密码子

摘要： 为进一步了解猪圆环病毒2型(PCV2)分子进化特点,以PCV2主要蛋白编码序列ORF1和ORF2为研究对象,对74株不同亚型(2a-2e)PCV2进行核酸组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)、有效密码子数目(ENC)、中性绘图和密码自适应指数等生物信息学分析,以了解PCV2密码子使用模式及其影响因素。结果显示,相比AU含量,PCV2 GC含量较低(低于50%),但更倾向于使用以C和U结尾的密码子;RSCU值和对应分析显示在密码子使用上,各亚型PCV2间差异较小,但PCV2各亚型与寄主Sus.s间则存在较大的差异;ENC分析和中性分析显示,相比突变压力,各亚型PCV2密码子使用模式受到较大程度的自然选择的影响;CAI值分析结果进一步确定,相比PCV2c和PCV2e,PCV2a、2b和2d在密码子使用上更适应其寄主。论文揭示了自然选择是影响PCV2密码子使用模式的重要因素,并分析了影响各PCV2亚型流行的因素,该结果有助于PCV2分子进化的研究和理解该病毒在其寄主内翻译的机制。

摘要： 利用Codon W等软件,对木薯叶绿体基因组55条蛋白编码序列的密码子进行了分析。发现木薯叶绿体基因组密码子的GC分布不均匀,平均含量为37.81%,其中GC1、GC2、GC3的含量分别为46.64%、39.19%和27.58%;GC3s的平均含量为24.46%,表明木薯叶绿体密码子中A或T的使用频率高于G和C。有效密码子数(ENC)的平均值为47.57,说明木薯叶绿体基因组密码子的偏好性较弱。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明木薯叶绿体基因组密码子的使用偏好主要受选择的影响。RSCU>1的密码子共有30个,其中97%的密码子以A或T结尾,再次证明木薯偏爱使用以A或T结尾的密码子。筛选出最优密码子9个,分别是TTG、TCA、CCA、CAT、AAT、GAT、CGA、AGA、GGA。

摘要： 【目的】解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征。【方法】采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序,经组装和注释后,对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析,并使用maximum likelihood法构建高粱泡与48个悬钩子属及2个路边青属植物的系统发育树。【结果】高粱泡叶绿体基因组结构为经典四段式结构,其大小为156266 bp,总GC含量为37.2%,大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为85849和18855 bp,反向互补重复区长度为25781 bp,共注释131个基因,包含86个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。高粱泡叶绿体基因组密码子中有33个以A、U结尾,18个密码子确定为最优密码子;ENC-plot等绘图分析揭示其密码子偏好性更多地受自然选择影响。系统发育树表明:高粱泡与棕红悬钩子亲缘关系最近,其次是蛇泡筋和锈毛莓。【结论】高粱泡的叶绿体基因组相对较大,且较为保守,并与棕红悬钩子亲缘关系最近。研究结果可为高粱泡乃至悬钩子属植物叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考。

摘要： 朱蕉(Cordyline fruticosa)是一种常见的园艺植物,广泛分布于亚洲、大洋洲、南美洲等热带地区。为了明确朱蕉叶绿体基因组特征,了解其系统发育地位,利用Illumina测序技术对其叶绿体基因组测序后,进行中线性绘图、ENC-plot、PR2-plot和SSR位点等相关数据的挖掘和分析。结果表明:朱蕉叶绿体基因组全长154488 bp,GC含量为38%,其中大单拷贝区长85279 bp,GC含量为36.1%,小单拷贝区长20325 bp,GC含量为32.6%;双向重复区分别长24442 bp,GC含量分别为43.4%。注释得到131种基因,其中unigenes的有111种,包括了78种蛋白编码基因,rRNA基因4种和tRNA基因29种。以朱蕉与龙舌兰科中19种植物的叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示朱蕉与蓝朱蕉(Cordyline indivisa)的亲缘关系最近。朱蕉叶绿体基因组GC_(3)、GC_(1)与GC_(2)的碱基含量分别为29.47%、46.45%和39.14%,GC_(3)的碱基含量低于GC_(1)和GC_(2),说明密码子末尾偏好以A、U结尾;ENC的取值范围为35.48~59.44,表明朱蕉密码子偏好性较弱;ENC-plot分析可知ENC频数比值在-0.05~0.05之间的有20个,表明密码子偏好性主要受自然选择压力的影响;PR2-plot分析中,T>A,G>C,说明朱蕉叶绿体基因组受多种因素的影响;以RSCU值和ENC值作为参考,确定17个密码子为最优密码子。在检测到的91个SSR位点中五核苷酸最少(3个),单核苷酸最多(55个),SSR位点中以A、T(A/T、AT/AT和AAAT/ATTT)为重复单元的占76.92%。说明朱蕉叶绿体基因组SSR位点多以A、T重复单元为主。研究结果可为朱蕉乃至朱蕉属植物分类及系统进化提供理论依据。

摘要： 为研究和比较毛茛科和芍药科叶绿体基因组密码子使用模式和系统进化关系,以完成测序的毛茛科33种植物、芍药科7种植物叶绿体基因组为材料,采用分析软件CodonW在线软件CUSP和R软件对叶绿体基因进行密码子特征分析。用MAFFT软件,MEGA软件进行系统发育分析。研究结果表明芍药科植物叶绿体基因组和毛茛科植物(耧斗菜属除外)叶绿体基因组高频密码子一致性高,具有29个高频密码子,基本偏向与于A/U结尾,但最优密码子存在差异。毛茛科和芍药科叶绿体基因组密码子偏好性的形成因素主要受自然选择的影响,且芍药科叶绿体基因组密码子偏好性受自然选择的影响大于毛茛科。基于叶绿体基因组全序列和基于叶绿体基因组CDS序列的系统进化关系表明,芍药科基于叶绿体基因组全序列和基于叶绿体基因组CDS序列的系统进化关系虽然部分不同,但都可以被划分为芍药组和牡丹组。毛茛科基于叶绿体基因组的系统进化关系不符合中国植物志分类关系,但支持把毛茛科划分为4亚科14族。系统进化分析结果也支持芍药科独立于毛茛科和毛茛目,被划分到虎耳草目,同时证明了叶绿体基因组作为超级DNA条形码的可行性。

摘要： 统计了酿酒酵母基因组中mRNA密码子使用和茎环结构与翻译延伸速率的相关性。结果表明,所有稀有密码子都具有慢速解码的特点,富含GC比富含AU的密码子解码速度更慢。在密码子水平上,纯茎(环)结构对快慢翻译速率的偏好性不明显,而当一个密码子的前2位碱基处于茎结构中,以及第3位碱基处于环结构中时,这类杂合结构显著偏好慢翻译区,上述统计证据支持这样的观点,即mRNA的密码子使用和茎环结构是调节翻译延伸速率的关键因素。

摘要： 为确定瑶药紫九牛叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,该研究以紫九牛叶绿体基因组50条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP和Chips分析其密码子偏好性。结果表明:(1)RSCU>1的密码子有29个,其中有28个以A/U结尾,说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾。(2)紫九牛叶绿体基因组密码子的GC含量GC_(1)(47.38%)>GC_(2)(39.81%)>GC_(3)(29.60%),ENC值大于45的有40个,说明紫九牛叶绿体基因组存在较弱的偏性。(3)中性绘图分析和ENC-plot分析说明了紫九牛叶绿体基因组密码子的偏好性既受到选择的作用,又受到突变因素的影响。(4)通过构建的高低基因表达库最终确定了15个最优密码子,分别为UUG、AUU、GUU、GUA、UCU、CCU、ACU、ACA、GCU、CAA、AAC、GAA、UGU、CGU和GGU。该研究为紫九牛叶绿体基因组的确定以及遗传多样性分析提供了依据。

摘要： 为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率,并运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较.结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾,说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强;有效密码子数(ENC)范围为30～60,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值小,偏好性较强;PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示,G>C、U>A;杜仲与代表性物种的GC含量分析显示,杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析显示,杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大.杜仲是我国特有的珍贵中药材,对其进行密码子使用模式分析,并研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供了理论基础.

摘要： 为了解蒜头果叶绿体基因组密码子的使用偏性,利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对蒜头果叶绿体基因组中33个基因的密码子进行中性绘图,应用ENC-plot、PR2-plot绘图分析并确定了其最优密码子.结果 表明:蒜头果叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC含量为28.43％,远低于第1位(47.74％)和第2位(41.05％),RSCU值大于1的密码子有30个,其中12个以A结尾,16个以U结尾,说明蒜头果叶绿体基因组的编码基因偏好以A和U结尾.GC12和GC3的相关系数为0.1646,相关性不显著,回归系数为0.0004;有效密码子数(ENC)范围为40.39～54.86,大于45的有25个,ENC比值主要分布在-0.05～0.05之外.蒜头果叶绿体基因组中的大部分基因分布在PR2平面图的下半部或右下半部,说明蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性更多地受选择的影响,同时亦受其他因素的影响.蒜头果叶绿体基因组的最优密码子确定为UUU、UUA、GUA等18个.

摘要： VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答.为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好性分析,同时将VP1基因密码子使用频率与大肠杆菌、毕赤酵母、昆虫杆状病毒和哺乳动物细胞表达系统作了比较.结果显示,VP1基因的CAI为0.21,ENC为55.43,GC3S为65.26％,表明该基因密码子使用偏好较弱并且密码子偏好以G/C碱基结尾.结合VP1基因与各表达系统密码子使用频率比值,发现其与昆虫杆状病毒表达系统频率比值差异最小且CAI最大,因此推断昆虫杆状病毒表达系统是FMDV VP1基因最适体外表达系统.本研究为FMDV亚单位疫苗研制等提供了技术基础.

摘要： 背景：Kras和Braf突变激活MAPK(mitogen-activated protein kinase)通路,促进结直肠癌前期病变的恶性转化,是"腺瘤-结直肠腺癌"通路中的一个重要分子事件.研究结直肠癌前病变Kras和Braf的突变状况,可能提示结直肠癌早期分子变化. 方法：临床病例和标本类型：分析浙二医院结直肠癌前期病变临床和病理特征4302例,随机挑选其中2011年1月至2014年10月间结直肠腺瘤肠镜活检标本石蜡组织495例,分析KRAS密码子12,13和BRAFV600E的突变状况. 结果：在495例被挑选的结直肠癌前期病变中，KRAS突变的143例，占28.9 %。这143例KRAS突变的癌前期病变里，男性93 (93/311，29.9%)例，女性50 (50/184，27.1 %)例。位于左半结肠的97(97/349，28%)例，位于右半结肠的46(46/149，30.9%)例。增生性息肉20(20/65，30.8%)例，低级别上皮内瘤变85(85/339，25.1 %)例，高级别上皮内瘤变38(38/93，40.8%)例。在85例突变的低级别上皮内瘤变中，管状腺瘤24（24/155，15.5%）例，管状绒毛状腺瘤46(46/123，37.4%)例，锯齿状腺瘤12(12/52，23.1%)例，绒毛状腺瘤3(3/7)例。 143例KRAS突变的腺瘤中，101例(70.6%)为12密码子单碱基突变，30例(21%)为13密码子单碱基突变，12例(8.4%)为不同碱基的同时突变或者同一个碱基两个以上的突变。总共155个突变中，97例(62.6%)为移码突变（transition mulation），50例(37.4%)为颠换突变（lransversion mulation)。最常见的突变是G12D(CGT-CAT)，该突变类型占所有突变的43.4%。 总共77例癌前期病变被发现有BRAFV600E突变，其中45例为男性，32例为女性。18例(18/149，12.1%)位于右半结肠，59(59/346，17.1%)位于左半结肠。24例为增生性息肉，48例为低级别上皮内瘤变，5例为高级别上皮内瘤变。在BRAF突变的低级别上皮内瘤变中，10例为管状绒毛状腺瘤，8例为管状腺瘤，26例(26/52,50%)为锯齿状腺瘤，4例为绒毛状腺瘤。 结论：KRAS突变更常见于具有绒毛状结构的腺瘤和高级别上皮内瘤变：BRAF突变与锯齿状腺瘤和增生性息肉有关；很多增生性息肉在形态学上可能没有不典型增生，但是在分子水平，可能已经有恶变的潜能；KRAS和BRAF参与了腺瘤-腺癌通路的两条不同路。

摘要： 采用高频密码子分析法,对白梨(Pyrus bretschneideri)、西洋梨(Pyrus communis)、砂梨(Pyrus pyriolia)、秋子梨(Pyrus ussuriensis)4种梨种类的蛋白质编码基因序列(Codon DNA sequence,CDS)进行了同义密码子相对使用频率计算,鉴定出了不同种类梨的高频密码子,发现其在密码子的使用上具有较高的一致性,最后对密码子的使用进行了讨论.

摘要： 不同物种间密码子偏爱性存在一定差异，将影响到外源基因在宿主中的表达效率，可通过密码子优化提高外源基因的表达水平。fat-1基因和牛肌肉蛋白相关基因的最优密码子使用大多不一致，fat-1基因简并密码子的第3个碱基倾向于使用A、T，而在牛肌肉中倾向于使用C、G。本研究替换了fat-1在牛肌肉中的限速密码子，并加上了Kozark保护序列，以期获得高效表达fat-1基因的转基因牛。本研究构建的表达载体含有GFP和neo基因，能够表达绿色荧光蛋白和抗新霉素，能够有效的筛选转基因阳性细胞。本研究为后期生产fat-1转基因肉牛提供了研究基础。

摘要： 猪干扰素-α(PoIFN-α)具有广谱的抗病毒作用.目前,重组猪干扰素-α大都通过大肠杆菌表达系统获得,但均以不可溶、无活性的包涵体形式存在.本研究中,通过优化密码子、筛选低温诱导表达载体以及优化表达条件,获得了可溶的、具有生物活性的重组猪干扰素-α8.首先,将密码子优化后的猪干扰素-α8克隆至低温表达载体pColdⅡ,然后将该重组表达载体转化入大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3),并通过IPTG诱导表达.通过优化IPTG的诱导浓度和诱导时间,最终获得可溶表达的重组猪干扰素-α8.随后,利用镍柱对所得重组蛋白进行纯化,最终的纯化蛋白量可达100mg/L培养液,经Western blot验证.该纯化蛋白对水疱性口炎病毒的抗病毒活性达1.0×109IU/mg.本研究提供了一种可生产大批量具有可溶性和生物活性的重组猪干扰素-α8的方法,可用于研究和生产.

摘要： 根据本实验室构建的pMD19-T-Gal-1序列,参照酵母密码子的偏好性,设计合成Gal-1成熟肽片段新基因,并在其3'端添加6×His序列以检测Gal-1的表达情况.将合成的目的基因克隆入分泌型表达载体pPIC9K载体中,构建表达载体pPIC9K-Gal-1-His.pPIC9K-Gal-1-His经Sal Ⅰ酶切线性化后电转化导入毕赤酵母菌株GS115,G418抗性筛选,得到高拷贝转化子,经PCR检测Gal-1-His基因与毕赤酵母染色体稳定整合.阳性克隆用甲醇诱导,Tricine-SDS-PAGE分析和Western-blotting鉴定表达上清液,结果在约6KD处可见特异性条带,可见鸡β-防御素-1基因已成功整合到酵母细胞基因组中并获得表达.该研究将为Gal-1的高效表达和生物学活性研究奠定基础.

摘要： sfatl基因综合考虑猪和小鼠的密码子使用频率后对其密码子进行了优化，在其阅读框外引入了SalI和NotI等酶切位点，连接至pUC57克隆载体上，经过测序验证载体构建成功，再经过SalI和NotI酶切回收后连接至脂肪特异性表达载体L28上，命名为FAB P4-sfatl-polyA-neo。经酶切，测序鉴定，sfatl脂肪特异性单标记载体构建成功。

摘要： 在Genebank上查出人乙醛脱氢酶2cDNA,根据毕赤酵母(Pichia pastoris)密码子偏好性,对其进行了全面的密码子改造,并采用重叠延伸PCR的方法合成了两段人乙醛脱氢酶2基因：06ALDH2和07ALDH2。将这两段基因克隆至毕赤酵母表达载体pPIC9K上,分别得到重组质粒pPIC9K-06ALDH2和pPIC9K-07ALDH2。用电转化法将其转化至Pichia pastoris GS115中,经G418筛选,分别得到GS115 (pPIC9K-06ALDH2)和GS115(pPIC9K-07ALDH2)。GS115(pPIC9K-06ALDH2)表达量约为0.8mg/L发酵液,酶比活约为47.3U/g；GS115(pPIC9K-07ALDH2)表达量约为8mg/L发酵液,酶比活约为31.9U/g。

摘要： 参考Genebank上收录的PUR46-MAD株(NC-002306)、TS株(DQ201447)和Purdue-115株(Z34093)核苷酸序列，设计并合成16对引物，应用RT-PCR技术成功地分16个片段扩增了猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)SC-Y株全长基因组序列，将这16个基因片段克隆，并测定其核苷酸序列。应用生物软件BioEdit对各测序结果进行序列拼接，确认SC-Y株基因组全长cDNA 28590 bp(GenBank收录号DQ443743)，共包含7个开放阅读框。基因组5’端非编码区长315 nt，3’端非编码区长277nt。与Miller-M60株、Miller M6株和TS株相比，SC-Y株S基因缺失6个碱基。通过构建结构蛋白基因(S、sM、M和N)系统进化树，结果表明，SC-Y株可能与美国Purdue株来源于共同的祖先病毒。密码子偏爱性分析结果认为猪传染性胃肠炎病毒对以T和A结尾的密码子表现轻微的偏爱性，病毒基因表达选择酵母等真核系统可能更为合适。

摘要： 应用RT-PCR方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒SC-Y株编码复制酶聚蛋白的ORF1序列，将其进行克隆、序列测定和分析。确认SC-Y株ORF1全长20053bp(GenBardk收录号DQ390461)。该序列包含2个ORF，其中ORF1a由12 053个核苷酸构成，可编码由4018个氨基酸组成的多肽，ORF1b由8036个核苷酸构成，可编码由2678个氨基酸组成的多肽。对SC-Y与TGEV参考毒株及不同冠状病毒对应区进行序列比较，结果显示，SC-Y株与PUR46-MAD株的同源性最高，ORF1a的核苷酸同源性为99.5％，推导氨基酸同源性为99.2％，ORF1b的核苷酸及推导氨基酸同源性均为99.8％；不同冠状病毒之间ORF1b比ORF1a具有更高的保守性。密码子偏爱性分析结果认为TGEV对以T和A结尾的密码子表现轻微的偏爱性，复制酶聚蛋白基因的表达选择酵母等真核系统可能更为合适。

摘要： 以鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因的第4至第6外显子区域进行扩增.测序结果表明,鹅LPL基因第4外显子到第6内含子的片段大小为3404bp,鹅LPL基因第4至6外显子序列与鸡LPL同源性达到91.9％,与人、羊、牛、猪等哺乳动物同源性在74％-77％之间.核酸进化树显示,鹅鸡较早地与哺乳类动物分化开来.分析了该区域编码氨基酸的亲水性、电荷密度和氨基酸位于蛋白质表面的概率,以及密码子的使用策略.

摘要： 本发明涉及利用基因密码扩展的非天然氨基酸系统，高效率通读单基因遗传病中致病基因的无义突变位点，恢复突变体蛋白的正常结构和功能。通过改造古甲烷球菌的tRNA(tRNAPyl)，得到全新的高通读效率的UAA和UGA编码的非天然氨基酸系统，扩展了tRNAPyl和吡咯赖氨酰‑tRNA合成酶(PylRS)正交对的使用范围。构建了模拟内源性提前终止密码子的质粒——在由内含子和外显子组成的Smad基因上引入提前终止密码子，可以用于评价通读内源性提前终止密码子的效率。发明中涉及无义突变的系统主要包括单基因遗传病的致病基因和肿瘤细胞内的肿瘤抑制基因。

摘要： 本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。

摘要： 本发明涉及利用基因密码扩展的非天然氨基酸系统，高效率通读单基因遗传病中致病基因的无义突变位点，恢复突变体蛋白的正常结构和功能。通过改造古甲烷球菌的tRNA(tRNAPyl)，得到全新的高通读效率的UAA和UGA编码的非天然氨基酸系统，扩展了tRNAPyl和吡咯赖氨酰‑tRNA合成酶(PylRS)正交对的使用范围。构建了模拟内源性提前终止密码子的质粒——在由内含子和外显子组成的Smad基因上引入提前终止密码子，可以用于评价通读内源性提前终止密码子的效率。发明中涉及无义突变的系统主要包括单基因遗传病的致病基因和肿瘤细胞内的肿瘤抑制基因。

摘要： 本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。

摘要： 本发明公开了一种密码子优化的猪λ3干扰素编码基因及其在制备猪λ3干扰素中的应用。具体地公开了密码子优化的猪λ3干扰素基因PoIFNλ3‑MD及利用该基因制备重组猪λ3干扰素的方法。本发明优化的基因PoIFNλ3‑MD在宿主菌的表达能力远高于未优化的基因PoIFNλ3‑WT。将优化后的PoIFNλ3‑MD插入到载体pET30a(+)的多克隆位点得到了重组质粒，并将重组质粒导入大肠杆菌得到了重组菌。利用该重组菌通过诱导培养就可以制备出大量高活性的重组猪λ3干扰素蛋白。本发明提供的基因、重组质粒和重组菌对于重组猪λ3干扰素的生产极具经济价值，对于生猪养殖业也具有重大应用价值和广泛的应用前景。

摘要： 本发明提供一种密码子优化的透明质酸水解酶基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明按照毕赤酵母密码子偏好性优化了山大齿猛蚁透明质酸酶基因，构建的重组毕赤酵母工程菌株表现出较高的透明质酸水解活力，为工业化生产和医疗应用山大齿猛蚁毒液透明质酸水解酶奠定了坚实的基础。

摘要： 本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。

摘要： 本发明公开了一种密码子优化的玉足海参海藻糖酶基因及其应用，属于基因改造与蛋白表达技术领域。本发明通过密码子优化技术对玉足海参的海藻糖酶基因进行改造后，在酵母表达系统中成功表达出具有海藻糖酶活性的蛋白，进而为人工养殖海参提供一种有助于摄食和消化的饲料调节剂，提高海参的摄食和消化吸收效率；同时，将该蛋白应用于大型海藻的精深加工，使海藻的营养得到更充分的释放与利用。

摘要： 本发明涉及到基于伊辛机量子退火的密码子优化方法。首先需要对mRNA上的密码子进行编码。然后再构建用于密码子优化的伊辛哈密顿量。之后需要通过量子退火伊辛机将伊辛哈密顿量演化到其最小值。最后根据量子退火伊辛机的输出结果，得到每个氨基酸对应的密码子。选择最可能的密码子的组合的过程被称之为密码子优化，本申请可以解决密码子优化方面的多项式复杂程度的非确定性问题。

摘要： 本发明属于病原生物学治疗技术领域，具体涉及一种基于碱基编辑ATG起始密码子抑制HBV表面抗原的治疗方法，分析HepG2.215和HepAD38中包含的HBV基因组的正链，确定碱基编辑的靶点，设计并合成与ABE8e和BE4‑max配对的靶向编辑失活PreS1，PreS2和S基因的ATG密码子的通用sgRNA引物，连接至BsaI酶切回收后的载体，转化大肠杆菌DH5α，挑取阳性菌落克隆，小提质粒，酶切和测序鉴定正确后大提质粒备用。本发明通过改变HBV遗传信息阻止病毒蛋白质合成阻断病毒复制，探索彻底治愈清除HBV表面抗原的方法和策略，具有重大理论意义和临床实践价值。