DNA测序

摘要： 目的研究急性髓系白血病(AML)患者的免疫表型,探讨核仁磷酸蛋白1(NPM1)基因突变在初诊AML患者中的发生率及其血液学特征。方法采用4色荧光免疫标记法对AML患者进行免疫分型。应用聚合酶链反应结合DNA测序法,检测70例初诊AML患者骨髓细胞中NPM1基因突变情况,分析该基因突变阳性AML患者的血液学特征。结果70例AML患者中M5型发病率最高,占28.57%。各AML亚型均较高表达CD38、CD13、CD33,而CD34和HLA-DR在M3型患者中的表达率最低。70例AML患者中共检出NPM1基因突变阳性患者13例,突变率为18.57%。NPM1阳性组CD34阳性率(15.38%)低于NPM1阴性组(64.91%),差异有统计学意义(P0.05)。结论NPM1突变是AML患者常见的一种分子学异常,突变发生率较高,CD34阳性率降低。免疫表型检测可提高AML诊断的准确性。

摘要： 目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)对甲状腺乳头状癌细胞增殖的影响及相关分子机制。方法:采用慢病毒感染的方法敲低甲状腺乳头状癌细胞TPC-1和BCPAP中FN1的表达,通过CCK8实验证明FN1对甲状腺乳头状癌增殖的影响;采用三代测序技术对FN1敲低的TPC-1细胞及其对照组进行全长转录组测序,筛选差异表达基因,使用BMKCloud在线分析软件对差异基因行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过STRING数据库对筛选出的差异表达基因进行蛋白互作网络分析。结果:敲低FN1能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖;FN1敲低后与对照组转录本的表达差异明显,GO功能富集显示差异转录本主要集中在细胞过程、细胞部分的组成、细胞黏附功能、催化活性功能,在KEGG富集上显示在HIF-1信号途径、糖酵解、碳代谢富集明显,PPI结果显示FN1和HSPA8是关键蛋白。结论:本研究通过细胞实验证明敲低FN1的表达能够抑制甲状腺乳头状癌细胞的增殖,测序及生物信息学分析为后续甲状腺乳头状癌诊断及靶向治疗的进一步研究提供数据支持。

摘要： 癌症的进展部分是由基因组改变驱动的。癌症的基因组表征已显示出驱动因子变化的患者间的异质性,这引出了一个观点,即在癌症患者中生成基因组图谱可利于选择有效的治疗方法。尽管DNA测序已在实践中实施,但仍不清楚如何使用其结果。

摘要： 目的 建立基于分子生物学鉴定林蛙油真伪的检测方法.方法 采集成年雌蛙卵巢组织,经风干制成林蛙油,通过改良方法提取总DNA,以已报道的东北林蛙、黑龙江林蛙、黑斑侧褶蛙、牛蛙和中华蟾蜍的COI及cytB基因为模板,设计引物探针.结果 PCR扩增产物测序结果中仅东北林蛙获得230 bp左右产物,且序列比对与东北林蛙COI序列一致性为99％左右,说明实验对象林蛙为东北林蛙.结论 利用线粒体基因独特的优势,应用PCR扩增东北林蛙COI基因,通过测序确定东北林蛙亚种,建立了东北林蛙亚种及其产品的鉴别方法.

摘要： 目的 验证苯扎氯铵制作的大鼠先天性巨结肠模型是否存在肠道菌群变化并探索其规律.方法 按随机数字表法将18只200 g左右SPF级Sprague-Dawley(SD)雌鼠随机划分为实验组和对照组,每组各9只,实验组采用0.1％-30 min苯扎氯铵液制作先天性巨结肠模型,对照组用无菌生理盐水处理.分别于术后2、3、4周采集上述模型鼠狭窄段、扩张段以及对照组肠段粪菌,提取粪菌DNA.16S rRNA V3-V4区扩增后,利用Illumina MiSeq测序平台检测,并进行基于OUTs的聚类分析,门水平、属水平菌群相对丰度及多样性分析.以α=0.05为显著性水平,采用One-way ANOVA和Bonferroni校正的事后多重检验,或Kruskal-Wallis法进行差异性分析.结果 实验组狭窄段、扩张段以及对照组肠道菌群总OUTs分别为876.33±27.21、913.00±43.51和6 193.33±1.53,特有OUTs分别为52.00±16.46、64.67±3.78、5 375.33±60.12,各组上述指标与对照组比较,差异均有统计学意义(P均＜0.000 1).实验组狭窄段、扩张段与对照组菌群ACE指数分别为1 040.15±44.2、959.30±27.95和 11 923.52±36.66,Chao1 指数分别为 1 087.47±130.35、946.63±29.56和10 133.08±69.88,各组上述指标与对照组比较,差异均有统计学意义(P均＜0.000 1).实验组狭窄段、扩张段以及对照组菌群Shannon值分别为6.46±0.52、6.50±0.37和8.18±0.01,各组与对照组比较,差异均有统计学意义(P均＜0.05).对照组及实验组狭窄段、扩张段菌群门水平相对丰度较多的是厚壁菌门[(38.46±0.03)％、(72.68±6.15)％、(63.98±7.22)％]、拟杆菌门[(26.76±0.05)％、(24.91±5.98)％、(33.17±6.92)％]和变形菌门[(32.15±0.09)％、(0.70±0.30)％、(0.56±0.14)％],除拟杆菌门外,各组与对照组比较,差异均有统计学意义(P均＜0.05).实验组与对照组菌群属水平相对丰度前10的菌群比较,差异亦有统计学意义(P均＜0.05).结论 苯扎氯铵制作的大鼠先天性巨结肠模型存在肠道菌群变化.

摘要： 最近几年,一种新奇有趣的相亲方式风靡全球,那就是DNA相亲。DNA相亲,顾名思义就是按照DNA匹配度定向相亲,最早发源于瑞士,之后流行于欧美。其大致流程如下:先采集顾客的DNA样本—就像测核酸一样,用棉签在口腔内擦拭数回;然后进行DNA测序,在数据库中寻找较“匹配”的对象推荐给顾客;征得双方同意,开展线下见面活动。

摘要： 目的 评估叶绿体DNA rbcL序列作为遗传标记鉴定大麻的可行性.方法 检测62份大麻、10份啤酒花及10份葎草DNA的rbcL序列,并从GenBank数据库中下载96条大麻科rbcL序列.应用MEGA X软件进行序列比对,计算种内及种间Kimura-2-Parameter(K2P)遗传距离并构建系统聚类树.结果 本次大麻及葎草属样本测序所得rbcL序列长度分别为617 bp和649 bp,且在所测大麻样本中检测到2种单倍型.BLAST相似性检索结果显示,测序所得序列与GenBank数据库中大麻rbcL序列相似性最高为100％.遗传距离分析结果显示,大麻种内不同样本间的最大遗传距离(0.0049)小于大麻与大麻科其他物种间的最小遗传距离(0.0129).从中介网络图和系统聚类分析中可以看出,大麻与大麻科其他物种位于不同分支.结论 rbcL序列可以作为鉴定大麻的DNA条形码,联合rbcL序列的比对分析和系统聚类分析有望成为法医学大麻种属鉴定可靠、便捷的检测手段.

摘要： 以235头高原型牦牛为研究材料,通过PCR扩增和DNA测序检测ACACA基因5'UTR上存在的SNPs,并分析其与牦牛泌乳性状的关联性.结果表明,ACACA基因5'UTR上存在2个SNP,分别为g.43478T>A和g.43569C>T,均存在3种基因型;χ2检验表明,两个位点均处于Hardy Weinberg平衡状态(P>0.05),且为中度多态(0.50>PIC>0.25).与泌乳性状关联性分析发现g.43478T>A位点上的AA基因型泌乳性状表现最优,乳脂率和乳蛋白率均极显著高于TT基因型(PT位点上的不同基因型的泌乳性状差异不显著(P>0.05).单倍型和连锁不平衡分析发现两个位点存在4种单倍型,位点间不存在强的连锁性(r2=0.027).进一步分析双倍型发现H2H2个体的乳脂率极显著高于其他类型双倍型(P0.05).

摘要： 测测你的生物学年龄在我们这个年头,给DNA测序已经是一件稀松平常的事,现在又开始兴起另一种测序——给表观基因测序。而且对大多数人来说,后者似乎比前者用处还大。所谓的表观基因是指附在DNA碱基上的一些起修饰作用的化学物质。它们类似基因的开关,不会改变你的DNA,但可以改变基因的功能,比如让基因失去作用。

摘要： DNA信息存储通过编解码、合成、编辑和测序等过程,实现数字信息写入、存储与读出.其在密度、寿命、能耗和抗电磁干扰等方面较磁、光、电等常规的信息存储介质有较大优势.随着全球数据总量的快速增长, DNA信息存储的优势特性和发展潜力受到了研究者的广泛关注.本文阐述了DNA信息存储的基本原理和技术流程,分析了DNA信息存储与生命系统和信息系统的关联,并依据读写技术特点归纳近年来涌现的"DNA硬盘""DNA光盘""DNA磁带"等几种主要模式、发展现状及技术路线.在此基础上,探讨DNA信息存储商业化、大规模应用面临的主要挑战,讨论更低成本的数据写入和更快速的数据读出,并指出可行的发展路线.最后,展望了DNA作为新型存储介质在现代存储系统中的发展演化趋势.

摘要： 荧光探针和DNA测序用染料是两种较常用的生物医学用色素.本文在前半部分详细介绍了几种不同的荧光探针和典型荧光探针的合成方法.本文后半部分介绍了几种常见的DNA测序用荧光染料,以及DNA测序用荧光染料的合成方法,最后探究了DNA检测在肿瘤检测和亲子鉴定上的实际应用.

摘要： 荧光探针和DNA测序用染料是两种较常用的生物医学用色素.本文在前半部分详细介绍了几种不同的荧光探针和典型荧光探针的合成方法.本文后半部分介绍了几种常见的DNA测序用荧光染料,以及DNA测序用荧光染料的合成方法,最后探究了DNA检测在肿瘤检测和亲子鉴定上的实际应用.

摘要： 荧光探针和DNA测序用染料是两种较常用的生物医学用色素.本文在前半部分详细介绍了几种不同的荧光探针和典型荧光探针的合成方法.本文后半部分介绍了几种常见的DNA测序用荧光染料,以及DNA测序用荧光染料的合成方法,最后探究了DNA检测在肿瘤检测和亲子鉴定上的实际应用.

摘要： 荧光探针和DNA测序用染料是两种较常用的生物医学用色素.本文在前半部分详细介绍了几种不同的荧光探针和典型荧光探针的合成方法.本文后半部分介绍了几种常见的DNA测序用荧光染料,以及DNA测序用荧光染料的合成方法,最后探究了DNA检测在肿瘤检测和亲子鉴定上的实际应用.

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： Aicardi-Goutieres综合征是一种罕见的幼年发病的以进行性脑病、冻疮样皮疹、基底节区钙化及脑脊液中IFN-α升高为临床表现的综合征.报道一例以皮疹起病Aicardi—Goutieres综合征(AGS)患儿的临床特点,并检测其致病基因.报道一例AGS患儿的临床资料，并采用DNA测序对致病基因行突变检测。

摘要： 本发明提供了一种三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂及DNA单分子测序系统及测序方法，所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂包括以下基于三氮烯连接单元的不同荧光素标记四种不同碱基的可逆终止核苷酸：本发明在包含所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂的DNA单分子集成测序系统中，通过前一次DNA链延伸产物的荧光信号图像作为下一次延伸产物的定位荧光，无需额外的定位荧光，并且三氮烯荧光标记核苷酸在断裂反应后，在DNA链上无残基保留，理论上读长无限制。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序装置，包括样品区、反应区和检测区；样品区包括可旋转的分离盘，分离盘包括内部设有滤膜的过滤柱；反应区包括加样架、dNTP试剂槽和反应槽，加样架上固定设有多个加样针，加样架通过直线移动装置在dNTP试剂槽和反应槽之间做往复运动，加样架的中心设有转轴，转轴通过电机带动加样架转动，加样架通过升降装置沿转轴做升降运动；反应槽设有多个反应位，反应位延伸至检测区；检测区包括生物发光检测器和旋转台，生物发光检测器可拆卸的安装在旋转台上，旋转台通过电机带动生物发光检测器转动。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 本发明提供了一种DNA单分子测序方法与测序系统，所述DNA单分子测序方法包括如下步骤：S1对基体表面进行修饰，将水溶性双功能连接单元连接于基体表面；然后将引物P1与水溶性双功能连接单元连接，即得固定有引物的基体；S2、将含待测DNA模板、聚合酶、四色荧光标记可逆终止剂的混合溶液置于固定有引物P1的基体上，进行延伸，形成含荧光素的引物/模板复合物；S3、对延伸后的引物/模板复合物进行成像，确定参与延伸的核苷酸碱基种类；S4、将参与延伸的核苷酸的可裂解连接单元断裂，进行下一次延伸；S5、重复上述步骤S2至步骤S4，获得待测DNA模板的碱基序列。本发明能够完美地做到一次测序循环只延伸一个可逆终止剂的效果。

摘要： 本发明公开了一种DNA合成测序方法和测序系统，所述方法包括：通过水溶性双功能连接单元将引物P1连接于基体表面；在基体表面加入含待测DNA模板的溶液，然后进行等温表面放大反应；再将引物Pe加入基体表面，然后在基体表面加入四种碱基的荧光标记可逆终止剂的延伸反应溶液，进行延伸反应；然后对延伸后的DNA双链进行成像之后，加入相应的化学试剂，使荧光标记可逆终止剂的连接单元断裂。重复DNA链延伸和断裂步骤，完成多次循环测序，即得待测DNA模板核苷酸的碱基序列。本发明测序方法可用于DNA高通量合成测序，在所述测序条件下实验结果其读长至少为73碱基；如果双端测序，其读长至少为146，准确率至少为99.98％。

摘要： 本发明提供了用于下一代测序仪的引物，其可以提供大数量的读段。基于序列：5'‑CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT‑N5至15‑GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG‑3'(其中N5至15表示5至15个核苷酸的索引序列)，将索引序列设计为表现出推定读段数量超过给定水平的核苷酸序列，其中该推定读段数量根据将读段数量指定为目的变量并将索引序列中的核苷酸类型指定为解释变量的估算公式计算得出。

摘要： 本发明涉及基因测序领域，特别涉及测序用DNA文库试剂盒以及测序用DNA文库构建方法。一种测序用DNA文库构建方法，包括以下步骤：片段化DNA进行末端修复与加A，产物与接头进行连接，纯化后，对DNA片段进行尺寸筛选；扩增富集，产物进行纯化，得到DNA文库。该方法将DNA文库构建的流程进行简化，DNA序列末端修复和3’端加A的步骤在一步中完成，并且产物可直接用于连接反应，中间不必经过纯化，大大缩短了文库构建的过程消耗的实验时间；采用了独特的接头设计，极大节省了接头的合成成本，为文库构建的实验人员提供了很大的便利，降低了试剂的消耗，总体建库成本降低。

摘要： 本发明提供了一种三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂及DNA单分子测序系统及测序方法，所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂包括以下基于三氮烯连接单元的不同荧光素标记四种不同碱基的可逆终止核苷酸：本发明在包含所述三氮烯四色荧光可逆终止核苷酸测序试剂的DNA单分子集成测序系统中，通过前一次DNA链延伸产物的荧光信号图像作为下一次延伸产物的定位荧光，无需额外的定位荧光，并且三氮烯荧光标记核苷酸在断裂反应后，在DNA链上无残基保留，理论上读长无限制。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序装置，包括样品区、反应区和检测区；样品区包括可旋转的分离盘，分离盘包括内部设有滤膜的过滤柱；反应区包括加样架、dNTP试剂槽和反应槽，加样架上固定设有多个加样针，加样架通过直线移动装置在dNTP试剂槽和反应槽之间做往复运动，加样架的中心设有转轴，转轴通过电机带动加样架转动，加样架通过升降装置沿转轴做升降运动；反应槽设有多个反应位，反应位延伸至检测区；检测区包括生物发光检测器和旋转台，生物发光检测器可拆卸的安装在旋转台上，旋转台通过电机带动生物发光检测器转动。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 本发明属于生物技术领域，其公开了一种RNA和DNA二代测序文库的构建方法及二代测序盒，该二代测序文库的构建方法包括步骤：对RNA核酸和DNA核酸进行一链合成，得到一链cDNA；对述一链cDNA进行二链合成，得到二链cDNA；对二链cDNA片段化、末端修复、磷酸化及加A处理后得到加A产物；将加A产物进行接头连接和第一次纯化处理，得到目标RNA片段和DNA片段并回收；对目标RNA片段和DNA片段进行PCR扩增反应，以构建并得到所述RNA和DNA二代测序文库。该方法构建二代测序文库，采用整体建库流程，工艺步骤简化，极大缩减了操作流程和实验时间，可最大程度减少核酸样本的损耗，同时，无需构建两种文库，可大大节约人力、试剂、时间等成本。

摘要： 本发明属于DNA测序技术领域，具体涉及一种用于DNA测序的通道结构及其制备方法和应用。所述通道结构为DNA折纸与固态纳米孔的复合通道结构。所述通道结构能减小通道的有效厚度，从而大大提高通道在单分子检测中的空间分辨率，同时也能解决固态纳米孔不规整的内表面形貌和不均匀的电荷分布带来的测试低频噪音干扰，为DNA测序设备提供稳定高灵敏的核心检测部件，且所述复合通道结构具有很好的稳定性，用于DNA测序，具有较高的准确度。