ITS序列

摘要： 【目的】为从天敌病原生物方面探索外来入侵植物南美蟛蜞菊的生物防治,对新发现的南美蟛蜞菊霜霉病进行病原鉴定和系统发育分析。【方法】在广东省广州市对南美蟛蜞菊霜霉病的发生及危害情况进行调查,并通过病害症状识别、病原显微形态记录与比较、病原菌及其近似种ITS序列结构比较、LSU序列和ITS序列系统发育分析,对南美蟛蜞菊霜霉病病原进行鉴定和系统发育分析。【结果】南美蟛蜞菊霜霉病在广州零星发生,但该病害在华南农业大学校园内发生较严重,发病率达50%~70%,病情指数为30~35。经鉴定,其病原菌为南美蟛蜞菊单轴霉,是国内一新记录种。基于病原菌LSU序列和ITS序列的系统发育分析显示,侵染菊科植物的单轴霉属菌种聚在一个分枝,亲缘关系密切,与侵染其他不同科寄主植物的单轴霉亲缘关系较远。ITS序列结构比较显示,寄生于菊科向日葵族植物的单轴霉属菌种的ITS2区包含多个重复序列,不同菌种间的ITS2区重复序列相似度不同,说明侵染菊科向日葵簇植物的单轴霉属菌物可细分成多个种,而不是只有向日葵单轴霉。【结论】广州发生的南美蟛蜞菊霜霉病是该寄主上首次正式报道的病害,鉴定的病原菌也是国内一新记录种;寄生在菊科植物上的单轴霉属种类不尽相同,但亲缘关系紧密。

摘要： 为了筛选出具有高多态性的cpDNA和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四对具有高多态性的引物。序列变异计算与系统发育树结果显示,8个野生玫瑰种群变异较低,可划分为2支。筛选出高多态性的cpDNA引物3对和ITS引物1对,适用于研究野生玫瑰系统发育和谱系地理结构,能够进一步探究濒危物种野生玫瑰的谱系地理。

摘要： 目的利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,建立快速鉴别木香、川木香和藏木香的方法。方法通过比对木香、川木香和藏木香3个物种ITS基因序列,筛选限制性内切酶并设计鉴别引物。优化PCR扩增和酶切反应条件,并进行方法学考察和统计学分析。结果退火温度为60°C、循环数为30时,能检出500~750 bp单一DNA条带;底物为10μL、酶切时间为15 min时,BsaHⅠ酶可将木香、川木香及藏木香在一定范围内切割成大小不一的DNA条带,方法学和统计学结果较好。结论建立的PCR-RFLP方法能够准确地鉴别木香、川木香及藏木香3种药材,避免此3类药材的混用,保证临床用药安全。

摘要： 虫草属真菌具有抗肿瘤、调节免疫力等药用价值。以采集于浙江乌岩岭国家级自然保护区的一株野生虫草为材料,通过组织分离、菌株纯化获得菌种;根据其形态特征、生态习性和ITS序列比对,将其鉴定为细脚虫草。人工栽培的细脚虫草菌株孢梗束比野生的长,长度为10 cm~16 cm,蛋白质含量为51.4 g·100^(-1)g^(-1),虫草素含量为52.9 mg·kg^(-1);栽培菌株的孢梗束和发酵菌丝体的乙酸乙酯提取物具有明显的乳腺癌MCF-7细胞体外抗肿瘤能力,孢梗束提取物抗肿瘤活性IC_(50)为66.42μg·mL^(-1)。

摘要： 目的鉴定分别采于鄂尔多斯市巴彦淖尔碱湖的3种藻株,命名为sp.DD、sp.ER、sp.FB;采自哈素海的藻株,命名为sp.HS;获赠于中国海洋大学的藻株命名为sp.QD的5种藻株,并做系统发育分析。方法将采集的藻液进行分离纯化,获得目的藻株,提取基因组DNA,PCR扩增ITS序列片段,进行序列测定和聚类分析。结果系统发育分析表明,sp.HS与Arthrospira platensis strain Sp-2在同一支上,同源性为99.59%;sp.DD单独一支,与Arthrospira platensis“Inner Mongolia”的同源性为88.01%;sp.QD与Arthrospira platensis F3S在同一支上,同源性为99.60%;sp.ER与sp.FB聚为一支,与Arthrospira erdosensis“Inner Mongolia”同源性为99.18%。结论经鉴定sp.HS、sp.DD、sp.QD为Arthrospira platensis,sp.ER与sp.FB为Arthrospira erdosensis,并揭示内蒙古鄂尔多斯地区节旋藻藻种间的系统发育关系。

摘要： 【目的】鉴定广东花生果腐病病原菌类型并筛选有效的杀菌剂种类,为生产上防控该病害提供参考。【方法】采用组织分离法从大田采集的患病花生果荚中分离获得果腐病的真菌纯培养物,回接验证分离菌株的致病性后确认其病原,通过克隆菌株的ITS序列并进行系统发育分析鉴定病原菌种类。采用菌丝生长速率法测定40%福美双水悬浮剂、98%噁霉灵可溶性粉剂、24%井冈霉素A水剂、10%苯醚甲环唑水分散粒剂和10%多抗霉素可湿性粉剂对该病原菌的抑菌效果。【结果】从韶关采集的花生果腐病样本中分离获得2株病原真菌,回接后均可以引起花生果荚腐烂,严重时导致果仁腐烂。基于菌株ITS序列的系统发育分析显示病原菌为尖孢镰刀菌(Fusarium oxyspourm)和茄病镰刀菌(Fusarium solani)。供试杀菌剂中40%福美双悬浮剂对2种病原真菌的抑菌效果最好,EC50分别为0.001 mg/L和0.021 mg/L,其次是噁霉灵,EC50分别为0.296 mg/L和0.217mg/L,井冈霉素A的EC50分别为20.575 mg/L和11.185 mg/L,苯醚甲环唑和多抗霉素对2株病原真菌没有抑菌效果。【结论】广东韶关地区花生果腐病主要由镰刀菌复合感染引起,以茄病镰刀菌为主,病原菌对福美双和噁霉灵敏感,生产上可以考虑使用这两种杀菌剂防控。

摘要： 【目的】摸清广西家蚕僵病发生流行规律,研究病原特性及遗传规律,为精准防控家蚕僵病提供科学依据。【方法】以2008—2021年广西家蚕僵病发病原始数据为基础,分析广西家蚕僵病的发病规律。收集广西五大蚕区(桂中、桂南、桂西、桂西北和桂东南)的病蚕、病虫及生物防控白僵菌株,经显微形态鉴定和产孢测定后采用滤纸接触法测试其对家蚕的致病力;基于ITS4/ITS5引物进行PCR扩增,并将双向测序结果输入GenBank进行BLAST比对分析;根据ISSR-PCR扩增结果以Quantity One绘制电泳模式图,使用NTsys计算遗传相似系数并进行UPGMA聚类分析,同时以PopGene32对供试材料的遗传多样性指数进行分析。【结果】2008—2021年广西家蚕僵病发病率整体上呈波动下降趋势,连续14年的平均发病率为5.19%。5月是广西家蚕僵病的发病率高峰,平均发病率为13.37%;其次是4月和10月,对应的发病率分别为7.91%和6.87%。山区地形的家蚕僵病发生率普遍高于平缓丘陵地区,其中,丘陵蚕区的家蚕僵病发病率排序为桂中(13.55%)>桂西北(12.66%)>桂南(11.56%)>桂西(11.05%)>桂东南(9.53%),山地蚕区的家蚕僵病发病率排序为桂中(18.91%)>桂西北(17.96%)>桂西(16.01%)>桂西(14.90%)>桂东南(11.61%)。广西家蚕僵病病原包括白僵菌属、曲霉属、拟青霉属和虫草菌属,其中球孢白僵菌(Beauveria bassiana)为主要病原,占比达86.67%,且白僵菌ITS序列高度保守,序列相似性在97.83%~99.83%。不同白僵菌株对家蚕的致病力表现为崇左白僵菌株(农药)的72 h累计死亡率达100.00%,明显高于蚕区僵蚕菌株(8.89%~93.33%)。筛选出的10条ISSR引物从50株菌株样本中扩增出152条清晰条带,其中多态位点147个,多态百分数为87.5%~100.0%;50株菌株样本的Nei’s基因多样性指数(H)为0.1740~0.3257,Shannon信息多样性指数(I)为0.2840~0.4880,均表现出极高的遗传多样性;基于遗传距离构建的UPGMA系统发育进化树显示,桂南、桂西北、桂东南、桂中等蚕区的病蚕白僵菌株与农药源白僵菌株存在非常近的亲缘关系。【结论】广西家蚕僵病危害高峰期为5月,球孢白僵菌是最主要的病原菌,且ITS序列高度保守。不同来源白僵菌对家蚕致病力的排序为农药源白僵菌株>松林白僵菌株>蚕区僵蚕菌株,但三者相互间存在非常高的基因关联性,提示广西家蚕僵病的病原遗传背景复杂,且蚕桑主产区应慎用白僵菌农药。

摘要： 旨在明确引起陕西省榆林市山药根腐病的致病菌,为该地区山药根腐病的防治提供参考。以受害山药块茎和根际土壤为试验材料,通过组织分离法获得纯培养,结合柯赫氏法则、形态学鉴定、ITS区序列分子生物学鉴定,以及构建系统发育树和序列比对的方法,明确山药根腐病的致病菌。结果表明,引起陕西榆林山药根腐病的病原菌为棕黑腐质霉、燕麦镰孢和尖孢镰孢。陕西榆林山药根腐病由腐质霉属和镰孢属两个属的3种病原菌引起,棕黑腐质霉是首次报道危害山药,镰孢属真菌是该地区山药根腐病的主要致病菌。

摘要： 以1株分离自泰山的野生菌株ts916为供试材料,依据形态学和rDNA ITS序列分析进行分类鉴定。采用液体摇瓶培养法,以菌丝生物量为主要指标,从5种不同液体培养基中筛选出适宜菌丝生长的液体培养基。结果表明,该野生菌株为花脸香蘑(Lepista sordida),适宜其生长的液体培养基配方为马铃薯200 g、葡萄糖20 g、酵母膏3 g、玉米粉20 g、麸皮20 g、KH_(2)PO_(4)3 g、MgSO_(4)1.5 g,加水至1 L,pH自然。菌丝生物量达到2.209 g·100^(-1)mL^(-1)。试验结果为该菌株的进一步驯化选育和综合开发利用提供参考。

摘要： 对野外茅草林下采集到的一株野生羊肚菌(菌株命名为Y1)进行分离纯化,通过经典分类方法结合分子生物学方法进行品种鉴定,并基于菌丝生长速度、菌丝密度及菌核数量从9种不同培养基配方中筛选最佳原种培养基。结果为:Y1的子实体菌盖呈黄色,上有凹凸不平的网格,菌柄呈白色、中空,形似羊肚菌;在显微镜下观察,菌丝体呈黄色,菌丝粗壮,菌丝结构明显,与羊肚菌属形态特征相似;ITS序列比对显示Y1与羊肚菌属中的黄色羊肚菌类群同源性高达99%,初步鉴定该野生菌株为羊肚菌Mes-19;筛选出的最优原种培养基配方为麦粒75%、土壤23%、石灰1%、过磷酸钙1%。

摘要： 以采收自云南普洱、曲靖、保山等14个产地共30个干巴菌样品为试验材料,进行ITS序列鉴定、系统发育分析,结果表明云南贸易类干巴菌以干巴菌(Thelephora ganbajun M.Zang)为主,橙黄革菌(T.aurantiotincta)和掌状革菌(T.palmate)也有分布,各菌种种间有明显差距,种内有一定差距.

摘要： 以采收自云南普洱、曲靖、保山等14个产地共30个干巴菌样品为试验材料,进行ITS序列鉴定、系统发育分析,结果表明云南贸易类干巴菌以干巴菌(Thelephora ganbajun M.Zang)为主,橙黄革菌(T.aurantiotincta)和掌状革菌(T.palmate)也有分布,各菌种种间有明显差距,种内有一定差距.

摘要： 以采收自云南普洱、曲靖、保山等14个产地共30个干巴菌样品为试验材料,进行ITS序列鉴定、系统发育分析,结果表明云南贸易类干巴菌以干巴菌(Thelephora ganbajun M.Zang)为主,橙黄革菌(T.aurantiotincta)和掌状革菌(T.palmate)也有分布,各菌种种间有明显差距,种内有一定差距.

摘要： 以采收自云南普洱、曲靖、保山等14个产地共30个干巴菌样品为试验材料,进行ITS序列鉴定、系统发育分析,结果表明云南贸易类干巴菌以干巴菌(Thelephora ganbajun M.Zang)为主,橙黄革菌(T.aurantiotincta)和掌状革菌(T.palmate)也有分布,各菌种种间有明显差距,种内有一定差距.

摘要： 以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为材料,进行ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对.将从Genbank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析.基于ITS系列构建的系统发育树表明,美昧牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76％的支持率聚为一簇.基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96％的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系.

摘要： 以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为材料,进行ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对.将从Genbank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析.基于ITS系列构建的系统发育树表明,美昧牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76％的支持率聚为一簇.基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96％的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系.

摘要： 以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为材料,进行ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对.将从Genbank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析.基于ITS系列构建的系统发育树表明,美昧牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76％的支持率聚为一簇.基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96％的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系.

摘要： 以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为材料,进行ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对.将从Genbank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析.基于ITS系列构建的系统发育树表明,美昧牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76％的支持率聚为一簇.基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96％的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系.

摘要： 以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为材料,进行ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对.将从Genbank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析.基于ITS系列构建的系统发育树表明,美昧牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76％的支持率聚为一簇.基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96％的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系.

摘要： 为了快速准确地鉴定灵芝属的白肉灵芝(Ganoderma leucocontextum),本研究对白肉灵芝、灵芝(赤芝)G.lingzhi、紫芝G.sinense、漆光灵芝(亮盖灵芝)G.lucidum、四川灵芝G.sichuanense、日本灵芝G.japonicum、树舌灵芝G.applanatum、有柄树舌G.gibbosum、弯柄灵芝G.flexipes、无柄灵芝G.resinaceum和紫铜灵芝G.cupreum等共17个灵芝属样品进行了ITS序列测定分析比对,从而发现白肉灵芝ITS序列的120bp-140bp以及450-470bp处有多个特异碱基位点,基于这些特异碱基位点设计白肉灵芝的特异引物对BRLZ-F和BRLZ-R,结果表明,该特异引物对在58°C退火温度下特异性好,仅能扩增出白肉灵芝相应的长348bp的特异片段.因此该特异引物对及方法可用于白肉灵芝的快速准确鉴定.

摘要： 事件波形提取部(3)从时间序列数据提取事件波形。同现度计算部(4)计算事件波形在时间序列数据间的同现度。组分类部(5)将时间序列数据分类成与事件波形的同现度对应的组。事件信息生成部(6)在组中包含的时间序列数据间判别事件波形的产生期间重合的时刻，根据判别出的时刻，生成确定与事件波形相关联的事件的事件信息。

摘要： 本发明涉及用于在玻璃片材序列F中切割玻璃块序列P的切割方案序列的生成方法，所述玻璃块旨在根据一个或多个台架Ck上的放置和/或顺序约束进行堆叠。所述方法包括以下步骤：a.检索与序列F中的每个玻璃片材中的缺陷的定位和性质有关的信息；b.定义优化标准σ；c.由计算机实施的生成切割方案PDij的一个或多个序列Si，所述切割方案PDij用于根据每个玻璃片材中的缺陷的定位、并且遵循针对每个台架Ck的玻璃块放置和/或顺序约束来切割玻璃片材；d.由计算机实施的根据优化标准σ来选取切割方案PDij的序列Si中的一个。本发明还目的在于使得能够实施这样的方法的切割方案序列生成设备。

摘要： 特征量提取装置(100)具有：数据取得部(110)，其取得时间序列数据作为输入时间序列数据(D1)；多滤波器应用部(120)，其具有多个数字滤波器，对数据取得部(110)取得的输入时间序列数据(D1)应用各数字滤波器，按照每个数字滤波器输出应用后的包含时间序列特征或频率特征的时间序列数据即滤波器响应时间序列数据(D5)；以及特征量提取部(130)，其针对多滤波器应用部(120)输出的多个滤波器响应时间序列数据(D5)，按照每个滤波器响应时间序列数据(D5)提取特征量，输出提取出的特征量作为特征量数据(D2)。

摘要： 本发明从RNA干扰的目标基因的碱基序列中搜索符合下述规则(a)－(d)的序列部位，根据搜索结果进行能够产生RNA干扰的小干扰RNA(siRNA)的设计、合成等。(a)3’末端的碱基是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)。(b)5’末端的碱基是鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)。(c)3’末端的7碱基序列中富含由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)组成的群组中选择的1或1种以上的碱基。(d)碱基数在产生RNA干扰且不产生细胞毒性的范围内。

摘要： 本申请提供了一种序列化方法、反序列化方法、序列化装置及反序列化装置，本申请实施例首先确定目标对象的存储结构类型，利用该存储结构类型，查找对应的目标序列器，目标序列器中保存有目标对象的元数据信息，进而触发目标序列器将目标对象写入到序列中，从而完成目标对象序列化过程。

摘要： 参考信号的循环移位被量化为小区特定循环移位和伪随机跳频的输出的组合，并且在该小区中传播该小区特定循环移位的指示。在一个实施例中，该循环移位被量化为在该小区特定循环移位、伪随机跳频的输出和用户特定循环移位之和上的模操作，在这种情况下，该用户特定循环移位的指示在上行链路资源分配中被发送，并且用户在由上行链路资源分配而分配的上行链路资源中发送它的循环移位的参考信号。该循环移位也可以根据参考信号的长度被量化为cyclic_shift_symbol＝(cyclic_shift_value*参考信号的长度)/12；其中cyclic_shift_value在0和11之间，且cyclic_shift_symbol是在参考信号的符号中给定的循环移位的数量。

摘要： 提供精度优良地识别包括移动物体进行的一连串的单独作业的作业序列的作业序列识别装置、作业序列识别系统、作业序列识别方法以及程序。作业序列识别装置(1)识别包括一连串的单独作业的作业序列。作业序列识别装置(1)具备：取得部(11、12)，取得将作业区域内的移动物体的位置表示为时间序列的第1感测信息、和将作业区域内的不同的位置处的周围环境状态表示为时间序列的多个第2感测信息；控制部(12)，基于第1感测信息，确定一连串的单独作业的顺序，并基于第2感测信息，识别一连串的单独作业各自的作业内容。

摘要： 在没有供给靶标(30)的情况下，当通过保持经由结合部的结合以激发供体荧光分子(11)时，能量转移到接近于供体荧光分子(11)的受体荧光分子(21)，从而受体荧光分子(21)呈现荧光。在供给了靶标(30)的情况下，靶标(30)与检测部结合而使经由结合部的结合被解除，受体荧光分子(21)远离供体荧光分子(11)，从而供体荧光分子(11)呈现荧光。

摘要： 本发明提供了一种同源序列和同源序列中串联重复序列的检测方法、计算机可读介质和应用，涉及基因测序技术领域。同源序列的检测方法包括提取出目标同源序列间的差异位点作为打分位点给测序reads打分，并通过合理的计算分值的方法，将测序reads匹配至与其同源性最高的同源序列中，提高了数据分析的准确性。同源序列中串联重复序列的检测方法采用将测序reads和重复单元标准序列比对以获得该条reads的重复序列的重复数，通过统计与目标同源序列reads的重复序列的重复数的支持reads数获取同源序列中重复序列的重复数，缓解了现有技术中缺乏一种兼具效率和准确度的检测重复序列的检测方法的问题。

摘要： 在序列数据分析装置(10)中，计算部(21)比较作为观测某事件而得到的时间序列数据的输入序列数据(32)与作为关于该事件的标准时间序列数据的参照序列数据(31)，提取相互对应的输入序列数据(32)的数据元素与参照序列数据(31)的数据元素的组合。计算部(21)按照提取出的每个组合，计算输入序列数据(32)中的事件的进展相对于参照序列数据(31)中的事件的进展的相对速度即相对进展速度。判定部(22)根据由计算部(21)计算出的相对进展速度，判定输入序列数据(32)中的事件的进展是否存在异常。