然后可视化和标注自测序列数据代表的样本物种在整棵大树中的位置等信息。该方法是一种基于初始大树构建和同源相似性比对的快速算法相结合的方法，可以用于生物系统发育、生物条形码、生物物种鉴定等相关领域的大系统发育树重建和web应用。

摘要： 本发明提供了一种基于系统进化树的泛基因组构建方法和构建装置。该构建方法包括：对不同株系的菌株进行系统进化树构建，得到系统进化树；根据不同株系的菌株在系统进化树上的不同位置，按照从底层到顶层的方向两两聚类，逐层进行泛基因组构建，得到不同株系总的泛基因组。该方法从底层到顶层的泛基因组构建，不仅解决了现有方法中比对结果不准确的问题，而且使得每一个进化节点的泛基因组都可以得到，从而可以从更加细致的进化角度来分析存在/缺失变异结果。

摘要： 本发明公开了一种基于大树构建子树的系统进化树重建方法。本方法为：1)对系统进化基础大树进行分割，并记录分割次数、分割权值以及每个叶子节点的关系链，然后存储到数据库中；2)根据物种子名录中的物种名称确定一物种子名录列表，从数据库中查找匹配的节点元素列表，并建立该子名录列表与该节点元素列表的映射关系；3)从数据库中检索该节点元素列表中每个节点元素的关系链和节点权值；4)将关系链两两之间进行比对，形成节点元素的分组关系；5)根据节点元素的节点权值和分组关系，计算每个节点元素在系统进化子树中对应的权值；生成并输出该物种子名录对应的系统进行子树。本方法能满足根据名录快速构建生物样方中生物进化关系等需要。

摘要： 本发明属于应用生物信息学技术领域，涉及一种系统进化树的重建方法。该方法首先选定特定的序列标记片段进行检索并筛选相关的序列数据并组织成.fasta格式文件作为基础数据集；随后对基础数据集进行基础系统发育树的构建并生成.XML系统发育树文件，同时构建基础BLAST库；然后综合基础数据集和新输入的自测序列数据进行系统发育树的重建并生成.XML文件，然后可视化和标注自测序列数据代表的样本物种在整棵大树中的位置等信息。该方法是一种基于初始大树构建和同源相似性比对的快速算法相结合的方法，可以用于生物系统发育、生物条形码、生物物种鉴定等相关领域的大系统发育树重建和web应用。

摘要： 本发明涉及一种针对目标生物的目标基因建立系统进化树的方法，所述方法包括如下步骤：1)数据的获取；2)序列的比对和分析；和3)系统进化树的构建；其中，在所述第1)步骤中，下载所述目标基因的蛋白的结构域，通过基因组或蛋白组已经测序完成的生物蛋白数据库搜索获取含有所述结构域的序列，并使用基因组或蛋白组已经测序完成的生物的目标基因搜索近缘植物的蛋白序列。由于本发明方法包括上述步骤，尤其是从物种亲缘关系和基因组或蛋白组完成测序的数据库两方面予以结合，因此可以建立更加准确的系统进化树。